Changeset 4763 for trunk/GSASIIphsGUI.py


Ignore:
Timestamp:
Jan 13, 2021 4:34:34 PM (3 years ago)
Author:
vondreele
Message:

cleanup tif import for PIL use - remove commented lines
move getAtomPtrs from G2phsGUI to G2math & correct all ses; add a few new ones as well
Add new Atoms/Edit? Atoms/Collect? atoms - it moves atoms to equivalents closest to x, y, z axes, origin or cell center

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r4759 r4763  
    11981198    dlg.Destroy()
    11991199    return indx
    1200 
    1201 def getAtomPtrs(data,draw=False):
    1202     ''' get atom data pointers cx,ct,cs,cia in Atoms or Draw Atoms lists
    1203     NB:may not match column numbers in displayed table
    1204    
    1205         param: dict: data phase data structure
    1206         draw: boolean True if Draw Atoms list pointers are required
    1207         return: cx,ct,cs,cia pointers to atom xyz, type, site sym, uiso/aniso flag
    1208     '''
    1209     if draw:
    1210         return data['Drawing']['atomPtrs']
    1211     else:
    1212         return data['General']['AtomPtrs']
    12131200
    12141201def SetPhaseWindow(phasePage,mainSizer=None,Scroll=0):
    … …  
    36503637        '''Inserts a new atom into list immediately before every selected atom
    36513638        '''
    3652         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data)     
     3639        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data)     
    36533640        indx = getAtomSelections(Atoms,ct-1)
    36543641        for a in reversed(sorted(indx)):
    … …  
    36713658        '''Adds H atoms to fill out coordination sphere for selected atoms
    36723659        '''
    3673         cx,ct,cs,cia = getAtomPtrs(data)     
     3660        cx,ct,cs,cia = G2mth.getAtomPtrs(data)     
    36743661        indx = getAtomSelections(Atoms,ct-1)
    36753662        if not indx: return
    … …  
    37943781       
    37953782    def OnAtomMove(event):
    3796         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data)     
     3783        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data)     
    37973784        indx = getAtomSelections(Atoms,ct-1)
    37983785        drawData = data['Drawing']
    … …  
    38413828
    38423829    def AtomDelete(event):
    3843         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data)     
     3830        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data)     
    38443831        indx = getAtomSelections(Atoms)
    38453832        colLabels = [Atoms.GetColLabelValue(c) for c in range(Atoms.GetNumberCols())]
    … …  
    38773864       
    38783865    def AtomRefine(event):
    3879         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data)     
     3866        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data)     
    38803867        indx = getAtomSelections(Atoms,ct-1)
    38813868        if not indx: return
    … …  
    39023889
    39033890    def AtomModify(event):
    3904         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data)     
     3891        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data)     
    39053892        indx = getAtomSelections(Atoms,ct-1)
    39063893        if not indx: return
    … …  
    40134000
    40144001    def AtomTransform(event):
    4015         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data)     
     4002        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data)     
    40164003        indx = getAtomSelections(Atoms,ct-1)
    40174004        if not indx: return
    … …  
    40834070#            'yz':np.array([[0,i,j] for i in range(3) for j in range(3)])-np.array([1,1,0]),
    40844071#            'xyz':np.array([[i,j,k] for i in range(3) for j in range(3) for k in range(3)])-np.array([1,1,1])}
    4085 #        cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data)     
     4072#        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data)     
    40864073#        indx = getAtomSelections(Atoms,ct-1)
    40874074#        if indx:
    … …  
    41264113#            print "select one or more rows of atoms"
    41274114#            G2frame.ErrorDialog('Select atom',"select one or more atoms then redo")
     4115
     4116    def CollectAtoms(event):
     4117        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data)     
     4118        Ind = getAtomSelections(Atoms,ct-1)
     4119        if Ind:
     4120            choice = ['x=0','y=0','z=0','origin','center']
     4121            dlg = wx.SingleChoiceDialog(G2frame,'Atoms closest to:','Select',choice)
     4122            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     4123                sel = dlg.GetSelection()+1
     4124                dlg.Destroy()
     4125            else:
     4126                dlg.Destroy()
     4127                return
     4128            wx.BeginBusyCursor()
     4129            data['Atoms'] = G2mth.AtomsCollect(data,Ind,sel)
     4130            wx.EndBusyCursor()
