source: trunk/GSASIIgrid.py @ 2731

Last change on this file since 2731 was 2731, checked in by vondreele, 5 years ago

add save of stress/strain ring intensities as MRD in txt file
calculate stress/strain ring intensities from 5x5 pixel blocks (was 3x3)
show sig(MRD) instead of var(MRD) in ring intensities

  • Property svn:eol-style set to native
  • Property svn:keywords set to Date Author Revision URL Id
File size: 232.0 KB
Line 
1# -*- coding: utf-8 -*-
2#GSASIIgrid - data display routines
3########### SVN repository information ###################
4# $Date: 2017-03-01 15:08:17 +0000 (Wed, 01 Mar 2017) $
5# $Author: vondreele $
6# $Revision: 2731 $
7# $URL: trunk/GSASIIgrid.py $
8# $Id: GSASIIgrid.py 2731 2017-03-01 15:08:17Z vondreele $
9########### SVN repository information ###################
10'''
11*GSASIIgrid: Basic GUI routines*
12--------------------------------
13
14'''
15import wx
16import wx.grid as wg
17#import wx.wizard as wz
18#import wx.aui
19import wx.lib.scrolledpanel as wxscroll
20import time
21import copy
22import sys
23import os
24import random as ran
25import numpy as np
26import numpy.ma as ma
27import scipy.optimize as so
28import GSASIIpath
29GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision: 2731 $")
30import GSASIImath as G2mth
31import GSASIIIO as G2IO
32import GSASIIstrIO as G2stIO
33import GSASIIlattice as G2lat
34import GSASIIplot as G2plt
35import GSASIIpwdGUI as G2pdG
36import GSASIIimgGUI as G2imG
37import GSASIIphsGUI as G2phG
38import GSASIIspc as G2spc
39import GSASIImapvars as G2mv
40import GSASIIconstrGUI as G2cnstG
41import GSASIIrestrGUI as G2restG
42import GSASIIpy3 as G2py3
43import GSASIIobj as G2obj
44import GSASIIexprGUI as G2exG
45import GSASIIlog as log
46import GSASIIctrls as G2G
47
48# trig functions in degrees
49sind = lambda x: np.sin(x*np.pi/180.)
50tand = lambda x: np.tan(x*np.pi/180.)
51cosd = lambda x: np.cos(x*np.pi/180.)
52
53# Define a short name for convenience
54WACV = wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL
55
56[ wxID_FOURCALC, wxID_FOURSEARCH, wxID_FOURCLEAR, wxID_PEAKSMOVE, wxID_PEAKSCLEAR, 
57    wxID_CHARGEFLIP, wxID_PEAKSUNIQUE, wxID_PEAKSDELETE, wxID_PEAKSDA,
58    wxID_PEAKSDISTVP, wxID_PEAKSVIEWPT, wxID_FINDEQVPEAKS,wxID_SHOWBONDS,wxID_MULTIMCSA,
59    wxID_SINGLEMCSA,wxID_4DCHARGEFLIP,wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,
60] = [wx.NewId() for item in range(17)]
61
62[ wxID_PWDRADD, wxID_HKLFADD, wxID_PWDANALYSIS, wxID_PWDCOPY, wxID_PLOTCTRLCOPY, 
63    wxID_DATADELETE,wxID_DATACOPY,wxID_DATACOPYFLAGS,wxID_DATASELCOPY,wxID_DATAUSE,
64] = [wx.NewId() for item in range(10)]
65
66[ wxID_ATOMSEDITADD, wxID_ATOMSEDITINSERT, wxID_ATOMSEDITDELETE, 
67    wxID_ATOMSMODIFY, wxID_ATOMSTRANSFORM, wxID_ATOMSVIEWADD, wxID_ATOMVIEWINSERT,
68    wxID_RELOADDRAWATOMS,wxID_ATOMSDISAGL,wxID_ATOMMOVE,wxID_MAKEMOLECULE,
69    wxID_ASSIGNATMS2RB,wxID_ATOMSPDISAGL, wxID_ISODISP,wxID_ADDHATOM,wxID_UPDATEHATOM,
70    wxID_WAVEVARY,wxID_ATOMSROTATE, wxID_ATOMSDENSITY,
71    wxID_ATOMSSETALL, wxID_ATOMSSETSEL,
72] = [wx.NewId() for item in range(21)]
73
74[ wxID_DRAWATOMSTYLE, wxID_DRAWATOMLABEL, wxID_DRAWATOMCOLOR, wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, 
75    wxID_DRAWVIEWPOINT, wxID_DRAWTRANSFORM, wxID_DRAWDELETE, wxID_DRAWFILLCELL, 
76    wxID_DRAWADDEQUIV, wxID_DRAWFILLCOORD, wxID_DRAWDISAGLTOR,  wxID_DRAWPLANE,
77    wxID_DRAWDISTVP, wxID_DRAWADDSPHERE,wxID_DRWAEDITRADII,
78] = [wx.NewId() for item in range(15)]
79
80[ wxID_DRAWRESTRBOND, wxID_DRAWRESTRANGLE, wxID_DRAWRESTRPLANE, wxID_DRAWRESTRCHIRAL,
81] = [wx.NewId() for item in range(4)]
82
83[ wxID_ADDMCSAATOM,wxID_ADDMCSARB,wxID_CLEARMCSARB,wxID_MOVEMCSA,wxID_MCSACLEARRESULTS,
84] = [wx.NewId() for item in range(5)]
85
86[ wxID_CLEARTEXTURE,wxID_REFINETEXTURE,
87] = [wx.NewId() for item in range(2)]
88
89[ wxID_LOADDIFFAX,wxID_LAYERSIMULATE,wxID_SEQUENCESIMULATE, wxID_LAYERSFIT, wxID_COPYPHASE,
90] = [wx.NewId() for item in range(5)]
91
92[ wxID_PAWLEYLOAD, wxID_PAWLEYESTIMATE, wxID_PAWLEYUPDATE, wxID_PAWLEYSELALL, wxID_PAWLEYSELNONE,
93  wxID_PAWLEYSELTOGGLE, wxID_PAWLEYSET, 
94] = [wx.NewId() for item in range(7)]
95
96[ wxID_IMCALIBRATE,wxID_IMRECALIBRATE,wxID_IMINTEGRATE, wxID_IMCLEARCALIB,wxID_IMRECALIBALL, 
97    wxID_IMCOPYCONTROLS, wxID_INTEGRATEALL, wxID_IMSAVECONTROLS, wxID_IMLOADCONTROLS, wxID_IMAUTOINTEG,
98    wxID_IMCOPYSELECTED, wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, wxID_IMXFERCONTROLS,wxID_IMRESETDIST,
99] = [wx.NewId() for item in range(14)]
100
101[ wxID_MASKCOPY, wxID_MASKSAVE, wxID_MASKLOAD, wxID_NEWMASKSPOT,wxID_NEWMASKARC,wxID_NEWMASKRING,
102    wxID_NEWMASKFRAME, wxID_NEWMASKPOLY,wxID_MASKLOADNOT,wxID_FINDSPOTS,wxID_DELETESPOTS
103] = [wx.NewId() for item in range(11)]
104
105[ wxID_STRSTACOPY, wxID_STRSTAFIT, wxID_STRSTASAVE, wxID_STRSTALOAD,wxID_STRSTSAMPLE,
106    wxID_APPENDDZERO,wxID_STRSTAALLFIT,wxID_UPDATEDZERO,wxID_STRSTAPLOT,wxID_STRRINGSAVE,
107] = [wx.NewId() for item in range(10)]
108
109[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY, wxID_SAMPLECOPY, wxID_SAMPLECOPYSOME, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
110    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,wxID_ADDEXCLREGION,wxID_SETSCALE,wxID_SAMPLE1VAL,wxID_ALLSAMPLELOAD,
111    wxID_MAKEBACKRDF,
112] = [wx.NewId() for item in range(13)]
113
114[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
115    wxID_INSTSAVE, wxID_INST1VAL, wxID_INSTCALIB,wxID_INSTSAVEALL,
116] = [wx.NewId() for item in range(9)]
117
118[ wxID_UNDO,wxID_LSQPEAKFIT,wxID_LSQONECYCLE,wxID_RESETSIGGAM,wxID_CLEARPEAKS,wxID_AUTOSEARCH,
119    wxID_PEAKSCOPY, wxID_SEQPEAKFIT,
120] = [wx.NewId() for item in range(8)]
121
122[  wxID_INDXRELOAD, wxID_INDEXPEAKS, wxID_REFINECELL, wxID_COPYCELL, wxID_MAKENEWPHASE,
123    wxID_EXPORTCELLS,
124] = [wx.NewId() for item in range(6)]
125
126[ wxID_CONSTRAINTADD,wxID_EQUIVADD,wxID_HOLDADD,wxID_FUNCTADD,wxID_ADDRIDING,
127  wxID_CONSPHASE, wxID_CONSHIST, wxID_CONSHAP, wxID_CONSGLOBAL,wxID_EQUIVALANCEATOMS,
128] = [wx.NewId() for item in range(10)]
129
130[ wxID_RESTRAINTADD, wxID_RESTSELPHASE,wxID_RESTDELETE, wxID_RESRCHANGEVAL, 
131    wxID_RESTCHANGEESD,wxID_AARESTRAINTADD,wxID_AARESTRAINTPLOT,
132] = [wx.NewId() for item in range(7)]
133
134[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,wxID_RESIDUETORSSEQ,
135    wxID_AUTOFINDRESRB,wxID_GLOBALRESREFINE,wxID_RBREMOVEALL,wxID_COPYRBPARMS,
136    wxID_GLOBALTHERM,wxID_VECTORBODYADD
137] = [wx.NewId() for item in range(10)]
138
139[ wxID_RENAMESEQSEL,wxID_SAVESEQSEL,wxID_SAVESEQSELCSV,wxID_SAVESEQCSV,wxID_PLOTSEQSEL,
140  wxID_ORGSEQSEL,wxADDSEQVAR,wxDELSEQVAR,wxEDITSEQVAR,wxCOPYPARFIT,wxID_AVESEQSEL,
141  wxADDPARFIT,wxDELPARFIT,wxEDITPARFIT,wxDOPARFIT,wxADDSEQDIST,wxADDSEQANGLE
142] = [wx.NewId() for item in range(17)]
143
144[ wxID_MODELCOPY,wxID_MODELFIT,wxID_MODELADD,wxID_ELEMENTADD,wxID_ELEMENTDELETE,
145    wxID_ADDSUBSTANCE,wxID_LOADSUBSTANCE,wxID_DELETESUBSTANCE,wxID_COPYSUBSTANCE,
146    wxID_MODELUNDO,wxID_MODELFITALL,wxID_MODELCOPYFLAGS,
147] = [wx.NewId() for item in range(12)]
148
149[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
150] = [wx.NewId() for item in range(5)]
151
152[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS, wxID_PDFCOMPUTE, 
153    wxID_PDFCOMPUTEALL, wxID_PDFADDELEMENT, wxID_PDFDELELEMENT, wxID_PDFPKSFIT,
154    wxID_PDFPKSFITALL,wxID_PDFCOPYPEAKS,wxID_CLEARPDFPEAKS,
155] = [wx.NewId() for item in range(11)]
156
157[ wxID_MCRON,wxID_MCRLIST,wxID_MCRSAVE,wxID_MCRPLAY,
158] = [wx.NewId() for item in range(4)]
159
160VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
161
162commonTrans = {'abc':np.eye(3),'a-cb':np.array([[1,0,0],[0,0,-1],[0,1,0]]),
163    'ba-c':np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]),'-cba':np.array([[0,0,-1],[0,1,0],[1,0,0]]),
164    'bca':np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]),'cab':np.array([[0,0,1],[1,0,0],[0,1,0]]),
165    'P->R':np.array([[1,-1,0],[0,1,-1],[1,1,1]]),'R->P':np.array([[2./3,1./3,1./3],[-1./3,1./3,1./3],[-1./3,-2./3,1./3]]),
166    'P->A':np.array([[-1,0,0],[0,-1,1],[0,1,1]]),'R->O':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]),
167    'P->B':np.array([[-1,0,1],[0,-1,0],[1,0,1]]),'B->P':np.array([[-.5,0,.5],[0,-1,0],[.5,0,.5]]),
168    'P->C':np.array([[1,1,0],[1,-1,0],[0,0,-1]]),'C->P':np.array([[.5,.5,0],[.5,-.5,0],[0,0,-1]]),
169    'P->F':np.array([[-1,1,1],[1,-1,1],[1,1,-1]]),'F->P':np.array([[0,.5,.5],[.5,0,.5],[.5,.5,0]]),   
170    'P->I':np.array([[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0]]),'I->P':np.array([[-.5,.5,.5],[.5,-.5,.5],[.5,.5,-.5]]),   
171    'A->P':np.array([[-1,0,0],[0,-.5,.5],[0,.5,.5]]),'O->R':np.array([[-1,0,0],[0,-1,0],[0,0,1]]), 
172    'abc*':np.eye(3), }
173commonNames = ['abc','bca','cab','a-cb','ba-c','-cba','P->A','A->P','P->B','B->P','P->C','C->P',
174    'P->I','I->P','P->F','F->P','P->R','R->P','R->O','O->R','abc*',]
175
176# Should SGMessageBox, SymOpDialog, DisAglDialog be moved?
177
178################################################################################
179#### GSAS-II class definitions
180################################################################################
181
182class SGMessageBox(wx.Dialog):
183    ''' Special version of MessageBox that displays space group & super space group text
184    in two blocks
185    '''
186    def __init__(self,parent,title,text,table,):
187        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
188            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
189        self.text = text
190        self.table = table
191        self.panel = wx.Panel(self)
192        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
193        mainSizer.Add((0,10))
194        for line in text:
195            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
196        ncol = self.table[0].count(',')+1
197        tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
198        for j,item in enumerate(self.table):
199            num,flds = item.split(')')
200            tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s  '%(num+')')),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
201            flds = flds.replace(' ','').split(',')
202            for i,fld in enumerate(flds):
203                if i < ncol-1:
204                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
205                else:
206                    tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='%s'%(fld)),0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
207            if not j%2:
208                tableSizer.Add((20,0))
209        mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_LEFT)
210        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
211        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
212        OKbtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
213        OKbtn.SetDefault()
214        btnsizer.AddButton(OKbtn)
215        btnsizer.Realize()
216        mainSizer.Add((0,10))
217        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
218        self.panel.SetSizer(mainSizer)
219        self.panel.Fit()
220        self.Fit()
221        size = self.GetSize()
222        self.SetSize([size[0]+20,size[1]])
223
224    def Show(self):
225        '''Use this method after creating the dialog to post it
226        '''
227        self.ShowModal()
228        return
229
230    def OnOk(self,event):
231        parent = self.GetParent()
232        parent.Raise()
233        self.EndModal(wx.ID_OK)
234
235class SGMagSpinBox(wx.Dialog):
236    ''' Special version of MessageBox that displays magnetic spin text
237    '''
238    def __init__(self,parent,title,text,table,names,spins,):
239        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,pos=wx.DefaultPosition,
240            style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER,size=wx.Size(420,350))
241        self.text = text
242        self.table = table
243        self.names = names
244        self.spins = spins
245        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)
246        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
247        mainSizer.Add((0,10))
248        first = text[0].split(':')[-1].strip()
249        cents = [0,]
250        if 'P' != first[0]:
251            cents = text[-1].split(';')
252        for line in text:
253            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='     %s     '%(line)),0,WACV)
254        ncol = self.table[0].count(',')+2
255        for ic,cent in enumerate(cents):
256            if cent:
257                cent = cent.strip(' (').strip(')+\n') 
258                mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' for (%s)+'%(cent)),0,WACV)
259            tableSizer = wx.FlexGridSizer(0,2*ncol+3,0,0)
260            for j,item in enumerate(self.table):
261                flds = item.split(')')[1]
262                tableSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  (%2d)  '%(j+1)),0,WACV|wx.ALIGN_LEFT)           
263                flds = flds.replace(' ','').split(',')
264                for i,fld in enumerate(flds):
265                    if i < ncol-1:
266                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s, '%(fld))
267                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
268                    else:
269                        text = wx.StaticText(self.panel,label='%s '%(fld))
270                        tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
271                text = wx.StaticText(self.panel,label=' (%s) '%(self.names[j]))
272                if self.spins[j+ic*len(self.table)] < 0:
273                    text.SetForegroundColour('Red')
274                tableSizer.Add(text,0,WACV|wx.ALIGN_RIGHT)
275                if not j%2:
276                    tableSizer.Add((20,0))
277            mainSizer.Add(tableSizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
278           
279        btnsizer = wx.StdDialogButtonSizer()
280        OKbtn = wx.Button(self.panel, wx.ID_OK)
281        OKbtn.SetDefault()
282        btnsizer.AddButton(OKbtn)
283        btnsizer.Realize()
284        mainSizer.Add((0,10))
285        mainSizer.Add(btnsizer,0,wx.ALIGN_CENTER)
286        self.panel.SetSizer(mainSizer)
287        size = np.array(self.GetSize())
288        self.panel.SetupScrolling()
289        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
290        self.panel.SetSize(size)
291        self.panel.SetAutoLayout(1)
292
293    def Show(self):
294        '''Use this method after creating the dialog to post it
295        '''
296        self.ShowModal()
297        return   
298
299################################################################################
300class SymOpDialog(wx.Dialog):
301    '''Class to select a symmetry operator
302    '''
303    def __init__(self,parent,SGData,New=True,ForceUnit=False):
304        wx.Dialog.__init__(self,parent,-1,'Select symmetry operator',
305            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
306        panel = wx.Panel(self)
307        self.SGData = SGData
308        self.New = New
309        self.Force = ForceUnit
310        self.OpSelected = [0,0,0,[0,0,0],False,False]
311        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
312        if ForceUnit:
313            choice = ['No','Yes']
314            self.force = wx.RadioBox(panel,-1,'Force to unit cell?',choices=choice)
315            self.force.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
316            mainSizer.Add(self.force,0,WACV|wx.TOP,5)
317#        if SGData['SGInv']:
318        choice = ['No','Yes']
319        self.inv = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose inversion?',choices=choice)
320        self.inv.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
321        mainSizer.Add(self.inv,0,WACV)
322        if SGData['SGLatt'] != 'P':
323            LattOp = G2spc.Latt2text(SGData['SGLatt']).split(';')
324            self.latt = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose cell centering?',choices=LattOp)
325            self.latt.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
326            mainSizer.Add(self.latt,0,WACV)
327        if SGData['SGLaue'] in ['-1','2/m','mmm','4/m','4/mmm']:
328            Ncol = 2
329        else:
330            Ncol = 3
331        OpList = []
332        for Opr in SGData['SGOps']:
333            OpList.append(G2spc.MT2text(Opr))
334        self.oprs = wx.RadioBox(panel,-1,'Choose space group operator?',choices=OpList,
335            majorDimension=Ncol)
336        self.oprs.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
337        mainSizer.Add(self.oprs,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
338        mainSizer.Add(wx.StaticText(panel,-1,"   Choose unit cell?"),0,WACV)
339        cellSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
340        cellName = ['X','Y','Z']
341        self.cell = []
342        for i in range(3):
343            self.cell.append(wx.SpinCtrl(panel,-1,cellName[i],size=wx.Size(50,20)))
344            self.cell[-1].SetRange(-3,3)
345            self.cell[-1].SetValue(0)
346            self.cell[-1].Bind(wx.EVT_SPINCTRL, self.OnOpSelect)
347            cellSizer.Add(self.cell[-1],0,WACV)
348        mainSizer.Add(cellSizer,0,WACV|wx.BOTTOM,5)
349        if self.New:
350            choice = ['No','Yes']
351            self.new = wx.RadioBox(panel,-1,'Generate new positions?',choices=choice)
352            self.new.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, self.OnOpSelect)
353            mainSizer.Add(self.new,0,WACV)
354
355        OkBtn = wx.Button(panel,-1,"Ok")
356        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
357        cancelBtn = wx.Button(panel,-1,"Cancel")
358        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
359        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
360        btnSizer.Add((20,20),1)
361        btnSizer.Add(OkBtn)
362        btnSizer.Add((20,20),1)
363        btnSizer.Add(cancelBtn)
364        btnSizer.Add((20,20),1)
365
366        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
367        panel.SetSizer(mainSizer)
368        panel.Fit()
369        self.Fit()
370
371    def OnOpSelect(self,event):
372#        if self.SGData['SGInv']:
373        self.OpSelected[0] = self.inv.GetSelection()
374        if self.SGData['SGLatt'] != 'P':
375            self.OpSelected[1] = self.latt.GetSelection()
376        self.OpSelected[2] = self.oprs.GetSelection()
377        for i in range(3):
378            self.OpSelected[3][i] = float(self.cell[i].GetValue())
379        if self.New:
380            self.OpSelected[4] = self.new.GetSelection()
381        if self.Force:
382            self.OpSelected[5] = self.force.GetSelection()
383
384    def GetSelection(self):
385        return self.OpSelected
386
387    def OnOk(self,event):
388        parent = self.GetParent()
389        parent.Raise()
390        self.EndModal(wx.ID_OK)
391
392    def OnCancel(self,event):
393        parent = self.GetParent()
394        parent.Raise()
395        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
396       
397################################################################################
398class SphereEnclosure(wx.Dialog):
399    ''' Add atoms within sphere of enclosure to drawing
400   
401    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
402    :param general: general data (includes drawing data)
403    :param atoms: drawing atoms data
404    :param indx: list of selected atoms (may be empty)
405   
406    '''
407    def __init__(self,parent,general,drawing,indx):
408        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
409            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
410        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
411        self.General = general
412        self.Drawing = drawing
413        self.indx = indx
414        self.Sphere = 1.0
415        self.centers = []
416        self.atomTypes = [[item,True] for item in self.General['AtomTypes']]
417       
418        self.Draw()
419       
420    def Draw(self):
421       
422        def OnRadius(event):
423            event.Skip()
424            try:
425                val = float(radius.GetValue())
426                if val < 0.5:
427                    raise ValueError
428                self.Sphere = val
429            except ValueError:
430                pass
431            radius.SetValue('%.3f'%(self.Sphere))
432           
433        def OnAtomType(event):
434            Obj = event.GetEventObject()
435            id = Ind[Obj.GetId()]
436            self.atomTypes[id][1] = Obj.GetValue()
437       
438        self.panel.Destroy()
439        self.panel = wx.Panel(self)
440        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
441        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere of enclosure controls:'),0,WACV)
442        topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
443        atoms = []
444        if len(self.indx):
445            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at atoms: '),0,WACV)
446            cx,ct,cs = self.Drawing['atomPtrs'][:3]
447#            print self.Drawing.keys()
448            for id in self.indx:
449                atom = self.Drawing['Atoms'][id]
450                self.centers.append(atom[cx:cx+3])
451                atoms.append('%s(%s)'%(atom[ct-1],atom[cs-1]))
452            topSizer.Add(wx.ComboBox(self.panel,choices=atoms,value=atoms[0],
453                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
454        else:
455            topSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere centered at drawing view point'),0,WACV)
456            self.centers.append(self.Drawing['viewPoint'][0])
457        mainSizer.Add(topSizer,0,WACV)
458        sphereSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
459        sphereSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sphere radius: '),0,WACV)
460        radius = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f'%(self.Sphere),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
461        radius.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRadius)
462        radius.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRadius)
463        sphereSizer.Add(radius,0,WACV)
464        mainSizer.Add(sphereSizer,0,WACV)
465        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target selected atoms:'),0,WACV)
466        atSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
467        Ind = {}
468        for i,item in enumerate(self.atomTypes):
469            atm = wx.CheckBox(self.panel,label=item[0])
470            atm.SetValue(item[1])
471            atm.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnAtomType)
472            Ind[atm.GetId()] = i
473            atSizer.Add(atm,0,WACV)
474        mainSizer.Add(atSizer,0,WACV)
475       
476        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
477        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
478        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
479        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
480        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
481        btnSizer.Add((20,20),1)
482        btnSizer.Add(OkBtn)
483        btnSizer.Add((20,20),1)
484        btnSizer.Add(cancelBtn)
485        btnSizer.Add((20,20),1)
486       
487        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
488        self.panel.SetSizer(mainSizer)
489        self.panel.Fit()
490        self.Fit()
491       
492    def GetSelection(self):
493        used = []
494        for atm in self.atomTypes:
495            if atm[1]:
496                used.append(str(atm[0]))
497        return self.centers,self.Sphere,used
498
499    def OnOk(self,event):
500        parent = self.GetParent()
501        parent.Raise()
502        self.EndModal(wx.ID_OK)
503
504    def OnCancel(self,event):
505        parent = self.GetParent()
506        parent.Raise()
507        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
508       
509################################################################################
510class TransformDialog(wx.Dialog):
511    ''' Phase transformation
512   
513    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
514    :param phase: phase data
515   
516    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file
517    '''
518    def __init__(self,parent,phase):
519        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup phase transformation', 
520            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
521        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
522        self.Phase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
523#        self.Super = phase['General']['Super']
524#        if self.Super:
525#            self.Trans = np.eye(4)
526#            self.Vec = np.zeros(4)
527#        else:
528        self.Trans = np.eye(3)
529        self.Vec = np.zeros(3)
530        self.oldSpGrp = phase['General']['SGData']['SpGrp']
531        self.oldSGdata = phase['General']['SGData']
532        self.newSpGrp = self.Phase['General']['SGData']['SpGrp']
533        self.oldCell = phase['General']['Cell'][1:8]
534        self.newCell = self.Phase['General']['Cell'][1:8]
535        self.Common = 'abc'
536        self.ifMag = False
537        self.ifConstr = True
538        self.Draw()
539
540    def Draw(self):
541               
542        def OnMatValue(event):
543            event.Skip()
544            Obj = event.GetEventObject()
545            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
546            val = Obj.GetValue()
547            try:
548                if '/' in val:
549                    vals = val.split('/')
550                    self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
551                else:   
552                    self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
553            except ValueError:
554                pass
555            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
556           
557        def OnVecValue(event):
558            event.Skip()
559            Obj = event.GetEventObject()
560            iy = Ind[Obj.GetId()]
561            val = Obj.GetValue()
562            try:
563                if '/' in val:
564                    vals = val.split('/')
565                    self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
566                else:   
567                    self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
568            except ValueError:
569                pass
570            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
571               
572        def OnCommon(event):
573            Obj = event.GetEventObject()
574            self.Common = Obj.GetValue()
575            if '*' in self.Common:
576                A,B = G2lat.cell2AB(self.oldCell[:6])
577                self.newCell[2:5] = [A[2,2],90.,90.]
