Changeset 709


Ignore:
Timestamp:
Aug 13, 2012 12:18:20 PM (10 years ago)
Author:
vondreele
Message:

add testGSASIIstruct.py
a fix to the data window restore after Refine
make getMass & getDensity routines in GSASIImath.py
update atom mass info after Refine

Location:
trunk
Files:
1 added
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASII.py

    r706 r709  
    21092109                if parentName:
    21102110                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
    2111                     itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
     2111                    if parentId:
     2112                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
     2113                    else:
     2114                        itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, oldName)
    21122115                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
    21132116                elif Id:
  • trunk/GSASIImath.py

    r683 r709  
    157157    return vcov
    158158
     159def getMass(generalData):
     160    mass = 0.
     161    for i,elem in enumerate(generalData['AtomTypes']):
     162        mass += generalData['NoAtoms'][elem]*generalData['AtomMass'][i]
     163    return mass   
     164
     165def getDensity(generalData):
     166   
     167    mass = getMass(generalData)
     168    Volume = generalData['Cell'][7]
     169    density = mass/(0.6022137*Volume)
     170    return density,Volume/mass
     171   
    159172def getRestDist(XYZ,Amat):
    160173    return np.sqrt(np.sum(np.inner(Amat,(XYZ[1]-XYZ[0]))**2))
  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r704 r709  
    409409        generalData['Mydir'] = G2frame.dirname
    410410        cx,ct,cs,cia = [3,1,7,9]
    411         generalData['AtomPtrs'] = [cx,ct,cs,cia]
    412411        if generalData['Type'] =='macromolecular':
    413412            cx,ct,cs,cia = [6,4,10,12]
    414             generalData['AtomPtrs'] = [cx,ct,cs,cia]
     413        generalData['AtomPtrs'] = [cx,ct,cs,cia]
    415414        for atom in atomData:
    416415            atom[ct] = atom[ct].lower().capitalize()              #force to standard form
     
    620619                cell[7] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell[1:7]))
    621620                volVal.SetValue("%.3f"%(cell[7]))
    622                 density,mattCoeff = getDensity()
     621                density,mattCoeff = G2mth.getDensity(generalData)
    623622                denSizer[1].SetValue('%.3f'%(density))
    624623                if denSizer[2]:
     
    664663                indx = generalData['AtomTypes'].index(item)
    665664                data['General']['AtomMass'][indx] = generalData['Isotopes'][item][isotope][0]
    666                 density,mattCoeff = getDensity()
     665                density,mattCoeff = G2mth.getDensity(generalData)
    667666                denSizer[1].SetValue('%.3f'%(density))
    668667                if denSizer[2]:
     
    716715            return elemSizer
    717716       
    718         def getDensity():
    719            
    720             mass = 0.
    721             for i,elem in enumerate(generalData['AtomTypes']):
    722                 mass += generalData['NoAtoms'][elem]*generalData['AtomMass'][i]
    723             Volume = generalData['Cell'][7]
    724             density = mass/(0.6022137*Volume)
    725             return density,Volume/mass
    726            
    727717        def DenSizer():
    728718           
    729             density,mattCoeff = getDensity()
     719            density,mattCoeff = G2mth.getDensity(generalData)
    730720            denSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    731721            denSizer.Add(wx.StaticText(dataDisplay,-1,' Density: '),0,wx.ALIGN_CENTER_VERTICAL)
  • trunk/GSASIIstruct.py

    r701 r709  
    839839                11:'%8.5f',12:'%8.5f',13:'%8.5f',14:'%8.5f',15:'%8.5f',16:'%8.5f'}
    840840            noFXsig = {3:[10*' ','%10s'],4:[10*' ','%10s'],5:[10*' ','%10s'],6:[8*' ','%8s']}
     841            for atyp in General['AtomTypes']:       #zero composition
     842                General['NoAtoms'][atyp] = 0.
    841843            for i,at in enumerate(Atoms):
     844                General['NoAtoms'][at[1]] += at[6]*float(at[8])     #new composition
    842845                name = fmt[0]%(at[0])+fmt[1]%(at[1])+':'
    843846                valstr = ' values:'
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.