Changeset 5106


Ignore:
Timestamp:
Dec 3, 2021 1:07:59 PM (7 months ago)
Author:
vondreele
Message:

modifications to handle sequential PDFfit analysis & plot the results.
Modifications to G2strMain & IO suggested by Conrad Gillard

Location:
trunk
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIIdataGUI.py

    r5095 r5106  
    61416141        self.PostfillDataMenu()
    61426142           
    6143         # PDR / Background
     6143        # PWDR / Background
    61446144        G2G.Define_wxId('wxID_BACKCOPY', 'wxID_BACKFLAGCOPY','wxID_MAKEBACKRDF',
    61456145            'wxID_RESCALEALL','wxID_BACKPEAKSMOVE','wxID_BACKSAVE','wxID_BACKLOAD')
    … …  
    61726172        self.PostfillDataMenu()
    61736173           
    6174         # PDR / Instrument Parameters
     6174        # PWDR / Instrument Parameters
    61756175        G2G.Define_wxId('wxID_INSTPRMRESET','wxID_INSTCOPY','wxID_INSTFLAGCOPY','wxID_INSTLOAD',
    61766176            'wxID_INSTSAVE', 'wxID_INST1VAL', 'wxID_INSTCALIB', 'wxID_INSTSAVEALL',)
    … …  
    61896189        self.PostfillDataMenu()
    61906190       
    6191         # PDR / Sample Parameters
     6191        # PWDR / Sample Parameters
    61926192        G2G.Define_wxId('wxID_SAMPLECOPY', 'wxID_SAMPLECOPYSOME', 'wxID_SAMPLEFLAGCOPY','wxID_SAMPLESAVE',
    61936193             'wxID_SAMPLELOAD', 'wxID_SETSCALE', 'wxID_SAMPLE1VAL', 'wxID_ALLSAMPLELOAD',)           
    … …  
    62086208        self.SetScale.Enable(False)
    62096209
    6210         # PDR / Peak List
     6210        # PWDR / Peak List
    62116211        G2G.Define_wxId('wxID_UNDO', 'wxID_LSQPEAKFIT', 'wxID_LSQONECYCLE', 'wxID_RESETSIGGAM',
    62126212            'wxID_CLEARPEAKS', 'wxID_AUTOSEARCH','wxID_PEAKSCOPY', 'wxID_SEQPEAKFIT','wxID_PEAKLOAD','wxID_PEAKSAVE')
    … …  
    62366236        self.AutoSearch.Enable(True)
    62376237       
    6238         # PDR / Index Peak List
     6238        # PWDR / Index Peak List
    62396239        G2G.Define_wxId('wxID_INDXRELOAD','wxID_INDEXSAVE',)
    62406240        self.IndPeaksMenu = wx.MenuBar()
    … …  
    62466246        self.PostfillDataMenu()
    62476247       
    6248         # PDR / Unit Cells List
     6248        # PWDR / Unit Cells List
    62496249        G2G.Define_wxId('wxID_INDEXPEAKS', 'wxID_REFINECELL', 'wxID_COPYCELL', 'wxID_MAKENEWPHASE',
    62506250            'wxID_EXPORTCELLS','wxID_LOADCELL','wxID_IMPORTCELL','wxID_TRANSFORMCELL','wxID_RUNSUB','wxID_RUNSUBMAG','wxID_LATSYM')
    … …  
    62836283        self.MakeNewPhase.Enable(False)
    62846284       
    6285         # PDR / Reflection Lists
     6285        # PWDR / Reflection Lists
    62866286        G2G.Define_wxId('wxID_SELECTPHASE','wxID_SHOWHIDEEXTINCT','wxID_WILSONSTAT' ) #some wxIDs defined above in PWDR & SASD
    62876287        self.ReflMenu = wx.MenuBar()

