Changeset 699


Ignore:
Timestamp:
Aug 7, 2012 2:54:06 PM (10 years ago)
Author:
vondreele
Message:

implement restore data window after refine
implement sample parameters save & load
more on strain fitting
implement input of fractions & other math statements for atom positions

Location:
trunk
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASII.py

    r697 r699  
    20582058            Rw = G2str.Refine(self.GSASprojectfile,dlg)
    20592059        finally:
    2060             dlg.Destroy()       
     2060            dlg.Destroy()
     2061        oldId =  self.PatternTree.GetSelection()
     2062        oldName = self.PatternTree.GetItemText(oldId)
     2063        parentId = self.PatternTree.GetItemParent(oldId)
     2064        parentName = ''
     2065        if parentId:
     2066            parentName = self.PatternTree.GetItemText(parentId)
    20612067        dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results, Rw =%.3f'%(Rw),wx.OK|wx.CANCEL)
    20622068        try:
    … …  
    20742080                        Id = item
    20752081                    item, cookie = self.PatternTree.GetNextChild(self.root, cookie)               
    2076                 if Id:
     2082                if parentName:
     2083                    parentId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, self.root, parentName)
     2084                    itemId = G2gd.GetPatternTreeItemId(self, parentId, oldName)
     2085                    self.PatternTree.SelectItem(itemId)
     2086                elif Id:
    20772087                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
    20782088        finally:

  • trunk/GSASIIgrid.py

    r698 r699  
    7676
    7777[ wxID_BACKCOPY,wxID_LIMITCOPY,wxID_SAMPLECOPY, wxID_BACKFLAGCOPY, wxID_SAMPLEFLAGCOPY,
    78 ] = [wx.NewId() for item in range(5)]
     78    wxID_SAMPLESAVE, wxID_SAMPLELOAD,
     79] = [wx.NewId() for item in range(7)]
    7980
    8081[ wxID_INSTPRMRESET,wxID_CHANGEWAVETYPE,wxID_INSTCOPY, wxID_INSTFLAGCOPY, wxID_INSTLOAD,
    … …  
    349350        self.SampleMenu.Append(menu=self.SampleEdit, title='File')
    350351        self.SampleMenu.Append(menu=MyHelp(self,helpType='Sample Parameters'),title='&Help')
     352        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLELOAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Load',
     353            help='Load sample parameters from file')
     354        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLESAVE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Save',
     355            help='Save sample parameters to file')
    351356        self.SampleEdit.Append(id=wxID_SAMPLECOPY, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Copy',
    352357            help='Copy refinable sample parameters to other histograms')

  • trunk/GSASIIimage.py

    r698 r699  
    196196        print 'Bad refinement - no result'
    197197        return result[0],wave
    198        
    199            
     198                   
    200199def ImageLocalMax(image,w,Xpix,Ypix):
    201200    w2 = w*2
    … …  
    324323    xy = fsolve(func,xy0,args=(azm,phi,R0,R1,A,B))+cent
    325324    return xy
     325   
     326def GetDetXYfromThAzm(Th,Azm,data):
     327    dsp = data['wavelength']/(2.0*npsind(Th))
     328   
     329    return GetDetectorXY(dsp,azm,data)
    326330                   
    327331def GetTthAzmDsp(x,y,data):
    … …  
    409413    cent = data['center']   
    410414    dist = data['distance']
    411     cent = data['center']
    412415    tilt = data['tilt']
    413416    phi = data['rotation']
    … …  
    746749def FitStrSta(Image,StrSta,Controls,Masks):
    747750   
    748     print Image.shape
    749     print StrSta
    750     print Controls
    751     print Masks
     751#    print 'Masks:',Masks
     752    wave = Controls['wavelength']
     753    dist = Controls['distance']
     754    center = Controls['center']
     755    rot = Controls['rotation']
     756    tilt = Controls['tilt']
     757    imSize = Controls['size']
     758    pixSize = Controls['pixelSize']
     759    azmOff = Controls['azmthOff']
     760    scalex = 1000./pixSize[0]
     761    scaley = 1000./pixSize[1]
     762
     763    for ring in StrSta['d-zero']:
     764        ellipse = GetEllipse(ring['Dset'],Controls)
     765        Ring,delt = makeRing(ring['Dset'],ellipse,ring['pixLimit'],ring['cutoff'],scalex,scaley,Image)
     766        Ring = np.array(Ring).T
     767        ring['ImxyObs'] = np.array(Ring[:2])      #need to apply masks to this to eliminate bad points
     768        [x,y] = np.array(makeIdealRing(ellipse)).T
     769        Tth,azm = GetTthAzm(x,y,Controls)
     770        th = Tth/2.
     771        th += np.sum(StrSta['strain']*calcFij(StrAta['phi'],0.,azm,th))
     772        Tth = th*2.
     773       
     774
     775def calcFij(omg,phi,azm,th):
     776    ''' Uses parameters as defined by Bob He & Kingsley Smity, Adv. in X-Ray Anal. 41, 501 (1997)
     777    omg: his omega = sample omega rotation; 0 when incident beam || sample surface, 90
     778            when perp. to sample surface
     779    phi: his phi = sample phi rotation; usually = 0, axis rotates with omg.
     780    azm: his chi = azimuth around incident beam
     781    th:  his theta = theta
     782    '''
     783    a = npsind(th)*npcosd(omg)+npsind(azm)*npcosd(th)*npsind(omg)
     784    b = -npcosd(azm)*npcosd(th)
     785    c = npsind(th)*npsind(omg)-npsind(azm)*npcosd(th)*npcosd(omg)
     786    d = a*npcosd(phi)-b*npsind(phi)
     787    e = a*npsind(phi)+b*npcosd(phi)
     788    Fij = np.array([
     789        [d**2,d*e,c*d],
     790        [d*e,e**2,c*e],
     791        [c*d,c*e,c**2]])
     792    return -Fij*nptand(th)
     793       

