Changeset 5144


Ignore:
Timestamp:
Jan 17, 2022 3:37:39 PM (7 months ago)
Author:
vondreele
Message:

G2pwd - close file left unclosed (fqdata)
skip generating SCATTERING-LENGTH & NEUTRON-COEFFICIENT records for x-ray data for RMCProfile
G2phsGUI - revise RMC FileSizer? routine; shift FitScale? box back to original position (before files)
remove Proc.wait for RMCProfile & fullrmc runs - no point & prevented examination of plots. Still used for PDFfit runs.

Location:
trunk
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r5139 r5144  
    48254825           return superSizer
    48264826                     
    4827         def FileSizer(RMCPdict,mainSizer):
    4828            
    4829             def OnFitScale(event):
    4830                 RMCPdict['FitScale'] = not RMCPdict['FitScale']
     4827        def FileSizer(RMCPdict):
    48314828           
    48324829            def OnFileSel(event):
     
    49224919
    49234920            Indx = {}
    4924             if G2frame.RMCchoice == 'PDFfit':
     4921            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     4922            if G2frame.RMCchoice == 'PDFfit'and RMCPdict['refinement'] != 'sequential':
    49254923                topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    49264924                reftype = wx.RadioBox(G2frame.FRMC,label='PDFfit refinement type:',choices=['normal','sequential'])
     
    50115009                        fileSizer.Add((-1,-1),0)
    50125010                mainSizer.Add(fileSizer,0)
    5013                 fitscale = wx.CheckBox(G2frame.FRMC,label=' Fit scale factors?')
    5014                 fitscale.SetValue(RMCPdict['FitScale'])
    5015                 fitscale.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFitScale)
    5016                 mainSizer.Add(fitscale,0)
    5017                 return
     5011                return mainSizer
     5012           
    50185013            elif G2frame.RMCchoice == 'PDFfit' and RMCPdict['refinement'] == 'sequential':
     5014               
    50195015                def OnAddPDF(event):
    50205016                    ''' Add PDF G(r)s while maintanining original sequence
     
    51005096                            else:
    51015097                                RMCPdict['seqfiles'][r][1]['Fitrange'][c] = float(seqGrid.GetCellValue(r,c))
    5102 
     5098                               
    51035099                topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    51045100                topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label='  Select data for processing: '))
     
    51325128                seqGrid.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_CHANGED, OnSetVal)
    51335129                mainSizer.Add(seqGrid)
    5134                 return
     5130                return mainSizer
     5131           
     5132# begin FileSizer
    51355133            topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    51365134            topSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label='  Select data for processing: '))
     
    52045202                   
    52055203            mainSizer.Add(fileSizer,0)
    5206             if 'PDFfit' not in G2frame.RMCchoice:
    5207                 fitscale = wx.CheckBox(G2frame.FRMC,label=' Fit scale factors?')
    5208                 fitscale.SetValue(RMCPdict['FitScale'])
    5209                 fitscale.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFitScale)
    5210                 mainSizer.Add(fitscale,0)
    5211                
    5212             return
     5204               
     5205            return mainSizer
    52135206       
    52145207        def fullrmcSizer(RMCPdict):
     
    55035496   
    55045497            G2G.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.FRMC)
    5505             FileSizer(RMCPdict,mainSizer)
     5498            mainSizer.Add(FileSizer(RMCPdict))
    55065499            return mainSizer
    55075500           
     
    55975590                RMCPdict['UseSampBrd'][1] = strain.GetValue()
    55985591               
     5592            def OnFitScale(event):
     5593                RMCPdict['FitScale'] = not RMCPdict['FitScale']
     5594
    55995595            def SetRestart(invalid,value,tc):
    56005596                RMCPdict['ReStart'] = [True,True]
     
    59455941            samSizer.Add(samSize,0,WACV)
    59465942            samSizer.Add(strain,0,WACV)
     5943            fitscale = wx.CheckBox(G2frame.FRMC,label=' Fit scale factors?')
     5944            fitscale.SetValue(RMCPdict['FitScale'])
     5945            fitscale.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnFitScale)
     5946            samSizer.Add(fitscale,0,WACV)
    59475947            mainSizer.Add(samSizer,0)
    59485948
    5949             FileSizer(RMCPdict,mainSizer)
     5949            mainSizer.Add(FileSizer(RMCPdict))
    59505950            return mainSizer
    59515951           
     
