Changeset 822


Ignore:
Timestamp:
Jan 7, 2013 4:13:44 PM (9 years ago)
Author:
vondreele
Message:

restraints for bond, angle, plane & chiral volume complete
chem. comp. restraint editing complete

Location:
trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIImath.py

    r820 r822  
    313313    return sum,Eval
    314314
    315 def getRestRama(XYZ,Amat,Coeff=[]):
     315def getTorsionDeriv(XYZ,Amat,Coeff):
     316    deriv = np.zeros((len(XYZ),3))
     317    dx = 0.00001
     318    for j,xyz in enumerate(XYZ):
     319        for i,x in enumerate(np.array([[dx,0,0],[0,dx,0],[0,0,dx]])):
     320            XYZ[j] += x
     321            tor = getRestTorsion(XYZ,Amat)
     322            p,d1 = calcTorsionEnergy(tor,Coeff)
     323            XYZ[j] -= 2*x
     324            tor = getRestTorsion(XYZ,Amat)
     325            p,d2 = calcTorsionEnergy(tor,Coeff)           
     326            XYZ[j] += x
     327            deriv[j][i] = (d1-d2)/(2*dx)
     328    return deriv.flatten()
     329
     330def getRestRama(XYZ,Amat):
    316331    phi = getRestTorsion(XYZ[:5],Amat)
    317332    psi = getRestTorsion(XYZ[1:],Amat)
    … …  
    334349        sum = Eval-pMax
    335350    return sum,Eval
     351
     352def getRamaDeriv(XYZ,Amat,Coeff):
     353    deriv = np.zeros((len(XYZ),3))
     354    dx = 0.00001
     355    for j,xyz in enumerate(XYZ):
     356        for i,x in enumerate(np.array([[dx,0,0],[0,dx,0],[0,0,dx]])):
     357            XYZ[j] += x
     358            phi,psi = getRestRama(XYZ,Amat)
     359            p,d1 = calcRamaEnergy(phi,psi,Coeff)
     360            XYZ[j] -= 2*x
     361            phi,psi = getRestRama(XYZ,Amat)
     362            p,d2 = calcRamaEnergy(phi,psi,Coeff)
     363            XYZ[j] += x
     364            deriv[j][i] = (d1-d2)/(2*dx)
     365    return deriv.flatten()
    336366       
    337367def getDistDerv(Oxyz,Txyz,Amat,Tunit,Top,SGData):

  • trunk/GSASIIrestrGUI.py

    r820 r822  
    5050    if 'Rama' not in restrData:
    5151        restrData['Rama'] = {'wtFactor':1.0,'Coeff':{},'Ramas':[],'Use':True}
     52    if 'Texture' not in restrData:
     53        restrData['Texture'] = {'wtFactor':1.0,'HKLs':[],'Use':True}
     54    if 'ChemComp' not in restrData:
     55        restrData['ChemComp'] = {'wtFactor':1.0,'Sites':[],'Use':True}
    5256    General = phasedata['General']
    5357    Cell = General['Cell'][1:7]          #skip flag & volume   
    5458    Amat,Bmat = G2lat.cell2AB(Cell)
    5559    SGData = General['SGData']
    56     cx,ct = General['AtomPtrs'][:2]
     60    cx,ct,cs = General['AtomPtrs'][:3]
    5761    Atoms = phasedata['Atoms']
    5862    AtLookUp = G2mth.FillAtomLookUp(Atoms)
    … …  
    168172        elif 'Plane' in G2frame.dataDisplay.GetPageText(page):
    169173            AddPlaneRestraint(restrData['Plane'])
     174        elif 'Chem' in G2frame.dataDisplay.GetPageText(page):
     175            AddChemCompRestraint(restrData['ChemComp'])
    170176           
    171177    def OnAddAARestraint(event):
    … …  
    199205                    else:
    200206                        Lists[listName].append([Ids[x],Types[x],Coords[x],])
    201         bond = 1.54
    202         dlg = G2phG.SingleFloatDialog(G2frame,'Distance','Enter restraint distance for bond',bond,[0.01,4.],'%.4f')
    203         if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    204             bond = dlg.GetValue()
    205         dlg.Destroy()
     207            else:
     208                break
     209        if len(Lists['origin']) and len(Lists['target']):
     210            bond = 1.54
     211            dlg = G2phG.SingleFloatDialog(G2frame,'Distance','Enter restraint distance for bond',bond,[0.01,4.],'%.4f')
     212            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     213                bond = dlg.GetValue()
     214            dlg.Destroy()
    206215        Factor = bondRestData['Range']