578                a,b = G2lat.cell2AB(self.newCell[:6])
579                self.Trans = np.inner(a.T,B)    #correct!
580                self.newSpGrp = 'P 1'
581                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(self.newSpGrp)
582                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
583            else:
584                self.Trans = commonTrans[self.Common]
585            OnTest(event)
586       
587        def OnSpaceGroup(event):
588            event.Skip()
589            Flds = SGTxt.GetValue().split()
590            Flds[0] = Flds[0].upper()
591            #get rid of extra spaces between fields first
592            for fld in Flds: fld = fld.strip()
593            SpcGp = ' '.join(Flds)
594            if SpcGp == self.newSpGrp: #didn't change it!
595                return
596            # try a lookup on the user-supplied name
597            SpGrpNorm = G2spc.StandardizeSpcName(SpcGp)
598            if SpGrpNorm:
599                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrpNorm)
600            else:
601                SGErr,SGData = G2spc.SpcGroup(SpcGp)
602            if SGErr:
603                text = [G2spc.SGErrors(SGErr)+'\nSpace Group set to previous']
604                SGTxt.SetValue(self.newSpGrp)
605                msg = 'Space Group Error'
606                Style = wx.ICON_EXCLAMATION
607                Text = '\n'.join(text)
608                wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
609            else:
610                text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
611                self.Phase['General']['SGData'] = SGData
612                self.newSpGrp = SpcGp
613                SGTxt.SetValue(self.Phase['General']['SGData']['SpGrp'])
614                msg = 'Space Group Information'
615                SGMessageBox(self.panel,msg,text,table).Show()
616            if self.Phase['General']['Type'] == 'magnetic':
617                Nops = len(SGData['SGOps'])*len(SGData['SGCen'])
618                if SGData['SGInv']:
619                    Nops *= 2
620                SGData['SpnFlp'] = Nops*[1,]
621#            if self.Phase['General']['Type'] in ['modulated',]:
622#                self.Phase['General']['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
623#                self.Phase['General']['SSGData'] = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],generalData['SuperSg'])[1]
624
625        def OnTest(event):
626            self.newCell = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)
627            wx.CallAfter(self.Draw)
628           
629        def OnMag(event):
630            self.ifMag = mag.GetValue()
631           
632        def OnConstr(event):
633            self.ifConstr = constr.GetValue()
634
635        self.panel.Destroy()
636        self.panel = wx.Panel(self)
637        Ind = {}
638        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
639        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
640        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
641        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix & vector: M*X+V = X'"))
642#        if self.Super:
643#            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
644#        else:
645        commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
646        commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
647        common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames,
648            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
649        common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
650        commonSizer.Add(common,0,WACV)
651        transSizer.Add(commonSizer)
652        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
653        for iy,line in enumerate(self.Trans):
654            for ix,val in enumerate(line):
655                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
656                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
657                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
658                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
659                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
660                Trmat.Add(item)
661            Trmat.Add((25,0),0)
662            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
663                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
664            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
665            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
666            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
667            Trmat.Add(vec)
668        transSizer.Add(Trmat)
669        MatSizer.Add((10,0),0)
670        MatSizer.Add(transSizer)
671        mainSizer.Add(MatSizer)
672        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Old lattice parameters:'),0,WACV)
673        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
674            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.oldCell[0],self.oldCell[1],self.oldCell[2])),0,WACV)
675        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
676            (self.oldCell[3],self.oldCell[4],self.oldCell[5])),0,WACV)
677        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.oldCell[6])),0,WACV)
678        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' New lattice parameters:'),0,WACV)
679        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=
680            ' a = %.5f       b = %.5f      c = %.5f'%(self.newCell[0],self.newCell[1],self.newCell[2])),0,WACV)
681        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' alpha = %.3f beta = %.3f gamma = %.3f'%
682            (self.newCell[3],self.newCell[4],self.newCell[5])),0,WACV)
683        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' volume = %.3f'%(self.newCell[6])),0,WACV)
684        sgSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
685        sgSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='  Space group: '),0,WACV)
686        SGTxt = wx.TextCtrl(self.panel,value=self.newSpGrp,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
687        SGTxt.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSpaceGroup)
688        SGTxt.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnSpaceGroup)
689        sgSizer.Add(SGTxt,0,WACV)
690        mainSizer.Add(sgSizer,0,WACV)
691        if 'magnetic' not in self.Phase['General']['Type']:
692            mag = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make new phase magnetic?')
693            mag.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnMag)
694            mainSizer.Add(mag,0,WACV)
695            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
696                label=' NB: Nonmagnetic atoms will be deleted from new phase'),0,WACV)
697            constr = wx.CheckBox(self.panel,label=' Make constraints between phases?')
698            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel, \
699                label=' Constraints not correct for non-diagonal transforms'),0,WACV)
700            constr.SetValue(self.ifConstr)
701            constr.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnConstr)
702            mainSizer.Add(constr,0,WACV)
703
704        TestBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Test")
705        TestBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, OnTest)
706        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
707        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
708        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
709        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
710        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
711        btnSizer.Add((20,20),1)
712        btnSizer.Add(TestBtn)
713        btnSizer.Add((20,20),1)
714        btnSizer.Add(OkBtn)
715        btnSizer.Add((20,20),1)
716        btnSizer.Add(cancelBtn)
717        btnSizer.Add((20,20),1)
718       
719        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
720        self.panel.SetSizer(mainSizer)
721        self.panel.Fit()
722        self.Fit()
723       
724    def GetSelection(self):
725        if self.ifMag:
726            self.Phase['General']['Name'] += ' mag'
727        else:
728            self.Phase['General']['Name'] += ' %s'%(self.Common)
729        self.Phase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(self.oldCell[:6],self.Trans)           
730        return self.Phase,self.Trans,self.Vec,self.ifMag,self.ifConstr
731
732    def OnOk(self,event):
733        parent = self.GetParent()
734        parent.Raise()
735        self.EndModal(wx.ID_OK)
736
737    def OnCancel(self,event):
738        parent = self.GetParent()
739        parent.Raise()
740        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
741################################################################################
742class UseMagAtomDialog(wx.Dialog):
743    '''Get user selected magnetic atoms after cell transformation
744    '''
745    def __init__(self,parent,Atoms,atCodes):
746        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Magnetic atom selection', 
747            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
748        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
749        self.Atoms = Atoms
750        self.atCodes = atCodes
751        self.Use = len(self.Atoms)*[True,]
752        self.Draw()
753       
754    def Draw(self):
755       
756        def OnUseChk(event):
757            Obj = event.GetEventObject()
758            iuse = Indx[Obj.GetId()]
759            self.Use[iuse] = not self.Use[iuse]
760            Obj.SetValue(self.Use[iuse])
761       
762        self.panel.Destroy()
763        self.panel = wx.Panel(self)
764        Indx = {}
765        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
766       
767        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Name, x, y, z:'),0,WACV)
768        atmSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
769        for iuse,[use,atom] in enumerate(zip(self.Use,self.Atoms)):
770            useChk = wx.CheckBox(self.panel,label='Use?')
771            Indx[useChk.GetId()] = iuse
772            useChk.SetValue(use)
773            useChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnUseChk)
774            atmSizer.Add(useChk,0,WACV)
775            text = ' %s %10.5f %10.5f %10.5f'%(atom[0],atom[3],atom[4],atom[5])
776            atmSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=text),0,WACV)
777        mainSizer.Add(atmSizer)
778       
779        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
780        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
781        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Use All")
782        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
783        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
784        btnSizer.Add((20,20),1)
785        btnSizer.Add(OkBtn)
786        btnSizer.Add((20,20),1)
787        btnSizer.Add(cancelBtn)
788        btnSizer.Add((20,20),1)
789       
790        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
791        self.panel.SetSizer(mainSizer)
792        self.panel.Fit()
793        self.Fit()
794       
795    def GetSelection(self):
796        useAtoms = []
797        useatCodes = []
798        for use,atom,code in zip(self.Use,self.Atoms,self.atCodes):
799            if use:
800                useAtoms.append(atom)
801                useatCodes.append(code)
802        return useAtoms,useatCodes
803
804    def OnOk(self,event):
805        parent = self.GetParent()
806        parent.Raise()
807        self.EndModal(wx.ID_OK)
808
809    def OnCancel(self,event):
810        parent = self.GetParent()
811        parent.Raise()
812        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
813           
814               
815################################################################################
816class RotationDialog(wx.Dialog):
817    ''' Get Rotate & translate matrix & vector - currently not used
818    needs rethinking - possible use to rotate a group of atoms about some
819    vector/origin + translation
820   
821    '''
822    def __init__(self,parent):
823        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Atom group rotation/translation', 
824            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
825        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
826        self.Trans = np.eye(3)
827        self.Vec = np.zeros(3)
828        self.rotAngle = 0.
829        self.rotVec = np.array([0.,0.,1.])
830        self.Expand = ''
831        self.Draw()
832
833    def Draw(self):
834
835        def OnMatValue(event):
836            event.Skip()
837            Obj = event.GetEventObject()
838            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
839            val = Obj.GetValue()
840            if '/' in val:
841                vals = val.split('/')
842                self.Trans[iy,ix] = float(vals[0])/float(vals[1])
843            else:   
844                self.Trans[iy,ix] = float(Obj.GetValue())
845            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Trans[iy,ix]))
846           
847           
848        def OnVecValue(event):
849            event.Skip()
850            Obj = event.GetEventObject()
851            iy = Ind[Obj.GetId()]
852            val = Obj.GetValue()
853            if '/' in val:
854                vals = val.split('/')
855                self.Vec[iy] = float(vals[0])/float(vals[1])
856            else:   
857                self.Vec[iy] = float(Obj.GetValue())
858            Obj.SetValue('%5.3f'%(self.Vec[iy]))
859           
860        def OnExpand(event):
861            self.Expand = expand.GetValue()
862           
863        def OnRotAngle(event):
864            event.Skip()
865            self.rotAngle = float(rotangle.GetValue())
866            rotangle.SetValue('%5.3f'%(self.rotAngle))
867            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
868            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
869            self.Draw()
870           
871        def OnRotVec(event):
872            event.Skip()
873            vals = rotvec.GetValue()
874            vals = vals.split()
875            self.rotVec = np.array([float(val) for val in vals])
876            rotvec.SetValue('%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]))
877            Q = G2mth.AVdeg2Q(self.rotAngle,self.rotVec)
878            self.Trans = G2mth.Q2Mat(Q)
879            self.Draw()
880           
881        self.panel.Destroy()
882        self.panel = wx.Panel(self)
883        Ind = {}
884        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
885        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
886        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
887        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" XYZ Transformation matrix && vector: "+ \
888            "\n B*M*A*(X-V)+V = X'\n A,B: Cartesian transformation matrices"))
889        Trmat = wx.FlexGridSizer(3,5,0,0)
890        for iy,line in enumerate(self.Trans):
891            for ix,val in enumerate(line):
892                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
893                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
894                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
895                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
896                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
897                Trmat.Add(item)
898            Trmat.Add((25,0),0)
899            vec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.Vec[iy]),
900                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
901            Ind[vec.GetId()] = [iy]       
902            vec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnVecValue)
903            vec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnVecValue)
904            Trmat.Add(vec)
905        transSizer.Add(Trmat)
906        MatSizer.Add((10,0),0)
907        MatSizer.Add(transSizer)
908        mainSizer.Add(MatSizer)
909        rotationBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
910        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Rotation angle: '),0,WACV)
911        rotangle = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(self.rotAngle),
912            size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
913        rotangle.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotAngle)
914        rotangle.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotAngle)
915        rotationBox.Add(rotangle,0,WACV)
916        rotationBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' about vector: '),0,WACV)
917        rotvec = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f %5.3f %5.3f'%(self.rotVec[0],self.rotVec[1],self.rotVec[2]),
918            size=(100,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
919        rotvec.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnRotVec)
920        rotvec.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnRotVec)
921        rotationBox.Add(rotvec,0,WACV)
922        mainSizer.Add(rotationBox,0,WACV)
923        expandChoice = ['','xy','xz','yz','xyz']
924        expandBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
925        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Expand -1 to +1 on: '),0,WACV)
926        expand = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Expand,choices=expandChoice,
927            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
928        expand.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnExpand)
929        expandBox.Add(expand,0,WACV)
930        expandBox.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' and find unique atoms '),0,WACV)       
931        mainSizer.Add(expandBox)
932               
933        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
934        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
935        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
936        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
937        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
938        btnSizer.Add((20,20),1)
939        btnSizer.Add(OkBtn)
940        btnSizer.Add((20,20),1)
941        btnSizer.Add(cancelBtn)
942        btnSizer.Add((20,20),1)
943       
944        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
945        self.panel.SetSizer(mainSizer)
946        self.panel.Fit()
947        self.Fit()
948
949    def GetSelection(self):
950        return self.Trans,self.Vec,self.Expand
951
952    def OnOk(self,event):
953        parent = self.GetParent()
954        parent.Raise()
955        self.EndModal(wx.ID_OK)
956
957    def OnCancel(self,event):
958        parent = self.GetParent()
959        parent.Raise()
960        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)   
961       
962################################################################################
963class DIFFaXcontrols(wx.Dialog):
964    ''' Solicit items needed to prepare DIFFaX control.dif file
965    '''
966    def __init__(self,parent,ctrls,parms=None):
967        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'DIFFaX controls', 
968            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
969        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
970        self.ctrls = ctrls
971        self.calcType = 'powder pattern'
972        self.plane = 'h0l'
973        self.planeChoice = ['h0l','0kl','hhl','h-hl',]
974        self.lmax = '2'
975        self.lmaxChoice = [str(i+1) for i in range(6)]
976        self.Parms = parms
977        self.Parm = None
978        if self.Parms != None:
979            self.Parm = self.Parms[0]
980        self.parmRange = [0.,1.]
981        self.parmStep = 2
982        self.Inst = 'Gaussian'
983        self.Draw()
984       
985    def Draw(self):
986       
987        def OnCalcType(event):
988            self.calcType = calcType.GetValue()
989            wx.CallAfter(self.Draw)
990           
991        def OnPlane(event):
992            self.plane = plane.GetValue()
993           
994        def OnMaxL(event):
995            self.lmax = lmax.GetValue()
996           
997        def OnParmSel(event):
998            self.Parm = parmsel.GetValue()
999           
1000        def OnNumStep(event):
1001            self.parmStep = int(numStep.GetValue())
1002           
1003        def OnParmRange(event):
1004            event.Skip()
1005            vals = parmrange.GetValue().split()
1006            try:
1007                vals = [float(vals[0]),float(vals[1])]
1008            except ValueError:
1009                vals = self.parmRange
1010            parmrange.SetValue('%.3f %.3f'%(vals[0],vals[1]))
1011            self.parmRange = vals
1012           
1013        def OnInstSel(event):
1014            self.Inst = instsel.GetValue()
1015       
1016        self.panel.Destroy()
1017        self.panel = wx.Panel(self)
1018        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1019        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Controls for DIFFaX'),0,WACV)
1020        if self.Parms:
1021            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Sequential powder pattern simulation'),0,WACV)
1022        else:
1023            calcChoice = ['powder pattern','selected area']
1024            calcSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1025            calcSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select calculation type: '),0,WACV)
1026            calcType = wx.ComboBox(self.panel,value=self.calcType,choices=calcChoice,
1027                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1028            calcType.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCalcType)
1029            calcSizer.Add(calcType,0,WACV)
1030            mainSizer.Add(calcSizer)
1031        if self.Parms:
1032            parmSel = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1033            parmSel.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select parameter to vary: '),0,WACV)
1034            parmsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Parm,choices=self.Parms,
1035                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1036            parmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnParmSel)
1037            parmSel.Add(parmsel,0,WACV)
1038            mainSizer.Add(parmSel)
1039            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Enter parameter range & no. steps: '),0,WACV)
1040            parmRange =  wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1041            numChoice = [str(i+1) for i in range(10)]
1042            parmrange = wx.TextCtrl(self.panel,value='%.3f %.3f'%(self.parmRange[0],self.parmRange[1]),
1043                style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1044            parmrange.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnParmRange)
1045            parmrange.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnParmRange)
1046            parmRange.Add(parmrange,0,WACV)
1047            numStep = wx.ComboBox(self.panel,value=str(self.parmStep),choices=numChoice,
1048                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1049            numStep.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnNumStep)
1050            parmRange.Add(numStep,0,WACV)
1051            mainSizer.Add(parmRange)           
1052        if 'selected' in self.calcType:
1053            planeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1054            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select plane: '),0,WACV)
1055            plane = wx.ComboBox(self.panel,value=self.plane,choices=self.planeChoice,
1056                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1057            plane.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPlane)
1058            planeSizer.Add(plane,0,WACV)
1059            planeSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Max. l index: '),0,WACV)
1060            lmax = wx.ComboBox(self.panel,value=self.lmax,choices=self.lmaxChoice,
1061                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1062            lmax.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMaxL)
1063            planeSizer.Add(lmax,0,WACV)           
1064            mainSizer.Add(planeSizer)
1065        else:
1066            instChoice = ['None','Mean Gaussian','Gaussian',]
1067            instSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1068            instSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select instrument broadening: '),0,WACV)
1069            instsel = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Inst,choices=instChoice,
1070                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1071            instsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnInstSel)
1072            instSizer.Add(instsel,0,WACV)
1073            mainSizer.Add(instSizer)
1074        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1075        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1076        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1077        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1078        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1079        btnSizer.Add((20,20),1)
1080        btnSizer.Add(OkBtn)
1081        btnSizer.Add((20,20),1)
1082        btnSizer.Add(cancelBtn)
1083        btnSizer.Add((20,20),1)
1084       
1085        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1086        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1087        self.panel.Fit()
1088        self.Fit()
1089       
1090    def GetSelection(self):
1091        if 'powder' in self.calcType:
1092            return 'PWDR',self.Inst,self.Parm,self.parmRange,self.parmStep
1093        elif 'selected' in self.calcType:
1094            return 'SADP',self.plane,self.lmax
1095
1096    def OnOk(self,event):
1097        parent = self.GetParent()
1098        parent.Raise()
1099        self.EndModal(wx.ID_OK)
1100
1101    def OnCancel(self,event):
1102        parent = self.GetParent()
1103        parent.Raise()
1104        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1105           
1106       
1107################################################################################
1108class MergeDialog(wx.Dialog):
1109    ''' HKL transformation & merge dialog
1110   
1111    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1112    :param data: HKLF data
1113   
1114    #NB: commonNames & commonTrans defined at top of this file     
1115    '''       
1116    def __init__(self,parent,data):
1117        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge', 
1118            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1119        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1120        self.data = data
1121        self.Super = data[1]['Super']
1122        if self.Super:
1123            self.Trans = np.eye(4)
1124        else:
1125            self.Trans = np.eye(3)
1126        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
1127        self.Laue = '1'
1128        self.Class = 'triclinic'
1129        self.Common = 'abc'
1130        self.Draw()
1131       
1132    def Draw(self):
1133               
1134        def OnMatValue(event):
1135            event.Skip()
1136            Obj = event.GetEventObject()
1137            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
1138            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
1139               
1140        def OnCent(event):
1141            Obj = event.GetEventObject()
1142            self.Cent = Obj.GetValue()
1143            self.Laue = ''
1144            wx.CallAfter(self.Draw)
1145           
1146        def OnLaue(event):
1147            Obj = event.GetEventObject()
1148            self.Laue = Obj.GetValue()
1149            wx.CallAfter(self.Draw)
1150           
1151        def OnClass(event):
1152            Obj = event.GetEventObject()
1153            self.Class = Obj.GetValue()
1154            self.Laue = ''
1155            wx.CallAfter(self.Draw)
1156           
1157        def OnCommon(event):
1158            Obj = event.GetEventObject()
1159            self.Common = Obj.GetValue()
1160            self.Trans = commonTrans[self.Common]
1161            wx.CallAfter(self.Draw)
1162       
1163        self.panel.Destroy()
1164        self.panel = wx.Panel(self)
1165        Ind = {}
1166        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1167        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1168        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1169        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=" HKL Transformation matrix: M*H = H'"))
1170        if self.Super:
1171            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,0,0)
1172        else:
1173            commonSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1174            commonSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Common transformations: '),0,WACV)
1175            common = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Common,choices=commonNames[:-1], #not the last one!
