Changeset 649 for trunk/GSASIIIO.py


Ignore:
Timestamp:
Jun 16, 2012 3:47:37 AM (10 years ago)
Author:
vondreele
Message:

read Joel Bernier's tiff images - not done yet
finish negative Pawley reflection issues - now works fine.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIIIO.py

    r643 r649  
    4343        file += ext
    4444    return file
    45    
    46 ## to be removed
    47 #def SelectPowderData(G2frame, filename):
    48 #    """Selects banks of data from a filename of any GSAS powder data format
    49 #    Input - filename: any GSAS powder data formatted file (currently STD, FXYE, FXY & ESD)
    50 #    Returns - a list of banks to be read; each entry in list is a tuple containing:
    51 #    filename: same as input filename
    52 #    Pos: position for start of data; record just after BANK record
    53 #    Bank: the BANK record
    54 #    """
    55 #    File = open(filename,'Ur')
    56 #    Title = '''
    57 #First line of this file:
    58 #'''+File.readline()
    59 #    dlg = wx.MessageDialog(G2frame, Title, 'Is this the file you want?',
    60 #        wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION)
    61 #    try:
    62 #        result = dlg.ShowModal()
    63 #    finally:
    64 #        dlg.Destroy()
    65 #    if result == wx.ID_NO: return (0,0)
    66 #    Temperature = 300
    67 #   
    68 #    if '.xye' in filename:      #Topas style xye file (e.g. 2-th, I, sig) - no iparm file/no BANK record
    69 #        dlg = wx.MessageDialog(G2frame,'''Is this laboratory Cu Ka1/Ka2 data?
    70 #(No = 0.6A wavelength synchrotron data)
    71 #Change wavelength in Instrument Parameters if needed''','Data type?',
    72 #            wx.YES_NO | wx.ICON_QUESTION)
    73 #        try:
    74 #            result = dlg.ShowModal()
    75 #        finally:
    76 #            dlg.Destroy()
    77 #        print result
    78 #        if result == wx.ID_YES:
    79 #            Iparm = {}                                               #Assume CuKa lab data
    80 #            Iparm['INS   HTYPE '] = 'PXC '
    81 #            Iparm['INS  1 ICONS'] = '  1.540500  1.544300       0.0         0       0.7    0       0.5   '
    82 #            Iparm['INS  1PRCF1 '] = '    3    8      0.01                                                '
    83 #            Iparm['INS  1PRCF11'] = '   2.000000E+00  -2.000000E+00   5.000000E+00   0.000000E+00        '
    84 #            Iparm['INS  1PRCF12'] = '   0.000000E+00   0.000000E+00   0.100000E-01   0.100000E-01        '
    85 #        else:
    86 #            Iparm = {}                                               #Assume 0.6A synchrotron data
    87 #            Iparm['INS   HTYPE '] = 'PXC '
    88 #            Iparm['INS  1 ICONS'] = '  0.600000  0.000000       0.0         0      0.99    0       0.5   '
    89 #            Iparm['INS  1PRCF1 '] = '    3    8      0.01                                                '
    90 #            Iparm['INS  1PRCF11'] = '   1.000000E+00  -1.000000E+00   0.300000E+00   0.000000E+00        '
    91 #            Iparm['INS  1PRCF12'] = '   0.000000E+00   0.000000E+00   0.100000E-02   0.100000E-02        '
    92 #                       
    93 #       
    94 #    else:                       #GSAS style fxye or fxy file (e.g. 100*2-th, I, sig)
    95 #        G2frame.IparmName = GetInstrumentFile(G2frame,filename)
    96 #        if G2frame.IparmName:
    97 #            Iparm = GetInstrumentData(G2frame.IparmName)
    98 #        else:
    99 #            Iparm = {}                                               #Assume CuKa lab data if no iparm file
    100 #            Iparm['INS   HTYPE '] = 'PXC '
