Changeset 469


Ignore:
Timestamp:
Feb 3, 2012 2:55:41 PM (12 years ago)
Author:
toby
Message:

rework phase import

Location:
trunk
Files:
19 added
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASII.py

    r468 r469  
    1717import time
    1818import copy
     19import glob
     20import imp
     21import inspect
    1922import numpy as np
    2023import scipy as sp
    … …  
    7881] = [wx.NewId() for _init_coll_Data_Items in range(10)]
    7982
    80 [wxID_IMPORT, wxID_IMPORTPATTERN, wxID_IMPORTHKL, wxID_IMPORTPHASE,
    81 wxID_IMPORTCIF, wxID_IMPORTPDB, 
    82 ] = [wx.NewId() for _init_coll_Import_Items in range(6)]
     83[wxID_IMPORT, wxID_IMPORTPATTERN, wxID_IMPORTHKL
     84#, wxID_IMPORTPHASE,
     85#wxID_IMPORTCIF, wxID_IMPORTPDB, 
     86] = [wx.NewId() for _init_coll_Import_Items in range(3)]
    8387
    8488[wxID_EXPORT, wxID_EXPORTPATTERN, wxID_EXPORTHKL, wxID_EXPORTPHASE,
    … …  
    165169        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnSolve, id=wxID_SOLVE)
    166170       
     171    def _init_Import_Phase(self,parent):
     172        '''import all the G2importphase*.py files that are found in the
     173        path and configure the Import Phase menus accordingly
     174        '''
     175
     176        path2GSAS2 = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__)) # location of this file
     177        pathlist = sys.path[:]
     178        if path2GSAS2 not in pathlist: pathlist.append(path2GSAS2)
     179        filelist = []
     180        for path in pathlist:
     181            for filename in glob.iglob(os.path.join(path, "G2importphase*.py")):
     182                filelist.append(filename)   
     183                #print 'found',filename
     184        filelist = sorted(list(set(filelist))) # remove duplicates
     185        self.ImportPhaseReaderlist = []
     186        for filename in filelist:
     187            path,rootname = os.path.split(filename)
     188            pkg = os.path.splitext(rootname)[0]
     189            try:
     190                fp = None
     191                fp, fppath,desc = imp.find_module(pkg,[path,])
     192                pkg = imp.load_module(pkg,fp,fppath,desc)
     193                for clss in inspect.getmembers(pkg): # find classes defined in package
     194                    if clss[0].startswith('_'): continue
     195                    if inspect.isclass(clss[1]):
     196                        # check if we have the required methods
     197                        for m in 'Reader','ExtensionValidator','ContentsValidator':
     198                            if not hasattr(clss[1],m): break
     199                            if not callable(getattr(clss[1],m)): break
     200                        else:
     201                            reader = clss[1]() # create a phase import instance
     202                            self.ImportPhaseReaderlist.append(reader)
     203            except AttributeError:
     204                print 'Import_Phase: Attribute Error',filename
     205                pass
     206            except ImportError:
     207                print 'Import_Phase: Error importing file',filename
     208                pass
     209            finally:
     210                if fp: fp.close()
     211        item = parent.Append(wx.ID_ANY, help='Import phase data',
     212                      kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import Phase (generic)...')
     213        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhaseGeneric, id=item.GetId())
     214        submenu = wx.Menu()
     215        item = parent.AppendMenu(wx.ID_ANY, 'Import Phase (specific)',
     216                                 submenu,
     217                                 help='Import phase data')
     218        self.PhaseImportMenuId = {}
     219        for reader in self.ImportPhaseReaderlist:
     220            item = submenu.Append(wx.ID_ANY,
     221                                  help='Import specific format phase data',
     222                                  kind=wx.ITEM_NORMAL,
     223                                  text='Import Phase '+reader.formatName+'...')