    207216        indices = (-1,0,1)
    … …  
    283292        UpdateBondRestr(bondRestData)               
    284293           
     294#    def AddAngleRestraint(angleRestData):
     295#        Radii = dict(zip(General['AtomTypes'],zip(General['BondRadii'],General['AngleRadii'])))
     296#        origAtoms = []
     297#        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame,'Select atom B for angle A-B-C for '+General['Name'],
     298#                'Select angle restraint origin atoms',Names)
     299#        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     300#            sel = dlg.GetSelections()
     301#            for x in sel:
     302#                if 'all' in Names[x]:
     303#                    allType = Types[x]
     304#                    for name,Type,coords,id in zip(Names,Types,Coords,Ids):
     305#                        if Type == allType and 'all' not in name:
     306#                            origAtoms.append([id,Type,coords])
     307#                else:
     308#                    origAtoms.append([Ids[x],Types[x],Coords[x]])
     309#        targAtoms = [[Ids[x+iBeg],Types[x+iBeg],Coords[x+iBeg]] for x in range(len(Names[iBeg:]))]
     310#        value = 109.54
     311#        dlg = G2phG.SingleFloatDialog(G2frame,'Angle','Enter restraint angle ',value,[30.,180.],'%.2f')
     312#        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     313#            value = dlg.GetValue()
     314#        dlg.Destroy()
     315#
     316#        Factor = angleRestData['Range']
     317#        indices = (-1,0,1)
     318#        Units = np.array([[h,k,l] for h in indices for k in indices for l in indices])
     319#        VectA = []
     320#        for Oid,Otype,Ocoord in origAtoms:
     321#            IndBlist = []
     322#            VectB = []
     323#            for Tid,Ttype,Tcoord in targAtoms:
     324#                result = G2spc.GenAtom(Tcoord,SGData,False,Move=False)
     325#                BsumR = (Radii[Otype][0]+Radii[Ttype][0])*Factor
     326#                AsumR = (Radii[Otype][1]+Radii[Ttype][1])*Factor
     327#                for Txyz,Top,Tunit in result:
     328#                    Dx = (Txyz-Ocoord)+Units
     329#                    dx = np.inner(Amat,Dx)
     330#                    dist = ma.masked_less(np.sqrt(np.sum(dx**2,axis=0)),0.5)
     331#                    IndB = ma.nonzero(ma.masked_greater(dist-BsumR,0.))
     332#                    if np.any(IndB):
     333#                        for indb in IndB:
     334#                            for i in range(len(indb)):
     335#                                if str(dx.T[indb][i]) not in IndBlist:
     336#                                    IndBlist.append(str(dx.T[indb][i]))
     337#                                    unit = Units[indb][i]+Tunit
     338#                                if np.any(unit):
     339#                                    Topstr = '%d+%d,%d,%d'%(Top,unit[0],unit[1],unit[2])
     340#                                else:
     341#                                    Topstr = str(Top)
     342#                                    tunit = '[%2d%2d%2d]'%(unit[0]+Tunit[0],unit[1]+Tunit[1],unit[2]+Tunit[2])
     343#                                    Dist = ma.getdata(dist[indb])[i]
     344#                                    if (Dist-AsumR) <= 0.:
     345#                                        VectB.append([Oid,'1',Ocoord,Tid,Topstr,Tcoord,Dist])
     346#            VectA.append(VectB)
     347#            for Vects in VectA:
     348#                for i,vecta in enumerate(Vects):                   
     349#                    for vectb in Vects[:i]:
     350#                        ids = [vecta[3],vecta[0],vectb[3]]
     351#                        ops = [vecta[4],vecta[1],vectb[4]]
     352#                        XYZ = np.array([vecta[5],vecta[2],vectb[5]])
     353#                        angle = [ids,ops,value,1.0]