    101 #            Iparm['INS  1 ICONS'] = '  1.540500  1.544300       0.0         0       0.7    0       0.5   '
    102 #            Iparm['INS  1PRCF1 '] = '    3    8      0.01                                                '
    103 #            Iparm['INS  1PRCF11'] = '   2.000000E+00  -2.000000E+00   5.000000E+00   0.000000E+00        '
    104 #            Iparm['INS  1PRCF12'] = '   0.000000E+00   0.000000E+00   0.100000E-01   0.100000E-01        '
    105 #    S = 1
    106 #    Banks = []
    107 #    Pos = []
    108 #    FoundData = []
    109 #    Comments = []
    110 #    wx.BeginBusyCursor()
    111 #    try:
    112 #        while S:
    113 #            S = File.readline()
    114 #            if S[:1] != '#':
    115 #                if S[:4] == 'BANK':
    116 #                    Banks.append(S)
    117 #                    Pos.append(File.tell())
    118 #                elif '.xye' in filename:    #No BANK in a xye file
    119 #                    Banks.append('BANK 1 XYE')
    120 #                    Pos.append(File.tell())
    121 #                    break
    122 #            else:
    123 #                Comments.append(S[:-1])
    124 #                if 'Temp' in S.split('=')[0]:
    125 #                    Temperature = float(S.split('=')[1])
    126 #        File.close()
    127 #    finally:
    128 #        wx.EndBusyCursor()
    129 #    if Comments:
    130 #       print 'Comments on file:'
    131 #       for Comment in Comments: print Comment
    132 #    if Banks:
    133 #        result = [0]
    134 #        if len(Banks) >= 2:
    135 #            dlg = wx.MultiChoiceDialog(G2frame, 'Which scans do you want?', 'Select scans', Banks, wx.CHOICEDLG_STYLE)
    136 #            try:
    137 #                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    138 #                    result = dlg.GetSelections()
    139 #                else:
    140 #                    result = []
    141 #            finally:
    142 #                dlg.Destroy()
    143 #        for i in result:
    144 #            FoundData.append((filename,Pos[i],Banks[i]))
    145 #    else:
    146 #        dlg = wx.MessageDialog(G2frame, 'ERROR - this is not a GSAS powder data file', 'No BANK records', wx.OK | wx.ICON_ERROR)
    147 #        try:
    148 #            result = dlg.ShowModal()
    149 #        finally:
    150 #            dlg.Destroy()
    151 #    return FoundData,Iparm,Comments,Temperature
    152 #
    153 ## to be removed
    154 #def GetInstrumentFile(G2frame,filename):
    155 #    import os.path as op
    156 #    dlg = wx.FileDialog(G2frame,'Choose an instrument file','.', '', 'GSAS iparm file (*.prm)|*.prm|All files(*.*)|*.*',
    157 #        wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
    158 #    Tname = filename[:filename.index('.')]+'.prm'
    159 #    if op.exists(Tname):
    160 #        G2frame.IparmName = Tname       
    161 #    if G2frame.IparmName: dlg.SetFilename(G2frame.IparmName)
    162 #    filename = ''
    163 #    try:
    164 #        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    165 #            filename = dlg.GetPath()
    166 #    finally:
    167 #        dlg.Destroy()
    168 #    return filename
    169 #
    170 ## to be removed
    171 #def GetInstrumentData(IparmName):
    172 #    file = open(IparmName, 'Ur')
    173 #    S = 1
    174 #    Iparm = {}
    175 #    while S:
    176 #        S = file.readline()
    177 #        Iparm[S[:12]] = S[12:-1]
    178 #    return Iparm
    179    
     45       
    18046def GetPowderPeaks(fileName):
    18147    sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
    … …  
    21783    return Comments,Peaks
    21884
    219 #def GetPawleyPeaks(filename):   #dead code??