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r5097 r5106  
    48914891                    except ValueError:
    48924892                        start += 1
     4893                        if start > 500:     #absurd number of header lines!
     4894                            wx.MessageBox('WARNING: %s has bad data at end;\n RMCProfile may fail to read it'%fileItem[0],
     4895                                style=wx.ICON_ERROR)
     4896                            break
    48934897                Xlab = 'Q'
    48944898                if 'G(R)' in fileItem[2].upper():
    … …  
    49214925            def OnDataSel(event):
    49224926                RMCPdict['SeqDataType'] = dataType.GetStringSelection()
     4927               
     4928            def OnSeqCopy(event):
     4929                RMCPdict['SeqCopy'] = not RMCPdict['SeqCopy']
     4930
     4931            def OnSeqReverse(event):
     4932                RMCPdict['SeqReverse'] = not RMCPdict['SeqReverse']
    49234933
    49244934            Indx = {}
    … …  
    49354945                    dataType.Bind(wx.EVT_RADIOBOX,OnDataSel)
    49364946                    topSizer.Add(dataType)
     4947                    endSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     4948                    seqcopy = wx.CheckBox(G2frame.FRMC,label=' Copy to next')
     4949                    seqcopy.SetValue(RMCPdict['SeqCopy'])
     4950                    seqcopy.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnSeqCopy)
     4951                    endSizer.Add(seqcopy)
     4952                    seqreverse = wx.CheckBox(G2frame.FRMC,label=' Reverse processing')
     4953                    seqreverse.SetValue(RMCPdict['SeqReverse'])
     4954                    seqreverse.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnSeqReverse)
     4955                    endSizer.Add(seqreverse)
     4956                    topSizer.Add(endSizer,0,WACV)
     4957                   
    49374958            mainSizer.Add(topSizer)
    49384959            if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
    … …  
    60276048                        strval = atmGrid.GetCellValue(r,c).strip()
    60286049                        try:
    6029                             if strval == '' or ('@' in strval and int(strval.split('@')[-1]) >= 10):
     6050                            if strval == '' or ('@' in strval and int(strval.split('@')[-1]) >= 20):
    60306051                                RMCPdict['AtomConstr'][r][c+1] = strval
    60316052                            else:
    … …  
    60336054                        except ValueError:
    60346055                            atmGrid.SetCellValue(r,c,RMCPdict['AtomConstr'][r][c+1])
    6035                             wx.MessageBox('ERROR - atom constraints must be blank or have "@n" at end with n >= 10',
     6056                            wx.MessageBox('ERROR - atom constraints must be blank or have "@n" at end with n >= 20',
    60366057                                style=wx.ICON_ERROR)
    60376058               
    60386059                atmSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    6039                 atmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' Atom Constraints; enter as e.g. "@n" or "0.5-@n"; n>=10 && "@n" should be at end'))
     6060                atmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' Atom Constraints; enter as e.g. "@n" or "0.5-@n"; n>=20 && "@n" should be at end'))
    60406061
    60416062                table = [item[1:] for item in RMCPdict['AtomConstr']]
    … …  
    60796100                'delta1':[0.,False],'delta2':[0.,False],'spdiameter':[0.,False],'refinement':'normal',
    60806101                'sratio':[1.,False],'rcut':0.0,'stepcut':0.0,'shape':'sphere','SGData':SGData,'cellref':False,
    6081                 'AtomConstr':[],'AtomVar':{},'SeqDataType':'X',
     6102                'AtomConstr':[],'AtomVar':{},'SeqDataType':'X','SeqCopy':True,'SeqReverse':False,
    60826103                'Xdata':{'dscale':[1.0,False],'Datarange':[0.,30.],'Fitrange':[0.,30.],'qdamp':[0.03,False],'qbroad':[0,False]},
    60836104                'Ndata':{'dscale':[1.0,False],'Datarange':[0.,30.],'Fitrange':[0.,30.],'qdamp':[0.03,False],'qbroad':[0,False]},}
    … …  
    60976118            if 'SeqDataType' not in RMCPdict:
    60986119                RMCPdict['SeqDataType'] = 'X'
     6120            if 'SeqCopy' not in RMCPdict:
     6121                RMCPdict['SeqCopy'] = False
     6122                RMCPdict['SeqReverse'] = False
    60996123            if 'AtomVar' not in RMCPdict:
    61006124                RMCPdict['AtomVar'] = {}
    … …  
    62566280            print('PDFfit file build completed')
    62576281           
    6258            
    6259     def OnRunRMC(event):
    6260         '''Run a previously created RMCProfile/fullrmc/PDFfit2 script
    6261         '''
     6282    def RunPDFfit(event):
    62626283        generalData = data['General']
    6263         if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
    6264             fullrmc_exec = G2pwd.findfullrmc()
    6265             if fullrmc_exec is None:
    6266                 G2G.G2MessageBox(G2frame,'fullrmc Python not found. How did we get here?')
    6267                 return
    6268             pName = G2frame.GSASprojectfile.split('.')[0] + '-' + generalData['Name']
    6269             pName = pName.replace(' ','_')
    6270             rname = pName+'-fullrmc.py'
    6271             if not os.path.exists(rname):
    6272                 G2G.G2MessageBox(G2frame,'The fullrmc script has not been created. Running setup.',
    6273                     'Not setup')
    6274                 OnSetupRMC(event)
    6275             RMCPdict = data['RMC']['fullrmc']
    6276             rmcname = pName+'-fullrmc.rmc'
    6277             if os.path.isdir(rmcname) and RMCPdict['ReStart'][0]:
    6278                 msg = '''You have asked to start a new fullrmc run rather than
    6279                      continue the existing {} run.
    6280                      %%Press "Yes" to continue, deleting this
    6281                      previous run or "No" to change the restart checkbox to
    6282                      continue from the previous results.'''.format(rmcname)
    6283 
    6284                 dlg = wx.MessageDialog(G2frame,G2G.StripIndents(msg,True),
    6285                                            'Restart or continue',
    6286                     wx.YES|wx.NO)
    6287                 try:
    6288                     dlg.CenterOnParent()
    6289                     result = dlg.ShowModal()
    6290                 finally:
    6291                     dlg.Destroy()
    6292                 if result == wx.ID_YES:
    6293                     import shutil
    6294                     shutil.rmtree(rmcname)
    6295                 else:
    6296                     return
    6297             G2G.G2MessageBox(G2frame,
    6298 '''For use of fullrmc, please cite:
    6299       "Fullrmc, a Rigid Body Reverse Monte Carlo
    6300       Modeling Package Enabled with Machine Learning
    6301       and Artificial Intelligence",
    6302       B. Aoun, Jour. Comp. Chem. 2016, 37, 1102-1111.
    6303       DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.24304
    6304 ''',
    6305                                  'Please cite fullrmc')
    6306             ilog = 0
    6307             while True:
    6308                 logname = '%s_%d.log'%(pName,ilog)
    6309                 if os.path.isfile(logname):
    6310                     if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
