Changeset 837


Ignore:
Timestamp:
Jan 22, 2013 7:18:17 PM (9 years ago)
Author:
vondreele
Message:

more on rigid bodies - imput of text file of coordinates
work on HKL plot
add import of F2 from hkl file

Location:
trunk
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/Exercises/single crystal/Ib3.hkl

    r626 r837  
    366366 16  2  2     859.   23. 
    367367 16  3  1      41.   17. 
     368  0  0  0       0.    0.

  • trunk/GSASIIconstrGUI.py

    r836 r837  
    663663                    macro = []
    664664            else: # cancel was pressed
    665                 macxro = []
     665                macro = []
    666666        finally:
    667667            dlg.Destroy()
    668668        return macro        #advanced past 1st line
     669       
     670    def getTextFile():
     671        defDir = os.path.join(os.path.split(__file__)[0],'GSASIImacros')
     672        dlg = wx.FileDialog(G2frame,message='Choose rigid body text file',
     673            defaultDir=defDir,defaultFile="",wildcard="GSAS-II text file (*.txt)|*.txt",
     674            style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR)
     675        try:
     676            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     677                txtfile = dlg.GetPath()
     678                text = open(txtfile,'Ur')
     679            else: # cancel was pressed
     680                text = []
     681        finally:
     682            dlg.Destroy()
     683        return text
    669684       
    670685    def OnAddRigidBody(event):
    … …  
    676691        elif 'Z-matrix' in G2frame.dataDisplay.GetPageText(page):
    677692            AddZMatrixRB()
     693           
     694    def OnImportRigidBody(event):
     695        page = G2frame.dataDisplay.GetSelection()
     696        if 'Vector' in G2frame.dataDisplay.GetPageText(page):
     697            pass
     698        elif 'Residue' in G2frame.dataDisplay.GetPageText(page):
     699            ImportResidueRB()
     700        elif 'Z-matrix' in G2frame.dataDisplay.GetPageText(page):
     701            pass
     702       
    678703           
    679704    def AddVectorRB():
    … …  
    737762                data['Residue'][rbId] = {'RBname':rbName,'rbXYZ':rbXYZ,'rbTypes':rbTypes,
    738763                    'atNames':atNames,'rbRef':[nOrig-1,mRef-1,nRef-1],'rbSeq':rbSeq,'SelSeq':[0,0,0]}
    739                 print 'Residue '+rbName+' added'
     764                print 'Rigid body '+rbName+' added'
    740765            macStr = macro.readline()
    741766        macro.close()
     767        UpdateResidueRB()
     768       
     769    def ImportResidueRB():
     770        AtInfo = data['Residue']['AtInfo']
     771        text = getTextFile()
     772        if not text:
     773            return
     774        rbId = ran.randint(0,sys.maxint)
     775        rbTypes = []
     776        rbXYZ = []
     777        rbSeq = []
     778        atNames = []
     779        txtStr = text.readline()
     780        items = txtStr.split()
     781        while len(items):
     782            atName = items[0]
     783            atType = items[1]
     784            atNames.append(atName)
     785            rbXYZ.append([float(items[i]) for i in [2,3,4]])
     786            rbTypes.append(atType)
     787            if atType not in AtInfo:
     788                Info = G2elem.GetAtomInfo(atType)
     789                AtInfo[atType] = [Info['Drad'],Info['Color']]
     790            txtStr = text.readline()
     791            items = txtStr.split()
     792        rbXYZ = np.array(rbXYZ)-np.array(rbXYZ[0])
     793        data['Residue'][rbId] = {'RBname':'UNKRB','rbXYZ':rbXYZ,'rbTypes':rbTypes,
     794            'atNames':atNames,'rbRef':[0,1,2],'rbSeq':[],'SelSeq':[0,0,0]}
     795        print 'Rigid body UNKRB added'
     796        text.close()
    742797        UpdateResidueRB()
    743798       
    … …  
    10761131            ResidueRBSizer.Add(rbResidues(rbId,XYZ,rbData),0)
    10771132            ResidueRBSizer.Add((5,5),0)
    1078             slideSizer,angSlide = SlideSizer()
     1133            if rbData['rbSeq']:
     1134                slideSizer,angSlide = SlideSizer()
    10791135            for iSeq,Seq in enumerate(rbData['rbSeq']):
    10801136                ResidueRBSizer.Add(wx.StaticText(ResidueRBDisplay,-1,'Seq: %d'%(iSeq)),
    … …  
    10841140                    0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)                       
    10851141                ResidueRBSizer.Add(SeqSizer(angSlide,rbId,iSeq,Seq,rbData['atNames']))
    1086             ResidueRBSizer.Add(slideSizer,)
     1142            if rbData['rbSeq']:
     1143                ResidueRBSizer.Add(slideSizer,)
    10871144        ResidueRBSizer.Add((5,25),)
    10881145        ResidueRBSizer.Layout()   
    … …  
    11241181    G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.RigidBodyMenu)
    11251182    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAddRigidBody, id=G2gd.wxID_RIGIDBODYADD)   
     1183    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnImportRigidBody, id=G2gd.wxID_RIGIDBODYIMPORT)   
    11261184    G2frame.dataDisplay = G2gd.GSNoteBook(parent=G2frame.dataFrame,size=G2frame.dataFrame.GetClientSize())
    11271185

