Changeset 75


Ignore:
Timestamp:
Jun 2, 2010 2:21:25 PM (12 years ago)
Author:
toby
Message:

remove import * from G2comp

Location:
trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIIO.py

    r68 r75  
    824824def ReadEXPPhase(filename):
    825825    import GSASIIspc as G2spc
    826     import GSASIIcomp as G2cmp
     826    import GSASIIlattice as G2lat
    827827    import GSASIIElem as G2el
    828828    file = open(filename, 'Ur')
     
    905905                Atom[10],Atom[11] = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)
    906906                Atoms.append(Atom)
    907     Volume = G2cmp.calc_V(G2cmp.cell2A(abc+angles))
     907    Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(abc+angles))
    908908    Phase['General'] = [PhaseName,Ptype,SGData,[False,]+abc+angles+[Volume,],[False,1.0],
    909909        0,0,0,0,0]
     
    913913def ReadPDBPhase(filename):
    914914    import GSASIIspc as G2spc
    915     import GSASIIcomp as G2cmp
     915    import GSASIIlattice as G2lat
    916916    import GSASIIElem as G2el
    917917    EightPiSq = 8.*math.pi**2
     
    936936            cell=[float(abc[0]),float(abc[1]),float(abc[2]),
    937937                float(angles[0]),float(angles[1]),float(angles[2])]
    938             Volume = G2cmp.calc_V(G2cmp.cell2A(cell))
    939             AA,AB = G2cmp.cell2AB(cell)
     938            Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell))
     939            AA,AB = G2lat.cell2AB(cell)
    940940            SpGrp = S[55:65]
    941941            E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
  • trunk/GSASIIcomp.py

    r74 r75  
    1010import pypowder as pyp              #assumes path has been amended to include correctr bin directory
    1111import GSASIIplot as G2plt
    12 from GSASIIlattice import * # these routines should eventually be reference in G2lattice
     12import GSASIIlattice as G2lat
    1313
    1414# trig functions in degrees
     
    306306    Hmax = [0,0,0]
    307307    try:
    308         cell = A2cell(A)
     308        cell = G2lat.A2cell(A)
    309309    except:
    310310        cell = [1,1,1,90,90,90]
     
    559559   
    560560def scaleAbyV(A,V):
    561     v = calc_V(A)
     561    v = G2lat.calc_V(A)
    562562    scale = math.exp(math.log(v/V)/3.)**2
    563563    for i in range(6):
     
    594594        if calc_rVsq(A) < 1:
    595595            scaleAbyV(A,V)
    596             cell = A2cell(A)
     596            cell = G2lat.A2cell(A)
    597597            for i in range(3):
    598598                bad |= cell[i] < dmin
     
    775775                peak[8] = 1./math.sqrt(Qc)
    776776            except:
    777                 print A2invcell(A)
     777                print G2lat.A2invcell(A)
    778778            delt = Qo-Qc
    779779            smin += delt**2
     
    838838            A[4] = min(1.4*math.sqrt(A[0]*A[2]),A[4])   #min beta star = 45
    839839        else:                           #1
    840             oldV = math.sqrt(1./calc_rVsq(A))
     840            oldV = math.sqrt(1./G2lat.calc_rVsq(A))
    841841            oldA = A[:]
    842842            for i in range(6):
     
    845845            A[4] = min(1.1*math.sqrt(max(0,A[0]*A[2])),A[4])
    846846            A[5] = min(1.1*math.sqrt(max(0,A[0]*A[1])),A[5])
    847             ratio = math.sqrt(1./calc_rVsq(A))/oldV
     847            ratio = math.sqrt(1./G2lat.calc_rVsq(A))/oldV
    848848            if 0.9 > ratio or ratio > 1.1:
    849849                A = oldA
     
    991991       
    992992def monoCellReduce(ibrav,A):
    993     a,b,c,alp,bet,gam = A2cell(A)
    994     G,g = A2Gmat(A)
     993    a,b,c,alp,bet,gam = G2lat.A2cell(A)
     994    G,g = G2lat.A2Gmat(A)
    995995    if ibrav in [11]:
    996996        u = [0,0,-1]
     
    10001000            cang = np.dot(np.dot(u,g),v)/(anew*c)
    10011001            beta = acosd(-abs(cang))
    1002             A = cell2A([anew,b,c,90,beta,90])
     1002            A = G2lat.cell2A([anew,b,c,90,beta,90])
    10031003    else:
    10041004        u = [-1,0,0]
     
    10081008            cang = np.dot(np.dot(u,g),v)/(a*cnew)
    10091009            beta = acosd(-abs(cang))
    1010             A = cell2A([a,b,cnew,90,beta,90])
     1010            A = G2lat.cell2A([a,b,cnew,90,beta,90])
    10111011    return A
    10121012
     
    10861086                                    HKL = GenHBravais(dmin,ibrav,A)
    10871087                                    IndexPeaks(peaks,HKL)
    1088                                     a,b,c,alp,bet,gam = A2cell(A)
    1089                                     V = calc_V(A)
     1088                                    a,b,c,alp,bet,gam = G2lat.A2cell(A)
     1089                                    V = G2lat.calc_V(A)
    10901090                                    print "%10.3f %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f %10.3f %10.3f %10.2f %10.2f" % (M20,X20,Nc,a,b,c,alp,bet,gam,V,V1)
    10911091                                    if M20 >= 2.0:
     