    61386138           
    61396139            G2G.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.FRMC)
    6140             FileSizer(RMCPdict,mainSizer)
     6140            mainSizer.Add(FileSizer(RMCPdict))
    61416141            return mainSizer
    61426142           
     
    65086508                GSASIIpath.MacRunScript(os.path.abspath('fullrmc.sh'))
    65096509            else:
    6510                 # TODO: better to create this in a new terminal on Linux
    65116510                Proc = subp.Popen(['/bin/bash','fullrmc.sh'])
    6512                 Proc.wait()     #for it to finish before continuing on
     6511#                Proc.wait()     #for it to finish before continuing on
    65136512        UpdateRMC()
    65146513                   
     
    65676566        batch.close()
    65686567        Proc = subp.Popen('runrmc.bat',creationflags=subp.CREATE_NEW_CONSOLE)
    6569         Proc.wait()     #for it to finish before continuing on
     6568#        Proc.wait()     #for it to finish before continuing on
    65706569        UpdateRMC()
    65716570       
  • trunk/GSASIIpwd.py

    r5130 r5144  
    26982698    Sample = PWDdata['Sample Parameters']
    26992699    Scale = Sample['Scale'][0]
    2700     if 'X' in Inst['Type'][1]:
    2701         Scale *= 2.
    27022700    Limits = PWDdata['Limits'][1]
    27032701    Ibeg = np.searchsorted(Data[0],Limits[0])
     
    28022800    fl.write('IGNORE_HISTORY_FILE ::\n')
    28032801    fl.write('\n')
    2804     fl.write('NEUTRON_COEFFICIENTS :: '+''.join(['%9.5f'%coeff for coeff in Ncoeff])+'\n')
     2802    if 'T' in inst['Type'][1]:
     2803        fl.write('NEUTRON_COEFFICIENTS :: '+''.join(['%9.5f'%coeff for coeff in Ncoeff])+'\n')
    28052804    fl.write('DISTANCE_WINDOW ::\n')
    28062805    fl.write('  > MNDIST :: %s\n'%minD)
     
    28702869                fqdata = open(Files[File][0],'r')
    28712870                lines = int(fqdata.readline()[:-1])
     2871                fqdata.close()
    28722872            fl.write('\n')
    28732873            fl.write('%s ::\n'%File.split(';')[0].upper().replace(' ','_'))
     
    29002900    fl.write('  > DMIN :: %.2f\n'%(dMin-0.02))
    29012901    fl.write('  > WEIGHT :: %10.3f\n'%BraggWt)
    2902     fl.write('  > SCATTERING LENGTH :: '+''.join(['%8.4f'%blen for blen in Nblen])+'\n')
     2902    if 'T' in inst['Type'][1]:
     2903        fl.write('  > SCATTERING LENGTH :: '+''.join(['%8.4f'%blen for blen in Nblen])+'\n')
    29032904    fl.write('\n')
    29042905    fl.write('END  ::\n')
     
    36593660        Oxyz = np.array(Atoms[angle[0]][1:])
    36603661        TAxyz = np.array([Atoms[tgt-1][1:] for tgt in angle[1].T[0]])       
    3661         TBxyz = np.array([Atoms[tgt-1][1:] for tgt in angle[1].T[1]])       
     3662        TBxyz = np.array([Atoms[tgt-1][1:] for tgt in angle[1].T[1]])
    36623663        DAxV = np.inner(np.array([TAxyz-Oxyz+unit for unit in Units]),Amat)
    36633664        DAx = np.sqrt(np.sum(DAxV**2,axis=2))
     
    36713672            bondAngles.append(npacosd(np.sum(DAv*DBv)))
    36723673    return np.array(bondAngles)
    3673    
    36743674   
    36753675#### Reflectometry calculations ################################################################################
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.