Changeset 3252


Ignore:
Timestamp:
Jan 30, 2018 12:21:10 PM (4 years ago)
Author:
vondreele
Message:

fix GSAS EXP importer to read 1 & 2 phase magnetic structures

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/imports/G2phase.py

    r3245 r3252  
    186186        return False
    187187
    188     def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
     188    def Reader(self,filename,ParentFrame=None,usedRanIdList=[],**unused):
    189189        'Read a phase from a GSAS .EXP file using :meth:`ReadEXPPhase`'
     190        self.Phase = G2obj.SetNewPhase(Name='new phase') # create a new empty phase dict
     191        while self.Phase['ranId'] in usedRanIdList:
     192            self.Phase['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxsize)
     193        # make sure the ranId is really unique!
     194        self.MPhase = G2obj.SetNewPhase(Name='new phase') # create a new empty phase dict
     195        while self.MPhase['ranId'] in usedRanIdList:
     196            self.MPhase['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxsize)
    190197        fp = open(filename,'r')
    191         self.Phase = self.ReadEXPPhase(ParentFrame, fp)
     198        self.ReadEXPPhase(ParentFrame, fp)
    192199        fp.close()
    193200        return True
     
    233240        keyList.sort()
    234241        SGData = {}
     242        MPtype = ''
    235243        if NPhas[result] == '1':
    236244            Ptype = 'nuclear'
    237         elif NPhas[result] in ['2','3']:
     245        elif NPhas[result] =='2':
     246            Ptype = 'nuclear'
     247            MPtype = 'magnetic'
     248            MagDmin = 1.0
     249        elif NPhas[result] =='3':
    238250            Ptype = 'magnetic'
    239251            MagDmin = 1.0
     
    243255            Ptype = 'Pawley'
    244256        else:
    245             raise self.ImportException("Phase type not recognized")           
     257            raise self.ImportException("Phase type not recognized") 
     258           
    246259        for key in keyList:
    247260            if 'PNAM' in key:
     
    280293                textureData['Sample phi'] = [False,float(SHvals[8])]
    281294                shNcof = int(SHvals[1])
     295        Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(abc+angles))
     296
    282297        Atoms = []
    283         Amat,Bmat = G2lat.cell2AB(abc+angles)
    284         if Ptype in ['nuclear','magnetic',]:
     298        MAtoms = []
     299        Bmat = G2lat.cell2AB(abc+angles)[1]
     300        if Ptype == 'macromolecular':
     301            for key in keyList:
     302                if 'AT' in key[6:8]:
     303                    S = EXPphase[key]
     304                    Atom = [S[56:60].strip(),S[50:54].strip().upper(),S[54:56],
     305                        S[46:51].strip(),S[:8].strip().capitalize(),'',
     306                        float(S[16:24]),float(S[24:32]),float(S[32:40]),
     307                        float(S[8:16]),'1',1,'I',float(S[40:46]),0,0,0,0,0,0]
     308                    XYZ = Atom[6:9]
     309                    Atom[10],Atom[11] = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)[:2]
     310                    Atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
     311                    Atoms.append(Atom)
     312        else:
    285313            for key in keyList:
    286314                if 'AT' in key:
     
    308336                        Atoms.append(Atom)
    309337                    elif key[11:] == 'M' and key[6:8] == 'AT':
    310                         Ptype = 'magnetic'
    311338                        S = EXPphase[key]
    312339                        mom = np.array([float(S[:10]),float(S[10:20]),float(S[20:30])])
    313340                        mag = np.sqrt(np.sum(mom**2))
    314341                        mom = np.inner(Bmat,mom)*mag
    315                         Atoms[-1] = Atom[:7]+list(mom)+Atom[7:]
    316         elif Ptype == 'macromolecular':
    317             for key in keyList:
    318                 if 'AT' in key[6:8]:
    319                     S = EXPphase[key]
    320                     Atom = [S[56:60].strip(),S[50:54].strip().upper(),S[54:56],
    321                         S[46:51].strip(),S[:8].strip().capitalize(),'',
    322                         float(S[16:24]),float(S[24:32]),float(S[32:40]),
    323                         float(S[8:16]),'1',1,'I',float(S[40:46]),0,0,0,0,0,0]
    324                     XYZ = Atom[6:9]
    325                     Atom[10],Atom[11] = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)[:2]
    326                     Atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
    327                     Atoms.append(Atom)
    328         Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(abc+angles))
     342                        MAtoms.append(Atom)
     343                        MAtoms[-1] = Atom[:7]+list(mom)+Atom[7:]
     344                       
    329345        if shNcof:
    330346            shCoef = {}
     
    339355                    shCoef[key] = float(val)
    340356            textureData['SH Coeff'] = [False,shCoef]
     357           
    341358        if not SGData:
    342359            raise self.ImportException("No space group found in phase")
     
    347364        if not Atoms:
    348365            raise self.ImportException("No atoms found in phase")
    349         Phase = G2obj.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData,cell=abc+angles+[Volume,])
    350         general = Phase['General']
    351         general['Type'] = Ptype
    352         if general['Type'] =='macromolecular':
    353             general['AtomPtrs'] = [6,4,10,12]
    354         elif general['Type'] =='magnetic':
    355             general['AtomPtrs'] = [3,1,10,12]
    356             general['SGData']['SGSpin'] = SpnFlp
    357             general['MagDmin'] = MagDmin   
     366           
     367        self.Phase['General'].update({'Type':Ptype,'Name':PhaseName,'Cell':[False,]+abc+angles+[Volume,],'SGData':SGData})
     368        if MPtype == 'magnetic':
     369            self.MPhase['General'].update({'Type':'magnetic','Name':PhaseName+' mag','Cell':[False,]+abc+angles+[Volume,],'SGData':SGData})
     370        else:
     371            self.MPhase = None
     372           
     373        if Ptype =='macromolecular':
     374            self.Phase['General']['AtomPtrs'] = [6,4,10,12]
     375            self.Phase['Atoms'] = Atoms
     376        elif Ptype == 'magnetic':
     377            self.Phase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,10,12]
     378            self.Phase['General']['SGData']['SGSpin'] = SpnFlp
     379            self.Phase['General']['MagDmin'] = MagDmin
     380            self.Phase['Atoms'] = MAtoms           
    358381        else:   #nuclear
    359             general['AtomPtrs'] = [3,1,7,9]   
    360         general['SH Texture'] = textureData
    361         Phase['Atoms'] = Atoms
    362         return Phase
     382            self.Phase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,7,9]   
     383            self.Phase['General']['SH Texture'] = textureData
     384            self.Phase['Atoms'] = Atoms
     385        if MPtype =='magnetic':
     386            self.MPhase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,10,12]
     387            self.MPhase['General']['SGData']['SGSpin'] = SpnFlp
     388            self.MPhase['General']['MagDmin'] = MagDmin
     389            self.MPhase['Atoms'] = MAtoms
    363390
    364391class JANA_ReaderClass(G2obj.ImportPhase):
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.