Changeset 4573


Ignore:
Timestamp:
Sep 21, 2020 3:43:06 PM (14 months ago)
Author:
toby
Message:

RB extensions and minor bug fixes

Location:
trunk
Files:
1 added
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIIIO.py

    r4548 r4573  
    11591159        self.parmDict = {}
    11601160        self.sigDict = {}
     1161        self.fp = None
    11611162        # updated in InitExport:
    11621163        self.currentExportType = None # type of export that has been requested
    … …  
    16991700        :param str line: the text to be written.
    17001701        '''
     1702        if self.fp is None:
     1703            raise Exception('Attempt to Write without use of OpenFile')
    17011704        self.fp.write(line+'\n')
    17021705       
    … …  
    17071710          file object self.fp is closed.
    17081711        '''
     1712        if self.fp is None:
     1713            raise Exception('Attempt to CloseFile without use of OpenFile')
    17091714        if self.fp == sys.stdout: return # debug mode
    17101715        if fp is None:

  • trunk/GSASIIconstrGUI.py

    r4505 r4573  
    4444import GSASIIpy3 as G2py3
    4545import GSASIIphsGUI as G2phG
     46import GSASIIIO as G2IO
    4647import GSASIIscriptable as G2sc
    4748VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
    … …  
    20552056                Page2()
    20562057
     2058            if 'macromolecular' == rd.Phase['General']['Type']:
     2059                # for PDB imports, lets see if a quick reformat of atoms list will work
     2060                rd.Phase['Atoms'] = [a[3:] for a in rd.Phase['Atoms']]
     2061                rd.Phase['General']['AtomPtrs']  = [i-3 for i in rd.Phase['General']['AtomPtrs']]
     2062                rd.Phase['General']['Type'] = 'nuclear'
    20572063            SetupDrawing(rd.Phase) # add information to reader object to allow plotting
    20582064            atomlist = [atom[0] for atom in rd.Phase['Atoms']]
    … …  
    22672273                UpdateDraw()
    22682274
     2275            def onWriteXYZ(event):
     2276                '''Writes selected atoms in a .xyz file for use in Avogadro, etc.
     2277                '''
     2278                grid.completeEdits()
     2279                center = np.array([0.,0.,0.])
     2280                count = 0
     2281                for i in range(len(rd.Phase['RBselection'])):
     2282                    if rd.Phase['RBselection'][i]:
     2283                        count += 1
     2284                        center += rd.Phase['RBcoords'][i]
     2285                if count:
     2286                    center /= count
     2287                else:
     2288                    print('nothing selected')
     2289                    return
     2290                obj = G2IO.ExportBaseclass(G2frame,'XYZ','.xyz')
     2291                #obj.InitExport(None)
     2292                if obj.ExportSelect():    # set export parameters; ask for file name
     2293                    return
     2294                fp = obj.OpenFile()
     2295                obj.Write(str(count))
     2296                obj.Write('')
     2297                for i in range(len(rd.Phase['RBselection'])):
     2298                    if rd.Phase['RBselection'][i]:
     2299                        line = ' ' + rd.Phase['RBtypes'][i]
     2300                        for xyz in rd.Phase['RBcoords'][i]:
     2301                            line += ' ' + str(xyz)
     2302                        obj.Write(line)
     2303                obj.CloseFile()
     2304                #GSASIIpath.IPyBreak()
     2305               
    22692306            def onAddVector(event):
    22702307                '''Adds selected atoms as a new vector rigid body.
    … …  
    23812418                0,wx.ALL)
    23822419            btnSizer.Add((-1,5))
     2420            btn = wx.Button(RBImpPnl, wx.ID_ANY, 'export as xyz')
     2421            btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,onWriteXYZ)
     2422            btnSizer.Add(btn,0,wx.ALIGN_CENTER)
     2423            btnSizer.Add((-1,10))
    23832424            btn = wx.Button(RBImpPnl, wx.ID_ANY, 'a Vector Body')
    23842425            btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,onAddVector)
    … …  
    24822523            else:
    24832524                col = None
     2525                return
    24842526        finally:
    24852527            dlg.Destroy()

