source: trunk/imports/G2phase.py @ 3252

Last change on this file since 3252 was 3252, checked in by vondreele, 4 years ago

fix GSAS EXP importer to read 1 & 2 phase magnetic structures

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 32.5 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2########### SVN repository information ###################
3# $Date: 2018-01-30 18:21:10 +0000 (Tue, 30 Jan 2018) $
4# $Author: vondreele $
5# $Revision: 3252 $
6# $URL: trunk/imports/G2phase.py $
7# $Id: G2phase.py 3252 2018-01-30 18:21:10Z vondreele $
8########### SVN repository information ###################
9#
10'''
11*Module G2phase: PDB, .EXP & JANA m40,m50*
12-------------------------------------------
13
14A set of short routines to read in phases using routines that were
15previously implemented in GSAS-II: PDB, GSAS .EXP and JANA m40-m50 file formats
16
17'''
18
19from __future__ import division, print_function
20import sys
21import os.path
22import math
23import random as ran
24import numpy as np
25try:
26    import wx
27except ImportError:
28    wx = None
29import GSASIIobj as G2obj
30import GSASIIspc as G2spc
31import GSASIIlattice as G2lat
32import GSASIIpath
33GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 3252 $")
34R2pisq = 1./(2.*np.pi**2)
35
36class PDB_ReaderClass(G2obj.ImportPhase):
37    'Routine to import Phase information from a PDB file'
38    def __init__(self):
39        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to say ImportPhase.__init__
40            extensionlist=('.pdb','.ent','.PDB','.ENT'),
41            strictExtension=True,
42            formatName = 'PDB',
43            longFormatName = 'Original Protein Data Bank (.pdb file) import'
44            )
45    def ContentsValidator(self, filename):
46        '''Taking a stab a validating a PDB file
47        (look for cell & at least one atom)
48        '''
49        fp = open(filename,'r')
50        for i,l in enumerate(fp):
51            if l.startswith('CRYST1'):
52                break
53        else:
54            self.errors = 'no CRYST1 record found'
55            fp.close()
56            return False
57        for i,l in enumerate(fp):
58            if l.startswith('ATOM'):
59                fp.close()
60                return True
61        self.errors = 'no ATOM records found after CRYST1 record'
62        fp.close()
63        return False
64
65    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
66        'Read a PDF file using :meth:`ReadPDBPhase`'
67        self.Phase = self.ReadPDBPhase(filename, ParentFrame)
68        return True
69       
70    def ReadPDBPhase(self,filename,parent=None):
71        '''Read a phase from a PDB file.
72        '''
73        EightPiSq = 8.*math.pi**2
74        self.errors = 'Error opening file'
75        file = open(filename, 'Ur')
76        Phase = {}
77        Title = ''
78        Compnd = ''
79        Atoms = []
80        A = np.zeros(shape=(3,3))
81        S = file.readline()
82        line = 1
83        SGData = None
84        cell = None
85        while S:
86            self.errors = 'Error reading at line '+str(line)
87            Atom = []
88            if 'TITLE' in S[:5]:
89                Title = S[10:72].strip()
90            elif 'COMPND    ' in S[:10]:
91                Compnd = S[10:72].strip()
92            elif 'CRYST' in S[:5]:
93                abc = S[7:34].split()
94                angles = S[34:55].split()
95                cell=[float(abc[0]),float(abc[1]),float(abc[2]),
96                    float(angles[0]),float(angles[1]),float(angles[2])]
97                Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell))
98                AA,AB = G2lat.cell2AB(cell)
99                SpGrp = S[55:65]
100                E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
101                # space group processing failed, try to look up name in table
102                if E:
103                    SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpGrp)
104                    if SpGrpNorm:
105                        E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
106                while E:
107                    dlg = wx.TextEntryDialog(parent,
108                        SpGrp[:-1]+' is invalid \nN.B.: make sure spaces separate axial fields in symbol',
109                        'ERROR in space group symbol','',style=wx.OK)
110                    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
111                        SpGrp = dlg.GetValue()
112                        E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
113                    else:
114                        SGData = G2obj.P1SGData # P 1
115                        self.warnings += '\nThe space group was not interpreted and has been set to "P 1".'