     354#                        if angle not in angleRestData['Angles']:
     355#                            angleRestData['Angles'].append(angle)
     356#        UpdateAngleRestr(angleRestData)               
     357
    285358    def AddAngleRestraint(angleRestData):
    286359        Radii = dict(zip(General['AtomTypes'],zip(General['BondRadii'],General['AngleRadii'])))
    287         origAtoms = []
    288         dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame,'Select atom B for angle A-B-C for '+General['Name'],
    289                 'Select angle restraint origin atoms',Names)
    290         if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    291             sel = dlg.GetSelections()
    292             for x in sel:
    293                 if 'all' in Names[x]:
    294                     allType = Types[x]
    295                     for name,Type,coords,id in zip(Names,Types,Coords,Ids):
    296                         if Type == allType and 'all' not in name:
    297                             origAtoms.append([id,Type,coords])
    298                 else:
    299                     origAtoms.append([Ids[x],Types[x],Coords[x]])
    300         targAtoms = [[Ids[x+iBeg],Types[x+iBeg],Coords[x+iBeg]] for x in range(len(Names[iBeg:]))]
    301         value = 109.54
    302         dlg = G2phG.SingleFloatDialog(G2frame,'Angle','Enter restraint angle ',value,[30.,180.],'%.2f')
    303         if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    304             value = dlg.GetValue()
    305         dlg.Destroy()
     360        Lists = {'A-atom':[],'B-atom':[],'C-atom':[]}
     361        for listName in ['A-atom','B-atom']:
     362            dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame,'Select '+listName+' for angle A-B-C for '+General['Name']                                                                           ,
     363                    'Select angle restraint '+listName,Names)
     364            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     365                sel = dlg.GetSelections()
     366                for x in sel:
     367                    if 'all' in Names[x]:
     368                        allType = Types[x]
     369                        for name,Type,coords,id in zip(Names,Types,Coords,Ids):
     370                            if Type == allType and 'all' not in name:
     371                                if 'A' in listName:
     372                                    Lists[listName].append(Type)
     373                                else:
     374                                    Lists[listName].append([id,Type,coords])
     375                    else:
     376                        if 'A' in listName:
     377                            Lists[listName].append(Types[x])
     378                        else:
     379                            Lists[listName].append([Ids[x],Types[x],Coords[x],])
     380            else:
     381                break
     382            targAtoms = [[Ids[x+iBeg],Types[x+iBeg],Coords[x+iBeg]] for x in range(len(Names[iBeg:]))]
     383        if len(Lists['B-atom']):
     384            value = 109.54
     385            dlg = G2phG.SingleFloatDialog(G2frame,'Angle','Enter restraint angle ',value,[30.,180.],'%.2f')
     386            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     387                value = dlg.GetValue()
     388            dlg.Destroy()
    306389
    307390        Factor = angleRestData['Range']
    … …  
    309392        Units = np.array([[h,k,l] for h in indices for k in indices for l in indices])
    310393        VectA = []
    311         for Oid,Otype,Ocoord in origAtoms:
     394        for Oid,Otype,Ocoord in Lists['B-atom']:
    312395            IndBlist = []
    313396            VectB = []
    … …  
    320403                    dx = np.inner(Amat,Dx)
    321404                    dist = ma.masked_less(np.sqrt(np.sum(dx**2,axis=0)),0.5)