     224            self.PhaseImportMenuId[item.GetId()] = reader
     225            self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhaseGeneric, id=item.GetId())
     226
     227    def OnImportPhaseGeneric(self,event):
     228        # find out which format was requested
     229        reader = self.PhaseImportMenuId.get(event.GetId())
     230        if reader is None:
     231            #print "use all formats"
     232            readerlist = self.ImportPhaseReaderlist
     233            choices = "any file (*.*)|*.*"
     234            extdict = {}
     235            # compile a list of allowed extensions
     236            for rd in readerlist:
     237                fmt = rd.formatName
     238                for extn in rd.extensionlist:
     239                    if not extdict.get(extn): extdict[extn] = []
     240                    extdict[extn] += [fmt,]
     241            for extn in sorted(extdict.keys(),
     242                               cmp=lambda x,y: cmp(x.lower(), y.lower())):
     243                fmt = ''
     244                for f in extdict[extn]:
     245                    if fmt != "": fmt += ', '
     246                    fmt += f
     247                choices += "|" + fmt + " file (*" + extn + ")|*" + extn
     248        else:
     249            readerlist = [reader,]
     250            # compile a list of allowed extensions
     251            choices = reader.formatName + " file ("
     252            w = ""
     253            for extn in reader.extensionlist:
     254                if w != "": w += ";"
     255                w += "*" + extn
     256            choices += w + ")|" + w
     257            if not reader.strictExtension:
     258                choices += "|any file (*.*)|*.*"
     259        # get the file
     260        dlg = wx.FileDialog(
     261            self, message="Choose phase input file",
     262            #defaultDir=os.getcwd(),
     263            defaultFile="",
     264            wildcard=choices,
     265            style=wx.OPEN | wx.CHANGE_DIR
     266            )
     267        try:
     268            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     269                file = dlg.GetPath()
     270            else: # cancel was pressed
     271                return
     272        finally:
     273            dlg.Destroy()
     274        # set what formats are compatible with this file
     275        primaryReaders = []
     276        secondaryReaders = []
     277        for reader in readerlist:
     278            flag = reader.ExtensionValidator(file)
     279            if flag is None:
     280                secondaryReaders.append(reader)
     281            elif flag:
     282                primaryReaders.append(reader)
     283        if len(secondaryReaders) + len(primaryReaders) == 0:
     284            self.ErrorDialog('No matching format for file '+file,'No Format')
     285            return
     286       
     287        fp = None
     288        try:
     289            fp = open(file,'r')
     290            # try the file first with Readers that specify the
     291            # files extension and later with ones that allow it
     292            for rd in primaryReaders+secondaryReaders:
     293                if not rd.ContentsValidator(fp):
     294                    continue # rejected on cursory check
     295                #flag = rd.Reader(file,fp,self)
     296                try:
     297                    flag = rd.Reader(file,fp,self)
     298                except:
     299                    self.ErrorDialog('Error reading file '+file
     300                                     +' with format '+ rd.formatName,
     301                                     'Read Error')
     302                    continue
     303                if not flag: continue
     304                dlg = wx.TextEntryDialog( # allow editing of phase name
     305                    self, 'Enter the name for the new phase',
     306                    'Edit phase name', rd.Phase['General']['Name'],
     307                    style=wx.OK)
     308                #dlg.SetValue("Python is the best!")
     309                dlg.CenterOnParent()
     310                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     311                    rd.Phase['General']['Name'] = dlg.GetValue()
     312                dlg.Destroy()
     313                PhaseName = rd.Phase['General']['Name']
     314                if not G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases'):
     315                    sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='Phases')
     316                else:
     317                    sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
     318                psub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
     319                self.PatternTree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
     320                self.PatternTree.Expand(self.root) # make sure phases are seen
     321                self.PatternTree.Expand(sub)
     322                self.PatternTree.Expand(psub)
     323                return # success
     324        except:
     325            self.ErrorDialog('Error on open of file '+file,'Open Error')
     326        finally:
     327            if fp: fp.close()
     328
     329        return
     330       
     331
    167332    def _init_coll_Import_Items(self,parent):
    168         self.ImportPhase = parent.Append(help='Import phase data from GSAS EXP file',
    169             id=wxID_IMPORTPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import GSAS EXP Phase...')
    170         self.ImportPDB = parent.Append(help='Import phase data from PDB file',
    171             id=wxID_IMPORTPDB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import PDB Phase...')
    172         self.ImportCIF = parent.Append(help='Import phase data from cif file',id=wxID_IMPORTCIF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
    173             text='Import CIF Phase...')
     333#        self.ImportPhase = parent.Append(help='Import phase data from GSAS EXP file',
     334#            id=wxID_IMPORTPHASE, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import GSAS EXP Phase...')
