Changeset 4532


Ignore:
Timestamp:
Jul 22, 2020 8:50:13 PM (15 months ago)
Author:
toby
Message:

refactor ViewLSparms; more fullrmc work

Location:
trunk
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIctrlGUI.py

    r4499 r4532  
    38553855    '''
    38563856    def __init__(self,parent,title,parmDict,varyList,fullVaryList,
    3857                  size=(375,430)):
     3857                     parmMinDict={}, parmMaxDict={}, frozenList=[],
     3858                     size=(650,430)):
    38583859       
    38593860        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,size=size,
     
    38633864        self.varyList = varyList
    38643865        self.fullVaryList = fullVaryList
     3866        self.parmMinDict = parmMinDict
     3867        self.parmMaxDict = parmMaxDict
     3868        self.frozenList = frozenList
    38653869        self.choiceDict = {}
     3870        # if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
     3871        #     print('dummy settings for frozenList etc')
     3872        #     self.parmMinDict['0::Afrac:26'] = 0.0
     3873        #     self.frozenList = ['0::Afrac:26']       
    38663874
    38673875        # make lists of variables of different types along with lists of parameter names, histogram #s, phase #s,...
     
    38793887        self.choiceDict['Histogram'] = G2obj.SortVariables(hisNames)
    38803888        self.hisNums = sorted(list(set([int(item.split(':')[1]) for item in hisNames])))
    3881         self.hisNums = [' ',]+[str(item) for item in self.hisNums]
     3889        self.hisNums = ['*',]+[str(item) for item in self.hisNums]
    38823890        self.hisVars = sorted(list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[0]])))
    38833891        phasNames = [':'.join(item) for item in splitNames if not item[1] and 'is' not in item[2]]
    38843892        self.choiceDict['Phase'] = G2obj.SortVariables(phasNames)
    3885         self.phasNums = sorted([' ',]+list(set([item.split(':')[0] for item in phasNames])))
     3893        self.phasNums = sorted(['*',]+list(set([item.split(':')[0] for item in phasNames])))
    38863894        if '' in self.phasNums: self.phasNums.remove('')
    38873895        self.phasVars = sorted(list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if not item[1] and 'is' not in item[2]])))
     
    38903898        self.hapVars = sorted(list(set([' ',]+[item[2] for item in splitNames if item[0] and item[1]])))
    38913899       
    3892         self.hisNum = ' '
    3893         self.phasNum = ' '
     3900        self.hisNum = '*'
     3901        self.phasNum = '*'
    38943902        self.varName = ' '
    38953903        self.listSel = 'Refined'
     