     4131            Atoms.ClearSelection()
     4132            data['Drawing']['Atoms'] = []
     4133            OnReloadDrawAtoms(event)           
     4134            FillAtomsGrid(Atoms)
    41284135               
    41294136    def MakeMolecule(event):     
    4130         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data)     
     4137        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data)     
    41314138        indx = getAtomSelections(Atoms,ct-1)
    41324139        DisAglCtls = {}
    … …  
    41814188    def OnDistAngle(event,fp=None,hist=False):
    41824189        'Compute distances and angles'   
    4183         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data)     
     4190        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data)     
    41844191        indx = getAtomSelections(Atoms,ct-1)
    41854192        Oxyz = []
    … …  
    42524259    def OnFracSplit(event):
    42534260        'Split atom frac accordintg to atom type & refined site fraction'   
    4254         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data)     
     4261        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data)     
    42554262        indx = getAtomSelections(Atoms,ct-1)
    42564263        if indx:
    … …  
    74447451       
    74457452    def OnRestraint(event):
    7446         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data,draw=True)     
     7453        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data,draw=True)     
    74477454        indx = getAtomSelections(drawAtoms,ct-1)
    74487455        if not indx: return
    … …  
    75007507
    75017508    def OnDefineRB(event):
    7502         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data,draw=True)     
     7509        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data,draw=True)     
    75037510        indx = getAtomSelections(drawAtoms,ct-1)
    75047511        if not indx: return
    … …  
    77637770
    77647771    def DrawAtomStyle(event):
    7765         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data,draw=True)     
     7772        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data,draw=True)     
    77667773        indx = getAtomSelections(drawAtoms,ct-1)
    77677774        if not indx: return
    … …  
    77857792
    77867793    def DrawAtomLabel(event):
    7787         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data,draw=True)     
     7794        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data,draw=True)     
    77887795        indx = getAtomSelections(drawAtoms,ct-1)
    77897796        if not indx: return
    … …  
    78057812           
    78067813    def DrawAtomColor(event):
    7807         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data,draw=True)     
     7814        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data,draw=True)     
    78087815        indx = getAtomSelections(drawAtoms,ct-1)
    78097816        if not indx: return
    … …  
    78657872       
    78667873    def SetViewPoint(event):
    7867         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data,draw=True)     
     7874        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data,draw=True)     
    78687875        indx = getAtomSelections(drawAtoms,ct-1)
    78697876        if not indx: return
    … …  
    78817888               
    78827889    def AddSymEquiv(event):
    7883         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data,draw=True)     
     7890        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data,draw=True)     
    78847891        indx = getAtomSelections(drawAtoms,ct-1)
    78857892        if not indx: return
    … …  
    79367943           
    79377944    def AddSphere(event):
    7938         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data,draw=True)     
     7945        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data,draw=True)     
    79397946        indx = getAtomSelections(drawAtoms,ct-1,'as center of sphere addition',
    79407947                                     includeView=True)
    … …  
    81358142        added = 0
    81368143        targets = [item for item in atomTypes if params[item]]
    8137         cx,ct,cs,ci = getAtomPtrs(data,draw=True)
     8144        cx,ct,cs,ci = G2mth.getAtomPtrs(data,draw=True)
    81388145        rep = 0
    81398146        allrep = 0
    … …  
    1268212689        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnAtomMove, id=G2G.wxID_ATOMMOVE)
    1268312690        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, MakeMolecule, id=G2G.wxID_MAKEMOLECULE)
     12691        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, CollectAtoms, id=G2G.wxID_COLLECTATOMS)
    1268412692        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnReloadDrawAtoms, id=G2G.wxID_RELOADDRAWATOMS)
    1268512693        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnDistAngle, id=G2G.wxID_ATOMSDISAGL)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.