116                        self.warnings += "Change this in phase's General tab."           
117                    dlg.Destroy()
118#                SGlines = G2spc.SGPrint(SGData)
119#                for l in SGlines: print (l)
120            elif 'SCALE' in S[:5]:
121                V = S[10:41].split()
122                A[int(S[5])-1] = [float(V[0]),float(V[1]),float(V[2])]
123            elif 'ATOM' in S[:4] or 'HETATM' in S[:6]:
124                if not SGData:
125                    self.warnings += '\nThe space group was not read before atoms and has been set to "P 1". '
126                    self.warnings += "Change this in phase's General tab."
127                    SGData = G2obj.P1SGData # P 1
128                XYZ = [float(S[31:39]),float(S[39:47]),float(S[47:55])]
129                XYZ = np.inner(AB,XYZ)
130                XYZ = np.where(abs(XYZ)<0.00001,0,XYZ)
131                SytSym,Mult = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)[:2]
132                Uiso = float(S[61:67])/EightPiSq
133                Type = S[76:78].lower()
134                Atom = [S[22:27].strip(),S[17:20].upper(),S[20:22],
135                    S[12:17].strip(),Type.strip().capitalize(),'',XYZ[0],XYZ[1],XYZ[2],
136                    float(S[55:61]),SytSym,Mult,'I',Uiso,0,0,0,0,0,0]
137                if S[16] in [' ','A','B']:      #remove disorered residues - can't handle them just now
138#                    Atom[3] = Atom[3][:3]
139                    Atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
140                    Atoms.append(Atom)
141            elif 'ANISOU' in S[:6]:
142                Uij = S[30:72].split()
143                Uij = [float(Uij[0])/10000.,float(Uij[1])/10000.,float(Uij[2])/10000.,
144                    float(Uij[3])/10000.,float(Uij[4])/10000.,float(Uij[5])/10000.]
145                Atoms[-1] = Atoms[-1][:14]+Uij
146                Atoms[-1][12] = 'A'
147                Atoms[-1].append(ran.randint(0,sys.maxsize))
148            S = file.readline()
149            line += 1
150        file.close()
151        self.errors = 'Error after read complete'
152        if Title:
153            PhaseName = Title
154        elif Compnd:
155            PhaseName = Compnd
156        else:
157            PhaseName = 'None'
158        if not SGData:
159            raise self.ImportException("No space group (CRYST entry) found")
160        if not cell:
161            raise self.ImportException("No cell (CRYST entry) found")
162        Phase = G2obj.SetNewPhase(Name=PhaseName,SGData=SGData,cell=cell+[Volume,])
163        Phase['General']['Type'] = 'macromolecular'
164        Phase['General']['AtomPtrs'] = [6,4,10,12]
165        Phase['Atoms'] = Atoms
166        return Phase
167
168class EXP_ReaderClass(G2obj.ImportPhase):
169    'Routine to import Phase information from GSAS .EXP files'
170    def __init__(self):
171        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to say ImportPhase.__init__
172            extensionlist=('.EXP','.exp'),
173            strictExtension=True,
174            formatName = 'GSAS .EXP',
175            longFormatName = 'GSAS Experiment (.EXP file) import'
176            )
177       
178    def ContentsValidator(self, filename):
179        'Look for a VERSION tag in 1st line' 
180        fp = open(filename,'r')
181        if fp.read(13) == '     VERSION ':
182            fp.close()
183            return True
184        self.errors = 'File does not begin with VERSION tag'
185        fp.close()
186        return False
187
188    def Reader(self,filename,ParentFrame=None,usedRanIdList=[],**unused):
189        'Read a phase from a GSAS .EXP file using :meth:`ReadEXPPhase`'
190        self.Phase = G2obj.SetNewPhase(Name='new phase') # create a new empty phase dict
191        while self.Phase['ranId'] in usedRanIdList:
192            self.Phase['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxsize)
193        # make sure the ranId is really unique!
194        self.MPhase = G2obj.SetNewPhase(Name='new phase') # create a new empty phase dict
195        while self.MPhase['ranId'] in usedRanIdList:
196            self.MPhase['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxsize)
197        fp = open(filename,'r')
198        self.ReadEXPPhase(ParentFrame, fp)
199        fp.close()
200        return True
201
202    def ReadEXPPhase(self, G2frame,filepointer):
203        '''Read a phase from a GSAS .EXP file.