    220 #    rt2ln2x2 = 2.35482
    221 #    File = open(filename,'Ur')
    222 #    PawleyPeaks = []
    223 #    S = File.readline()         #skip header
    224 #    S = File.readline()
    225 #    item = S.split()
    226 #    while S:
    227 #        h,k,l = int(item[0]),int(item[1]),int(item[2])
    228 #        mult = int(item[3])
    229 #        tth = float(item[5])
    230 #        sig = float(item[6])/rt2ln2x2
    231 #        Iobs = float(item[7])*mult
    232 #        PawleyPeaks.append([h,k,l,mult,tth,False,Iobs,0.0])
    233 #        S = File.readline()
    234 #        item = S.split()
    235 #        if item[3] == '-100.0000':       #find trailer
    236 #            break
    237 #    File.close()
    238 #    return PawleyPeaks
    239    
    240 # this will be removed eventually
    241 #def GetHKLData(filename):
    242 #    print 'Reading: '+filename
    243 #    File = open(filename,'Ur')
    244 #    HKLref = []
    245 #    HKLmin = [1000,1000,1000]
    246 #    HKLmax = [0,0,0]
    247 #    FoMax = 0
    248 #    ifFc = False
    249 #    S = File.readline()
    250 #    while '#' in S[0]:        #get past comments if any
    251 #        S = File.readline()       
    252 #    if '_' in S:         #cif style .hkl file
    253 #        while 'loop_' not in S:         #skip preliminaries if any - can't have 'loop_' in them!
    254 #            S = File.readline()       
    255 #        S = File.readline()             #get past 'loop_' line
    256 #        pos = 0
    257 #        hpos = kpos = lpos = Fosqpos = Fcsqpos = sigpos = -1
    258 #        while S:
    259 #            if '_' in S:
    260 #                if 'index_h' in S:
    261 #                    hpos = pos
    262 #                elif 'index_k' in S:
    263 #                    kpos = pos
    264 #                elif 'index_l' in S:
    265 #                    lpos = pos
    266 #                elif 'F_squared_meas' in S:
    267 #                    Fosqpos = pos
    268 #                elif 'F_squared_calc' in S:
    269 #                    Fcsqpos = pos
    270 #                elif 'F_squared_sigma' in S:
    271 #                    sigpos = pos
    272 #                pos += 1
    273 #            else:
    274 #                data = S.split()
    275 #                if data:                    #avoid blank lines
    276 #                    HKL = np.array([int(data[hpos]),int(data[kpos]),int(data[lpos])])
    277 #                    h,k,l = HKL
    278 #                    Fosq = float(data[Fosqpos])
    279 #                    if sigpos != -1:
    280 #                        sigFosq = float(data[sigpos])
    281 #                    else:
    282 #                        sigFosq = 1.
    283 #                    if Fcsqpos != -1:
    284 #                        Fcsq = float(data[Fcsqpos])
    285 #                        if Fcsq:
    286 #                            ifFc = True
    287 #                    else:
    288 #                        Fcsq = 0.
    289 #                       
    290 #                    HKLmin = [min(h,HKLmin[0]),min(k,HKLmin[1]),min(l,HKLmin[2])]
    291 #                    HKLmax = [max(h,HKLmax[0]),max(k,HKLmax[1]),max(l,HKLmax[2])]
    292 #                    FoMax = max(FoMax,Fosq)
    293 #                    HKLref.append([HKL,Fosq,sigFosq,Fcsq,0,0,0])                 #room for Fcp, Fcpp & phase
    294 #            S = File.readline()
    295 #    else:                   #dumb h,k,l,Fo,sigFo .hkl file
    296 #        while S:
    297 #            h,k,l,Fo,sigFo = S.split()
    298 #            HKL = np.array([int(h),int(k),int(l)])
    299 #            h,k,l = HKL
    300 #            Fo = float(Fo)
    301 #            sigFo = float(sigFo)
    302 #            HKLmin = [min(h,HKLmin[0]),min(k,HKLmin[1]),min(l,HKLmin[2])]
    303 #            HKLmax = [max(h,HKLmax[0]),max(k,HKLmax[1]),max(l,HKLmax[2])]
    304 #            FoMax = max(FoMax,Fo)
    305 #            HKLref.append([HKL,Fo**2,2.*Fo*sigFo,0,0,0,0])                 #room for Fc, Fcp, Fcpp & phase
