Changeset 4821 for trunk/GSASIIpwd.py


Ignore:
Timestamp:
Feb 19, 2021 2:24:19 PM (8 months ago)
Author:
toby
Message:

new peakfit mode in scripting: allow peak width terms to remain unchanged (neither refined nor calc from inst. params.); not accesible from GUI.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIpwd.py

    r4800 r4821  
    7272nxs = np.newaxis
    7373
    74 ################################################################################
    75 #### Powder utilities
    76 ################################################################################
    77 
     74#### Powder utilities ################################################################################
    7875def PhaseWtSum(G2frame,histo):
    7976    '''
     
    9592    return wtSum
    9693   
    97 ################################################################################
    98 #### GSASII pwdr & pdf calculation routines
    99 ################################################################################
    100        
     94#### GSASII pwdr & pdf calculation routines ################################################################################
    10195def Transmission(Geometry,Abs,Diam):
    10296    '''
     
    628622    return EvalLowPDF,GetCurrentVals,SetFinalVals
    629623
    630 ################################################################################       
    631 #### GSASII peak fitting routines: Finger, Cox & Jephcoat model       
    632 ################################################################################
    633 
     624#### GSASII peak fitting routines: Finger, Cox & Jephcoat model  ################################################################################
    634625def factorize(num):
    635626    ''' Provide prime number factors for integer num
     
    12791270    return G2lat.sortHKLd(HKLs,True,True,True)
    12801271
     1272peakInstPrmMode = True
     1273'''Determines the mode used for peak fitting. When peakInstPrmMode=True peak
     1274width parameters are computed from the instrument parameters (UVW,... or
     1275alpha,... etc) unless the individual parameter is refined. This allows the
     1276instrument parameters to be refined. When peakInstPrmMode=False, the instrument
     1277parameters are not used and cannot be refined.
     1278The default is peakFitMode=True.
     1279'''
     1280
     1281def setPeakInstPrmMode(normal=True):
     1282    '''Determines the mode used for peak fitting. If normal=True (default)
     1283    peak width parameters are computed from the instrument parameters
     1284    unless the individual parameter is refined. If normal=False,
     1285    peak widths are used as supplied for each peak.
     1286
     1287    Note that normal=True unless this routine is called. Also,
     1288    instrument parameters can only be refined with normal=True.
     1289
     1290    :param bool normal: setting to apply to global variable :var:`peakInstPrmMode`
     1291    '''
     1292    global peakInstPrmMode
     1293    peakInstPrmMode = normal
     1294
    12811295def getPeakProfile(dataType,parmDict,xdata,fixback,varyList,bakType):
    12821296    'Computes the profile for a powder pattern'
     
    13001314                intens = parmDict['int'+str(iPeak)]
    13011315                sigName = 'sig'+str(iPeak)
    1302                 if sigName in varyList:
     1316                if sigName in varyList or not peakInstPrmMode:
    13031317                    sig = parmDict[sigName]
    13041318                else:
     
    13061320                sig = max(sig,0.001)          #avoid neg sigma^2
    13071321                gamName = 'gam'+str(iPeak)
    1308                 if gamName in varyList:
     1322                if gamName in varyList or not peakInstPrmMode:
    13091323                    gam = parmDict[gamName]
    13101324                else:
     
    13381352                intens = parmDict['int'+str(iPeak)]
    13391353                alpName = 'alp'+str(iPeak)
    1340                 if alpName in varyList:
     1354                if alpName in varyList or not peakInstPrmMode:
    13411355                    alp = parmDict[alpName]
    13421356                else:
     
    13441358                alp = max(0.1,alp)
    13451359                betName = 'bet'+str(iPeak)
    1346                 if betName in varyList:
     1360                if betName in varyList or not peakInstPrmMode:
    13471361                    bet = parmDict[betName]
    13481362                else:
     
    13501364                bet = max(0.1,bet)
    13511365                sigName = 'sig'+str(iPeak)
    1352                 if sigName in varyList:
     1366                if sigName in varyList or not peakInstPrmMode:
    13531367                    sig = parmDict[sigName]
    13541368                else:
     