204        '''
205        shModels = ['cylindrical','none','shear - 2/m','rolling - mmm']
206        textureData = {'Order':0,'Model':'cylindrical','Sample omega':[False,0.0],
207            'Sample chi':[False,0.0],'Sample phi':[False,0.0],'SH Coeff':[False,{}],
208            'SHShow':False,'PFhkl':[0,0,1],'PFxyz':[0,0,1],'PlotType':'Pole figure'}
209        shNcof = 0
210        S = 1
211        NPhas = []
212        Expr = [{},{},{},{},{},{},{},{},{}] # GSAS can have at most 9 phases
213        for line,S in enumerate(filepointer):
214            self.errors = 'Error reading at line '+str(line+1)
215            if 'EXPR NPHAS' in S[:12]:
216                NPhas = S[12:-1].split()
217            if 'CRS' in S[:3]:
218                N = int(S[3:4])-1
219                Expr[N][S[:12]] = S[12:-1]
220        PNames = []
221        if not NPhas:
222            raise self.ImportException("No EXPR NPHAS record found")
223        self.errors = 'Error interpreting file'
224        for n,N in enumerate(NPhas):
225            if N != '0':
226                result = n
227                key = 'CRS'+str(n+1)+'    PNAM'
228                PNames.append(Expr[n][key])
229        if len(PNames) == 0:
230            raise self.ImportException("No phases found")           
231        elif len(PNames) > 1:
232            dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame, 'Which phase to read?', 'Read phase data', PNames, wx.CHOICEDLG_STYLE)
233            try:
234                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
235                    result = dlg.GetSelection() # I think this breaks is there are skipped phases. Cant this happen?
236            finally:
237                dlg.Destroy()       
238        EXPphase = Expr[result]
239        keyList = list(EXPphase.keys())
240        keyList.sort()
241        SGData = {}
242        MPtype = ''
243        if NPhas[result] == '1':
244            Ptype = 'nuclear'
245        elif NPhas[result] =='2':
246            Ptype = 'nuclear'
247            MPtype = 'magnetic'
248            MagDmin = 1.0
249        elif NPhas[result] =='3':
250            Ptype = 'magnetic'
251            MagDmin = 1.0
252        elif NPhas[result] == '4':
253            Ptype = 'macromolecular'
254        elif NPhas[result] == '10':
255            Ptype = 'Pawley'
256        else:
257            raise self.ImportException("Phase type not recognized") 
258           
259        for key in keyList:
260            if 'PNAM' in key:
261               PhaseName = EXPphase[key].strip()
262            elif 'ABC   ' in key:
263                abc = [float(EXPphase[key][:10]),float(EXPphase[key][10:20]),float(EXPphase[key][20:30])]                       
264            elif 'ANGLES' in key:
265                angles = [float(EXPphase[key][:10]),float(EXPphase[key][10:20]),float(EXPphase[key][20:30])]                                               
266            elif 'SG SYM' in key:
267                SpGrp = EXPphase[key][:15].strip()
268                E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
269                if E:
270                    SGData = G2obj.P1SGData # P 1 -- unlikely to need this!
271                    self.warnings += '\nThe GSAS space group was not interpreted(!) and has been set to "P 1".'
272                    self.warnings += "Change this in phase's General tab."                       
