source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2726

Last change on this file since 2726 was 2726, checked in by vondreele, 8 years ago

fix data window resizing problem after DoRefine?
trap Pawley issues where no histograms are defined
  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 231.8 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-02-27 16:24:00 +0000 (Mon, 27 Feb 2017) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 2726 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2726 2017-02-27 16:24:00Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import sys
23import os
24import random as ran
25import numpy as np
26import numpy.ma as ma
27import scipy.optimize as so
28import GSASIIpath
29GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2726 $")
30import GSASIImath as G2mth
31import GSASIIIO as G2IO
32import GSASIIstrIO as G2stIO
33import GSASIIlattice as G2lat
34import GSASIIplot as G2plt
35import GSASIIpwdGUI as G2pdG
36import GSASIIimgGUI as G2imG
37import GSASIIphsGUI as G2phG
38import GSASIIspc as G2spc
39import GSASIImapvars as G2mv
40import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
41import GSASIIrestrGUI as G2restG
42import GSASIIpy3 as G2py3
43import GSASIIobj as G2obj
44import GSASIIexprGUI as G2exG
45import GSASIIlog as log
46import GSASIIctrls as G2G
47
48# trig functions in degrees
49sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
50tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
51cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
52
53# Define a short name for convenience
54WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
55
56[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
57    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
58    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
59    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
60] = [wx.NewId() for item in range(17)]
61
62[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
63    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
64] = [wx.NewId() for item in range(10)]
65
66[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
67    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
68    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
69    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
70    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
71    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
72] = [wx.NewId() for item in range(21)]
73
74[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
75    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
76    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
77    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,wxID_DRWAEDITRADII,
78] = [wx.NewId() for item in range(15)]
79
80[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
81] = [wx.NewId() for item in range(4)]
82
83[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
84] = [wx.NewId() for item in range(5)]
85
86[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
87] = [wx.NewId() for item in range(2)]
88
89[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_LAYERSFIT, wxID_COPYPHASE,
90] = [wx.NewId() for item in range(5)]
91
92[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
93  wxID_PAWLEYSELTOGGLE, wxID_PAWLEYSET, 
94] = [wx.NewId() for item in range(7)]
95
96[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
97    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
98    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, wxID_IMXFERCONTROLS,wxID_IMRESETDIST,
99] = [wx.NewId() for item in range(14)]
100
101[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
102    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,wxID_MASKLOADNOT,wxID_FINDSPOTS,wxID_DELETESPOTS
103] = [wx.NewId() for item in range(11)]
104
105[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
106    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,
107] = [wx.NewId() for item in range(9)]
108
109[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
110    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
111    wxID_MAKEBACKRDF,
112] = [wx.NewId() for item in range(13)]
113
114[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
115    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
116] = [wx.NewId() for item in range(9)]
117
118[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
119    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
120] = [wx.NewId() for item in range(8)]
121
122[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
123    wxID_EXPORTCELLS,
124] = [wx.NewId() for item in range(6)]
125
126[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
127  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
128] = [wx.NewId() for item in range(10)]
129
130[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
131    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
132] = [wx.NewId() for item in range(7)]
133
134[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
135    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
136    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
137] = [wx.NewId() for item in range(10)]
138
139[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
140  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
141  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
142] = [wx.NewId() for item in range(17)]
143
144[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
145    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
146    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
147] = [wx.NewId() for item in range(12)]
148
149[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
150] = [wx.NewId() for item in range(5)]
151
152[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, wxID_PDFCOMPUTE, 
153    wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT, wxID_PDFPKSFIT,
154    wxID_PDFPKSFITALL,wxID_PDFCOPYPEAKS,wxID_CLEARPDFPEAKS,
155] = [wx.NewId() for item in range(11)]
156
157[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
158] = [wx.NewId() for item in range(4)]
159
160VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
161
162commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
163    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
164    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
165    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
166    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
167    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
168    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
169    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
170    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
171    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
172    'abc*':np.eye(3), }
173commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
174    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
175
176# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
177
178################################################################################
179#### GSAS-II class definitions
180################################################################################
181
182class SGMessageBox(wx.Dialog):
183    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
184    in two blocks
185    '''
186    def __init__(self,parent,title,text,table,):
187        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
188            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
189        self.text = text
190        self.table = table
191        self.panel = wx.Panel(self)
192        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
193        mainSizer.Add((0,10))
194        for line in text:
195            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
196        ncol = self.table[0].count(',')+1
197        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
198        for j,item in enumerate(self.table):
199            num,flds = item.split(')')
200            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
201            flds = flds.replace(' ','').split(',')
202            for i,fld in enumerate(flds):
203                if i < ncol-1:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205                else:
206                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
207            if not j%2:
208                tableSizer.Add((20,0))
209        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
210        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
211        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
212        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
213        OKbtn.SetDefault()
214        btnsizer.AddButton(OKbtn)
215        btnsizer.Realize()
216        mainSizer.Add((0,10))
217        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
218        self.panel.SetSizer(mainSizer)
219        self.panel.Fit()
220        self.Fit()
221        size = self.GetSize()
222        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
223
224    def Show(self):
225        '''Use this method after creating the dialog to post it
226        '''
227        self.ShowModal()
228        return
229
230    def OnOk(self,event):
231        parent = self.GetParent()
232        parent.Raise()
233        self.EndModal(wx.ID_OK)
234
235class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
236    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
237    '''
238    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
239        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
240            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
241        self.text = text
242        self.table = table
243        self.names = names
244        self.spins = spins
245        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
246        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
247        mainSizer.Add((0,10))
248        first = text[0].split(':')[-1].strip()
249        cents = [0,]
250        if 'P' != first[0]:
251            cents = text[-1].split(';')
252        for line in text:
253            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
254        ncol = self.table[0].count(',')+2
255        for ic,cent in enumerate(cents):
256            if cent:
257                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
258                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
259            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
260            for j,item in enumerate(self.table):
261                flds = item.split(')')[1]
262                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
263                flds = flds.replace(' ','').split(',')
264                for i,fld in enumerate(flds):
265                    if i < ncol-1:
266                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
267                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
268                    else:
269                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
270                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
271                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
272                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
273                    text.SetForegroundColour('Red')
274                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
275                if not j%2:
276                    tableSizer.Add((20,0))
277            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
278           
279        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
280        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
281        OKbtn.SetDefault()
282        btnsizer.AddButton(OKbtn)
283        btnsizer.Realize()
284        mainSizer.Add((0,10))
285        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
286        self.panel.SetSizer(mainSizer)
287        size = np.array(self.GetSize())
288        self.panel.SetupScrolling()
289        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
290        self.panel.SetSize(size)
291        self.panel.SetAutoLayout(1)
292
293    def Show(self):
294        '''Use this method after creating the dialog to post it
295        '''
296        self.ShowModal()
297        return   
298
299################################################################################
300class SymOpDialog(wx.Dialog):
301    '''Class to select a symmetry operator
302    '''
303    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
304        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
305            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
306        panel = wx.Panel(self)
307        self.SGData = SGData
308        self.New = New
309        self.Force = ForceUnit
310        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
311        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
312        if ForceUnit:
313            choice = ['No','Yes']
314            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
315            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
316            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
317#        if SGData['SGInv']:
318        choice = ['No','Yes']
319        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
320        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
321        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
322        if SGData['SGLatt'] != 'P':
323            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
324            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
325            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
326            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
327        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
328            Ncol = 2
329        else:
330            Ncol = 3
331        OpList = []
332        for Opr in SGData['SGOps']:
333            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
334        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
335            majorDimension=Ncol)
336        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
337        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
338        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
339        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
340        cellName = ['X','Y','Z']
341        self.cell = []
342        for i in range(3):
343            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
344            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
345            self.cell[-1].SetValue(0)
346            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
347            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
348        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
349        if self.New:
350            choice = ['No','Yes']
351            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
352            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
353            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
354
355        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
356        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
357        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
358        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
359        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
360        btnSizer.Add((20,20),1)
361        btnSizer.Add(OkBtn)
362        btnSizer.Add((20,20),1)
363        btnSizer.Add(cancelBtn)
364        btnSizer.Add((20,20),1)
365
366        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
367        panel.SetSizer(mainSizer)
368        panel.Fit()
369        self.Fit()
370
371    def OnOpSelect(self,event):
372#        if self.SGData['SGInv']:
373        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
374        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
375            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
376        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
377        for i in range(3):
378            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
379        if self.New:
380            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
381        if self.Force:
382            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
383
384    def GetSelection(self):
385        return self.OpSelected
386
387    def OnOk(self,event):
388        parent = self.GetParent()
389        parent.Raise()
390        self.EndModal(wx.ID_OK)
391
392    def OnCancel(self,event):
393        parent = self.GetParent()
394        parent.Raise()
395        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
396       
397################################################################################
398class SphereEnclosure(wx.Dialog):
399    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
400   
401    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
402    :param general: general data (includes drawing data)
403    :param atoms: drawing atoms data
404    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
405   
406    '''
407    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
408        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
409            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
410        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
411        self.General = general
412        self.Drawing = drawing
413        self.indx = indx
414        self.Sphere = 1.0
415        self.centers = []
416        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
417       
418        self.Draw()
419       
420    def Draw(self):
421       
422        def OnRadius(event):
423            event.Skip()
424            try:
425                val = float(radius.GetValue())
426                if val < 0.5:
427                    raise ValueError
428                self.Sphere = val
429            except ValueError:
430                pass
431            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
432           
433        def OnAtomType(event):
434            Obj = event.GetEventObject()
435            id = Ind[Obj.GetId()]
436            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
437       
438        self.panel.Destroy()
439        self.panel = wx.Panel(self)
440        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
441        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
442        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
443        atoms = []
444        if len(self.indx):
445            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
446            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
447#            print self.Drawing.keys()
448            for id in self.indx:
449                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
450                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
451                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
452            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
453                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
454        else:
455            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
456            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
457        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
458        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
459        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
460        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
461        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
462        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
463        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
464        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
465        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
466        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
467        Ind = {}
468        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
469            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
470            atm.SetValue(item[1])
471            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
472            Ind[atm.GetId()] = i
473            atSizer.Add(atm,0,WACV)
474        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
475       
476        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
477        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
478        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
479        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
480        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
481        btnSizer.Add((20,20),1)
482        btnSizer.Add(OkBtn)
483        btnSizer.Add((20,20),1)
484        btnSizer.Add(cancelBtn)
485        btnSizer.Add((20,20),1)
486       
487        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
488        self.panel.SetSizer(mainSizer)
489        self.panel.Fit()
490        self.Fit()
491       
492    def GetSelection(self):
493        used = []
494        for atm in self.atomTypes:
495            if atm[1]:
496                used.append(str(atm[0]))
497        return self.centers,self.Sphere,used
498
499    def OnOk(self,event):
500        parent = self.GetParent()
501        parent.Raise()
502        self.EndModal(wx.ID_OK)
503
504    def OnCancel(self,event):
505        parent = self.GetParent()
506        parent.Raise()
507        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
508       
509################################################################################
510class TransformDialog(wx.Dialog):
511    ''' Phase transformation
512   
513    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
514    :param phase: phase data
515   
516    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
517    '''
518    def __init__(self,parent,phase):
519        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
520            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
521        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
522        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
523#        self.Super = phase['General']['Super']
524#        if self.Super:
525#            self.Trans = np.eye(4)
526#            self.Vec = np.zeros(4)
527#        else:
528        self.Trans = np.eye(3)
529        self.Vec = np.zeros(3)
530        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
531        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
532        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
533        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
534        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
535        self.Common = 'abc'
536        self.ifMag = False
537        self.ifConstr = True
538        self.Draw()
539
540    def Draw(self):
541               
542        def OnMatValue(event):
543            event.Skip()
544            Obj = event.GetEventObject()
545            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
546            val = Obj.GetValue()
547            try:
548                if '/' in val:
549                    vals = val.split('/')
550                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
551                else:   
552                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
553            except ValueError:
554                pass
555            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
556           
557        def OnVecValue(event):
558            event.Skip()
559            Obj = event.GetEventObject()
560            iy = Ind[Obj.GetId()]
561            val = Obj.GetValue()
562            try:
563                if '/' in val:
564                    vals = val.split('/')
565                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
566                else:   
567                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
568            except ValueError:
569                pass
570            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
571               
572        def OnCommon(event):
573            Obj = event.GetEventObject()
574            self.Common = Obj.GetValue()
575            if '*' in self.Common:
576                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
577                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
578                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
579                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
580                self.newSpGrp = 'P 1'
581                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
582                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
583            else:
584                self.Trans = commonTrans[self.Common]
585            OnTest(event)
586       
587        def OnSpaceGroup(event):
588            event.Skip()
589            Flds = SGTxt.GetValue().split()
590            Flds[0] = Flds[0].upper()
591            #get rid of extra spaces between fields first
592            for fld in Flds: fld = fld.strip()
593            SpcGp = ' '.join(Flds)
594            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
595                return
596            # try a lookup on the user-supplied name
597            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
598            if SpGrpNorm:
599                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
600            else:
601                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
602            if SGErr:
603                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
604                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
605                msg = 'Space Group Error'
606                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
607                Text = '\n'.join(text)
608                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
609            else:
610                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
611                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
612                self.newSpGrp = SpcGp
613                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
614                msg = 'Space Group Information'
615                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
616            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
617                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
618                if SGData['SGInv']:
619                    Nops *= 2
620                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
621#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
622#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
623#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
624
625        def OnTest(event):
626            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
627            wx.CallAfter(self.Draw)
628           
629        def OnMag(event):
630            self.ifMag = mag.GetValue()
631           
632        def OnConstr(event):
633            self.ifConstr = constr.GetValue()
634
635        self.panel.Destroy()
636        self.panel = wx.Panel(self)
637        Ind = {}
638        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
639        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
640        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
641        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
642#        if self.Super:
643#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
644#        else:
645        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
646        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
647        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
648            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
649        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
650        commonSizer.Add(common,0,WACV)
651        transSizer.Add(commonSizer)
652        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
653        for iy,line in enumerate(self.Trans):
654            for ix,val in enumerate(line):
655                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
656                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
657                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
658                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
659                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
660                Trmat.Add(item)
661            Trmat.Add((25,0),0)
662            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
663                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
664            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
665            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
666            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
667            Trmat.Add(vec)
668        transSizer.Add(Trmat)
669        MatSizer.Add((10,0),0)
670        MatSizer.Add(transSizer)
671        mainSizer.Add(MatSizer)
672        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
673        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
674            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
675        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
676            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
678        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
680            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
682            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
683        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
684        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
685        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
686        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
687        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
688        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
689        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
690        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
691        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
692            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
693            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
694            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
695            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
696                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
697            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
698            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
699                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
700            constr.SetValue(self.ifConstr)
701            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
702            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
703
704        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
705        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
706        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
707        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
708        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
709        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
710        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
711        btnSizer.Add((20,20),1)
712        btnSizer.Add(TestBtn)
713        btnSizer.Add((20,20),1)
714        btnSizer.Add(OkBtn)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716        btnSizer.Add(cancelBtn)
717        btnSizer.Add((20,20),1)
718       
719        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
720        self.panel.SetSizer(mainSizer)
721        self.panel.Fit()
722        self.Fit()
723       
724    def GetSelection(self):
725        if self.ifMag:
726            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
727        else:
728            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
729        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
730        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
731
732    def OnOk(self,event):
733        parent = self.GetParent()
734        parent.Raise()
735        self.EndModal(wx.ID_OK)
736
737    def OnCancel(self,event):
738        parent = self.GetParent()
739        parent.Raise()
740        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
741################################################################################
742class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
743    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
744    '''
745    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
746        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
747            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
748        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
749        self.Atoms = Atoms
750        self.atCodes = atCodes
751        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
752        self.Draw()
753       
754    def Draw(self):
755       
756        def OnUseChk(event):
757            Obj = event.GetEventObject()
758            iuse = Indx[Obj.GetId()]
759            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
760            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
761       
762        self.panel.Destroy()
763        self.panel = wx.Panel(self)
764        Indx = {}
765        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
766       
767        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
768        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
769        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
770            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
771            Indx[useChk.GetId()] = iuse
772            useChk.SetValue(use)
773            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
774            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
775            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
776            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
777        mainSizer.Add(atmSizer)
778       
779        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
780        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
781        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
782        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
783        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
784        btnSizer.Add((20,20),1)
785        btnSizer.Add(OkBtn)
786        btnSizer.Add((20,20),1)
787        btnSizer.Add(cancelBtn)
788        btnSizer.Add((20,20),1)
789       
790        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
791        self.panel.SetSizer(mainSizer)
792        self.panel.Fit()
793        self.Fit()
794       
795    def GetSelection(self):
796        useAtoms = []
797        useatCodes = []
798        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
799            if use:
800                useAtoms.append(atom)
801                useatCodes.append(code)
802        return useAtoms,useatCodes
803
804    def OnOk(self,event):
805        parent = self.GetParent()
806        parent.Raise()
807        self.EndModal(wx.ID_OK)
808
809    def OnCancel(self,event):
810        parent = self.GetParent()
811        parent.Raise()
812        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
813           
814               
815################################################################################
816class RotationDialog(wx.Dialog):
817    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
818    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
819    vector/origin + translation
820   
821    '''
822    def __init__(self,parent):
823        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
824            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
825        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
826        self.Trans = np.eye(3)
827        self.Vec = np.zeros(3)
828        self.rotAngle = 0.