  • trunk/GSASIIgrid.py

    r831 r837  
    104104] = [wx.NewId() for item in range(7)]
    105105
    106 [ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,
    107 ] = [wx.NewId() for item in range(2)]
     106[ wxID_RIGIDBODYADD,wxID_DRAWDEFINERB,wxID_RIGIDBODYIMPORT,
     107] = [wx.NewId() for item in range(3)]
    108108
    109109[ wxID_SAVESEQSEL,
    … …  
    458458        self.RigidBodyEdit.Append(id=wxID_RIGIDBODYADD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Add rigid body',
    459459            help='Add rigid body')
     460        self.RigidBodyEdit.Append(id=wxID_RIGIDBODYIMPORT, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import XYZ from txt file',
     461            help='Import rigid body XYZ')
    460462       
    461463        self.PostfillDataMenu()
    … …  
    14771479    HKLmax = data['HKLmax']
    14781480    HKLmin = data['HKLmin']
    1479     if data['ifFc']:
    1480         typeChoices = ['Fosq','Fo','|DFsq|/sig','|DFsq|>sig','|DFsq|>3sig']
    1481     else:
    1482         typeChoices = ['Fosq','Fo']
     1481    typeChoices = ['Fosq','Fo','|DFsq|/sig','|DFsq|>sig','|DFsq|>3sig']
     1482#    if data['ifFc']:
     1483#        typeChoices = ['Fosq','Fo','|DFsq|/sig','|DFsq|>sig','|DFsq|>3sig']
     1484#    else:
     1485#        typeChoices = ['Fosq','Fo']
    14831486    G2frame.dataDisplay = wx.Panel(G2frame.dataFrame)
    14841487    SetDataMenuBar(G2frame)
    … …  
    16211624                Nvars = len(data['varyList'])
    16221625                Rvals = data['Rvals']
    1623                 text = '\nFinal residuals: \nRwp = %.3f%% \nchi**2 = %.1f \nGOF = %.2f'%(Rvals['Rwp'],Rvals['chisq'],Rvals['GOF'])
     1626                text = '\nFinal residuals: \nRw = %.3f%% \nchi**2 = %.1f \nGOF = %.2f'%(Rvals['Rwp'],Rvals['chisq'],Rvals['GOF'])
    16241627                text += '\nNobs = %d \nNvals = %d'%(Rvals['Nobs'],Nvars)
    16251628                if 'lamMax' in Rvals:

  • trunk/GSASIIplot.py

    r836 r837  
    243243            self.G2plotNB.status.SetFields(['','HKL, Fosq, sig, Fcsq, delFsq/sig = '+HKLtxt])
    244244                                 
    245     def OnSCKeyPress(event):
    246         print event.key
    247 
    248245    try:
    249246        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Structure Factors')
    … …  
    259256        plotNum = self.G2plotNB.plotList.index('Structure Factors')
    260257        Page = self.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
    261 #        Page.canvas.mpl_connect('key_press_event', OnSCKeyPress)
    262258        Page.canvas.mpl_connect('pick_event', OnSCPick)
    263259        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnSCMotion)
    … …  
    275271    FosqMax = Data['FoMax']
    276272    FoMax = math.sqrt(FosqMax)
    277     ifFc = Data['ifFc']
    278273    xlabel = ['k, h=','h, k=','h, l=']
    279274    ylabel = ['l','l','k']
    … …  
    286281    for refl in HKLref:
    287282        H = np.array(refl[:3])
    288         sig,Fosq,Fcsq = refl[7:10]
     283        Fosq,sig,Fcsq = refl[5:8]
    289284        HKL.append(H)
    290285        HKLF.append([Fosq,sig,Fcsq])
    291286        if H[izone] == Data['Layer']:
     287            A = 0
    292288            B = 0
    293289            if Type == 'Fosq':
    … …  
    300296                C = abs(A-B)
    301297            elif Type == '|DFsq|/sig':
    302                 A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
     298                if sig > 0.:
     299                    A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
     300                B = 0
    303301            elif Type == '|DFsq|>sig':
    304                 A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
    305                 if A < 1.0: A = 0                   
     302                if sig > 0.:
     303                    A = abs(Fosq-Fcsq)/sig
     304                if A < 1.0: A = 0
     305                A /= scale
     306                B = 0                   
    306307            elif Type == '|DFsq|>3sig':
    307                 A = abs(Fosq-Fcsq)/(scale*sig)
    308                 if A < 3.0: A = 0                   
     308                if sig > 0.:
     309                    A = abs(Fosq-Fcsq)/sig
     310                if A < 3.0: A = 0
     311                A /= scale
     312                B = 0                   
    309313            xy = (H[pzone[izone][0]],H[pzone[izone][1]])
    310314            if A > 0.0:
    … …  
    324328    Plot.set_xlim((HKLmin[pzone[izone][0]],HKLmax[pzone[izone][0]]))
    325329    Plot.set_ylim((HKLmin[pzone[izone][1]],HKLmax[pzone[izone][1]]))
    326     if not newPlot:
    327         Page.toolbar.push_current()
    328         Plot.set_xlim(xylim[0])
    329         Plot.set_ylim(xylim[1])
    330         xylim = []
    331         Page.toolbar.push_current()
    332         Page.toolbar.draw()
    333     else:
    334         Page.canvas.draw()
     330    Page.canvas.draw()
     331#    if not newPlot:
     332#        Page.toolbar.push_current()
     333#        Plot.set_xlim(xylim[0])
     334#        Plot.set_ylim(xylim[1])
     335#        xylim = []
     336#        Page.toolbar.push_current()
     337#        Page.toolbar.draw()
     338#    else:
     339#        Page.canvas.draw()
    335340       
    336341################################################################################
    … …  
    17591764    G2frame.G2plotNB.status.SetFields(['',''])   
    17601765    acolor = mpl.cm.get_cmap(G2frame.VcovColor)
    1761     Img = Plot.imshow(covArray,aspect='equal',cmap=acolor,interpolation='nearest',origin='lower')
     1766    Img = Plot.imshow(covArray,aspect='equal',cmap=acolor,interpolation='nearest',origin='lower',
     1767        vmin=-1.,vmax=1.)
    17621768    imgAx = Img.get_axes()
    17631769    ytics = imgAx.get_yticks()
    … …  
    26322638        mode = cb.GetValue()
    26332639        if mode in ['jpeg','bmp','tiff',]:
    2634             Fname = os.path.joint(Mydir,generalData['Name']+'.'+mode)
     2640            Fname = os.path.join(Mydir,generalData['Name']+'.'+mode)
    26352641            size = Page.canvas.GetSize()
    26362642            glPixelStorei(GL_UNPACK_ALIGNMENT, 1)
    … …  
    36023608       
    36033609    try:
    3604         plotNum = G2frame.G2plotNB.plotList.index(rbData['RBname'])
     3610        plotNum = G2frame.G2plotNB.plotList.index('Rigid body')
    36053611        Page = G2frame.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)       
    36063612    except ValueError:
    3607         Plot = G2frame.G2plotNB.addOgl(rbData['RBname'])
    3608         plotNum = G2frame.G2plotNB.plotList.index(rbData['RBname'])
     3613        Plot = G2frame.G2plotNB.addOgl('Rigid body')
     3614        plotNum = G2frame.G2plotNB.plotList.index('Rigid body')
    36093615        Page = G2frame.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
    36103616        Page.views = False