    38973905       
    38983906    def repaintScrollTbl(self):
    3899         '''Shows the selected variables
    3900 
    3901         This routine is pretty slow when lots of variables are selected. Why?
     3907        '''Shows the selected variables in a ListCtrl
    39023908        '''
    3903         self.countSizer.Clear(True)
    3904         self.headSizer.Clear(True)
    3905         self.scrolledSizer.Clear(True)
    3906         self.explainSizer.Clear(True)
    3907        
    3908         explainRefine = False
    3909         count = 0
    3910         for name in self.choiceDict[self.parmChoice]:
    3911             if '2' in platform.python_version_tuple()[0]:
    3912                 basestr = basestring
    3913             else:
    3914                 basestr = str
    3915             if isinstance(self.parmDict[name],basestr): continue
    3916             if 'Refined' in self.listSel and (name not in self.fullVaryList
    3917                                               ) and (name not in self.varyList):
    3918                 continue
    3919             if 'Phase' in self.parmChoice:
    3920                 if self.phasNum != ' ' and name.split(':')[0] != self.phasNum: continue
    3921             if 'Histo' in self.parmChoice:
    3922                 if self.hisNum != ' ' and name.split(':')[1] != self.hisNum: continue
    3923             if (self.varName != ' ') and (self.varName not in name): continue
    3924             try:
    3925                 value = G2py3.FormatSigFigs(self.parmDict[name])
    3926             except TypeError:
    3927                 value = str(self.parmDict[name])+' -?' # unexpected
    3928                 #continue
    3929             v = G2obj.getVarDescr(name)
    3930             if v is None or v[-1] is None:
    3931                 self.scrolledSizer.Add((-1,-1))
    3932             else:               
    3933                 ch = HelpButton(self.panel,G2obj.fmtVarDescr(name))
    3934                 self.scrolledSizer.Add(ch,0,wx.LEFT|wx.RIGHT|WACV|wx.ALIGN_CENTER,1)
    3935             self.scrolledSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,wx.ID_ANY,str(name)))
    3936             if name in self.varyList:
    3937                 self.scrolledSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='R',size=(50,-1)))   #TODO? maybe a checkbox for one stop refinement flag setting?
    3938             elif name in self.fullVaryList:
    3939                 self.scrolledSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='C',size=(50,-1)))
    3940                 explainRefine = True
    3941             else:
    3942                 self.scrolledSizer.Add((50,-1))
    3943             self.scrolledSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=value),0,wx.ALIGN_RIGHT)
    3944             count += 1
    3945             if count > 200:
    3946                 msg = wx.StaticText(self,label='Too many parameters selected. Showing first 200')
    3947                 msg.SetBackgroundColour(wx.YELLOW)
    3948                 self.countSizer.Add(msg,0,wx.ALIGN_LEFT)
    3949                 self.countSizer.Add((-1,10))
    3950                 break
    3951        
    3952         if explainRefine:
    3953             self.explainSizer.Add(
    3954                 wx.StaticText(self,label='"R" indicates a refined variable\n'+
    3955                     '"C" indicates generated from a constraint'),0, wx.ALL,0)
    3956         self.panel.SetAutoLayout(1)
    3957         self.panel.SetupScrolling()
    3958         self.SetMinSize(self.GetSize())        # Allow window to be enlarged but not made smaller
    3959         for txt,wid,loc in zip(['','Parameter name','refine?','value'],self.scrolledSizer.GetColWidths(),
    3960                            [wx.ALIGN_LEFT,wx.ALIGN_LEFT,wx.ALIGN_LEFT,wx.ALIGN_RIGHT]):
    3961             self.headSizer.Add(wx.StaticText(self,wx.ID_ANY,txt,size=(wid,-1),style=loc),0,loc)
     3909        start = time.time()
     3910        self.varBox.SetContents(self)
    39623911        self.SendSizeEvent()
    3963            
     3912        if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
     3913            print('repaintScrollTbl',time.time()-start)
     3914                   
    39643915    def DrawPanel(self):
    39653916        '''Draws the contents of the entire dialog. Called initially & when radio buttons are pressed
     
    39873938            event.Skip()
    39883939            self.varName = varSel.GetValue()
    3989             self.phasNum = ' '
     3940            self.phasNum = '*'
    39903941            if phasSel: phasSel.SetSelection(0)
    3991             self.hisNum = ' '
     3942            self.hisNum = '*'
    39923943            if histSel: histSel.SetSelection(0)
    39933944            wx.CallAfter(self.repaintScrollTbl)
     
    40273978            varSelSizer.Add(varSpin,0)
    40283979            varSizer.Add(varSelSizer,0)
    4029            
     3980
    40303981        if self.GetSizer(): self.GetSizer().Clear(True)
    40313982        self.SpinDict = {}
    40323983        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    40333984        num = len(self.varyList)
    4034         mainSizer.Add(wx.StaticText(self,label=' Number of refined variables: '+str(num)),0,wx.ALIGN_CENTER)
     3985        mainSizer.Add(wx.StaticText(self,label='View Parameters in Project'),0,wx.ALIGN_CENTER)
     3986        parmSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     3987        parmSizer.Add(wx.StaticText(self,label=' Number of refined variables: {}'.format(num)),0,wx.ALIGN_LEFT)
    40353988        if len(self.varyList) != len(self.fullVaryList):
    40363989            num = len(self.fullVaryList) - len(self.varyList)
    4037             mainSizer.Add(wx.StaticText(self,label=' + '+str(num)+' parameters are varied via constraints'))
     3990            parmSizer.Add(wx.StaticText(self,label=
     3991                ' + {} parameters are varied via constraints'.format(
     3992                    len(self.fullVaryList) - len(self.varyList))
     3993                                        ))
     3994        mainSizer.Add(parmSizer)
    40383995        choice = ['Phase','Phase/Histo','Histogram']
    40393996        if 'Global' in self.choiceDict:
     
    40674024            numSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    40684025            phasSel = wx.ComboBox(self,choices=self.phasNums,value=self.phasNum,
    4069                 style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
     4026                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN,size=(50,-1))
    40704027            AddSpinner(numSizer,'Phase',phasSel,OnPhasSel)
    40714028            varSizer.Add(numSizer)
     