    6311                         print('removing',logname)
    6312                     os.remove(logname)
    6313                 else:
    6314                     break
    6315                 ilog += 1
    6316             if sys.platform.lower().startswith('win'):
    6317                 batch = open('fullrmc.bat','w')
    6318                 #batch.write('CALL '+sys.exec_prefix+'\\Scripts\\activate\n')
    6319                 batch.write(fullrmc_exec+' '+rname+'\n')
    6320                 batch.write('pause')
    6321                 batch.close()
    6322                 subp.Popen('fullrmc.bat',creationflags=subp.CREATE_NEW_CONSOLE)
    6323             else:
    6324                 batch = open('fullrmc.sh','w')
    6325                 batch.write('#!/bin/bash\n')
    6326                 #activate = os.path.split(os.environ.get('CONDA_EXE',''))[0] +'/activate'
    6327                 batch.write('cd ' + os.path.split(os.path.abspath(rname))[0] + '\n')
    6328                 #if os.path.exists(activate):
    6329                 #    batch.write('source ' + activate + ' ' +
    6330                 #                os.environ['CONDA_DEFAULT_ENV'] +'\n')
    6331                 #    batch.write('python ' + rname + '\n')
    6332                 #else:
    6333                 #    batch.write(sys.exec_prefix+'/python ' + rname + '\n')
    6334                 batch.write(fullrmc_exec + ' ' + os.path.abspath(rname) + '\n')
    6335                 batch.close()
    6336                 if sys.platform == "darwin":
    6337                     GSASIIpath.MacRunScript(os.path.abspath('fullrmc.sh'))
    6338                 else:
    6339                     # TODO: better to create this in a new terminal on Linux
    6340                     subp.Popen(['/bin/bash','fullrmc.sh'])
    6341                    
    6342         elif G2frame.RMCchoice == 'RMCProfile':
    6343             pName = generalData['Name'].replace(' ','_')
    6344             RMCPdict = data['RMC']['RMCProfile']
    6345             rmcfile = G2fl.find('rmcprofile.exe',GSASIIpath.path2GSAS2)
    6346             if rmcfile is None:
    6347                 wx.MessageBox(''' RMCProfile is not correctly installed for use in GSAS-II
    6348       Obtain the zip file distribution from www.rmcprofile.org,
    6349       unzip it and place the RMCProfile main directory in the main GSAS-II directory ''',
    6350           caption='RMCProfile',style=wx.ICON_INFORMATION)
    6351                 return
    6352             rmcexe = os.path.split(rmcfile)[0]
    6353             print(rmcexe)
    6354             wx.MessageBox(''' For use of RMCProfile, please cite:
    6355       RMCProfile: Reverse Monte Carlo for polycrystalline materials,
    6356       M.G. Tucker, D.A. Keen, M.T. Dove, A.L. Goodwin and Q. Hui,
    6357       Jour. Phys.: Cond. Matter 2007, 19, 335218.
    6358       doi: https://doi.org/10.1088/0953-8984/19/33/335218''',
    6359       caption='RMCProfile',style=wx.ICON_INFORMATION)
    6360             if os.path.isfile(pName+'.his6f'):
    6361                 os.remove(pName+'.his6f')
    6362             if os.path.isfile(pName+'.xray'):
    6363                 os.remove(pName+'.xray')
    6364             if os.path.isfile(pName+'.neigh'):
    6365                 os.remove(pName+'.neigh')
    6366             if os.path.isfile(pName+'.bonds'):
    6367                 os.remove(pName+'.bonds')
    6368             if os.path.isfile(pName+'.triplets'):
    6369                 os.remove(pName+'.triplets')
    6370             i = 1
    6371             while True:
    6372                 if os.path.isfile(pName+'.bondodf_%d'%i):
    6373                     os.remove(pName+'.bondodf_%d'%i)
    6374                     os.remove(pName+'_bondplot_%d.ppm'%i)
    6375                     i += 1
    6376                 else:
    6377                     break
    6378             i = 1
    6379             while True:
    6380                 if os.path.isfile(pName+'_anglehist_%d.csv'%i):
    6381                     os.remove(pName+'_anglehist_%d.csv'%i)
    6382                     i += 1
    6383                 else:
    6384                     break
    6385                
    6386             G2frame.OnFileSave(event)
    6387             print (' GSAS-II project saved')
    6388             generalData = data['General']
    6389             pName = generalData['Name'].replace(' ','_')
    6390             exstr = rmcexe+'\\rmcprofile.exe '+pName
    6391             batch = open('runrmc.bat','w')
    6392             batch.write('Title RMCProfile\n')
    6393             batch.write(exstr+'\n')
    6394             batch.write('pause\n')
    6395             batch.close()
    6396             subp.Popen('runrmc.bat',creationflags=subp.CREATE_NEW_CONSOLE)
    6397            
    6398         elif G2frame.RMCchoice == 'PDFfit':
    6399             PDFfit_exec = G2pwd.findPDFfit()  #returns location of python (not pdffit!)
    6400             if not PDFfit_exec:
    6401                 wx.MessageBox(''' PDFfit2 is currently not available for this platform.
     6284        PDFfit_exec = G2pwd.findPDFfit()  #returns location of python (not pdffit!)
     6285        if not PDFfit_exec:
     6286            wx.MessageBox(''' PDFfit2 is currently not available for this platform.
    64026287    Please contact us for assistance''',caption='No PDFfit2',style=wx.ICON_INFORMATION)
    6403                 return
    6404             pName = generalData['Name'].replace(' ','_')
     6288            return
     6289        RMCPdict = data['RMC']['PDFfit']
     6290        pName = generalData['Name'].replace(' ','_')
     6291        if 'sequential' in RMCPdict['refinement']:
     6292            rname = 'Seq_PDFfit.py'
     6293        else:
    64056294            rname = pName+'-PDFfit.py'
    6406             wx.MessageBox(''' For use of PDFfit2, please cite:
     6295        wx.MessageBox(''' For use of PDFfit2, please cite:
    64076296      PDFfit2 and PDFgui: computer progerama for studying nanostructures in crystals,
    64086297C.L. Farrow, P.Juhas, J.W. Liu, D. Bryndin, E.S. Bozin, J. Bloch, Th. Proffen &
    … …  
    64106299(2007), 19, 335218. doi: https://doi.org/10.1088/0953-8984/19/33/335219''',
    64116300      caption='PDFfit2',style=wx.ICON_INFORMATION)
    6412             G2frame.OnFileSave(event)
    6413             print (' GSAS-II project saved')
     6301        G2frame.OnFileSave(event)
     6302        print (' GSAS-II project saved')
     6303        if sys.platform.lower().startswith('win'):
     6304            batch = open('pdffit2.bat','w')
     6305            batch.write(PDFfit_exec+' '+rname+'\n')
     6306            if 'normal' in RMCPdict['refinement']:
     6307                batch.write('pause')
     6308            batch.close()
     6309        else:
     6310            batch = open('pdffit2.sh','w')
     6311            batch.write('#!/bin/bash\n')
     6312            batch.write('cd ' + os.path.split(os.path.abspath(rname))[0] + '\n')
     6313            batch.write(PDFfit_exec + ' ' + os.path.abspath(rname) + '\n')
     6314            batch.close()
     6315        if 'sequential' in RMCPdict['refinement']:
     6316            Id =  G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Sequential PDFfit2 results')
     6317            if Id:
     6318                SeqResult = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(Id)
     6319            else:
     6320                SeqResult = {}
     6321                Id = G2frame.GPXtree.AppendItem(parent=G2frame.root,text='Sequential PDFfit2 results')
     6322            SeqResult = {'SeqPseudoVars':{},'SeqParFitEqList':[]}