  • trunk/GSASIIctrlGUI.py

    r4534 r4573  
    34703470    '''
    34713471    if not parent: parent = G2frame
    3472     #if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'): print('debug: GetImportFile from '+defaultDir)
     3472    pth = GetImportPath(G2frame)
     3473    #if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
     3474    #    print('debug: GetImportFile from '+defaultDir)
     3475    #    print('debug: GetImportFile pth '+pth)
    34733476    dlg = wx.FileDialog(parent, message, defaultDir, defaultFile, *args,
    34743477                        style=style, **kwargs)
    34753478#    dlg.CenterOnParent()
    3476     pth = GetImportPath(G2frame)
    34773479    if not defaultDir and pth: dlg.SetDirectory(pth)
    34783480    try:

  • trunk/GSASIIdataGUI.py

    r4568 r4573  
    85998599        elif G2frame.GPXtree.GetItemText(item) == 'Constraints':
    86008600            data = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(item)
    8601             #reload(G2cnstG)  # for testing changes to GSASIIconstrGUI
     8601            #import imp
     8602            #imp.reload(G2cnstG)  # for testing changes to GSASIIconstrGUI
    86028603            G2cnstG.UpdateConstraints(G2frame,data)
    86038604        elif G2frame.GPXtree.GetItemText(item) == 'Rigid bodies':
    86048605            data = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(item)
     8606            # import imp
     8607            # imp.reload(G2cnstG)  # for testing changes to GSASIIconstrGUI
     8608            # print('debug: reloaded',G2cnstG)
    86058609            G2cnstG.UpdateRigidBodies(G2frame,data)
    86068610        elif G2frame.GPXtree.GetItemText(item).startswith('IMG '):
    … …  
    86758679    elif G2frame.GPXtree.GetItemText(parentID) == 'Phases':
    86768680        data = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(item)
     8681        # print('Debug: reload G2phG')
     8682        # import imp
     8683        # imp.reload(G2phG)
    86778684        G2phG.UpdatePhaseData(G2frame,item,data)
    86788685    elif G2frame.GPXtree.GetItemText(parentID) == 'Restraints':

  • trunk/GSASIIddataGUI.py

    r4534 r4573  
    2727import GSASIIplot as G2plt
    2828import GSASIIpwd as G2pwd
    29 import GSASIIphsGUI as G2phsGUI
     29import GSASIIphsGUI as G2phG
    3030import GSASIIctrlGUI as G2G
    3131import GSASIIpy3 as G2py3
    … …  
    10571057                      0,WACV|wx.TOP,10)
    10581058       
    1059     G2phsGUI.SetPhaseWindow(DData,mainSizer,Scroll=Scroll)
     1059    G2phG.SetPhaseWindow(DData,mainSizer,Scroll=Scroll)