829        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
830        self.Expand = ''
831        self.Draw()
832
833    def Draw(self):
834
835        def OnMatValue(event):
836            event.Skip()
837            Obj = event.GetEventObject()
838            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
839            val = Obj.GetValue()
840            if '/' in val:
841                vals = val.split('/')
842                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
843            else:   
844                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
845            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
846           
847           
848        def OnVecValue(event):
849            event.Skip()
850            Obj = event.GetEventObject()
851            iy = Ind[Obj.GetId()]
852            val = Obj.GetValue()
853            if '/' in val:
854                vals = val.split('/')
855                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
856            else:   
857                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
858            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
859           
860        def OnExpand(event):
861            self.Expand = expand.GetValue()
862           
863        def OnRotAngle(event):
864            event.Skip()
865            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
866            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
867            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
868            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
869            self.Draw()
870           
871        def OnRotVec(event):
872            event.Skip()
873            vals = rotvec.GetValue()
874            vals = vals.split()
875            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
876            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
877            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
878            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
879            self.Draw()
880           
881        self.panel.Destroy()
882        self.panel = wx.Panel(self)
883        Ind = {}
884        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
885        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
886        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
887        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
888            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
889        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
890        for iy,line in enumerate(self.Trans):
891            for ix,val in enumerate(line):
892                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
893                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
894                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
895                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
896                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
897                Trmat.Add(item)
898            Trmat.Add((25,0),0)
899            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
900                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
901            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
902            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
903            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
904            Trmat.Add(vec)
905        transSizer.Add(Trmat)
906        MatSizer.Add((10,0),0)
907        MatSizer.Add(transSizer)
908        mainSizer.Add(MatSizer)
909        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
910        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
911        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
912            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
913        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
914        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
915        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
916        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
917        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
918            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
919        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
920        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
921        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
922        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
923        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
924        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
925        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
926        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
927            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
928        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
929        expandBox.Add(expand,0,WACV)
930        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
931        mainSizer.Add(expandBox)
932               
933        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
934        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
935        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
936        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
937        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
938        btnSizer.Add((20,20),1)
939        btnSizer.Add(OkBtn)
940        btnSizer.Add((20,20),1)
941        btnSizer.Add(cancelBtn)
942        btnSizer.Add((20,20),1)
943       
944        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
945        self.panel.SetSizer(mainSizer)
946        self.panel.Fit()
947        self.Fit()
948
949    def GetSelection(self):
950        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
951
952    def OnOk(self,event):
953        parent = self.GetParent()
954        parent.Raise()
955        self.EndModal(wx.ID_OK)
956
957    def OnCancel(self,event):
958        parent = self.GetParent()
959        parent.Raise()
960        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
961       
962################################################################################
963class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
964    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
965    '''
966    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
967        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
968            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
969        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
970        self.ctrls = ctrls
971        self.calcType = 'powder pattern'
972        self.plane = 'h0l'
973        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
974        self.lmax = '2'
975        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
976        self.Parms = parms
977        self.Parm = None
978        if self.Parms != None:
979            self.Parm = self.Parms[0]
980        self.parmRange = [0.,1.]
981        self.parmStep = 2
982        self.Inst = 'Gaussian'
983        self.Draw()
984       
985    def Draw(self):
986       
987        def OnCalcType(event):
988            self.calcType = calcType.GetValue()
989            wx.CallAfter(self.Draw)
990           
991        def OnPlane(event):
992            self.plane = plane.GetValue()
993           
994        def OnMaxL(event):
995            self.lmax = lmax.GetValue()
996           
997        def OnParmSel(event):
998            self.Parm = parmsel.GetValue()
999           
1000        def OnNumStep(event):
1001            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1002           
1003        def OnParmRange(event):
1004            event.Skip()
1005            vals = parmrange.GetValue().split()
1006            try:
1007                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1008            except ValueError:
1009                vals = self.parmRange
1010            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1011            self.parmRange = vals
1012           
1013        def OnInstSel(event):
1014            self.Inst = instsel.GetValue()
1015       
1016        self.panel.Destroy()
1017        self.panel = wx.Panel(self)
1018        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1019        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1020        if self.Parms:
1021            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1022        else:
1023            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1024            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1025            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1026            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1027                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1028            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1029            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1030            mainSizer.Add(calcSizer)
1031        if self.Parms:
1032            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1033            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1034            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1035                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1036            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1037            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1038            mainSizer.Add(parmSel)
1039            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1040            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1041            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1042            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1043                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1044            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1045            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1046            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1047            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1048                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1049            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1050            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1051            mainSizer.Add(parmRange)           
1052        if 'selected' in self.calcType:
1053            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1054            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1055            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1056                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1057            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1058            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1059            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1060            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1061                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1062            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1063            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1064            mainSizer.Add(planeSizer)
1065        else:
1066            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1067            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1068            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1069            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1070                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1071            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1072            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1073            mainSizer.Add(instSizer)
1074        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1075        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1076        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1077        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1078        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1079        btnSizer.Add((20,20),1)
1080        btnSizer.Add(OkBtn)
1081        btnSizer.Add((20,20),1)
1082        btnSizer.Add(cancelBtn)
1083        btnSizer.Add((20,20),1)
1084       
1085        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1086        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1087        self.panel.Fit()
1088        self.Fit()
1089       
1090    def GetSelection(self):
1091        if 'powder' in self.calcType:
1092            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1093        elif 'selected' in self.calcType:
1094            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1095
1096    def OnOk(self,event):
1097        parent = self.GetParent()
1098        parent.Raise()
1099        self.EndModal(wx.ID_OK)
1100
1101    def OnCancel(self,event):
1102        parent = self.GetParent()
1103        parent.Raise()
1104        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1105           
1106       
1107################################################################################
1108class MergeDialog(wx.Dialog):
1109    ''' HKL transformation & merge dialog
1110   
1111    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1112    :param data: HKLF data
1113   
1114    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1115    '''       
1116    def __init__(self,parent,data):
1117        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1118            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1119        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1120        self.data = data
1121        self.Super = data[1]['Super']
1122        if self.Super:
1123            self.Trans = np.eye(4)
1124        else:
1125            self.Trans = np.eye(3)
1126        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1127        self.Laue = '1'
1128        self.Class = 'triclinic'
1129        self.Common = 'abc'
1130        self.Draw()
1131       
1132    def Draw(self):
1133               
1134        def OnMatValue(event):
1135            event.Skip()
1136            Obj = event.GetEventObject()
1137            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1138            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1139               
1140        def OnCent(event):
1141            Obj = event.GetEventObject()
1142            self.Cent = Obj.GetValue()
1143            self.Laue = ''
1144            wx.CallAfter(self.Draw)
1145           
1146        def OnLaue(event):
1147            Obj = event.GetEventObject()
1148            self.Laue = Obj.GetValue()
1149            wx.CallAfter(self.Draw)
1150           
1151        def OnClass(event):
1152            Obj = event.GetEventObject()
1153            self.Class = Obj.GetValue()
1154            self.Laue = ''
1155            wx.CallAfter(self.Draw)
1156           
1157        def OnCommon(event):
1158            Obj = event.GetEventObject()
1159            self.Common = Obj.GetValue()
1160            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1161            wx.CallAfter(self.Draw)
1162       
1163        self.panel.Destroy()
1164        self.panel = wx.Panel(self)
1165        Ind = {}
1166        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1167        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1168        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1169        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1170        if self.Super:
1171            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1172        else:
1173            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1174            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1175            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1176                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1177            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1178            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1179            transSizer.Add(commonSizer)
1180            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1181        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1182            for ix,val in enumerate(line):
1183                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1184                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1185                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1186                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1187                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1188                Trmat.Add(item)
1189        transSizer.Add(Trmat)
1190        MatSizer.Add((10,0),0)
1191        MatSizer.Add(transSizer)
1192        mainSizer.Add(MatSizer)
1193        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1194        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1195            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1196            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1197        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1198            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1199            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1200            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1201            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1202        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1203        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1204        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1205            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1206        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1207        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1208        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1209        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1210            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1211        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1212        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1213        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1214        mergeSizer.Add((10,0),0)
1215        Choice = centroLaue[self.Class]
1216        if 'non' in self.Cent:
1217            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1218        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1219            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1220        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1221        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1222        mainSizer.Add(mergeSizer)
1223
1224        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1225        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1226        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1227        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1228        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1229        btnSizer.Add((20,20),1)
1230        if self.Laue:
1231            btnSizer.Add(OkBtn)
1232            btnSizer.Add((20,20),1)
1233        btnSizer.Add(cancelBtn)
1234        btnSizer.Add((20,20),1)
1235       
1236        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1237        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1238        self.panel.Fit()
1239        self.Fit()
1240       
1241    def GetSelection(self):
1242        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1243
1244    def OnOk(self,event):
1245        parent = self.GetParent()
1246        parent.Raise()
1247        self.EndModal(wx.ID_OK)
1248
1249    def OnCancel(self,event):
1250        parent = self.GetParent()
1251        parent.Raise()
1252        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1253
1254       
1255################################################################################
1256class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1257    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1258    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1259   
1260    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1261    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1262    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1263      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1264    '''
1265    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1266        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1267            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1268        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1269        self.Neigh = Neigh
1270        self.phase = phase
1271        self.Hatoms = []
1272        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1273           
1274    def Draw(self,Neigh,phase):
1275        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1276        by :meth:`__init__`.
1277        '''
1278        def OnHSelect(event):
1279            Obj = event.GetEventObject()
1280            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1281            for obj in Indx[item]:
1282                obj.SetValue(False)
1283            Obj.SetValue(True)
1284            self.Neigh[item][2] = i
1285           
1286        def OnBond(event):
1287            Obj = event.GetEventObject()
1288            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1289            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1290           
1291        self.panel.Destroy()
1292        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1293        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1294        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1295            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1296        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1297        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1298        nHatms = ['0','1','2','3']
1299        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1300        Indx = {}
1301        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1302            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1303            nH = 1      #for O atom
1304            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1305                nH = 4-len(neigh[1][0])
1306            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1307            Ids = []
1308            for i in range(nH+1):
1309                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1310                if i == neigh[2]:
1311                    nHs.SetValue(True)
1312                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1313                Ids.append(nHs)
1314                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1315                checks.Add(nHs,0,WACV)
1316            Indx[inei] = Ids
1317            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1318            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1319            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1320                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1321                Bond.SetValue(bond[2])
1322                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1323                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1324                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1325            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1326        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1327
1328        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1329        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1330        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1331        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1332        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1333        btnSizer.Add((20,20),1)
1334        btnSizer.Add(OkBtn)
1335        btnSizer.Add((20,20),1)
1336        btnSizer.Add(CancelBtn)
1337        btnSizer.Add((20,20),1)
1338        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1339        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1340        size = np.array(self.GetSize())
1341        self.panel.SetupScrolling()
1342        self.panel.SetAutoLayout(1)
1343        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1344        self.panel.SetSize(size)
1345       
1346    def GetData(self):
1347        'Returns the values from the dialog'
1348        for neigh in self.Neigh:
1349            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1350                if not bond[2]:
1351                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1352            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1353        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1354       
1355    def OnOk(self,event):
1356        'Called when the OK button is pressed'
1357        parent = self.GetParent()
1358        parent.Raise()
1359        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1360
1361    def OnCancel(self,event):
1362        parent = self.GetParent()
1363        parent.Raise()
1364        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1365
1366################################################################################
1367class DisAglDialog(wx.Dialog):
1368    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1369    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1370    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1371
1372    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1373    :param dict data: a dict containing the current
1374      search ranges or an empty dict, which causes default values
1375      to be used.
1376      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1377      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1378    :param dict default:  A dict containing the default
1379      search ranges for each element.
1380    :param bool Reset: if True (default), show Reset button
1381    :param bool Angle: if True (default), show angle radii
1382    '''
1383    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True,Angle=True):
1384        text = 'Distance Angle Controls'
1385        if not Angle:
1386            text = 'Distance Controls'
1387        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,text, 
1388            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1389        self.default = default
1390        self.Reset = Reset
1391        self.Angle = Angle
1392        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1393        self._default(data,self.default)
1394        self.Draw(self.data)
1395               
1396    def _default(self,data,default):
1397        '''Set starting values for the search values, either from
1398        the input array or from defaults, if input is null
1399        '''
1400        if data:
1401            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1402        else:
1403            self.data = {}
1404            self.data['Name'] = default['Name']
1405            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1406            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1407            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1408            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1409
1410    def Draw(self,data):
1411        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1412        by :meth:`__init__`.
1413        '''
1414        self.panel.Destroy()
1415        self.panel = wx.Panel(self)
1416        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1417        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1418            0,WACV|wx.LEFT,10)
1419        mainSizer.Add((10,10),1)
1420       
1421        ncol = 3
1422        if not self.Angle:
1423            ncol=2
1424        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,ncol,5,5)
1425        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1426        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1427        if self.Angle:
1428            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1429        self.objList = {}
1430        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1431            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1432            bRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['BondRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1433            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1434            if self.Angle:
1435                aRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['AngleRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1436                radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1437        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1438        if self.Angle:
1439            factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1440            Names = ['Bond','Angle']
1441            for i,name in enumerate(Names):
1442                factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1443                bondFact = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['Factors'],i,nDig=(10,3),typeHint=float)
1444                factorSizer.Add(bondFact)
1445            mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1446       
1447        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1448        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1449        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1450        btnSizer.Add((20,20),1)
1451        btnSizer.Add(OkBtn)
1452        if self.Reset:
1453            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1454            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1455            btnSizer.Add(ResetBtn)
1456        btnSizer.Add((20,20),1)
1457        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1458        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1459        self.panel.Fit()
1460        self.Fit()
1461   
1462    def GetData(self):
1463        'Returns the values from the dialog'
1464        return self.data
1465       
1466    def OnOk(self,event):
1467        'Called when the OK button is pressed'
1468        parent = self.GetParent()
1469        parent.Raise()
1470        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1471       
1472    def OnReset(self,event):
1473        'Called when the Reset button is pressed'
1474        data = {}
1475        self._default(data,self.default)
1476        self.Draw(self.data)
1477               
1478################################################################################
1479class ShowLSParms(wx.Dialog):
1480    '''Create frame to show least-squares parameters
1481    '''
1482    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1483                 size=(300,430)):
1484       
1485        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1486                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1487        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in DrawPanel!
