Changeset 5049


Ignore:
Timestamp:
Oct 19, 2021 10:25:30 AM (2 years ago)
Author:
vondreele
Message:

split the mainSizer in UpdateRMC into 3 sub sizers: fullrmcSizer,RMCProfileSizer & PDFfitSizer. This may have broken fullrmcSizer.
Further implementation of PDFfit GUI interface.
Add an automatic inclusion of NEURTON_COEFFICIENTS & SCATTERING_LENGTH records in RMCProfile .dat file - accounts for use of isotopes.

Location:
trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIIpath.py

    r5047 r5049  
    932932except:
    933933    pass
     934
    934935def exceptHook(*args):
    935936    '''A routine to be called when an exception occurs. It prints the traceback

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r5045 r5049  
    47234723                    atId = RMCPdict['atSeq'][iType]
    47244724                    atmChoice.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(pnl,RMCPdict['aTypes'],atId,xmin=0.,xmax=1.),0,WACV)
     4725                atmChoice.Add(wx.StaticText(pnl,label='Isotope: '),0,WACV)
     4726                for iType in range(nTypes):
     4727                    atId = RMCPdict['atSeq'][iType]
     4728                    atmChoice.Add(wx.StaticText(pnl,label=RMCPdict['Isotope'][atId]),0,WACV)
    47254729            return atmChoice
    47264730       
    … …  
    47354739            Indx = {}
    47364740            atChoice = RMCPdict['atSeq']           
    4737             if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
    4738                 atChoice = atNames
     4741            # if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     4742            #     atChoice = atNames
    47394743            swapSizer = wx.FlexGridSizer(6,5,5)
    47404744            swapLabels = [' ','Atom-A','Atom-B',' Swap prob.',' ','delete']
    … …  
    47554759            return swapSizer
    47564760       
    4757         def GetPairSizer(pnl,RMCdict):
     4761        def GetPairSizer(pnl,RMCPdict):
    47584762            pairSizer = wx.FlexGridSizer(len(RMCPdict['Pairs'])+1,5,5)
    47594763            pairSizer.Add((5,5),0)
    … …  
    47754779            return pairSizer
    47764780                   
    4777         def GetMetaSizer(metalist):
     4781        def GetMetaSizer(RMCPdict,metalist):
    47784782            metaSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
    47794783            for item in metalist:
    … …  
    47854789            RMCPdict['ReStart'] = [True,True]
    47864790               
    4787         def GetSuperSizer(Xmax):
     4791        def GetSuperSizer(RMCPdict,Xmax):
    47884792           superSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    47894793           axes = ['X','Y','Z']
    … …  
    47944798           return superSizer
    47954799                     
    4796         def FileSizer(RMCdict,mainSizer):
     4800        def FileSizer(RMCPdict,mainSizer):
    47974801           
    47984802            def OnFitScale(event):
    … …  
    50225026            return
    50235027       
    5024         G2frame.GetStatusBar().SetStatusText('',1)
    5025         G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_ISODISTORT,True)
    5026         if G2frame.RMCchoice == 'RMCProfile':
    5027             G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_SETUPRMC,True)
    5028             G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_RUNRMC,True)
    5029             G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_VIEWRMC,True)
    5030             G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_STOPRMC,False)
    5031             G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_ISODISTORT,False)
    5032         elif G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
    5033             G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_SETUPRMC,False)
    5034             G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_RUNRMC,False)
    5035             G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_VIEWRMC,False)
    5036             G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_STOPRMC,False)
    5037             G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_ISODISTORT,False)
    5038             #G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_STOPRMC,True)
    5039         if G2frame.FRMC.GetSizer():
    5040             G2frame.FRMC.GetSizer().Clear(True)
    5041         bigSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    5042         mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    5043         runFile = ' '
    5044         choice = ['RMCProfile','fullrmc','PDFfit']
    5045         RMCsel = wx.RadioBox(G2frame.FRMC,-1,' Select RMC method:',choices=choice)
    5046         RMCsel.SetStringSelection(G2frame.RMCchoice)