     6323            SeqResult['histNames'] = []         #this clears the previous seq. result!
     6324            for itm in range(len(RMCPdict['seqfiles'])):
     6325                SeqResult['histNames'].append([itm,RMCPdict['seqfiles'][itm][0]])
     6326            if RMCPdict['SeqReverse']:
     6327                SeqResult['histNames'].reverse()
     6328            nPDF = len(SeqResult['histNames'])
     6329            pgbar = wx.ProgressDialog('Sequential PDFfit','PDF G(R) done = 0',nPDF+1,
     6330                style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
     6331            newParms = {}
     6332            for itm,item in enumerate(SeqResult['histNames']):
     6333                PDFfile = RMCPdict['seqfiles'][item[0]]
     6334                pfdata = PDFfile[1]['G(R)'][1].T
     6335#                    pfname = PDFfile[0].replace(' ','_')
     6336                pfname = 'Seq_PDF.gr'
     6337                pfile = open(pfname,'w')
     6338                for dp in pfdata:
     6339                    pfile.write('%12.5f%12.5f\n'%(dp[0],dp[1]))
     6340                pfile.close()
     6341                rfile = open('Seq_PDFfit_template.py','r')
     6342                lines = rfile.readlines()       #template lines
     6343                rfile.close()
     6344                newlines = []
     6345                parms = {}
     6346                Np = 0
     6347                for line in lines:
     6348                    if '#sequential' in line:
     6349                        newlines += "pf.read_data('%s', '%s', 30.0, %.4f)\n"%(pfname,PDFfile[1]['Type'][0],PDFfile[1]['qdamp'][0])
     6350                        newlines += 'pf.setdata(1)\n'
     6351                        newlines += 'pf.pdfrange(1, %6.2f, %6.2f)\n'%(PDFfile[1]['Fitrange'][0],PDFfile[1]['Fitrange'][1])
     6352                        for item in ['dscale','qdamp','qbroad']:
     6353                            if PDFfile[1][item][1]:
     6354                                Np += 1
     6355                                newlines += 'pf.constrain(pf.%s(),"@%d")\n'%(item,Np)
     6356                                parms[item] = '%d'%Np
     6357                    elif '#parameters' in line:
     6358                        startParms = RMCPdict['Parms']
     6359                        if newParms and RMCPdict['SeqCopy']:
     6360                            startParms = newParms
     6361                        for iprm in startParms:
     6362                            newlines += 'pf.setpar(%s,%.6f)\n'%(iprm,startParms[iprm][0])
     6363                    else:
     6364                        newlines += line
     6365                rfile= open('Seq_PDFfit.py','w')
     6366                rfile.writelines(newlines)
     6367                rfile.close()
     6368
     6369                if sys.platform.lower().startswith('win'):
     6370                    Proc = subp.Popen('pdffit2.bat',creationflags=subp.CREATE_NEW_CONSOLE)
     6371                    Proc.wait()     #for it to finish before continuing on
     6372                else:
     6373                    if sys.platform == "darwin":
     6374                        GSASIIpath.MacRunScript(os.path.abspath('pdffit2.sh'))
     6375                    else:
     6376                        Proc = subp.Popen(['/bin/bash','pdffit2.sh'])
     6377                        Proc.wait()
     6378
     6379                newParms,Rwp =  G2pwd.UpdatePDFfit(data,RMCPdict)
     6380                for item in ['dscale','qdamp','qbroad']:
     6381                    if PDFfile[1][item][1]:
     6382                        PDFfile[1][item][0] = newParms[parms[item]][0]
     6383                parmDict = copy.deepcopy(newParms)
     6384                parmDict.update({'Temperature':PDFfile[1]['Temp']})
     6385                varyList = ['%s-%s'%(item,RMCPdict['Parms'][item][1]) for item in RMCPdict['Parms']]
     6386                result = np.array(list(newParms.values())).T
     6387                SeqResult[PDFfile[0]] = {'variables':result[0],'varyList':varyList,'sig':result[1],'Rvals':{'Rwp':Rwp,},
     6388                    'covMatrix':[],'title':PDFfile[0],'parmDict':parmDict}
     6389               
     6390                pfile = open('Sequential_PDFfit%s.fgr'%(PDFfile[1]['Type'][0])) # X or N
     6391                XYcalc = np.loadtxt(pfile).T[:2]
     6392                pfile.close()
     6393                pId = G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,G2frame.root,PDFfile[0])
     6394                PDFctrl = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,pId,'PDF Controls'))
     6395                XYobs = PDFctrl['G(R)'][1]
     6396                XYobs = np.concatenate((XYobs,np.zeros_like(XYobs)),axis=0)
     6397                ibeg = np.searchsorted( XYobs[0],XYcalc[0][0])
     6398                ifin = ibeg+XYcalc.shape[1]
     6399                XYobs[2][ibeg:ifin] = XYcalc[1]
     6400                XYobs[3] = XYobs[1]-XYobs[2]
     6401                PDFctrl['G(R)'][1] = XYobs
     6402                G2frame.GPXtree.SetItemPyData(G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,pId,'PDF Controls'),PDFctrl)
     6403                GoOn = pgbar.Update(itm,newmsg='PDF G(R) done = %d'%(itm))
     6404                if not GoOn[0]:
     6405                    print(' Sequential PDFfit aborted')
     6406                    break
     6407               
     6408            pgbar.Destroy()
     6409            G2frame.GPXtree.SetItemPyData(Id,SeqResult)
     6410            G2frame.G2plotNB.Delete('Sequential refinement')    #clear away probably invalid plot
     6411            G2frame.GPXtree.SelectItem(Id)
     6412
     6413        else:
    64146414            if sys.platform.lower().startswith('win'):
    6415                 batch = open('pdffit2.bat','w')
    6416                 batch.write(PDFfit_exec+' '+rname+'\n')
    6417                 batch.write('pause')
    6418                 batch.close()
    6419                 subp.Popen('pdffit2.bat',creationflags=subp.CREATE_NEW_CONSOLE)
     6415                Proc = subp.Popen('pdffit2.bat',creationflags=subp.CREATE_NEW_CONSOLE)
     6416                Proc.wait()     #for it to finish before continuing on
    64206417            else:
    6421                 batch = open('pdffit2.sh','w')
    6422                 batch.write('#!/bin/bash\n')
    6423                 batch.write('cd ' + os.path.split(os.path.abspath(rname))[0] + '\n')
    6424                 batch.write(PDFfit_exec + ' ' + os.path.abspath(rname) + '\n')
    6425                 batch.close()
    64266418                if sys.platform == "darwin":
    64276419                    GSASIIpath.MacRunScript(os.path.abspath('pdffit2.sh'))
    64286420                else:
    6429                     subp.Popen(['/bin/bash','pdffit2.sh'])
     6421                    Proc = subp.Popen(['/bin/bash','pdffit2.sh'])
     6422                    Proc.wait()     #for it to finish before continuing on
    64306423            #update choice? here?
    64316424            dlg = wx.MessageDialog(G2frame,'Check PDFfit console for results; do you want to update?',
    … …  
    64406433                Error =  G2pwd.UpdatePDFfit(data,RMCPdict)
    64416434                if Error:
    6442                     wx.MessageBox('PDFfit failed',caption='%s not found'%Error[0],style=wx.ICON_EXCLAMATION)               
    6443             wx.CallAfter(UpdateRMC)
     6435                    wx.MessageBox('PDFfit failed',caption='%s not found'%Error[0],style=wx.ICON_EXCLAMATION)
     6436            UpdateRMC()
     6437                   