1488        self.parmChoice = 'Phase'
1489        self.parmDict = parmDict
1490        self.varyList = varyList
1491        self.fullVaryList = fullVaryList
1492
1493        self.parmNames = parmDict.keys()
1494        self.parmNames.sort()
1495        splitNames = [item.split(':') for item in self.parmNames if len(item) > 3 and not isinstance(self.parmDict[item],basestring)]
1496        self.globNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[0] and not item[1]]
1497        self.globVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[0] and not item[1]]))
1498        self.globVars.sort()
1499        self.hisNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[0]]
1500        self.hisNums = list(set([int(item.split(':')[1]) for item in self.hisNames]))
1501        self.hisNums.sort()
1502        self.hisNums = [' ',]+[str(item) for item in self.hisNums]
1503        self.hisVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[0]]))
1504        self.hisVars.sort()
1505        self.phasNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[1] and 'is' not in item[2]]
1506        self.phasNums = [' ',]+list(set([item.split(':')[0] for item in self.phasNames]))
1507        if '' in self.phasNums: self.phasNums.remove('')
1508        self.phasVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[1] and 'is' not in item[2]]))
1509        self.phasVars.sort()
1510        self.phasNums.sort()
1511        self.hapNames = [':'.join(item) for item in splitNames if item[0] and item[1]]
1512        self.hapVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if item[0] and item[1]]))
1513        self.hapVars.sort()
1514        self.hisNum = '0'
1515        self.phasNum = '0'
1516        self.varName = ' '
1517        self.listSel = 'Refined'
1518        self.DrawPanel()
1519       
1520           
1521    def DrawPanel(self):
1522           
1523        def _OnParmSel(event):
1524            self.parmChoice = parmSel.GetStringSelection()
1525            self.varName = ' '
1526            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1527           
1528        def OnPhasSel(event):
1529            event.Skip()
1530            self.phasNum = phasSel.GetValue()
1531            self.varName = ' '
1532            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1533
1534        def OnHistSel(event):
1535            event.Skip()
1536            self.hisNum = histSel.GetValue()
1537            self.varName = ' '
1538            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1539           
1540        def OnVarSel(event):
1541            self.varName = varSel.GetValue()
1542            self.phasNum = ' '
1543            self.hisNum = ' '
1544            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1545           
1546        def OnListSel(event):
1547            self.listSel = listSel.GetStringSelection()
1548            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1549
1550        if self.panel:
1551            self.panel.DestroyChildren()
1552        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1553        num = len(self.varyList)
1554        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Number of refined variables: '+str(num)),0)
1555        if len(self.varyList) != len(self.fullVaryList):
1556            num = len(self.fullVaryList) - len(self.varyList)
1557            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1558        choiceDict = {'Global':self.globNames,'Phase':self.phasNames,'Phase/Histo':self.hapNames,'Histogram':self.hisNames}
1559        choice = ['Phase','Phase/Histo','Histogram']
1560        if len(self.globNames):
1561            choice += ['Global',]
1562        parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
1563        parmSel = wx.RadioBox(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter type:',choices=choice,
1564            majorDimension=1,style=wx.RA_SPECIFY_COLS)
1565        parmSel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX,_OnParmSel)
1566        parmSel.SetStringSelection(self.parmChoice)
1567        parmSizer.Add(parmSel,0)
1568        numSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1569        numSizer.Add((5,25),0)
1570        if self.parmChoice in ['Phase','Phase/Histo'] and len(self.phasNums) > 1:
1571            numSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Phase'),0)
1572            phasSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.phasNums,value=self.phasNum,
1573                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1574            phasSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPhasSel)
1575            numSizer.Add(phasSel,0)
1576        if self.parmChoice in ['Histogram','Phase/Histo'] and len(self.hisNums) > 1:
1577            numSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Histogram'),0)
1578            histSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hisNums,value=self.hisNum,
1579                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1580            histSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnHistSel)
1581#            histSel = wx.TextCtrl(self.panel,size=(50,25),value='0',style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1582#            histSel.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnHistSel)
1583#            histSel.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnHistSel)
1584            numSizer.Add(histSel,0)
1585        parmSizer.Add(numSizer)
1586        varSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1587        varSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Parameter'))
1588        if self.parmChoice in ['Phase',]:
1589            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.phasVars,value=self.varName,
1590                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1591            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1592        elif self.parmChoice in ['Histogram',]:
1593            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hisVars,value=self.varName,
1594                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1595            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1596        elif self.parmChoice in ['Phase/Histo',]:
1597            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hapVars,value=self.varName,
1598                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1599            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1600        if self.parmChoice != 'Global': 
1601            varSizer.Add(varSel,0)
1602            parmSizer.Add(varSizer,0)
1603        mainSizer.Add(parmSizer,0)
1604        listChoice = ['All','Refined']
1605        listSel = wx.RadioBox(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter type:',choices=listChoice,
1606            majorDimension=0,style=wx.RA_SPECIFY_COLS)
1607        listSel.SetStringSelection(self.listSel)
1608        listSel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX,OnListSel)
1609        mainSizer.Add(listSel,0)
1610        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1611        subSizer.Add((-1,-1))
1612        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1613        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1614        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1615        explainRefine = False
1616        for name in choiceDict[self.parmChoice]:
1617            # skip entries without numerical values
1618            if isinstance(self.parmDict[name],basestring): continue
1619            if 'Refined' in self.listSel and (name not in self.fullVaryList): continue
1620            if 'Phase' in self.parmChoice:
1621                if self.phasNum != ' ' and name.split(':')[0] != self.phasNum: continue
1622            if 'Histo' in self.parmChoice:
1623                if self.hisNum != ' ' and name.split(':')[1] != self.hisNum: continue
1624            if (self.varName != ' ') and (self.varName not in name): continue
1625            try:
1626                value = G2py3.FormatSigFigs(self.parmDict[name])
1627            except TypeError:
1628                value = str(self.parmDict[name])+' -?' # unexpected
1629                #continue
1630            v = G2obj.getVarDescr(name)
1631            if v is None or v[-1] is None:
1632                subSizer.Add((-1,-1))
1633            else:               
1634                ch = G2G.HelpButton(self.panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1635                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1636            subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1637            if name in self.varyList:
1638                subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'R'))
1639            elif name in self.fullVaryList:
1640                subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'C'))
1641                explainRefine = True
1642            else:
1643                subSizer.Add((-1,-1))
1644            subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1645
1646        mainSizer.Add(subSizer,0)
1647        if explainRefine:
1648            mainSizer.Add(
1649                wx.StaticText(self.panel,label='"R" indicates a refined variable\n'+
1650                    '"C" indicates generated from a constraint'),0, wx.ALL,0)
1651        # make OK button
1652        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1653        btn = wx.Button(self.panel, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1654        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1655        btnsizer.Add(btn)
1656        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1657        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1658        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1659        self.panel.SetAutoLayout(1)
1660        self.panel.SetupScrolling()
1661        self.panel.SetMinSize(self.GetSize())
1662
1663    def _onClose(self,event):
1664        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1665 
1666################################################################################
1667class DataFrame(wx.Frame):
1668    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1669    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1670    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1671    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1672    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1673    items, but additional menus are added specific to the data item.
1674
1675    Note that while the menus are created here,
1676    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1677    where the functions to be called are defined.
1678    '''
1679    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1680        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1681        the main window, so that menus operate with any window on top.
1682        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1683        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1684
1685        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1686        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1687        but when bindings are by Id, they are logged.
1688        '''
1689        if sys.platform == "darwin": # mac
1690            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1691            return
1692        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1693            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1694            if menulabels:
1695                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1696                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1697                return
1698            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1699       
1700    def PrefillDataMenu(self,menu,empty=False):
1701        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1702        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1703        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1704        '''
1705        self.datamenu = menu
1706        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1707        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1708            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1709            if not empty:
1710                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1711       
1712    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1713        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1714        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1715        command for the data item.
1716        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1717        extra help command for the data item.
1718        '''
1719        menu = self.datamenu
1720        if sys.platform == "darwin": # mac
1721            if not empty:
1722                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1723            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,includeTree=True,
1724                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1725            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1726        else: # other
1727            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self),title='&Help')
1728
1729    def _init_menus(self):
1730        'define all GSAS-II data frame menus'
1731
1732        # for use where no menu or data frame help is provided
1733        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1734       
1735        # Controls
1736        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1737        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,empty=True)
1738        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1739       
1740        # Notebook
1741        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1742        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,empty=True)
1743        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1744       
1745        # Comments
1746        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1747        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,empty=True)
1748        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1749       
1750        # Constraints
1751        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1752        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu)
1753        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1754        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1755        for id,txt in (
1756            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1757            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1758            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1759            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1760            self.ConstraintTab.Append(
1761                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1762                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1763        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1764        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1765        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1766            help='Prevent refinement of parameter values')
1767        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1768            help='Force parameter values to be equivalent')
1769        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1770            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1771        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1772            help='Create a variable composed of existing parameters')
1773        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1774            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1775        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1776#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1777#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1778#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1779        self.PostfillDataMenu()
1780
1781        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1782        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1783        #     import GSASIIconstrGUI
1784        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1785        #     import GSASIIobj
1786        #     reload(GSASIIobj)
1787        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1788
1789        # Rigid bodies
1790        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1791        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu)
1792        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1793        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1794            help='Import rigid body XYZ from file')
1795        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1796            help='Define torsion sequence')
1797        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1798            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1799        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1800        self.PostfillDataMenu()
1801
1802        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1803        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu)
1804        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1805        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1806            help='Add vector rigid body')
1807        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1808        self.PostfillDataMenu()
1809
1810                   
1811        # Restraints
1812        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1813        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1814        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1815            help='Select phase')
1816        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1817            help='Add restraints')
1818        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1819        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1820            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1821        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1822        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1823            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1824        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1825        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1826            help='Change observed value')
1827        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1828            help='Change esd in observed value')
1829        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1830            help='Delete selected restraints')
1831
1832        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1833        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu)
1834        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1835        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1836        self.PostfillDataMenu()
1837           
1838        # Sequential results
1839        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1840        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu)
1841        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1842        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1843        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1844            help='Rename selected sequential refinement columns')
1845        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1846            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1847        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1848            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1849        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1850            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1851        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1852            help='Plot selected sequential refinement results')
1853        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1854            help='Compute average for selected parameter')           
1855        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1856            help='Reorganize variables where variables change')
1857        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1858        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1859        self.SequentialPvars.Append(
1860            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1861            help='Add a new custom pseudo-variable')
1862        self.SequentialPvars.Append(
1863            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1864            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1865        self.SequentialPvars.Append(
1866            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1867            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1868        self.SequentialPvars.Append(
1869            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1870            help='Delete an existing pseudo-variable')
1871        self.SequentialPvars.Append(
1872            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1873            help='Edit an existing pseudo-variable')
1874
1875        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1876        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1877        self.SequentialPfit.Append(
1878            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1879            help='Add a new equation to minimize')
1880        self.SequentialPfit.Append(
1881            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1882            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1883        self.SequentialPfit.Append(
1884            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1885            help='Delete an equation for parametric minimization')
1886        self.SequentialPfit.Append(
1887            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1888            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1889        self.SequentialPfit.Append(
1890            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1891            help='Perform a parametric minimization')
1892        # fill sequential Export menu
1893        self.SeqExportLookup = {}
1894        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1895        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1896        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1897                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1898            objlist = []
1899            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1900                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1901                    try:
1902                        obj.Writer
1903                    except AttributeError:
1904                        continue
1905                    objlist.append(obj)
1906            if objlist:
1907                submenu = wx.Menu()
1908                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1909                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1910                    submenu, help=txt)
1911                for obj in objlist:
1912                    item = submenu.Append(
1913                        wx.ID_ANY,
1914                        help=obj.longFormatName,
1915                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1916                        text=obj.formatName)
1917                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1918       
1919        self.PostfillDataMenu()
1920           
1921        # PWDR & SASD
1922        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1923        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu)
1924        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1925        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1926        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1927            help='Error analysis on powder pattern')
1928        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1929            help='Copy of PWDR parameters')
1930        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1931            help='Copy of PWDR plot controls')
1932        self.moveDiffCurve = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move diff. curve',
1933            help='Click on position where difference curve is placed')
1934        self.moveTickLoc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move ticks',
1935            help='Move mouse to where tick marks should be positioned')
1936        self.moveTickSpc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set tick space',
1937            help='Click to set spacing between phase tick marks')
1938        self.PostfillDataMenu()
1939           
1940        # HKLF
1941        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1942        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu)
1943        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1944        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1945        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1946            help='Error analysis on single crystal data')
1947        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1948            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1949        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1950            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1951        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1952            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1953        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1954            help='Copy of HKLF parameters')
1955        self.PostfillDataMenu()
1956           
1957        # PWDR / Limits
1958        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1959        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu)
1960        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1961        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1962        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1963            help='Copy limits to other histograms')
1964        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1965            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1966        self.PostfillDataMenu()
1967           
1968        # PDR / Background
1969        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1970        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu)
1971        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1972        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1973        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1974            help='Copy background parameters to other histograms')
1975        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1976            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1977        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1978            help='Move background peaks to Peak List')
1979        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1980            help='Plot radial distribution from differences')
1981        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1982        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1983        self.wxID_BackPts = {}
1984        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1985        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1986            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1987        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1988        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1989            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1990        item.Check(True)
1991        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1992        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1993            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1994        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1995        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1996            help='Clear fixed background points')
1997        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1998        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1999            help='Fit background function to fixed background points')
2000        self.PostfillDataMenu()
2001           
2002        # PDR / Instrument Parameters
2003        self.InstMenu = wx.MenuBar()
2004        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu)
2005        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
2006        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
2007        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
2008            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
2009        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2010            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
2011        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
2012            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
2013        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
2014            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
2015        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
2016            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
2017        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2018            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2019        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2020            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
2021#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
2022#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
2023        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
2024            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
2025
2026        self.PostfillDataMenu()
2027       
2028        # PDR / Sample Parameters
2029        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
2030        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu)
2031        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
2032        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
2033        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
2034            help='Set scale by matching to another histogram')
2035        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
2036            help='Load sample parameters from file')
2037        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
2038            help='Save sample parameters to file')
2039        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2040            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
2041        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
2042            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
2043        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2044            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
2045        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
2046            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
2047        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
2048            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
2049
2050        self.PostfillDataMenu()
2051        self.SetScale.Enable(False)
2052
2053        # PDR / Peak List
2054        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
2055        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu)
2056        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
2057        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
2058        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
2059            help='Set refinement flags for selected peaks',
2060            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2061            text='Set sel. ref flags...')
2062        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
2063            help='Set refinement flags for all peaks',
2064            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2065            text='Set all ref flags...')
2066        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
2067            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
2068        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
2069            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
2070        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
2071            help='Peak fitting' )
2072        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
2073            help='One cycle of Peak fitting' )
2074        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
2075            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
2076        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
2077            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
2078        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
2079            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
2080        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2081            help='Clear the peak list' )
2082        self.movePeak = self.PeakEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected peak',
2083            help='Select a peak in the table, then use this to move it with the mouse.')