    40754032            numSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    40764033            histSel = wx.ComboBox(self,choices=self.hisNums,value=self.hisNum,
    4077                 style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
     4034                style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN,size=(50,-1))
    40784035            AddSpinner(numSizer,'Histogram',histSel,OnHistSel)
    40794036            varSizer.Add(numSizer)
    40804037        selectionsSizer.Add(varSizer,0)
    40814038        parmSizer.Add(selectionsSizer,0)
    4082         mainSizer.Add(parmSizer,0)
    4083        
    40844039        listSel = wx.RadioBox(self,wx.ID_ANY,'Parameter type:',
    40854040            choices=['All','Refined'],
     
    40874042        listSel.SetStringSelection(self.listSel)
    40884043        listSel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX,OnListSel)
    4089         mainSizer.Add(listSel,0)
     4044        parmSizer.Add(listSel,0,wx.CENTER|wx.ALL,15)
     4045        mainSizer.Add(parmSizer,0)
     4046       
    40904047       
    40914048        self.countSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     
    40934050        self.headSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL) # non-scrolling header       
    40944051        mainSizer.Add(self.headSizer,0)
    4095         self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)       
    4096         self.scrolledSizer = wx.FlexGridSizer(cols=4,hgap=2,vgap=2)
    4097         self.panel.SetSizer(self.scrolledSizer)
    4098         mainSizer.Add(self.panel,1,wx.ALL|wx.EXPAND,1)
    4099         self.explainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    4100         mainSizer.Add(self.explainSizer)
    4101         # make OK button
    4102         btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     4052        self.varBox = VirtualVarBox(self)
     4053        mainSizer.Add(self.varBox,1,wx.ALL|wx.EXPAND,1)
     4054
     4055        txt = ('"R" indicates a refined variable\n'+
     4056                    '"C" indicates generated from a constraint')
     4057        # if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
     4058        #     txt += '\n"F" indicates a variable that is Frozen due to exceeding min/max'
     4059        mainSizer.Add(
     4060            wx.StaticText(self,label=txt),0, wx.ALL,0)
     4061
     4062        btnsizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)          # make Close button
    41034063        btn = wx.Button(self, wx.ID_CLOSE,"Close")
    41044064        btn.Bind(wx.EVT_BUTTON,self._onClose)
     
    41104070    def _onClose(self,event):
    41114071        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
     4072       
     4073class VirtualVarBox(wx.ListCtrl):
     4074    def __init__(self, parent):
     4075        self.parmWin = parent
     4076        wx.ListCtrl.__init__(
     4077            self, parent, -1,
     4078            style=wx.LC_REPORT|wx.LC_VIRTUAL|wx.LC_HRULES|wx.LC_VRULES
     4079            )
     4080
     4081        # if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
     4082        #     for i,(lbl,wid) in enumerate(zip(
     4083        #         ('#', "Parameter", "Ref?", "Value", "Min", "Max", "Explanation"),
     4084        #         (40 , 100        , 35    ,  100   ,  75  ,  75  , 700),)): 
     4085        #         self.InsertColumn(i, lbl)
     4086        #         self.SetColumnWidth(i, wid)
     4087        # else:
     4088        if True:
     4089            for i,(lbl,wid) in enumerate(zip(
     4090                ('#', "Parameter", "Ref?", "Value", "", "", "Explanation"),
     4091                (40 , 100        , 35    ,  100   ,  5  ,  5  , 700),)): 
     4092                self.InsertColumn(i, lbl)
     4093                self.SetColumnWidth(i, wid)
     4094
     4095        self.SetItemCount(0)
     4096
     4097        self.attr1 = wx.ListItemAttr()
     4098        self.attr1.SetBackgroundColour((255,255,150))
     4099
     4100        if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
     4101            self.Bind(wx.EVT_LIST_ITEM_SELECTED, self.OnItemSelected)
     4102        #self.Bind(wx.EVT_LIST_COL_CLICK, self.OnColSelected)
     4103
     4104    def SetContents(self,parent):
     4105        self.varList = []
     4106        for name in parent.choiceDict[parent.parmChoice]:
     4107            if '2' in platform.python_version_tuple()[0]:
     4108                basestr = basestring
     4109            else:
     4110                basestr = str
     4111            if isinstance(parent.parmDict[name],basestr): continue
     4112            if 'Refined' in parent.listSel and (name not in parent.fullVaryList
     4113                                              ) and (name not in parent.varyList):
     4114                continue
     4115            if 'Phase' in parent.parmChoice:
     4116                if parent.phasNum != '*' and name.split(':')[0] != parent.phasNum: continue
     4117            if 'Histo' in parent.parmChoice:
     4118                if parent.hisNum != '*' and name.split(':')[1] != parent.hisNum: continue
     4119            if (parent.varName != ' ') and (parent.varName not in name): continue
     4120            self.varList.append(name)
     4121        oldlen = self.GetItemCount()
     4122        self.SetItemCount(len(self.varList))
     4123       
     4124    def OnItemSelected(self, event):
     4125        print('OnItemSelected: "%s"\n' % (event.Index))
     4126    #def OnColSelected(self, event):
     4127    #    print('Column selected:',event.Column)
     4128    #    #G2p.IPyBreak_base()
     4129    #-----------------------------------------------------------------
     4130    # Callbacks to set info in table
     4131    def OnGetItemText(self, item, col):
     4132        name = self.varList[item]
     4133        if col == 0:
     4134            return str(item)
     4135        elif col == 1:
     4136            return name
     4137        elif col == 2:
     4138            if name in self.parmWin.varyList:
     4139                if name in self.parmWin.frozenList:
     4140                    return "F"
     4141                return "R"
     4142            elif name in self.parmWin.fullVaryList:
     4143                return "C"
     4144            return ""
     4145        elif col == 3:
     4146            try:
     4147                value = G2py3.FormatSigFigs(self.parmWin.parmDict[name])
     4148            except TypeError:
     4149                value = str(self.parmWin.parmDict[name])+' -?' # unexpected
     4150            return value
     4151                #continue
     4152        elif col == 4:
     4153            if name in self.parmWin.parmMinDict:
     4154                return G2py3.FormatSigFigs(self.parmWin.parmMinDict[name],8)
     4155            return "" # min value
     4156        elif col == 5:
     4157            if name in self.parmWin.parmMaxDict:
     4158                return G2py3.FormatSigFigs(self.parmWin.parmMaxDict[name],8)
     4159            return "" # max value
     4160        elif col == 6:
     4161            v = G2obj.getVarDescr(name)
     4162            if v is not None and v[-1] is not None:
     4163                txt = G2obj.fmtVarDescr(name)
     4164                if txt: return txt
     4165            return ""
     4166        else:
     4167            return "?"
     4168
     4169    def OnGetItemAttr(self, item):
     4170        name = self.varList[item]
     4171        if name in self.parmWin.varyList and name in self.parmWin.frozenList:
     4172            return self.attr1
     4173        else:
     4174            return None
    41124175
    41134176################################################################################
  • trunk/GSASIIdataGUI.py