    306 #            S = File.readline()
    307 #    File.close()
    308 #    return HKLref,HKLmin,HKLmax,FoMax,ifFc
    309 
    310 ## to be removed
    311 #def GetPowderData(filename,Pos,Bank,DataType):
    312 #    '''Reads one BANK of data from GSAS raw powder data file
    313 #    input:
    314 #    filename: GSAS raw powder file dataname
    315 #    Pos: start of data in file just after BANK record
    316 #    Bank: the BANK record
    317 #    DataType: powder data type, e.g. "PXC" for Powder X-ray CW data
    318 #    returns: list [x,y,e,yc,yb]
    319 #    x: np.array of x-axis values
    320 #    y: np.array of powder pattern intensities
    321 #    w: np.array of w=sig(intensity)^2 values
    322 #    yc: np.array of calc. intensities (zero)
    323 #    yb: np.array of calc. background (zero)
    324 #    yd: np.array of obs-calc profiles
    325 #    '''
    326 #    print 'Reading: '+filename
    327 #    print 'Bank:    '+Bank[:-1]
    328 #    if 'FXYE' in Bank:
    329 #        return GetFXYEdata(filename,Pos,Bank,DataType)
    330 #    elif ' XYE' in Bank:
    331 #        return GetXYEdata(filename,Pos,Bank,DataType)
    332 #    elif 'FXY' in Bank:
    333 #        return GetFXYdata(filename,Pos,Bank,DataType)
    334 #    elif 'ESD' in Bank:
    335 #        return GetESDdata(filename,Pos,Bank,DataType)
    336 #    elif 'STD' in Bank:
    337 #        return GetSTDdata(filename,Pos,Bank,DataType)
    338 #    else:
    339 #        return GetSTDdata(filename,Pos,Bank,DataType)
    340 #    return []
    341 #
    342 ## to be removed
    343 #def GetFXYEdata(filename,Pos,Bank,DataType):
    344 #    File = open(filename,'Ur')
    345 #    File.seek(Pos)
    346 #    x = []
    347 #    y = []
    348 #    w = []
    349 #    S = File.readline()
    350 #    while S and S[:4] != 'BANK':
    351 #        vals = S.split()
    352 #        if DataType[2] == 'C':
    353 #            x.append(float(vals[0])/100.)               #CW: from centidegrees to degrees
    354 #        elif DataType[2] == 'T':
    355 #            x.append(float(vals[0])/1000.0)             #TOF: from musec to millisec
    356 #        f = float(vals[1])
    357 #        if f <= 0.0:
    358 #            y.append(0.0)
    359 #            w.append(1.0)
    360 #        else:
    361 #            y.append(float(vals[1]))
    362 #            w.append(1.0/float(vals[2])**2)
    363 #        S = File.readline()
    364 #    File.close()
    365 #    N = len(x)
    366 #    return [np.array(x),np.array(y),np.array(w),np.zeros(N),np.zeros(N),np.zeros(N)]
    367 #   
    368 ## to be removed
    369 #def GetXYEdata(filename,Pos,Bank,DataType):
    370 #    File = open(filename,'Ur')
    371 #    File.seek(Pos)
    372 #    x = []
    373 #    y = []
    374 #    w = []
    375 #    S = File.readline()
    376 #    while S:
    377 #        vals = S.split()
    378 #        try:
    379 #            x.append(float(vals[0]))
    380 #            f = float(vals[1])
    381 #            if f <= 0.0:
    382 #                y.append(0.0)
    383 #                w.append(1.0)
    384 #            else:
    385 #                y.append(float(vals[1]))
    386 #                w.append(1.0/float(vals[2])**2)
    387 #            S = File.readline()
    388 #        except ValueError:
    389 #            break
    390 #    File.close()
    391 #    N = len(x)
    392 #    return [np.array(x),np.array(y),np.array(w),np.zeros(N),np.zeros(N),np.zeros(N)]
    393 #   
    394 #   
    395 ## to be removed
    396 #def GetFXYdata(filename,Pos,Bank,DataType):
    397 #    File = open(filename,'Ur')
    398 #    File.seek(Pos)
    399 #    x = []
    400 #    y = []
    401 #    w = []
    402 #    S = File.readline()
    403 #    while S and S[:4] != 'BANK':
    404 #        vals = S.split()
    405 #        if DataType[2] == 'C':
    406 #            x.append(float(vals[0])/100.)               #CW: from centidegrees to degrees
    407 #        elif DataType[2] == 'T':