2084        self.PostfillDataMenu()
2085        self.UnDo.Enable(False)
2086        self.PeakFit.Enable(False)
2087        self.PFOneCycle.Enable(False)
2088        self.AutoSearch.Enable(True)
2089       
2090        # PDR / Index Peak List
2091        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
2092        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu)
2093        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2094        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
2095        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
2096            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
2097        self.PostfillDataMenu()
2098       
2099        # PDR / Unit Cells List
2100        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
2101        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu)
2102        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
2103        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
2104        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2105            text='Index Cell')
2106        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
2107            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
2108        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
2109            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
2110        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2111            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
2112        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2113            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2114        self.PostfillDataMenu()
2115        self.IndexPeaks.Enable(False)
2116        self.CopyCell.Enable(False)
2117        self.RefineCell.Enable(False)
2118        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2119       
2120        # PDR / Reflection Lists
2121        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2122        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu)
2123        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2124        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2125        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2126            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2127        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2128            help='Plot HKLs from powder pattern')
2129        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2130            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2131        self.PostfillDataMenu()
2132       
2133        # SASD / Instrument Parameters
2134        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2135        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu)
2136        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2137        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2138        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2139            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2140        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2141            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2142        self.PostfillDataMenu()
2143       
2144        #SASD & REFL/ Substance editor
2145        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2146        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu)
2147        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2148        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2149        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2150            help='Load substance from file')
2151        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2152            help='Add new substance to list')
2153        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2154            help='Copy substances')
2155        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2156            help='Delete substance from list')           
2157        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2158            help='Add elements to substance')
2159        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2160            help='Delete elements from substance')
2161        self.PostfillDataMenu()
2162       
2163        # SASD/ Models
2164        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2165        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu)
2166        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2167        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2168        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2169            help='Add new term to model')
2170        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2171            help='Fit model parameters to data')
2172        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2173            help='Undo model fit')
2174        self.SasdUndo.Enable(False)           
2175        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2176            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2177        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2178            help='Copy model parameters to other histograms')
2179        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2180            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2181        self.PostfillDataMenu()
2182       
2183        # IMG / Image Controls
2184        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2185        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu)
2186       
2187        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2188        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Calibration')
2189        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2190            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2191        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2192            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2193        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2194            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2195        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',
2196            id=wxID_IMCLEARCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2197       
2198        ImageIntegrate = wx.Menu(title='')
2199        self.ImageMenu.Append(menu=ImageIntegrate, title='Integration')
2200        ImageIntegrate.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2201            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2202        ImageIntegrate.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2203            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2204        ImageIntegrate.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2205            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2206
2207        ImageParams = wx.Menu(title='')
2208        self.ImageMenu.Append(menu=ImageParams, title='Parms')
2209        ImageParams.Append(help='Copy image controls to other images', 
2210            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2211        ImageParams.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2212            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2213        ImageParams.Append(help='Save image controls to file', 
2214            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2215        ImageParams.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2216            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2217        ImageParams.Append(help='Load image controls from file',
2218            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2219        ImageParams.Append(help='Transfer integration range for other detector distances', 
2220            id=wxID_IMXFERCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Xfer angles')
2221        ImageParams.Append(help='Reset all detector dist to set dist', 
2222            id=wxID_IMRESETDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset dist')
2223       
2224        self.PostfillDataMenu()
2225           
2226        # IMG / Masks
2227        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2228        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu)
2229        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2230        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2231        submenu = wx.Menu()
2232        self.MaskEdit.AppendMenu(
2233            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2234            help=''
2235            )
2236        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2237            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2238        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2239            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2240        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignoring threshold', 
2241            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2242        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file keeping the threshold value', 
2243            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/threshold')
2244        self.MaskEdit.Append(help='Auto search for spot masks; NB: will clear old spot masks', 
2245            id=wxID_FINDSPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto spot masks')
2246        self.MaskEdit.Append(help='Delete all spot masks', 
2247            id=wxID_DELETESPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete spot masks')       
2248        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2249            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2250        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2251            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2252        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2253            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2254        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2255            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2256        submenu.Append(help='Create spot masks with mouse input', 
2257            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2258        self.PostfillDataMenu()
2259           
2260        # IMG / Stress/Strain
2261        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2262        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu)
2263        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2264        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2265        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2266            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2267        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2268            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2269        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2270            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2271        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2272            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2273        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2274            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2275        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2276            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2277        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2278            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2279        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2280            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2281        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2282            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2283        self.PostfillDataMenu()
2284           
2285        # PDF / PDF Controls
2286        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2287        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu)
2288        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2289        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2290        self.PDFEdit.Append(help='Add one or more elements to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2291            text='Add elements')
2292        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2293            text='Delete element')
2294        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2295            text='Copy controls')
2296        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2297            text='Load Controls')
2298        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2299            text='Save controls')
2300        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2301            text='Compute PDF')
2302        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs with or w/o optimization',
2303                            id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2304            text='Compute all PDFs')
2305#        self.PDFEdit.Append(help='Optimize PDF', id=wxID_PDFOPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2306#            text='Optimize corrections for r<Rmin section of current G(r)')
2307        self.PostfillDataMenu()
2308       
2309        # PDF / PDF Peaks
2310        self.PDFPksMenu = wx.MenuBar()
2311        self.PrefillDataMenu(self.PDFPksMenu)
2312        self.PDFPksEdit = wx.Menu(title='')
2313        self.PDFPksMenu.Append(menu=self.PDFPksEdit, title='PDF Peaks')
2314        self.PDFPksEdit.Append(help='Fit PDF peaks', id=wxID_PDFPKSFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2315            text='PDF peak fit')
2316        self.PDFPksEdit.Append(help='Sequential Peak fitting for all PDFs', id=wxID_PDFPKSFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2317            text='Seq PDF peak fit')
2318        self.PDFPksEdit.Append(help='Copy PDF peaks', id=wxID_PDFCOPYPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2319            text='Copy peaks')
2320        self.PDFPksEdit.Append(help='Clear PDF peaks', id=wxID_CLEARPDFPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2321            text='Clear peaks')       
2322        self.PostfillDataMenu()
2323
2324       
2325        # Phase / General tab
2326        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2327        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral)
2328        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2329        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2330        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2331        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2332            text='Fourier map')
2333        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2334            text='Search map')
2335        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2336            text='Charge flipping')
2337        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2338            text='4D Charge flipping')
2339        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2340        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2341            text='Clear map')
2342        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2343            text='MC/SA')
2344        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2345            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2346        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2347            text='Transform')
2348        self.PostfillDataMenu()
2349       
2350        # Phase / Data tab
2351        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2352        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu)
2353        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2354        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2355        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2356        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2357            help='Copy phase data to other histograms')
2358        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2359            help='Copy phase data flags to other histograms')
2360        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2361            help='Copy selected phase data to other histograms')
2362        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2363            help='Select all histograms to use')
2364        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2365            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2366        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2367            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2368        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2369            help='Remove histograms from use for this phase')
2370        self.PostfillDataMenu()
2371           
2372        # Phase / Atoms tab
2373        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2374        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu)
2375        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2376        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2377        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2378        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2379        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2380        submenu = wx.Menu()
2381        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'On selected atoms...', submenu, 
2382            help='Set/Act on selected atoms')
2383        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2384            help='Set refinement flags for selected atoms',
2385            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2386            text='Refine selected')
2387        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2388            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2389        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2390            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2391        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2392            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2393        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2394            help='Delete selected atoms')
2395        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2396            help='Symmetry transform selected atoms')
2397#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2398#            help='Select atoms to rotate first')
2399        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2400            help='Set refinement flags for all atoms',
2401            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2402            text='Select All')
2403       
2404        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2405            help='Appended as an H atom')
2406        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2407            help='Appended as an H atom')
2408        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2409            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2410        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2411            help='Update H atoms in standard positions')
2412        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2413            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2414        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2415            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2416        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2417            help='Reload atom drawing list')
2418        submenu = wx.Menu()
2419        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2420            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2421        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2422        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2423        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2424            item = submenu.Append(
2425                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2426                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2427            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2428        item = submenu.Append(
2429            wx.ID_ANY,
2430            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2431            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2432            text='guess format from file')
2433        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2434
2435        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2436            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2437        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2438            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2439        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2440            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2441            text='ISODISTORT mode values',
2442            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2443        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2444            text='Density',
2445            help='Compute density for current phase')
2446        self.PostfillDataMenu()
2447       
2448        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2449        self.WavesData = wx.MenuBar()
2450        self.PrefillDataMenu(self.WavesData)
2451        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2452        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2453        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2454        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2455            help='Global setting of wave vary flags')
2456        self.PostfillDataMenu()
2457       
2458        # Phase / Layer tab
2459        self.LayerData = wx.MenuBar()
2460        self.PrefillDataMenu(self.LayerData)
2461        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2462        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2463        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2464        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2465            help='Load layer info from DIFFaX file')
2466        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2467            help='Copy phase cell from another project')
2468        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2469            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2470        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit pattern',
2471            help='Fit diffraction pattern with layer stacking model')
2472        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2473            help='Sequence simulation changing one parameter')
2474        self.PostfillDataMenu()
2475                 
2476        # Phase / Draw Options tab
2477        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2478        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions)
2479        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2480        self.PostfillDataMenu()
2481       
2482        # Phase / Draw Atoms tab
2483        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2484        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu)
2485        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2486        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2487        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2488        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2489        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2490        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2491        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2492        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2493        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2494        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2495            help='Select atoms first')
2496        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2497            help='Select atoms first')
2498        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2499            help='Select atoms first')
2500        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2501            help='Resets all atom colors to defaults')
2502        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRWAEDITRADII, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit atom radii',
2503            help='Edit drawing atom radii')
2504        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2505            help='View point is 1st atom selected')
2506        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2507            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2508        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2509            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2510        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2511            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2512        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2513            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2514        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2515            help='Fill unit cell with selected atoms')
2516        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2517            help='Delete atoms from drawing set')
2518        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2519            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2520        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2521            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2522        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2523            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2524        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2525            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2526        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2527            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2528        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2529            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2530        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2531            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2532        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2533            help='Define rigid body with selected atoms')
2534        self.PostfillDataMenu()
2535
2536        # Phase / MCSA tab
2537        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2538        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu)
2539        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2540        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2541        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2542        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2543            help='Add single atom to MC/SA model')
2544        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2545            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2546        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2547            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2548        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2549            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2550        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2551            help='Clear table of MC/SA results' )
2552        self.PostfillDataMenu()
2553           
2554        # Phase / Texture tab
2555        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2556        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu)
2557        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2558        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2559        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2560        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2561            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2562#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2563#            help='Clear the texture coefficients' )
2564        self.PostfillDataMenu()
2565           
2566        # Phase / Pawley tab
2567        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2568        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu)
2569        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2570        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2571        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2572        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley settings',
2573            help='Change Pawley refinement settings')
2574        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2575            help='Initialize Pawley reflection list')
2576        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2577            help='Estimate initial Pawley intensities')
2578        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2579            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2580        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2581            help='Select all reflections to be refined')
2582        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2583            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2584        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2585            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2586        self.PostfillDataMenu()
2587           
2588        # Phase / Map peaks tab
2589        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2590        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu)
2591        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2592        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2593        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2594        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2595            help='Move selected peaks to atom list')
2596        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2597            help='View point is 1st peak selected')
2598        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2599            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2600        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2601            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2602        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2603            help='Calculate distance or angle for selection')
2604        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2605            help='Find equivalent peaks')
2606        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2607            help='Select unique set')
2608        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2609            help='Delete selected peaks')
2610        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2611            help='Clear the map peak list')
2612        self.PostfillDataMenu()
2613
2614        # Phase / Rigid bodies tab
2615        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2616        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu)
2617        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2618        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2619        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2620        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2621            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2622        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2623            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2624        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2625            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2626        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2627            help='Global setting of residue thermal motion models')
2628        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2629            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2630        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2631            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2632        self.PostfillDataMenu()
2633    # end of GSAS-II menu definitions
2634       
2635    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2636        wx.Frame.__init__(
2637            self,parent=parent,
2638            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2639            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2640            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2641        self._init_menus()
2642        if name:
2643            self.SetLabel(name)
2644        self.Show()
2645       
2646    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2647        self.G2frame = frame
2648        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2649        self.data = data
2650        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2651        Size = self.GetSize()
2652        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2653        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2654        self.AtomGrid = []
2655        self.selectedRow = 0
2656        self.lastSize = Size       
2657        self.manualPhaseSize = None
2658        self.userReSize = False
2659        wx.Frame.Bind(self,wx.EVT_SIZE,self.OnReSize)
2660           
2661    def OnReSize(self,event):
2662        '''Keep track of size changes for Phase windows
2663        '''
2664        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2665        try:
2666            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2667        except:         #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2668            parent = 0
2669        if self.userReSize and parent and self.G2frame.PatternTree.GetItemText(parent) == "Phases":
2670            if self.lastSize == event.EventObject.GetSize():
2671#                if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2672#                    print 'no save size=',self.lastSize
2673                return
2674            self.manualPhaseSize = event.EventObject.GetSize()
2675            self.lastSize = event.EventObject.GetSize()
2676#            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2677#                print 'Saving Phase size=',self.manualPhaseSize
2678                #HowDidIgetHere()
2679        event.Skip()
2680
2681    def SendSizeEvent(self):
2682        '''Prevent SendSizeEvent from overriding the saved size
2683        '''
2684        self.userReSize = False
2685        wx.Frame.SendSizeEvent(self)
2686        self.userReSize = True
2687       
2688    def setSizePosLeft(self,Size):
2689        '''Place the dataFrame window so that the upper left-hand corner remains in the same place;
2690        The size is dictated by parameter Width, unless overridden by a previous Phase window resize
2691        '''
2692        self.userReSize = False
2693#        if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2694#            print 'setSizePosLeft size',Size,self.lastSize
2695        Size = list(Size)
2696        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2697        try:            #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2698            pid = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2699        except:
2700            pid = 0
2701        if pid:
2702            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemText(pid)
2703            # is this a phase window and has a previous window has been resized?
2704            if self.manualPhaseSize and parent == "Phases":
2705                Size = list(self.manualPhaseSize)
2706        Pos = self.GetPosition()
2707        clientSize = wx.ClientDisplayRect()     #display window size (e.g. 1304x768)
2708        Size[1] = min(Size[1],clientSize[2]-300)
2709        Size[0] = max(Size[0],300)
2710#        print 'current position/width:',Pos,Width
2711        self.SetSize(Size)
2712        Size[1] += 1        #kluge to ensure scrollbar settings & window properly displayed
2713        self.SetSize(Size)
2714        Pos[0] += self.lastSize[0]-Size[0]
2715        offSet = 0
2716        if Pos[0] < clientSize[2]:
2717            offSet = Pos[0]+Size[0]-clientSize[2]
2718        if offSet > 0:
2719            Pos[0] -= offSet
2720        self.SetPosition(wx.Point(Pos[0],Pos[1]))
2721        self.lastSize = Size
2722        self.userReSize = True
2723       
2724    def Clear(self):
2725        self.ClearBackground()
2726        self.DestroyChildren()
2727                   
2728
2729################################################################################
2730#####  Notebook Tree Item editor
2731################################################################################                 
2732def UpdateNotebook(G2frame,data):
2733    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2734    editing of the text in that tree entry
2735    '''
2736    def OnNoteBook(event):
2737        event.Skip()
2738        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2739        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2740        if 'nt' not in os.name:
2741            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2742                   
2743    if G2frame.dataDisplay:
2744        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2745    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2746    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2747        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2748    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2749    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2750    for line in data:
2751        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2752    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2753    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2754           
2755################################################################################
2756#####  Controls Tree Item editor
2757################################################################################           
2758def UpdateControls(G2frame,data):
2759    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2760    '''
2761    #patch
2762    if 'deriv type' not in data:
2763        data = {}
2764        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2765        data['min dM/M'] = 0.0001
2766        data['shift factor'] = 1.
2767        data['max cyc'] = 3       
2768        data['F**2'] = False
2769    if 'shift factor' not in data:
2770        data['shift factor'] = 1.