    r4531 r4532  
    2424import sys
    2525import os
    26 #import glob
    27 #import imp
    2826import inspect
    2927if '2' in platform.python_version_tuple()[0]:
     
    624622        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnMakePDFs, id=item.GetId())
    625623       
    626         item = parent.Append(wx.ID_ANY,'&View LS parms','View least squares parameters')
     624        item = parent.Append(wx.ID_ANY,'&View LS parms\tCTRL+L','View least squares parameters')
    627625        self.Bind(wx.EVT_MENU, self.OnShowLSParms, id=item.GetId())
    628626       
     
    13351333        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,'Auto Import','Import data files as found')
    13361334        def OnAutoImport(event):
    1337             #import imp
    1338             #imp.reload(G2G)
    13391335            G2G.AutoLoadFiles(self,FileTyp='pwd')
    13401336        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnAutoImport, id=item.GetId())
     
    25272523        item = submenu.Append(wx.ID_ANY,'Auto Import','Import PDF files as found')
    25282524        def OnAutoImport(event):
    2529             #import imp
    2530             #imp.reload(G2G)
    25312525            G2G.AutoLoadFiles(self,FileTyp='gr')
    25322526        self.Bind(wx.EVT_MENU, OnAutoImport, id=item.GetId())
     
    49734967            pass
    49744968        wx.EndBusyCursor()
    4975         dlg = G2G.ShowLSParms(self,'Least Squares Parameters',parmValDict,varyList,reqVaryList)
     4969        # debug stuff
     4970        if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
     4971            print('reloading',G2G)
     4972            import imp
     4973            imp.reload(G2G)
     4974        # end debug stuff           
     4975        dlg = G2G.ShowLSParms(self,'Least Squares Parameters',parmValDict,
     4976                                  varyList,reqVaryList)
    49764977        dlg.ShowModal()
    49774978        dlg.Destroy()
     
    60636064       
    60646065        #Phase / fullrmc & RMCprofile (Reverse Monte Carlo method) tab
    6065         G2G.Define_wxId('wxID_SETUPRMC','wxID_RUNRMC','wxID_VIEWRMC' )       
     6066        G2G.Define_wxId('wxID_SETUPRMC','wxID_RUNRMC','wxID_VIEWRMC',
     6067                            'wxID_STOPRMC')       
    60666068        self.FRMCMenu = wx.MenuBar()
    60676069        self.PrefillDataMenu(self.FRMCMenu)
     