1176                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1177            common.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCommon)
1178            commonSizer.Add(common,0,WACV)
1179            transSizer.Add(commonSizer)
1180            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,0,0)
1181        for iy,line in enumerate(self.Trans):
1182            for ix,val in enumerate(line):
1183                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%5.3f'%(val),
1184                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1185                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
1186                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
1187                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
1188                Trmat.Add(item)
1189        transSizer.Add(Trmat)
1190        MatSizer.Add((10,0),0)
1191        MatSizer.Add(transSizer)
1192        mainSizer.Add(MatSizer)
1193        laueClass = ['triclinic','monoclinic','orthorhombic','trigonal(H)','tetragonal','hexagonal','cubic']
1194        centroLaue = {'triclinic':['-1',],'monoclinic':['2/m','1 1 2/m','2/m 1 1',],
1195            'orthorhombic':['m m m',],'trigonal(H)':['-3','-3 m 1','-3 1 m',],    \
1196            'tetragonal':['4/m','4/m m m',],'hexagonal':['6/m','6/m m m',],'cubic':['m 3','m 3 m']}
1197        noncentroLaue = {'triclinic':['1',],'monoclinic':['2','2 1 1','1 1 2','m','m 1 1','1 1 m',],
1198            'orthorhombic':['2 2 2','m m 2','m 2 m','2 m m',],
1199            'trigonal(H)':['3','3 1 2','3 2 1','3 m 1','3 1 m',],
1200            'tetragonal':['4','-4','4 2 2','4 m m','-4 2 m','-4 m 2',], \
1201            'hexagonal':['6','-6','6 2 2','6 m m','-6 m 2','-6 2 m',],'cubic':['2 3','4 3 2','-4 3 m']}
1202        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
1203        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select Laue class for new lattice:'),0,WACV)
1204        Class = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Class,choices=laueClass,
1205            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1206        Class.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnClass)
1207        mainSizer.Add(Class,0,WACV)
1208        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
1209        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
1210            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1211        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
1212        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1213        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
1214        mergeSizer.Add((10,0),0)
1215        Choice = centroLaue[self.Class]
1216        if 'non' in self.Cent:
1217            Choice = noncentroLaue[self.Class]
1218        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
1219            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1220        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
1221        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
1222        mainSizer.Add(mergeSizer)
1223
1224        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1225        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1226        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
1227        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1228        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1229        btnSizer.Add((20,20),1)
1230        if self.Laue:
1231            btnSizer.Add(OkBtn)
1232            btnSizer.Add((20,20),1)
1233        btnSizer.Add(cancelBtn)
1234        btnSizer.Add((20,20),1)
1235       
1236        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1237        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1238        self.panel.Fit()
1239        self.Fit()
1240       
1241    def GetSelection(self):
1242        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
1243
1244    def OnOk(self,event):
1245        parent = self.GetParent()
1246        parent.Raise()
1247        self.EndModal(wx.ID_OK)
1248
1249    def OnCancel(self,event):
1250        parent = self.GetParent()
1251        parent.Raise()
1252        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1253
1254       
1255################################################################################
1256class AddHatomDialog(wx.Dialog):
1257    '''H atom addition dialog. After :meth:`ShowModal` returns, the results
1258    are found in dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1259   
1260    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1261    :param dict Neigh: a dict of atom names with list of atom name, dist pairs for neighboring atoms
1262    :param dict phase: a dict containing the phase as defined by
1263      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`   
1264    '''
1265    def __init__(self,parent,Neigh,phase):
1266        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'H atom add', 
1267            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1268        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1269        self.Neigh = Neigh
1270        self.phase = phase
1271        self.Hatoms = []
1272        self.Draw(self.Neigh,self.phase)
1273           
1274    def Draw(self,Neigh,phase):
1275        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1276        by :meth:`__init__`.
1277        '''
1278        def OnHSelect(event):
1279            Obj = event.GetEventObject()
1280            item,i = Indx[Obj.GetId()]
1281            for obj in Indx[item]:
1282                obj.SetValue(False)
1283            Obj.SetValue(True)
1284            self.Neigh[item][2] = i
1285           
1286        def OnBond(event):
1287            Obj = event.GetEventObject()
1288            inei,ibond = Indx[Obj.GetId()]
1289            self.Neigh[inei][1][0][ibond][2] = Obj.GetValue()
1290           
1291        self.panel.Destroy()
1292        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1293        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1294        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'H atom add controls for phase %s:'%(phase['General']['Name'])),
1295            0,wx.LEFT|wx.TOP,10)
1296        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'NB: Check selections as they may not be correct'),0,WACV|wx.LEFT,10)
1297        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1," Atom:  Add # H's          Use: Neighbors, dist"),0,wx.TOP|wx.LEFT,5)
1298        nHatms = ['0','1','2','3']
1299        dataSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,0,0)
1300        Indx = {}
1301        for inei,neigh in enumerate(Neigh):
1302            dataSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' %s:  '%(neigh[0])),0,WACV)
1303            nH = 1      #for O atom
1304            if 'C' in neigh[0] or 'N' in neigh[0]:
1305                nH = 4-len(neigh[1][0])
1306            checks = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1307            Ids = []
1308            for i in range(nH+1):
1309                nHs = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=nHatms[i])
1310                if i == neigh[2]:
1311                    nHs.SetValue(True)
1312                Indx[nHs.GetId()] = [inei,i]
1313                Ids.append(nHs)
1314                nHs.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnHSelect)
1315                checks.Add(nHs,0,WACV)
1316            Indx[inei] = Ids
1317            dataSizer.Add(checks,0,WACV)
1318            lineSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1319            for ib,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1320                Bond = wx.CheckBox(self.panel,-1,label=': %s, %.3f'%(bond[0],bond[1]))
1321                Bond.SetValue(bond[2])
1322                Indx[Bond.GetId()] = [inei,ib]
1323                Bond.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnBond)               
1324                lineSizer.Add(Bond,0,WACV)               
1325            dataSizer.Add(lineSizer,0,WACV|wx.RIGHT,10)
1326        mainSizer.Add(dataSizer,0,wx.LEFT,5)
1327
1328        CancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Cancel')
1329        CancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
1330        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Ok')
1331        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1332        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1333        btnSizer.Add((20,20),1)
1334        btnSizer.Add(OkBtn)
1335        btnSizer.Add((20,20),1)
1336        btnSizer.Add(CancelBtn)
1337        btnSizer.Add((20,20),1)
1338        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1339        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1340        size = np.array(self.GetSize())
1341        self.panel.SetupScrolling()
1342        self.panel.SetAutoLayout(1)
1343        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
1344        self.panel.SetSize(size)
1345       
1346    def GetData(self):
1347        'Returns the values from the dialog'
1348        for neigh in self.Neigh:
1349            for ibond,bond in enumerate(neigh[1][0]):
1350                if not bond[2]:
1351                    neigh[1][1][1][ibond] = 0   #deselected bond
1352            neigh[1][1][1] = [a for a in  neigh[1][1][1] if a]
1353        return self.Neigh       #has #Hs to add for each entry
1354       
1355    def OnOk(self,event):
1356        'Called when the OK button is pressed'
1357        parent = self.GetParent()
1358        parent.Raise()
1359        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1360
1361    def OnCancel(self,event):
1362        parent = self.GetParent()
1363        parent.Raise()
1364        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1365
1366################################################################################
1367class DisAglDialog(wx.Dialog):
1368    '''Distance/Angle Controls input dialog. After
1369    :meth:`ShowModal` returns, the results are found in
1370    dict :attr:`self.data`, which is accessed using :meth:`GetData`.
1371
1372    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
1373    :param dict data: a dict containing the current
1374      search ranges or an empty dict, which causes default values
1375      to be used.
1376      Will be used to set element `DisAglCtls` in
1377      :ref:`Phase Tree Item <Phase_table>`
1378    :param dict default:  A dict containing the default
1379      search ranges for each element.
1380    :param bool Reset: if True (default), show Reset button
1381    :param bool Angle: if True (default), show angle radii
1382    '''
1383    def __init__(self,parent,data,default,Reset=True,Angle=True):
1384        text = 'Distance Angle Controls'
1385        if not Angle:
1386            text = 'Distance Controls'
1387        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,text, 
1388            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
1389        self.default = default
1390        self.Reset = Reset
1391        self.Angle = Angle
1392        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
1393        self._default(data,self.default)
1394        self.Draw(self.data)
1395               
1396    def _default(self,data,default):
1397        '''Set starting values for the search values, either from
1398        the input array or from defaults, if input is null
1399        '''
1400        if data:
1401            self.data = copy.deepcopy(data) # don't mess with originals
1402        else:
1403            self.data = {}
1404            self.data['Name'] = default['Name']
1405            self.data['Factors'] = [0.85,0.85]
1406            self.data['AtomTypes'] = default['AtomTypes']
1407            self.data['BondRadii'] = default['BondRadii'][:]
1408            self.data['AngleRadii'] = default['AngleRadii'][:]
1409
1410    def Draw(self,data):
1411        '''Creates the contents of the dialog. Normally called
1412        by :meth:`__init__`.
1413        '''
1414        self.panel.Destroy()
1415        self.panel = wx.Panel(self)
1416        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1417        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Controls for phase '+data['Name']),
1418            0,WACV|wx.LEFT,10)
1419        mainSizer.Add((10,10),1)
1420       
1421        ncol = 3
1422        if not self.Angle:
1423            ncol=2
1424        radiiSizer = wx.FlexGridSizer(0,ncol,5,5)
1425        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' Type'),0,WACV)
1426        radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Bond radii'),0,WACV)
1427        if self.Angle:
1428            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,'Angle radii'),0,WACV)
1429        self.objList = {}
1430        for id,item in enumerate(self.data['AtomTypes']):
1431            radiiSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,' '+item),0,WACV)
1432            bRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['BondRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1433            radiiSizer.Add(bRadii,0,WACV)
1434            if self.Angle:
1435                aRadii = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['AngleRadii'],id,nDig=(10,3),typeHint=float)
1436                radiiSizer.Add(aRadii,0,WACV)
1437        mainSizer.Add(radiiSizer,0,wx.EXPAND)
1438        if self.Angle:
1439            factorSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
1440            Names = ['Bond','Angle']
1441            for i,name in enumerate(Names):
1442                factorSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,-1,name+' search factor'),0,WACV)
1443                bondFact = G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,data['Factors'],i,nDig=(10,3),typeHint=float)
1444                factorSizer.Add(bondFact)
1445            mainSizer.Add(factorSizer,0,wx.EXPAND)
1446       
1447        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
1448        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
1449        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1450        btnSizer.Add((20,20),1)
1451        btnSizer.Add(OkBtn)
1452        if self.Reset:
1453            ResetBtn = wx.Button(self.panel,-1,'Reset')
1454            ResetBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnReset)
1455            btnSizer.Add(ResetBtn)
1456        btnSizer.Add((20,20),1)
1457        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
1458        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1459        self.panel.Fit()
1460        self.Fit()
1461   
1462    def GetData(self):
1463        'Returns the values from the dialog'
1464        return self.data
1465       
1466    def OnOk(self,event):
1467        'Called when the OK button is pressed'
1468        parent = self.GetParent()
1469        parent.Raise()
1470        self.EndModal(wx.ID_OK)             
1471       
1472    def OnReset(self,event):
1473        'Called when the Reset button is pressed'
1474        data = {}
1475        self._default(data,self.default)
1476        self.Draw(self.data)
1477               
1478################################################################################
1479class ShowLSParms(wx.Dialog):
1480    '''Create frame to show least-squares parameters
1481    '''
1482    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
1483                 size=(300,430)):
1484       
1485        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
1486                           style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
1487        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in DrawPanel!
1488        self.parmChoice = 'Phase'
1489        self.parmDict = parmDict
1490        self.varyList = varyList
1491        self.fullVaryList = fullVaryList
1492
1493        self.parmNames = parmDict.keys()
1494        self.parmNames.sort()
1495        splitNames = [item.split(':') for item in self.parmNames if len(item) > 3 and not isinstance(self.parmDict[item],basestring)]
1496        self.globNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[0] and not item[1]]
1497        self.globVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[0] and not item[1]]))
1498        self.globVars.sort()
1499        self.hisNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[0]]
1500        self.hisNums = list(set([int(item.split(':')[1]) for item in self.hisNames]))
1501        self.hisNums.sort()
1502        self.hisNums = [' ',]+[str(item) for item in self.hisNums]
1503        self.hisVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[0]]))
1504        self.hisVars.sort()
1505        self.phasNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[1] and 'is' not in item[2]]
1506        self.phasNums = [' ',]+list(set([item.split(':')[0] for item in self.phasNames]))
1507        if '' in self.phasNums: self.phasNums.remove('')
1508        self.phasVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[1] and 'is' not in item[2]]))
1509        self.phasVars.sort()
1510        self.phasNums.sort()
1511        self.hapNames = [':'.join(item) for item in splitNames if item[0] and item[1]]
1512        self.hapVars = list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if item[0] and item[1]]))
1513        self.hapVars.sort()
1514        self.hisNum = '0'
1515        self.phasNum = '0'
1516        self.varName = ' '
1517        self.listSel = 'Refined'
1518        self.DrawPanel()
1519       
1520           
1521    def DrawPanel(self):
1522           
1523        def _OnParmSel(event):
1524            self.parmChoice = parmSel.GetStringSelection()
1525            self.varName = ' '
1526            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1527           
1528        def OnPhasSel(event):
1529            event.Skip()
1530            self.phasNum = phasSel.GetValue()
1531            self.varName = ' '
1532            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1533
1534        def OnHistSel(event):
1535            event.Skip()
1536            self.hisNum = histSel.GetValue()
1537            self.varName = ' '
1538            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1539           
1540        def OnVarSel(event):
1541            self.varName = varSel.GetValue()
1542            self.phasNum = ' '
1543            self.hisNum = ' '
1544            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1545           
1546        def OnListSel(event):
1547            self.listSel = listSel.GetStringSelection()
1548            wx.CallAfter(self.DrawPanel)
1549
1550        if self.panel:
1551            self.panel.DestroyChildren()
1552        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1553        num = len(self.varyList)
1554        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Number of refined variables: '+str(num)),0)
1555        if len(self.varyList) != len(self.fullVaryList):
1556            num = len(self.fullVaryList) - len(self.varyList)
1557            mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
1558        choiceDict = {'Global':self.globNames,'Phase':self.phasNames,'Phase/Histo':self.hapNames,'Histogram':self.hisNames}
1559        choice = ['Phase','Phase/Histo','Histogram']
1560        if len(self.globNames):
1561            choice += ['Global',]
1562        parmSizer = wx.FlexGridSizer(0,3,5,5)
1563        parmSel = wx.RadioBox(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter type:',choices=choice,
1564            majorDimension=1,style=wx.RA_SPECIFY_COLS)
1565        parmSel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX,_OnParmSel)
1566        parmSel.SetStringSelection(self.parmChoice)
1567        parmSizer.Add(parmSel,0)
1568        numSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1569        numSizer.Add((5,25),0)
1570        if self.parmChoice in ['Phase','Phase/Histo'] and len(self.phasNums) > 1:
1571            numSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Phase'),0)
1572            phasSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.phasNums,value=self.phasNum,
1573                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1574            phasSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPhasSel)
1575            numSizer.Add(phasSel,0)
1576        if self.parmChoice in ['Histogram','Phase/Histo'] and len(self.hisNums) > 1:
1577            numSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Histogram'),0)
1578            histSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hisNums,value=self.hisNum,
1579                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1580            histSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnHistSel)
1581#            histSel = wx.TextCtrl(self.panel,size=(50,25),value='0',style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
1582#            histSel.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnHistSel)
1583#            histSel.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnHistSel)
1584            numSizer.Add(histSel,0)
1585        parmSizer.Add(numSizer)
1586        varSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
1587        varSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Parameter'))
1588        if self.parmChoice in ['Phase',]:
1589            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.phasVars,value=self.varName,
1590                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1591            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1592        elif self.parmChoice in ['Histogram',]:
1593            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hisVars,value=self.varName,
1594                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1595            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1596        elif self.parmChoice in ['Phase/Histo',]:
1597            varSel = wx.ComboBox(self.panel,choices=self.hapVars,value=self.varName,
1598                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
1599            varSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnVarSel)
1600        if self.parmChoice != 'Global': 
1601            varSizer.Add(varSel,0)
1602            parmSizer.Add(varSizer,0)
1603        mainSizer.Add(parmSizer,0)
1604        listChoice = ['All','Refined']
1605        listSel = wx.RadioBox(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter type:',choices=listChoice,
1606            majorDimension=0,style=wx.RA_SPECIFY_COLS)
1607        listSel.SetStringSelection(self.listSel)
1608        listSel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX,OnListSel)
1609        mainSizer.Add(listSel,0)
1610        subSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
1611        subSizer.Add((-1,-1))
1612        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'Parameter name  '))
1613        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'refine?'))
1614        subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1615        explainRefine = False
1616        for name in choiceDict[self.parmChoice]:
1617            # skip entries without numerical values
1618            if isinstance(self.parmDict[name],basestring): continue
1619            if 'Refined' in self.listSel and (name not in self.fullVaryList): continue
1620            if 'Phase' in self.parmChoice:
1621                if self.phasNum != ' ' and name.split(':')[0] != self.phasNum: continue
1622            if 'Histo' in self.parmChoice:
1623                if self.hisNum != ' ' and name.split(':')[1] != self.hisNum: continue
1624            if (self.varName != ' ') and (self.varName not in name): continue
1625            try:
1626                value = G2py3.FormatSigFigs(self.parmDict[name])
1627            except TypeError:
1628                value = str(self.parmDict[name])+' -?' # unexpected
1629                #continue
1630            v = G2obj.getVarDescr(name)
1631            if v is None or v[-1] is None:
1632                subSizer.Add((-1,-1))
1633            else:               
1634                ch = G2G.HelpButton(self.panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
1635                subSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
1636            subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,str(name)))
1637            if name in self.varyList:
1638                subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'R'))
1639            elif name in self.fullVaryList:
1640                subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,'C'))
1641                explainRefine = True
1642            else:
1643                subSizer.Add((-1,-1))
1644            subSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
1645
1646        mainSizer.Add(subSizer,0)
1647        if explainRefine:
1648            mainSizer.Add(
1649                wx.StaticText(self.panel,label='"R" indicates a refined variable\n'+
1650                    '"C" indicates generated from a constraint'),0, wx.ALL,0)
1651        # make OK button
1652        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
1653        btn = wx.Button(self.panel, wx.ID_CLOSE,"Close") 
1654        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
1655        btnsizer.Add(btn)
1656        mainSizer.Add(btnsizer, 0, wx.ALIGN_CENTER|wx.ALL, 5)
1657        # Allow window to be enlarged but not made smaller
1658        self.panel.SetSizer(mainSizer)
1659        self.panel.SetAutoLayout(1)
1660        self.panel.SetupScrolling()
1661        self.panel.SetMinSize(self.GetSize())
1662
1663    def _onClose(self,event):
1664        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
1665 
1666################################################################################
1667class DataFrame(wx.Frame):
1668    '''Create the data item window and all the entries in menus used in
1669    that window. For Linux and windows, the menu entries are created for the
1670    current data item window, but in the Mac the menu is accessed from all
1671    windows. This means that a different menu is posted depending on which
1672    data item is posted. On the Mac, all the menus contain the data tree menu
1673    items, but additional menus are added specific to the data item.
1674
1675    Note that while the menus are created here,
1676    the binding for the menus is done later in various GSASII*GUI modules,
1677    where the functions to be called are defined.
1678    '''
1679    def Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs):
1680        '''Override the Bind() function: on the Mac the binding is to
1681        the main window, so that menus operate with any window on top.
1682        For other platforms, either wrap calls that will be logged
1683        or call the default wx.Frame Bind() to bind to the menu item directly.
1684
1685        Note that bindings can be made to objects by Id or by direct reference to the
1686        object. As a convention, when bindings are to objects, they are not logged
1687        but when bindings are by Id, they are logged.
1688        '''
1689        if sys.platform == "darwin": # mac
1690            self.G2frame.Bind(eventtype,handler,*args,**kwargs)
1691            return
1692        if eventtype == wx.EVT_MENU and 'id' in kwargs:
1693            menulabels = log.SaveMenuCommand(kwargs['id'],self.G2frame,handler)
1694            if menulabels:
1695                #print 'intercepting bind for',handler,menulabels,kwargs['id']
1696                wx.Frame.Bind(self,eventtype,self.G2frame.MenuBinding,*args,**kwargs)
1697                return
1698            wx.Frame.Bind(self,eventtype,handler,*args,**kwargs)     
1699       
1700    def PrefillDataMenu(self,menu,empty=False):
1701        '''Create the "standard" part of data frame menus. Note that on Linux and
1702        Windows nothing happens here. On Mac, this menu duplicates the
1703        tree menu, but adds an extra help command for the data item and a separator.
1704        '''
1705        self.datamenu = menu
1706        self.G2frame.dataMenuBars.append(menu)
1707        if sys.platform == "darwin": # mac                         
1708            self.G2frame.FillMainMenu(menu,addhelp=False) # add the data tree menu items
1709            if not empty:
1710                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add a separator
1711       
1712    def PostfillDataMenu(self,empty=False):
1713        '''Add the help menu to the data frame menus. Note that on Linux and
1714        Windows, this is the standard help Menu but without the update commands but adds an extra help
1715        command for the data item.
1716        On Mac, this is the entire help menu including the update commands, a separator and the
1717        extra help command for the data item.