2771    if 'max cyc' not in data:
2772        data['max cyc'] = 3
2773    if 'F**2' not in data:
2774        data['F**2'] = False
2775    if 'Author' not in data:
2776        data['Author'] = 'no name'
2777    if 'FreePrm1' not in data:
2778        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2779    if 'FreePrm2' not in data:
2780        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2781    if 'FreePrm3' not in data:
2782        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2783    if 'Copy2Next' not in data:
2784        data['Copy2Next'] = False
2785    if 'Reverse Seq' not in data:
2786        data['Reverse Seq'] = False
2787    if 'UsrReject' not in data:
2788        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2789    if 'HatomFix' not in data:
2790        data['HatomFix'] = False
2791    if 'Marquardt' not in data:
2792        data['Marquardt'] = -3
2793   
2794    #end patch
2795
2796    def SeqSizer():
2797       
2798        def OnSelectData(event):
2799            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2800            sel = []
2801            try:
2802                if 'Seq Data' in data:
2803                    for item in data['Seq Data']:
2804                        sel.append(choices.index(item))
2805                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2806            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2807                sel = []
2808            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2809                'Select dataset to include',choices)
2810            dlg.SetSelections(sel)
2811            names = []
2812            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2813                for sel in dlg.GetSelections():
2814                    names.append(choices[sel])
2815                data['Seq Data'] = names               
2816                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2817            dlg.Destroy()
2818            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2819           
2820        def OnReverse(event):
2821            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2822           
2823        def OnCopySel(event):
2824            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2825                   
2826        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2827        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2828        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2829        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2830        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2831        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2832        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2833        if not SeqData:
2834            lbl = ' (no data selected)'
2835        else:
2836            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2837
2838        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2839        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2840        if SeqData:
2841            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2842            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2843            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2844            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2845            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2846            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2847            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2848            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2849            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2850            seqSizer.Add(selSizer,0)
2851        return seqSizer
2852       
2853    def LSSizer():       
2854       
2855        def OnDerivType(event):
2856            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2857            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2858            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2859           
2860        def OnConvergence(event):
2861            event.Skip()
2862            try:
2863                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2864            except ValueError:
2865                value = 0.0001
2866            data['min dM/M'] = value
2867            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2868           
2869        def OnMaxCycles(event):
2870            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2871            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2872           
2873        def OnMarqLam(event):
2874            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2875            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2876                       
2877        def OnFactor(event):
2878            event.Skip()
2879            try:
2880                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2881            except ValueError:
2882                value = 1.0
2883            data['shift factor'] = value
2884            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2885           
2886        def OnFsqRef(event):
2887            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2888           
2889#        def OnHatomFix(event):
2890#            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2891       
2892        def OnUsrRej(event):
2893            event.Skip()
2894            Obj = event.GetEventObject()
2895            item,limits = Indx[Obj]
2896            try:
2897                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2898            except ValueError:
2899                value = data['UsrReject'][item]
2900            data['UsrReject'][item] = value
2901            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2902
2903        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2904        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2905        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2906        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2907            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2908        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2909        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2910           
2911        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2912        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2913        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2914        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2915        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2916        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2917        Indx = {}
2918        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2919            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2920            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2921            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2922                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2923#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2924            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2925            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2926            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2927            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2928            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2929                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2930            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2931            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2932        else:
2933            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2934            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2935            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2936            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2937            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2938        if G2frame.Sngl:
2939            userReject = data['UsrReject']
2940            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2941                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2942                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2943
2944            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2945            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2946            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2947            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2948            LSSizer.Add((1,0),)
2949            for item in usrRej:
2950                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2951                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2952                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2953                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2954                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2955                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2956#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2957#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2958#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2959#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2960        return LSSizer
2961       
2962    def AuthSizer():
2963
2964        def OnAuthor(event):
2965            event.Skip()
2966            data['Author'] = auth.GetValue()
2967
2968        Author = data['Author']
2969        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2970        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2971        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2972        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2973        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2974        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2975        return authSizer
2976       
2977       
2978    if G2frame.dataDisplay:
2979        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2980    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2981        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2982        Status.SetStatusText('')
2983    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2984    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2985    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2986    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2987    mainSizer.Add((5,5),0)
2988    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2989    mainSizer.Add(LSSizer())
2990    mainSizer.Add((5,5),0)
2991    mainSizer.Add(SeqSizer())
2992    mainSizer.Add((5,5),0)
2993    mainSizer.Add(AuthSizer())
2994    mainSizer.Add((5,5),0)
2995       
2996    mainSizer.Layout()   
2997    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
2998    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
2999     
3000################################################################################
3001#####  Comments
3002################################################################################           
3003       
3004def UpdateComments(G2frame,data):                   
3005
3006    if G2frame.dataDisplay:
3007        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3008    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
3009    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
3010        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
3011    for line in data:
3012        if '\n' not in line:
3013            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
3014        else:
3015            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
3016    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
3017           
3018################################################################################
3019#####  Display of Sequential Results
3020################################################################################           
3021       
3022def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
3023    """
3024    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
3025    to show results from a sequential refinement.
3026   
3027    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
3028
3029    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
3030
3031            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
3032            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
3033              note that this is the original list of variables, prior to processing
3034              constraints.
3035            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
3036              (this is created as an empty dict if not present in data).
3037            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
3038
3039              * 'variables'- result[0] from leastsq call
3040              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
3041              * 'sig' - esds for variables
3042              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
3043              * 'title' - histogram name; same as dict item name
3044              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
3045              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
3046    """
3047    def GetSampleParms():
3048        '''Make a dictionary of the sample parameters that are not the same over the
3049        refinement series. Controls here is local
3050        '''
3051        if 'IMG' in histNames[0]:
3052            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
3053        else:
3054            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
3055                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
3056                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
3057        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
3058            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
3059        sampleParm = {}
3060        for name in histNames:
3061            if 'IMG' in name:
3062                for item in sampleParmDict:
3063                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
3064            else:
3065                if 'PDF' in name:
3066                    name = 'PWDR' + name[4:]
3067                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
3068                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
3069                for item in sampleParmDict:
3070                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
3071        for item in sampleParmDict:
3072            frstValue = sampleParmDict[item][0]
3073            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
3074                if item.startswith('FreePrm'):
3075                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
3076                else:
3077                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
3078        return sampleParm
3079
3080    def GetColumnInfo(col):
3081        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
3082        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
3083        '''
3084        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3085        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
3086        plotName = plotSpCharFix(plotName)
3087        return plotName,G2frame.colList[col],G2frame.colSigs[col]
3088           
3089    def PlotSelect(event):
3090        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
3091        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
3092        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
3093        if cols:
3094            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3095        elif rows:
3096            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
3097            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
3098        else:
3099            G2frame.ErrorDialog(
3100                'Select row or columns',
3101                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
3102                )
3103           
3104    def OnPlotSelSeq(event):
3105        'plot the selected columns or row from menu command'
3106        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3107        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
3108        if cols:
3109            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3110        elif rows:
3111            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
3112            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
3113        else:
3114            G2frame.ErrorDialog(
3115                'Select columns',
3116                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
3117                )
3118               
3119    def OnAveSelSeq(event):
3120        'average the selected columns from menu command'
3121        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3122        useCol = -np.array(G2frame.SeqTable.GetColValues(0),dtype=bool)
3123        if cols:
3124            for col in cols:
3125                items = GetColumnInfo(col)[1]
3126                noneMask = np.array([item is None for item in items])
3127                info = ma.array(items,mask=useCol+noneMask)
3128                ave = ma.mean(ma.compressed(info))
3129                sig = ma.std(ma.compressed(info))
3130                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
3131        else:
3132            G2frame.ErrorDialog(
3133                'Select columns',
3134                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
3135                )
3136               
3137    def OnRenameSelSeq(event):
3138        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3139        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
3140        newNames = colNames[:]
3141        for i,name in enumerate(colNames):
3142            if name in variableLabels:
3143                newNames[i] = variableLabels[name]
3144        if not cols:
3145            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3146                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
3147            return
3148        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
3149        if dlg.Show():
3150            newNames = dlg.GetValues()           
3151            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
3152        data['variableLabels'] = variableLabels
3153        dlg.Destroy()
3154        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3155        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3156           
3157    def OnReOrgSelSeq(event):
3158        'Reorder the columns'
3159        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
3160        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3161
3162    def OnSaveSelSeqCSV(event):
3163        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
3164        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
3165       
3166    def OnSaveSeqCSV(event):
3167        'export all columns to a .csv file from menu command'
3168        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
3169       
3170    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
3171        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
3172        def WriteCSV():
3173            def WriteList(headerItems):
3174                line = ''
3175                for lbl in headerItems:
3176                    if line: line += ','
3177                    line += '"'+lbl+'"'
3178                return line
3179            head = ['name']
3180            for col in cols:
3181                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3182                # get rid of labels that have Unicode characters
3183                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
3184                if col in havesig:
3185                    head += [item,'esd-'+item]
3186                else:
3187                    head += [item]
3188            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
3189            for row,name in enumerate(saveNames):
3190                line = '"'+saveNames[row]+'"'
3191                for col in cols:
3192                    if col in havesig:
3193                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
3194                    else:
3195                        line += ','+str(saveData[col][row])
3196                SeqFile.write(line+'\n')
3197        def WriteSeq():
3198            lenName = len(saveNames[0])
3199            line = '  %s  '%('name'.center(lenName))
3200            for col in cols:
3201                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3202                if col in havesig:
3203                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
3204                else:
3205                    line += ' %12s '%(item.center(12))
3206            SeqFile.write(line+'\n')
3207            for row,name in enumerate(saveNames):
3208                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3209                for col in cols:
3210                    if col in havesig:
3211                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3212                    else:
3213                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3214                SeqFile.write(line+'\n')
3215
3216        # start of OnSaveSelSeq code
3217        if allcols:
3218            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3219        else:
3220            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3221        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3222        if not cols:
3223            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3224                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3225            return
3226        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3227        saveData = {}
3228        saveSigs = {}
3229        havesig = []
3230        for col in cols:
3231            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3232            saveData[col] = vals
3233            if sigs:
3234                havesig.append(col)
3235                saveSigs[col] = sigs
3236        if csv:
3237            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3238        else:
3239            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3240        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3241        dlg = wx.FileDialog(
3242            G2frame,
3243            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3244            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3245        try:
3246            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3247                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3248                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3249                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3250                if csv:
3251                    WriteCSV()
3252                else:
3253                    WriteSeq()
3254                SeqFile.close()
3255        finally:
3256            dlg.Destroy()
3257               
3258    def striphist(var,insChar=''):
3259        'strip a histogram number from a var name'
3260        sv = var.split(':')
3261        if len(sv) <= 1: return var
3262        if sv[1]:
3263            sv[1] = insChar
3264        return ':'.join(sv)
3265       
3266    def plotSpCharFix(lbl):
3267        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3268        for u,p in [
3269            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3270            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3271            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3272            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3273            ]:
3274            lbl = lbl.replace(u,p)
3275        return lbl
3276   
3277    def SelectXaxis():
3278        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3279        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3280        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3281        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3282            G2frame.dataDisplay,
3283            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3284            'Select X-axis',
3285            colNames)
3286        try:
3287            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3288                col = dlg.GetSelection()
3289            else:
3290                col = None
3291        finally:
3292            dlg.Destroy()
3293        return col
3294   
3295    def EnablePseudoVarMenus():
3296        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3297        if data['SeqPseudoVars']:
3298            val = True
3299        else:
3300            val = False
3301        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3302        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3303
3304    def DelPseudoVar(event):
3305        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3306        choices = data['SeqPseudoVars'].keys()
3307        selected = G2G.ItemSelector(
3308            choices,G2frame.dataFrame,
3309            multiple=True,
3310            title='Select expressions to remove',
3311            header='Delete expression')
3312        if selected is None: return
3313        for item in selected:
3314            del data['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3315        if selected:
3316            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3317
3318    def EditPseudoVar(event):
3319        'Edit an existing pseudo var expression'
3320        choices = data['SeqPseudoVars'].keys()
3321        if len(choices) == 1:
3322            selected = 0
3323        else:
3324            selected = G2G.ItemSelector(
3325                choices,G2frame.dataFrame,
3326                multiple=False,
3327                title='Select an expression to edit',
3328                header='Edit expression')
3329        if selected is not None:
3330            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3331                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3332                data['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3333                header="Edit the PseudoVar expression",
3334                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3335                fit=False)
3336            newobj = dlg.Show(True)
3337            if newobj:
3338                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3339                del data['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3340                data['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3341                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3342       
3343    def AddNewPseudoVar(event):
3344        'Create a new pseudo var expression'
3345        dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3346            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3347            VarLabel = "New PseudoVar",fit=False)
3348        obj = dlg.Show(True)
3349        dlg.Destroy()
3350        if obj:
3351            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3352            data['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3353            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3354           
3355    def AddNewDistPseudoVar(event):
3356        obj = None
3357        dlg = G2exG.BondDialog(
3358            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3359            header='Select a Bond here',
3360            VarLabel = "New Bond")
3361        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3362            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3363            if Tatom:
3364                Phase = Phases[pName]
3365                General = Phase['General']
3366                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3367                pId = Phase['pId']
3368                SGData = General['SGData']
3369                sB = Tatom.find('(')+1
3370                symNo = 0
3371                if sB:
3372                    sF = Tatom.find(')')
3373                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3374                cellNo = [0,0,0]
3375                cB = Tatom.find('[')
3376                if cB>0:
3377                    cF = Tatom.find(']')+1
3378                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3379                Atoms = Phase['Atoms']
3380                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3381                oId = aNames.index(Oatom)
3382                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3383                # create an expression object
3384                obj = G2obj.ExpressionObj()
3385                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3386                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3387                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3388        else: 
3389            dlg.Destroy()
3390            return
3391        dlg.Destroy()
3392        if obj:
3393            data['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3394            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3395
3396    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3397        obj = None
3398        dlg = G2exG.AngleDialog(
3399            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3400            header='Enter an Angle here',
3401            VarLabel = "New Angle")
3402        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3403            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3404            if Tatoms:
3405                Phase = Phases[pName]
3406                General = Phase['General']
3407                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3408                pId = Phase['pId']
3409                SGData = General['SGData']
3410                Atoms = Phase['Atoms']
3411                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3412                tIds = []
3413                symNos = []
3414                cellNos = []
3415                oId = aNames.index(Oatom)
3416                Tatoms = Tatoms.split(';')
3417                for Tatom in Tatoms:
3418                    sB = Tatom.find('(')+1
3419                    symNo = 0
3420                    if sB:
3421                        sF = Tatom.find(')')
3422                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3423                    symNos.append(symNo)
3424                    cellNo = [0,0,0]
3425                    cB = Tatom.find('[')
3426                    if cB>0:
3427                        cF = Tatom.find(']')+1
3428                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3429                    cellNos.append(cellNo)
3430                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3431                # create an expression object
3432                obj = G2obj.ExpressionObj()
3433                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3434                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3435                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3436        else: 
3437            dlg.Destroy()
3438            return
3439        dlg.Destroy()
3440        if obj:
3441            data['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3442            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3443           
3444    def UpdateParmDict(parmDict):
3445        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3446        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3447        '''
3448        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3449                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3450                     )
3451        delList = []
3452        phaselist = []
3453        for item in parmDict: 
3454            if ':' not in item: continue
3455            key = item.split(':')
3456            if len(key) < 3: continue
3457            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3458            if key[0] and key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3459            if key[2].startswith('dA'):
3460                delList.append(item)
3461            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3462            elif key[2] in Ddict:
3463                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3464                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3465                delList.append(item)
3466        for item in delList:
3467            del parmDict[item]               
3468        for i in phaselist:
3469            pId = int(i)
3470            # apply cell symmetry
3471            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3472            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3473            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3474                if i in uniqCellIndx[pId]:
3475                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3476                    parmDict[lbl] = val
3477            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3478            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3479        return parmDict
3480
3481    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3482        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3483        GSAS-II variable name.
3484
3485        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3486        inside after the Dict was created.
3487        '''
3488        if not ESD:
3489            return 0.
3490        step = ESD/10
3491        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3492                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3493                     )
3494        results = []
3495        phaselist = []
3496        VparmDict = sampleDict.copy()
3497        for incr in step,-step:
3498            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3499            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3500            # values are not zeroed: fix that!
3501            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3502            VparmDict[var] += incr
3503            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3504            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3505            # needed to evaluate the pseudovar
3506            for item in VparmDict:
3507                if item in sampleDict:
3508                    continue 
3509                if ':' not in item: continue
3510                key = item.split(':')
3511                if len(key) < 3: continue
3512                # apply any new shifts to atom positions
3513                if key[2].startswith('dA'):
3514                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3515                    VparmDict[item] = 0.0
3516                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3517                if key[2] in Ddict:
3518                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3519                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3520                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3521            for i in phaselist:
3522                pId = int(i)
3523                # apply cell symmetry
3524                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3525                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3526                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3527                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3528                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3529                        VparmDict[lbl] = val
3530                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3531                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3532            # dict should be fully updated, use it & calculate
3533            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3534            results.append(calcobj.EvalExpression())
3535        if None in results:
3536            return None
3537        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3538       
3539    def EnableParFitEqMenus():
3540        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3541        if data['SeqParFitEqList']:
3542            val = True
3543        else:
3544            val = False
3545        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3546        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3547        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3548
3549    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3550        '''Evaluate the parametric expression(s)
3551        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3552        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3553          expression objects to evaluate
3554        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3555        '''
3556        result = []
3557        for calcobj in calcObjList:
3558            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3559            if calcobj.depSig:
3560                result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3561            else:
3562                result.append(calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())
3563        return result
3564
3565    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3566        'Parametric fit minimizer'
3567        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3568        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3569        if eqObj is not None:
3570            eqObjList = [eqObj,]
3571        else:
3572            eqObjList = data['SeqParFitEqList']
3573        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3574        for obj in eqObjList:
3575            # assemble refined vars for this equation
3576            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3577            # lookup dependent var position
3578            depVar = obj.GetDepVar()
3579            if depVar in colLabels:
3580                indx = colLabels.index(depVar)
3581            else:
3582                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3583            # assemble a list of the independent variables
3584            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3585            # loop over each datapoint
3586            for j,row in enumerate(zip(*G2frame.colList)):
3587                if not UseFlags[j]: continue
3588                # assemble equations to fit
3589                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3590                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3591                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3592                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3593                # values and sigs for current value of dependent var
3594                if row[indx] is None: continue
3595                calcobj.depVal = row[indx]
3596                calcobj.depSig = G2frame.colSigs[indx][j]
3597                calcObjList.append(calcobj)
3598        # varied parameters
3599        varyList = varyValueDict.keys()
3600        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3601        if not varyList:
3602            print 'no variables to refine!'