    60716073        self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_SETUPRMC,'Setup RMC','Setup new fullrmc or RMCprofile file')
    60726074        self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_RUNRMC,'Execute','Run fullrmc or RMCprofile file')
    6073         self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_VIEWRMC,'View','View fullrmc or RMCprofile results')
     6075        self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_STOPRMC,'Stop run','Stop fullrmc run')
     6076        self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_VIEWRMC,'Plot','View fullrmc or RMCprofile results')
    60746077        self.PostfillDataMenu()
    60756078       
  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r4525 r4532  
    49194919            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_RUNRMC,True)
    49204920            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_VIEWRMC,True)
     4921            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_STOPRMC,False)
    49214922        elif G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
    49224923            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_SETUPRMC,False)
    49234924            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_RUNRMC,False)
    49244925            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_VIEWRMC,False)
     4926            G2frame.dataWindow.FRMCDataEdit.Enable(G2G.wxID_STOPRMC,True)
    49254927        if G2frame.FRMC.GetSizer():
    49264928            G2frame.FRMC.GetSizer().Clear(True)
     
    50205022                wx.CallAfter(UpdateRMC)
    50215023               
    5022             def OnAddTorsion(event):
    5023                 RMCPdict['Torsions'].append(['','','','',0.,0.,0.,0.,0.,0.])
    5024                 wx.CallAfter(UpdateRMC)
     5024            # def OnAddTorsion(event):
     5025            #     RMCPdict['Torsions'].append(['','','','',0.,0.,0.,0.,0.,0.])
     5026            #     wx.CallAfter(UpdateRMC)
    50255027               
    50265028            def GetAngleSizer():
     
    50805082                return angleSizer
    50815083           
    5082             def GetTorsionSizer():
    5083                
    5084                 def OnDelTorsion(event):
    5085                     Obj = event.GetEventObject()
    5086                     angle = Indx[Obj.GetId()]
    5087                     del RMCPdict['Torsions'][angle]
    5088                     wx.CallAfter(UpdateRMC)
     5084            # def GetTorsionSizer():
     5085               
     5086            #     def OnDelTorsion(event):
     5087            #         Obj = event.GetEventObject()
     5088            #         angle = Indx[Obj.GetId()]
     5089            #         del RMCPdict['Torsions'][angle]
     5090            #         wx.CallAfter(UpdateRMC)
    50895091                   
    5090                 def OnTorsionAtSel(event):
    5091                     Obj = event.GetEventObject()
    5092                     torsion,i = Indx[Obj.GetId()]
    5093                     RMCPdict['Torsions'][torsion][i] = Obj.GetStringSelection()
     5092            #     def OnTorsionAtSel(event):
     5093            #         Obj = event.GetEventObject()
     5094            #         torsion,i = Indx[Obj.GetId()]
     5095            #         RMCPdict['Torsions'][torsion][i] = Obj.GetStringSelection()
    50945096                                           
    5095                 def SetRestart1(invalid,value,tc):
    5096                     RMCPdict['ReStart'][1] = True
    5097                
    5098                 Indx = {}
    5099                 atChoice = [atm for atm in RMCPdict['atSeq'] if 'Va' not in atm]
    5100                 torsionSizer = wx.FlexGridSizer(11,5,5)
    5101                 fxcnLabels = [' ','Atom-A','Atom-B','Atom-C','Atom-D',' min angle1',' max angle1',' min angle2',' max angle2',' min angle3',' max angle3']
    5102                 for lab in fxcnLabels:
    5103                     torsionSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=lab),0,WACV)
    5104                 for ifx,torsion in enumerate(RMCPdict['Torsions']):
    5105                     delBtn = wx.Button(G2frame.FRMC,label='Delete')
    5106                     delBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnDelTorsion)
    5107                     Indx[delBtn.GetId()] = ifx
    5108                     torsionSizer.Add(delBtn,0,WACV)
    5109                     for i in [0,1,2,3]:
    5110                         atmSel = wx.ComboBox(G2frame.FRMC,choices=atChoice,style=wx.CB_DROPDOWN|wx.TE_READONLY)
    5111                         atmSel.SetStringSelection(torsion[i])
    5112                         atmSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnTorsionAtSel)
    5113                         Indx[atmSel.GetId()] = [ifx,i]
    5114                         torsionSizer.Add(atmSel,0,WACV)
    5115                     for i in  [4,5,6,7,8,9]:
    5116                         torsionSizer.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.FRMC,torsion,i,xmin=0.,xmax=360.,OnLeave=SetRestart1,size=(50,25)),0,WACV)
    5117                 return torsionSizer
     5097            #     def SetRestart1(invalid,value,tc):
     5098            #         RMCPdict['ReStart'][1] = True
     5099               
     5100            #     Indx = {}
     5101            #     atChoice = [atm for atm in RMCPdict['atSeq'] if 'Va' not in atm]
     5102            #     torsionSizer = wx.FlexGridSizer(11,5,5)
     5103            #     fxcnLabels = [' ','Atom-A','Atom-B','Atom-C','Atom-D',' min angle1',' max angle1',' min angle2',' max angle2',' min angle3',' max angle3']
     5104            #     for lab in fxcnLabels:
     5105            #         torsionSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=lab),0,WACV)
     5106            #     for ifx,torsion in enumerate(RMCPdict['Torsions']):
     5107            #         delBtn = wx.Button(G2frame.FRMC,label='Delete')
     5108            #         delBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnDelTorsion)
     5109            #         Indx[delBtn.GetId()] = ifx
     5110            #         torsionSizer.Add(delBtn,0,WACV)
     5111            #         for i in [0,1,2,3]:
     5112            #             atmSel = wx.ComboBox(G2frame.FRMC,choices=atChoice,style=wx.CB_DROPDOWN|wx.TE_READONLY)
     5113            #             atmSel.SetStringSelection(torsion[i])
     5114            #             atmSel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnTorsionAtSel)
     5115            #             Indx[atmSel.GetId()] = [ifx,i]
     5116            #             torsionSizer.Add(atmSel,0,WACV)
     5117            #         for i in  [4,5,6,7,8,9]:
     5118            #             torsionSizer.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.FRMC,torsion,i,xmin=0.,xmax=360.,OnLeave=SetRestart1,size=(50,25)),0,WACV)
     5119            #     return torsionSizer
    51185120#patches
    51195121            if 'useBVS' not in RMCPdict:
     