273            elif 'SPNFLP' in key:
274                SpnFlp = np.array([int(float(s)) for s in EXPphase[key].split()])
275                SpnFlp = np.where(SpnFlp==0,1,SpnFlp)
276                if SGData['SpGrp'][0] in ['A','B','C','I','R','F']:
277                    SpnFlp = list(SpnFlp)+[1,1,1,1]
278            elif 'MXDSTR' in key:
279                MagDmin = float(EXPphase[key][:10])               
280            elif 'OD    ' in key:
281                SHdata = EXPphase[key].split() # may not have all 9 values
282                SHvals = 9*[0]
283                for i in range(9):
284                    try:
285                        float(SHdata[i])
286                        SHvals[i] = SHdata[i]
287                    except:
288                        pass
289                textureData['Order'] = int(SHvals[0])
290                textureData['Model'] = shModels[int(SHvals[2])]
291                textureData['Sample omega'] = [False,float(SHvals[6])]
292                textureData['Sample chi'] = [False,float(SHvals[7])]
293                textureData['Sample phi'] = [False,float(SHvals[8])]
294                shNcof = int(SHvals[1])
295        Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(abc+angles))
296
297        Atoms = []
298        MAtoms = []
299        Bmat = G2lat.cell2AB(abc+angles)[1]
300        if Ptype == 'macromolecular':
301            for key in keyList:
302                if 'AT' in key[6:8]:
303                    S = EXPphase[key]
304                    Atom = [S[56:60].strip(),S[50:54].strip().upper(),S[54:56],
305                        S[46:51].strip(),S[:8].strip().capitalize(),'',
306                        float(S[16:24]),float(S[24:32]),float(S[32:40]),
307                        float(S[8:16]),'1',1,'I',float(S[40:46]),0,0,0,0,0,0]
308                    XYZ = Atom[6:9]
309                    Atom[10],Atom[11] = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)[:2]
310                    Atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
311                    Atoms.append(Atom)
312        else:
313            for key in keyList:
314                if 'AT' in key:
315                    if key[11:] == 'A':
316                        S = EXPphase[key]
317                    elif key[11:] == 'B':
318                        S1 = EXPphase[key]
319                        Atom = [S[50:58].strip(),S[:10].strip().capitalize(),'',
320                            float(S[10:20]),float(S[20:30]),float(S[30:40]),
321                            float(S[40:50]),'',int(S[60:62]),S1[62:63]]
322                            #float(S[40:50]),'',int(S[60:62]),S1[130:131]]
323                        if Atom[9] == 'I':
324                            Atom += [float(S1[0:10]),0.,0.,0.,0.,0.,0.]
325                        elif Atom[9] == 'A':
326                            Atom += [0.0,
327                                float(S1[ 0:10]),float(S1[10:20]),
328                                float(S1[20:30]),float(S1[30:40]),
329                                float(S1[40:50]),float(S1[50:60])]
330                        else:
331                            print('Error in line with key: '+key)
332                            Atom += [0.,0.,0.,0.,0.,0.,0.]
333                        XYZ = Atom[3:6]
334                        Atom[7],Atom[8] = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)[:2]
335                        Atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
336                        Atoms.append(Atom)
337                    elif key[11:] == 'M' and key[6:8] == 'AT':
338                        S = EXPphase[key]
339                        mom = np.array([float(S[:10]),float(S[10:20]),float(S[20:30])])
340                        mag = np.sqrt(np.sum(mom**2))
341                        mom = np.inner(Bmat,mom)*mag
342                        MAtoms.append(Atom)
343                        MAtoms[-1] = Atom[:7]+list(mom)+Atom[7:]
344                       
345        if shNcof:
346            shCoef = {}
347            nRec = [i+1 for i in range((shNcof-1)/6+1)]
348            for irec in nRec:
349                ODkey = keyList[0][:6]+'OD'+'%3dA'%(irec)
350                indx = EXPphase[ODkey].split()
351                ODkey = ODkey[:-1]+'B'
352                vals = EXPphase[ODkey].split()
353                for i,val in enumerate(vals):
354                    key = 'C(%s,%s,%s)'%(indx[3*i],indx[3*i+1],indx[3*i+2])
355                    shCoef[key] = float(val)
356            textureData['SH Coeff'] = [False,shCoef]
357           
358        if not SGData:
359            raise self.ImportException("No space group found in phase")
360        if not abc:
361            raise self.ImportException("No cell lengths found in phase")
362        if not angles:
363            raise self.ImportException("No cell angles found in phase")
364        if not Atoms:
365            raise self.ImportException("No atoms found in phase")
366           
367        self.Phase['General'].update({'Type':Ptype,'Name':PhaseName,'Cell':[False,]+abc+angles+[Volume,],'SGData':SGData})
368        if MPtype == 'magnetic':
369            self.MPhase['General'].update({'Type':'magnetic','Name':PhaseName+' mag','Cell':[False,]+abc+angles+[Volume,],'SGData':SGData})