3603            return
3604        try:
3605            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3606                args=(calcObjList,varyList))
3607            values = result[0]
3608            covar = result[1]
3609            if covar is None:
3610                raise Exception
3611            chisq = np.sum(result[2]['fvec']**2)
3612            GOF = np.sqrt(chisq/(len(calcObjList)-len(varyList)))
3613            esdDict = {}
3614            for i,avar in enumerate(varyList):
3615                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3616        except:
3617            print('====> Fit failed')
3618            return
3619        print('==== Fit Results ====')
3620        print '  chisq =  %.2f, GOF = %.2f'%(chisq,GOF)
3621        for obj in eqObjList:
3622            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3623            ind = '      '
3624            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3625            for var in obj.assgnVars:
3626                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3627            for var in obj.freeVars:
3628                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3629                val = obj.freeVars[var][1]
3630                if obj.freeVars[var][2]:
3631                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3632                else:
3633                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3634        # create a plot for each parametric variable
3635        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3636            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3637            # lookup dependent var position
3638            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3639            # assemble a list of the independent variables
3640            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3641            # loop over each datapoint
3642            fitvals = []
3643            for j,row in enumerate(zip(*G2frame.colList)):
3644                calcobj.SetupCalc({var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars})
3645                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3646            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,fitnum,fitvals)
3647
3648    def SingleParEqFit(eqObj):
3649        DoParEqFit(None,eqObj)
3650
3651    def DelParFitEq(event):
3652        'Ask the user to select function to delete'
3653        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3654        selected = G2G.ItemSelector(
3655            txtlst,G2frame.dataFrame,
3656            multiple=True,
3657            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3658            header='Delete equation')
3659        if selected is None: return
3660        data['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(data['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3661        EnableParFitEqMenus()
3662        if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3663       
3664    def EditParFitEq(event):
3665        'Edit an existing parametric equation'
3666        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3667        if len(txtlst) == 1:
3668            selected = 0
3669        else:
3670            selected = G2G.ItemSelector(
3671                txtlst,G2frame.dataFrame,
3672                multiple=False,
3673                title='Select a parametric equation to edit',
3674                header='Edit equation')
3675        if selected is not None:
3676            dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,VarDict,
3677                data['SeqParFitEqList'][selected],depVarDict=VarDict,
3678                header="Edit the formula for this minimization function",
3679                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3680            newobj = dlg.Show(True)
3681            if newobj:
3682                data['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3683                EnableParFitEqMenus()
3684            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3685
3686    def AddNewParFitEq(event):
3687        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3688
3689        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3690        usedvarlist = []
3691        for obj in data['SeqParFitEqList']:
3692            for var in obj.freeVars:
3693                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3694
3695        dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,VarDict,depVarDict=VarDict,
3696            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3697            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],usedVars=usedvarlist)
3698        obj = dlg.Show(True)
3699        dlg.Destroy()
3700        if obj:
3701            data['SeqParFitEqList'].append(obj)
3702            EnableParFitEqMenus()
3703            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3704               
3705    def CopyParFitEq(event):
3706        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3707        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3708        usedvarlist = []
3709        for obj in data['SeqParFitEqList']:
3710            for var in obj.freeVars:
3711                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3712        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3713        if len(txtlst) == 1:
3714            selected = 0
3715        else:
3716            selected = G2G.ItemSelector(
3717                txtlst,G2frame.dataFrame,
3718                multiple=False,
3719                title='Select a parametric equation to copy',
3720                header='Copy equation')
3721        if selected is not None:
3722            newEqn = copy.deepcopy(data['SeqParFitEqList'][selected])
3723            for var in newEqn.freeVars:
3724                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3725            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3726                G2frame.dataDisplay,VarDict,newEqn,depVarDict=VarDict,
3727                header="Edit the formula for this minimization function",
3728                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3729            newobj = dlg.Show(True)
3730            if newobj:
3731                data['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3732                EnableParFitEqMenus()
3733            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3734                                           
3735    def GridSetToolTip(row,col):
3736        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3737        as a tooltip
3738        '''
3739        if G2frame.colSigs[col]:
3740            return u'\u03c3 = '+str(G2frame.colSigs[col][row])
3741        return ''
3742       
3743    def GridColLblToolTip(col):
3744        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3745        (from data['variableLabels']) or the default name
3746        '''
3747        if col < 0 or col > len(colLabels):
3748            print 'Illegal column #',col
3749            return
3750        var = colLabels[col]
3751        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3752       
3753    def SetLabelString(event):
3754        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3755        as a tooltip and for plotting
3756        '''
3757        col = event.GetCol()
3758        if col < 0 or col > len(colLabels):
3759            return
3760        var = colLabels[col]
3761        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3762        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3763                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3764        if dlg.Show():
3765            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3766        dlg.Destroy()
3767
3768    def DoSequentialExport(event):
3769        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3770        '''
3771        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3772        if vals is None:
3773            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3774        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3775   
3776    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3777   
3778    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3779    cellGUIlist = [
3780        [['m3','m3m'],(0,)],
3781        [['3R','3mR'],(0,3)],
3782        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3783        [['mmm'],(0,1,2)],
3784        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3785        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3786        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3787        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3788        ]
3789    # cell labels
3790    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3791
3792    #======================================================================
3793    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3794    #======================================================================
3795    if not data:
3796        print 'No sequential refinement results'
3797        return
3798    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3799    data['variableLabels'] = variableLabels
3800    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3801    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3802    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3803    if 'SeqPseudoVars' not in data: data['SeqPseudoVars'] = {}
3804    if 'SeqParFitEqList' not in data: data['SeqParFitEqList'] = []
3805    histNames = data['histNames']
3806    if G2frame.dataDisplay:
3807        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3808    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3809        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3810        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3811    sampleParms = GetSampleParms()
3812
3813    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3814    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3815    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3816    # error will arise if there constraints on coordinates?
3817    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3818   
3819    # make dict of varied cell parameters equivalents
3820    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3821    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3822    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3823    newCellDict = {}
3824    for name in histNames:
3825        newCellDict.update(data[name].get('newCellDict',{}))
3826#    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3827    cellAlist = []
3828    for item in newCellDict:
3829        cellAlist.append(newCellDict[item][0])
3830        if item in data.get('varyList',[]):
3831            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3832            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3833    # add coordinate equivalents to lookup table
3834    for parm in atomLookup:
3835        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3836        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3837
3838    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3839    RecpCellTerms = {}
3840    SGdata = {}
3841    uniqCellIndx = {}
3842    initialCell = {}
3843    RcellLbls = {}
3844    zeroDict = {}
3845    for phase in Phases:
3846        phasedict = Phases[phase]
3847        pId = phasedict['pId']
3848        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3849        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3850        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3851        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3852        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3853        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3854        if laue == '2/m':
3855            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3856        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3857            if laue in symlist:
3858                uniqCellIndx[pId] = celllist
3859                break
3860        else: # should not happen
3861            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3862        for i in uniqCellIndx[pId]:
3863            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3864
3865    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3866    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3867    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3868        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3869        Status.SetStatusText('')
3870    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3871    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3872    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3873    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3874    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3875    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3876    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3877    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3878    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3879    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3880    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3881    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3882    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3883    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3884    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3885    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3886    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3887
3888    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3889        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3890
3891    EnablePseudoVarMenus()
3892    EnableParFitEqMenus()
3893
3894    # scan for locations where the variables change
3895    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3896    combinedVaryList = []
3897    firstValueDict = {}
3898    vallookup = {}
3899    posdict = {}
3900    prevVaryList = []
3901    foundNames = []
3902    missing = 0
3903    for i,name in enumerate(histNames):
3904        if name not in data:
3905            if missing < 5:
3906                print(" Warning: "+name+" not found")
3907            elif missing == 5:
3908                print ' Warning: more are missing'
3909            missing += 1
3910            continue
3911        foundNames.append(name)
3912        maxPWL = 5
3913        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3914            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3915            if 'PWL' in svar:
3916                if int(svar.split(':')[-1]) > maxPWL:
3917                    continue
3918            if svar not in combinedVaryList:
3919                # add variables to list as they appear
3920                combinedVaryList.append(svar)
3921                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3922        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3923            prevVaryList = data[name]['varyList']
3924            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3925            posdict[name] = {}
3926            for var in data[name]['varyList']:
3927                svar = striphist(var,'*')
3928                if 'PWL' in svar:
3929                    if int(svar.split(':')[-1]) > maxPWL:
3930                        continue
3931                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3932            VaryListChanges.append(name)
3933    if missing:
3934        print ' Warning: Total of %d data sets missing from sequential results'%(missing)
3935    if len(VaryListChanges) > 1:
3936        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3937    else:
3938        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3939    #-----------------------------------------------------------------------------------
3940    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3941    histNames = foundNames
3942    nRows = len(histNames)
3943    G2frame.colList = [nRows*[True]]
3944    G2frame.colSigs = [None]
3945    colLabels = ['Use']
3946    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3947    # start with Rwp values
3948    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3949        G2frame.colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3950        G2frame.colSigs += [None]
3951        colLabels += ['Rwp']
3952        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3953    # add % change in Chi^2 in last cycle
3954    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3955        G2frame.colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3956        G2frame.colSigs += [None]
3957        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3958        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
3959    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3960    # add changing sample parameters to table
3961    for key in sampleParms:
3962        G2frame.colList += [sampleParms[key]]
3963        G2frame.colSigs += [None]
3964        colLabels += [key]
3965        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3966    sampleDict = {}
3967    for i,name in enumerate(histNames):
3968        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3969    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3970    if Controls.get('ShowCell',False):
3971        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3972            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3973            cells = []
3974            cellESDs = []
3975            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3976            colLabels += [pfx+'Vol']
3977            Types += (len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
3978            Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3979            Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3980            for hId,name in enumerate(histNames):
3981                phfx = '%d:%d:'%(pId,hId)
3982                esdLookUp = {}
3983                dLookup = {}
3984                for item in data[name]['newCellDict']:
3985                    if phfx+item.split('::')[1] in data[name]['varyList']:
3986                        esdLookUp[newCellDict[item][0]] = item
3987                        dLookup[item] = newCellDict[item][0]
3988                covData = {'varyList': [dLookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3989                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']}
3990                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3991                # update with refined values
3992                for i in range(6):
3993                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3994                    if var in cellAlist:
3995                        try:
3996                            val = data[name]['newCellDict'][esdLookUp[var]][1] # get refined value
3997                            A[i] = val # override with updated value
3998                        except KeyError:
3999                            A[i] = None
4000                # apply symmetry
4001                cellDict = dict(zip(Albls,A))
4002                if None in A:
4003                    c = 6*[None]
4004                    cE = 6*[None]
4005                    vol = None
4006                else:
4007                    A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
4008                    # convert to direct cell & add only unique values to table
4009                    c = G2lat.A2cell(A)
4010                    vol = G2lat.calc_V(A)
4011                    cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
4012                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
4013                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
4014            G2frame.colList += zip(*cells)
4015            G2frame.colSigs += zip(*cellESDs)
4016    # sort out the variables in their selected order
4017    varcols = 0
4018    for d in posdict.itervalues():
4019        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
4020    # get labels for each column
4021    for i in range(varcols):
4022        lbl = ''
4023        for h in VaryListChanges:
4024            if posdict[h].get(i):
4025                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
4026                if lbl != "": lbl += '/'
4027                lbl += posdict[h].get(i)
4028        colLabels.append(lbl)
4029    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
4030    vals = []
4031    esds = []
4032    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
4033    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
4034    for name in histNames:
4035        if name in posdict:
4036            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
4037            # translate variable names to how they will be used in the headings
4038            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
4039            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
4040            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
4041            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
4042        if not varsellist: raise Exception()
4043        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
4044        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
4045        #GSASIIpath.IPyBreak()
4046    G2frame.colList += zip(*vals)
4047    G2frame.colSigs += zip(*esds)
4048    # compute and add weight fractions to table if varied
4049    for phase in Phases:
4050        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
4051        if var not in combinedVaryList: continue
4052        wtFrList = []
4053        sigwtFrList = []
4054        for i,name in enumerate(histNames):
4055            wtFrSum = 0.
4056            for phase1 in Phases:
4057                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
4058            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
4059            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
4060            wtFrList.append(wtFr)
4061            if var in data[name]['varyList']:
4062                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
4063            else:
4064                sig = 0.0
4065            sigwtFrList.append(sig)
4066        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
4067        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
4068        G2frame.colList += [wtFrList]
4069        G2frame.colSigs += [sigwtFrList]
4070               
4071    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
4072    # from parameter label
4073    depValDict = {}
4074    depSigDict = {}
4075    for name in histNames:
4076        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
4077            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
4078            svar = striphist(var,'*')
4079            if svar not in depValDict:
4080               depValDict[svar] = [val]
4081               depSigDict[svar] = [sig]
4082            else:
4083               depValDict[svar].append(val)
4084               depSigDict[svar].append(sig)
4085    # add the dependent constrained variables to the table
4086    for var in sorted(depValDict):
4087        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
4088        colLabels.append(var)
4089        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
4090        G2frame.colSigs += [depSigDict[var]]
4091        G2frame.colList += [depValDict[var]]
4092
4093    # add atom parameters to table
4094    colLabels += atomLookup.keys()
4095    for parm in sorted(atomLookup):
4096        G2frame.colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
4097        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
4098        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
4099            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
4100            G2frame.colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
4101        else:
4102            G2frame.colSigs += [None]
4103    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
4104    for expr in data['SeqPseudoVars']:
4105        obj = data['SeqPseudoVars'][expr]
4106        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
4107        valList = []
4108        esdList = []
4109        for seqnum,name in enumerate(histNames):
4110            sigs = data[name]['sig']
4111            G2mv.InitVars()
4112            parmDict = data[name].get('parmDict')
4113            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
4114            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
4115            varyList = data[name]['varyList']
4116            parmDict = data[name]['parmDict']
4117            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
4118            if 'Dist' in expr:
4119                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
4120                pId = obj.distance_dict['pId']
4121                aId,bId = obj.distance_atoms
4122                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
4123                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
4124                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
4125                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
4126#                GSASIIpath.IPyBreak()
4127            elif 'Angle' in expr:
4128                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
4129                pId = obj.angle_dict['pId']
4130                aId,bId = obj.angle_atoms
4131                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
4132                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
4133                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
4134                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
4135                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
4136            else:
4137                derivs = np.array(
4138                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
4139                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
4140                if None in list(derivs):
4141                    esdList.append(None)
4142                else:
4143                    esdList.append(np.sqrt(
4144                        np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
4145            PSvarDict = parmDict.copy()
4146            PSvarDict.update(sampleDict[name])
4147            UpdateParmDict(PSvarDict)
4148            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
4149            valList.append(calcobj.EvalExpression())
4150#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
4151        if not esdList:
4152            esdList = None
4153        G2frame.colList += [valList]
4154        G2frame.colSigs += [esdList]
4155        colLabels += [expr]
4156        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3']
4157    #---- table build done -------------------------------------------------------------
4158
4159    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
4160   
4161    name = histNames[0]
4162    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
4163    PSvarDict = parmDict.copy()
4164    PSvarDict.update(sampleParms)
4165    UpdateParmDict(PSvarDict)
4166    # Also dicts of variables
4167    # for Parametric fitting from the data table
4168    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*G2frame.colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
4169    parmDict.update({var:val for var,val in newCellDict.values()}) #  add varied reciprocal cell terms
4170    del parmDict['Use']
4171    name = histNames[0]
4172
4173    #******************************************************************************
4174    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
4175    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
4176    #raise Exception
4177    VarDict = {}
4178    for i,var in enumerate(colLabels):
4179        if var in ['Use','Rwp',u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']: continue
4180        if G2frame.colList[i][0] is None:
4181            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
4182        elif G2frame.colSigs[i]:
4183            val,sig = G2frame.colList[i][0],G2frame.colSigs[i][0]
4184        else:
4185            val,sig = G2frame.colList[i][0],None
4186#        if val is None: continue
4187#        elif sig is None or sig == 0.:
4188#            VarDict[var] = val
4189        if striphist(var) not in Dlookup:
4190            VarDict[var] = val
4191    # add recip cell coeff. values
4192    VarDict.update({var:val for var,val in newCellDict.values()})
4193
4194    G2frame.dataFrame.currentGrids = []
4195    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
4196    G2frame.SeqTable = G2G.Table([list(cl) for cl in zip(*G2frame.colList)],     # convert from columns to rows
4197        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
4198    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
4199    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
4200    # make all but first column read-only
4201    for c in range(1,len(colLabels)):
4202        for r in range(nRows):
4203            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
4204    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
4205    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
4206    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
4207    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
4208    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
4209    if prevSize:
4210        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(prevSize)
4211    else:
4212        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
4213    # highlight unconverged shifts
4214    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
4215        for row,name in enumerate(histNames):
4216            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
4217            if deltaChi > 10.:
4218                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
4219            elif deltaChi > 1.0:
4220                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
4221    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
4222    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
4223    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
4224   
4225################################################################################
4226#####  Main PWDR panel
4227################################################################################           
4228       
4229def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
4230    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
4231    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
4232    and the range of data for a simulation.