    322                     IndB = ma.nonzero(ma.masked_greater(dist-BsumR,0.))
     405                    IndB = ma.nonzero(ma.masked_greater(dist,BsumR))
    323406                    if np.any(IndB):
    324407                        for indb in IndB:
    … …  
    331414                                else:
    332415                                    Topstr = str(Top)
    333                                     tunit = '[%2d%2d%2d]'%(unit[0]+Tunit[0],unit[1]+Tunit[1],unit[2]+Tunit[2])
    334                                     Dist = ma.getdata(dist[indb])[i]
    335                                     if (Dist-AsumR) <= 0.:
    336                                         VectB.append([Oid,'1',Ocoord,Tid,Topstr,Tcoord,Dist])
     416                                Dist = ma.getdata(dist[indb])[i]
     417                                if (Dist-AsumR) <= 0.:
     418                                    VectB.append([Oid,'1',Ocoord,Ttype,Tid,Topstr,Tcoord,Dist])
    337419            VectA.append(VectB)
    338             for Vects in VectA:
    339                 for i,vecta in enumerate(Vects):                   
    340                     for vectb in Vects[:i]:
    341                         ids = [vecta[3],vecta[0],vectb[3]]
    342                         ops = [vecta[4],vecta[1],vectb[4]]
    343                         XYZ = np.array([vecta[5],vecta[2],vectb[5]])
     420        for Vects in VectA:
     421            for i,vecta in enumerate(Vects):                   
     422                for vectb in Vects[:i]:
     423                    if vecta[3] in Lists['A-atom']:
     424                        ids = [vecta[4],vecta[0],vectb[4]]
     425                        ops = [vecta[5],vecta[1],vectb[5]]
     426                        XYZ = np.array([vecta[6],vecta[2],vectb[6]])
    344427                        angle = [ids,ops,value,1.0]
    345428                        if angle not in angleRestData['Angles']:
    … …  
    660743            macStr = macro.readline()
    661744        macro.close()
    662         UpdateRamaRestr(ramaRestData)               
     745        UpdateRamaRestr(ramaRestData)
     746       
     747    def AddChemCompRestraint(chemcompRestData):
     748        ids = []
     749        factors = []
     750        dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame,'Select atoms for chemical restraint in '+General['Name'],
     751                'Select atoms',Names)
     752        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     753            sel = dlg.GetSelections()
     754            for x in sel:
     755                if 'all' in Names[x]:
     756                    allType = Types[x]
     757                    for name,Type,id in zip(Names,Types,Ids):
     758                        if Type == allType and 'all' not in name:
     759                            ids.append(id)
     760                            factors.append(1.0)
     761                else:
     762                    ids.append(Ids[x])
     763                    factors.append(1.0)
     764            dlg.Destroy()
     765            if len(ids) > 2:
     766                value = 1.0
     767                dlg = G2phG.SingleFloatDialog(G2frame,'Angle','Enter unit cell sum ',value,[-1.e6,1.e6],'%.2f')
     768                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     769                    value = dlg.GetValue()               
     770                    comp = [ids,factors,value,0.01]
     771                    if comp not in chemcompRestData['Sites']:
     772                        chemcompRestData['Sites'].append(comp)
     773                UpdateChemcompRestr(chemcompRestData)
     774            else:
     775                print '**** ERROR - not enough atoms for a composition restraint - try again ****'
     776       
     777    def AddTextureRestraint(textureRestData):
     778        print 'Add texture restraint'         
    663779               
    664780    def WtBox(wind,restData):
    … …  
    729845                Obj.ClearSelection()
    730846                Obj.SelectRow(r,True)
     847               
    731848                   
    732849    def UpdateBondRestr(bondRestData):
    733850       
     851        def OnCellChange(event):
     852            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
     853            val = bondRestData['Bonds'][r][c]
     854            try:
     855                new = float(bondTable.GetValue(r,c))
     856                if new <= 0.:
     857                    raise ValueError
     858                bondRestData['Bonds'][r][c] = new
     859            except ValueError:
     860                pass           
     861            wx.CallAfter(UpdateBondRestr,bondRestData)               
     862           
    734863        def OnChangeValue(event):
    735864            rows = Bonds.GetSelectedRows()