     335#        self.ImportPDB = parent.Append(help='Import phase data from PDB file',
     336#            id=wxID_IMPORTPDB, kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Import PDB Phase...')
     337#        self.ImportCIF = parent.Append(help='Import phase data from cif file',id=wxID_IMPORTCIF, kind=wx.ITEM_NORMAL,
     338#            text='Import CIF Phase...')
    174339        self.ImportPattern = parent.Append(help='',id=wxID_IMPORTPATTERN, kind=wx.ITEM_NORMAL,
    175340            text='Import Powder Pattern...')
    176341        self.ImportHKL = parent.Append(help='',id=wxID_IMPORTHKL, kind=wx.ITEM_NORMAL,
    177342            text='Import HKLs...')
    178         self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=wxID_IMPORTPHASE)
    179         self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPDB, id=wxID_IMPORTPDB)
    180         self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportCIF, id=wxID_IMPORTCIF)
     343#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPhase, id=wxID_IMPORTPHASE)
     344#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPDB, id=wxID_IMPORTPDB)
     345#        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportCIF, id=wxID_IMPORTCIF)
    181346        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportPattern, id=wxID_IMPORTPATTERN)
    182347        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnImportHKL, id=wxID_IMPORTHKL)
    … …  
    220385        self._init_coll_Data_Items(self.Data)
    221386        self._init_coll_Calculate_Items(self.Calculate)
     387        self._init_Import_Phase(self.Import)
    222388        self._init_coll_Import_Items(self.Import)
    223389        self._init_coll_Export_Items(self.Export)
    … …  
    11771343            dlg.Destroy()
    11781344       
     1345    ''' replaced -- delete soon
    11791346    def OnImportPhase(self,event):
    11801347        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose GSAS EXP file', '.', '',
    … …  
    12151382       
    12161383    def OnImportCIF(self,event):
     1384        def ReadCIFPhase(filename):
     1385            import random as ran
     1386            import GSASIIlattice as G2lat
     1387            anisoNames = ['aniso_u_11','aniso_u_22','aniso_u_33','aniso_u_12','aniso_u_13','aniso_u_23']
     1388            file = open(filename, 'Ur')
     1389            Phase = {}
     1390            Title = ospath.split(filename)[-1]
     1391            print '\n Reading cif file: ',Title
     1392            Compnd = ''
     1393            Atoms = []
     1394            A = np.zeros(shape=(3,3))
     1395            S = file.readline()
     1396            while S:
     1397                if '_symmetry_space_group_name_H-M' in S:
     1398                    SpGrp = S.split("_symmetry_space_group_name_H-M")[1].strip().strip('"').strip("'")
     1399                    E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
     1400                    if E:
     1401                        print ' ERROR in space group symbol ',SpGrp,' in file ',filename
     1402                        print ' N.B.: make sure spaces separate axial fields in symbol'
     1403                        print G2spc.SGErrors(E)
     1404                        return None
     1405                    S = file.readline()
     1406                elif '_cell' in S:
     1407                    if '_cell_length_a' in S:
     1408                        a = S.split('_cell_length_a')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
     1409                    elif '_cell_length_b' in S:
     1410                        b = S.split('_cell_length_b')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
     1411                    elif '_cell_length_c' in S:
     1412                        c = S.split('_cell_length_c')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
     1413                    elif '_cell_angle_alpha' in S:
     1414                        alp = S.split('_cell_angle_alpha')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
     1415                    elif '_cell_angle_beta' in S:
     1416                        bet = S.split('_cell_angle_beta')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
     1417                    elif '_cell_angle_gamma' in S:
     1418                        gam = S.split('_cell_angle_gamma')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
     1419                    S = file.readline()
     1420                elif 'loop_' in S:
     1421                    labels = {}
     1422                    i = 0
     1423                    while S:
     1424                        S = file.readline()
     1425                        if '_atom_site' in S.strip()[:10]:
     1426                            labels[S.strip().split('_atom_site_')[1].lower()] = i
     1427                            i += 1
     1428                        else:
     1429                            break
     1430                    if labels:
     1431                        if 'aniso_label' not in labels:
     1432                            while S:
     1433                                atom = ['','','',0,0,0,1.0,'','','I',0.01,0,0,0,0,0,0]
     1434                                S.strip()
     1435                                if len(S.split()) != len(labels):
     1436                                    if 'loop_' in S:
     1437                                        break
     1438                                    S += file.readline().strip()
     1439                                data = S.split()
     1440                                if len(data) != len(labels):
     1441                                    break
     1442                                for key in labels:
     1443                                    if key == 'type_symbol':
     1444                                        atom[1] = data[labels[key]]
     1445                                    elif key == 'label':
     1446                                        atom[0] = data[labels[key]]
     1447                                    elif key == 'fract_x':
     1448                                        atom[3] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
     1449                                    elif key == 'fract_y':
     1450                                        atom[4] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
     1451                                    elif key == 'fract_z':
     1452                                        atom[5] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
     1453                                    elif key == 'occupancy':
     1454                                        atom[6] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
     1455                                    elif key == 'thermal_displace_type':
     1456                                        if data[labels[key]].lower() == 'uiso':
     1457                                            atom[9] = 'I'
     1458                                            atom[10] = float(data[labels['u_iso_or_equiv']].split('(')[0])
     1459                                        else:
     1460                                            atom[9] = 'A'
     1461                                            atom[10] = 0.0
     1462
     1463                                atom[7],atom[8] = G2spc.SytSym(atom[3:6],SGData)
     1464                                atom.append(ran.randint(0,sys.maxint))
     1465                                Atoms.append(atom)
     1466                                S = file.readline()
     1467                        else:
     1468                            while S:
     1469                                S.strip()
     1470                                data = S.split()
     1471                                if len(data) != len(labels):
     1472                                    break
     1473                                name = data[labels['aniso_label']]
     1474                                for atom in Atoms:
     1475                                    if name == atom[0]:
     1476                                        for i,uname in enumerate(anisoNames):
     1477                                            atom[i+11] = float(data[labels[uname]].split('(')[0])
     1478                                S = file.readline()
     1479
     1480                else:           
     1481                    S = file.readline()
     1482            file.close()
     1483            if Title:
     1484                PhaseName = Title
     1485            else:
     1486                PhaseName = 'None'
     1487            SGlines = G2spc.SGPrint(SGData)
     1488            for line in SGlines: print line
     1489            cell = [float(a),float(b),float(c),float(alp),float(bet),float(gam)]
     1490            Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell))
     1491            Phase['General'] = {'Name':PhaseName,'Type':'nuclear','SGData':SGData,
     1492                'Cell':[False,]+cell+[Volume,]}
     1493            Phase['Atoms'] = Atoms
     1494            Phase['Drawing'] = {}
     1495            Phase['Histograms'] = {}
     1496
     1497            return Phase
     1498
    12171499        dlg = wx.FileDialog(self, 'Choose CIF file', '.', '',
    12181500            'CIF file (*.cif)|*.cif',wx.OPEN|wx.CHANGE_DIR)
    … …  
    12201502            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    12211503                CIFfile = dlg.GetPath()
    1222                 Phase = G2IO.ReadCIFPhase(CIFfile)
     1504                Phase = ReadCIFPhase(CIFfile)
    12231505        finally:
    12241506            dlg.Destroy()
    … …  
    12301512                sub = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Phases')
    12311513            sub = self.PatternTree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
    1232             self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)       
    1233        
     1514            self.PatternTree.SetItemPyData(sub,Phase)
     1515            print Phase
     1516'''
     1517
    12341518    def OnExportPatterns(self,event):
    12351519        names = ['All']

  • trunk/GSASIIIO.py

    r468 r469  
    15651565   
    15661566    return Phase
    1567    
    1568 def ReadCIFPhase(filename):
    1569     anisoNames = ['aniso_u_11','aniso_u_22','aniso_u_33','aniso_u_12','aniso_u_13','aniso_u_23']
    1570     file = open(filename, 'Ur')
    1571     Phase = {}
    1572     Title = ospath.split(filename)[-1]
    1573     print '\n Reading cif file: ',Title
    1574     Compnd = ''
    1575     Atoms = []
    1576     A = np.zeros(shape=(3,3))
    1577     S = file.readline()
    1578     while S:
    1579         if '_symmetry_space_group_name_H-M' in S:
    1580             SpGrp = S.split("_symmetry_space_group_name_H-M")[1].strip().strip('"').strip("'")
    1581             E,SGData = G2spc.SpcGroup(SpGrp)
    1582             if E:
    1583                 print ' ERROR in space group symbol ',SpGrp,' in file ',filename
    1584                 print ' N.B.: make sure spaces separate axial fields in symbol'
    1585                 print G2spc.SGErrors(E)
    1586                 return None
    1587             S = file.readline()
    1588         elif '_cell' in S:
    1589             if '_cell_length_a' in S:
    1590                 a = S.split('_cell_length_a')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1591             elif '_cell_length_b' in S:
    1592                 b = S.split('_cell_length_b')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1593             elif '_cell_length_c' in S:
    1594                 c = S.split('_cell_length_c')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1595             elif '_cell_angle_alpha' in S:
    1596                 alp = S.split('_cell_angle_alpha')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1597             elif '_cell_angle_beta' in S:
    1598                 bet = S.split('_cell_angle_beta')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1599             elif '_cell_angle_gamma' in S:
    1600                 gam = S.split('_cell_angle_gamma')[1].strip().strip('"').strip("'").split('(')[0]
    1601             S = file.readline()
    1602         elif 'loop_' in S:
    1603             labels = {}
    1604             i = 0
    1605             while S:
    1606                 S = file.readline()
    1607                 if '_atom_site' in S.strip()[:10]:
    1608                     labels[S.strip().split('_atom_site_')[1].lower()] = i
    1609                     i += 1
    1610                 else:
    1611                     break
    1612             if labels:
    1613                 if 'aniso_label' not in labels:
    1614                     while S:
    1615                         atom = ['','','',0,0,0,1.0,'','','I',0.01,0,0,0,0,0,0]
    1616                         S.strip()
    1617                         if len(S.split()) != len(labels):
    1618                             if 'loop_' in S:
    1619                                 break
    1620                             S += file.readline().strip()
    1621                         data = S.split()
    1622                         if len(data) != len(labels):
    1623                             break
    1624                         for key in labels:
    1625                             if key == 'type_symbol':
    1626                                 atom[1] = data[labels[key]]
    1627                             elif key == 'label':
    1628                                 atom[0] = data[labels[key]]
    1629                             elif key == 'fract_x':
    1630                                 atom[3] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
    1631                             elif key == 'fract_y':
    1632                                 atom[4] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
    1633                             elif key == 'fract_z':
    1634                                 atom[5] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
    1635                             elif key == 'occupancy':
    1636                                 atom[6] = float(data[labels[key]].split('(')[0])
    1637                             elif key == 'thermal_displace_type':
    1638                                 if data[labels[key]].lower() == 'uiso':
    1639                                     atom[9] = 'I'
    1640                                     atom[10] = float(data[labels['u_iso_or_equiv']].split('(')[0])
    1641                                 else:
    1642                                     atom[9] = 'A'
    1643                                     atom[10] = 0.0
    1644                                    
    1645                         atom[7],atom[8] = G2spc.SytSym(atom[3:6],SGData)
    1646                         atom.append(ran.randint(0,sys.maxint))
    1647                         Atoms.append(atom)
    1648                         S = file.readline()
    1649                 else:
    1650                     while S:
    1651                         S.strip()
    1652                         data = S.split()
    1653                         if len(data) != len(labels):
    1654                             break
    1655                         name = data[labels['aniso_label']]
    1656                         for atom in Atoms:
    1657                             if name == atom[0]:
    1658                                 for i,uname in enumerate(anisoNames):
    1659                                     atom[i+11] = float(data[labels[uname]].split('(')[0])
    1660                         S = file.readline()
    1661                                                                        
    1662         else:           
    1663             S = file.readline()
    1664     file.close()
    1665     if Title:
    1666         PhaseName = Title
    1667     else:
    1668         PhaseName = 'None'
    1669     SGlines = G2spc.SGPrint(SGData)
    1670     for line in SGlines: print line