1718        '''
1719        menu = self.datamenu
1720        if sys.platform == "darwin": # mac
1721            if not empty:
1722                menu.Append(wx.Menu(title=''),title='|') # add another separator
1723            HelpMenu=G2G.MyHelp(self,includeTree=True,
1724                morehelpitems=[('&Tutorials','Tutorials'),])
1725            menu.Append(menu=HelpMenu,title='&Help')
1726        else: # other
1727            menu.Append(menu=G2G.MyHelp(self),title='&Help')
1728
1729    def _init_menus(self):
1730        'define all GSAS-II data frame menus'
1731
1732        # for use where no menu or data frame help is provided
1733        self.BlankMenu = wx.MenuBar()
1734       
1735        # Controls
1736        self.ControlsMenu = wx.MenuBar()
1737        self.PrefillDataMenu(self.ControlsMenu,empty=True)
1738        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1739       
1740        # Notebook
1741        self.DataNotebookMenu = wx.MenuBar() 
1742        self.PrefillDataMenu(self.DataNotebookMenu,empty=True)
1743        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1744       
1745        # Comments
1746        self.DataCommentsMenu = wx.MenuBar()
1747        self.PrefillDataMenu(self.DataCommentsMenu,empty=True)
1748        self.PostfillDataMenu(empty=True)
1749       
1750        # Constraints
1751        self.ConstraintMenu = wx.MenuBar()
1752        self.PrefillDataMenu(self.ConstraintMenu)
1753        self.ConstraintTab = wx.Menu(title='')
1754        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintTab, title='Select tab')
1755        for id,txt in (
1756            (wxID_CONSPHASE,'Phase'),
1757            (wxID_CONSHAP,'Histogram/Phase'),
1758            (wxID_CONSHIST,'Histogram'),
1759            (wxID_CONSGLOBAL,'Global')):
1760            self.ConstraintTab.Append(
1761                id=id, kind=wx.ITEM_NORMAL,text=txt,
1762                help='Select '+txt+' constraint editing tab')
1763        self.ConstraintEdit = wx.Menu(title='')
1764        self.ConstraintMenu.Append(menu=self.ConstraintEdit, title='Edit Constr.') # renamed from Edit due to Mac adding extra items to menu
1765        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_HOLDADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add hold',
1766            help='Prevent refinement of parameter values')
1767        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equivalence',
1768            help='Force parameter values to be equivalent')
1769        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_CONSTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add constraint equation',
1770            help='Add a constraint equation to apply to parameter values')
1771        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_FUNCTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add New Var',
1772            help='Create a variable composed of existing parameters')
1773        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_EQUIVALANCEATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Make atoms equivalent',
1774            help='Force atom parameter values to be equivalent')
1775        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_EQUIVALANCEATOMS,False)
1776#        self.ConstraintEdit.Append(id=wxID_ADDRIDING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add H riding constraints',
1777#            help='Add H atom riding constraints between atom parameter values')
1778#        self.ConstraintEdit.Enable(wxID_ADDRIDING,False)
1779        self.PostfillDataMenu()
1780
1781        # item = self.ConstraintEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update GUI')
1782        # def UpdateGSASIIconstrGUI(event):
1783        #     import GSASIIconstrGUI
1784        #     reload(GSASIIconstrGUI)
1785        #     import GSASIIobj
1786        #     reload(GSASIIobj)
1787        # self.Bind(wx.EVT_MENU,UpdateGSASIIconstrGUI,id=item.GetId())
1788
1789        # Rigid bodies
1790        self.RigidBodyMenu = wx.MenuBar()
1791        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodyMenu)
1792        self.ResidueRBMenu = wx.Menu(title='')
1793        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ',
1794            help='Import rigid body XYZ from file')
1795        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RESIDUETORSSEQ, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define sequence',
1796            help='Define torsion sequence')
1797        self.ResidueRBMenu.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import residues',
1798            help='Import residue rigid bodies from macro file')
1799        self.RigidBodyMenu.Append(menu=self.ResidueRBMenu, title='Edit Body')
1800        self.PostfillDataMenu()
1801
1802        self.VectorBodyMenu = wx.MenuBar()
1803        self.PrefillDataMenu(self.VectorBodyMenu)
1804        self.VectorRBEdit = wx.Menu(title='')
1805        self.VectorRBEdit.Append(id=wxID_VECTORBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
1806            help='Add vector rigid body')
1807        self.VectorBodyMenu.Append(menu=self.VectorRBEdit, title='Edit Vector Body')
1808        self.PostfillDataMenu()
1809
1810                   
1811        # Restraints
1812        self.RestraintTab = wx.Menu(title='')
1813        self.RestraintEdit = wx.Menu(title='')
1814        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTSELPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase',
1815            help='Select phase')
1816        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add restraints',
1817            help='Add restraints')
1818        self.RestraintEdit.Enable(wxID_RESTRAINTADD,True)    #gets disabled if macromolecule phase
1819        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add residue restraints',
1820            help='Add residue based restraints for macromolecules from macro file')
1821        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTADD,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1822        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_AARESTRAINTPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot residue restraints',
1823            help='Plot selected residue based restraints for macromolecules from macro file')
1824        self.RestraintEdit.Enable(wxID_AARESTRAINTPLOT,False)    #gets enabled if macromolecule phase
1825        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESRCHANGEVAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change value',
1826            help='Change observed value')
1827        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTCHANGEESD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change esd',
1828            help='Change esd in observed value')
1829        self.RestraintEdit.Append(id=wxID_RESTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete restraints',
1830            help='Delete selected restraints')
1831
1832        self.RestraintMenu = wx.MenuBar()
1833        self.PrefillDataMenu(self.RestraintMenu)
1834        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintTab, title='Select tab')
1835        self.RestraintMenu.Append(menu=self.RestraintEdit, title='Edit Restr.')
1836        self.PostfillDataMenu()
1837           
1838        # Sequential results
1839        self.SequentialMenu = wx.MenuBar()
1840        self.PrefillDataMenu(self.SequentialMenu)
1841        self.SequentialFile = wx.Menu(title='')
1842        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialFile, title='Columns')
1843        self.SequentialFile.Append(id=wxID_RENAMESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rename selected',
1844            help='Rename selected sequential refinement columns')
1845        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as text',
1846            help='Save selected sequential refinement results as a text file')
1847        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all as CSV',
1848            help='Save all sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1849        self.SequentialFile.Append(id=wxID_SAVESEQSELCSV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save selected as CSV',
1850            help='Save selected sequential refinement results as a CSV spreadsheet file')
1851        self.SequentialFile.Append(id=wxID_PLOTSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot selected',
1852            help='Plot selected sequential refinement results')
1853        self.SequentialFile.Append(id=wxID_AVESEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Compute average',
1854            help='Compute average for selected parameter')           
1855        self.SequentialFile.Append(id=wxID_ORGSEQSEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reorganize',
1856            help='Reorganize variables where variables change')
1857        self.SequentialPvars = wx.Menu(title='')
1858        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPvars, title='Pseudo Vars')
1859        self.SequentialPvars.Append(
1860            id=wxADDSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Formula',
1861            help='Add a new custom pseudo-variable')
1862        self.SequentialPvars.Append(
1863            id=wxADDSEQDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Distance',
1864            help='Add a new bond distance pseudo-variable')
1865        self.SequentialPvars.Append(
1866            id=wxADDSEQANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add Angle',
1867            help='Add a new bond angle pseudo-variable')
1868        self.SequentialPvars.Append(
1869            id=wxDELSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete',
1870            help='Delete an existing pseudo-variable')
1871        self.SequentialPvars.Append(
1872            id=wxEDITSEQVAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit',
1873            help='Edit an existing pseudo-variable')
1874
1875        self.SequentialPfit = wx.Menu(title='')
1876        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialPfit, title='Parametric Fit')
1877        self.SequentialPfit.Append(
1878            id=wxADDPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add equation',
1879            help='Add a new equation to minimize')
1880        self.SequentialPfit.Append(
1881            id=wxCOPYPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy equation',
1882            help='Copy an equation to minimize - edit it next')
1883        self.SequentialPfit.Append(
1884            id=wxDELPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete equation',
1885            help='Delete an equation for parametric minimization')
1886        self.SequentialPfit.Append(
1887            id=wxEDITPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit equation',
1888            help='Edit an existing parametric minimization equation')
1889        self.SequentialPfit.Append(
1890            id=wxDOPARFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit to equation(s)',
1891            help='Perform a parametric minimization')
1892        # fill sequential Export menu
1893        self.SeqExportLookup = {}
1894        self.SequentialEx = wx.Menu(title='')
1895        self.SequentialMenu.Append(menu=self.SequentialEx, title='Seq Export')
1896        for lbl,txt in (('Phase','Export selected phase(s)'),
1897                        ('Project','Export entire sequential fit')):
1898            objlist = []
1899            for obj in self.G2frame.exporterlist:
1900                if lbl.lower() in obj.exporttype:
1901                    try:
1902                        obj.Writer
1903                    except AttributeError:
1904                        continue
1905                    objlist.append(obj)
1906            if objlist:
1907                submenu = wx.Menu()
1908                item = self.SequentialEx.AppendMenu(
1909                    wx.ID_ANY, lbl+' as',
1910                    submenu, help=txt)
1911                for obj in objlist:
1912                    item = submenu.Append(
1913                        wx.ID_ANY,
1914                        help=obj.longFormatName,
1915                        kind=wx.ITEM_NORMAL,
1916                        text=obj.formatName)
1917                    self.SeqExportLookup[item.GetId()] = (obj,lbl) # lookup table for submenu item
1918       
1919        self.PostfillDataMenu()
1920           
1921        # PWDR & SASD
1922        self.PWDRMenu = wx.MenuBar()
1923        self.PrefillDataMenu(self.PWDRMenu)
1924        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1925        self.PWDRMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1926        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1927            help='Error analysis on powder pattern')
1928        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1929            help='Copy of PWDR parameters')
1930        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PLOTCTRLCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy plot controls',
1931            help='Copy of PWDR plot controls')
1932        self.moveDiffCurve = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move diff. curve',
1933            help='Click on position where difference curve is placed')
1934        self.moveTickLoc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move ticks',
1935            help='Move mouse to where tick marks should be positioned')
1936        self.moveTickSpc = self.ErrorAnal.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set tick space',
1937            help='Click to set spacing between phase tick marks')
1938        self.PostfillDataMenu()
1939           
1940        # HKLF
1941        self.HKLFMenu = wx.MenuBar()
1942        self.PrefillDataMenu(self.HKLFMenu)
1943        self.ErrorAnal = wx.Menu(title='')
1944        self.HKLFMenu.Append(menu=self.ErrorAnal,title='Commands')
1945        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
1946            help='Error analysis on single crystal data')
1947        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
1948            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
1949        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
1950            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
1951        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_3DALLHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot all 3D HKLs',
1952            help='Plot HKLs from all single crystal data in 3D')
1953        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDCOPY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy params',
1954            help='Copy of HKLF parameters')
1955        self.PostfillDataMenu()
1956           
1957        # PWDR / Limits
1958        self.LimitMenu = wx.MenuBar()
1959        self.PrefillDataMenu(self.LimitMenu)
1960        self.LimitEdit = wx.Menu(title='')
1961        self.LimitMenu.Append(menu=self.LimitEdit, title='Edit Limits')
1962        self.LimitEdit.Append(id=wxID_LIMITCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1963            help='Copy limits to other histograms')
1964        self.LimitEdit.Append(id=wxID_ADDEXCLREGION, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add exclude',
1965            help='Add excluded region - select a point on plot; drag to adjust')           
1966        self.PostfillDataMenu()
1967           
1968        # PDR / Background
1969        self.BackMenu = wx.MenuBar()
1970        self.PrefillDataMenu(self.BackMenu)
1971        self.BackEdit = wx.Menu(title='')
1972        self.BackMenu.Append(menu=self.BackEdit, title='File')
1973        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
1974            help='Copy background parameters to other histograms')
1975        self.BackEdit.Append(id=wxID_BACKFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
1976            help='Copy background refinement flags to other histograms')
1977        self.BackEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks',
1978            help='Move background peaks to Peak List')
1979        self.BackEdit.Append(id=wxID_MAKEBACKRDF, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot RDF',
1980            help='Plot radial distribution from differences')
1981        self.BackFixed = wx.Menu(title='') # fixed background point menu
1982        self.BackMenu.Append(menu=self.BackFixed, title='Fixed Points')
1983        self.wxID_BackPts = {}
1984        self.wxID_BackPts['Add'] = wx.NewId() # N.B. not using wxID_ global as for other menu items
1985        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Add'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Add',
1986            help='Add fixed background points with mouse clicks')
1987        self.wxID_BackPts['Move'] = wx.NewId() 
1988        item = self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Move'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Move',
1989            help='Move selected fixed background points with mouse drags')
1990        item.Check(True)
1991        self.wxID_BackPts['Del'] = wx.NewId()
1992        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Del'], kind=wx.ITEM_RADIO,text='Delete',
1993            help='Delete fixed background points with mouse clicks')
1994        self.wxID_BackPts['Clear'] = wx.NewId() 
1995        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Clear'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear',
1996            help='Clear fixed background points')
1997        self.wxID_BackPts['Fit'] = wx.NewId() 
1998        self.BackFixed.Append(id=self.wxID_BackPts['Fit'], kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit background',
1999            help='Fit background function to fixed background points')
2000        self.PostfillDataMenu()
2001           
2002        # PDR / Instrument Parameters
2003        self.InstMenu = wx.MenuBar()
2004        self.PrefillDataMenu(self.InstMenu)
2005        self.InstEdit = wx.Menu(title='')
2006        self.InstMenu.Append(menu=self.InstEdit, title='Operations')
2007        self.InstEdit.Append(help='Calibrate from indexed peaks', 
2008            id=wxID_INSTCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')           
2009        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2010            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')           
2011        self.InstEdit.Append(help='Load instrument profile parameters from file', 
2012            id=wxID_INSTLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load profile...')           
2013        self.InstEdit.Append(help='Save instrument profile parameters to file', 
2014            id=wxID_INSTSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save profile...')
2015        self.InstEdit.Append(help='Save all instrument profile parameters to one file', 
2016            id=wxID_INSTSAVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save all profile...')           
2017        self.InstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2018            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2019        self.InstEdit.Append(id=wxID_INSTFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2020            help='Copy instrument parameter refinement flags to other histograms')
2021#        self.InstEdit.Append(help='Change radiation type (Ka12 - synch)',
2022#            id=wxID_CHANGEWAVETYPE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Change radiation')
2023        self.InstEdit.Append(id=wxID_INST1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
2024            help='Set one instrument parameter value across multiple histograms')
2025
2026        self.PostfillDataMenu()
2027       
2028        # PDR / Sample Parameters
2029        self.SampleMenu = wx.MenuBar()
2030        self.PrefillDataMenu(self.SampleMenu)
2031        self.SampleEdit = wx.Menu(title='')
2032        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='Command')
2033        self.SetScale = self.SampleEdit.Append(id=wxID_SETSCALE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set scale',
2034            help='Set scale by matching to another histogram')
2035        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
2036            help='Load sample parameters from file')
2037        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
2038            help='Save sample parameters to file')
2039        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2040            help='Copy refinable and most other sample parameters to other histograms')
2041        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPYSOME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected...',
2042            help='Copy selected sample parameters to other histograms')
2043        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLEFLAGCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2044            help='Copy sample parameter refinement flags to other histograms')
2045        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLE1VAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Set one value',
2046            help='Set one sample parameter value across multiple histograms')
2047        self.SampleEdit.Append(id=wxID_ALLSAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load all',
2048            help='Load sample parmameters over multiple histograms')
2049
2050        self.PostfillDataMenu()
2051        self.SetScale.Enable(False)
2052
2053        # PDR / Peak List
2054        self.PeakMenu = wx.MenuBar()
2055        self.PrefillDataMenu(self.PeakMenu)
2056        self.PeakEdit = wx.Menu(title='')
2057        self.PeakMenu.Append(menu=self.PeakEdit, title='Peak Fitting')
2058        self.peaksSel = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
2059            help='Set refinement flags for selected peaks',
2060            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2061            text='Set sel. ref flags...')
2062        self.peaksAll = self.PeakEdit.Append(wx.ID_ANY,
2063            help='Set refinement flags for all peaks',
2064            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2065            text='Set all ref flags...')
2066        self.AutoSearch = self.PeakEdit.Append(help='Automatic peak search', 
2067            id=wxID_AUTOSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto search')
2068        self.UnDo = self.PeakEdit.Append(help='Undo last least squares refinement', 
2069            id=wxID_UNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='UnDo')
2070        self.PeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit', 
2071            help='Peak fitting' )
2072        self.PFOneCycle = self.PeakEdit.Append(id=wxID_LSQONECYCLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peakfit one cycle', 
2073            help='One cycle of Peak fitting' )
2074        self.PeakEdit.Append(id=wxID_RESETSIGGAM, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
2075            text='Reset sig and gam',help='Reset sigma and gamma to global fit' )
2076        self.PeakCopy = self.PeakEdit.Append(help='Copy peaks to other histograms', 
2077            id=wxID_PEAKSCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Peak copy')
2078        self.SeqPeakFit = self.PeakEdit.Append(id=wxID_SEQPEAKFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Seq PeakFit', 
2079            help='Sequential Peak fitting for all histograms' )
2080        self.PeakEdit.Append(id=wxID_CLEARPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2081            help='Clear the peak list' )
2082        self.movePeak = self.PeakEdit.Append(id=wx.ID_ANY,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected peak',
2083            help='Select a peak in the table, then use this to move it with the mouse.')