    14141414       
    14151415    Bravais,cell = calFile.Calibrants[data['calibrant']]
    1416     A = cell2A(cell)
     1416    A = G2lat.cell2A(cell)
    14171417    wave = data['wavelength']
    14181418    cent = data['center']
  • trunk/GSASIIgrid.py

    r72 r75  
    88import GSASIIpath
    99import GSASIIcomp as G2cmp
     10import GSASIIlattice as G2lat
    1011import GSASIIspc as G2spc
    1112import GSASIIElem as G2elem
     
    757758                if cell[-1]:
    758759                    ibrav = cell[2]
    759                     A = G2cmp.cell2A(cell[3:9])
     760                    A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
    760761                    self.HKL = G2cmp.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
    761762                    G2cmp.IndexPeaks(data,self.HKL)
     
    785786    def OnRefineCell(event):
    786787        def cellPrint(ibrav,A):
    787             cell = G2cmp.A2cell(A)
    788             Vol = G2cmp.calc_V(A)
     788            cell = G2lat.A2cell(A)
     789            Vol = G2lat.calc_V(A)
    789790            if ibrav in [0,1,2]:
    790791                print "%s%10.6f" % ('a =',cell[0])
     
    811812        controls,bravais,cells,dmin = self.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Unit Cells List'))
    812813        cell = controls[6:12]
    813         A = G2cmp.cell2A(cell)
     814        A = G2lat.cell2A(cell)
    814815        print controls[5]
    815816        ibrav = bravaisSymb.index(controls[5])
    816817        dmin = G2cmp.getDmin(peaks)-0.005
    817818        Lhkl,M20,X20 = G2cmp.refinePeaks(peaks,ibrav,A)
    818         controls[6:12] = G2cmp.A2cell(A)
    819         controls[12] = G2cmp.calc_V(A)
     819        controls[6:12] = G2lat.A2cell(A)
     820        controls[12] = G2lat.calc_V(A)
    820821        data = [controls,bravais,cells,dmin]
    821822        self.PatternTree.SetItemPyData(GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
     
    858859            bestCell = cells[0]
    859860            if bestCell[0] > 10.:
    860                 self.HKL = G2cmp.GenHBravais(dmin,bestCell[2],G2cmp.cell2A(bestCell[3:9]))
     861                self.HKL = G2cmp.GenHBravais(dmin,bestCell[2],G2lat.cell2A(bestCell[3:9]))
    861862                for hkl in self.HKL:
    862863                    hkl.append(2.0*asind(inst[1]/(2.*hkl[3])))             
     
    877878        controls[5] = bravaisSymb[cell[0]]
    878879        controls[6:12] = cell[1:8]
    879         controls[12] = G2cmp.calc_V(G2cmp.cell2A(controls[6:12]))
     880        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
    880881        for i in range(4,13):
    881882            self.UnitCellsTable.SetValue(i,1,controls[i])
     
    895896                cells[r][-1] = True
    896897                ibrav = cells[r][2]
    897                 A = G2cmp.cell2A(cells[r][3:9])
     898                A = G2lat.cell2A(cells[r][3:9])
    898899                self.HKL = G2cmp.GenHBravais(dmin,ibrav,A)
    899900                for hkl in self.HKL:
     
    955956                else:                                           #triclinic
    956957                    controls.append(float(row[1]))
    957         controls.append(G2cmp.calc_V(G2cmp.cell2A(controls[6:12])))        #volume       
     958        controls.append(G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12])))        #volume       
    958959        for i,row in enumerate(table):
    959960            if i < 14:
     
    987988        self.dataFrame.setSizePosLeft([280,320])
    988989    if len(controls) < 13:
    989         controls.append(G2cmp.calc_V(G2cmp.cell2A(controls[6:12])))
     990        controls.append(G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12])))
    990991    self.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)
    991992    inst = self.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(self,self.PatternId, 'Instrument Parameters'))[1]
     
    10241025                row += cell[0:2]+[cell[-1]]+[bravaisSymb[cell[2]]]+cell[3:10]
    10251026                if cell[-1]:
    1026                     A = G2cmp.cell2A(cell[3:9])
     1027                    A = G2lat.cell2A(cell[3:9])
    10271028                    self.HKL = G2cmp.GenHBravais(dmin,cell[2],A)
    10281029                    for hkl in self.HKL:
     
    17301731                General.SetCellStyle(4,c,"white",False)
    17311732                generalData[3][c] = float(General.GetCellValue(4,c))
    1732             generalData[3][7] = G2cmp.calc_V(G2cmp.cell2A(generalData[3][1:7]))
     1733            generalData[3][7] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(generalData[3][1:7]))
    17331734            SetLatticeParametersStyle(SGData,table)
    17341735            generalData[4][1] = float(General.GetCellValue(5,1))
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.