    … …  
    826955                    Bonds.SetCellStyle(r,c,VERY_LIGHT_GREY,True)
    827956            Bonds.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK,OnRowSelect)
     957            Bonds.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, OnCellChange)
    828958            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteRestraint, id=G2gd.wxID_RESTDELETE)
    829959            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnChangeValue, id=G2gd.wxID_RESRCHANGEVAL)
    … …  
    843973    def UpdateAngleRestr(angleRestData):
    844974       
     975        def OnCellChange(event):
     976            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
     977            val = angleRestData['Angles'][r][c]
     978            try:
     979                new = float(angleTable.GetValue(r,c))
     980                if new <= 0. or new > 180.:
     981                    raise ValueError
     982                angleRestData['Angles'][r][c] = new
     983            except ValueError:
     984                pass           
     985            wx.CallAfter(UpdateAngleRestr,angleRestData)               
     986           
    845987        def OnChangeValue(event):
    846988            rows = Angles.GetSelectedRows()
    … …  
    9361078                    Angles.SetCellStyle(r,c,VERY_LIGHT_GREY,True)
    9371079            Angles.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK,OnRowSelect)
     1080            Angles.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, OnCellChange)
    9381081            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteRestraint, id=G2gd.wxID_RESTDELETE)
    9391082            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnChangeValue, id=G2gd.wxID_RESRCHANGEVAL)
    … …  
    9581101                item.Enable(False)
    9591102
     1103        def OnCellChange(event):
     1104            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
     1105            val = planeRestData['Planes'][r][c]
     1106            try:
     1107                new = float(planeTable.GetValue(r,c))
     1108                if new <= 0.:
     1109                    raise ValueError
     1110                planeRestData['Planes'][r][c] = new
     1111            except ValueError:
     1112                pass           
     1113            wx.CallAfter(UpdatePlaneRestr,planeRestData)               
     1114           
    9601115        def OnChangeEsd(event):
    9611116            rows = Planes.GetSelectedRows()
    … …  
    10431198                    Planes.SetCellStyle(r,c,VERY_LIGHT_GREY,True)
    10441199            Planes.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK,OnRowSelect)
     1200            Planes.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, OnCellChange)
    10451201            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteRestraint, id=G2gd.wxID_RESTDELETE)
    10461202            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnChangeEsd, id=G2gd.wxID_RESTCHANGEESD)
    … …  
    10601216    def UpdateChiralRestr(chiralRestData):
    10611217
     1218        def OnCellChange(event):
     1219            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
     1220            val = chiralRestData['Volumes'][r][c]
     1221            try:
     1222                new = float(volumeTable.GetValue(r,c))
     1223                if new <= 0.:
     1224                    raise ValueError
     1225                chiralRestData['Volumes'][r][c] = new
     1226            except ValueError:
     1227                pass           
     1228            wx.CallAfter(UpdateChiralRestr,chiralRestData)               
     1229           
    10621230        def OnDeleteRestraint(event):
    10631231            rows = Volumes.GetSelectedRows()
    … …  
    11531321                    Volumes.SetCellStyle(r,c,VERY_LIGHT_GREY,True)
    11541322            Volumes.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK,OnRowSelect)
     1323            Volumes.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, OnCellChange)
    11551324            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteRestraint, id=G2gd.wxID_RESTDELETE)
    11561325            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnChangeValue, id=G2gd.wxID_RESRCHANGEVAL)
    … …  
    11701339    def UpdateTorsionRestr(torsionRestData):
    11711340
     1341        def OnCellChange(event):
     1342            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
     1343            val = torsionRestData['Torsions'][r][c]
     1344            try:
     1345                new = float(torsionTable.GetValue(r,c))
     1346                if new <= 0. or new > 5.:
     1347                    raise ValueError
     1348                torsionRestData['Torsions'][r][3] = new     #only esd is editable