     6438    def Runfullrmc(event):
     6439        fullrmc_exec = G2pwd.findfullrmc()
     6440        if fullrmc_exec is None:
     6441            G2G.G2MessageBox(G2frame,'fullrmc Python not found. How did we get here?')
     6442            return
     6443        generalData = data['General']
     6444        pName = G2frame.GSASprojectfile.split('.')[0] + '-' + generalData['Name']
     6445        pName = pName.replace(' ','_')
     6446        rname = pName+'-fullrmc.py'
     6447        if not os.path.exists(rname):
     6448            G2G.G2MessageBox(G2frame,'The fullrmc script has not been created. Running setup.',
     6449                'Not setup')
     6450            OnSetupRMC(event)
     6451        RMCPdict = data['RMC']['fullrmc']
     6452        rmcname = pName+'-fullrmc.rmc'
     6453        if os.path.isdir(rmcname) and RMCPdict['ReStart'][0]:
     6454            msg = '''You have asked to start a new fullrmc run rather than
     6455                 continue the existing {} run.
     6456                 %%Press "Yes" to continue, deleting this
     6457                 previous run or "No" to change the restart checkbox to
     6458                 continue from the previous results.'''.format(rmcname)
     6459
     6460            dlg = wx.MessageDialog(G2frame,G2G.StripIndents(msg,True),
     6461                'Restart or continue',wx.YES|wx.NO)
     6462            try:
     6463                dlg.CenterOnParent()
     6464                result = dlg.ShowModal()
     6465            finally:
     6466                dlg.Destroy()
     6467            if result == wx.ID_YES:
     6468                import shutil
     6469                shutil.rmtree(rmcname)
     6470            else:
     6471                return
     6472        G2G.G2MessageBox(G2frame,
     6473'''For use of fullrmc, please cite:
     6474      "Fullrmc, a Rigid Body Reverse Monte Carlo
     6475      Modeling Package Enabled with Machine Learning
     6476      and Artificial Intelligence",
     6477      B. Aoun, Jour. Comp. Chem. 2016, 37, 1102-1111.
     6478      DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.24304''','Please cite fullrmc')
     6479        ilog = 0
     6480        while True:
     6481            logname = '%s_%d.log'%(pName,ilog)
     6482            if os.path.isfile(logname):
     6483                if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
     6484                    print('removing',logname)
     6485                os.remove(logname)
     6486            else:
     6487                break
     6488            ilog += 1
     6489        if sys.platform.lower().startswith('win'):
     6490            batch = open('fullrmc.bat','w')
     6491            #batch.write('CALL '+sys.exec_prefix+'\\Scripts\\activate\n')
     6492            batch.write(fullrmc_exec+' '+rname+'\n')
     6493            batch.write('pause')
     6494            batch.close()
     6495            Proc = subp.Popen('fullrmc.bat',creationflags=subp.CREATE_NEW_CONSOLE)
     6496            Proc.wait()     #for it to finish before continuing on
     6497        else:
     6498            batch = open('fullrmc.sh','w')
     6499            batch.write('#!/bin/bash\n')
     6500            #activate = os.path.split(os.environ.get('CONDA_EXE',''))[0] +'/activate'
     6501            batch.write('cd ' + os.path.split(os.path.abspath(rname))[0] + '\n')
     6502            #if os.path.exists(activate):
     6503            #    batch.write('source ' + activate + ' ' +
     6504            #                os.environ['CONDA_DEFAULT_ENV'] +'\n')
     6505            #    batch.write('python ' + rname + '\n')
     6506            #else:
     6507            #    batch.write(sys.exec_prefix+'/python ' + rname + '\n')
     6508            batch.write(fullrmc_exec + ' ' + os.path.abspath(rname) + '\n')
     6509            batch.close()
     6510            if sys.platform == "darwin":
     6511                GSASIIpath.MacRunScript(os.path.abspath('fullrmc.sh'))
     6512            else:
     6513                # TODO: better to create this in a new terminal on Linux
     6514                Proc = subp.Popen(['/bin/bash','fullrmc.sh'])
     6515                Proc.wait()     #for it to finish before continuing on
     6516        UpdateRMC()
     6517                   
     6518    def RunRMCProfile(event):
     6519        generalData = data['General']
     6520        pName = generalData['Name'].replace(' ','_')
     6521        rmcfile = G2fl.find('rmcprofile.exe',GSASIIpath.path2GSAS2)
     6522        if rmcfile is None:
     6523            wx.MessageBox(''' RMCProfile is not correctly installed for use in GSAS-II
     6524      Obtain the zip file distribution from www.rmcprofile.org,
     6525      unzip it and place the RMCProfile main directory in the main GSAS-II directory ''',
     6526          caption='RMCProfile',style=wx.ICON_INFORMATION)
     6527            return
     6528        rmcexe = os.path.split(rmcfile)[0]
     6529        print(rmcexe)
     6530        wx.MessageBox(''' For use of RMCProfile, please cite:
     6531      RMCProfile: Reverse Monte Carlo for polycrystalline materials,
     6532      M.G. Tucker, D.A. Keen, M.T. Dove, A.L. Goodwin and Q. Hui,
     6533      Jour. Phys.: Cond. Matter 2007, 19, 335218.
     6534      doi: https://doi.org/10.1088/0953-8984/19/33/335218''',
     6535      caption='RMCProfile',style=wx.ICON_INFORMATION)
     6536        if os.path.isfile(pName+'.his6f'):
     6537            os.remove(pName+'.his6f')
     6538        if os.path.isfile(pName+'.xray'):
     6539            os.remove(pName+'.xray')
     6540        if os.path.isfile(pName+'.neigh'):
     6541            os.remove(pName+'.neigh')
     6542        if os.path.isfile(pName+'.bonds'):
     6543            os.remove(pName+'.bonds')
     6544        if os.path.isfile(pName+'.triplets'):
     6545            os.remove(pName+'.triplets')
     6546        i = 1
     6547        while True:
     6548            if os.path.isfile(pName+'.bondodf_%d'%i):
     6549                os.remove(pName+'.bondodf_%d'%i)
     6550                os.remove(pName+'_bondplot_%d.ppm'%i)
     6551                i += 1
     6552            else:
     6553                break
     6554        i = 1
     6555        while True:
     6556            if os.path.isfile(pName+'_anglehist_%d.csv'%i):
     6557                os.remove(pName+'_anglehist_%d.csv'%i)
     6558                i += 1
     6559            else:
     6560                break
     6561           
     6562        G2frame.OnFileSave(event)
     6563        print (' GSAS-II project saved')
     6564        pName = generalData['Name'].replace(' ','_')
     6565        exstr = rmcexe+'\\rmcprofile.exe '+pName
     6566        batch = open('runrmc.bat','w')
     6567        batch.write('Title RMCProfile\n')
     6568        batch.write(exstr+'\n')
     6569        batch.write('pause\n')
     6570        batch.close()
     6571        Proc = subp.Popen('runrmc.bat',creationflags=subp.CREATE_NEW_CONSOLE)
     6572        Proc.wait()     #for it to finish before continuing on
     6573        UpdateRMC()
     6574       
     6575    def OnRunRMC(event):
     6576        '''Run a previously created RMCProfile/fullrmc/PDFfit2 script
     6577        '''
     6578        if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     6579             Runfullrmc(event)       
     6580        elif G2frame.RMCchoice == 'RMCProfile':
     6581            RunRMCProfile(event)
     6582        elif G2frame.RMCchoice == 'PDFfit':
     6583            RunPDFfit(event)
    64446584           
    64456585    def OnStopRMC(event):