    5047         RMCsel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, OnRMCselect)
    5048         mainSizer.Add(RMCsel,0)
    5049         mainSizer.Add((5,5),0)
    5050         if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     5028        def fullrmcSizer(RMCPdict):
     5029            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    50515030            if G2pwd.findfullrmc() is None:
    50525031                dlg = wx.MessageDialog(G2frame,
    … …  
    50625041                if result == wx.ID_YES:
    50635042                    G2G.ShowHelp('fullrmc',G2frame)
    5064                 return
     5043                return mainSizer
    50655044            mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=
    50665045''' "Fullrmc, a Rigid Body Reverse Monte Carlo Modeling Package Enabled with
    … …  
    50905069                    'moleculePdb':'Select','targetDensity':1.0,'maxRecursion':10000,'Torsions':[],'Torsion Weight':1.e-5,
    50915070                    'Bond Weight':1.e-5,'min Contact':1.5,'periodicBound':True}
    5092             RMCPdict = data['RMC']['fullrmc']
    50935071
    50945072            def GetSuperSizer():
    … …  
    53575335            G2G.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.FRMC)
    53585336            FileSizer(RMCPdict,mainSizer)
    5359                
    5360         elif G2frame.RMCchoice ==  'RMCProfile':
     5337            return mainSizer
     5338           
     5339        def RMCProfileSizer(RMCPdict):
     5340            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    53615341            subSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    53625342            subSizer.Add((-1,-1),1,wx.EXPAND)
    … …  
    53995379                    'Stretch search':10.,'Pot. Temp.':300.,'useGPU':False,}}
    54005380               
     5381            data['RMC']['RMCProfile']['Isotope'] = copy.copy(data['General']['Isotope'])
     5382            data['RMC']['RMCProfile']['Isotopes'] = copy.deepcopy(data['General']['Isotopes'])
     5383            data['RMC']['RMCProfile']['NoAtoms'] = copy.copy(data['General']['NoAtoms'])
    54015384            RMCPdict = data['RMC']['RMCProfile']
    54025385#patches
    … …  
    54445427                wx.CallAfter(UpdateRMC)
    54455428               
    5446             # def GetMetaSizer():
    5447             #     metalist = ['title','owner','material','phase','comment','source',]
    5448             #     metaSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
    5449             #     for item in metalist:
    5450             #         metaSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' Metadata item: '+item+' '),0,WACV)
    5451             #         metaSizer.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.FRMC,RMCPdict['metadata'],item),0,WACV)
    5452             #     return metaSizer
    5453            
    54545429            def GetTimeSizer():
    54555430               
    … …  
    56625637
    56635638            mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' Enter metadata items:'),0)
    5664             mainSizer.Add(GetMetaSizer(['title','owner','material','phase','comment','source',]),0)
     5639            mainSizer.Add(GetMetaSizer(RMCPdict,['title','owner','material','phase','comment','source',]),0)
    56655640           
    56665641            G2G.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.FRMC)
    … …  
    56685643           
    56695644            mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' Lattice multipliers; if changed will force reset of atom positions:'),0)
    5670             mainSizer.Add(GetSuperSizer(20),0)
     5645            mainSizer.Add(GetSuperSizer(RMCPdict,20),0)
    56715646           
    56725647            G2G.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.FRMC)
    … …  
    57765751
    57775752            FileSizer(RMCPdict,mainSizer)
    5778         else:
     5753            return mainSizer
     5754           
     5755        def PDFfitSizer(data):
     5756           
     5757            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    57795758            Indx = {}
    57805759            def PDFParmSizer():
    57815760               
     5761                def OnShape(event):
     5762                    RMCPdict['shape'] = shape.GetValue()
     5763                    wx.CallAfter(UpdateRMC)
     5764               
    57825765                parmSizer = wx.FlexGridSizer(3,6,5,5)
    5783                 Names = ['delta1','delta2','spdiameter','sratio']
    5784                 Names2 = ['rcut','stepcut']
     5766                Names = ['delta1','delta2','sratio','spdiameter']
     5767                Names2 = ['stepcut','rcut']
    57855768                for name in Names:
    57865769                   