     1349            except ValueError:
     1350                pass           
     1351            wx.CallAfter(UpdateTorsionRestr,torsionRestData)               
     1352           
    11721353        def OnDeleteRestraint(event):
    11731354            rows = Torsions.GetSelectedRows()
    … …  
    12331414            Torsions.AutoSizeColumns(False)
    12341415            for r in range(len(torsionList)):
    1235                 for c in range(2):
     1416                for c in range(5):
    12361417                    Torsions.SetReadOnly(r,c,True)
    12371418                    Torsions.SetCellStyle(r,c,VERY_LIGHT_GREY,True)
    12381419            Torsions.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK,OnRowSelect)
     1420            Torsions.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, OnCellChange)
    12391421            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteRestraint, id=G2gd.wxID_RESTDELETE)
    12401422            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnChangeEsd, id=G2gd.wxID_RESTCHANGEESD)
    … …  
    12721454    def UpdateRamaRestr(ramaRestData):
    12731455
     1456        def OnCellChange(event):
     1457            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
     1458            val = ramaRestData['Ramas'][r][c]
     1459            try:
     1460                new = float(ramaTable.GetValue(r,c))
     1461                if new <= 0. or new > 5.:
     1462                    raise ValueError
     1463                ramaRestData['Ramas'][r][4] = new     #only esd is editable
     1464            except ValueError:
     1465                pass           
     1466            wx.CallAfter(UpdateRamaRestr,ramaRestData)               
     1467           
    12741468        def OnDeleteRestraint(event):
    12751469            rows = Ramas.GetSelectedRows()
    … …  
    13351529            Ramas.AutoSizeColumns(False)
    13361530            for r in range(len(ramaList)):
    1337                 for c in range(2):
     1531                for c in range(6):
    13381532                    Ramas.SetReadOnly(r,c,True)
    13391533                    Ramas.SetCellStyle(r,c,VERY_LIGHT_GREY,True)
    13401534            Ramas.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK,OnRowSelect)
     1535            Ramas.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, OnCellChange)
    13411536            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteRestraint, id=G2gd.wxID_RESTDELETE)
    13421537            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnChangeEsd, id=G2gd.wxID_RESTCHANGEESD)
    … …  
    13721567        RamaRestr.SetScrollbars(10,10,Size[0]/10-4,Size[1]/10-1)
    13731568        G2frame.dataFrame.SetSize(Size)
    1374 #        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(Size)
     1569
     1570    def UpdateChemcompRestr(chemcompRestData):
     1571       
     1572        def OnCellChange(event):
     1573            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
     1574            rowLabl = ChemComps.GetRowLabelValue(r)
     1575            row = int(rowLabl.split(':')[1])
     1576            if 'Restr' in rowLabl:
     1577                try:
     1578                    new = float(chemcompTable.GetValue(r,c))
     1579                    chemcompRestData['Sites'][row][c-2] = new         #obsd or esd
     1580                except ValueError:
     1581                    pass
     1582            else:
     1583                try:
     1584                    new = float(chemcompTable.GetValue(r,c))
     1585                    id = int(rowLabl.split(':')[2])
     1586                    chemcompRestData['Sites'][row][1][id] = new     #only factor
     1587                except ValueError:
     1588                    pass
     1589            wx.CallAfter(UpdateChemcompRestr,chemcompRestData)               
     1590           
     1591        def OnDeleteRestraint(event):
     1592            r = ChemComps.GetSelectedRows()[0]
     1593            if not rows:
     1594                return
     1595            rowLabl = ChemComps.GetRowLabelValue(r)
     1596            row = int(rowLabl.split(':')[1])
     1597            if 'Restr' in rowLabl:
     1598                del chemcompList[row]
     1599            else:
     1600                term = int(rowLabl.split(':')[2])
     1601                del chemcompList[row][0][term]
     1602                del chemcompList[row][1][term]
     1603            UpdateChemcompRestr(chemcompRestData)               
     1604           
     1605        def OnChangeValue(event):
     1606            rows = ChemComps.GetSelectedRows()
     1607            if not rows:
     1608                return
     1609            ChemComps.ClearSelection()
     1610            dlg = G2phG.SingleFloatDialog(G2frame,'New value',