    13561370                sig = max(sig,0.001)          #avoid neg sigma^2
    13571371                gamName = 'gam'+str(iPeak)
    1358                 if gamName in varyList:
     1372                if gamName in varyList or not peakInstPrmMode:
    13591373                    gam = parmDict[gamName]
    13601374                else:
     
    13841398                intens = parmDict['int'+str(iPeak)]
    13851399                alpName = 'alp'+str(iPeak)
    1386                 if alpName in varyList:
     1400                if alpName in varyList or not peakInstPrmMode:
    13871401                    alp = parmDict[alpName]
    13881402                else:
     
    13931407                alp = max(0.1,alp)
    13941408                betName = 'bet'+str(iPeak)
    1395                 if betName in varyList:
     1409                if betName in varyList or not peakInstPrmMode:
    13961410                    bet = parmDict[betName]
    13971411                else:
     
    14021416                bet = max(0.0001,bet)
    14031417                sigName = 'sig'+str(iPeak)
    1404                 if sigName in varyList:
     1418                if sigName in varyList or not peakInstPrmMode:
    14051419                    sig = parmDict[sigName]
    14061420                else:
    14071421                    sig = G2mth.getTOFsig(parmDict,dsp)
    14081422                gamName = 'gam'+str(iPeak)
    1409                 if gamName in varyList:
     1423                if gamName in varyList or not peakInstPrmMode:
    14101424                    gam = parmDict[gamName]
    14111425                else:
     
    14671481                intens = parmDict['int'+str(iPeak)]
    14681482                sigName = 'sig'+str(iPeak)
    1469                 if sigName in varyList:
     1483                if sigName in varyList or not peakInstPrmMode:
    14701484                    sig = parmDict[sigName]
    14711485                    dsdU = dsdV = dsdW = 0
     
    14751489                sig = max(sig,0.001)          #avoid neg sigma
    14761490                gamName = 'gam'+str(iPeak)
    1477                 if gamName in varyList:
     1491                if gamName in varyList or not peakInstPrmMode:
    14781492                    gam = parmDict[gamName]
    14791493                    dgdX = dgdY = dgdZ = 0
     
    15401554                intens = parmDict['int'+str(iPeak)]
    15411555                alpName = 'alp'+str(iPeak)
    1542                 if alpName in varyList:
     1556                if alpName in varyList or not peakInstPrmMode:
    15431557                    alp = parmDict[alpName]
    15441558                    dada0 = dada1 = 0.0
     
    15481562                alp = max(0.0001,alp)
    15491563                betName = 'bet'+str(iPeak)
    1550                 if betName in varyList:
     1564                if betName in varyList or not peakInstPrmMode:
    15511565                    bet = parmDict[betName]
    15521566                    dbdb0 = dbdb1 = 0.0
     
    15561570                bet = max(0.0001,bet)
    15571571                sigName = 'sig'+str(iPeak)
    1558                 if sigName in varyList:
     1572                if sigName in varyList or not peakInstPrmMode:
    15591573                    sig = parmDict[sigName]
    15601574                    dsdU = dsdV = dsdW = 0
     
    15641578                sig = max(sig,0.001)          #avoid neg sigma
    15651579                gamName = 'gam'+str(iPeak)
    1566                 if gamName in varyList:
     1580                if gamName in varyList or not peakInstPrmMode:
    15671581                    gam = parmDict[gamName]
    15681582                    dgdX = dgdY = dgdZ = 0
     
    16251639                intens = parmDict['int'+str(iPeak)]
    16261640                alpName = 'alp'+str(iPeak)
    1627                 if alpName in varyList:
     1641                if alpName in varyList or not peakInstPrmMode:
    16281642                    alp = parmDict[alpName]
    16291643                else:
     
    16351649                        dada0 = G2mth.getTOFalphaDeriv(dsp)
    16361650                betName = 'bet'+str(iPeak)
    1637                 if betName in varyList:
     1651                if betName in varyList or not peakInstPrmMode:
    16381652                    bet = parmDict[betName]
    16391653                else:
     