    … …  
    57905773                        RMCPdict[name][1] = not RMCPdict[name][1]
    57915774                       
    5792                     parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=name),0,WACV)
    5793                     parmSizer.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.FRMC,RMCPdict[name],0,xmin=0.,size=(70,25)),0,WACV)
    5794                     refine = wx.CheckBox(G2frame.FRMC,label='Refine')
    5795                     refine.SetValue(RMCPdict[name][1])
    5796                     refine.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnRefine)
    5797                     Indx[refine.GetId()] = name
    5798                     parmSizer.Add(refine,0,WACV)
    5799                    
    5800                 for name in Names2:
    5801                     parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=name),0,WACV)
    5802                     parmSizer.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.FRMC,RMCPdict,name,xmin=0.,size=(70,25)),0,WACV)                   
     5775                    if name == 'spdiameter' and RMCPdict.get('shape','sphere') != 'sphere':
     5776                        parmSizer.Add((5,5))
     5777                        parmSizer.Add((5,5))
     5778                        parmSizer.Add((5,5))
     5779                    else:
     5780                        parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=name),0,WACV)
     5781                        parmSizer.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.FRMC,RMCPdict[name],0,xmin=0.,size=(70,25)),0,WACV)
     5782                        refine = wx.CheckBox(G2frame.FRMC,label='Refine')
     5783                        refine.SetValue(RMCPdict[name][1])
     5784                        refine.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnRefine)
     5785                        Indx[refine.GetId()] = name
     5786                        parmSizer.Add(refine,0,WACV)
     5787                parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' Shape'),0,WACV)
     5788                shape = wx.ComboBox(G2frame.FRMC,choices=['sphere','stepcut'],style=wx.CB_DROPDOWN|wx.TE_READONLY)
     5789                shape.SetStringSelection(RMCPdict.get('shape','sphere'))
     5790                shape.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnShape)
     5791                parmSizer.Add(shape,0,WACV)
     5792                if RMCPdict.get('shape','sphere') == 'stepcut':
     5793                    for name in Names2:
     5794                        parmSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=name),0,WACV)
     5795                        parmSizer.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.FRMC,RMCPdict,name,xmin=0.,size=(70,25)),0,WACV)                   
    58035796                   
    58045797                return parmSizer
    … …  
    58255818                data['RMC']['PDFfit'] = {'files':files,'ReStart':[False,False],'metadata':metadata,
    58265819                'delta1':[0.,False],'delta2':[0.,False],'spdiameter':[0.,False],
    5827                 'sratio':[1.,False],'rcut':0.0,'stepcut':0.0,         
     5820                'sratio':[1.,False],'rcut':0.0,'stepcut':0.0,'shape':'sphere',         
    58285821                'Xdata':{'dscale':[1.0,False],'Datarange':[0.,30.],'Fitrange':[0.,30.],'qdamp':[0.03,False],'qbroad':[0,False]},
    58295822                'Ndata':{'dscale':[1.0,False],'Datarange':[0.,30.],'Fitrange':[0.,30.],'qdamp':[0.03,False],'qbroad':[0,False]},}
    … …  
    58315824            RMCPdict = data['RMC']['PDFfit']
    58325825            mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' Enter metadata items:'),0)
    5833             mainSizer.Add(GetMetaSizer(['title','date','temperature','doping']),0)
     5826            mainSizer.Add(GetMetaSizer(RMCPdict,['title','date','temperature','doping']),0)
    58345827           
    58355828            G2G.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.FRMC)
    5836             mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' PDF profile coefficients:'),0,WACV)
     5829            mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' PDF phase profile coefficients:'),0,WACV)
    58375830            mainSizer.Add(PDFParmSizer(),0)
    58385831           
    58395832            G2G.HorizontalLine(mainSizer,G2frame.FRMC)
    58405833            FileSizer(RMCPdict,mainSizer)
     5834            return mainSizer
     5835           
     5836####start of UpdateRMC           
     5837        G2frame.GetStatusBar().SetStatusText('',1)
     5838        G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_ISODISTORT,True)
     5839        if G2frame.RMCchoice == 'RMCProfile':
     5840            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_SETUPRMC,True)
