Changeset 485


Ignore:
Timestamp:
Feb 16, 2012 10:56:42 AM (10 years ago)
Author:
vondreele
Message:
 
Location:
trunk
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/G2importphase.py

    r484 r485  
    1818            extensionlist=('.pdb','.ent','.PDB','.ENT'),
    1919            strictExtension=True,
    20             formatName = 'PDF',
     20            formatName = 'PDB',
    2121            longFormatName = 'Original Protein Data Bank (.pdb file) import'
    2222            )
     
    3232        except Exception as detail:
    3333            print 'PDB read error:',detail # for testing
     34            traceback.print_exc(file=sys.stdout)
    3435            return False
    3536
  • trunk/GSASIIIO.py

    r482 r485  
    11281128            if 'AT' in key[6:8]:
    11291129                S = EXPphase[key]
    1130                 Atom = [int(S[56:60]),S[50:54].strip().upper(),S[54:56],
     1130                Atom = [S[56:60],S[50:54].strip().upper(),S[54:56],
    11311131                    S[46:51].strip(),S[:8].strip(),'',
    11321132                    float(S[16:24]),float(S[24:32]),float(S[32:40]),
     
    11931193            SpGrp = S[55:65]
    11941194            E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
    1195             if E:
    1196                 print ' ERROR in space group symbol ',SpGrp,' in file ',filename
    1197                 print ' N.B.: make sure spaces separate axial fields in symbol'
     1195            while E:
    11981196                print G2spc.SGErrors(E)
    1199                 return None
     1197                dlg = wx.TextEntryDialog(None,
     1198                    SpGrp[:-1]+' is invalid \nN.B.: make sure spaces separate axial fields in symbol',
     1199                    'ERROR in space group symbol','',style=wx.OK)
     1200                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     1201                    SpGrp = dlg.GetValue()
     1202                    E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
     1203                else:
     1204                    return None
     1205                dlg.Destroy()               
    12001206            SGlines = G2spc.SGPrint(SGData)
    12011207            for line in SGlines: print line
     
    12081214            XYZ = [float(S[31:39]),float(S[39:47]),float(S[47:55])]
    12091215            XYZ = np.inner(AB,XYZ)
     1216            XYZ = np.where(abs(XYZ)<0.00001,0,XYZ)
    12101217            SytSym,Mult = G2spc.SytSym(XYZ,SGData)
    12111218            Uiso = float(S[61:67])/EightPiSq
  • trunk/GSASIImath.py

    r484 r485  
    457457   
    458458    sigVals = [-0.001,-0.01,-0.01]
     459    sig = sigVals[M-3]
    459460    if 'covMatrix' in covData:
    460461        parmNames = []
    461462        dx = .00001
    462463        N = M*3
    463         sig = sigVals[M-3]
    464464        dadx = np.zeros(N)
    465465        for i in range(N):
  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r484 r485  
    18931893        SetupDrawingData()
    18941894        drawingData = data['Drawing']
    1895         print 'Rotation:',drawingData['Rotation']
    18961895        if generalData['Type'] == 'nuclear':
    18971896            pickChoice = ['Atoms','Bonds','Torsions','Planes']
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.