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r4570 r4573  
    77277727            G2plt.PlotStructure(G2frame,data)
    77287728                   
     7729        def NextAtom(event):
     7730            'respond to a tab by cycling through the atoms'
     7731            next = 0
     7732            for r in drawAtoms.GetSelectedRows():
     7733                next = r + 1
     7734                break
     7735            if next >= drawAtoms.GetNumberRows():
     7736                next = 0
     7737            drawAtoms.ClearSelection()
     7738            drawAtoms.SelectRow(next,True)
     7739            drawAtoms.MakeCellVisible(next,0)
     7740            drawingData['selectedAtoms'] = drawAtoms.GetSelectedRows()
     7741            G2plt.PlotStructure(G2frame,data)
     7742
    77297743        def RowSelect(event):
    77307744            r,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
    … …  
    77517765            drawingData['selectedAtoms'] = []
    77527766            drawingData['selectedAtoms'] = drawAtoms.GetSelectedRows()
    7753             G2plt.PlotStructure(G2frame,data)                   
     7767            G2plt.PlotStructure(G2frame,data)
    77547768
    77557769#### UpdateDrawAtoms executable code starts here
    … …  
    77997813        drawAtoms.Bind(wg.EVT_GRID_CELL_LEFT_DCLICK, RefreshDrawAtomGrid)
    78007814        drawAtoms.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK, RowSelect)
     7815        try:
     7816            drawAtoms.Bind(wg.EVT_GRID_TABBING, NextAtom)
     7817        except: # patch: for pre-2.9.5 wx
     7818            pass
    78017819        for i,atom in enumerate(drawingData['Atoms']):
    78027820            attr = wg.GridCellAttr()                #needs to be here - gets lost if outside loop!
    … …  
    88888906            line2Sizer.Add(showHydrogen,0,WACV)
    88898907           
    8890             showRB = wx.CheckBox(drawOptions,-1,label=' Show rigid Bodies?')
     8908            showRB = wx.CheckBox(drawOptions,-1,label=' Show Rigid Bodies?')
    88918909            showRB.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnShowRB)
    88928910            showRB.SetValue(drawingData['showRigidBodies'])
    … …  
    1008510103        if refresh:
    1008610104            if RigidBodies.GetSizer(): RigidBodies.GetSizer().Clear(True)
     10105        if 'testRBObj' in data: del data['testRBObj']
    1008710106        general = data['General']
    1008810107        cx,ct,cs,cia = general['AtomPtrs']
    … …  
    1031910338               
    1032010339            def OnTorAngle(invalid,value,tc):
    10321                 #OkBtn.SetLabel('OK')
    10322                 #OkBtn.Enable(True)
    10323                 Obj = tc.event.GetEventObject()
    10324                 [tor,torSlide] = Indx[Obj.GetId()]
     10340                '''respond to a number entered into the torsion editor.
     10341                Update the slider (number is already saved)
     10342                recompute atom distances
     10343                '''
     10344                [tor,torSlide] = Indx[tc.GetId()]
    1032510345                torSlide.SetValue(int(value*10))
    1032610346                UpdateTablePlot()
    1032710347               
    1032810348            def OnTorSlide(event):
    10329                 #OkBtn.SetLabel('OK')
    10330                 #OkBtn.Enable(True)
     10349                '''respond to the slider moving. Put value into editor & save
     10350                recompute atom distances
     10351                '''
    1033110352                Obj = event.GetEventObject()
    1033210353                tor,ang = Indx[Obj.GetId()]
    … …  
    1047610497                    item.SetLabel('%10.4f'%(data['testRBObj']['rbObj']['Orient'][0][i]))
    1047710498                UpdateTablePlot()
     10499               
     10500            def BallnSticks(event):
     10501                '''Set all draw atoms in crystal structure to balls & stick
     10502                '''
     10503                for a in data['Drawing']['Atoms']: a[6] = "balls & sticks"
     10504                FindBondsDraw(data)
     10505                G2plt.PlotStructure(G2frame,data,False,UpdateTable)
     10506                RigidBodies.SetFocus() # make sure tab presses go to panel
     10507            def Sticks(event):
     10508                '''Set all draw atoms in crystal structure to stick
     10509                '''
     10510                for a in data['Drawing']['Atoms']: a[6] = "sticks"
     10511                FindBondsDraw(data)
     10512                G2plt.PlotStructure(G2frame,data,False,UpdateTable)
     10513                RigidBodies.SetFocus() # make sure tab presses go to panel               
     10514            def OnRowSelect(event):
     10515                '''Respond to the selection of a rigid body atom.
     10516                Highlight the atom in the body and the paired atom in the
     10517                crystal
     10518                '''
     10519                event.Skip()
     10520                cryatom = event.GetEventObject().Table.GetValue(event.GetRow(),4)
     10521                if not cryatom:
     10522                    cryatom = event.GetEventObject().Table.GetValue(event.GetRow(),2)
     10523                data['testRBObj']['RBhighLight'] = event.GetRow()
     10524                data['testRBObj']['CRYhighLight'] = [
     10525                    i for i,a in enumerate(data['Atoms']) if a[0] == cryatom]
     10526                G2plt.PlotStructure(G2frame,data,False,UpdateTable)
     10527                data['testRBObj']['showSelect'].SetLabelText(cryatom)
     10528            showAtom = [None]
     10529            def showCryAtom(*args,**kwargs):
     10530                '''Respond to selection of a crystal atom
     10531                '''
     10532                data['testRBObj']['CRYhighLight'] = [
     10533                    i for i,a in enumerate(data['Atoms']) if a[0] == showAtom[0]]
     10534                G2plt.PlotStructure(G2frame,data,False,UpdateTable)
    1047810535
    1047910536            # Start of Draw()
    … …  
    1048710544                for i in unmatchedRBatoms:
    1048810545                    rbAssignments[i] = None
    10489 
    1049010546            mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    1049110547            mainSizer.Add((5,5),0)
    … …  
    1049710553            rbRef = data['testRBObj']['rbRef']
    1049810554            Torsions = rbObj['Torsions']
    10499             refName = []
    10500             for ref in rbRef:
    10501                 refName.append(data['testRBObj']['rbAtTypes'][ref]+str(ref))
     10555            #refName = []
     10556            #for ref in rbRef:
     10557            #    refName.append(data['testRBObj']['rbAtTypes'][ref]+str(ref))
    1050210558            atNames = data['testRBObj']['atNames']
    10503             mainSizer.Add(wx.StaticText(RigidBodies,wx.ID_ANY,
     10559            topSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     10560            topSizer.Add(wx.StaticText(RigidBodies,wx.ID_ANY,
    1050410561                                'Locating rigid body : '+rbName), 0, WACV)
    10505             mainSizer.Add((5,5),0)
     10562            topSizer.Add((10,-1),0)
     10563            topSizer.Add(wx.StaticText(RigidBodies,wx.ID_ANY,
     10564                                'Display crystal structure as:'), 0, WACV)
     10565            btn = wx.Button(RigidBodies,wx.ID_ANY,"Ball && Sticks")
     10566            btn.Bind(wx.EVT_BUTTON, BallnSticks)
     10567            topSizer.Add(btn)
     10568            btn = wx.Button(RigidBodies,wx.ID_ANY,"Sticks")
     10569            btn.Bind(wx.EVT_BUTTON, Sticks)
     10570            topSizer.Add(btn)
     10571            mainSizer.Add(topSizer)
     10572            mainSizer.Add((-1,5),0)
    1050610573            OriSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    1050710574            OriSizer.Add(wx.StaticText(RigidBodies,wx.ID_ANY,'Origin: '),0,WACV)
    … …  
    1054710614                    torName = ''
    1054810615                    for item in [seq[0],seq[1],seq[3][0]]:
    10549                         torName += data['testRBObj']['rbAtTypes'][item]+str(item)+' '
     10616                        if data['testRBObj']['NameLookup'][item]:
     10617                            torName += data['testRBObj']['NameLookup'][item]+' '
     10618                        else:
     10619                            torName += data['testRBObj']['rbAtTypes'][item]+str(item)+' '
    1055010620                    TorSizer.Add(wx.StaticText(RigidBodies,wx.ID_ANY,'Side chain torsion for rb seq: '+torName),0,WACV)
    1055110621                    torSlide = wx.Slider(RigidBodies,style=wx.SL_HORIZONTAL)
    … …  
    1058110651               
    1058210652            SetPhaseWindow(RigidBodies,mainSizer)
    10583 
    1058410653            G2plt.PlotStructure(G2frame,data,True,UpdateTable)
     10654           
     10655            gridSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    1058510656            colLabels = ['RB\ntype','phase\n#','phase\nlabel','delta, A','Assign as atom']
    1058610657            rowLabels = [l[1] for l in matchTable]
    … …  
    1060110672            RigidBodies.atomsTable = G2G.Table(displayTable,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
    1060210673            RigidBodies.atomsGrid = G2G.GSGrid(RigidBodies)
    10603 
    10604             labelsChoices = ['         '] + [a[0] for a in data['Atoms']
     10674            RigidBodies.atomsGrid.Bind(wg.EVT_GRID_LABEL_LEFT_CLICK,OnRowSelect)
     10675            data['testRBObj']['RBhighLight'] = None
     10676            data['testRBObj']['CRYhighLight'] = []
     10677            data['testRBObj']['availAtoms'] = ['         '] + [a[0] for a in data['Atoms']
    1060510678                                                 if a[-1] not in rbUsedIds]
    1060610679            choiceeditor = wg.GridCellChoiceEditor(
    10607                 labelsChoices+['Create new'], False)
     10680                data['testRBObj']['availAtoms']+['Create new'], False)
    1060810681            RigidBodies.atomsGrid.SetTable(RigidBodies.atomsTable,True)
    1060910682            # make all grid entries read only
    … …  
    1062310696            RigidBodies.atomsGrid.SetMargins(0,0)