  • trunk/GSASIIplot.py

    r5104 r5106  
    53635363                Plot.set_ylabel('Data sequence',fontsize=12)
    53645364        else:
     5365            ifCalc = False
    53655366            X = xye[0]+Page.Offset[0]*.005*N
    53665367            Y = xye[1]+Page.Offset[1]*.01*N
    5367             XYlist.append(list(zip(X,Y)))
     5368            if xye.shape[0] > 2 and len(PlotList) == 1:     #PDF calc present - single plot only
     5369                ifCalc = True
     5370                NZ = np.nonzero(xye[2])[0]
     5371                ibeg = NZ[0]
     5372                ifin = NZ[-1]+1
     5373                Z = xye[2]
     5374                D = xye[3]
     5375                D -= 0.75*(np.max(D)-np.min(Z))
     5376                XYlist.append(np.array([X,Y]))
     5377                XYlist.append(np.array([X,Z]))
     5378                XYlist.append(np.array([X,D]))
     5379            else:
     5380                XYlist.append(list(zip(X,Y)))
    53685381#            if G2frame.Legend:
    53695382#                Plot.plot(X,Y,colors[N%6],picker=False,label='Azm:'+Pattern[2].split('=')[1])
    … …  
    53795392    else:
    53805393        XYlist = np.array(XYlist)
    5381         Xmin = np.amin(XYlist.T[0])
    5382         Xmax = np.amax(XYlist.T[0])
     5394        if ifCalc:
     5395            Xmin = np.amin(XYlist[0][0])
     5396            Xmax = np.amax(XYlist[0][0])
     5397            Ymax = np.amax(XYlist[0][1])
     5398            Ymin = np.amin(XYlist[2][1])
     5399        else:   
     5400            Xmin = np.amin(XYlist.T[0])
     5401            Xmax = np.amax(XYlist.T[0])
     5402            Ymin = np.amin(XYlist.T[1][1:])
     5403            Ymax = np.amax(XYlist.T[1][1:])
    53835404        dx = 0.02*(Xmax-Xmin)
    5384         Ymin = np.amin(XYlist.T[1][1:])
    5385         Ymax = np.amax(XYlist.T[1][1:])
    53865405        dy = 0.02*(Ymax-Ymin)
    53875406        try:
    … …  
    54085427                    axcb.set_label(plotType)
    54095428                else:   #ok
    5410                     lines = mplC.LineCollection(XYlist,cmap=acolor)
    5411                     lines.set_array(np.arange(XYlist.shape[0]))
    5412                     Plot.add_collection(lines)
    5413                     axcb = Page.figure.colorbar(lines)
    5414                     axcb.set_label('PDF number')
    5415                     lgndlist = []
    5416                     if G2frame.Legend:
    5417                         # make short names from choices dropping PDF and AZM and then extension
    5418                         labels = [os.path.splitext(i[3:i.find('Azm')].strip())[0] for i in choices]
    5419                         numlines = len(labels)
    5420                         # create an empty labeled line for each label with color from color map
    5421                         for i,lbl in enumerate(labels):
    5422                             color = acolor(int(0.5+acolor.N*i/(numlines-1.)))
    5423                             lgndlist.append(mpl.lines.Line2D([], [], color=color, label=lbl))
    5424                         Plot.legend(handles=lgndlist,loc='best')
     5429                    if ifCalc:  #obs, calc & diff
     5430                        Plot.plot(XYlist[0][0],XYlist[0][1],color='b',marker='+',linewidth=0)
     5431                        Plot.plot(XYlist[1][0][ibeg:ifin],XYlist[1][1][ibeg:ifin],color='g')
     5432                        Plot.plot(XYlist[2][0][ibeg:ifin],XYlist[2][1][ibeg:ifin],color='r')
     5433                    else:   
     5434                        lines = mplC.LineCollection(XYlist,cmap=acolor)
     5435                        lines.set_array(np.arange(XYlist.shape[0]))
     5436                        Plot.add_collection(lines)
     5437                        axcb = Page.figure.colorbar(lines)
     5438                        axcb.set_label('PDF number')
     5439                        lgndlist = []
     5440                        if G2frame.Legend:
     5441                            # make short names from choices dropping PDF and AZM and then extension
     5442                            labels = [os.path.splitext(i[3:i.find('Azm')].strip())[0] for i in choices]
     5443                            numlines = len(labels)
     5444                            # create an empty labeled line for each label with color from color map
     5445                            for i,lbl in enumerate(labels):
     5446                                color = acolor(int(0.5+acolor.N*i/(numlines-1.)))
     5447                                lgndlist.append(mpl.lines.Line2D([], [], color=color, label=lbl))
     5448                            Plot.legend(handles=lgndlist,loc='best')
    54255449            else:
    54265450                if G2frame.Waterfall:

  • trunk/GSASIIpwd.py

    r5096 r5106  
    29692969    '''
    29702970    try:
     2971        sys.path.append('%s'%GSASIIpath.path2GSAS2)
    29712972        from diffpy.pdffit2 import PdfFit
    29722973        return sys.executable
    … …  
    29812982    cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
    29822983    AtomVar = RMCPdict['AtomVar']
     2984    varnames = []
    29832985    for iat,atom in enumerate(RMCPdict['AtomConstr']):
    29842986        for it,item in enumerate(atom):
    29852987            if it > 1 and item:
    29862988                itnum = item.split('@')[1]
     2989                varname = '@%s'%itnum
     2990                varnames.append(varname)
    29872991                if it < 6:
    2988                     if '@%s'%itnum not in AtomVar:
    2989                         AtomVar['@%s'%itnum] = 0.0      #put ISODISTORT mode displ here?
     2992                    if varname not in AtomVar:
     2993                        AtomVar[varname] = 0.0      #put ISODISTORT mode displ here?
    29902994                else:
    29912995                    for i in range(3):
    2992                         if '@%s'%itnum not in AtomVar:
    2993                             AtomVar['@%s'%itnum] = Atoms[iat][cia+i+2]
     2996                        if varname not in AtomVar:
     2997                            AtomVar[varname] = Atoms[iat][cia+i+2]
     2998    varnames = set(varnames)
     2999    for name in list(AtomVar.keys()):       #clear out unused parameters
     3000        if name not in varnames:
     3001            del AtomVar[name]
    29943002   
    29953003def MakePDFfitAtomsFile(Phase,RMCPdict):
    … …  
    30033011    fatm.write('format pdffit\n')
    30043012    fatm.write('scale   1.000000\n')    #fixed
    3005     if RMCPdict['shape'] == 'sphere':
    3006         sharp = '%10.6f,%10.6f,%10.6f\n'%(RMCPdict['delta2'][0],RMCPdict['delta1'][0],RMCPdict['sratio'][0])
    3007     else:
    3008         sharp = '%10.6f,%10.6f,%10.6f,%10.6f\n'%(RMCPdict['delta2'][0],RMCPdict['delta1'][0],RMCPdict['sratio'][0],RMCPdict['rcut'])
     3013    # if RMCPdict['shape'] == 'sphere':
     3014    #     sharp = '%10.6f,%10.6f,%10.6f\n'%(RMCPdict['delta2'][0],RMCPdict['delta1'][0],RMCPdict['sratio'][0])
     3015    # else:
     3016    #     sharp = '%10.6f,%10.6f,%10.6f,%10.6f\n'%(RMCPdict['delta2'][0],RMCPdict['delta1'][0],RMCPdict['sratio'][0],RMCPdict['rcut'])
     3017    sharp = '%10.6f,%10.6f,%10.6f,%10.6f\n'%(RMCPdict['delta2'][0],RMCPdict['delta1'][0],RMCPdict['sratio'][0],RMCPdict['rcut'])
    30093018    fatm.write('sharp '+sharp)
    30103019    shape = ''
    … …  
    30693078    Nd = 0
    30703079    Np = 0
    3071     for file in RMCPdict['files']:
    3072         if 'Select' in RMCPdict['files'][file][0]:
    3073             continue
    3074         if 'Neutron' in file:
    3075             Nd += 1
    3076             dType = 'Ndata'
    3077         else:
    3078             Nd += 1
    3079             dType = 'Xdata'
    3080         rundata += "pf.read_data('%s', '%s', 30.0, %.4f)\n"%(RMCPdict['files'][file][0],dType[0],RMCPdict[dType]['qdamp'][0])
    3081         rundata += 'pf.setdata(%d)\n'%Nd
    3082         rundata += 'pf.pdfrange(%d, %6.2f, %6.2f)\n'%(Nd,RMCPdict[dType]['Fitrange'][0],RMCPdict[dType]['Fitrange'][1])
    3083         for item in ['dscale','qdamp','qbroad']:
    3084             if RMCPdict[dType][item][1]:
    3085                 Np += 1
    3086                 rundata += 'pf.constrain(pf.%s(),"@%d")\n'%(item,Np)
    3087                 rundata += "pf.setpar(%d, %.2f)\n"%(Np,RMCPdict[dType][item][0])
     3080    parms = {}
     3081    if 'sequential' in RMCPdict['refinement']:
     3082        Np = 3
     3083        rundata += '#sequential data here\n'
     3084    else:
     3085        for file in RMCPdict['files']:
     3086            if 'Select' in RMCPdict['files'][file][0]:
     3087                continue
     3088            if 'Neutron' in file:
     3089                Nd += 1
     3090                dType = 'Ndata'
     3091            else:
     3092                Nd += 1
     3093                dType = 'Xdata'
     3094            rundata += "pf.read_data('%s', '%s', 30.0, %.4f)\n"%(RMCPdict['files'][file][0],dType[0],RMCPdict[dType]['qdamp'][0])
     3095            rundata += 'pf.setdata(%d)\n'%Nd
     3096            rundata += 'pf.pdfrange(%d, %6.2f, %6.2f)\n'%(Nd,RMCPdict[dType]['Fitrange'][0],RMCPdict[dType]['Fitrange'][1])
     3097            for item in ['dscale','qdamp','qbroad']:
     3098                if RMCPdict[dType][item][1]:
     3099                    Np += 1
     3100                    rundata += 'pf.constrain(pf.%s(),"@%d")\n'%(item,Np)
     3101                    parms[Np] = [RMCPdict[dType][item][0],item]
    30883102    fName = General['Name']+'-PDFfit.stru'
    30893103    fName = fName.replace(' ','_')
     3104    Np = 9
    30903105    rundata += "pf.read_struct('%s')\n"%(fName)
    30913106    for item in ['delta1','delta2','sratio']:
    … …  
    30933108            Np += 1
    30943109            rundata += 'pf.constrain(pf.%s,"@%d")\n'%(item,Np)
    3095             rundata += 'pf.setpar(%d,%.3f)\n'%(Np,RMCPdict[item][0])
     3110            parms[Np] = [RMCPdict[item][0],item]
    30963111    if 'sphere' in RMCPdict['shape'][0] and RMCPdict['spdiameter'][1]:
    30973112        Np += 1
    30983113        rundata += 'pf.constrain(pf.spdiameter,"@%d")\n'%Np
    3099         rundata += 'pf.setpar(%d,%.3f)\n'%(Np,RMCPdict['spdiameter'][0])
    3100      
     3114        parms[Np] = [RMCPdict['spdiameter'][0],'spdiameter']
     3115   
    31013116    if RMCPdict['cellref']:
    31023117        cellconst = GetCellConstr(RMCPdict['SGData'])
    31033118        used = []
     3119        cellNames = ['a','b','c','alpha','beta','gamma']
    31043120        for ic in range(6):
    31053121            if cellconst[ic]:
    31063122                rundata += 'pf.constrain(pf.lat(%d), "@%d")\n'%(ic+1,Np+cellconst[ic])
    31073123                if cellconst[ic] not in used:
    3108                     rundata += 'pf.setpar(%d,%.5f)\n'%(Np+cellconst[ic],Cell[ic])
     3124                    parms[Np+cellconst[ic]] = [Cell[ic],cellNames[ic]]
    31093125                used.append(cellconst[ic])
    31103126#Atom constraints here -------------------------------------------------------
    … …  
    31193135                    rundata += 'pf.constrain(%s,"%s")\n'%(names[it-2],item)
    31203136                    if itnum not in used:
    3121                         rundata += 'pf.setpar(%s,%.6f)\n'%(itnum,AtomVar['@%s'%itnum])
     3137                        parms[itnum] = [AtomVar['@%s'%itnum],names[it-2].split('.')[1]]
    31223138                        used.append(itnum)
    31233139                else:
    … …  
    31263142                        rundata += 'pf.constrain(%s,"%s")\n'%(uijs[i],item)
    31273143                        if itnum not in used:
    3128                             rundata += 'pf.setpar(%s,%.5f)\n'%(itnum,AtomVar['@%s'%itnum])
     3144                            parms[itnum] = [AtomVar['@%s'%itnum],uijs[i].split('.')[1]]
    31293145                            used.append(itnum)
     3146                           
     3147    if 'sequential' in RMCPdict['refinement']:
     3148        rundata += '#parameters here\n'
     3149    else:       
     3150# set parameter values
     3151        RMCPdict['Parms'] = parms
     3152        for iprm in parms:
     3153            rundata += 'pf.setpar(%s,%.6f)\n'%(iprm,parms[iprm][0])
    31303154                       
    31313155# Refine & Save results ---------------------------------------------------------------   
    31323156    rundata += 'pf.refine()\n'
    3133     fName = General['Name'].replace(' ','_')+'-PDFfit'
     3157    if 'sequential' in RMCPdict['refinement']:
     3158        fName = 'Sequential_PDFfit'
     3159    else:
     3160        fName = General['Name'].replace(' ','_')+'-PDFfit'
    31343161    Nd = 0   
    31353162    for file in RMCPdict['files']:
    … …  
    31423169    rundata += 'pf.save_res("%s")\n'%(fName+'.res')
    31433170 
    3144     rfile = open(fName+'.py','w')
     3171    if 'sequential' in RMCPdict['refinement']:
     3172        rfile = open('Seq_PDFfit_template.py','w')
     3173    else:
     3174        rfile = open(fName+'.py','w')
    31453175    rfile.writelines(rundata)
    31463176    rfile.close()
    … …  
    31533183   
    31543184    General = Phase['General']
    3155     fName = General['Name']+'-PDFfit.rstr'
    3156     try:
    3157         rstr = open(fName.replace(' ','_'),'r')
    3158     except FileNotFoundError:
    3159         return [fName,'Not found - PDFfit failed']
    3160     lines = rstr.readlines()
    3161     rstr.close()
    3162     header = [line[:-1].split(' ',1) for line in lines[:7]]
    3163     resdict = dict(header)
    3164     for item in ['scale','sharp','cell']:
    3165         resdict[item] = [float(val) for val in resdict[item].split(',')]
    3166     General['Cell'][1:7] = resdict['cell']
    3167     for inam,name in enumerate(['delta2','delta1','sratio']):
    3168         RMCPdict[name][0] = resdict['sharp'][inam]
    3169     if 'shape' in resdict and 'sphere' in resdict['shape']:
    3170         RMCPdict['spdiameter'][0] = resdict['shape'][-1]
    3171     cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(Phase)     
    3172     Atoms = Phase['Atoms']
    3173     atmBeg = 0
    3174     for line in lines:
    3175         atmBeg += 1
    3176         if 'atoms' in line:
    3177             break
    3178     for atom in Atoms:
    3179         atstr = lines[atmBeg][:-1].split()
    3180         Uiistr = lines[atmBeg+2][:-1].split()
    3181         Uijstr = lines[atmBeg+4][:-1].split()
    3182         atom[cx:cx+4] = [float(atstr[1]),float(atstr[2]),float(atstr[3]),float(atstr[4])]
    3183         atom[ci] = 'A'
    3184         atom[ci+2:ci+5] = [float(Uiistr[0]),float(Uiistr[1]),float(Uiistr[2])]
    3185         atom[ci+5:ci+8] = [float(Uijstr[0]),float(Uijstr[1]),float(Uijstr[2])]
    3186         atmBeg += 6
    3187        
    3188     fName = General['Name']+'-PDFfit.res'
     3185    if RMCPdict['refinement'] == 'normal':
     3186        fName = General['Name']+'-PDFfit.rstr'
     3187        try:
     3188            rstr = open(fName.replace(' ','_'),'r')
     3189        except FileNotFoundError:
     3190            return [fName,'Not found - PDFfit failed']
     3191        lines = rstr.readlines()
     3192        rstr.close()
     3193        header = [line[:-1].split(' ',1) for line in lines[:7]]
     3194        resdict = dict(header)
     3195        for item in ['scale','sharp','cell']:
     3196            resdict[item] = [float(val) for val in resdict[item].split(',')]
     3197        General['Cell'][1:7] = resdict['cell']
     3198        for inam,name in enumerate(['delta2','delta1','sratio']):
     3199            RMCPdict[name][0] = resdict['sharp'][inam]
     3200        if 'shape' in resdict:
     3201            if 'sphere' in resdict['shape']:
     3202                RMCPdict['spdiameter'][0] = resdict['shape'][-1]
     3203            else:
     3204                RMCPdict['stepcut'][0] = resdict['shape'][-1]
     3205        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(Phase)     
     3206        Atoms = Phase['Atoms']
     3207        atmBeg = 0
     3208        for line in lines:
     3209            atmBeg += 1
     3210            if 'atoms' in line:
     3211                break
     3212        for atom in Atoms:
     3213            atstr = lines[atmBeg][:-1].split()
     3214            Uiistr = lines[atmBeg+2][:-1].split()
     3215            Uijstr = lines[atmBeg+4][:-1].split()
     3216            atom[cx:cx+4] = [float(atstr[1]),float(atstr[2]),float(atstr[3]),float(atstr[4])]
     3217            atom[ci] = 'A'
     3218            atom[ci+2:ci+5] = [float(Uiistr[0]),float(Uiistr[1]),float(Uiistr[2])]
     3219            atom[ci+5:ci+8] = [float(Uijstr[0]),float(Uijstr[1]),float(Uijstr[2])]
     3220            atmBeg += 6
     3221           
     3222    fName = 'Sequential_PDFfit.res'
     3223    if RMCPdict['refinement'] == 'normal':
     3224        fName = General['Name']+'-PDFfit.res'
    31893225    try:
    31903226        res = open(fName.replace(' ','_'),'r')
    … …  
    32033239                break
    32043240            resline += line[:-1]
     3241    for iline,line in enumerate(lines):
     3242        if 'Rw - ' in line:
     3243            Rwp = float(line.split(':')[1])
    32053244    results = resline.replace('(','').split(')')[:-1]
    32063245    results = ['@'+result.lstrip() for result in results]
    3207     results = [item.split()[:2] for item in results]
    3208     results = dict([[item[0][:-1],float(item[1])] for item in results if item[0][:-1] in RMCPdict['AtomVar']])
    3209     RMCPdict['AtomVar'].update(results)
    3210     return None
     3246    results = [item.split() for item in results]
     3247    if RMCPdict['refinement'] == 'normal':
     3248        results = dict([[item[0][:-1],float(item[1])] for item in results if item[0][:-1] in RMCPdict['AtomVar']])
     3249        RMCPdict['AtomVar'].update(results)
     3250        return None
     3251    else:   #sequential
     3252        newParms = dict([[item[0][1:-1],[float(item[1]),float(item[2])]] for item in results])
     3253        return newParms,Rwp
    32113254       
    32123255def MakefullrmcRun(pName,Phase,RMCPdict):