370        else:
371            self.MPhase = None
372           
373        if Ptype =='macromolecular':
374            self.Phase['General']['AtomPtrs'] = [6,4,10,12]
375            self.Phase['Atoms'] = Atoms
376        elif Ptype == 'magnetic':
377            self.Phase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,10,12]
378            self.Phase['General']['SGData']['SGSpin'] = SpnFlp
379            self.Phase['General']['MagDmin'] = MagDmin
380            self.Phase['Atoms'] = MAtoms           
381        else:   #nuclear
382            self.Phase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,7,9]   
383            self.Phase['General']['SH Texture'] = textureData
384            self.Phase['Atoms'] = Atoms
385        if MPtype =='magnetic':
386            self.MPhase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,10,12]
387            self.MPhase['General']['SGData']['SGSpin'] = SpnFlp
388            self.MPhase['General']['MagDmin'] = MagDmin
389            self.MPhase['Atoms'] = MAtoms
390
391class JANA_ReaderClass(G2obj.ImportPhase):
392    'Routine to import Phase information from a JANA2006 file'
393    def __init__(self):
394        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to say ImportPhase.__init__
395            extensionlist=('.m50','.M50'),
396            strictExtension=True,
397            formatName = 'JANA m50',
398            longFormatName = 'JANA2006 phase import'
399            )
400    def ContentsValidator(self, filename):
401        '''Taking a stab a validating a .m50 file
402        (look for cell & at least one atom)
403        '''
404        fp = open(filename,'r')
405        for i,l in enumerate(fp):
406            if l.startswith('cell'):
407                break
408        else:
409            self.errors = 'no cell record found'
410            fp.close()
411            return False
412        for i,l in enumerate(fp):
413            if l.startswith('spgroup'):
414                fp.close()
415                return True
416        self.errors = 'no spgroup record found after cell record'
417        fp.close()
418        return False
419       
420    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
421        'Read a m50 file using :meth:`ReadJANAPhase`'
422        self.Phase = self.ReadJANAPhase(filename, ParentFrame)
423        return True
424       
425    def ReadJANAPhase(self,filename,parent=None):
426        '''Read a phase from a JANA2006 m50 & m40 files.
427        '''
428        self.errors = 'Error opening file'
429        fp = open(filename, 'Ur') #contains only cell & spcgroup
430        Phase = {}
431        Title = os.path.basename(filename)
432        Type = 'nuclear'
433        Atoms = []
434        Atypes = []
435        SuperVec = [[0,0,.1],False,4]
436        S = fp.readline()
437        line = 1
438        SGData = None
439        SuperSg = ''
440        cell = None
441        nqi = 0
442        version = '2000'
443        while S:
444            self.errors = 'Error reading at line '+str(line)
445            if 'title' in S and S != 'title\n':
446                Title = S.split()[1]
447            elif 'Jana2006' in S:
448                self.warnings += '\nJana2006 file detected'
449                version = '2006'
450            elif 'cell' in S[:4]:
451                cell = S[5:].split()
452                cell=[float(cell[0]),float(cell[1]),float(cell[2]),
453                    float(cell[3]),float(cell[4]),float(cell[5])]
454                Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell))
455                G,g = G2lat.cell2Gmat(cell)
456                ast = np.sqrt(np.diag(G))
457                Mast = np.multiply.outer(ast,ast)   
458               
459            elif 'spgroup' in S:
460                if 'X' in S:
461                    raise self.ImportException("Ad hoc Supersymmetry centering "+S+" not allowed in GSAS-II")           
462                SpGrp = S.split()[1]
463                SuperSg = ''
464                if '(' in SpGrp:    #supercell symmetry - split in 2
465                    SuperStr = SpGrp.split('(')
466                    SpGrp = SuperStr[0]
467                    SuperSg = '('+SuperStr[1]
468                SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpGrp)
469                E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
470                # space group processing failed, try to look up name in table
471                while E:
472                    print (G2spc.SGErrors(E))
473                    dlg = wx.TextEntryDialog(parent,
474                        SpGrp[:-1]+' is invalid \nN.B.: make sure spaces separate axial fields in symbol',
475                        'ERROR in space group symbol','',style=wx.OK)
476                    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
477                        SpGrp = dlg.GetValue()
478                        E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
479                    else:
480                        SGData = G2obj.P1SGData # P 1
481                        self.warnings += '\nThe space group was not interpreted and has been set to "P 1".'
