Changeset 855 for trunk/GSASIIplot.py


Ignore:
Timestamp:
Feb 23, 2013 9:58:47 PM (9 years ago)
Author:
vondreele
Message:

RB input mostly finished; now has thermal motion models

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIplot.py

    r854 r855  
    26112611        if len(mapPeaks):
    26122612            peakMax = np.max(mapPeaks.T[0])
     2613    resRBData = data['RBModels'].get('Residue',[])
     2614    vecRBData = data['RBModels'].get('Vector',[])
     2615    rbAtmDict = {}
     2616    for rbObj in resRBData+vecRBData:
     2617        exclList = ['X' for i in range(len(rbObj['Ids']))]
     2618        rbAtmDict.update(dict(zip(rbObj['Ids'],exclList)))
    26132619    testRBObj = data.get('testRBObj',{})
    26142620    rbObj = testRBObj.get('rbObj',{})
     
    33603366                atNum = -1
    33613367            CL = atom[cs+2]
    3362             color = np.array(CL)/255.
     3368            atColor = np.array(CL)/255.
     3369            if drawingData['showRigidBodies'] and atom[ci] in rbAtmDict:
     3370                bndColor = Or
     3371            else:
     3372                bndColor = atColor
    33633373            if iat in Ind and G2frame.dataDisplay.GetPageText(getSelection()) != 'Map peaks':
    3364                 color = np.array(Gr)/255.
     3374                atColor = np.array(Gr)/255.
    33653375#            color += [.25,]
    33663376            radius = 0.5
     
    33883398                    else:
    33893399                        radius = ballScale*generalData['BondRadii'][atNum]
    3390                 RenderSphere(x,y,z,radius,color)
     3400                RenderSphere(x,y,z,radius,atColor)
    33913401                if 'sticks' in atom[cs]:
    3392                     RenderBonds(x,y,z,Bonds,bondR,color)
     3402                    RenderBonds(x,y,z,Bonds,bondR,bndColor)
    33933403            elif 'ellipsoids' in atom[cs]:
    3394                 RenderBonds(x,y,z,Bonds,bondR,color)
     3404                RenderBonds(x,y,z,Bonds,bondR,bndColor)
    33953405                if atom[cs+3] == 'A':                   
    33963406                    Uij = atom[cs+5:cs+11]
     
    34033413                        pass
    34043414                    else:
    3405                         RenderEllipsoid(x,y,z,ellipseProb,E,R4,color)                   
     3415                        RenderEllipsoid(x,y,z,ellipseProb,E,R4,atColor)                   
    34063416                else:
    34073417                    if atom[ct] == 'H' and not drawingData['showHydrogen']:
     
    34093419                    else:
    34103420                        radius = ellipseProb*math.sqrt(abs(atom[cs+4]))
    3411                         RenderSphere(x,y,z,radius,color)
     3421                        RenderSphere(x,y,z,radius,atColor)
    34123422            elif 'lines' in atom[cs]:
    34133423                radius = 0.1
    3414                 RenderLines(x,y,z,Bonds,color)
     3424                RenderLines(x,y,z,Bonds,bndColor)
    34153425#                RenderBonds(x,y,z,Bonds,0.05,color,6)
    34163426            elif atom[cs] == 'sticks':
    34173427                radius = 0.1
    3418                 RenderBonds(x,y,z,Bonds,bondR,color)
     3428                RenderBonds(x,y,z,Bonds,bondR,bndColor)
    34193429            elif atom[cs] == 'polyhedra':
    3420                 RenderPolyhedra(x,y,z,Faces,color)
     3430                RenderPolyhedra(x,y,z,Faces,atColor)
    34213431            elif atom[cs] == 'backbone':
    34223432                if atom[ct-1].split()[0] in ['C','N']:
     
    34243434                        Backbones[atom[2]] = []
    34253435                    Backbones[atom[2]].append(list(np.inner(Amat,np.array([x,y,z]))))
    3426                     BackboneColor.append(list(color))
     3436                    BackboneColor.append(list(atColor))
    34273437                   
    34283438            if atom[cs+1] == 'type':
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.