  • trunk/GSASIIimgGUI.py

    r698 r699  
    10811081   
    10821082    def OnAppendDzero(event):
    1083         data['d-zero'].append({'Dset':1.0,'Dcalc':0.0,'pixLimit':10,'cutoff':10.0,'ImxyObs':[[],[]],'Imxycalc':[[],[]]})
     1083        data['d-zero'].append({'Dset':1.0,'Dcalc':0.0,'pixLimit':10,'cutoff':10.0,'ImxyObs':[[],[]],'ImxyCalc':[[],[]]})
    10841084        UpdateStressStrain(G2frame,data)
    10851085           
    … …  
    11551155            G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.Image, 'Image Controls'))
    11561156        G2img.FitStrSta(G2frame.ImageZ,data,Controls,Masks)
     1157        G2plt.PlotExposedImage(G2frame,event=event)
    11571158       
    11581159    def SamSizer():

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r698 r699  
    288288        parent = self.GetParent()
    289289        parent.Raise()
    290         self.EndModal(wx.ID_CANCEL)             
    291        
     290        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
     291       
     292class GridFractionEditor(wg.PyGridCellEditor):
     293    def __init__(self,grid):
     294        wg.PyGridCellEditor.__init__(self)
     295
     296    def Create(self, parent, id, evtHandler):
     297        self._tc = wx.TextCtrl(parent, id, "")
     298        self._tc.SetInsertionPoint(0)
     299        self.SetControl(self._tc)
     300
     301        if evtHandler:
     302            self._tc.PushEventHandler(evtHandler)
     303
     304        self._tc.Bind(wx.EVT_CHAR, self.OnChar)
     305
     306    def SetSize(self, rect):
     307        self._tc.SetDimensions(rect.x, rect.y, rect.width+2, rect.height+2,
     308                               wx.SIZE_ALLOW_MINUS_ONE)
     309
     310    def BeginEdit(self, row, col, grid):
     311        self.startValue = grid.GetTable().GetValue(row, col)
     312        self._tc.SetValue(str(self.startValue))
     313        self._tc.SetInsertionPointEnd()
     314        self._tc.SetFocus()
     315        self._tc.SetSelection(0, self._tc.GetLastPosition())
     316
     317    def EndEdit(self, row, col, grid):
     318        changed = False
     319
     320        val = self._tc.GetValue()
     321       
     322        if val != self.startValue:
     323            changed = True
     324            if '/' in val and '.' not in val:
     325                val += '.'
     326            try:
     327                val = float(eval(val))
     328            except (SyntaxError,NameError):
     329                val = self.startValue
     330            grid.GetTable().SetValue(row, col, val) # update the table
     331
     332        self.startValue = ''
     333        self._tc.SetValue('')
     334        return changed
     335
     336    def Reset(self):
     337        self._tc.SetValue(self.startValue)
     338        self._tc.SetInsertionPointEnd()
     339
     340    def Clone(self):
     341        return GridFractionEditor(grid)
     342
     343    def StartingKey(self, evt):
     344        self.OnChar(evt)
     345        if evt.GetSkipped():
     346            self._tc.EmulateKeyPress(evt)
     347
     348    def OnChar(self, evt):
     349        key = evt.GetKeyCode()
     350        if key > 255:
     351            evt.Skip()
     352            return
     353        char = chr(key)
     354        if char in '.+-/0123456789':
     355            self._tc.WriteText(char)
     356        else:
     357            evt.Skip()
     358
    292359def FindAtomIndexByIDs(atomData,IDs,Draw=True):
    293360    indx = []
    … …  
    11401207        colType = colLabels.index('Type')
    11411208        colSS = colLabels.index('site sym')
     1209        colX = colLabels.index('x')
    11421210        colIA = colLabels.index('I/A')
    11431211        colU11 = colLabels.index('U11')
    11441212        colUiso = colLabels.index('Uiso')
     1213        attr = wx.grid.GridCellAttr()
     1214        attr.SetEditor(GridFractionEditor(Atoms))
     1215        for c in range(colX,colX+3):
     1216            Atoms.SetColAttr(c, attr)
    11451217        for i in range(colU11-1,colU11+6):
    11461218            Atoms.SetColSize(i,50)           