    1062410697
    10625             gridSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    1062610698            gridSizer.Add(RigidBodies.atomsGrid)#,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
    1062710699            gridSizer.Add((5,5))
    1062810700
    1062910701            btnSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     10702            hSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     10703            hSizer.Add(wx.StaticText(RigidBodies,wx.ID_ANY,'Crystal Highlight: '))
     10704            data['testRBObj']['showSelect'] = G2G.G2ChoiceButton(RigidBodies,
     10705                                data['testRBObj']['availAtoms'],
     10706                                None,None,showAtom,0,showCryAtom,
     10707                                size=(75,-1))
     10708            hSizer.Add(data['testRBObj']['showSelect'])
     10709            btnSizer.Add(hSizer)
    1063010710            btnSizer.Add((-1,20))
    1063110711            btnSizer.Add(
    … …  
    1065510735            RigidBodies.SendSizeEvent()
    1065610736            RigidBodies.Scroll(0,0)
    10657 
     10737            RigidBodies.SetFocus() # make sure tab presses go to panel
     10738            data['testRBObj']['UpdateTable'] = UpdateTable
    1065810739        # start of OnRBAssign(event)
    1065910740        rbAssignments = {}
    … …  
    1072210803        data['testRBObj']['rbAtTypes'] = RBData[rbType][rbId]['rbTypes']
    1072310804        data['testRBObj']['AtInfo'] = RBData[rbType]['AtInfo']
     10805        data['testRBObj']['NameLookup'] = RBData[rbType][rbId]['atNames']
    1072410806        data['testRBObj']['rbType'] = rbType
    1072510807        data['testRBObj']['rbData'] = RBData
    … …  
    1072810810        data['testRBObj']['rbRef'] = rbRef
    1072910811        refType = []
    10730         refName = []
     10812        #refName = []
    1073110813        for ref in rbRef[:3]:
    1073210814            reftype = data['testRBObj']['rbAtTypes'][ref]
    1073310815            refType.append(reftype)
    10734             refName.append(reftype+' '+str(rbRef[0]))
     10816            #refName.append(reftype+' '+str(rbRef[0]))
    1073510817        atNames = [{},{},{}]
    1073610818        AtNames = {}
    … …  
    1262412706    G2frame.phaseDisplay.AddPage(drawAtoms,'Draw Atoms')
    1262512707    Pages.append('Draw Atoms')
     12708    def rbKeyPress(event):
     12709        '''Respond to a Tab to highlight the next RB or crystal atom
     12710        '''
     12711        if 'testRBObj' not in data: return
     12712        alt = event.GetModifiers() & wx.MOD_ALT
     12713        event.Skip()
     12714        try: # IsKeyInCategory not in wx 2.9
     12715            if not event.IsKeyInCategory(wx.WXK_CATEGORY_TAB): return
     12716        except:
     12717            return
     12718        if alt:    # advance RB selection
     12719            #GSASIIpath.IPyBreak()
     12720            rows = RigidBodies.atomsGrid.GetSelectedRows()
     12721            if len(rows) == 0:
     12722                rows = [0]
     12723            else:
     12724                rows[0] += 1
     12725            if rows[0] > RigidBodies.atomsGrid.GetNumberRows()-1:
     12726                rows = [0]
     12727            elif rows[0] < 0:
     12728                rows[0] = RigidBodies.atomsGrid.GetNumberRows()-1
     12729            RigidBodies.atomsGrid.SelectRow(rows[0])         
     12730            RigidBodies.atomsGrid.MakeCellVisible(rows[0],0)         
     12731            data['testRBObj']['RBhighLight'] = rows[0]
     12732        else:
     12733            #GSASIIpath.IPyBreak()
     12734            #return
     12735            Ind = data['testRBObj'].get('CRYhighLight',[])
     12736            if len(Ind) == 0:
     12737                I = -1
     12738            else:
     12739                I = Ind[0]
     12740            wrap = False
     12741            while True:
     12742                I += 1
     12743                if I >= len(data['Atoms']) and wrap:
     12744                    print('How did this happen?',Ind,I,
     12745                              len(data['testRBObj']['availAtoms']),len(data['Atoms']))
     12746                    return
     12747                elif I >= len(data['Atoms']):
     12748                    wrap = True
     12749                    I = 0
     12750                if data['Atoms'][I][0] in data['testRBObj']['availAtoms']:
     12751                    data['testRBObj']['CRYhighLight'] = [I]
     12752                    data['testRBObj']['showSelect'].SetLabelText(data['Atoms'][I][0])
     12753                    break
     12754        G2plt.PlotStructure(G2frame,data,False,data['testRBObj']['UpdateTable'])
    1262612755    if data['General']['Type'] not in ['faulted',] and not data['General']['Modulated']:
    1262712756        RigidBodies = wx.ScrolledWindow(G2frame.phaseDisplay)
    1262812757        G2frame.phaseDisplay.AddPage(RigidBodies,'RB Models')
     12758        RigidBodies.Bind(wx.EVT_CHAR,rbKeyPress)
    1262912759        Pages.append('RB Models')
    1263012760    MapPeaks = G2G.GSGrid(G2frame.phaseDisplay)