482                        self.warnings += "Change this in phase's General tab."           
483                    dlg.Destroy()
484                G2spc.SGPrint(SGData) #silent check of space group symbol
485            elif 'qi' in S[:2]:
486                if nqi:
487                    raise self.ImportException("Supersymmetry too high; GSAS-II limited to (3+1) supersymmetry")           
488                vec = S.split()[1:]
489                SuperVec = [[float(vec[i]) for i in range(3)],False,4]
490                nqi += 1
491            elif 'atom' in S[:4]:
492                Atypes.append(S.split()[1])
493            S = fp.readline()
494            line += 1
495        fp.close()
496        #read atoms from m40 file
497        if not SGData:
498            self.warnings += '\nThe space group was not read before atoms and has been set to "P 1". '
499            self.warnings += "Change this in phase's General tab."
500            SGData = G2obj.P1SGData # P 1
501        waveTypes = ['Fourier','Sawtooth','ZigZag',]
502        filename2 = os.path.splitext(filename)[0]+'.m40'
503        file2 = open(filename2,'Ur')
504        S = file2.readline()
505        line = 1
506        self.errors = 'Error reading at line '+str(line)
507        nAtoms = int(S.split()[0])
508        for i in range(4):
509            S = file2.readline()           
510        for i in range(nAtoms):
511            S1 = file2.readline()
512            S1N = S1.split()[-3:]   # no. occ, no. pos waves, no. ADP waves
513            S1N = [int(i) for i in S1N]
514            S1T = list(S1[60:63])
515            waveType = waveTypes[int(S1T[1])]
516            Spos = []
517            Sadp = []
518            Sfrac = []
519            Smag = []
520            XYZ = [float(S1[27:36]),float(S1[36:45]),float(S1[45:54])]
521            SytSym,Mult = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)[:2]
522            aType = Atypes[int(S1[9:11])-1]
523            Name = S1[:8].strip()
524            if S1[11:15].strip() == '1':
525                S2 = file2.readline()
526                Uiso = S2[:9]
527                if version == '2000':
528                    Uiso = R2pisq*float(Uiso)/4.      #Biso -> Uiso
529                Uij = [0,0,0,0,0,0]
530                IA = 'I'
531            elif S1[11:15].strip() == '2':
532                S2 = file2.readline()
533                IA = 'A'
534                Uiso = 0.
535                Uij = [float(S2[:9]),float(S2[9:18]),float(S2[18:27]),
536                    float(S2[27:36]),float(S2[36:45]),float(S2[45:54])] #Uij in Jana2006!
537                if version == '2000':
538                    Uij = R2pisq*G2lat.UijtoU6(G2lat.U6toUij(Uij)/Mast) #these things are betaij in Jana2000! need to convert to Uij
539            for i in range(S1N[0]):
540                if not i:
541                    FS = file2.readline()
542                    Sfrac.append(FS[:9])    #'O' or 'delta' = 'length' for crenel
543                    if int(S1T[0]):  #"", "Legendre" or "Xharm" in 18:27 for "crenel"!
544                        waveType = 'Crenel/Fourier' #all waves 'Fourier' no other choice
545                Sfrac.append(file2.readline()[:18]) #if not crenel = Osin & Ocos
546                # else Osin & Ocos except last one is X40 = 'Center'
547            for i in range(S1N[1]): 
548                Spos.append(file2.readline()[:54])
549            for i in range(S1N[2]):
550                Sadp.append(file2.readline()[:54]+file2.readline())
551            if sum(S1N):    #if any waves: skip mystery line?