    1671     cell = [float(a),float(b),float(c),float(alp),float(bet),float(gam)]
    1672     Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell))
    1673     Phase['General'] = {'Name':PhaseName,'Type':'nuclear','SGData':SGData,
    1674         'Cell':[False,]+cell+[Volume,]}
    1675     Phase['Atoms'] = Atoms
    1676     Phase['Drawing'] = {}
    1677     Phase['Histograms'] = {}
    1678    
    1679     return Phase
    1680 
     1567
     1568######################################################################
     1569# base classes for reading various types of data files
     1570#   not used directly, only by subclassing
     1571######################################################################
     1572E,SGData = G2spc.SpcGroup('P 1') # data structure for default space group
     1573class ImportPhase(object):
     1574    '''Defines a base class for the reading of files with coordinates
     1575    '''
     1576    def __init__(self,
     1577                 formatName,
     1578                 longFormatName=None,
     1579                 extensionlist=[],
     1580                 strictExtension=False,
     1581                 ):
     1582        self.formatName = formatName # short string naming file type
     1583        if longFormatName: # longer string naming file type
     1584            self.longFormatName = longFormatName
     1585        else:
     1586            self.longFormatName = formatName
     1587        # define extensions that are allowed for the file type
     1588        # for windows, remove any extensions that are duplicate, if case is ignored
     1589        if sys.platform == 'windows' and extensionlist:
     1590            extensionlist = list(set([s.lower() for s in extensionlist]))
     1591        self.extensionlist = extensionlist
     1592        # If strictExtension is True, the file will not be read, unless
     1593        # the extension matches one in the extensionlist
     1594        self.strictExtension = strictExtension
     1595        # define a default Phase structure
     1596        self.Phase = {}
     1597        for i in 'General', 'Atoms', 'Drawing', 'Histograms':
     1598            self.Phase[i] = {}
     1599        self.Phase['General']['Name'] = 'default'
     1600        self.Phase['General']['Type'] = 'nuclear'
     1601        self.Phase['General']['SGData'] = SGData
     1602        self.Phase['General']['Cell'] = [
     1603            False, # refinement flag
     1604            1.,1.,1.,    # a,b,c
     1605            90.,90.,90., # alpha, beta, gamma
     1606            1.           # volume
     1607            ]
     1608        self.warnings = ''
     1609        self.errors = ''
     1610        #print 'created',self.__class__
     1611
     1612    def PhaseSelector(self, ChoiceList, ParentFrame=None,
     1613                      title='Select a phase', size=None):
     1614        ''' Provide a wx dialog to select a phase if the file contains more
     1615        than one
     1616        '''
     1617        dlg = wx.SingleChoiceDialog(
     1618            ParentFrame,
     1619            title,
     1620            'Phase Selection',
     1621            ChoiceList,
     1622            )
     1623        if size: dlg.SetSize(size)
     1624        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     1625            sel = dlg.GetSelection()
     1626            dlg.Destroy()
     1627            return sel
     1628        else:
     1629            dlg.Destroy()
     1630            return None
     1631
     1632    def ShowBusy(self):
     1633        wx.BeginBusyCursor()
     1634
     1635    def DoneBusy(self):
     1636        wx.EndBusyCursor()
     1637       
     1638#    def Reader(self, filename, filepointer, ParentFrame=None):
     1639#        '''This method must be supplied in the child class
     1640#        it will read the file
     1641#        '''
     1642#        return True # if read OK
     1643#        return False # if an error occurs
     1644
     1645    def ExtensionValidator(self, filename):
     1646        '''This methods checks if the file has the correct extension
     1647        Return False if this filename will not be supported by this reader
     1648        Return True if the extension matches the list supplied by the reader
     1649        Return None if the reader allows un-registered extensions
     1650        '''
     1651        if filename:
     1652            ext = os.path.splitext(filename)[1]
     1653            if sys.platform == 'windows': ext = ext.lower()
     1654            if ext in self.extensionlist: return True
     1655            if self.strictExtension: return False
     1656        return None
     1657
     1658    def ContentsValidator(self, filepointer):
     1659        '''This routine will attempt to determine if the file can be read
     1660        with the current format.
     1661        This will typically be overridden with a method that
     1662        takes a quick scan of [some of]
     1663        the file contents to do a "sanity" check if the file
     1664        appears to match the selected format.
     1665        Expected to be called via self.Validator()
     1666        '''
     1667        #filepointer.seek(0) # rewind the file pointer
     1668        return True
     1669
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.