     5841            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_RUNRMC,True)
     5842            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_VIEWRMC,True)
     5843            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_STOPRMC,False)
     5844            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_ISODISTORT,False)
     5845        elif G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     5846            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_SETUPRMC,False)
     5847            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_RUNRMC,False)
     5848            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_VIEWRMC,False)
     5849            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_STOPRMC,False)
     5850            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_ISODISTORT,False)
     5851            #G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_STOPRMC,True)
     5852        if G2frame.FRMC.GetSizer():
     5853            G2frame.FRMC.GetSizer().Clear(True)
     5854        bigSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     5855        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     5856        runFile = ' '
     5857        choice = ['RMCProfile','fullrmc','PDFfit']
     5858        RMCsel = wx.RadioBox(G2frame.FRMC,-1,' Select RMC method:',choices=choice)
     5859        RMCsel.SetStringSelection(G2frame.RMCchoice)
     5860        RMCsel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, OnRMCselect)
     5861        mainSizer.Add(RMCsel,0)
     5862        mainSizer.Add((5,5),0)
     5863        if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     5864            RMCPdict = data['RMC']['fullrmc']
     5865            mainSizer.Add(fullrmcSizer(RMCPdict))
     5866               
     5867        elif G2frame.RMCchoice ==  'RMCProfile':
     5868            RMCPdict = data['RMC']['RMCProfile']
     5869            mainSizer.Add(RMCProfileSizer(RMCPdict))
     5870           
     5871        else:       #PDFfit
     5872            mainSizer.Add(PDFfitSizer(data))
    58415873
    58425874        bigSizer.Add(mainSizer,1,wx.EXPAND)
    … …  
    59155947            RMCPdict = data['RMC']['PDFfit']
    59165948            title = RMCPdict['metadata']['title']
    5917             print(RMCPdict)
    5918            
    5919             print('PDFfit2 prep under construction')
     5949            G2pwd.MakePDFfitAtomsFile(data,RMCPdict)
     5950            G2pwd.MakePDFfitRunFile(data,RMCPdict)
     5951           
    59205952           
    59215953    def OnRunRMC(event):
    … …  
    60026034                    # TODO: better to create this in a new terminal on Linux
    60036035                    subp.Popen(['/bin/bash','fullrmc.sh'])
     6036                   
    60046037        elif G2frame.RMCchoice == 'RMCProfile':
    60056038            pName = generalData['Name'].replace(' ','_')
    … …  
    60576090            batch.close()
    60586091            subp.Popen('runrmc.bat',creationflags=subp.CREATE_NEW_CONSOLE)
     6092           
    60596093        elif G2frame.RMCchoice == 'PDFfit':
    60606094            PDFfit_exec = G2pwd.findPDFfit()
    … …  
    60926126                    GSASIIpath.MacRunScript(os.path.abspath('pdffit2.sh'))
    60936127                else:
    6094                     # TODO: better to create this in a new terminal on Linux
    60956128                    subp.Popen(['/bin/bash','pdffit2.sh'])
     6129            #update choice? here?
     6130           
     6131            G2pwdr.UpdatePDFfit(data,RMCPdata)
     6132           
    60966133                   
    60976134           

  • trunk/GSASIIpwd.py

    r5043 r5049  
    26162616    Times = RMCPdict['runTimes']
    26172617    Atseq = RMCPdict['atSeq']
     2618    Natoms = RMCPdict['NoAtoms']
     2619    sumatms = np.sum(np.array([Natoms[iatm] for iatm in Natoms]))
     2620    Isotope = RMCPdict['Isotope']
     2621    Isotopes = RMCPdict['Isotopes']
    26182622    Atypes = RMCPdict['aTypes']
    26192623    atPairs = RMCPdict['Pairs']
    … …  
    26412645    lenA = len(Atseq)
    26422646    Pairs = []
     2647    Ncoeff = []
     2648    Nblen = [Isotopes[at][Isotope[at]]['SL'][0] for at in Atypes]
    26432649    for pair in [[' %s-%s'%(Atseq[i],Atseq[j]) for j in range(i,lenA)] for i in range(lenA)]:
    26442650        Pairs += pair
    2645     pairMin = [atPairs[pair]for pair in Pairs if pair in atPairs]
     2651    for pair in Pairs:
     2652        pair = pair.replace(' ','')
     2653        at1,at2 = pair.split('-')
     2654        ncoef = Isotopes[at1][Isotope[at1]]['SL'][0]*Natoms[at1]/sumatms
     2655        ncoef *= Isotopes[at2][Isotope[at2]]['SL'][0]*Natoms[at2]/sumatms
