Changeset 622


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Timestamp:
May 18, 2012 9:07:34 AM (9 years ago)
Author:
vondreele
Message:

comment out HKLF read from Data menu
fix gpxphase read - remove histograms & pawley ref entries
comment out HKLF IO routines in GSASIIIO.py - superceded by Import

Location:
trunk
Files:
3 edited

Legend:

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Added
Removed
  • trunk/GSASII.py

    r620 r622  
    156156        parent.Append(help='',id=wxID_READPEAKS, kind=wx.ITEM_NORMAL,
    157157            text='Read Powder Pattern Peaks...')
    158         parent.Append(help='', id=wxID_SNGLREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
    159             text='Read single crystal data...')
     158#        parent.Append(help='', id=wxID_SNGLREAD, kind=wx.ITEM_NORMAL,
     159#            text='Read single crystal data...')
    160160        parent.Append(help='', id=wxID_PWDSUM, kind=wx.ITEM_NORMAL,
    161161            text='Sum powder data')
     
    175175        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageRead, id=wxID_IMGREAD)
    176176        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImageSum, id=wxID_IMSUM)
    177         self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSnglRead, id=wxID_SNGLREAD)
     177#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSnglRead, id=wxID_SNGLREAD)
    178178        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnAddPhase, id=wxID_ADDPHASE)
    179179        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnDeletePhase, id=wxID_DELETEPHASE)
     
    11131113
    11141114    # this will be removed eventually
    1115     def OnSnglRead(self,event):
    1116         self.CheckNotebook()
    1117         dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file', '.', '',
    1118             'hkl files (*.hkl)|*.hkl|All files (*.*)|*.*',
    1119             wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
    1120         try:
    1121             if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    1122                 filename = dlg.GetPath()
    1123                 wx.BeginBusyCursor()
    1124                 try:
    1125                     Data = {}
    1126                     names = ['Type','Lam']
    1127                     HKLref,HKLmin,HKLmax,FoMax,ifFc = G2IO.GetHKLData(filename)
    1128                     Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='HKLF '+os.path.basename(filename))
    1129                     self.PatternTree.SetItemPyData(Id,HKLref)
    1130                     Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
    1131                     data = ['SXC',1.5428,]
    1132                     self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,[tuple(data),data,names])
    1133                     Data['Type'] = 'Fosq'
    1134                     Data['ifFc'] = ifFc
    1135                     Data['HKLmax'] = HKLmax
    1136                     Data['HKLmin'] = HKLmin
    1137                     Data['FoMax'] = FoMax
    1138                     Data['Zone'] = '001'
    1139                     Data['Layer'] = 0
    1140                     Data['Scale'] = 1.0
    1141                     Data['log-lin'] = 'lin'                   
    1142                     self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),Data)
    1143                     self.PatternTree.SelectItem(Id)
    1144                     self.PatternTree.Expand(Id)
    1145                     self.Sngl = Id
    1146                 finally:
    1147                     wx.EndBusyCursor()   
    1148         finally:
    1149             dlg.Destroy()
     1115#    def OnSnglRead(self,event):
     1116#        self.CheckNotebook()
     1117#        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose file', '.', '',
     1118#            'hkl files (*.hkl)|*.hkl|All files (*.*)|*.*',
     1119#            wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
     1120#        try:
     1121#            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     1122#                filename = dlg.GetPath()
     1123#                wx.BeginBusyCursor()
     1124#                try:
     1125#                    Data = {}
     1126#                    names = ['Type','Lam']
     1127#                    HKLref,HKLmin,HKLmax,FoMax,ifFc = G2IO.GetHKLData(filename)
     1128#                    Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='HKLF '+os.path.basename(filename))
     1129#                    self.PatternTree.SetItemPyData(Id,HKLref)
     1130#                    Sub = self.PatternTree.AppendItem(Id,text='Instrument Parameters')
     1131#                    data = ['SXC',1.5428,]
     1132#                    self.PatternTree.SetItemPyData(Sub,[tuple(data),data,names])
     1133#                    Data['Type'] = 'Fosq'
     1134#                    Data['ifFc'] = ifFc
     1135#                    Data['HKLmax'] = HKLmax
     1136#                    Data['HKLmin'] = HKLmin
     1137#                    Data['FoMax'] = FoMax
     1138#                    Data['Zone'] = '001'
     1139#                    Data['Layer'] = 0
     1140#                    Data['Scale'] = 1.0
     1141#                    Data['log-lin'] = 'lin'                   
     1142#                    self.PatternTree.SetItemPyData(self.PatternTree.AppendItem(Id,text='HKL Plot Controls'),Data)
     1143#                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
     1144#                    self.PatternTree.Expand(Id)
     1145#                    self.Sngl = Id
     1146#                finally:
     1147#                    wx.EndBusyCursor()   
     1148#        finally:
     1149#            dlg.Destroy()
    11501150           
    11511151    def CheckNotebook(self):
  • trunk/GSASIIIO.py

