Changeset 5079


Ignore:
Timestamp:
Nov 13, 2021 1:02:43 PM (7 months ago)
Author:
toby
Message:

mmCIF export: more work on atoms table

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/exports/G2export_CIF.py

    r5078 r5079  
    755755                 '\n   _atom_site.type_symbol'+
    756756                 '\n   _atom_site.label_atom_id'+
     757                 '\n   _atom_site.auth_atom_id'+
    757758                 '\n   _atom_site.label_alt_id'+
    758759                 '\n   _atom_site.label_comp_id'+
     760                 '\n   _atom_site.auth_comp_id'+
    759761                 '\n   _atom_site.label_asym_id'+
     762                 '\n   _atom_site.auth_asym_id'+
    760763                 '\n   _atom_site.label_entity_id'+
    761764                 '\n   _atom_site.label_seq_id'+
     765                 '\n   _atom_site.auth_seq_id'+
    762766                 '\n   _atom_site.pdbx_PDB_ins_code'+
     767                 '\n   _atom_site.pdbx_formal_charge'+
    763768                 '\n   _atom_site.fract_x'+
    764769                 '\n   _atom_site.fract_y'+
    765770                 '\n   _atom_site.fract_z'+
    766771                 '\n   _atom_site.occupancy'+
    767 #                 '\n   _atom_site_adp_type'+
    768772                 '\n   _atom_site.U_iso_or_equiv'
    769 #                 '\n   _atom_site_site_symmetry_multiplicity'
    770773                 )
     774
    771775# _atom_site.group_PDB
    772776# _atom_site.Cartn_x
     
    777781# _atom_site.Cartn_z_esd
    778782# _atom_site.occupancy_esd
    779 # _atom_site.B_iso_or_equiv_esd
    780 # _atom_site.pdbx_formal_charge
    781 # _atom_site.auth_seq_id
    782 # _atom_site.auth_comp_id
    783 # _atom_site.auth_asym_id
    784 # _atom_site.auth_atom_id
    785783# _atom_site.pdbx_PDB_model_num
     784
    786785    varnames = {cx:'Ax',cx+1:'Ay',cx+2:'Az',cx+3:'Afrac',
    787786                cia+1:'AUiso',cia+2:'AU11',cia+3:'AU22',cia+4:'AU33',
     
    795794        s += PutInCol(str(i),5) # atom number
    796795        s += PutInCol(FmtAtomType(at[ct]),4) # type
    797         s += PutInCol(at[ct-1],4) # label_atom_id
     796        s += PutInCol(at[ct-1],4) # _atom_id
     797        s += PutInCol(at[ct-1],4) # _atom_id
    798798        s += PutInCol('.',2) # alt_id
    799799        s += PutInCol(at[ct-3],4) # comp_id
     800        s += PutInCol(at[ct-3],4) # comp_id
     801        s += PutInCol(at[ct-2],3) # _asym_id
    800802        s += PutInCol(at[ct-2],3) # _asym_id
    801803        s += PutInCol(at[ct-4],3) # entity_id
    802804        s += PutInCol('?',2) # _seq_id
     805        s += PutInCol('?',2) # _seq_id
    803806        s += PutInCol('?',2) # pdbx_PDB_ins_code
     807        s += PutInCol('?',2) # pdbx_formal_charge
    804808        fval = parmDict.get(fpfx+str(i),at[cfrac])
    805809        if fval == 0.0: continue # ignore any atoms that have a occupancy set to 0 (exact)
     
    812816            for j in (2,3,4):
    813817                var = pfx+varnames[cia+j]+":"+str(i)
    814         for j in (cx,cx+1,cx+2,cx+3):
     818        for j in (cx,cx+1,cx+2,cx+3,cia+1):
    815819            if j in (cx,cx+1,cx+2):
    816820                dig = 11
     
    829833                sig = -abs(sig)
    830834            s += PutInCol(G2mth.ValEsd(val,sig),dig)
    831         s += PutInCol(at[cs+1],3)
    832835        WriteCIFitem(fp, s)
    833836    # save information about rigid bodies
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.