2084        self.PostfillDataMenu()
2085        self.UnDo.Enable(False)
2086        self.PeakFit.Enable(False)
2087        self.PFOneCycle.Enable(False)
2088        self.AutoSearch.Enable(True)
2089       
2090        # PDR / Index Peak List
2091        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
2092        self.PrefillDataMenu(self.IndPeaksMenu)
2093        self.IndPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2094        self.IndPeaksMenu.Append(menu=self.IndPeaksEdit,title='Operations')
2095        self.IndPeaksEdit.Append(help='Load/Reload index peaks from peak list',id=wxID_INDXRELOAD, 
2096            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load/Reload')
2097        self.PostfillDataMenu()
2098       
2099        # PDR / Unit Cells List
2100        self.IndexMenu = wx.MenuBar()
2101        self.PrefillDataMenu(self.IndexMenu)
2102        self.IndexEdit = wx.Menu(title='')
2103        self.IndexMenu.Append(menu=self.IndexEdit, title='Cell Index/Refine')
2104        self.IndexPeaks = self.IndexEdit.Append(help='', id=wxID_INDEXPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2105            text='Index Cell')
2106        self.CopyCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_COPYCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Cell', 
2107            help='Copy selected unit cell from indexing to cell refinement fields')
2108        self.RefineCell = self.IndexEdit.Append( id=wxID_REFINECELL, kind=wx.ITEM_NORMAL, 
2109            text='Refine Cell',help='Refine unit cell parameters from indexed peaks')
2110        self.MakeNewPhase = self.IndexEdit.Append( id=wxID_MAKENEWPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2111            text='Make new phase',help='Make new phase from selected unit cell')
2112        self.ExportCells = self.IndexEdit.Append( id=wxID_EXPORTCELLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2113            text='Export cell list',help='Export cell list to csv file')
2114        self.PostfillDataMenu()
2115        self.IndexPeaks.Enable(False)
2116        self.CopyCell.Enable(False)
2117        self.RefineCell.Enable(False)
2118        self.MakeNewPhase.Enable(False)
2119       
2120        # PDR / Reflection Lists
2121        self.ReflMenu = wx.MenuBar()
2122        self.PrefillDataMenu(self.ReflMenu)
2123        self.ReflEdit = wx.Menu(title='')
2124        self.ReflMenu.Append(menu=self.ReflEdit, title='Reflection List')
2125        self.SelectPhase = self.ReflEdit.Append(help='Select phase for reflection list',id=wxID_SELECTPHASE, 
2126            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select phase')
2127        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWDHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot HKLs',
2128            help='Plot HKLs from powder pattern')
2129        self.ReflEdit.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
2130            help='Plot HKLs from powder pattern in 3D')
2131        self.PostfillDataMenu()
2132       
2133        # SASD / Instrument Parameters
2134        self.SASDInstMenu = wx.MenuBar()
2135        self.PrefillDataMenu(self.SASDInstMenu)
2136        self.SASDInstEdit = wx.Menu(title='')
2137        self.SASDInstMenu.Append(menu=self.SASDInstEdit, title='Operations')
2138        self.InstEdit.Append(help='Reset instrument profile parameters to default', 
2139            id=wxID_INSTPRMRESET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset profile')
2140        self.SASDInstEdit.Append(help='Copy instrument profile parameters to other histograms', 
2141            id=wxID_INSTCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy')
2142        self.PostfillDataMenu()
2143       
2144        #SASD & REFL/ Substance editor
2145        self.SubstanceMenu = wx.MenuBar()
2146        self.PrefillDataMenu(self.SubstanceMenu)
2147        self.SubstanceEdit = wx.Menu(title='')
2148        self.SubstanceMenu.Append(menu=self.SubstanceEdit, title='Edit substance')
2149        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_LOADSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load substance',
2150            help='Load substance from file')
2151        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ADDSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add substance',
2152            help='Add new substance to list')
2153        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_COPYSUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy substances',
2154            help='Copy substances')
2155        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_DELETESUBSTANCE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete substance',
2156            help='Delete substance from list')           
2157        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add elements',
2158            help='Add elements to substance')
2159        self.SubstanceEdit.Append(id=wxID_ELEMENTDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete elements',
2160            help='Delete elements from substance')
2161        self.PostfillDataMenu()
2162       
2163        # SASD/ Models
2164        self.ModelMenu = wx.MenuBar()
2165        self.PrefillDataMenu(self.ModelMenu)
2166        self.ModelEdit = wx.Menu(title='')
2167        self.ModelMenu.Append(menu=self.ModelEdit, title='Models')
2168        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELADD,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add',
2169            help='Add new term to model')
2170        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit',
2171            help='Fit model parameters to data')
2172        self.SasdUndo = self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELUNDO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Undo',
2173            help='Undo model fit')
2174        self.SasdUndo.Enable(False)           
2175        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequential fit',
2176            help='Sequential fit of model parameters to all SASD data')
2177        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
2178            help='Copy model parameters to other histograms')
2179        self.ModelEdit.Append(id=wxID_MODELCOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2180            help='Copy model refinement flags to other histograms')
2181        self.PostfillDataMenu()
2182       
2183        # IMG / Image Controls
2184        self.ImageMenu = wx.MenuBar()
2185        self.PrefillDataMenu(self.ImageMenu)
2186       
2187        self.ImageEdit = wx.Menu(title='')
2188        self.ImageMenu.Append(menu=self.ImageEdit, title='Calibration')
2189        self.ImageEdit.Append(help='Calibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2190            id=wxID_IMCALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calibrate')
2191        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate detector by fitting to calibrant lines', 
2192            id=wxID_IMRECALIBRATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate')
2193        self.ImageEdit.Append(help='Recalibrate all images by fitting to calibrant lines', 
2194            id=wxID_IMRECALIBALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Recalibrate all')           
2195        self.ImageEdit.Append(help='Clear calibration data points and rings',
2196            id=wxID_IMCLEARCALIB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear calibration')
2197       
2198        ImageIntegrate = wx.Menu(title='')
2199        self.ImageMenu.Append(menu=ImageIntegrate, title='Integration')
2200        ImageIntegrate.Append(help='Integrate selected image',id=wxID_IMINTEGRATE, 
2201            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate')
2202        ImageIntegrate.Append(help='Integrate all images selected from list',id=wxID_INTEGRATEALL,
2203            kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Integrate all')
2204        ImageIntegrate.Append(help='Open Auto-integration window to integrate a series of images', 
2205            id=wxID_IMAUTOINTEG, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto Integrate')
2206
2207        ImageParams = wx.Menu(title='')
2208        self.ImageMenu.Append(menu=ImageParams, title='Parms')
2209        ImageParams.Append(help='Copy image controls to other images', 
2210            id=wxID_IMCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Controls')
2211        ImageParams.Append(help='Copy selected image controls to other images', 
2212            id=wxID_IMCOPYSELECTED, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy Selected')
2213        ImageParams.Append(help='Save image controls to file', 
2214            id=wxID_IMSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Controls')
2215        ImageParams.Append(help='Save controls from selected images to file', 
2216            id=wxID_SAVESELECTEDCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Multiple Controls')
2217        ImageParams.Append(help='Load image controls from file',
2218            id=wxID_IMLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load Controls')
2219        ImageParams.Append(help='Transfer integration range for other detector distances', 
2220            id=wxID_IMXFERCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Xfer angles')
2221        ImageParams.Append(help='Reset all detector dist to set dist', 
2222            id=wxID_IMRESETDIST, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset dist')
2223       
2224        self.PostfillDataMenu()
2225           
2226        # IMG / Masks
2227        self.MaskMenu = wx.MenuBar()
2228        self.PrefillDataMenu(self.MaskMenu)
2229        self.MaskEdit = wx.Menu(title='')
2230        self.MaskMenu.Append(menu=self.MaskEdit, title='Operations')
2231        submenu = wx.Menu()
2232        self.MaskEdit.AppendMenu(
2233            wx.ID_ANY,'Create new', submenu,
2234            help=''
2235            )
2236        self.MaskEdit.Append(help='Copy mask to other images', 
2237            id=wxID_MASKCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy mask')
2238        self.MaskEdit.Append(help='Save mask to file', 
2239            id=wxID_MASKSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save mask')
2240        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file; ignoring threshold', 
2241            id=wxID_MASKLOADNOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask')
2242        self.MaskEdit.Append(help='Load mask from file keeping the threshold value', 
2243            id=wxID_MASKLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load mask w/threshold')
2244        self.MaskEdit.Append(help='Auto search for spot masks; NB: will clear old spot masks', 
2245            id=wxID_FINDSPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto spot masks')
2246        self.MaskEdit.Append(help='Delete all spot masks', 
2247            id=wxID_DELETESPOTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete spot masks')       
2248        submenu.Append(help='Create an arc mask with mouse input', 
2249            id=wxID_NEWMASKARC, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Arc mask')
2250        submenu.Append(help='Create a frame mask with mouse input', 
2251            id=wxID_NEWMASKFRAME, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Frame mask')
2252        submenu.Append(help='Create a polygon mask with mouse input', 
2253            id=wxID_NEWMASKPOLY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Polygon mask')
2254        submenu.Append(help='Create a ring mask with mouse input', 
2255            id=wxID_NEWMASKRING, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Ring mask')
2256        submenu.Append(help='Create spot masks with mouse input', 
2257            id=wxID_NEWMASKSPOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Spot mask')
2258        self.PostfillDataMenu()
2259           
2260        # IMG / Stress/Strain
2261        self.StrStaMenu = wx.MenuBar()
2262        self.PrefillDataMenu(self.StrStaMenu)
2263        self.StrStaEdit = wx.Menu(title='')
2264        self.StrStaMenu.Append(menu=self.StrStaEdit, title='Operations')
2265        self.StrStaEdit.Append(help='Append d-zero for one ring', 
2266            id=wxID_APPENDDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append d-zero')
2267        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data', 
2268            id=wxID_STRSTAFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit stress/strain')
2269        self.StrStaEdit.Append(help='Plot intensity distribution', 
2270            id=wxID_STRSTAPLOT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot intensity distribution')
2271        self.StrStaEdit.Append(help='Save intensity distribution', 
2272            id=wxID_STRRINGSAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save intensity distribution')
2273        self.StrStaEdit.Append(help='Update d-zero from ave d-zero',
2274            id=wxID_UPDATEDZERO, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update d-zero')       
2275        self.StrStaEdit.Append(help='Fit stress/strain data for all images', 
2276            id=wxID_STRSTAALLFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='All image fit')
2277        self.StrStaEdit.Append(help='Copy stress/strain data to other images', 
2278            id=wxID_STRSTACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy stress/strain')
2279        self.StrStaEdit.Append(help='Save stress/strain data to file', 
2280            id=wxID_STRSTASAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save stress/strain')
2281        self.StrStaEdit.Append(help='Load stress/strain data from file', 
2282            id=wxID_STRSTALOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load stress/strain')
2283        self.StrStaEdit.Append(help='Load sample data from file', 
2284            id=wxID_STRSTSAMPLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load sample data')
2285        self.PostfillDataMenu()
2286           
2287        # PDF / PDF Controls
2288        self.PDFMenu = wx.MenuBar()
2289        self.PrefillDataMenu(self.PDFMenu)
2290        self.PDFEdit = wx.Menu(title='')
2291        self.PDFMenu.Append(menu=self.PDFEdit, title='PDF Controls')
2292        self.PDFEdit.Append(help='Add one or more elements to sample composition',id=wxID_PDFADDELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2293            text='Add elements')
2294        self.PDFEdit.Append(help='Delete element from sample composition',id=wxID_PDFDELELEMENT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2295            text='Delete element')
2296        self.PDFEdit.Append(help='Copy PDF controls', id=wxID_PDFCOPYCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2297            text='Copy controls')
2298        self.PDFEdit.Append(help='Load PDF controls from file',id=wxID_PDFLOADCONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2299            text='Load Controls')
2300        self.PDFEdit.Append(help='Save PDF controls to file', id=wxID_PDFSAVECONTROLS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2301            text='Save controls')
2302        self.PDFEdit.Append(help='Compute PDF', id=wxID_PDFCOMPUTE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2303            text='Compute PDF')
2304        self.PDFEdit.Append(help='Compute all PDFs with or w/o optimization',
2305                            id=wxID_PDFCOMPUTEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2306            text='Compute all PDFs')
2307#        self.PDFEdit.Append(help='Optimize PDF', id=wxID_PDFOPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2308#            text='Optimize corrections for r<Rmin section of current G(r)')
2309        self.PostfillDataMenu()
2310       
2311        # PDF / PDF Peaks
2312        self.PDFPksMenu = wx.MenuBar()
2313        self.PrefillDataMenu(self.PDFPksMenu)
2314        self.PDFPksEdit = wx.Menu(title='')
2315        self.PDFPksMenu.Append(menu=self.PDFPksEdit, title='PDF Peaks')
2316        self.PDFPksEdit.Append(help='Fit PDF peaks', id=wxID_PDFPKSFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2317            text='PDF peak fit')
2318        self.PDFPksEdit.Append(help='Sequential Peak fitting for all PDFs', id=wxID_PDFPKSFITALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2319            text='Seq PDF peak fit')
2320        self.PDFPksEdit.Append(help='Copy PDF peaks', id=wxID_PDFCOPYPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2321            text='Copy peaks')
2322        self.PDFPksEdit.Append(help='Clear PDF peaks', id=wxID_CLEARPDFPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2323            text='Clear peaks')       
2324        self.PostfillDataMenu()
2325
2326       
2327        # Phase / General tab
2328        self.DataGeneral = wx.MenuBar()
2329        self.PrefillDataMenu(self.DataGeneral)
2330        self.DataGeneral.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2331        self.GeneralCalc = wx.Menu(title='')
2332        self.DataGeneral.Append(menu=self.GeneralCalc,title='Compute')
2333        self.GeneralCalc.Append(help='Compute Fourier map',id=wxID_FOURCALC, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2334            text='Fourier map')
2335        self.GeneralCalc.Append(help='Search Fourier map',id=wxID_FOURSEARCH, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2336            text='Search map')
2337        self.GeneralCalc.Append(help='Run charge flipping',id=wxID_CHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2338            text='Charge flipping')
2339        self.GeneralCalc.Append(help='Run 4D charge flipping',id=wxID_4DCHARGEFLIP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2340            text='4D Charge flipping')
2341        self.GeneralCalc.Enable(wxID_4DCHARGEFLIP,False)   
2342        self.GeneralCalc.Append(help='Clear map',id=wxID_FOURCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2343            text='Clear map')
2344        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing',id=wxID_SINGLEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2345            text='MC/SA')
2346        self.GeneralCalc.Append(help='Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors',id=wxID_MULTIMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2347            text='Multi MC/SA')            #currently not useful
2348        self.GeneralCalc.Append(help='Transform crystal structure',id=wxID_TRANSFORMSTRUCTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2349            text='Transform')
2350        self.PostfillDataMenu()
2351       
2352        # Phase / Data tab
2353        self.DataMenu = wx.MenuBar()
2354        self.PrefillDataMenu(self.DataMenu)
2355        self.DataMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2356        self.DataEdit = wx.Menu(title='')
2357        self.DataMenu.Append(menu=self.DataEdit, title='Edit Phase')
2358        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy data',
2359            help='Copy phase data to other histograms')
2360        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATACOPYFLAGS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy flags',
2361            help='Copy phase data flags to other histograms')
2362        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATASELCOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy selected data',
2363            help='Copy selected phase data to other histograms')
2364        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATAUSE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select used data',
2365            help='Select all histograms to use')
2366        self.DataEdit.Append(id=wxID_PWDRADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add powder histograms',
2367            help='Select new powder histograms to be used for this phase')
2368        self.DataEdit.Append(id=wxID_HKLFADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add single crystal histograms',
2369            help='Select new single crystal histograms to be used for this phase')
2370        self.DataEdit.Append(id=wxID_DATADELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove histograms',
2371            help='Remove histograms from use for this phase')
2372        self.PostfillDataMenu()
2373           
2374        # Phase / Atoms tab
2375        self.AtomsMenu = wx.MenuBar()
2376        self.PrefillDataMenu(self.AtomsMenu)
2377        self.AtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2378        self.AtomEdit = wx.Menu(title='')
2379        self.AtomCompute = wx.Menu(title='')
2380        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomEdit, title='Edit Atoms')
2381        self.AtomsMenu.Append(menu=self.AtomCompute, title='Compute')
2382        submenu = wx.Menu()
2383        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'On selected atoms...', submenu, 
2384            help='Set/Act on selected atoms')
2385        submenu.Append(wxID_ATOMSSETSEL,
2386            help='Set refinement flags for selected atoms',
2387            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2388            text='Refine selected')
2389        submenu.Append(id=wxID_ATOMSMODIFY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Modify parameters',
2390            help='Modify parameters values for all selected atoms')
2391        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert atom',
2392            help='Inserts an H atom before all selected atoms')
2393        submenu.Append(id=wxID_ADDHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc H atoms',
2394            help='Insert H atoms in expected bonding positions for selected atoms')
2395        submenu.Append(id=wxID_ATOMSEDITDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atom',
2396            help='Delete selected atoms')
2397        submenu.Append(id=wxID_ATOMSTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform atoms',
2398            help='Symmetry transform selected atoms')
2399#        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSROTATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Rotate atoms',
2400#            help='Select atoms to rotate first')
2401        submenu.Append(wxID_ATOMSSETALL,
2402            help='Set refinement flags for all atoms',
2403            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2404            text='Select All')
2405       
2406        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSEDITADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append atom',
2407            help='Appended as an H atom')
2408        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMSVIEWADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Append view point',
2409            help='Appended as an H atom')
2410        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMVIEWINSERT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Insert view point',
2411            help='Select atom row to insert before; inserted as an H atom')
2412        self.AtomEdit.Append(id=wxID_UPDATEHATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Update H atoms',
2413            help='Update H atoms in standard positions')
2414        self.AtomEdit.Append(id=wxID_ATOMMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move selected atom to view point',
2415            help='Select a single atom to be moved to view point in plot')
2416        self.AtomEdit.Append(id=wxID_MAKEMOLECULE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assemble molecule',
2417            help='Select a single atom to assemble as a molecule from scattered atom positions')
2418        self.AtomEdit.Append(id=wxID_RELOADDRAWATOMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reload draw atoms',
2419            help='Reload atom drawing list')
2420        submenu = wx.Menu()
2421        self.AtomEdit.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Reimport atoms', submenu, 
2422            help='Reimport atoms from file; sequence must match')
2423        # setup a cascade menu for the formats that have been defined
2424        self.ReImportMenuId = {}  # points to readers for each menu entry
2425        for reader in self.G2frame.ImportPhaseReaderlist:
2426            item = submenu.Append(
2427                wx.ID_ANY,help=reader.longFormatName,
2428                kind=wx.ITEM_NORMAL,text='reimport coordinates from '+reader.formatName+' file')
2429            self.ReImportMenuId[item.GetId()] = reader
2430        item = submenu.Append(
2431            wx.ID_ANY,
2432            help='Reimport coordinates, try to determine format from file',
2433            kind=wx.ITEM_NORMAL,
2434            text='guess format from file')
2435        self.ReImportMenuId[item.GetId()] = None # try all readers
2436
2437        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Show Distances && Angles',
2438            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2439        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSPDISAGL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save Distances && Angles',
2440            help='Compute distances & angles for selected atoms')
2441        self.AtomCompute.ISOcalc = self.AtomCompute.Append(
2442            id=wxID_ISODISP, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2443            text='ISODISTORT mode values',
2444            help='Compute values of ISODISTORT modes from atom parameters')
2445        self.AtomCompute.Append(id=wxID_ATOMSDENSITY, kind=wx.ITEM_NORMAL,
2446            text='Density',
2447            help='Compute density for current phase')
2448        self.PostfillDataMenu()
2449       
2450        # Phase / Imcommensurate "waves" tab
2451        self.WavesData = wx.MenuBar()
2452        self.PrefillDataMenu(self.WavesData)
2453        self.WavesData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2454        self.WavesDataEdit = wx.Menu(title='')
2455        self.WavesData.Append(menu=self.WavesDataEdit, title='Edit Wave')
2456        self.WavesDataEdit.Append(id=wxID_WAVEVARY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global wave vary',
2457            help='Global setting of wave vary flags')
2458        self.PostfillDataMenu()
2459       
2460        # Phase / Layer tab
2461        self.LayerData = wx.MenuBar()
2462        self.PrefillDataMenu(self.LayerData)
2463        self.LayerData.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2464        self.LayerDataEdit = wx.Menu(title='')
2465        self.LayerData.Append(menu=self.LayerDataEdit, title='Operations')
2466        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LOADDIFFAX, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load from DIFFaX file',
2467            help='Load layer info from DIFFaX file')
2468        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_COPYPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy phase cell',
2469            help='Copy phase cell from another project')
2470        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Simulate pattern',
2471            help='Simulate diffraction pattern from layer stacking')
2472        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_LAYERSFIT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fit pattern',
2473            help='Fit diffraction pattern with layer stacking model')
2474        self.LayerDataEdit.Append(id=wxID_SEQUENCESIMULATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Sequence simulations',
2475            help='Sequence simulation changing one parameter')
2476        self.PostfillDataMenu()
2477                 
2478        # Phase / Draw Options tab
2479        self.DataDrawOptions = wx.MenuBar()
2480        self.PrefillDataMenu(self.DataDrawOptions)
2481        self.DataDrawOptions.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2482        self.PostfillDataMenu()
2483       
2484        # Phase / Draw Atoms tab
2485        self.DrawAtomsMenu = wx.MenuBar()
2486        self.PrefillDataMenu(self.DrawAtomsMenu)
2487        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2488        self.DrawAtomEdit = wx.Menu(title='')
2489        self.DrawAtomCompute = wx.Menu(title='')
2490        self.DrawAtomRestraint = wx.Menu(title='')
2491        self.DrawAtomRigidBody = wx.Menu(title='')
2492        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomEdit, title='Edit Figure')
2493        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomCompute,title='Compute')
2494        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRestraint, title='Restraints')
2495        self.DrawAtomsMenu.Append(menu=self.DrawAtomRigidBody, title='Rigid body')
2496        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMSTYLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom style',
2497            help='Select atoms first')
2498        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMLABEL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom label',
2499            help='Select atoms first')
2500        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Atom color',
2501            help='Select atoms first')
2502        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWATOMRESETCOLOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Reset atom colors',
2503            help='Resets all atom colors to defaults')
2504        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRWAEDITRADII, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Edit atom radii',
2505            help='Edit drawing atom radii')
2506        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWVIEWPOINT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2507            help='View point is 1st atom selected')
2508        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDEQUIV, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atoms',
2509            help='Add symmetry & cell equivalents to drawing set from selected atoms')
2510        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWADDSPHERE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add sphere of atoms',
2511            help='Add atoms within sphere of enclosure')
2512        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWTRANSFORM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Transform draw atoms',
2513            help='Transform selected atoms by symmetry & cell translations')
2514        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCOORD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill CN-sphere',
2515            help='Fill coordination sphere for selected atoms')           
2516        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWFILLCELL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Fill unit cell',
2517            help='Fill unit cell with selected atoms')
2518        self.DrawAtomEdit.Append(id=wxID_DRAWDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete atoms',
2519            help='Delete atoms from drawing set')
2520        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2521            help='Compute distance of selected atoms from view point')   
2522        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWDISAGLTOR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Dist. Ang. Tors.',
2523            help='Compute distance, angle or torsion for 2-4 selected atoms')   
2524        self.DrawAtomCompute.Append(id=wxID_DRAWPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Best plane',
2525            help='Compute best plane for 4+ selected atoms')   
2526        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRBOND, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add bond restraint',
2527            help='Add bond restraint for selected atoms (2)')
2528        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRANGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add angle restraint',
2529            help='Add angle restraint for selected atoms (3: one end 1st)')
2530        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRPLANE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add plane restraint',
2531            help='Add plane restraint for selected atoms (4+)')
2532        self.DrawAtomRestraint.Append(id=wxID_DRAWRESTRCHIRAL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add chiral restraint',
2533            help='Add chiral restraint for selected atoms (4: center atom 1st)')
2534        self.DrawAtomRigidBody.Append(id=wxID_DRAWDEFINERB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Define rigid body',
2535            help='Define rigid body with selected atoms')
2536        self.PostfillDataMenu()
2537
2538        # Phase / MCSA tab
2539        self.MCSAMenu = wx.MenuBar()
2540        self.PrefillDataMenu(self.MCSAMenu)
2541        self.MCSAMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2542        self.MCSAEdit = wx.Menu(title='')
2543        self.MCSAMenu.Append(menu=self.MCSAEdit, title='MC/SA')
2544        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSAATOM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add atom', 
2545            help='Add single atom to MC/SA model')
2546        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_ADDMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body', 
2547            help='Add rigid body to MC/SA model' )
2548        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_CLEARMCSARB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear rigid bodies', 
2549            help='Clear all atoms & rigid bodies from MC/SA model' )
2550        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MOVEMCSA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move MC/SA solution', 
2551            help='Move MC/SA solution to atom list' )
2552        self.MCSAEdit.Append(id=wxID_MCSACLEARRESULTS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear results', 
2553            help='Clear table of MC/SA results' )
2554        self.PostfillDataMenu()
2555           
2556        # Phase / Texture tab
2557        self.TextureMenu = wx.MenuBar()
2558        self.PrefillDataMenu(self.TextureMenu)
2559        self.TextureMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2560        self.TextureEdit = wx.Menu(title='')
2561        self.TextureMenu.Append(menu=self.TextureEdit, title='Texture')
2562        self.TextureEdit.Append(id=wxID_REFINETEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Refine texture', 
2563            help='Refine the texture coefficients from sequential results')
2564#        self.TextureEdit.Append(id=wxID_CLEARTEXTURE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear texture',
2565#            help='Clear the texture coefficients' )
2566        self.PostfillDataMenu()
2567           
2568        # Phase / Pawley tab
2569        self.PawleyMenu = wx.MenuBar()
2570        self.PrefillDataMenu(self.PawleyMenu)
2571        self.PawleyMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2572        self.PawleyEdit = wx.Menu(title='')
2573        self.PawleyMenu.Append(menu=self.PawleyEdit,title='Operations')
2574        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSET, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley settings',
2575            help='Change Pawley refinement settings')
2576        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYLOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley create',
2577            help='Initialize Pawley reflection list')
2578        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYESTIMATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley estimate',
2579            help='Estimate initial Pawley intensities')
2580        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYUPDATE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Pawley update',
2581            help='Update negative Pawley intensities with -0.5*Fobs and turn off refinement')
2582        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select all',
2583            help='Select all reflections to be refined')
2584        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELNONE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Select none',
2585            help='Set flag for all reflections for no refinement')
2586        self.PawleyEdit.Append(id=wxID_PAWLEYSELTOGGLE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Toggle Selection',
2587            help='Toggle Selection flag for all reflections to opposite setting')
2588        self.PostfillDataMenu()
2589           
2590        # Phase / Map peaks tab
2591        self.MapPeaksMenu = wx.MenuBar()
2592        self.PrefillDataMenu(self.MapPeaksMenu)
2593        self.MapPeaksMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2594        self.MapPeaksEdit = wx.Menu(title='')
2595        self.MapPeaksMenu.Append(menu=self.MapPeaksEdit, title='Map peaks')
2596        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSMOVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Move peaks', 
2597            help='Move selected peaks to atom list')
2598        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSVIEWPT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View point',
2599            help='View point is 1st peak selected')
2600        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDISTVP, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='View pt. dist.',
2601            help='Compute distance of selected peaks from view point')   
2602        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_SHOWBONDS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Hide bonds',
2603            help='Hide or show bonds between peak positions')   
2604        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDA, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Calc dist/ang', 
2605            help='Calculate distance or angle for selection')
2606        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_FINDEQVPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Equivalent peaks', 
2607            help='Find equivalent peaks')
2608        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSUNIQUE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Unique peaks', 
2609            help='Select unique set')
2610        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSDELETE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Delete peaks', 
2611            help='Delete selected peaks')
2612        self.MapPeaksEdit.Append(id=wxID_PEAKSCLEAR, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Clear peaks', 
2613            help='Clear the map peak list')
2614        self.PostfillDataMenu()
2615
2616        # Phase / Rigid bodies tab
2617        self.RigidBodiesMenu = wx.MenuBar()
2618        self.PrefillDataMenu(self.RigidBodiesMenu)
2619        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=wx.Menu(title=''),title='Select tab')
2620        self.RigidBodiesEdit = wx.Menu(title='')
2621        self.RigidBodiesMenu.Append(menu=self.RigidBodiesEdit, title='Edit Body')
2622        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_ASSIGNATMS2RB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Assign atoms to rigid body',
2623            help='Select & position rigid body in structure of existing atoms')
2624        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_AUTOFINDRESRB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Auto find residues',
2625            help='Auto find of residue RBs in macromolecule')
2626        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_COPYRBPARMS, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy rigid body parms',
2627            help='Copy rigid body location & TLS parameters')
2628        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALTHERM, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global thermal motion',
2629            help='Global setting of residue thermal motion models')
2630        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_GLOBALRESREFINE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Global residue refine',
2631            help='Global setting of residue RB refinement flags')
2632        self.RigidBodiesEdit.Append(id=wxID_RBREMOVEALL, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Remove all rigid bodies',
2633            help='Remove all rigid body assignment for atoms')
2634        self.PostfillDataMenu()
2635    # end of GSAS-II menu definitions
2636       
2637    def _init_ctrls(self, parent,name=None,size=None,pos=None):
2638        wx.Frame.__init__(
2639            self,parent=parent,
2640            #style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX | wx.FRAME_FLOAT_ON_PARENT ,
2641            style=wx.DEFAULT_FRAME_STYLE ^ wx.CLOSE_BOX,
2642            size=size,pos=pos,title='GSAS-II data display')
2643        self._init_menus()
2644        if name:
2645            self.SetLabel(name)
2646        self.Show()
2647       
2648    def __init__(self,parent,frame,data=None,name=None, size=None,pos=None):
2649        self.G2frame = frame
2650        self._init_ctrls(parent,name,size,pos)
2651        self.data = data
2652        clientSize = wx.ClientDisplayRect()
2653        Size = self.GetSize()
2654        xPos = clientSize[2]-Size[0]
2655        self.SetPosition(wx.Point(xPos,clientSize[1]+250))
2656        self.AtomGrid = []
2657        self.selectedRow = 0
2658        self.lastSize = Size       
2659        self.manualPhaseSize = None
2660        self.userReSize = False
2661        wx.Frame.Bind(self,wx.EVT_SIZE,self.OnReSize)
2662           
2663    def OnReSize(self,event):
2664        '''Keep track of size changes for Phase windows
2665        '''
2666        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2667        try:
2668            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2669        except:         #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2670            parent = 0
2671        if self.userReSize and parent and self.G2frame.PatternTree.GetItemText(parent) == "Phases":
2672            if self.lastSize == event.EventObject.GetSize():
2673#                if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2674#                    print 'no save size=',self.lastSize
2675                return
2676            self.manualPhaseSize = event.EventObject.GetSize()
2677            self.lastSize = event.EventObject.GetSize()
2678#            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2679#                print 'Saving Phase size=',self.manualPhaseSize
2680                #HowDidIgetHere()
2681        event.Skip()
2682
2683    def SendSizeEvent(self):
2684        '''Prevent SendSizeEvent from overriding the saved size
2685        '''
2686        self.userReSize = False
2687        wx.Frame.SendSizeEvent(self)
2688        self.userReSize = True
2689       
2690    def setSizePosLeft(self,Size):
2691        '''Place the dataFrame window so that the upper left-hand corner remains in the same place;
2692        The size is dictated by parameter Width, unless overridden by a previous Phase window resize
2693        '''
2694        self.userReSize = False
2695#        if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
2696#            print 'setSizePosLeft size',Size,self.lastSize
2697        Size = list(Size)
2698        id = self.G2frame.PatternTree.GetSelection()
2699        try:            #avoid bad tree item on start via gpx file selection
2700            pid = self.G2frame.PatternTree.GetItemParent(id)
2701        except:
2702            pid = 0
2703        if pid:
2704            parent = self.G2frame.PatternTree.GetItemText(pid)
2705            # is this a phase window and has a previous window has been resized?
