Changeset 650


Ignore:
Timestamp:
Jun 18, 2012 12:28:05 PM (9 years ago)
Author:
vondreele
Message:

now reads Rayonix MX300HE tiff files
working on peaksUnique
bit of finish up on Pawley refinements

Location:
trunk
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIIO.py

    r649 r650  
    386386                image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
    387387        elif IFD[273][2][0] == 4096:
    388             tifType = 'Canadian'
    389             pixy = (347,347)
     388            tifType = 'Rayonix'
     389            pixy = (73.242,73.242)
    390390            File.seek(4096)
    391391            if not imageOnly:
    392                 print 'Read Canadian tiff file: ',filename
     392                print 'Read Rayonix MX300HE tiff file: ',filename
    393393            image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
    394394#    elif sizexy == [960,960]:
  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r648 r650  
    37293729            Ind = MapPeaks.GetSelectedRows()
    37303730            for ind in Ind:
    3731                 print mapPeaks[ind]
    37323731                x,y,z = mapPeaks[ind][1:]
    37333732                AtomAdd(x,y,z,'C')
     
    37403739    def OnPeaksUnique(event):
    37413740        generalData = data['General']
     3741        cell = generalData['Cell'][1:7]
     3742        Amat,Bmat = G2lat.cell2AB(generalData['Cell'][1:7])
     3743        A = G2lat.cell2A(cell)
    37423744        SGData = generalData['SGData']
    37433745        if 'Map Peaks' in data:
    37443746            mapPeaks = data['Map Peaks']
    3745             for ipk,peak in enumerate(mapPeaks):
    3746                 XYZ = peak[1:]                       
     3747            Ind = MapPeaks.GetSelectedRows()
     3748            for ind in Ind:
     3749                XYZ = np.array(mapPeaks[ind][1:])                       
    37473750                Equiv = G2spc.GenAtom(XYZ,SGData,Move=True)[1:]     #remove self
     3751                for equiv in Equiv:                                 #special position fixer
     3752                        Dx = XYZ-np.array(equiv[0])
     3753                        dist = np.sqrt(np.sum(np.inner(Amat,Dx)**2,axis=0))
     3754                        if dist < 0.5:
     3755                            print equiv[0],Dx,dist
     3756                            mapPeaks[ind][1:] -= Dx/2.
     3757        FillMapPeaksGrid()
    37483758   
    37493759    def OnFourierMaps(event):
     
    39383948            G2frame.dataFrame.SetMenuBar(G2frame.dataFrame.MapPeaksMenu)
    39393949            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPeaksMove, id=G2gd.wxID_PEAKSMOVE)
     3950            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPeaksUnique, id=G2gd.wxID_PEAKSUNIQUE)
    39403951            G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPeaksClear, id=G2gd.wxID_PEAKSCLEAR)
    39413952            FillMapPeaksGrid()
  • trunk/GSASIIpwd.py

    r648 r650  
    592592    s = sig(TTh/2.,Inst['U'],Inst['V'],Inst['W'])*100.
    593593    g = gam(TTh/2.,Inst['X'],Inst['Y'])*100.
    594     print TTh,s,g
    595594    return gamFW(g,s)
    596595   
  • trunk/GSASIIstruct.py

    r649 r650  
    25722572                if Phase['General'].get('doPawley'):
    25732573                    try:
    2574                        refl[9] = max(1.0,parmDict[pfx+'PWLref:%d'%(pawleyLookup[pfx+'%d,%d,%d'%(h,k,l)])])
     2574                        pInd =pfx+'PWLref:%d'%(pawleyLookup[pfx+'%d,%d,%d'%(h,k,l)])
     2575                        parmDict[pInd] = max(parmDict[pInd]/2.,parmDict[pInd])       
     2576                        refl[9] = parmDict[pInd]
    25752577                    except KeyError:
    25762578#                        print ' ***Error %d,%d,%d missing from Pawley reflection list ***'%(h,k,l)
     
    27112713                    dMdpw = np.zeros(len(x))
    27122714                    try:
    2713                         idx = varylist.index(pfx+'PWLref:'+str(pawleyLookup[pfx+'%d,%d,%d'%(h,k,l)]))
     2715                        pIdx = pfx+'PWLref:'+str(pawleyLookup[pfx+'%d,%d,%d'%(h,k,l)])
     2716                        idx = varylist.index(pIdx)
    27142717                        dMdpw[iBeg:iFin] = dervDict['int']/refl[9]
    2715                         if refl[9] < 0.:
    2716                             dMdpw[iBeg:iFin] += 2.*dervDict['int']
     2718                        if parmDict[pIdx] < 0.:
     2719                            dMdpw[iBeg:iFin] = 2.*dervDict['int']/refl[9]
    27172720                        if Ka2:
    27182721                            dMdpw[iBeg2:iFin2] += dervDict2['int']/refl[9]
    2719                             if refl[9] < 0.:
    2720                                 dMdpw[iBeg2:iFin2] += 2.*dervDict['int']
     2722                            if parmDict[pIdx] < 0.:
     2723                                dMdpw[iBeg2:iFin2] += 2.*dervDict['int']/refl[9]
    27212724                        dMdv[idx] = dMdpw
    27222725                    except ValueError:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.