4233
4234    Also invokes a plot of the histogram.
4235    '''
4236    def onEditSimRange(event):
4237        'Edit simulation range'
4238        inp = [
4239            min(data[1][0]),
4240            max(data[1][0]),
4241            None
4242            ]
4243        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4244        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4245        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4246            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4247            header='Edit simulation range',
4248            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4249            maxvals=(180.,180.,.1),
4250            )
4251        dlg.CenterOnParent()
4252        val = dlg.ShowModal()
4253        dlg.Destroy()
4254        if val != wx.ID_OK: return
4255        if inp[0] > inp[1]:
4256            end,start,step = inp
4257        else:               
4258            start,end,step = inp
4259        step = abs(step)
4260        N = int((end-start)/step)+1
4261        newdata = np.linspace(start,end,N,True)
4262        if len(newdata) < 2: return # too small a range - reject
4263        data[1] = [newdata,np.zeros_like(newdata),np.ones_like(newdata),
4264            np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata),np.zeros_like(newdata)]
4265        Tmin = newdata[0]
4266        Tmax = newdata[-1]
4267        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'Limits'),
4268            [(Tmin,Tmax),[Tmin,Tmax]])
4269        UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item) # redisplay data screen
4270
4271    def OnPlot3DHKL(event):
4272        refList = data[1]['RefList']
4273        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4274        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4275        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4276        Vpoint = np.array([int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))])
4277        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4278            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4279            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4280            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[0,0,1]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4281        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4282       
4283    def OnPlotAll3DHKL(event):
4284        choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['HKLF',])
4285        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame, 'Select reflection sets to plot',
4286            'Use data',choices)
4287        try:
4288            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4289                refNames = [choices[i] for i in dlg.GetSelections()]
4290            else:
4291                return
4292        finally:
4293            dlg.Destroy()
4294        refList = np.zeros(0)
4295        for name in refNames:
4296            Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, name)
4297            reflData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(Id)[1]
4298            if len(refList):
4299                refList = np.concatenate((refList,reflData['RefList']))
4300            else:
4301                refList = reflData['RefList']
4302           
4303        FoMax = np.max(refList.T[8+Super])
4304        Hmin = np.array([int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))])
4305        Hmax = np.array([int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))])
4306        Vpoint = [int(np.mean(refList.T[0])),int(np.mean(refList.T[1])),int(np.mean(refList.T[2]))]
4307        controls = {'Type' : 'Fosq','Iscale' : False,'HKLmax' : Hmax,'HKLmin' : Hmin,'Zone':False,'viewKey':'L',
4308            'FoMax' : FoMax,'Scale' : 1.0,'Drawing':{'viewPoint':[Vpoint,[]],'default':Vpoint[:],
4309            'backColor':[0,0,0],'depthFog':False,'Zclip':10.0,'cameraPos':10.,'Zstep':0.05,'viewUp':[0,1,0],
4310            'Scale':1.0,'oldxy':[],'viewDir':[1,0,0]},'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4311        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4312                 
4313    def OnMergeHKL(event):
4314        Name = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
4315        Inst = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,
4316            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))
4317        CId = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Comments')
4318        if CId:
4319            Comments = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(CId)
4320        else:
4321            Comments = []
4322        refList = np.copy(data[1]['RefList'])
4323        Comments.append(' Merging %d reflections from %s'%(len(refList),Name))
4324        dlg = MergeDialog(G2frame,data)
4325        try:
4326            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
4327                Trans,Cent,Laue = dlg.GetSelection()
4328            else:
4329                return
4330        finally:
4331            dlg.Destroy()
4332        Super = data[1]['Super']
4333        refList,badRefs = G2lat.transposeHKLF(Trans,Super,refList)
4334        if len(badRefs):    #do I want to list badRefs?
4335            G2frame.ErrorDialog('Failed transformation','Matrix yields fractional hkl indices')
4336            return
4337        Comments.append(" Transformation M*H = H' applied; M=")
4338        Comments.append(str(Trans))
4339        refList = G2lat.LaueUnique(Laue,refList)
4340        dlg = wx.ProgressDialog('Build HKL dictonary','',len(refList)+1, 
4341            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4342        HKLdict = {}
4343        for ih,hkl in enumerate(refList):
4344            if str(hkl[:3+Super]) not in HKLdict:
4345                HKLdict[str(hkl[:3+Super])] = [hkl[:3+Super],[hkl[3+Super:],]]
4346            else:
4347                HKLdict[str(hkl[:3+Super])][1].append(hkl[3+Super:])
4348            dlg.Update(ih)
4349        dlg.Destroy()
4350        mergeRef = []
4351        dlg = wx.ProgressDialog('Processing merge','',len(HKLdict)+1, 
4352            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
4353        sumDf = 0.
4354        sumFo = 0.
4355        for ih,hkl in enumerate(HKLdict):
4356            HKL = HKLdict[hkl]
4357            newHKL = list(HKL[0])+list(HKL[1][0])
4358            if len(HKL[1]) > 1:
4359                fos = np.array(HKL[1])
4360                wFo = 1/fos[:,3]**2
4361                Fo = np.average(fos[:,2],weights=wFo)
4362                std = np.std(fos[:,2])
4363                sig = np.sqrt(np.mean(fos[:,3])**2+std**2)
4364                sumFo += np.sum(fos[:,2])
4365                sumDf += np.sum(np.abs(fos[:,2]-Fo))
4366                dlg.Update(ih)
4367                newHKL[5+Super] = Fo
4368                newHKL[6+Super] = sig
4369                newHKL[8+Super] = Fo
4370            if newHKL[5+Super] > 0.:
4371                mergeRef.append(list(newHKL)) 
4372        dlg.Destroy()
4373        if Super:
4374            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,3),2),1),0)
4375        else:
4376            mergeRef = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(mergeRef,2),1),0)
4377        mergeRef = np.array(mergeRef)
4378        if sumFo:
4379            mtext = ' merge R = %6.2f%s for %d reflections in %s'%(100.*sumDf/sumFo,'%',mergeRef.shape[0],Laue)
4380            print mtext
4381            Comments.append(mtext)
4382        else:
4383            print 'nothing to merge for %s reflections'%(mergeRef.shape[0])
4384        HKLFlist = []
4385        newName = Name+' '+Laue
4386        if G2frame.PatternTree.GetCount():
4387            item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)
4388            while item:
4389                name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4390                if name.startswith('HKLF ') and name not in HKLFlist:
4391                    HKLFlist.append(name)
4392                item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
4393        newName = G2obj.MakeUniqueLabel(newName,HKLFlist)
4394        newData = copy.deepcopy(data)
4395        newData[0]['ranId'] = ran.randint(0,sys.maxint)
4396        newData[1]['RefList'] = mergeRef
4397        Id = G2frame.PatternTree.AppendItem(parent=G2frame.root,text=newName)
4398        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4399            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Comments'),Comments)
4400        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,newData)
4401        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4402            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters'),Inst)
4403        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(
4404            G2frame.PatternTree.AppendItem(Id,text='Reflection List'),{})  #dummy entry for GUI use
4405                   
4406    def OnErrorAnalysis(event):
4407        G2plt.PlotDeltSig(G2frame,kind)
4408       
4409    def OnWtFactor(event):
4410        event.Skip()
4411        try:
4412            val = float(wtval.GetValue())
4413        except ValueError:
4414            val = data[0]['wtFactor']
4415        data[0]['wtFactor'] = val
4416        wtval.SetValue('%.3f'%(val))
4417       
4418#    def OnCompression(event):
4419#        data[0] = int(comp.GetValue())
4420       
4421    def onCopyPlotCtrls(event):
4422        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4423        Need this here to pass on the G2frame object.
4424        '''
4425        G2pdG.CopyPlotCtrls(G2frame)
4426
4427    def onCopySelectedItems(event):
4428        '''Respond to menu item to copy multiple sections from a histogram.
4429        Need this here to pass on the G2frame object.
4430        '''
4431        G2pdG.CopySelectedHistItems(G2frame)
4432           
4433    data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4434#patches
4435    if not data:
4436        return
4437    if 'wtFactor' not in data[0]:
4438        data[0] = {'wtFactor':1.0}
4439#    if kind == 'PWDR' and 'Compression' not in data[0]:
4440#        data[0]['Compression'] = 1
4441    #if isinstance(data[1],list) and kind == 'HKLF':
4442    if 'list' in str(type(data[1])) and kind == 'HKLF':
4443        RefData = {'RefList':[],'FF':[]}
4444        for ref in data[1]:
4445            RefData['RefList'].append(ref[:11]+[ref[13],])
4446            RefData['FF'].append(ref[14])
4447        data[1] = RefData
4448        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4449#end patches
4450    if G2frame.dataDisplay:
4451        G2frame.dataDisplay.Destroy()
4452    if kind in ['PWDR','SASD']:
4453        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.PWDRMenu)
4454        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4455        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4456        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopyPlotCtrls, id=wxID_PLOTCTRLCOPY)
4457    elif kind in ['HKLF',]:
4458        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.HKLFMenu)
4459        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
4460        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnMergeHKL, id=wxID_MERGEHKL)
4461        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=wxID_PWD3DHKLPLOT)
4462        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotAll3DHKL, id=wxID_3DALLHKLPLOT)
4463#        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, onCopySelectedItems, id=wxID_PWDCOPY)
4464    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
4465   
4466    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
4467    mainSizer.Add((5,5),)
4468    wtSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
4469    wtSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Weight factor: '),0,WACV)
4470    wtval = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,'%.3f'%(data[0]['wtFactor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
4471    wtval.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnWtFactor)
4472    wtval.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnWtFactor)
4473    wtSizer.Add(wtval,0,WACV)
4474#    if kind == 'PWDR':         #possible future compression feature; NB above patch as well
4475#        wtSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' Compression factor: '),0,WACV)
4476#        choice = ['1','2','3','4','5','6']
4477#        comp = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,choices=choice,
4478#            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
4479#        comp.SetValue(str(data[0]['Compression']))
4480#        comp.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnCompression)
4481#        wtSizer.Add(comp,0,WACV)
4482    mainSizer.Add(wtSizer)
4483    if data[0].get('Dummy'):
4484        simSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
4485        Tmin = min(data[1][0])
4486        Tmax = max(data[1][0])
4487        num = len(data[1][0])
4488        step = (Tmax - Tmin)/(num-1)
4489        t = u'2\u03b8' # 2theta
4490        lbl =  u'Simulation range: {:.2f} to {:.2f} {:s}\nwith {:.4f} steps ({:d} points)'
4491        lbl += u'\n(Edit range resets observed intensities).'
4492        lbl = lbl.format(Tmin,Tmax,t,step,num)
4493        simSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,lbl),
4494                    0,WACV)
4495        but = wx.Button(G2frame.dataDisplay,wx.ID_ANY,"Edit range")
4496        but.Bind(wx.EVT_BUTTON,onEditSimRange)
4497        simSizer.Add(but,0,WACV)
4498        mainSizer.Add(simSizer)
4499    if 'Nobs' in data[0]:
4500        mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,
4501            ' Data residual wR: %.3f%% on %d observations'%(data[0]['wR'],data[0]['Nobs'])))
4502        mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,
4503            ' Durbin-Watson statistic: %.3f'%(data[0].get('Durbin-Watson',0.))))
4504        for value in data[0]:
4505            if 'Nref' in value:
4506                pfx = value.split('Nref')[0]
4507                name = data[0].get(pfx.split(':')[0]+'::Name','?')
4508                if 'SS' in value:
4509                    mainSizer.Add((5,5),)
4510                    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' For incommensurate phase '+name+':'))
4511                    for m,(Rf2,Rf,Nobs) in enumerate(zip(data[0][pfx+'Rf^2'],data[0][pfx+'Rf'],data[0][value])):
4512                        mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,
4513                            u' m = +/- %d: RF\u00b2: %.3f%%, RF: %.3f%% on %d reflections  '% \
4514                            (m,Rf2,Rf,Nobs)))
4515                else:
4516                    mainSizer.Add((5,5),)
4517                    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,' For phase '+name+':'))
4518                    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,
4519                        u' Unweighted phase residuals RF\u00b2: %.3f%%, RF: %.3f%% on %d reflections  '% \
4520                        (data[0][pfx+'Rf^2'],data[0][pfx+'Rf'],data[0][value])))
4521                   
4522    mainSizer.Add((5,5),)
4523    mainSizer.Layout()   
4524    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
4525    Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
4526    Size[1] += 10
4527    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
4528    G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4529    if kind in ['PWDR','SASD']:
4530        NewPlot = True
4531        if 'xylim' in dir(G2frame):
4532            NewPlot = False
4533        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=kind,newPlot=NewPlot)
4534    elif kind == 'HKLF':
4535        Name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4536        phaseName = G2pdG.IsHistogramInAnyPhase(G2frame,Name)
4537        if phaseName:
4538            pId = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Phases')
4539            phaseId =  GetPatternTreeItemId(G2frame,pId,phaseName)
4540            General = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(phaseId)['General']
4541            Super = General.get('Super',0)
4542            SuperVec = General.get('SuperVec',[])
4543        else:
4544            Super = 0
4545            SuperVec = []       
4546        refList = data[1]['RefList']
4547#        GSASIIpath.IPyBreak()
4548        FoMax = np.max(refList.T[5+data[1].get('Super',0)])
4549        page = G2frame.G2plotNB.nb.GetSelection()
4550        tab = ''
4551        if page >= 0:
4552            tab = G2frame.G2plotNB.nb.GetPageText(page)
4553        if '3D' in tab:
4554            Page = G2frame.G2plotNB.nb.GetPage(page)
4555            controls = Page.controls
4556            G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=False,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
4557        else:
4558            controls = {'Type' : 'Fo','ifFc' : True,     
4559                'HKLmax' : [int(np.max(refList.T[0])),int(np.max(refList.T[1])),int(np.max(refList.T[2]))],
4560                'HKLmin' : [int(np.min(refList.T[0])),int(np.min(refList.T[1])),int(np.min(refList.T[2]))],
4561                'FoMax' : FoMax,'Zone' : '001','Layer' : 0,'Scale' : 1.0,'Super':Super,'SuperVec':SuperVec}
4562            G2plt.PlotSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList)
4563                 
4564################################################################################
4565#####  Pattern tree routines
4566################################################################################           
4567       
4568def GetPatternTreeDataNames(G2frame,dataTypes):
4569    '''Finds all items in tree that match a 4 character prefix
4570   
4571    :param wx.Frame G2frame: Data tree frame object
4572    :param list dataTypes: Contains one or more data tree item types to be matched
4573      such as ['IMG '] or ['PWDR','HKLF']
4574    :returns: a list of tree item names for the matching items 
4575    '''
4576    names = []
4577    item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(G2frame.root)       
4578    while item:
4579        name = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4580        if name[:4] in dataTypes:
4581            names.append(name)
4582        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(G2frame.root, cookie)
4583    return names
4584                         
4585def GetPatternTreeItemId(G2frame, parentId, itemText):
4586    '''Find the tree item that matches the text in itemText starting with parentId
4587
4588    :param wx.Frame G2frame: Data tree frame object
4589    :param wx.TreeItemId parentId: tree item to start search with
4590    :param str itemText: text for tree item
4591    '''
4592    item, cookie = G2frame.PatternTree.GetFirstChild(parentId)
4593    while item:
4594        if G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == itemText:
4595            return item
4596        item, cookie = G2frame.PatternTree.GetNextChild(parentId, cookie)
4597    return 0               
4598
4599def SelectDataTreeItem(G2frame,item):
4600    '''Called from :meth:`GSASII.GSASII.OnDataTreeSelChanged` when a item is selected on the tree.