    408 #            x.append(float(vals[0])/1000.0)             #TOF: from musec to millisec
    409 #        f = float(vals[1])
    410 #        if f > 0.0:
    411 #            y.append(f)
    412 #            w.append(1.0/f)
    413 #        else:             
    414 #            y.append(0.0)
    415 #            w.append(1.0)
    416 #        S = File.readline()
    417 #    File.close()
    418 #    N = len(x)
    419 #    return [np.array(x),np.array(y),np.array(w),np.zeros(N),np.zeros(N),np.zeros(N)]
    420 #   
    421 ## to be removed
    422 #def GetESDdata(filename,Pos,Bank,DataType):
    423 #    File = open(filename,'Ur')
    424 #    cons = Bank.split()
    425 #    if DataType[2] == 'C':
    426 #        start = float(cons[5])/100.0               #CW: from centidegrees to degrees
    427 #        step = float(cons[6])/100.0
    428 #    elif DataType[2] == 'T':
    429 #        start = float(cons[5])/1000.0              #TOF: from musec to millisec
    430 #        step = float(cons[6])/1000.0
    431 #    File.seek(Pos)
    432 #    x = []
    433 #    y = []
    434 #    w = []
    435 #    S = File.readline()
    436 #    j = 0
    437 #    while S and S[:4] != 'BANK':
    438 #        for i in range(0,80,16):
    439 #            xi = start+step*j
    440 #            yi = sfloat(S[i:i+8])
    441 #            ei = sfloat(S[i+8:i+16])
    442 #            x.append(xi)
    443 #            if yi > 0.0:
    444 #                y.append(yi)
    445 #                w.append(1.0/ei**2)
    446 #            else:             
    447 #                y.append(0.0)
    448 #                w.append(1.0)
    449 #            j += 1
    450 #        S = File.readline()
    451 #    File.close()
    452 #    N = len(x)
    453 #    return [np.array(x),np.array(y),np.array(w),np.zeros(N),np.zeros(N),np.zeros(N)]
    454 #
    455 ## to be removed
    456 #def GetSTDdata(filename,Pos,Bank,DataType):
    457 #    File = open(filename,'Ur')
    458 #    cons = Bank.split()
    459 #    Nch = int(cons[2])
    460 #    if DataType[2] == 'C':
    461 #        start = float(cons[5])/100.0               #CW: from centidegrees to degrees
    462 #        step = float(cons[6])/100.0
    463 #    elif DataType[2] == 'T':
    464 #        start = float(cons[5])/1000.0              #TOF: from musec to millisec - not likely!
    465 #        step = float(cons[6])/1000.0
    466 #    File.seek(Pos)
    467 #    x = []
    468 #    y = []
    469 #    w = []
    470 #    S = File.readline()
    471 #    j = 0
    472 #    while S and S[:4] != 'BANK':
    473 #        for i in range(0,80,8):
    474 #            xi = start+step*j
    475 #            ni = max(sint(S[i:i+2]),1)
    476 #            yi = max(sfloat(S[i+2:i+8]),0.0)
    477 #            if yi:
    478 #                vi = yi/ni
    479 #            else:
    480 #                yi = 0.0
    481 #                vi = 1.0
    482 #            j += 1
    483 #            if j < Nch:
    484 #                x.append(xi)
    485 #                y.append(yi)
    486 #                w.append(1.0/vi)
    487 #        S = File.readline()
    488 #    File.close()
    489 #    N = len(x)
    490 #    return [np.array(x),np.array(y),np.array(w),np.zeros(N),np.zeros(N),np.zeros(N)]
    491    
    49285def CheckImageFile(G2frame,imagefile):
    49386    if not ospath.exists(imagefile):
    … …  
    792385                    print 'Read APS scanCCD tiff file: ',filename
    793386                image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
     387        elif IFD[273][2][0] == 4096:
     388            tifType = 'Canadian'
     389            pixy = (347,347)
     390            File.seek(4096)
     391            if not imageOnly:
     392                print 'Read Canadian tiff file: ',filename
     393            image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
    794394#    elif sizexy == [960,960]:
    795395#        tiftype = 'PE-BE'
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.