     1611                'Enter new value for restraint multiplier',1.0,[-1.e6,1.e6],'%.2f')
     1612            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     1613                parm = dlg.GetValue()
     1614                for r in rows:
     1615                    rowLabl = ChemComps.GetRowLabelValue(r)
     1616                    if 'term' in rowLabl:
     1617                        items = rowLabl.split(':')
     1618                        chemcompRestData['Sites'][int(items[1])][1][int(items[2])] = parm
     1619            dlg.Destroy()
     1620            UpdateChemcompRestr(chemcompRestData)               
     1621
     1622        ChemCompRestr.DestroyChildren()
     1623        dataDisplay = wx.Panel(ChemCompRestr)
     1624        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     1625        mainSizer.Add((5,5),0)
     1626        mainSizer.Add(WtBox(ChemCompRestr,chemcompRestData),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
     1627        mainSizer.Add(wx.StaticText(ChemCompRestr,-1,
     1628            'NB: The chemical restraint sum is over the unit cell contents'),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
     1629        mainSizer.Add((5,5),0)
     1630
     1631        chemcompList = chemcompRestData['Sites']
     1632        if len(chemcompList):
     1633            table = []
     1634            rowLabels = []
     1635            bad = []
     1636            Types = [wg.GRID_VALUE_STRING,]+5*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,2',]
     1637            colLabels = ['Atoms','mul*frac','factor','calc','obs','esd']
     1638            for i,[indx,factors,obs,esd] in enumerate(chemcompList):
     1639                try:
     1640                    atoms = G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookUp,indx,ct-1)
     1641                    mul = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookUp,indx,cs+1))
     1642                    frac = np.array(G2mth.GetAtomItemsById(Atoms,AtLookUp,indx,cs-1))
     1643                    mulfrac = mul*frac
     1644                    calcs = mul*frac*factors
     1645                    for iatm,[atom,mf,fr,clc] in enumerate(zip(atoms,mulfrac,factors,calcs)):
     1646                        table.append([atom,mf,fr,clc,'',''])
     1647                        rowLabels.append('term:'+str(i)+':'+str(iatm))
     1648                    table.append(['Sum','','',np.sum(calcs),obs,esd])
     1649                    rowLabels.append('Restr:'+str(i))
     1650                except KeyError:
     1651                    print '**** WARNING - missing atom - restraint deleted ****'
     1652                    bad.append(i)
     1653            if len(bad):
     1654                bad.reverse()
     1655                for ibad in bad:
     1656                    del chemcompList[ibad]
     1657            chemcompTable = G2gd.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
     1658            ChemComps = G2gd.GSGrid(ChemCompRestr)
     1659            ChemComps.SetTable(chemcompTable, True)
     1660            ChemComps.AutoSizeColumns(False)
     1661            for r in range(chemcompTable.GetNumberRows()):
     1662                for c in range(2):
     1663                    ChemComps.SetReadOnly(r,c,True)
     1664                    ChemComps.SetCellStyle(r,c,VERY_LIGHT_GREY,True)
     1665                if 'Restr' in ChemComps.GetRowLabelValue(r):
     1666                    for c in range(4):
     1667                        ChemComps.SetReadOnly(r,c,True)
     1668                        ChemComps.SetCellStyle(r,c,VERY_LIGHT_GREY,True)
     1669                    for c in [1,2]:
     1670                        ChemComps.SetCellTextColour(r,c,VERY_LIGHT_GREY)
     1671                else:
     1672                    for c in [3,4,5]:
     1673                        ChemComps.SetReadOnly(r,c,True)
     1674                        ChemComps.SetCellStyle(r,c,VERY_LIGHT_GREY,True)
     1675                    for c in [4,5]:
     1676                        ChemComps.SetCellTextColour(r,c,VERY_LIGHT_GREY)
     1677                       
     1678                       
     1679            ChemComps.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK,OnRowSelect)
     1680            ChemComps.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGE, OnCellChange)
     1681            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDeleteRestraint, id=G2gd.wxID_RESTDELETE)
     1682            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnChangeValue, id=G2gd.wxID_RESRCHANGEVAL)
     1683            mainSizer.Add(ChemComps,0,)
     1684        else:
     1685            mainSizer.Add(wx.StaticText(ChemCompRestr,-1,'No chemical composition restraints for this phase'),0,)
     1686
     1687        ChemCompRestr.SetSizer(mainSizer)
     1688        Size = mainSizer.Fit(G2frame.dataFrame)