2706            if self.manualPhaseSize and parent == "Phases":
2707                Size = list(self.manualPhaseSize)
2708        Pos = self.GetPosition()
2709        clientSize = wx.ClientDisplayRect()     #display window size (e.g. 1304x768)
2710        Size[1] = min(Size[1],clientSize[2]-300)
2711        Size[0] = max(Size[0],300)
2712#        print 'current position/width:',Pos,Width
2713        self.SetSize(Size)
2714        Size[1] += 1        #kluge to ensure scrollbar settings & window properly displayed
2715        self.SetSize(Size)
2716        Pos[0] += self.lastSize[0]-Size[0]
2717        offSet = 0
2718        if Pos[0] < clientSize[2]:
2719            offSet = Pos[0]+Size[0]-clientSize[2]
2720        if offSet > 0:
2721            Pos[0] -= offSet
2722        self.SetPosition(wx.Point(Pos[0],Pos[1]))
2723        self.lastSize = Size
2724        self.userReSize = True
2725       
2726    def Clear(self):
2727        self.ClearBackground()
2728        self.DestroyChildren()
2729                   
2730
2731################################################################################
2732#####  Notebook Tree Item editor
2733################################################################################                 
2734def UpdateNotebook(G2frame,data):
2735    '''Called when the data tree notebook entry is selected. Allows for
2736    editing of the text in that tree entry
2737    '''
2738    def OnNoteBook(event):
2739        event.Skip()
2740        data = G2frame.dataDisplay.GetValue().split('\n')
2741        G2frame.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Notebook'),data)
2742        if 'nt' not in os.name:
2743            G2frame.dataDisplay.AppendText('\n')
2744                   
2745    if G2frame.dataDisplay:
2746        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2747    G2frame.dataFrame.SetLabel('Notebook')
2748    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
2749        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_PROCESS_ENTER | wx.TE_DONTWRAP)
2750    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnNoteBook)
2751    G2frame.dataDisplay.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnNoteBook)
2752    for line in data:
2753        G2frame.dataDisplay.AppendText(line+"\n")
2754    G2frame.dataDisplay.AppendText('Notebook entry @ '+time.ctime()+"\n")
2755    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
2756           
2757################################################################################
2758#####  Controls Tree Item editor
2759################################################################################           
2760def UpdateControls(G2frame,data):
2761    '''Edit overall GSAS-II controls in main Controls data tree entry
2762    '''
2763    #patch
2764    if 'deriv type' not in data:
2765        data = {}
2766        data['deriv type'] = 'analytic Hessian'
2767        data['min dM/M'] = 0.0001
2768        data['shift factor'] = 1.
2769        data['max cyc'] = 3       
2770        data['F**2'] = False
2771    if 'shift factor' not in data:
2772        data['shift factor'] = 1.
2773    if 'max cyc' not in data:
2774        data['max cyc'] = 3
2775    if 'F**2' not in data:
2776        data['F**2'] = False
2777    if 'Author' not in data:
2778        data['Author'] = 'no name'
2779    if 'FreePrm1' not in data:
2780        data['FreePrm1'] = 'Sample humidity (%)'
2781    if 'FreePrm2' not in data:
2782        data['FreePrm2'] = 'Sample voltage (V)'
2783    if 'FreePrm3' not in data:
2784        data['FreePrm3'] = 'Applied load (MN)'
2785    if 'Copy2Next' not in data:
2786        data['Copy2Next'] = False
2787    if 'Reverse Seq' not in data:
2788        data['Reverse Seq'] = False
2789    if 'UsrReject' not in data:
2790        data['UsrReject'] = {'minF/sig':0,'MinExt':0.01,'MaxDF/F':20.,'MaxD':500.,'MinD':0.05}
2791    if 'HatomFix' not in data:
2792        data['HatomFix'] = False
2793    if 'Marquardt' not in data:
2794        data['Marquardt'] = -3
2795   
2796    #end patch
2797
2798    def SeqSizer():
2799       
2800        def OnSelectData(event):
2801            choices = GetPatternTreeDataNames(G2frame,['PWDR','HKLF',])
2802            sel = []
2803            try:
2804                if 'Seq Data' in data:
2805                    for item in data['Seq Data']:
2806                        sel.append(choices.index(item))
2807                    sel = [choices.index(item) for item in data['Seq Data']]
2808            except ValueError:  #data changed somehow - start fresh
2809                sel = []
2810            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Sequential refinement',
2811                'Select dataset to include',choices)
2812            dlg.SetSelections(sel)
2813            names = []
2814            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
2815                for sel in dlg.GetSelections():
2816                    names.append(choices[sel])
2817                data['Seq Data'] = names               
2818                G2frame.EnableSeqRefineMenu()
2819            dlg.Destroy()
2820            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2821           
2822        def OnReverse(event):
2823            data['Reverse Seq'] = reverseSel.GetValue()
2824           
2825        def OnCopySel(event):
2826            data['Copy2Next'] = copySel.GetValue() 
2827                   
2828        seqSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2829        dataSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2830        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Sequential Refinement: '),0,WACV)
2831        selSeqData = wx.Button(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Select data')
2832        selSeqData.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnSelectData)
2833        dataSizer.Add(selSeqData,0,WACV)
2834        SeqData = data.get('Seq Data',[])
2835        if not SeqData:
2836            lbl = ' (no data selected)'
2837        else:
2838            lbl = ' ('+str(len(SeqData))+' dataset(s) selected)'
2839
2840        dataSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=lbl),0,WACV)
2841        seqSizer.Add(dataSizer,0)
2842        if SeqData:
2843            selSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2844            reverseSel = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Reverse order?')
2845            reverseSel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnReverse)
2846            reverseSel.SetValue(data['Reverse Seq'])
2847            selSizer.Add(reverseSel,0,WACV)
2848            copySel =  wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label=' Copy results to next histogram?')
2849            copySel.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCopySel)
2850            copySel.SetValue(data['Copy2Next'])
2851            selSizer.Add(copySel,0,WACV)
2852            seqSizer.Add(selSizer,0)
2853        return seqSizer
2854       
2855    def LSSizer():       
2856       
2857        def OnDerivType(event):
2858            data['deriv type'] = derivSel.GetValue()
2859            derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2860            wx.CallAfter(UpdateControls,G2frame,data)
2861           
2862        def OnConvergence(event):
2863            event.Skip()
2864            try:
2865                value = max(1.e-9,min(1.0,float(Cnvrg.GetValue())))
2866            except ValueError:
2867                value = 0.0001
2868            data['min dM/M'] = value
2869            Cnvrg.SetValue('%.2g'%(value))
2870           
2871        def OnMaxCycles(event):
2872            data['max cyc'] = int(maxCyc.GetValue())
2873            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2874           
2875        def OnMarqLam(event):
2876            data['Marquardt'] = int(marqLam.GetValue())
2877            marqLam.SetValue(str(data['Marquardt']))
2878                       
2879        def OnFactor(event):
2880            event.Skip()
2881            try:
2882                value = min(max(float(Factr.GetValue()),0.00001),100.)
2883            except ValueError:
2884                value = 1.0
2885            data['shift factor'] = value
2886            Factr.SetValue('%.5f'%(value))
2887           
2888        def OnFsqRef(event):
2889            data['F**2'] = fsqRef.GetValue()
2890           
2891#        def OnHatomFix(event):
2892#            data['HatomFix'] = Hfix.GetValue()
2893       
2894        def OnUsrRej(event):
2895            event.Skip()
2896            Obj = event.GetEventObject()
2897            item,limits = Indx[Obj]
2898            try:
2899                value = min(max(float(Obj.GetValue()),limits[0]),limits[1])
2900            except ValueError:
2901                value = data['UsrReject'][item]
2902            data['UsrReject'][item] = value
2903            Obj.SetValue('%.2f'%(value))
2904
2905        LSSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,vgap=5,hgap=5)
2906        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement derivatives: '),0,WACV)
2907        Choice=['analytic Jacobian','numeric','analytic Hessian']
2908        derivSel = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=data['deriv type'],choices=Choice,
2909            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2910        derivSel.SetValue(data['deriv type'])
2911        derivSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnDerivType)
2912           
2913        LSSizer.Add(derivSel,0,WACV)
2914        LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Min delta-M/M: '),0,WACV)
2915        Cnvrg = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2g'%(data['min dM/M']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2916        Cnvrg.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnConvergence)
2917        Cnvrg.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnConvergence)
2918        LSSizer.Add(Cnvrg,0,WACV)
2919        Indx = {}
2920        if 'Hessian' in data['deriv type']:
2921            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Max cycles: '),0,WACV)
2922            Choice = ['0','1','2','3','5','10','15','20']
2923            maxCyc = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['max cyc']),choices=Choice,
2924                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2925#            maxCyc.SetValue(str(data['max cyc']))
2926            maxCyc.Bind(wx.EVT_COMBOBOX, OnMaxCycles)
2927            LSSizer.Add(maxCyc,0,WACV)
2928            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial lambda = 10**'),0,WACV)
2929            MarqChoice = ['-3','-2','-1','0','1','2','3','4']
2930            marqLam = wx.ComboBox(parent=G2frame.dataDisplay,value=str(data['Marquardt']),choices=MarqChoice,
2931                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
2932            marqLam.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnMarqLam)
2933            LSSizer.Add(marqLam,0,WACV)
2934        else:
2935            LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Initial shift factor: '),0,WACV)
2936            Factr = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.5f'%(data['shift factor']),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2937            Factr.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnFactor)
2938            Factr.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnFactor)
2939            LSSizer.Add(Factr,0,WACV)
2940        if G2frame.Sngl:
2941            userReject = data['UsrReject']
2942            usrRej = {'minF/sig':[' Min obs/sig (0-5): ',[0,5], ],'MinExt':[' Min extinct. (0-.9): ',[0,.9],],
2943                'MaxDF/F':[' Max delt-F/sig (3-1000): ',[3.,1000.],],'MaxD':[' Max d-spacing (3-500): ',[3,500],],
2944                'MinD':[' Min d-spacing (0.1-2.0): ',[0.1,2.0],]}
2945
2946            fsqRef = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Refine HKLF as F^2? ')
2947            fsqRef.SetValue(data['F**2'])
2948            fsqRef.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFsqRef)
2949            LSSizer.Add(fsqRef,0,WACV)
2950            LSSizer.Add((1,0),)
2951            for item in usrRej:
2952                LSSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,-1,label=usrRej[item][0]),0,WACV)
2953                usrrej = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value='%.2f'%(userReject[item]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2954                Indx[usrrej] = [item,usrRej[item][1]]
2955                usrrej.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnUsrRej)
2956                usrrej.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnUsrRej)
2957                LSSizer.Add(usrrej,0,WACV)
2958#        Hfix = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,-1,label='Regularize H atoms? ')
2959#        Hfix.SetValue(data['HatomFix'])
2960#        Hfix.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnHatomFix)
2961#        LSSizer.Add(Hfix,0,WACV)   #for now
2962        return LSSizer
2963       
2964    def AuthSizer():
2965
2966        def OnAuthor(event):
2967            event.Skip()
2968            data['Author'] = auth.GetValue()
2969
2970        Author = data['Author']
2971        authSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
2972        authSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' CIF Author (last, first):'),0,WACV)
2973        auth = wx.TextCtrl(G2frame.dataDisplay,-1,value=Author,style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
2974        auth.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnAuthor)
2975        auth.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnAuthor)
2976        authSizer.Add(auth,0,WACV)
2977        return authSizer
2978       
2979       
2980    if G2frame.dataDisplay:
2981        G2frame.dataDisplay.Destroy()
2982    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
2983        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
2984        Status.SetStatusText('')
2985    G2frame.dataFrame.SetLabel('Controls')
2986    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
2987    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.ControlsMenu)
2988    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
2989    mainSizer.Add((5,5),0)
2990    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Refinement Controls:'),0,WACV)   
2991    mainSizer.Add(LSSizer())
2992    mainSizer.Add((5,5),0)
2993    mainSizer.Add(SeqSizer())
2994    mainSizer.Add((5,5),0)
2995    mainSizer.Add(AuthSizer())
2996    mainSizer.Add((5,5),0)
2997       
2998    mainSizer.Layout()   
2999    G2frame.dataDisplay.SetSizer(mainSizer)
3000    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame))
3001     
3002################################################################################
3003#####  Comments
3004################################################################################           
3005       
3006def UpdateComments(G2frame,data):                   
3007
3008    if G2frame.dataDisplay:
3009        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3010    G2frame.dataFrame.SetLabel('Comments')
3011    G2frame.dataDisplay = wx.TextCtrl(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize(),
3012        style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_READONLY|wx.TE_DONTWRAP)
3013    for line in data:
3014        if '\n' not in line:
3015            G2frame.dataDisplay.AppendText(line+'\n')
3016        else:
3017            G2frame.dataDisplay.AppendText(line)
3018    G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([400,250])
3019           
3020################################################################################
3021#####  Display of Sequential Results
3022################################################################################           
3023       
3024def UpdateSeqResults(G2frame,data,prevSize=None):
3025    """
3026    Called when the Sequential Results data tree entry is selected
3027    to show results from a sequential refinement.
3028   
3029    :param wx.Frame G2frame: main GSAS-II data tree windows
3030
3031    :param dict data: a dictionary containing the following items: 
3032
3033            * 'histNames' - list of histogram names in order as processed by Sequential Refinement
3034            * 'varyList' - list of variables - identical over all refinements in sequence
3035              note that this is the original list of variables, prior to processing
3036              constraints.
3037            * 'variableLabels' -- a dict of labels to be applied to each parameter
3038              (this is created as an empty dict if not present in data).
3039            * keyed by histName - dictionaries for all data sets processed, which contains:
3040
3041              * 'variables'- result[0] from leastsq call
3042              * 'varyList' - list of variables passed to leastsq call (not same as above)
3043              * 'sig' - esds for variables
3044              * 'covMatrix' - covariance matrix from individual refinement
3045              * 'title' - histogram name; same as dict item name
3046              * 'newAtomDict' - new atom parameters after shifts applied
3047              * 'newCellDict' - refined cell parameters after shifts to A0-A5 from Dij terms applied'
3048    """
3049    def GetSampleParms():
3050        '''Make a dictionary of the sample parameters that are not the same over the
3051        refinement series. Controls here is local
3052        '''
3053        if 'IMG' in histNames[0]:
3054            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
3055        else:
3056            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
3057                'FreePrm1':[],'FreePrm2':[],'FreePrm3':[],'Omega':[],
3058                'Chi':[],'Phi':[],'Azimuth':[],}
3059        Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(
3060            GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root, 'Controls'))
3061        sampleParm = {}
3062        for name in histNames:
3063            if 'IMG' in name:
3064                for item in sampleParmDict:
3065                    sampleParmDict[item].append(data[name]['parmDict'].get(item,0))
3066            else:
3067                if 'PDF' in name:
3068                    name = 'PWDR' + name[4:]
3069                Id = GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,name)
3070                sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
3071                for item in sampleParmDict:
3072                    sampleParmDict[item].append(sampleData.get(item,0))
3073        for item in sampleParmDict:
3074            frstValue = sampleParmDict[item][0]
3075            if np.any(np.array(sampleParmDict[item])-frstValue):
3076                if item.startswith('FreePrm'):
3077                    sampleParm[Controls[item]] = sampleParmDict[item]
3078                else:
3079                    sampleParm[item] = sampleParmDict[item]
3080        return sampleParm
3081
3082    def GetColumnInfo(col):
3083        '''returns column label, lists of values and errors (or None) for each column in the table
3084        for plotting. The column label is reformatted from Unicode to MatPlotLib encoding
3085        '''
3086        colName = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3087        plotName = variableLabels.get(colName,colName)
3088        plotName = plotSpCharFix(plotName)
3089        return plotName,G2frame.colList[col],G2frame.colSigs[col]
3090           
3091    def PlotSelect(event):
3092        'Plots a row (covariance) or column on double-click'
3093        cols = G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()
3094        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
3095        if cols:
3096            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3097        elif rows:
3098            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
3099            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
3100        else:
3101            G2frame.ErrorDialog(
3102                'Select row or columns',
3103                'Nothing selected in table. Click on column or row label(s) to plot. N.B. Grid selection can be a bit funky.'
3104                )
3105           
3106    def OnPlotSelSeq(event):
3107        'plot the selected columns or row from menu command'
3108        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3109        rows = G2frame.dataDisplay.GetSelectedRows()
3110        if cols:
3111            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3112        elif rows:
3113            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
3114            G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
3115        else:
3116            G2frame.ErrorDialog(
3117                'Select columns',
3118                'No columns or rows selected in table. Click on row or column labels to select fields for plotting.'
3119                )
3120               
3121    def OnAveSelSeq(event):
3122        'average the selected columns from menu command'
3123        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3124        useCol = -np.array(G2frame.SeqTable.GetColValues(0),dtype=bool)
3125        if cols:
3126            for col in cols:
3127                items = GetColumnInfo(col)[1]
3128                noneMask = np.array([item is None for item in items])
3129                info = ma.array(items,mask=useCol+noneMask)
3130                ave = ma.mean(ma.compressed(info))
3131                sig = ma.std(ma.compressed(info))
3132                print ' Average for '+G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)+': '+'%.6g'%(ave)+' +/- '+'%.6g'%(sig)
3133        else:
3134            G2frame.ErrorDialog(
3135                'Select columns',
3136                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for averaging.'
3137                )
3138               
3139    def OnRenameSelSeq(event):
3140        cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3141        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(c) for c in cols]
3142        newNames = colNames[:]
3143        for i,name in enumerate(colNames):
3144            if name in variableLabels:
3145                newNames[i] = variableLabels[name]
3146        if not cols:
3147            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3148                'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for rename.')
3149            return
3150        dlg = G2G.MultiStringDialog(G2frame.dataDisplay,'Set column names',colNames,newNames)
3151        if dlg.Show():
3152            newNames = dlg.GetValues()           
3153            variableLabels.update(dict(zip(colNames,newNames)))
3154        data['variableLabels'] = variableLabels
3155        dlg.Destroy()
3156        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3157        G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,cols,GetColumnInfo,SelectXaxis)
3158           
3159    def OnReOrgSelSeq(event):
3160        'Reorder the columns'
3161        G2G.GetItemOrder(G2frame,VaryListChanges,vallookup,posdict)   
3162        UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3163
3164    def OnSaveSelSeqCSV(event):
3165        'export the selected columns to a .csv file from menu command'
3166        OnSaveSelSeq(event,csv=True)
3167       
3168    def OnSaveSeqCSV(event):
3169        'export all columns to a .csv file from menu command'
3170        OnSaveSelSeq(event,csv=True,allcols=True)
3171       
3172    def OnSaveSelSeq(event,csv=False,allcols=False):
3173        'export the selected columns to a .txt or .csv file from menu command'
3174        def WriteCSV():
3175            def WriteList(headerItems):
3176                line = ''
3177                for lbl in headerItems:
3178                    if line: line += ','
3179                    line += '"'+lbl+'"'
3180                return line
3181            head = ['name']
3182            for col in cols:
3183                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3184                # get rid of labels that have Unicode characters
3185                if not all([ord(c) < 128 and ord(c) != 0 for c in item]): item = '?'
