Changeset 813


Ignore:
Timestamp:
Dec 11, 2012 5:04:26 PM (9 years ago)
Author:
vondreele
Message:

a bit more restraint fix

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIrestrGUI.py

    r812 r813  
    193193            return
    194194        macStr = macro.readline()
    195         atoms = zip(Names,Types,Coords,Ids)
    196        
    197         Factor = .85
     195        atoms = zip(Names,Coords,Ids)
     196       
     197        Factor = .90
    198198        while macStr:
    199199            items = macStr.split()
     
    202202            elif 'S' in items[0]:
    203203                oIds = []
    204                 oTypes = []
    205204                oCoords = []
    206205                tIds = []
    207                 tTypes = []
    208206                tCoords = []
    209207                res = items[1]
     
    211209                esd = float(items[3])
    212210                oAtm,tAtm = items[4:6]
    213                 for Name,Type,coords,Id in atoms:
     211                for Name,coords,Id in atoms:
    214212                    names = Name.split()
    215213                    if res == '*' or res in names[0]:
    216214                        if oAtm == names[2]:
    217215                            oIds.append(Id)
    218                             oTypes.append(Type)
    219216                            oCoords.append(np.array(coords))
    220217                        if tAtm == names[2]:
    221218                            tIds.append(Id)
    222                             tTypes.append(Type)
    223219                            tCoords.append(np.array(coords))
    224                 for oId,oType,oCoord in zip(oIds,oTypes,oCoords):
    225                     for tId,tType,tCoord in zip(tIds,tTypes,tCoords):
    226                         BsumR = (Radii[oType]+Radii[tType])*Factor
     220                for i,[oId,oCoord] in enumerate(zip(oIds,oCoords)):
     221                    for tId,tCoord in zip(tIds,tCoords)[i:]:
    227222                        obsd = np.sqrt(np.sum(np.inner(Amat,tCoord-oCoord)**2))
    228                         if 0.2 < obsd <= BsumR:
     223                        if dist*Factor < obsd < dist/Factor:
    229224                            bondRestData['Bonds'].append([[oId,tId],['1','1'],obsd,dist,esd])                         
    230225            macStr = macro.readline()
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.