  • trunk/GSASIIplot.py

    r696 r699  
    21012101        if G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PickId) in 'Stress/Strain':
    21022102            print 'plot stress/strain stuff'
    2103             print StrSta
     2103            for ring in StrSta['d-zero']:
     2104                for xring,yring in ring['ImxyObs'].T:
     2105                    Plot.plot(xring,yring,'r+')
     2106                for xring,yring in ring['ImxyCalc'].T:
     2107                    Plot.add_artist(Polygon(ring['ImxyCalc'].T,ec='b',fc='none'))
     2108                    Plot.plot(xring,yring)
    21042109        #masks - mask lines numbered after integration limit lines
    21052110        spots = Masks['Points']

  • trunk/GSASIIpwdGUI.py

    r697 r699  
    993993         copyNames += addNames
    994994        return histType,copyNames
     995       
     996    def OnSampleSave(event):
     997        '''Respond to the Sample Parameters Operations/Save menu
     998        item: writes current parameters to a .samprm file
     999        '''
     1000        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '',
     1001            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT|wx.CHANGE_DIR)
     1002        try:
     1003            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     1004                filename = dlg.GetPath()
     1005                # make sure extension is .samprm
     1006                filename = os.path.splitext(filename)[0]+'.samprm'
     1007                File = open(filename,'w')
     1008                File.write("#GSAS-II sample parameter file; do not add/delete or change order of items!\n")
     1009                File.write("'Type':'"+str(data['Type'])+"'\n")
     1010                File.write("'Gonio. radius':"+str(data['Gonio. radius'])+"\n")
     1011                File.close()
     1012        finally:
     1013            dlg.Destroy()
     1014                                               
     1015       
     1016    def OnSampleLoad(event):
     1017        '''Loads sample parameters from a G2 .samprm file
     1018        in response to the Sample Parameters-Operations/Load menu
     1019       
     1020        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
     1021        '''
     1022        dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose GSAS-II sample parameters file', '.', '',
     1023            'sample parameter files (*.samprm)|*.samprm',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
     1024        try:
     1025            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     1026                filename = dlg.GetPath()
     1027                File = open(filename,'r')
     1028                S = File.readline()
     1029                newItems = {}
     1030                while S:
     1031                    if S[0] == '#':
     1032                        S = File.readline()
     1033                        continue
     1034                    [item,val] = S[:-1].split(':')
     1035                    newItems[item.strip("'")] = eval(val)
     1036                    S = File.readline()               
     1037                File.close()
     1038                print newItems
     1039                data.update(newItems)
     1040                G2frame.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'),data)
     1041                UpdateSampleGrid(G2frame,data)
     1042        finally:
     1043            dlg.Destroy()
    9951044   
    9961045    def OnSampleCopy(event):
    … …  
    10851134    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLECOPY)
    10861135    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleFlagCopy, id=G2gd.wxID_SAMPLEFLAGCOPY)
     1136    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleSave, id=G2gd.wxID_SAMPLESAVE)
     1137    G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSampleLoad, id=G2gd.wxID_SAMPLELOAD)
    10871138    if not G2frame.dataFrame.GetStatusBar():
    10881139        Status = G2frame.dataFrame.CreateStatusBar()   
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.