3186                if col in havesig:
3187                    head += [item,'esd-'+item]
3188                else:
3189                    head += [item]
3190            SeqFile.write(WriteList(head)+'\n')
3191            for row,name in enumerate(saveNames):
3192                line = '"'+saveNames[row]+'"'
3193                for col in cols:
3194                    if col in havesig:
3195                        line += ','+str(saveData[col][row])+','+str(saveSigs[col][row])
3196                    else:
3197                        line += ','+str(saveData[col][row])
3198                SeqFile.write(line+'\n')
3199        def WriteSeq():
3200            lenName = len(saveNames[0])
3201            line = %s  '%('name'.center(lenName))
3202            for col in cols:
3203                item = G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(col)
3204                if col in havesig:
3205                    line += ' %12s %12s '%(item.center(12),'esd'.center(12))
3206                else:
3207                    line += ' %12s '%(item.center(12))
3208            SeqFile.write(line+'\n')
3209            for row,name in enumerate(saveNames):
3210                line = " '%s' "%(saveNames[row])
3211                for col in cols:
3212                    if col in havesig:
3213                        line += ' %12.6f %12.6f '%(saveData[col][row],saveSigs[col][row])
3214                    else:
3215                        line += ' %12.6f '%saveData[col][row]
3216                SeqFile.write(line+'\n')
3217
3218        # start of OnSaveSelSeq code
3219        if allcols:
3220            cols = range(G2frame.SeqTable.GetNumberCols())
3221        else:
3222            cols = sorted(G2frame.dataDisplay.GetSelectedCols()) # ignore selection order
3223        nrows = G2frame.SeqTable.GetNumberRows()
3224        if not cols:
3225            G2frame.ErrorDialog('Select columns',
3226                             'No columns selected in table. Click on column labels to select fields for output.')
3227            return
3228        saveNames = [G2frame.SeqTable.GetRowLabelValue(r) for r in range(nrows)]
3229        saveData = {}
3230        saveSigs = {}
3231        havesig = []
3232        for col in cols:
3233            name,vals,sigs = GetColumnInfo(col)
3234            saveData[col] = vals
3235            if sigs:
3236                havesig.append(col)
3237                saveSigs[col] = sigs
3238        if csv:
3239            wild = 'CSV output file (*.csv)|*.csv'
3240        else:
3241            wild = 'Text output file (*.txt)|*.txt'
3242        pth = G2G.GetExportPath(G2frame)
3243        dlg = wx.FileDialog(
3244            G2frame,
3245            'Choose text output file for your selection', pth, '', 
3246            wild,wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
3247        try:
3248            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3249                SeqTextFile = dlg.GetPath()
3250                SeqTextFile = G2IO.FileDlgFixExt(dlg,SeqTextFile) 
3251                SeqFile = open(SeqTextFile,'w')
3252                if csv:
3253                    WriteCSV()
3254                else:
3255                    WriteSeq()
3256                SeqFile.close()
3257        finally:
3258            dlg.Destroy()
3259               
3260    def striphist(var,insChar=''):
3261        'strip a histogram number from a var name'
3262        sv = var.split(':')
3263        if len(sv) <= 1: return var
3264        if sv[1]:
3265            sv[1] = insChar
3266        return ':'.join(sv)
3267       
3268    def plotSpCharFix(lbl):
3269        'Change selected unicode characters to their matplotlib equivalent'
3270        for u,p in [
3271            (u'\u03B1',r'$\alpha$'),
3272            (u'\u03B2',r'$\beta$'),
3273            (u'\u03B3',r'$\gamma$'),
3274            (u'\u0394\u03C7',r'$\Delta\chi$'),
3275            ]:
3276            lbl = lbl.replace(u,p)
3277        return lbl
3278   
3279    def SelectXaxis():
3280        'returns a selected column number (or None) as the X-axis selection'
3281        ncols = G2frame.SeqTable.GetNumberCols()
3282        colNames = [G2frame.SeqTable.GetColLabelValue(r) for r in range(ncols)]
3283        dlg = G2G.G2SingleChoiceDialog(
3284            G2frame.dataDisplay,
3285            'Select x-axis parameter for plot or Cancel for sequence number',
3286            'Select X-axis',
3287            colNames)
3288        try:
3289            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3290                col = dlg.GetSelection()
3291            else:
3292                col = None
3293        finally:
3294            dlg.Destroy()
3295        return col
3296   
3297    def EnablePseudoVarMenus():
3298        'Enables or disables the PseudoVar menu items that require existing defs'
3299        if data['SeqPseudoVars']:
3300            val = True
3301        else:
3302            val = False
3303        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxDELSEQVAR,val)
3304        G2frame.dataFrame.SequentialPvars.Enable(wxEDITSEQVAR,val)
3305
3306    def DelPseudoVar(event):
3307        'Ask the user to select a pseudo var expression to delete'
3308        choices = data['SeqPseudoVars'].keys()
3309        selected = G2G.ItemSelector(
3310            choices,G2frame.dataFrame,
3311            multiple=True,
3312            title='Select expressions to remove',
3313            header='Delete expression')
3314        if selected is None: return
3315        for item in selected:
3316            del data['SeqPseudoVars'][choices[item]]
3317        if selected:
3318            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3319
3320    def EditPseudoVar(event):
3321        'Edit an existing pseudo var expression'
3322        choices = data['SeqPseudoVars'].keys()
3323        if len(choices) == 1:
3324            selected = 0
3325        else:
3326            selected = G2G.ItemSelector(
3327                choices,G2frame.dataFrame,
3328                multiple=False,
3329                title='Select an expression to edit',
3330                header='Edit expression')
3331        if selected is not None:
3332            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3333                G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3334                data['SeqPseudoVars'][choices[selected]],
3335                header="Edit the PseudoVar expression",
3336                VarLabel="PseudoVar #"+str(selected+1),
3337                fit=False)
3338            newobj = dlg.Show(True)
3339            if newobj:
3340                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(newobj)
3341                del data['SeqPseudoVars'][choices[selected]]
3342                data['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = newobj
3343                UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3344       
3345    def AddNewPseudoVar(event):
3346        'Create a new pseudo var expression'
3347        dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,PSvarDict,
3348            header='Enter an expression for a PseudoVar here',
3349            VarLabel = "New PseudoVar",fit=False)
3350        obj = dlg.Show(True)
3351        dlg.Destroy()
3352        if obj:
3353            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3354            data['SeqPseudoVars'][calcobj.eObj.expression] = obj
3355            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3356           
3357    def AddNewDistPseudoVar(event):
3358        obj = None
3359        dlg = G2exG.BondDialog(
3360            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3361            header='Select a Bond here',
3362            VarLabel = "New Bond")
3363        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3364            pName,Oatom,Tatom = dlg.GetSelection()
3365            if Tatom:
3366                Phase = Phases[pName]
3367                General = Phase['General']
3368                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3369                pId = Phase['pId']
3370                SGData = General['SGData']
3371                sB = Tatom.find('(')+1
3372                symNo = 0
3373                if sB:
3374                    sF = Tatom.find(')')
3375                    symNo = int(Tatom[sB:sF])
3376                cellNo = [0,0,0]
3377                cB = Tatom.find('[')
3378                if cB>0:
3379                    cF = Tatom.find(']')+1
3380                    cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3381                Atoms = Phase['Atoms']
3382                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3383                oId = aNames.index(Oatom)
3384                tId = aNames.index(Tatom.split(' +')[0])
3385                # create an expression object
3386                obj = G2obj.ExpressionObj()
3387                obj.expression = 'Dist(%s,\n%s)'%(Oatom,Tatom.split(' d=')[0].replace(' ',''))
3388                obj.distance_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNo,'cellNo':cellNo}
3389                obj.distance_atoms = [oId,tId]
3390        else: 
3391            dlg.Destroy()
3392            return
3393        dlg.Destroy()
3394        if obj:
3395            data['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3396            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3397
3398    def AddNewAnglePseudoVar(event):
3399        obj = None
3400        dlg = G2exG.AngleDialog(
3401            G2frame.dataDisplay,Phases,PSvarDict,
3402            header='Enter an Angle here',
3403            VarLabel = "New Angle")
3404        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
3405            pName,Oatom,Tatoms = dlg.GetSelection()
3406            if Tatoms:
3407                Phase = Phases[pName]
3408                General = Phase['General']
3409                cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
3410                pId = Phase['pId']
3411                SGData = General['SGData']
3412                Atoms = Phase['Atoms']
3413                aNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
3414                tIds = []
3415                symNos = []
3416                cellNos = []
3417                oId = aNames.index(Oatom)
3418                Tatoms = Tatoms.split(';')
3419                for Tatom in Tatoms:
3420                    sB = Tatom.find('(')+1
3421                    symNo = 0
3422                    if sB:
3423                        sF = Tatom.find(')')
3424                        symNo = int(Tatom[sB:sF])
3425                    symNos.append(symNo)
3426                    cellNo = [0,0,0]
3427                    cB = Tatom.find('[')
3428                    if cB>0:
3429                        cF = Tatom.find(']')+1
3430                        cellNo = eval(Tatom[cB:cF])
3431                    cellNos.append(cellNo)
3432                    tIds.append(aNames.index(Tatom.split('+')[0]))
3433                # create an expression object
3434                obj = G2obj.ExpressionObj()
3435                obj.expression = 'Angle(%s,%s,\n%s)'%(Tatoms[0],Oatom,Tatoms[1])
3436                obj.angle_dict = {'pId':pId,'SGData':SGData,'symNo':symNos,'cellNo':cellNos}
3437                obj.angle_atoms = [oId,tIds]
3438        else: 
3439            dlg.Destroy()
3440            return
3441        dlg.Destroy()
3442        if obj:
3443            data['SeqPseudoVars'][obj.expression] = obj
3444            UpdateSeqResults(G2frame,data,G2frame.dataDisplay.GetSize()) # redisplay variables
3445           
3446    def UpdateParmDict(parmDict):
3447        '''generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values,
3448        because they might be needed to evaluate the pseudovar
3449        '''
3450        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3451                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3452                     )
3453        delList = []
3454        phaselist = []
3455        for item in parmDict: 
3456            if ':' not in item: continue
3457            key = item.split(':')
3458            if len(key) < 3: continue
3459            # remove the dA[xyz] terms, they would only bring confusion
3460            if key[0] and key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3461            if key[2].startswith('dA'):
3462                delList.append(item)
3463            # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3464            elif key[2] in Ddict:
3465                akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3466                parmDict[akey] -= parmDict[item]
3467                delList.append(item)
3468        for item in delList:
3469            del parmDict[item]               
3470        for i in phaselist:
3471            pId = int(i)
3472            # apply cell symmetry
3473            A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],parmDict,zeroDict[pId])
3474            # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3475            for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3476                if i in uniqCellIndx[pId]:
3477                    lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3478                    parmDict[lbl] = val
3479            lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3480            parmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3481        return parmDict
3482
3483    def EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict,sampleDict,var,ESD):
3484        '''Evaluate an expression derivative with respect to a
3485        GSAS-II variable name.
3486
3487        Note this likely could be faster if the loop over calcobjs were done
3488        inside after the Dict was created.
3489        '''
3490        if not ESD:
3491            return 0.
3492        step = ESD/10
3493        Ddict = dict(zip(['D11','D22','D33','D12','D13','D23'],
3494                         ['A'+str(i) for i in range(6)])
3495                     )
3496        results = []
3497        phaselist = []
3498        VparmDict = sampleDict.copy()
3499        for incr in step,-step:
3500            VparmDict.update(parmDict.copy())           
3501            # as saved, the parmDict has updated 'A[xyz]' values, but 'dA[xyz]'
3502            # values are not zeroed: fix that!
3503            VparmDict.update({item:0.0 for item in parmDict if 'dA' in item})
3504            VparmDict[var] += incr
3505            G2mv.Dict2Map(VparmDict,[]) # apply constraints
3506            # generate the atom positions and the direct & reciprocal cell values now, because they might
3507            # needed to evaluate the pseudovar
3508            for item in VparmDict:
3509                if item in sampleDict:
3510                    continue 
3511                if ':' not in item: continue
3512                key = item.split(':')
3513                if len(key) < 3: continue
3514                # apply any new shifts to atom positions
3515                if key[2].startswith('dA'):
3516                    VparmDict[''.join(item.split('d'))] += VparmDict[item]
3517                    VparmDict[item] = 0.0
3518                # compute and update the corrected reciprocal cell terms using the Dij values
3519                if key[2] in Ddict:
3520                    if key[0] not in phaselist: phaselist.append(key[0])
3521                    akey = key[0]+'::'+Ddict[key[2]]
3522                    VparmDict[akey] -= VparmDict[item]
3523            for i in phaselist:
3524                pId = int(i)
3525                # apply cell symmetry
3526                A,zeros = G2stIO.cellFill(str(pId)+'::',SGdata[pId],VparmDict,zeroDict[pId])
3527                # convert to direct cell & add the unique terms to the dictionary
3528                for i,val in enumerate(G2lat.A2cell(A)):
3529                    if i in uniqCellIndx[pId]:
3530                        lbl = str(pId)+'::'+cellUlbl[i]
3531                        VparmDict[lbl] = val
3532                lbl = str(pId)+'::'+'Vol'
3533                VparmDict[lbl] = G2lat.calc_V(A)
3534            # dict should be fully updated, use it & calculate
3535            calcobj.SetupCalc(VparmDict)
3536            results.append(calcobj.EvalExpression())
3537        if None in results:
3538            return None
3539        return (results[0] - results[1]) / (2.*step)
3540       
3541    def EnableParFitEqMenus():
3542        'Enables or disables the Parametric Fit menu items that require existing defs'
3543        if data['SeqParFitEqList']:
3544            val = True
3545        else:
3546            val = False
3547        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDELPARFIT,val)
3548        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxEDITPARFIT,val)
3549        G2frame.dataFrame.SequentialPfit.Enable(wxDOPARFIT,val)
3550
3551    def ParEqEval(Values,calcObjList,varyList):
3552        '''Evaluate the parametric expression(s)
3553        :param list Values: a list of values for each variable parameter
3554        :param list calcObjList: a list of :class:`GSASIIobj.ExpressionCalcObj`
3555          expression objects to evaluate
3556        :param list varyList: a list of variable names for each value in Values
3557        '''
3558        result = []
3559        for calcobj in calcObjList:
3560            calcobj.UpdateVars(varyList,Values)
3561            if calcobj.depSig:
3562                result.append((calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())/calcobj.depSig)
3563            else:
3564                result.append(calcobj.depVal-calcobj.EvalExpression())
3565        return result
3566
3567    def DoParEqFit(event,eqObj=None):
3568        'Parametric fit minimizer'
3569        varyValueDict = {} # dict of variables and their initial values
3570        calcObjList = [] # expression objects, ready to go for each data point
3571        if eqObj is not None:
3572            eqObjList = [eqObj,]
3573        else:
3574            eqObjList = data['SeqParFitEqList']
3575        UseFlags = G2frame.SeqTable.GetColValues(0)         
3576        for obj in eqObjList:
3577            # assemble refined vars for this equation
3578            varyValueDict.update({var:val for var,val in obj.GetVariedVarVal()})
3579            # lookup dependent var position
3580            depVar = obj.GetDepVar()
3581            if depVar in colLabels:
3582                indx = colLabels.index(depVar)
3583            else:
3584                raise Exception('Dependent variable '+depVar+' not found')
3585            # assemble a list of the independent variables
3586            indepVars = obj.GetIndependentVars()
3587            # loop over each datapoint
3588            for j,row in enumerate(zip(*G2frame.colList)):
3589                if not UseFlags[j]: continue
3590                # assemble equations to fit
3591                calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3592                # prepare a dict of needed independent vars for this expression
3593                indepVarDict = {var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars}
3594                calcobj.SetupCalc(indepVarDict)               
3595                # values and sigs for current value of dependent var
3596                if row[indx] is None: continue
3597                calcobj.depVal = row[indx]
3598                calcobj.depSig = G2frame.colSigs[indx][j]
3599                calcObjList.append(calcobj)
3600        # varied parameters
3601        varyList = varyValueDict.keys()
3602        values = varyValues = [varyValueDict[key] for key in varyList]
3603        if not varyList:
3604            print 'no variables to refine!'
3605            return
3606        try:
3607            result = so.leastsq(ParEqEval,varyValues,full_output=True,   #ftol=Ftol,
3608                args=(calcObjList,varyList))
3609            values = result[0]
3610            covar = result[1]
3611            if covar is None:
3612                raise Exception
3613            chisq = np.sum(result[2]['fvec']**2)
3614            GOF = np.sqrt(chisq/(len(calcObjList)-len(varyList)))
3615            esdDict = {}
3616            for i,avar in enumerate(varyList):
3617                esdDict[avar] = np.sqrt(covar[i,i])
3618        except:
3619            print('====> Fit failed')
3620            return
3621        print('==== Fit Results ====')
3622        print '  chisq =  %.2f, GOF = %.2f'%(chisq,GOF)
3623        for obj in eqObjList:
3624            obj.UpdateVariedVars(varyList,values)
3625            ind = '      '
3626            print('  '+obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression)
3627            for var in obj.assgnVars:
3628                print(ind+var+' = '+obj.assgnVars[var])
3629            for var in obj.freeVars:
3630                avar = "::"+obj.freeVars[var][0]
3631                val = obj.freeVars[var][1]
3632                if obj.freeVars[var][2]:
3633                    print(ind+var+' = '+avar + " = " + G2mth.ValEsd(val,esdDict[avar]))
3634                else:
3635                    print(ind+var+' = '+avar + " =" + G2mth.ValEsd(val,0))
3636        # create a plot for each parametric variable
3637        for fitnum,obj in enumerate(eqObjList):
3638            calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
3639            # lookup dependent var position
3640            indx = colLabels.index(obj.GetDepVar())
3641            # assemble a list of the independent variables
3642            indepVars = obj.GetIndependentVars()           
3643            # loop over each datapoint
3644            fitvals = []
3645            for j,row in enumerate(zip(*G2frame.colList)):
3646                calcobj.SetupCalc({var:row[i] for i,var in enumerate(colLabels) if var in indepVars})
3647                fitvals.append(calcobj.EvalExpression())
3648            G2plt.PlotSelectedSequence(G2frame,[indx],GetColumnInfo,SelectXaxis,fitnum,fitvals)
3649
3650    def SingleParEqFit(eqObj):
3651        DoParEqFit(None,eqObj)
3652
3653    def DelParFitEq(event):
3654        'Ask the user to select function to delete'
3655        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3656        selected = G2G.ItemSelector(
3657            txtlst,G2frame.dataFrame,
3658            multiple=True,
3659            title='Select a parametric equation(s) to remove',
3660            header='Delete equation')
3661        if selected is None: return
3662        data['SeqParFitEqList'] = [obj for i,obj in enumerate(data['SeqParFitEqList']) if i not in selected]
3663        EnableParFitEqMenus()
3664        if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3665       
3666    def EditParFitEq(event):
3667        'Edit an existing parametric equation'
3668        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3669        if len(txtlst) == 1:
3670            selected = 0
3671        else:
3672            selected = G2G.ItemSelector(
3673                txtlst,G2frame.dataFrame,
3674                multiple=False,
3675                title='Select a parametric equation to edit',
3676                header='Edit equation')
3677        if selected is not None:
3678            dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,VarDict,
3679                data['SeqParFitEqList'][selected],depVarDict=VarDict,
3680                header="Edit the formula for this minimization function",
3681                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3682            newobj = dlg.Show(True)
3683            if newobj:
3684                data['SeqParFitEqList'][selected] = newobj
3685                EnableParFitEqMenus()
3686            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3687
3688    def AddNewParFitEq(event):
3689        'Create a new parametric equation to be fit to sequential results'
3690
3691        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3692        usedvarlist = []
3693        for obj in data['SeqParFitEqList']:
3694            for var in obj.freeVars:
3695                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3696
3697        dlg = G2exG.ExpressionDialog(G2frame.dataDisplay,VarDict,depVarDict=VarDict,
3698            header='Define an equation to minimize in the parametric fit',
3699            ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit],usedVars=usedvarlist)
3700        obj = dlg.Show(True)
3701        dlg.Destroy()
3702        if obj:
3703            data['SeqParFitEqList'].append(obj)
3704            EnableParFitEqMenus()
3705            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3706               
3707    def CopyParFitEq(event):
3708        'Copy an existing parametric equation to be fit to sequential results'
3709        # compile the variable names used in previous freevars to avoid accidental name collisions
3710        usedvarlist = []
3711        for obj in data['SeqParFitEqList']:
3712            for var in obj.freeVars:
3713                if obj.freeVars[var][0] not in usedvarlist: usedvarlist.append(obj.freeVars[var][0])
3714        txtlst = [obj.GetDepVar()+' = '+obj.expression for obj in data['SeqParFitEqList']]
3715        if len(txtlst) == 1:
3716            selected = 0
3717        else:
3718            selected = G2G.ItemSelector(
3719                txtlst,G2frame.dataFrame,
3720                multiple=False,
3721                title='Select a parametric equation to copy',
3722                header='Copy equation')
3723        if selected is not None:
3724            newEqn = copy.deepcopy(data['SeqParFitEqList'][selected])
3725            for var in newEqn.freeVars:
3726                newEqn.freeVars[var][0] = G2obj.MakeUniqueLabel(newEqn.freeVars[var][0],usedvarlist)
3727            dlg = G2exG.ExpressionDialog(
3728                G2frame.dataDisplay,VarDict,newEqn,depVarDict=VarDict,
3729                header="Edit the formula for this minimization function",
3730                ExtraButton=['Fit',SingleParEqFit])
3731            newobj = dlg.Show(True)
3732            if newobj:
3733                data['SeqParFitEqList'].append(newobj)
3734                EnableParFitEqMenus()
3735            if data['SeqParFitEqList']: DoParEqFit(event)
3736                                           
3737    def GridSetToolTip(row,col):
3738        '''Routine to show standard uncertainties for each element in table
3739        as a tooltip
3740        '''
3741        if G2frame.colSigs[col]:
3742            return u'\u03c3 = '+str(G2frame.colSigs[col][row])
3743        return ''
3744       
3745    def GridColLblToolTip(col):
3746        '''Define a tooltip for a column. This will be the user-entered value
3747        (from data['variableLabels']) or the default name
3748        '''
3749        if col < 0 or col > len(colLabels):
3750            print 'Illegal column #',col
3751            return
3752        var = colLabels[col]
3753        return variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3754       
3755    def SetLabelString(event):
3756        '''Define or edit the label for a column in the table, to be used
3757        as a tooltip and for plotting
3758        '''
3759        col = event.GetCol()
3760        if col < 0 or col > len(colLabels):
3761            return
3762        var = colLabels[col]
3763        lbl = variableLabels.get(var,G2obj.fmtVarDescr(var))
3764        dlg = G2G.SingleStringDialog(G2frame.dataFrame,'Set variable label',
3765                                 'Set a new name for variable '+var,lbl,size=(400,-1))
3766        if dlg.Show():
3767            variableLabels[var] = dlg.GetValue()
3768        dlg.Destroy()
3769
3770    def DoSequentialExport(event):
3771        '''Event handler for all Sequential Export menu items
3772        '''
3773        vals = G2frame.dataFrame.SeqExportLookup.get(event.GetId())
3774        if vals is None:
3775            print('Error: Id not found. This should not happen!')