4601    Also called from GSASII.OnPatternTreeEndDrag, OnAddPhase -- might be better to select item, triggering
4602    the the bind to SelectDataTreeItem
4603
4604    Also Called in GSASIIphsGUI.UpdatePhaseData by OnTransform callback.
4605    '''
4606    if G2frame.PickIdText == G2frame.GetTreeItemsList(item): # don't redo the current data tree item
4607        return
4608    oldPage = None # will be set later if already on a Phase item
4609    if G2frame.dataFrame:
4610        # save or finish processing of outstanding events
4611        for grid in G2frame.dataFrame.currentGrids:  # complete any open wx.Grid edits
4612            #if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'): print 'Testing grid edit in',grid
4613            try: 
4614                if grid.IsCellEditControlEnabled(): # complete any grid edits in progress
4615                    if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'): print 'Completing grid edit in',grid
4616                    grid.HideCellEditControl()
4617                    grid.DisableCellEditControl()
4618            except:
4619                pass
4620        if G2frame.dataFrame.GetLabel() == 'Comments': # save any recently entered comments
4621            try:
4622                data = [G2frame.dataDisplay.GetValue()]
4623                G2frame.dataDisplay.Clear() 
4624                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Comments')
4625                if Id: G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,data)
4626            except:     #clumsy but avoids dead window problem when opening another project
4627                pass
4628        elif G2frame.dataFrame.GetLabel() == 'Notebook': # save any recent notebook entries
4629            try:
4630                data = [G2frame.dataDisplay.GetValue()]
4631                G2frame.dataDisplay.Clear() 
4632                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Notebook')
4633                if Id: G2frame.PatternTree.SetItemPyData(Id,data)
4634            except:     #clumsy but avoids dead window problem when opening another project
4635                pass
4636        elif 'Phase Data for' in G2frame.dataFrame.GetLabel():
4637            if G2frame.dataDisplay: 
4638                oldPage = G2frame.dataDisplay.GetSelection()
4639        G2frame.dataFrame.Clear()
4640        G2frame.dataFrame.SetLabel('')
4641    else:
4642        #create the frame for the data item window
4643        G2frame.dataFrame = DataFrame(parent=G2frame.mainPanel,frame=G2frame)
4644        G2frame.dataFrame.PhaseUserSize = None
4645       
4646    SetDataMenuBar(G2frame)
4647    G2frame.dataFrame.Raise()           
4648    G2frame.dataFrame.currentGrids = [] # this will contain pointers to a grid placed in the frame
4649    G2frame.PickId = item
4650    G2frame.PickIdText = None
4651    parentID = G2frame.root
4652    #for i in G2frame.ExportPattern: i.Enable(False)
4653    defWid = [250,150]
4654    if item == G2frame.root:
4655        G2frame.dataFrame.helpKey = "Data tree"
4656        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(defWid)
4657        wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
4658                    value='Select an item from the tree to see/edit parameters')       
4659        return
4660    else:
4661        parentID = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4662        # save name of calling tree item for help. N.B. may want to override this later
4663        prfx = G2frame.PatternTree.GetItemText(item).split()[0]
4664        prfx1 = G2frame.PatternTree.GetItemText(parentID).split()[0]
4665        if prfx in ('IMG','PKS','PWDR','SASD','HKLF','PDF',):
4666            G2frame.dataFrame.helpKey = prfx
4667        elif prfx1 in ('IMG','PKS','PWDR','SASD','HKLF','PDF',):
4668            suffix = G2frame.PatternTree.GetItemText(item)
4669            suffix1 = suffix.split()[0]
4670            if '(Q)' in suffix1 or '(R)' in suffix1: suffix = suffix1
4671            G2frame.dataFrame.helpKey = prfx1 + '_' + suffix
4672        else:
4673            G2frame.dataFrame.helpKey = G2frame.PatternTree.GetItemText(item) # save name of calling tree item for help
4674    if G2frame.PatternTree.GetItemParent(item) == G2frame.root:
4675        G2frame.PatternId = 0
4676        if G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Notebook':
4677            SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.DataNotebookMenu)
4678            #for i in G2frame.ExportPattern: i.Enable(False)
4679            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4680            UpdateNotebook(G2frame,data)
4681        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Controls':
4682            #for i in G2frame.ExportPattern: i.Enable(False)
4683            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4684            if not data:           #fill in defaults
4685                data = copy.copy(G2obj.DefaultControls)    #least squares controls
4686                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)                             
4687            for i in G2frame.Refine: i.Enable(True)
4688            G2frame.EnableSeqRefineMenu()
4689            UpdateControls(G2frame,data)
4690        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item).startswith('Sequential '):
4691            G2frame.dataFrame.helpKey = 'Sequential'  # for now all sequential refinements are documented in one place
4692            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4693            UpdateSeqResults(G2frame,data)
4694        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Covariance':
4695            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4696            G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(defWid)
4697            text = ''
4698            if 'Rvals' in data:
4699                Nvars = len(data['varyList'])
4700                Rvals = data['Rvals']
4701                text = '\nFinal residuals: \nwR = %.3f%% \nchi**2 = %.1f \nGOF = %.2f'%(Rvals['Rwp'],Rvals['chisq'],Rvals['GOF'])
4702                text += '\nNobs = %d \nNvals = %d'%(Rvals['Nobs'],Nvars)
4703                if 'lamMax' in Rvals:
4704                    text += '\nlog10 MaxLambda = %.1f'%(np.log10(Rvals['lamMax']))
4705            wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
4706                value='See plot window for covariance display'+text,style=wx.TE_MULTILINE)
4707            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data)
4708        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Constraints':
4709            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4710            G2cnstG.UpdateConstraints(G2frame,data)
4711        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Rigid bodies':
4712            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4713            G2cnstG.UpdateRigidBodies(G2frame,data)
4714        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Restraints':
4715            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4716            Phases = G2frame.GetPhaseData()
4717            phaseName = ''
4718            if Phases:
4719                phaseName = Phases.keys()[0]
4720            G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(defWid)
4721            G2restG.UpdateRestraints(G2frame,data,Phases,phaseName)
4722        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item).startswith('IMG '):
4723            G2frame.Image = item
4724            G2frame.dataFrame.SetTitle('Image Data')
4725            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(
4726                G2frame,item,'Image Controls'))
4727            G2imG.UpdateImageData(G2frame,data)
4728            G2plt.PlotImage(G2frame,newPlot=True)
4729        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item).startswith('PKS '):
4730            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
4731        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item).startswith('PWDR '):
4732            G2frame.PatternId = item
4733            #for i in G2frame.ExportPattern: i.Enable(True)
4734            if G2frame.EnablePlot:
4735                UpdatePWHKPlot(G2frame,'PWDR',item)
4736        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item).startswith('SASD '):
4737            G2frame.PatternId = item
4738            #for i in G2frame.ExportPattern: i.Enable(True)
4739            if G2frame.EnablePlot:
4740                UpdatePWHKPlot(G2frame,'SASD',item)
4741        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item).startswith('HKLF '):
4742            G2frame.Sngl = True
4743            UpdatePWHKPlot(G2frame,'HKLF',item)
4744        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item).startswith('PDF '):
4745            G2frame.PatternId = item
4746            for i in G2frame.ExportPDF: i.Enable(True) # this should be done on .gpx load; is done on OnMakePDFs (GSASII.py)
4747            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'PDF Controls'))
4748            G2pdG.UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4749            if len(data['G(R)']):
4750                G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='G(R)')
4751        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Phases':
4752            G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(defWid)
4753            wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
4754                value='Select one phase to see its parameters')           
4755    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'PDF Peaks':
4756        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4757        peaks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'PDF Peaks'))
4758        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'PDF Controls'))
4759        G2pdG.UpdatePDFPeaks(G2frame,peaks,data)
4760        if len(data['G(R)']):
4761            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='G(R)',newPlot=True,peaks=peaks)           
4762    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'PDF Controls':
4763        for i in G2frame.ExportPDF: i.Enable(True) # this should be done on .gpx load; is done on OnMakePDFs (GSASII.py)
4764        G2frame.dataFrame.helpKey = G2frame.PatternTree.GetItemText(item) # special treatment to avoid PDF_PDF Controls
4765        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4766        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4767        G2pdG.UpdatePDFGrid(G2frame,data)
4768        if len(data['G(R)']):
4769            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='I(Q)')
4770            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='S(Q)')
4771            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='F(Q)')
4772            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='G(R)')
4773    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(parentID) == 'Phases':
4774        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4775        G2phG.UpdatePhaseData(G2frame,item,data,oldPage)
4776    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Comments':
4777        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.DataCommentsMenu)
4778        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4779        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4780        UpdateComments(G2frame,data)
4781    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Image Controls':
4782        G2frame.dataFrame.SetTitle('Image Controls')
4783        G2frame.Image = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4784        masks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
4785            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.Image, 'Masks'))
4786        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4787        G2frame.ImageZ = G2imG.GetImageZ(G2frame,data)
4788        G2imG.UpdateImageControls(G2frame,data,masks)
4789        G2plt.PlotImage(G2frame,newPlot=False)
4790    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Masks':
4791        G2frame.dataFrame.SetTitle('Masks')
4792        G2frame.Image = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4793        masks = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4794        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
4795            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.Image, 'Image Controls'))
4796        G2frame.ImageZ = G2imG.GetImageZ(G2frame,data)
4797        G2imG.UpdateMasks(G2frame,masks)
4798        G2plt.PlotImage(G2frame,newPlot=False)
4799    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Stress/Strain':
4800        G2frame.dataFrame.SetTitle('Stress/Strain')
4801        G2frame.Image = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4802        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
4803            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.Image, 'Image Controls'))
4804        G2frame.ImageZ = G2imG.GetImageZ(G2frame,data,newRange=False)
4805        strsta = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4806        G2plt.PlotStrain(G2frame,strsta,newPlot=True)
4807        G2plt.PlotImage(G2frame,newPlot=False)
4808        G2imG.UpdateStressStrain(G2frame,strsta)
4809    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Peak List':
4810        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4811        for i in G2frame.ExportPeakList: i.Enable(True)
4812        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4813#patch
4814        if 'list' in str(type(data)):
4815            data = {'peaks':data,'sigDict':{}}
4816            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4817#end patch
4818        G2pdG.UpdatePeakGrid(G2frame,data)
4819        G2plt.PlotPatterns(G2frame)
4820    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Background':
4821        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4822        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4823        G2pdG.UpdateBackground(G2frame,data)
4824        G2plt.PlotPatterns(G2frame)
4825    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Limits':
4826        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4827        datatype = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)[:4]
4828        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4829        G2pdG.UpdateLimitsGrid(G2frame,data,datatype)
4830        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=datatype)
4831    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Instrument Parameters':
4832        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4833        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)[0]
4834        G2pdG.UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
4835        if 'P' in data['Type'][0]:          #powder data only
4836            G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
4837    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Models':
4838        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4839        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4840        G2pdG.UpdateModelsGrid(G2frame,data)
4841        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD')
4842        if len(data['Size']['Distribution']):
4843            G2plt.PlotSASDSizeDist(G2frame)
4844    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Substances':
4845        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4846        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4847        G2pdG.UpdateSubstanceGrid(G2frame,data)
4848    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Sample Parameters':
4849        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4850        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4851        datatype = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)[2][:4]
4852
4853        if 'Temperature' not in data:           #temp fix for old gpx files
4854            data = {'Scale':[1.0,True],'Type':'Debye-Scherrer','Absorption':[0.0,False],'DisplaceX':[0.0,False],
4855                'DisplaceY':[0.0,False],'Diffuse':[],'Temperature':300.,'Pressure':1.0,
4856                    'FreePrm1':0.,'FreePrm2':0.,'FreePrm3':0.,
4857                    'Gonio. radius':200.0}
4858            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4859   
4860        G2pdG.UpdateSampleGrid(G2frame,data)
4861        G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType=datatype)
4862    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Index Peak List':
4863        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4864        for i in G2frame.ExportPeakList: i.Enable(True)
4865        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4866#patch
4867        if len(data) != 2:
4868            data = [data,[]]
4869            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)
4870#end patch
4871        G2pdG.UpdateIndexPeaksGrid(G2frame,data)
4872        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
4873            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
4874        else:
4875            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
4876    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Unit Cells List':
4877        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4878        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4879        if not data:
4880            data.append([0,0.0,4,25.0,0,'P1',1,1,1,90,90,90]) #zero error flag, zero value, max Nc/No, start volume
4881            data.append([0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0])      #Bravais lattice flags
4882            data.append([])                                 #empty cell list
4883            data.append([])                                 #empty dmin
4884            data.append({})                                 #empty superlattice stuff
4885            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data)                             
4886#patch
4887        if len(data) < 5:
4888            data.append({'Use':False,'ModVec':[0,0,0.1],'maxH':1,'ssSymb':''})                                 #empty superlattice stuff
4889            G2frame.PatternTree.SetItemPyData(item,data) 
4890#end patch
4891        G2pdG.UpdateUnitCellsGrid(G2frame,data)
4892        if 'PKS' in G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId):
4893            G2plt.PlotPowderLines(G2frame)
4894        else:
4895            G2plt.PlotPatterns(G2frame)
4896    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Reflection Lists':   #powder reflections
4897        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4898        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
4899        G2frame.RefList = ''
4900        if len(data):
4901            G2frame.RefList = data.keys()[0]
4902        G2pdG.UpdateReflectionGrid(G2frame,data)
4903        G2plt.PlotPatterns(G2frame)
4904    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Reflection List':    #HKLF reflections
4905        G2frame.PatternId = G2frame.PatternTree.GetItemParent(item)
4906        name = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
4907        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2frame.PatternId)
4908        G2pdG.UpdateReflectionGrid(G2frame,data,HKLF=True,Name=name)
4909
4910    if G2frame.PickId:
4911        G2frame.PickIdText = G2frame.GetTreeItemsList(G2frame.PickId)
4912    G2frame.dataFrame.Raise()
4913
4914def SetDataMenuBar(G2frame,menu=None):
4915    '''Set the menu for the data frame. On the Mac put this
4916    menu for the data tree window instead.
4917
4918    Note that data frame items do not have menus, for these (menu=None)
4919    display a blank menu or on the Mac display the standard menu for
4920    the data tree window.
4921    '''
4922    if sys.platform == "darwin":
4923        if menu is None:
4924            G2frame.SetMenuBar(G2frame.GSASIIMenu)
4925        else:
4926            G2frame.SetMenuBar(menu)
4927    else:
4928        if menu is None:
4929            G2frame.dataFrame.SetMenuBar(G2frame.dataFrame.BlankMenu)
4930        else:
4931            G2frame.dataFrame.SetMenuBar(menu)
4932
4933def HowDidIgetHere():
4934    '''Show a traceback with calls that brought us to the current location.
4935    Used for debugging.
4936    '''
4937    import traceback
4938    print 70*'*'   
4939    for i in traceback.format_list(traceback.extract_stack()[:-1]): print(i.strip().rstrip())
4940    print 70*'*'   
4941       
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.