Changeset 492


Ignore:
Timestamp:
Feb 23, 2012 11:48:19 AM (10 years ago)
Author:
vondreele
Message:

delete obsolete/commented out code from import phase

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASII.py

    r482 r492  
    13421342            dlg.Destroy()
    13431343       
    1344     ''' replaced -- delete soon
    1345     def OnImportPhase(self,event):
    1346         dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS EXP file', '.', '',
    1347             'EXP file (*.EXP)|*.EXP',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
    1348         try:
    1349             Phase = {}
    1350             if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    1351                 EXPfile = dlg.GetPath()
    1352                 Phase = G2IO.ReadEXPPhase(self,EXPfile)
    1353         finally:
    1354             dlg.Destroy()
    1355         if Phase:
    1356             PhaseName = Phase['General']['Name']
    1357             if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
    1358                 sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
    1359             else:
    1360                 sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
    1361             sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
    1362             self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)
    1363            
    1364     def OnImportPDB(self,event):
    1365         dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose PDB file', '.', '',
    1366             'PDB file (*.pdb,*.ent)|*.pdb;*.ent|All files (*.*)|*.*',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
    1367         try:
    1368             if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    1369                 PDBfile = dlg.GetPath()
    1370                 Phase = G2IO.ReadPDBPhase(PDBfile)
    1371         finally:
    1372             dlg.Destroy()
    1373         if Phase:
    1374             PhaseName = Phase['General']['Name']
    1375             if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
    1376                 sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
    1377             else:
    1378                 sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
    1379             sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
    1380             self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)       
    1381        
    1382     def OnImportCIF(self,event):
    1383         def ReadCIFPhase(filename):
    1384             import random as ran
    1385             import GSASIIlattice as G2lat
    1386             anisoNames = ['aniso_u_11','aniso_u_22','aniso_u_33','aniso_u_12','aniso_u_13','aniso_u_23']
    1387             file = open(filename, 'Ur')
    1388             Phase = {}
    1389             Title = ospath.split(filename)[-1]
    1390             print '\n Reading cif file: ',Title
    1391             Compnd = ''
    1392             Atoms = []
    1393             A = np.zeros(shape=(3,3))
    1394             S = file.readline()
    1395             while S:
    1396                 if '_symmetry_space_group_name_H-M' in S:
    1397                     SpGrp = S.split("_symmetry_space_group_name_H-M")[1].strip().strip('"').strip("'")
    1398                     E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
    1399                     if E:
    1400                         print ' ERROR in space group symbol ',SpGrp,' in file ',filename
    1401                         print ' N.B.: make sure spaces separate axial fields in symbol'
    1402                         print G2spc.SGErrors(E)
    1403                         return None
    1404                     S = file.readline()
    1405                 elif '_cell' in S:
    1406                     if '_cell_length_a' in S:
    1407                         a = S.split('_cell_length_a')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1408                     elif '_cell_length_b' in S:
    1409                         b = S.split('_cell_length_b')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1410                     elif '_cell_length_c' in S:
    1411                         c = S.split('_cell_length_c')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1412                     elif '_cell_angle_alpha' in S:
    1413                         alp = S.split('_cell_angle_alpha')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1414                     elif '_cell_angle_beta' in S:
    1415                         bet = S.split('_cell_angle_beta')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1416                     elif '_cell_angle_gamma' in S:
    1417                         gam = S.split('_cell_angle_gamma')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1418                     S = file.readline()
    1419                 elif 'loop_' in S:
    1420                     labels = {}
    1421                     i = 0
    1422                     while S:
    1423                         S = file.readline()
    1424                         if '_atom_site' in S.strip()[:10]:
    1425                             labels[S.strip().split('_atom_site_')[1].lower()] = i
    1426                             i += 1
    1427                         else:
    1428                             break
    1429                     if labels:
    1430                         if 'aniso_label' not in labels:
    1431                             while S:
    1432                                 atom = ['','','',0,0,0,1.0,'','','I',0.01,0,0,0,0,0,0]
    1433                                 S.strip()
    1434                                 if len(S.split()) != len(labels):
    1435                                     if 'loop_' in S:
    1436                                         break
    1437                                     S += file.readline().strip()
    1438                                 data = S.split()
    1439                                 if len(data) != len(labels):
    1440                                     break
    1441                                 for key in labels:
    1442                                     if key == 'type_symbol':
    1443                                         atom[1] = data[labels[key]]
    1444                                     elif key == 'label':
    1445                                         atom[0] = data[labels[key]]
    1446                                     elif key == 'fract_x':
    1447                                         atom[3] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
    1448                                     elif key == 'fract_y':
    1449                                         atom[4] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
    1450                                     elif key == 'fract_z':
    1451                                         atom[5] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
    1452                                     elif key == 'occupancy':
    1453                                         atom[6] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
    1454                                     elif key == 'thermal_displace_type':
    1455                                         if data[labels[key]].lower() == 'uiso':
    1456                                             atom[9] = 'I'
    1457                                             atom[10] = float(data[labels['u_iso_or_equiv']].split('(')[0])
    1458                                         else:
    1459                                             atom[9] = 'A'
    1460                                             atom[10] = 0.0
    1461 
    1462                                 atom[7],atom[8] = G2spc.SytSym(atom[3:6],SGData)
    1463                                 atom.append(ran.randint(0,sys.maxint))
    1464                                 Atoms.append(atom)
    1465                                 S = file.readline()
    1466                         else:
    1467                             while S:
    1468                                 S.strip()
    1469                                 data = S.split()
    1470                                 if len(data) != len(labels):
    1471                                     break
    1472                                 name = data[labels['aniso_label']]
    1473                                 for atom in Atoms:
    1474                                     if name == atom[0]:
    1475                                         for i,uname in enumerate(anisoNames):
    1476                                             atom[i+11] = float(data[labels[uname]].split('(')[0])
    1477                                 S = file.readline()
    1478 
    1479                 else:           
    1480                     S = file.readline()
    1481             file.close()
    1482             if Title:
    1483                 PhaseName = Title
    1484             else:
    1485                 PhaseName = 'None'
    1486             SGlines = G2spc.SGPrint(SGData)
    1487             for line in SGlines: print line
    1488             cell = [float(a),float(b),float(c),float(alp),float(bet),float(gam)]
    1489             Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell))
    1490             Phase['General'] = {'Name':PhaseName,'Type':'nuclear','SGData':SGData,
    1491                 'Cell':[False,]+cell+[Volume,]}
    1492             Phase['Atoms'] = Atoms
    1493             Phase['Drawing'] = {}
    1494             Phase['Histograms'] = {}
    1495 
    1496             return Phase
    1497 
    1498         dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose CIF file', '.', '',
    1499             'CIF file (*.cif)|*.cif',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
    1500         try:
    1501             if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    1502                 CIFfile = dlg.GetPath()
    1503                 Phase = ReadCIFPhase(CIFfile)
    1504         finally:
    1505             dlg.Destroy()
    1506         if Phase:
    1507             PhaseName = Phase['General']['Name']
    1508             if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
    1509                 sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
    1510             else:
    1511                 sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
    1512             sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
    1513             self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)
    1514             print Phase
    1515 '''
    1516 
    15171344    def OnExportPatterns(self,event):
    15181345        names = ['All']
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.