  • trunk/GSASIIseqGUI.py

    r5086 r5106  
    9595        if 'IMG' in histNames[0]:
    9696            sampleParmDict = {'Sample load':[],}
     97        elif 'PDF' in histNames[0]:
     98            sampleParmDict = {'Temperature':[]}
    9799        else:
    98100            sampleParmDict = {'Temperature':[],'Pressure':[],'Time':[],
    … …  
    103105        sampleParm = {}
    104106        for name in histNames:
    105             if 'IMG' in name:
     107            if 'IMG' in name or 'PDF' in name:
    106108                if name not in data:
    107109                    continue
    … …  
    161163        elif rows:
    162164            name = histNames[rows[0]]       #only does 1st one selected
    163             G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
     165            if data.get('covMatrix',[]):
     166                G2plt.PlotCovariance(G2frame,data[name])
    164167        else:
    165168            G2frame.ErrorDialog(
    … …  
    10861089    data['variableLabels'] = variableLabels
    10871090    Histograms,Phases = G2frame.GetUsedHistogramsAndPhasesfromTree()
    1088     Controls = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
    1089     # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
    1090     if 'SeqPseudoVars' not in data: data['SeqPseudoVars'] = {}
    1091     if 'SeqParFitEqList' not in data: data['SeqParFitEqList'] = []
    1092     histNames = data['histNames']
    1093     foundNames = [name for name in histNames if name in data]
    1094     histNames = foundNames
     1091    if not Histograms and not Phases:   #PDF histogrms not PWDR
     1092        histNames = [name[1] for name in data['histNames']]
     1093        Controls = {}
     1094    else:       
     1095        Controls = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,G2frame.root,'Controls'))
     1096        # create a place to store Pseudo Vars & Parametric Fit functions, if not present
     1097        if 'SeqPseudoVars' not in data: data['SeqPseudoVars'] = {}
     1098        if 'SeqParFitEqList' not in data: data['SeqParFitEqList'] = []
     1099        foundNames = [name for name in histNames if name in data]
     1100        histNames = foundNames
    10951101    if G2frame.dataDisplay:
    10961102        G2frame.dataDisplay.Destroy()

  • trunk/GSASIIstrIO.py

    r5067 r5106  
    29582958        pFile.write(sigstr+'\n')
    29592959       
    2960    
     2960    global PhFrExtPOSig
    29612961    PhFrExtPOSig = {}
    29622962    SizeMuStrSig = {}

  • trunk/GSASIIstrMain.py

    r5044 r5106  
    5050ateln2 = 8.0*math.log(2.0)
    5151DEBUG = True
     52PhFrExtPOSig = None
    5253
    5354def ReportProblems(result,Rvals,varyList):
    … …  
    411412            G2stIO.SetHistogramPhaseData(parmDict,sigDict,Phases,Histograms,calcControls,pFile=printFile)
    412413            G2stIO.SetHistogramData(parmDict,sigDict,Histograms,calcControls,pFile=printFile)
     414            covData['depSig'] = G2stIO.PhFrExtPOSig
    413415            if len(frozen):
    414416                if 'msg' in Rvals:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.