     1689        Size[0] = 600
     1690        Size[1] += 50       #make room for tab
     1691        ChemCompRestr.SetSize(Size)
     1692        ChemCompRestr.SetScrollbars(10,10,Size[0]/10-4,Size[1]/10-1)
     1693        G2frame.dataFrame.SetSize(Size)
     1694   
     1695       
     1696    def UpdateTextureRestr(textureRestData):
     1697
     1698        def OnCellChange(event):
     1699            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
     1700            val = chiralRestData['Volumes'][r][c]
     1701            try:
     1702                new = float(volumeTable.GetValue(r,c))
     1703                if new <= 0.:
     1704                    raise ValueError
     1705                chiralRestData['Volumes'][r][c] = new
     1706            except ValueError:
     1707                pass           
     1708            wx.CallAfter(UpdateChiralRestr,chiralRestData)               
     1709           
     1710        pass
    13751711
    13761712    def OnPageChanged(event):
    13771713        page = event.GetSelection()
    13781714        text = G2frame.dataDisplay.GetPageText(page)
     1715        G2frame.dataFrame.RestraintEdit.SetLabel(G2gd.wxID_RESRCHANGEVAL,'Change value')
    13791716        if text == 'Bond restraints':
    13801717            G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.RestraintMenu)
    … …  
    14161753            UpdateRamaRestr(ramaRestData)
    14171754            G2plt.PlotRama(G2frame,phaseName,rama,ramaName)
     1755        elif text == 'Chem. comp. restraints':
     1756            G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.RestraintMenu)
     1757            G2frame.dataFrame.RestraintEdit.Enable(G2gd.wxID_RESTRAINTADD,True)
     1758            G2frame.dataFrame.RestraintEdit.SetLabel(G2gd.wxID_RESRCHANGEVAL,'Change factor')
     1759            G2frame.dataFrame.RestraintEdit.Enable(G2gd.wxID_RESRCHANGEVAL,True)
     1760            G2frame.dataFrame.RestraintEdit.Enable(G2gd.wxID_RESTCHANGEESD,False)
     1761            chemcompRestData = restrData['ChemComp']
     1762            UpdateChemcompRestr(chemcompRestData)
     1763        elif text == 'Texture restraints':
     1764            G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.RestraintMenu)
     1765            G2frame.dataFrame.RestraintEdit.Enable(G2gd.wxID_RESTRAINTADD,True)
     1766            G2frame.dataFrame.RestraintEdit.Enable(G2gd.wxID_RESRCHANGEVAL,True)
     1767            textureRestData = restrData['Texture']
     1768            UpdateTextureRestr(textureRestData)
     1769           
    14181770        event.Skip()
    14191771
    … …  
    14541806        RamaRestr = wx.ScrolledWindow(G2frame.dataDisplay)
    14551807        G2frame.dataDisplay.AddPage(RamaRestr,'Ramachandran restraints')
     1808    ChemCompRestr = wx.ScrolledWindow(G2frame.dataDisplay)
     1809    G2frame.dataDisplay.AddPage(ChemCompRestr,'Chem. comp. restraints')
     1810    TextureRestr = wx.ScrolledWindow(G2frame.dataDisplay)
     1811    G2frame.dataDisplay.AddPage(TextureRestr,'Texture restraints')
    14561812   
    14571813    UpdateBondRestr(restrData['Bond'])

  • trunk/GSASIIstruct.py

    r821 r822  
    20972097                        deriv = G2mth.getRestDeriv(G2mth.getRestChiral,XYZ,Amat,ops,SGData)
    20982098                else:
    2099                     coeffDict = itemRest['Coeff']
    2100                     for indx,ops,obs,esd in itemRest[id]:
    2101                         XYZ = np.array(G2mth.GetAtomCoordsByID(pId,parmDict,AtLookup,indx))
    2102 #                        if name == 'Torsion':
    2103 #                            tor = G2mth.getRestTorsion(XYZ,Amat)
    2104 #                            restr,calc = G2mth.calcTorsionEnergy(tor,coeffDict[cofName])
    2105 #                        else:
    2106 #                            phi,psi = G2mth.getRestRama(XYZ,Amat)
    2107 #                            restr,calc = G2mth.calcRamaEnergy(phi,psi,coeffDict[cofName])                               
     2099                    coffDict = itemRest['Coeff']
     2100                    indx,ops,cofName,esd = itemRest[names[name]][id]
     2101                    dNames = []
     2102                    for ind in indx:
     2103                        dNames += [str(pId)+'::dA'+Xname+':'+str(AtLookup[ind]) for Xname in ['x','y','z']]
     2104                    XYZ = np.array(G2mth.GetAtomCoordsByID(pId,parmDict,AtLookup,indx))
     2105                    if name == 'Torsion':
     2106                        deriv = G2mth.getTorsionDeriv(XYZ,Amat,coffDict[cofName])
     2107                    else:
     2108                        deriv = G2mth.getRamaDeriv(XYZ,Amat,coffDict[cofName])
    21082109                for dName,drv in zip(dNames,deriv):
    21092110                    try:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.