  • trunk/GSASIIplot.py

    r4565 r4573  
    84838483            elif G2frame.phaseDisplay.GetPageText(page) == 'Atoms':
    84848484                Ind = G2frame.phaseDisplay.GetPage(page).GetSelectedRows()      #this is the Atoms grid in Atoms
     8485            elif G2frame.phaseDisplay.GetPageText(page) == 'RB Models':
     8486                if 'testRBObj' not in data: return []
     8487                Ind = data['testRBObj'].get('CRYhighLight',[])
    84858488        return Ind
    84868489                                       
    … …  
    91509153            if iat in Ind and G2frame.phaseDisplay.GetPageText(getSelection()) != 'Map peaks':
    91519154                atColor = np.array(Gr)/255.
     9155                bndColor = atColor
    91529156#            color += [.25,]
    91539157            radius = 0.5
    … …  
    92799283                if showBonds:
    92809284                    RenderLines(x,y,z,mapBonds[ind],Wt)
    9281         if len(testRBObj) and pageName == 'RB Models':
     9285        if len(testRBObj) and pageName == 'RB Models':  # plot a test rigid body as ball & [green] sticks
    92829286            XYZ = G2mth.UpdateRBXYZ(Bmat,testRBObj['rbObj'],testRBObj['rbData'],testRBObj['rbType'])[0]
    92839287            rbBonds = FindPeaksBonds(XYZ)
    92849288            for ind,[x,y,z] in enumerate(XYZ):
    92859289                aType = testRBObj['rbAtTypes'][ind]
    9286                 name = '  '+aType+str(ind)
     9290                if testRBObj['NameLookup'][ind]:
     9291                    name = testRBObj['NameLookup'][ind]+' '
     9292                else:
     9293                    name = '  '+aType+str(ind)
    92879294                color = np.array(testRBObj['AtInfo'][aType][1])
    9288                 RenderSphere(x,y,z,0.2,color/255.)
     9295                if 'RBhighLight' in testRBObj and testRBObj['RBhighLight'] == ind: # highlighted atom is green
     9296                    RenderSphere(x,y,z,0.2,Gr)
     9297                else:
     9298                    RenderSphere(x,y,z,0.2,color/255.)
    92899299                RenderBonds(x,y,z,rbBonds[ind],0.03,Gr)
    92909300                RenderLabel(x,y,z,name,0.2,wxOrange,matRot)
    … …  
    92969306                RenderSphere(x,y,z,0.2,color/255.)
    92979307                RenderBonds(x,y,z,mcsaBonds[ind],0.03,Gr/255.)
    9298                 RenderLabel(x,y,z,name,0.2,wxOrange,matRot)
     9308                RenderLabel(x,y,z,name,0.3,wxOrange,matRot)
    92999309        if Backbones:
    93009310            for chain in Backbones:

  • trunk/exports/G2export_PDB.py

    r4415 r4573  
    226226            return
    227227        filename = self.filename
     228        self.OpenFile()
    228229        for phasenam in self.phasenam:
    229230            phasedict = self.Phases[phasenam] # pointer to current phase info
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.