    51315133            if 'min Contact' not in RMCPdict:
    51325134                RMCPdict['min Contact'] = 1.5
    5133             if 'periodicBound' not in RMCPdict:
    5134                 RMCPdict['periodicBound'] = True
     5135            #if 'periodicBound' not in RMCPdict:
     5136            #    RMCPdict['periodicBound'] = True
    51355137#end patches
    51365138
     
    51535155            lineSizer.Add(GetSuperSizer(),0,WACV)
    51545156            lineSizer.Add((5,-1))
    5155 #            lineSizer.Add(G2G.G2CheckBox(G2frame.FRMC,'Impose periodic boundaries',RMCPdict,'periodicBound'),
    5156 #                              0,WACV)
    5157 #            lineSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' Num. atoms per group '),0,WACV)
    5158 #            lineSizer.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.FRMC,RMCPdict,'Natoms',xmin=1,size=[40,25]),0,WACV)
    5159 #            else:
    5160 #                lineSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' Starting phase symmetry must be P 1; transform structure first'))
     5157            # Bachir suggests that w/o periodic boundaries, users are likely to use fullrmc wrong
     5158            #lineSizer.Add(G2G.G2CheckBox(G2frame.FRMC,'Impose periodic boundaries',RMCPdict,'periodicBound'),
     5159            #                  0,WACV)
    51615160            mainSizer.Add(lineSizer,0,WACV)
    51625161            if ifBox:
     
    52175216                mainSizer.Add(GetAngleSizer(),0,WACV)
    52185217
    5219             # Torsions are probably not implemented correctly, hide them for now
     5218            # Torsions are difficult to implement. Need to be internal to a unit cell & named with fullrmc
     5219            # atom labels. Leave this out, at least for now.
    52205220            # torBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    52215221            # torAdd = wx.Button(G2frame.FRMC,label='Add')
     
    56385638            RMCPdict = data['RMC']['fullrmc']
    56395639            # debug stuff
    5640             import imp
    5641             imp.reload(G2pwd)
     5640            if GSASIIpath.GetConfigValue('debug'):
     5641                print('reloading',G2pwd)
     5642                import imp
     5643                imp.reload(G2pwd)
    56425644            # end debug stuff           
    56435645            rname = G2pwd.MakefullrmcRun(pName,data,RMCPdict)
     