552                file2.readline()
553            for i,it in enumerate(Sfrac):
554                print (i,it)
555                if not i:
556                    if 'Crenel' in waveType:
557                        vals = [float(it),float(Sfrac[-1][:9])]
558                    else:
559                        vals = [float(it),]
560                else:
561                    vals = [float(it[:9]),float(it[9:18])]
562                if 'Crenel' in waveType and i == len(Sfrac)-1:
563                    del Sfrac[-1]
564                    break               
565                Sfrac[i] = [vals,False]
566                print (Sfrac[i])
567            for i,it in enumerate(Spos):
568                if waveType in ['Sawtooth',] and not i:
569                    vals = [float(it[:9]),float(it[9:18]),float(it[18:27]),float(it[27:36])]
570                else:
571                    vals = [float(it[:9]),float(it[9:18]),float(it[18:27]),float(it[27:36]),float(it[36:45]),float(it[45:54])]
572                Spos[i] = [vals,False]
573            for i,it in enumerate(Sadp):
574                vals = [float(it[:9]),float(it[9:18]),float(it[18:27]),float(it[27:36]),float(it[36:45]),float(it[45:54]),
575                    float(it[54:63]),float(it[63:72]),float(it[72:81]),float(it[81:90]),float(it[90:99]),float(it[99:108])]
576                #these are betaij modulations in Jana2000! need to convert to Uij modulations
577                if version == '2000':               
578                    vals[:6] = R2pisq*G2lat.UijtoU6(G2lat.U6toUij(vals[:6])/Mast)    #convert sin bij to Uij
579                    vals[6:] = R2pisq*G2lat.UijtoU6(G2lat.U6toUij(vals[6:])/Mast)    #convert cos bij to Uij
580                Sadp[i] = [vals,False]
581            Atom = [Name,aType,'',XYZ[0],XYZ[1],XYZ[2],1.0,SytSym,Mult,IA,Uiso]
582            Atom += Uij
583            Atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
584            Atom.append([])
585            Atom.append([])
586            Atom.append({'SS1':{'waveType':waveType,'Sfrac':Sfrac,'Spos':Spos,'Sadp':Sadp,'Smag':Smag}})    #SS2 is for (3+2), etc.
587            Atoms.append(Atom)
588        file2.close()
589        self.errors = 'Error after read complete'
590        if not SGData:
591            raise self.ImportException("No space group (spcgroup entry) found")
592        if not cell:
593            raise self.ImportException("No cell found")
594        Phase = G2obj.SetNewPhase(Name=Title,SGData=SGData,cell=cell+[Volume,])
595        Phase['General']['Type'] = Type
596        Phase['General']['Modulated'] = True
597        Phase['General']['Super'] = nqi
598        Phase['General']['SuperVec'] = SuperVec
599        Phase['General']['SuperSg'] = SuperSg
600        if SuperSg:
601            Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(SGData,SuperSg)[1]
602        Phase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,7,9]
603        Phase['Atoms'] = Atoms
604        return Phase
605   
606class PDF_ReaderClass(G2obj.ImportPhase):
607    'Routine to import Phase information from ICDD PDF Card files'
608    def __init__(self):
609        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to say ImportPhase.__init__
610            extensionlist=('.str',),
611            strictExtension=True,
612            formatName = 'ICDD .str',
613            longFormatName = 'ICDD PDF Card (.str file) import'
614            )
615       
616    def ContentsValidator(self, filename):
617        'Look for a str tag in 1st line' 
618        fp = open(filename,'r')
619        if fp.read(3) == 'str':
620            fp.close()
621            return True
622        self.errors = 'File does not begin with str tag'
623        fp.close()
624        return False
625
626    def Reader(self,filename, ParentFrame=None, **unused):
627        'Read phase from a ICDD .str file using :meth:`ReadPDFPhase`'
628        fp = open(filename,'r')
629        self.Phase = self.ReadPDFPhase(ParentFrame, fp)
630        fp.close()
631        return True
632
633    def ReadPDFPhase(self, G2frame,fp):
634        '''Read a phase from a ICDD .str file.
