Changeset 963 for trunk/GSASIIobj.py


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Jun 20, 2013 5:07:33 PM (9 years ago)
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toby
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    r956 r963  
    143143==========  ===============  ====================================================
    144144General         \            Overall information for the phase (dict)
    145   \         AtomPtrs         ? (list)
     145  \         AtomPtrs         list of four locations to use to pull info
     146                             from the atom records (list)
    146147  \         F000X            x-ray F(000) intensity (float)
    147148  \         F000N            neutron F(000) intensity (float)
     
    183184pId             \            Phase Id number for current project (int).
    184185Atoms           \            Atoms in phase as a list of lists. The outer list
    185                              is for each atom, the inner list contains 18
    186                              items:
    187                              0) atom label, 1) the atom type,
    188                              2) the refinement flags, 3-6) x, y, z, frac
    189                              7) site symmetry, 8) site multiplicity,
    190                              9) 'I' or 'A' for iso/anisotropic,
    191                              10) Uiso, 10-16) Uij, 16) unique Id #.
     186                             is for each atom, the inner list contains varying
     187                             items depending on the type of phase, see
     188                             the :ref:`Atom Records <Atoms_table>` description.
    192189                             (list of lists)
    193190Drawing         \            Display parameters (dict)
     
    285282            '111' is used (P 1, and ?).
    286283==========  ====================================================
     284
     285Atom Records
     286------------
     287
     288.. _Atoms_table:
     289
     290.. index::
     291   single: Atoms record description
     292   single: Data object descriptions; Atoms record
     293
     294
     295If ``phasedict`` points to the phase information in the data tree, then
     296atoms are contained in a list of atom records (list) in
     297``phasedict['Atoms']``. Also needed to read atom information
     298are four pointers, ``cx,ct,cs,cia = phasedict['General']['AtomPtrs']``,
     299which define locations in the atom record, as shown below.
     300
     301.. tabularcolumns:: |l|p{4.5in}|
     302
     303==============   ====================================================
     304location         explanation
     305==============   ====================================================
     306cx,cx+1,cx+2      the x,y and z coordinates
     307cx+3              fractional occupancy (also cs-1)
     308ct-1              atom label
     309ct                atom type
     310ct+1              refinement flags
     311cs                site symmetry string
     312cs+1              site multiplicity
     313cia               ADP flag: Isotropic ('I') or Anisotropic ('A')
     314cia+1             Uiso
     315cia+2...cia+6     U11, U22, U33, U12, U13, U23
     316==============   ====================================================
     317
     318
     319*Classes and routines*
     320----------------------
    287321
    288322'''
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.