    57015703                OnSetupRMC(event)
    57025704            RMCPdict = data['RMC']['fullrmc']
    5703             rmcname = pName+'.rmc'
    5704             if os.path.isdir(rmcname) and RMCPdict['ReStart'][0]:
    5705                 G2G.G2MessageBox(G2frame,
    5706                     '''You have asked to restart fullrmc but have an existing
    5707                     run as {}. You must manually delete this directory if
    5708                     you wish to restart or change the restart checkbox to
    5709                     continue from the previous results.
    5710                     '''.format(rmcname),'Restart or Continue?')
    5711                 # TODO: could do this for the user with:
    5712                 #import shutil
    5713                 #shutil.rmtree(rmcname)
     5705            #rmcname = pName+'.rmc'
     5706            # if os.path.isdir(rmcname) and RMCPdict['ReStart'][0]:
     5707            #     G2G.G2MessageBox(G2frame,
     5708            #         '''You have asked to restart fullrmc but have an existing
     5709            #         run as {}. You must manually delete this directory if
     5710            #         you wish to restart or change the restart checkbox to
     5711            #         continue from the previous results.
     5712            #         '''.format(rmcname),'Restart or Continue?')
     5713            #     # TODO: could do this for the user with:
     5714            #     #import shutil
     5715            #     #shutil.rmtree(rmcname)
    57145716            G2G.G2MessageBox(G2frame,'''For use of fullrmc, please cite:
    57155717
     
    58085810            sb.Popen('runrmc.bat',creationflags=sb.CREATE_NEW_CONSOLE)
    58095811           
     5812    def OnStopRMC(event):
     5813        if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     5814            RMCPdict = data['RMC']['fullrmc']
     5815            generalData = data['General']
     5816            pName = G2frame.GSASprojectfile.split('.')[0] + '-' + generalData['Name']
     5817            pName = pName.replace(' ','_')
     5818            engineFilePath = pName+'.rmc'
     5819            if not os.path.exists(engineFilePath):
     5820                print('fullrmc repository {} not found'.format(engineFilePath))
     5821                return
     5822            try:
     5823                from fullrmc import InterceptHook
     5824                hook = InterceptHook(path=engineFilePath)
     5825                hook.stop_engine()
     5826                print('hook.stop_engine() sent to {}'.format(engineFilePath))
     5827            except Exception as msg:
     5828                print('failed, msg=',msg)
     5829     
    58105830    def OnViewRMC(event):
    58115831        if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     
    59045924                 print("Unexpected error reading from fullrmc engine\n  ",msg)
    59055925                 return
     5926            plotList.append('fullrmc residuals for '+pName)
    59065927            if not found or len(plotList) == 0:
    59075928                G2G.G2MessageBox(G2frame,'No saved information yet, wait until fullrmc does a Save',
     