635        '''
636        EightPiSq = 8.*math.pi**2
637        self.errors = 'Error opening file'
638        Phase = {}
639        Atoms = []
640        S = fp.readline()
641        line = 1
642        SGData = None
643        cell = []
644        cellkey = []
645        while S:
646            if 'space_group' in S:
647                break
648            S = fp.readline()                   
649        while S:
650            self.errors = 'Error reading at line '+str(line)
651            if 'phase_name' in S:
652                Title = S.split('"')[1]
653            elif 'Space group (HMS)' in S:
654                SpGrp = S.split()[-1]
655                SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpGrp)
656                E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
657                # space group processing failed, try to look up name in table
658                while E:
659                    print (G2spc.SGErrors(E))
660                    dlg = wx.TextEntryDialog(G2frame,
661                        SpGrp[:-1]+' is invalid \nN.B.: make sure spaces separate axial fields in symbol',
662                        'ERROR in space group symbol','',style=wx.OK)
663                    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
664                        SpGrp = dlg.GetValue()
665                        E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
666                    else:
667                        SGData = G2obj.P1SGData # P 1
668                        self.warnings += '\nThe space group was not interpreted and has been set to "P 1".'
669                        self.warnings += "Change this in phase's General tab."           
670                    dlg.Destroy()
671                G2spc.SGPrint(SGData) #silent check of space group symbol
672            elif 'a a_' in S[:7]:
673                data = S.split()
674                cell.append(float(data[2]))
675                cellkey.append(data[1])
676            elif 'b b_' in S[:7]:
677                data = S.split()
678                cell.append(float(data[2]))
679                cellkey.append(data[1])
680            elif 'b =' in S[:6]:
681                data = S.split('=')
682                indx = cellkey.index(data[1].split(';')[0])
683                cell.append(cell[indx])
684            elif 'c c_' in S[:7]:
685                data = S.split()
686                cell.append(float(data[2]))
687            elif 'c =' in S[:6]:
688                data = S.split('=')
689                indx = cellkey.index(data[1].split(';')[0])
690                cell.append(cell[indx])
691            elif 'al' in S[:5]:
692                cell.append(float(S.split()[1]))
693            elif 'be' in S[:5]:
694                cell.append(float(S.split()[1]))
695            elif 'ga' in S[:5]:
696                cell.append(float(S.split()[1]))
697                Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell))
698                break
699            S = fp.readline()
700        S = fp.readline()
701        while S:
702            if '/*' in S[:5]:
703                break
704            if 'site' in S[:7]:
705                atom = []
706                xyzkey = []
707                data = S.split()
708                atom.append(data[1])    #name
709                pos = data.index('occ')+1
710                atom.append(data[pos])  #type
711                atom.append('')         #refine
712                for xid in ['x =','y =','z =']:
713                    if xid in S:
714                        xpos = S.index(xid)+3
715                        xend = xpos+S[xpos:].index(';')
716                        if S[xpos:xend] in xyzkey:
717                            atom.append(atom[3+xyzkey.index(S[xpos:xend])])
718                        else:
719                            atom.append(eval(S[xpos:xend]+'.'))
720                    else:
721                        xpos = data.index(xid[0])+2
722                        xyzkey.append(data[xpos-1][1:])
723                        atom.append(float(data[xpos]))
724                atom.append(float(data[pos+2]))
725                SytSym,Mult = G2spc.SytSym(np.array(atom[3:6]),SGData)[:2]
726                atom.append(SytSym)
727                atom.append(Mult)
728                if 'beq' in S:
729                    atom.append('I')
730                    upos = data.index('beq')
731                    atom.append(float(data[upos+2])/EightPiSq)
732                    atom += [0.,0.,0.,0.,0.,0.,]
733                elif 'ADPs' in S:
734                    upos = data.index('ADPs')
735                    atom.append('A')
736                    atom.append(0.0)
737                    for uid in ['Bani11','Bani22','Bani33','Bani12','Bani13','Bani23']:
738                        upos = data.index(uid)+1
739                        atom.append(float(data[upos])/EightPiSq)
740                else:
741                    atom.append('I')
742                    atom += [0.02,0.,0.,0.,0.,0.,0.,]                   
743                atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
744                Atoms.append(atom)
745            S = fp.readline()               
746        fp.close()
747        self.errors = 'Error after read complete'
748        if not SGData:
749            raise self.ImportException("No space group (spcgroup entry) found")
750        if not cell:
751            raise self.ImportException("No cell found")
752        Phase = G2obj.SetNewPhase(Name=Title,SGData=SGData,cell=cell+[Volume,])
753        Phase['General']['Type'] = 'nuclear'
754        Phase['General']['AtomPtrs'] = [3,1,7,9]
755        Phase['Atoms'] = Atoms
756        return Phase
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.