  • trunk/imports/G2sfact.py

    r762 r837  
    1414
    1515class HKLF_ReaderClass(G2IO.ImportStructFactor):
    16     'Routines to import reflections from a HKLF file'
     16    'Routines to import F, sig(F) reflections from a HKLF file'
    1717    def __init__(self):
    1818        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
    1919            extensionlist=('.hkl','.HKL'),
    2020            strictExtension=False,
    21             formatName = 'HKL',
     21            formatName = 'F HKL',
    2222            longFormatName = 'Simple (hkl Fo sig(Fo)) Structure factor text file'
    2323            )
    … …  
    4444                h,k,l,Fo,sigFo = S.split()
    4545                h,k,l = [int(h),int(k),int(l)]
     46                if not any([h,k,l]):
     47                    break
    4648                Fo = float(Fo)
    4749                sigFo = float(sigFo)
    … …  
    5658            traceback.print_exc(file=sys.stdout)
    5759            return False
     60
     61class HKLF2_ReaderClass(G2IO.ImportStructFactor):
     62    'Routines to import F**2, sig(F**2) reflections from a HKLF file'
     63    def __init__(self):
     64        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
     65            extensionlist=('.hkl','.HKL'),
     66            strictExtension=False,
     67            formatName = 'F**2 HKL',
     68            longFormatName = 'Simple (hkl Fo**2 sig(Fo**2)) Structure factor text file'
     69            )
     70    # Validate the contents
     71    def ContentsValidator(self, filepointer):
     72        S = filepointer.readline()
     73        while '#' in S[0]:        #get past comments, if any
     74            S = filepointer.readline()       
     75        for i in range(3): # scan a few lines
     76            S = S.split()
     77            if len(S) != 5: return False
     78            for v in S:
     79                try:
     80                    float(v)
     81                except ValueError:
     82                    return False           
     83            S = filepointer.readline()
     84        return True
     85
     86    def Reader(self,filename,filepointer, ParentFrame=None, **unused):
     87        try:
     88            for S in filepointer:
     89                if S[0] == '#': continue       #ignore comments, if any
     90                h,k,l,Fo,sigFo = S.split()
     91                h,k,l = [int(h),int(k),int(l)]
     92                if not any([h,k,l]):
     93                    break
     94                Fo = float(Fo)
     95                sigFo = float(sigFo)
     96                # h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,...
     97                self.RefList.append([h,k,l,0,0,Fo,sigFo,0,Fo,0,0,[],[],0,{}])
     98            self.UpdateControls(Type='Fosq',FcalcPresent=False) # set Fobs type & if Fcalc values are loaded
     99            self.UpdateParameters(Type='SXC',Wave=None) # histogram type
     100            return True
     101        except Exception as detail:
     102            print self.formatName+' read error:'+str(detail) # for testing
     103            import traceback
     104            traceback.print_exc(file=sys.stdout)
     105            return False

  • trunk/imports/G2sfact_CIF.py

    r762 r837  
    2020    def __init__(self):
    2121        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
    22             extensionlist=('.CIF','.cif','.HKL','.hkl'),
    23             strictExtension=False,
     22            extensionlist = ('.CIF','.cif','.FCF','.fcf','.HKL','.hkl'),
     23            strictExtension = False,
    2424            formatName = 'CIF',
    2525            longFormatName = 'CIF format structure factor file (.cif or .hkl)'
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.