    r620 r622  
    217217    return Comments,Peaks
    218218
    219 def GetPawleyPeaks(filename):
    220     rt2ln2x2 = 2.35482
    221     File = open(filename,'Ur')
    222     PawleyPeaks = []
    223     S = File.readline()         #skip header
    224     S = File.readline()
    225     item = S.split()
    226     while S:
    227         h,k,l = int(item[0]),int(item[1]),int(item[2])
    228         mult = int(item[3])
    229         tth = float(item[5])
    230         sig = float(item[6])/rt2ln2x2
    231         Iobs = float(item[7])*mult
    232         PawleyPeaks.append([h,k,l,mult,tth,False,Iobs,0.0])
    233         S = File.readline()
    234         item = S.split()
    235         if item[3] == '-100.0000':       #find trailer
    236             break
    237     File.close()
    238     return PawleyPeaks
     219#def GetPawleyPeaks(filename):   #dead code??
     220#    rt2ln2x2 = 2.35482
     221#    File = open(filename,'Ur')
     222#    PawleyPeaks = []
     223#    S = File.readline()         #skip header
     224#    S = File.readline()
     225#    item = S.split()
     226#    while S:
     227#        h,k,l = int(item[0]),int(item[1]),int(item[2])
     228#        mult = int(item[3])
     229#        tth = float(item[5])
     230#        sig = float(item[6])/rt2ln2x2
     231#        Iobs = float(item[7])*mult
     232#        PawleyPeaks.append([h,k,l,mult,tth,False,Iobs,0.0])
     233#        S = File.readline()
     234#        item = S.split()
     235#        if item[3] == '-100.0000':       #find trailer
     236#            break
     237#    File.close()
     238#    return PawleyPeaks
    239239   
    240240# this will be removed eventually
    241 def GetHKLData(filename):
    242     print 'Reading: '+filename
    243     File = open(filename,'Ur')
    244     HKLref = []
    245     HKLmin = [1000,1000,1000]
    246     HKLmax = [0,0,0]
    247     FoMax = 0
    248     ifFc = False
    249     S = File.readline()
    250     while '#' in S[0]:        #get past comments if any
    251         S = File.readline()       
    252     if '_' in S:         #cif style .hkl file
    253         while 'loop_' not in S:         #skip preliminaries if any - can't have 'loop_' in them!
    254             S = File.readline()       
    255         S = File.readline()             #get past 'loop_' line
    256         pos = 0
    257         hpos = kpos = lpos = Fosqpos = Fcsqpos = sigpos = -1
    258         while S:
    259             if '_' in S:
    260                 if 'index_h' in S:
    261                     hpos = pos
    262                 elif 'index_k' in S:
    263                     kpos = pos
    264                 elif 'index_l' in S:
    265                     lpos = pos
    266                 elif 'F_squared_meas' in S:
    267                     Fosqpos = pos
    268                 elif 'F_squared_calc' in S:
    269                     Fcsqpos = pos
    270                 elif 'F_squared_sigma' in S:
    271                     sigpos = pos
    272                 pos += 1
    273             else:
    274                 data = S.split()
    275                 if data:                    #avoid blank lines
    276                     HKL = np.array([int(data[hpos]),int(data[kpos]),int(data[lpos])])
    277                     h,k,l = HKL
    278                     Fosq = float(data[Fosqpos])
    279                     if sigpos != -1:
    280                         sigFosq = float(data[sigpos])
    281                     else:
    282                         sigFosq = 1.
    283                     if Fcsqpos != -1:
    284                         Fcsq = float(data[Fcsqpos])
    285                         if Fcsq:
    286                             ifFc = True
    287                     else:
    288                         Fcsq = 0.
    289                        
    290                     HKLmin = [min(h,HKLmin[0]),min(k,HKLmin[1]),min(l,HKLmin[2])]
    291                     HKLmax = [max(h,HKLmax[0]),max(k,HKLmax[1]),max(l,HKLmax[2])]
    292                     FoMax = max(FoMax,Fosq)
    293                     HKLref.append([HKL,Fosq,sigFosq,Fcsq,0,0,0])                 #room for Fcp, Fcpp & phase
    294             S = File.readline()
    295     else:                   #dumb h,k,l,Fo,sigFo .hkl file
    296         while S:
    297             h,k,l,Fo,sigFo = S.split()