3776        G2IO.ExportSequential(G2frame,data,*vals)
3777   
3778    #def GridRowLblToolTip(row): return 'Row ='+str(row)
3779   
3780    # lookup table for unique cell parameters by symmetry
3781    cellGUIlist = [
3782        [['m3','m3m'],(0,)],
3783        [['3R','3mR'],(0,3)],
3784        [['3','3m1','31m','6/m','6/mmm','4/m','4/mmm'],(0,2)],
3785        [['mmm'],(0,1,2)],
3786        [['2/m'+'a'],(0,1,2,3)],
3787        [['2/m'+'b'],(0,1,2,4)],
3788        [['2/m'+'c'],(0,1,2,5)],
3789        [['-1'],(0,1,2,3,4,5)],
3790        ]
3791    # cell labels
3792    cellUlbl = ('a','b','c',u'\u03B1',u'\u03B2',u'\u03B3') # unicode a,b,c,alpha,beta,gamma
3793
3794    #======================================================================
3795    # start processing sequential results here (UpdateSeqResults)
3796    #======================================================================
3797    if not data:
3798        print 'No sequential refinement results'
3799        return
3800    variableLabels = data.get('variableLabels',{})
3801    data['variableLabels'] = variableLabels
3802    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
3803    Controls = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
3804    # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
3805    if 'SeqPseudoVars' not in data: data['SeqPseudoVars'] = {}
3806    if 'SeqParFitEqList' not in data: data['SeqParFitEqList'] = []
3807    histNames = data['histNames']
3808    if G2frame.dataDisplay:
3809        G2frame.dataDisplay.Destroy()
3810    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3811        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3812        Status.SetStatusText("Select column to export; Double click on column to plot data; on row for Covariance")
3813    sampleParms = GetSampleParms()
3814
3815    # make dict of varied atom coords keyed by absolute position
3816    newAtomDict = data[histNames[0]].get('newAtomDict',{}) # dict with atom positions; relative & absolute
3817    # Possible error: the next might need to be data[histNames[0]]['varyList']
3818    # error will arise if there constraints on coordinates?
3819    atomLookup = {newAtomDict[item][0]:item for item in newAtomDict if item in data['varyList']}
3820   
3821    # make dict of varied cell parameters equivalents
3822    ESDlookup = {} # provides the Dij term for each Ak term (where terms are refined)
3823    Dlookup = {} # provides the Ak term for each Dij term (where terms are refined)
3824    # N.B. These Dij vars are missing a histogram #
3825    newCellDict = {}
3826    for name in histNames:
3827        newCellDict.update(data[name].get('newCellDict',{}))
3828#    newCellDict = data[histNames[0]].get('newCellDict',{})
3829    cellAlist = []
3830    for item in newCellDict:
3831        cellAlist.append(newCellDict[item][0])
3832        if item in data.get('varyList',[]):
3833            ESDlookup[newCellDict[item][0]] = item
3834            Dlookup[item] = newCellDict[item][0]
3835    # add coordinate equivalents to lookup table
3836    for parm in atomLookup:
3837        Dlookup[atomLookup[parm]] = parm
3838        ESDlookup[parm] = atomLookup[parm]
3839
3840    # get unit cell & symmetry for all phases & initial stuff for later use
3841    RecpCellTerms = {}
3842    SGdata = {}
3843    uniqCellIndx = {}
3844    initialCell = {}
3845    RcellLbls = {}
3846    zeroDict = {}
3847    for phase in Phases:
3848        phasedict = Phases[phase]
3849        pId = phasedict['pId']
3850        pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3851        RcellLbls[pId] = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3852        RecpCellTerms[pId] = G2lat.cell2A(phasedict['General']['Cell'][1:7])
3853        zeroDict[pId] = dict(zip(RcellLbls[pId],6*[0.,]))
3854        SGdata[pId] = phasedict['General']['SGData']
3855        laue = SGdata[pId]['SGLaue']
3856        if laue == '2/m':
3857            laue += SGdata[pId]['SGUniq']
3858        for symlist,celllist in cellGUIlist:
3859            if laue in symlist:
3860                uniqCellIndx[pId] = celllist
3861                break
3862        else: # should not happen
3863            uniqCellIndx[pId] = range(6)
3864        for i in uniqCellIndx[pId]:
3865            initialCell[str(pId)+'::A'+str(i)] =  RecpCellTerms[pId][i]
3866
3867    SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.SequentialMenu)
3868    G2frame.dataFrame.SetLabel('Sequential refinement results')
3869    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
3870        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()
3871        Status.SetStatusText('')
3872    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRenameSelSeq, id=wxID_RENAMESEQSEL)
3873    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeq, id=wxID_SAVESEQSEL)
3874    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSelSeqCSV, id=wxID_SAVESEQSELCSV)
3875    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveSeqCSV, id=wxID_SAVESEQCSV)
3876    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotSelSeq, id=wxID_PLOTSEQSEL)
3877    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAveSelSeq, id=wxID_AVESEQSEL)
3878    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReOrgSelSeq, id=wxID_ORGSEQSEL)
3879    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewPseudoVar, id=wxADDSEQVAR)
3880    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewDistPseudoVar, id=wxADDSEQDIST)
3881    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewAnglePseudoVar, id=wxADDSEQANGLE)
3882    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelPseudoVar, id=wxDELSEQVAR)
3883    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditPseudoVar, id=wxEDITSEQVAR)
3884    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, AddNewParFitEq, id=wxADDPARFIT)
3885    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, CopyParFitEq, id=wxCOPYPARFIT)
3886    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DelParFitEq, id=wxDELPARFIT)
3887    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, EditParFitEq, id=wxEDITPARFIT)
3888    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoParEqFit, id=wxDOPARFIT)
3889
3890    for id in G2frame.dataFrame.SeqExportLookup:       
3891        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, DoSequentialExport, id=id)
3892
3893    EnablePseudoVarMenus()
3894    EnableParFitEqMenus()
3895
3896    # scan for locations where the variables change
3897    VaryListChanges = [] # histograms where there is a change
3898    combinedVaryList = []
3899    firstValueDict = {}
3900    vallookup = {}
3901    posdict = {}
3902    prevVaryList = []
3903    foundNames = []
3904    missing = 0
3905    for i,name in enumerate(histNames):
3906        if name not in data:
3907            if missing < 5:
3908                print(" Warning: "+name+" not found")
3909            elif missing == 5:
3910                print ' Warning: more are missing'
3911            missing += 1
3912            continue
3913        foundNames.append(name)
3914        maxPWL = 5
3915        for var,val,sig in zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables'],data[name]['sig']):
3916            svar = striphist(var,'*') # wild-carded
3917            if 'PWL' in svar:
3918                if int(svar.split(':')[-1]) > maxPWL:
3919                    continue
3920            if svar not in combinedVaryList:
3921                # add variables to list as they appear
3922                combinedVaryList.append(svar)
3923                firstValueDict[svar] = (val,sig)
3924        if prevVaryList != data[name]['varyList']: # this refinement has a different refinement list from previous
3925            prevVaryList = data[name]['varyList']
3926            vallookup[name] = dict(zip(data[name]['varyList'],data[name]['variables']))
3927            posdict[name] = {}
3928            for var in data[name]['varyList']:
3929                svar = striphist(var,'*')
3930                if 'PWL' in svar:
3931                    if int(svar.split(':')[-1]) > maxPWL:
3932                        continue
3933                posdict[name][combinedVaryList.index(svar)] = svar
3934            VaryListChanges.append(name)
3935    if missing:
3936        print ' Warning: Total of %d data sets missing from sequential results'%(missing)
3937    if len(VaryListChanges) > 1:
3938        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,True)
3939    else:
3940        G2frame.dataFrame.SequentialFile.Enable(wxID_ORGSEQSEL,False)
3941    #-----------------------------------------------------------------------------------
3942    # build up the data table by columns -----------------------------------------------
3943    histNames = foundNames
3944    nRows = len(histNames)
3945    G2frame.colList = [nRows*[True]]
3946    G2frame.colSigs = [None]
3947    colLabels = ['Use']
3948    Types = [wg.GRID_VALUE_BOOL]
3949    # start with Rwp values
3950    if 'IMG ' not in histNames[0][:4]:
3951        G2frame.colList += [[data[name]['Rvals']['Rwp'] for name in histNames]]
3952        G2frame.colSigs += [None]
3953        colLabels += ['Rwp']
3954        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3955    # add % change in Chi^2 in last cycle
3956    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG '] and Controls.get('ShowCell'):
3957        G2frame.colList += [[100.*data[name]['Rvals'].get('DelChi2',-1) for name in histNames]]
3958        G2frame.colSigs += [None]
3959        colLabels += [u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']
3960        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
3961    deltaChiCol = len(colLabels)-1
3962    # add changing sample parameters to table
3963    for key in sampleParms:
3964        G2frame.colList += [sampleParms[key]]
3965        G2frame.colSigs += [None]
3966        colLabels += [key]
3967        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
3968    sampleDict = {}
3969    for i,name in enumerate(histNames):
3970        sampleDict[name] = dict(zip(sampleParms.keys(),[sampleParms[key][i] for key in sampleParms.keys()])) 
3971    # add unique cell parameters TODO: review this where the cell symmetry changes (when possible)
3972    if Controls.get('ShowCell',False):
3973        for pId in sorted(RecpCellTerms):
3974            pfx = str(pId)+'::' # prefix for A values from phase
3975            cells = []
3976            cellESDs = []
3977            colLabels += [pfx+cellUlbl[i] for i in uniqCellIndx[pId]]
3978            colLabels += [pfx+'Vol']
3979            Types += (len(uniqCellIndx[pId]))*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
3980            Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]
3981            Albls = [pfx+'A'+str(i) for i in range(6)]
3982            for hId,name in enumerate(histNames):
3983                phfx = '%d:%d:'%(pId,hId)
3984                esdLookUp = {}
3985                dLookup = {}
3986                for item in data[name]['newCellDict']:
3987                    if phfx+item.split('::')[1] in data[name]['varyList']:
3988                        esdLookUp[newCellDict[item][0]] = item
3989                        dLookup[item] = newCellDict[item][0]
3990                covData = {'varyList': [dLookup.get(striphist(v),v) for v in data[name]['varyList']],
3991                    'covMatrix': data[name]['covMatrix']}
3992                A = RecpCellTerms[pId][:] # make copy of starting A values
3993                # update with refined values
3994                for i in range(6):
3995                    var = str(pId)+'::A'+str(i)
3996                    if var in cellAlist:
3997                        try:
3998                            val = data[name]['newCellDict'][esdLookUp[var]][1] # get refined value
3999                            A[i] = val # override with updated value
4000                        except KeyError:
4001                            A[i] = None
4002                # apply symmetry
4003                cellDict = dict(zip(Albls,A))
4004                if None in A:
4005                    c = 6*[None]
4006                    cE = 6*[None]
4007                    vol = None
4008                else:
4009                    A,zeros = G2stIO.cellFill(pfx,SGdata[pId],cellDict,zeroDict[pId])
4010                    # convert to direct cell & add only unique values to table
4011                    c = G2lat.A2cell(A)
4012                    vol = G2lat.calc_V(A)
4013                    cE = G2stIO.getCellEsd(pfx,SGdata[pId],A,covData)
4014                cells += [[c[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[vol]]
4015                cellESDs += [[cE[i] for i in uniqCellIndx[pId]]+[cE[-1]]]
4016            G2frame.colList += zip(*cells)
4017            G2frame.colSigs += zip(*cellESDs)
4018    # sort out the variables in their selected order
4019    varcols = 0
4020    for d in posdict.itervalues():
4021        varcols = max(varcols,max(d.keys())+1)
4022    # get labels for each column
4023    for i in range(varcols):
4024        lbl = ''
4025        for h in VaryListChanges:
4026            if posdict[h].get(i):
4027                if posdict[h].get(i) in lbl: continue
4028                if lbl != "": lbl += '/'
4029                lbl += posdict[h].get(i)
4030        colLabels.append(lbl)
4031    Types += varcols*[wg.GRID_VALUE_FLOAT,]
4032    vals = []
4033    esds = []
4034    varsellist = None        # will be a list of variable names in the order they are selected to appear
4035    # tabulate values for each hist, leaving None for blank columns
4036    for name in histNames:
4037        if name in posdict:
4038            varsellist = [posdict[name].get(i) for i in range(varcols)]
4039            # translate variable names to how they will be used in the headings
4040            vs = [striphist(v,'*') for v in data[name]['varyList']]
4041            # determine the index for each column (or None) in the data[]['variables'] and ['sig'] lists
4042            sellist = [vs.index(v) if v is not None else None for v in varsellist]
4043            #sellist = [i if striphist(v,'*') in varsellist else None for i,v in enumerate(data[name]['varyList'])]
4044        if not varsellist: raise Exception()
4045        vals.append([data[name]['variables'][s] if s is not None else None for s in sellist])
4046        esds.append([data[name]['sig'][s] if s is not None else None for s in sellist])
4047        #GSASIIpath.IPyBreak()
4048    G2frame.colList += zip(*vals)
4049    G2frame.colSigs += zip(*esds)
4050    # compute and add weight fractions to table if varied
4051    for phase in Phases:
4052        var = str(Phases[phase]['pId'])+':*:Scale'
4053        if var not in combinedVaryList: continue
4054        wtFrList = []
4055        sigwtFrList = []
4056        for i,name in enumerate(histNames):
4057            wtFrSum = 0.
4058            for phase1 in Phases:
4059                wtFrSum += Phases[phase1]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase1]['General']['Mass']
4060            var = str(Phases[phase]['pId'])+':'+str(i)+':Scale'
4061            wtFr = Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]*Phases[phase]['General']['Mass']/wtFrSum
4062            wtFrList.append(wtFr)
4063            if var in data[name]['varyList']:
4064                sig = data[name]['sig'][data[name]['varyList'].index(var)]*wtFr/Phases[phase]['Histograms'][name]['Scale'][0]
4065            else:
4066                sig = 0.0
4067            sigwtFrList.append(sig)
4068        colLabels.append(str(Phases[phase]['pId'])+':*:WgtFrac')
4069        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
4070        G2frame.colList += [wtFrList]
4071        G2frame.colSigs += [sigwtFrList]
4072               
4073    # tabulate constrained variables, removing histogram numbers if needed
4074    # from parameter label
4075    depValDict = {}
4076    depSigDict = {}
4077    for name in histNames:
4078        for var in data[name].get('depParmDict',{}):
4079            val,sig = data[name]['depParmDict'][var]
4080            svar = striphist(var,'*')
4081            if svar not in depValDict:
4082               depValDict[svar] = [val]
4083               depSigDict[svar] = [sig]
4084            else:
4085               depValDict[svar].append(val)
4086               depSigDict[svar].append(sig)
4087    # add the dependent constrained variables to the table
4088    for var in sorted(depValDict):
4089        if len(depValDict[var]) != len(histNames): continue
4090        colLabels.append(var)
4091        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
4092        G2frame.colSigs += [depSigDict[var]]
4093        G2frame.colList += [depValDict[var]]
4094
4095    # add atom parameters to table
4096    colLabels += atomLookup.keys()
4097    for parm in sorted(atomLookup):
4098        G2frame.colList += [[data[name]['newAtomDict'][atomLookup[parm]][1] for name in histNames]]
4099        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]
4100        if atomLookup[parm] in data[histNames[0]]['varyList']:
4101            col = data[histNames[0]]['varyList'].index(atomLookup[parm])
4102            G2frame.colSigs += [[data[name]['sig'][col] for name in histNames]]
4103        else:
4104            G2frame.colSigs += [None]
4105    # evaluate Pseudovars, their ESDs and add them to grid
4106    for expr in data['SeqPseudoVars']:
4107        obj = data['SeqPseudoVars'][expr]
4108        calcobj = G2obj.ExpressionCalcObj(obj)
4109        valList = []
4110        esdList = []
4111        for seqnum,name in enumerate(histNames):
4112            sigs = data[name]['sig']
4113            G2mv.InitVars()
4114            parmDict = data[name].get('parmDict')
4115            constraintInfo = data[name].get('constraintInfo',[[],[],{},[],seqnum])
4116            groups,parmlist,constrDict,fixedList,ihst = constraintInfo
4117            varyList = data[name]['varyList']
4118            parmDict = data[name]['parmDict']
4119            G2mv.GenerateConstraints(groups,parmlist,varyList,constrDict,fixedList,parmDict,SeqHist=ihst)
4120            if 'Dist' in expr:
4121                derivs = G2mth.CalcDistDeriv(obj.distance_dict,obj.distance_atoms, parmDict)
4122                pId = obj.distance_dict['pId']
4123                aId,bId = obj.distance_atoms
4124                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
4125                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId) for ip in ['x','y','z']]
4126                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
4127                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
4128#                GSASIIpath.IPyBreak()
4129            elif 'Angle' in expr:
4130                derivs = G2mth.CalcAngleDeriv(obj.angle_dict,obj.angle_atoms, parmDict)
4131                pId = obj.angle_dict['pId']
4132                aId,bId = obj.angle_atoms
4133                varyNames = ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,aId) for ip in ['x','y','z']]
4134                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[0]) for ip in ['x','y','z']]
4135                varyNames += ['%d::dA%s:%d'%(pId,ip,bId[1]) for ip in ['x','y','z']]
4136                VCoV = G2mth.getVCov(varyNames,varyList,data[name]['covMatrix'])
4137                esdList.append(np.sqrt(np.inner(derivs,np.inner(VCoV,derivs.T)) ))
4138            else:
4139                derivs = np.array(
4140                    [EvalPSvarDeriv(calcobj,parmDict.copy(),sampleDict[name],var,ESD)
4141                     for var,ESD in zip(varyList,sigs)])
4142                if None in list(derivs):
4143                    esdList.append(None)
4144                else:
4145                    esdList.append(np.sqrt(
4146                        np.inner(derivs,np.inner(data[name]['covMatrix'],derivs.T)) ))
4147            PSvarDict = parmDict.copy()
4148            PSvarDict.update(sampleDict[name])
4149            UpdateParmDict(PSvarDict)
4150            calcobj.UpdateDict(PSvarDict)
4151            valList.append(calcobj.EvalExpression())
4152#            if calcobj.su is not None: esdList[-1] = calcobj.su
4153        if not esdList:
4154            esdList = None
4155        G2frame.colList += [valList]
4156        G2frame.colSigs += [esdList]
4157        colLabels += [expr]
4158        Types += [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3']
4159    #---- table build done -------------------------------------------------------------
4160
4161    # Make dict needed for creating & editing pseudovars (PSvarDict).
4162   
4163    name = histNames[0]
4164    parmDict = data[name].get('parmDict',{})
4165    PSvarDict = parmDict.copy()
4166    PSvarDict.update(sampleParms)
4167    UpdateParmDict(PSvarDict)
4168    # Also dicts of variables
4169    # for Parametric fitting from the data table
4170    parmDict = dict(zip(colLabels,zip(*G2frame.colList)[0])) # scratch dict w/all values in table
4171    parmDict.update({var:val for var,val in newCellDict.values()}) #  add varied reciprocal cell terms
4172    del parmDict['Use']
4173    name = histNames[0]
4174
4175    #******************************************************************************
4176    # create a set of values for example evaluation of pseudovars and
4177    # this does not work for refinements that have differing numbers of variables.
4178    #raise Exception
4179    VarDict = {}
4180    for i,var in enumerate(colLabels):
4181        if var in ['Use','Rwp',u'\u0394\u03C7\u00B2 (%)']: continue
4182        if G2frame.colList[i][0] is None:
4183            val,sig = firstValueDict.get(var,[None,None])
4184        elif G2frame.colSigs[i]:
4185            val,sig = G2frame.colList[i][0],G2frame.colSigs[i][0]
4186        else:
4187            val,sig = G2frame.colList[i][0],None
4188#        if val is None: continue
4189#        elif sig is None or sig == 0.:
4190#            VarDict[var] = val
4191        if striphist(var) not in Dlookup:
4192            VarDict[var] = val
4193    # add recip cell coeff. values
4194    VarDict.update({var:val for var,val in newCellDict.values()})
4195
4196    G2frame.dataFrame.currentGrids = []
4197    G2frame.dataDisplay = G2G.GSGrid(parent=G2frame.dataFrame)
4198    G2frame.SeqTable = G2G.Table([list(cl) for cl in zip(*G2frame.colList)],     # convert from columns to rows
4199        colLabels=colLabels,rowLabels=histNames,types=Types)
4200    G2frame.dataDisplay.SetTable(G2frame.SeqTable, True)
4201    #G2frame.dataDisplay.EnableEditing(False)
4202    # make all but first column read-only
4203    for c in range(1,len(colLabels)):
4204        for r in range(nRows):
4205            G2frame.dataDisplay.SetCellReadOnly(r,c)
4206    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_DCLICK, PlotSelect)
4207    G2frame.dataDisplay.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_RIGHT_CLICK, SetLabelString)
4208    G2frame.dataDisplay.SetRowLabelSize(8*len(histNames[0]))       #pretty arbitrary 8
4209    G2frame.dataDisplay.SetMargins(0,0)
4210    G2frame.dataDisplay.AutoSizeColumns(False)
4211    if prevSize:
4212        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(prevSize)
4213    else:
4214        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([700,350])
4215    # highlight unconverged shifts
4216    if histNames[0][:4] not in ['SASD','IMG ']:
4217        for row,name in enumerate(histNames):
4218            deltaChi = G2frame.SeqTable.GetValue(row,deltaChiCol)
4219            if deltaChi > 10.:
4220                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,0,0))
4221            elif deltaChi > 1.0:
4222                G2frame.dataDisplay.SetCellStyle(row,deltaChiCol,color=wx.Colour(255,255,0))
4223    G2frame.dataDisplay.InstallGridToolTip(GridSetToolTip,GridColLblToolTip)
4224    G2frame.dataDisplay.SendSizeEvent() # resize needed on mac
4225    G2frame.dataDisplay.Refresh() # shows colored text on mac
4226   
4227################################################################################
4228#####  Main PWDR panel
4229################################################################################           
4230       
4231def UpdatePWHKPlot(G2frame,kind,item):
4232    '''Called when the histogram main tree entry is called. Displays the
4233    histogram weight factor, refinement statistics for the histogram
4234    and the range of data for a simulation.
4235
4236    Also invokes a plot of the histogram.
4237    '''
4238    def onEditSimRange(event):
4239        'Edit simulation range'
4240        inp = [
4241            min(data[1][0]),
4242            max(data[1][0]),
4243            None
4244            ]
4245        inp[2] = (inp[1] - inp[0])/(len(data[1][0])-1.)
4246        names = ('start angle', 'end angle', 'step size')
4247        dlg = G2G.ScrolledMultiEditor(
4248            G2frame,[inp] * len(inp), range(len(inp)), names,
4249            header='Edit simulation range',
4250            minvals=(0.001,0.001,0.0001),
4251            maxvals=(180.,180.,.1),
4252            )
4253        dlg.CenterOnParent()
4254        val = dlg.ShowModal()
4255