     2656        if at1 != at2:
     2657            ncoef *= 2.
     2658        Ncoeff += [ncoef,]
     2659    pairMin = [atPairs[pair] for pair in Pairs if pair in atPairs]
    26462660    maxMoves = [Atypes[atm] for atm in Atseq if atm in Atypes]
    26472661    fname = Name+'.dat'
    … …  
    26772691    fl.write('IGNORE_HISTORY_FILE ::\n')
    26782692    fl.write('\n')
     2693    fl.write('NEUTRON_COEFFICIENTS :: '+''.join(['%8.5f'%coeff for coeff in Ncoeff])+'\n')
    26792694    fl.write('DISTANCE_WINDOW ::\n')
    26802695    fl.write('  > MNDIST :: %s\n'%minD)
    … …  
    27742789    fl.write('  > DMIN :: %.2f\n'%(dMin-0.02))
    27752790    fl.write('  > WEIGHT :: %10.3f\n'%BraggWt)
     2791    fl.write('  > SCATTERING LENGTH :: '+''.join(['%7.4f'%blen for blen in Nblen])+'\n')
    27762792    fl.write('\n')
    27772793    fl.write('END  ::\n')
    … …  
    29422958    '''
    29432959    General = Phase['General']
     2960    fName = General['Name']+'-PDFfit.stru'
     2961    fatm = open(fName.replace(' ','_'),'w')
     2962    fatm.write('title  structure of '+General['Name']+'\n')
     2963    fatm.write('format pdffit\n')
     2964    fatm.write('scale   1.000000\n')    #fixed
     2965    sharp = '%10.6f,%10.6f,%10.6f,%10.6f\n'%(RMCPdict['delta2'][0],RMCPdict['delta1'][0],RMCPdict['sratio'][0],RMCPdict['rcut'][0])
     2966    fatm.write('sharp '+sharp)
     2967    shape = ''
     2968    if RMCPdict['spdiameter'] > 0.:
     2969        shape = 'sphere, %10.6f\n'%RMCPdict['spdiameter']
     2970    elif RMCPdict['stepcut'] > 0.:
     2971        shape = 'stepcut, %10.6f\n'%RMCPdict['stepcut']
     2972    if shape:
     2973        fatm.write('shape  '+shape)
     2974    fatm.write('spcgr   %s\n'%General['SGData']['SpGrp'].replace(' ',''))
     2975    cell = General['Cell'][1:7]
     2976    fatm.write('cell  %10.6f,%10.6f,%10.6f,%10.6f,%10.6f,%10.6f\n'%(
     2977        cell[0],cell[1],cell[2],cell[3],cell[4],cell[5]))
     2978    fatm.write('dcell '+5*'  0.000000,'+'  0.000000\n')
     2979    Atoms = Phase['Atoms']
     2980    fatm.write('ncell %8d,%8d,%8d,%10d\n'%(1,1,1,len(Atoms)))
     2981    fatm.write('atoms\n')
     2982    cx,ct,cs,cia = General['AtomPtrs']
     2983    for atom in Atoms:
     2984        fatm.write('%4s%18.8f%18.8f%18.8f%13.4f\n'%(atom[ct][:2].ljust(2),atom[cx],atom[cx+1],atom[cx+2],atom[cx+3]))
     2985        fatm.write('    '+'%18.8f%18.8f%18.8f%13.4f\n'%(0.,0.,0.,0.))
     2986        fatm.write('    '+'%18.8f%18.8f%18.8f\n'%(atom[cia+2],atom[cia+3],atom[cia+4]))
     2987        fatm.write('    '+'%18.8f%18.8f%18.8f\n'%(0.,0.,0.,))
     2988        fatm.write('    '+'%18.8f%18.8f%18.8f\n'%(atom[cia+5],atom[cia+6],atom[cia+7]))
     2989        fatm.write('    '+'%18.8f%18.8f%18.8f\n'%(0.,0.,0.))
     2990    fatm.close()
     2991   
     2992def MakePDFfitRunFile(Phase,RMCPdict):
     2993    '''Make the PDFfit atoms file
     2994    '''
    29442995    print(RMCPdict)
    2945     fName = Phase['Name']+'.stru'
    2946     fatm = open(fName.replace(' ','_'),'w')
    2947     a,b,c,alp,bet,gam = General['Cell'][1:7]
    2948     fatm.write('\n')
    2949    
     2996    General = Phase['General']
     2997    rundata = '''
     2998#!/usr/bin/env python
     2999# -*- coding: utf-8 -*-
     3000from diffpy.pdffit2 import PdfFit
     3001pf = PdfFit()
     3002
     3003# Load data ------------------------------------------------------------------
     3004
     3005# Load experimental x-ray PDF data
     3006qmax = 30.0  # Q-cutoff used in PDF calculation in 1/A
     3007qdamp = 0.01 # instrument Q-resolution factor, responsible for PDF decay
     3008pf.read_data('Ni-xray.gr', 'X', qmax, qdamp)
     3009pf.read_data('Ni-neutron.gr', 'N', qmax, qdamp)
     3010
     3011# Load nickel structure, must be in PDFFIT or DISCUS format
     3012pf.read_struct('Ni.stru')
     3013'''
     3014 
     3015    fName = General['Name']+'.py'
     3016   
     3017    rfile = open(fName,'w')
     3018    rfile.writelines(rundata)
     3019    rfile.close()
     3020   
     3021 
     3022    print('PDFfit2 prep under construction')
     3023   
     3024def UpdatePDFfit(Phase,RMCPdict):
     3025   
     3026    General = Phase['General']
     3027    fName = General['Name']+'-PDFfit.rstr'
     3028    rstr = open(fName.replace(' ','_'),'r')
     3029    lines = rstr.readlines()
     3030    resdict = dict(zip(lines[:6].split(' ',)))
     3031    General['Cell'][:7] = resdict['cell']
     3032    for inam,name in enumerate(['delta1','delta2','sratio','spdiameter']):
     3033        RMCPdict['delta1'] = resdict['sharp'][0]
     3034   
     3035   
     3036    print('PDFfit2 update under construction')
    29503037       
    29513038def MakefullrmcRun(pName,Phase,RMCPdict):
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.