    16451659                        dbdb0,dbdb1,dbdb2 = G2mth.getTOFbetaDeriv(dsp)
    16461660                sigName = 'sig'+str(iPeak)
    1647                 if sigName in varyList:
     1661                if sigName in varyList or not peakInstPrmMode:
    16481662                    sig = parmDict[sigName]
    16491663                    dsds0 = dsds1 = dsds2 = dsds3 = 0
     
    16521666                    dsds0,dsds1,dsds2,dsds3 = G2mth.getTOFsigDeriv(dsp)
    16531667                gamName = 'gam'+str(iPeak)
    1654                 if gamName in varyList:
     1668                if gamName in varyList or not peakInstPrmMode:
    16551669                    gam = parmDict[gamName]
    16561670                    dsdX = dsdY = dsdZ = 0
     
    20072021                sigName = 'sig'+str(iPeak)
    20082022                pos = parmDict['pos'+str(iPeak)]
    2009                 if sigName not in varyList:
     2023                if sigName not in varyList and peakInstPrmMode:
    20102024                    if 'T' in Inst['Type'][0]:
    20112025                        dsp = G2lat.Pos2dsp(Inst,pos)
     
    20142028                        parmDict[sigName] = G2mth.getCWsig(parmDict,pos)
    20152029                gamName = 'gam'+str(iPeak)
    2016                 if gamName not in varyList:
     2030                if gamName not in varyList and peakInstPrmMode:
    20172031                    if 'T' in Inst['Type'][0]:
    20182032                        dsp = G2lat.Pos2dsp(Inst,pos)
     
    20712085            for j in range(len(names)):
    20722086                parName = names[j]+str(i)
    2073                 if parName in varyList:
     2087                if parName in varyList or not peakInstPrmMode:
    20742088                    peak[2*j] = parmDict[parName]
    20752089                elif 'alp' in parName:
     
    21752189        varyList = bakVary+insVary+peakVary
    21762190    fullvaryList = varyList[:]
     2191    if not peakInstPrmMode:
     2192        for v in ('U','V','W','X','Y','Z','alpha','alpha-0','alpha-1',
     2193            'beta-0','beta-1','beta-q','sig-0','sig-1','sig-2','sig-q',):
     2194            if v in varyList:
     2195                raise Exception('Instrumental profile terms cannot be varied '+
     2196                                    'after setPeakInstPrmMode(False) is used')
    21772197    while True:
    21782198        begin = time.time()
     
    22952315    return YI,WYI
    22962316
    2297 ################################################################################
    2298 #### RMCutilities
    2299 ################################################################################
    2300    
     2317#### RMCutilities ################################################################################
    23012318def MakeInst(PWDdata,Name,Size,Mustrain,useSamBrd):
    23022319    inst = PWDdata['Instrument Parameters'][0]
     
    30303047    return np.array(bondAngles)
    30313048   
    3032 ################################################################################
    3033 #### Reflectometry calculations
    3034 ################################################################################
    3035 
     3049#### Reflectometry calculations ################################################################################
    30363050def REFDRefine(Profile,ProfDict,Inst,Limits,Substances,data):
    30373051    G2fil.G2Print ('fit REFD data by '+data['Minimizer']+' using %.2f%% data resolution'%(data['Resolution'][0]))
     
    34663480
    34673481   
    3468 ################################################################################
    3469 #### Stacking fault simulation codes
    3470 ################################################################################
    3471 
     3482#### Stacking fault simulation codes ################################################################################
    34723483def GetStackParms(Layers):
    34733484   
     
    38813892    G2fil.G2Print (' GETSAD time = %.2fs'%(time.time()-time0))
    38823893   
    3883 ###############################################################################
    3884 #### Maximum Entropy Method - Dysnomia
    3885 ###############################################################################
    3886    
     3894#### Maximum Entropy Method - Dysnomia ###############################################################################
    38873895def makePRFfile(data,MEMtype):
    38883896    ''' makes Dysnomia .prf control file from Dysnomia GUI controls
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.