    298             HKL = np.array([int(h),int(k),int(l)])
    299             h,k,l = HKL
    300             Fo = float(Fo)
    301             sigFo = float(sigFo)
    302             HKLmin = [min(h,HKLmin[0]),min(k,HKLmin[1]),min(l,HKLmin[2])]
    303             HKLmax = [max(h,HKLmax[0]),max(k,HKLmax[1]),max(l,HKLmax[2])]
    304             FoMax = max(FoMax,Fo)
    305             HKLref.append([HKL,Fo**2,2.*Fo*sigFo,0,0,0,0])                 #room for Fc, Fcp, Fcpp & phase
    306             S = File.readline()
    307     File.close()
    308     return HKLref,HKLmin,HKLmax,FoMax,ifFc
     241#def GetHKLData(filename):
     242#    print 'Reading: '+filename
     243#    File = open(filename,'Ur')
     244#    HKLref = []
     245#    HKLmin = [1000,1000,1000]
     246#    HKLmax = [0,0,0]
     247#    FoMax = 0
     248#    ifFc = False
     249#    S = File.readline()
     250#    while '#' in S[0]:        #get past comments if any
     251#        S = File.readline()       
     252#    if '_' in S:         #cif style .hkl file
     253#        while 'loop_' not in S:         #skip preliminaries if any - can't have 'loop_' in them!
     254#            S = File.readline()       
     255#        S = File.readline()             #get past 'loop_' line
     256#        pos = 0
     257#        hpos = kpos = lpos = Fosqpos = Fcsqpos = sigpos = -1
     258#        while S:
     259#            if '_' in S:
     260#                if 'index_h' in S:
     261#                    hpos = pos
     262#                elif 'index_k' in S:
     263#                    kpos = pos
     264#                elif 'index_l' in S:
     265#                    lpos = pos
     266#                elif 'F_squared_meas' in S:
     267#                    Fosqpos = pos
     268#                elif 'F_squared_calc' in S:
     269#                    Fcsqpos = pos
     270#                elif 'F_squared_sigma' in S:
     271#                    sigpos = pos
     272#                pos += 1
     273#            else:
     274#                data = S.split()
     275#                if data:                    #avoid blank lines
     276#                    HKL = np.array([int(data[hpos]),int(data[kpos]),int(data[lpos])])
     277#                    h,k,l = HKL
     278#                    Fosq = float(data[Fosqpos])
     279#                    if sigpos != -1:
     280#                        sigFosq = float(data[sigpos])
     281#                    else:
     282#                        sigFosq = 1.
     283#                    if Fcsqpos != -1:
     284#                        Fcsq = float(data[Fcsqpos])
     285#                        if Fcsq:
     286#                            ifFc = True
     287#                    else:
     288#                        Fcsq = 0.
     289#                       
     290#                    HKLmin = [min(h,HKLmin[0]),min(k,HKLmin[1]),min(l,HKLmin[2])]
     291#                    HKLmax = [max(h,HKLmax[0]),max(k,HKLmax[1]),max(l,HKLmax[2])]
     292#                    FoMax = max(FoMax,Fosq)
     293#                    HKLref.append([HKL,Fosq,sigFosq,Fcsq,0,0,0])                 #room for Fcp, Fcpp & phase
     294#            S = File.readline()
     295#    else:                   #dumb h,k,l,Fo,sigFo .hkl file
     296#        while S:
     297#            h,k,l,Fo,sigFo = S.split()
     298#            HKL = np.array([int(h),int(k),int(l)])
     299#            h,k,l = HKL
     300#            Fo = float(Fo)
     301#            sigFo = float(sigFo)
     302#            HKLmin = [min(h,HKLmin[0]),min(k,HKLmin[1]),min(l,HKLmin[2])]
     303#            HKLmax = [max(h,HKLmax[0]),max(k,HKLmax[1]),max(l,HKLmax[2])]
     304#            FoMax = max(FoMax,Fo)
     305#            HKLref.append([HKL,Fo**2,2.*Fo*sigFo,0,0,0,0])                 #room for Fc, Fcp, Fcpp & phase
     306#            S = File.readline()
     307#    File.close()
     308#    return HKLref,HKLmin,HKLmax,FoMax,ifFc
    309309
    310310# to be removed
  • trunk/imports/G2phase_GPX.py

    r619 r622  
    4545        try:
    4646            self.Phase = G2str.GetAllPhaseData(filename,phasenames[selblk])
     47            self.Phase['Histograms'] = {}       #remove any histograms
     48            self.Phase['Pawley ref'] = []       # & any Pawley refl.
    4749            return True
    4850        except Exception as detail:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.