    60366057                    if item.__class__.__name__+' pyplot' in selectedPlots:
    60376058                        item.plot(show=True)
    6038 
    6039             # how to get std err vs steps?
     6059                       
     6060            # read log files to get std err vs steps
     6061            ilog = 0
     6062            Gen = []
     6063            Err = []
     6064            while True:
     6065                fname = '{}_{}.log'.format(pName,ilog)
     6066                try:
     6067                    logfile = open(fname,'r')
     6068                    for line in logfile.readlines():
     6069                        if "fullrmc <STEP>" not in line: continue
     6070                        Gen.append(float(int(line.split('Gen:')[1].split()[0])))
     6071                        Err.append(float(line.split('Err:')[1].strip()))
     6072                    logfile.close()
     6073                except FileNotFoundError:
     6074                    break
     6075                ilog += 1
     6076            title = 'fullrmc residuals for '+pName
    60406077            #GSASIIpath.IPyBreak()
    6041             # loglines = []
    6042             # ilog = 0
    6043             # while True:
    6044             #     fname = '%s_%d.log'%(pName,ilog)
    6045             #     try:
    6046             #         logfile = open(fname,'r')
    6047             #         loglines += logfile.readlines()
    6048             #         logfile.close()
    6049             #     except FileNotFoundError:
    6050             #         break
    6051             #     ilog += 1
    6052             # if not len(loglines):
    6053             #     print('no log file found')
    6054             #     return
    6055             # start = 0
    6056             # while True:
    6057             #     if start == len(loglines):
    6058             #         print('No log info to plot')
    6059             #         return
    6060             #     line = loglines[start]               
    6061             #     if 'Err:' in line:
    6062             #         break
    6063             #     else:
    6064             #         start += 1
    6065             # Gen = []
    6066             # Err = []
    6067             # start -= 1
    6068             # while True:
    6069             #     start += 1
    6070             #     try:
    6071             #         line = loglines[start]
    6072             #     except:
    6073             #         break
    6074             #     if 'Err' not in line:
    6075             #         continue
    6076             #     items = line.split(' - ')
    6077             #     try:    # could be a trashed line at end
    6078             #         errStr = items[5][:-1].split('Err:')[1]
    6079             #         Err.append([float(val) for val in errStr.split(',')])
    6080             #     except ValueError:
    6081             #         break
    6082             #     Gen.append(int(items[1].split('Gen:')[1]))
    6083            
    6084             # Gen = np.array(Gen)
    6085             # Err = np.array(Err)
    6086             # nObs = np.array(nObs)
    6087             # if np.any(nObs):
    6088             #     Err /= nObs[:Err.shape[1]]
    6089             #     ptstr1 = ''
    6090             #     ptstr2 = ''
    6091             #     for it,item in enumerate(eNames):
    6092             #         ptstr1 += ' %s obs: %d'%(item,nObs[it])
    6093             #         ptstr2 += ' %s reduced chi^2: %.5f'%(item,Err[-1][it])
    6094             #     print(ptstr1)
    6095             #     print(ptstr2)
    6096             #     Err = np.log10(Err)
    6097             #     XY = [[Gen,Erri] for Erri in Err.T]
    6098             #     G2plt.PlotXY(G2frame,XY,labelX='no. generated',
    6099             #         labelY=r'$log_{10}$ (reduced $\mathsf{\chi^2})$',newPlot=True,Title='fullrmc residuals for '+pName,
    6100             #         lines=True,names=eNames)
    6101                      
     6078            if len(Gen) > 0 and title in selectedPlots:
     6079                Gen = np.array(Gen)
     6080                Err = np.log10(Err)
     6081                G2plt.PlotXY(G2frame,[[Gen,Err]],labelX='generated steps',
     6082                               labelY=r'$log_{10}$ ($\mathsf{\chi^2})$',newPlot=True,Title=title,
     6083                               lines=True,names=eNames)
    61026084        else:
    61036085            generalData = data['General']
     
    1186811850           
    1186911851        # beginning of FillMapPeaksGrid()
    11870         #import imp   # debug code
    11871         #imp.reload(G2plt) # debug code
    1187211852        G2frame.GetStatusBar().SetStatusText('',1)
    1187311853        if 'Map Peaks' in data:
     
    1236012340            FillRigidBodyGrid()
    1236112341        elif text == 'Map peaks':
    12362             #print('reimport GSASIIplot')
    12363             #import imp
    12364             #imp.reload(G2plt)
    1236512342            G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.MapPeaksMenu)
    1236612343            G2plt.PlotStructure(G2frame,data,firstCall=True)
     
    1250612483        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRunRMC, id=G2G.wxID_RUNRMC)
    1250712484        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnViewRMC, id=G2G.wxID_VIEWRMC)
     12485        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnStopRMC, id=G2G.wxID_STOPRMC)
    1250812486        # MC/SA
    1250912487        FillSelectPageMenu(TabSelectionIdDict, G2frame.dataWindow.MCSAMenu)
  • trunk/GSASIIpwd.py

    r4527 r4532  
    27962796    rundata += '''
    27972797# fullrmc imports (all that are potentially useful)
     2798import os,glob
     2799import time
    27982800#import matplotlib.pyplot as plt
    27992801import numpy as np
    2800 import time
    28012802from fullrmc.Core import Collection
    28022803from fullrmc.Engine import Engine
     
    29002901               '("element","{1}","{0}","{2}",{5},{6},{5},{6},{3},{4}),\n'.format(*item))
    29012902        rundata += '             ])\n'
     2903    rundata += '    for f in glob.glob("{}_*.log"): os.remove(f)\n'.format(pName)
    29022904    rundata += '''
    29032905    ENGINE.save()
    29042906else:
    29052907    ENGINE = ENGINE.load(path=engineFileName)
    2906 '''               
    2907 #    if RMCPdict['Swaps']:
    2908 #        rundata += '#set up for site swaps\n'
    2909 #        rundata += 'aN = ENGINE.allNames\n'
    2910 #        rundata += 'SwapGen = {}\n'
    2911 #        for swap in RMCPdict['Swaps']:
    2912 #            rundata += 'SwapA = [[idx] for idx in range(len(aN)) if aN[idx]=="%s"]\n'%swap[0]
    2913 #            rundata += 'SwapB = [[idx] for idx in range(len(aN)) if aN[idx]=="%s"]\n'%swap[1]
    2914 #            rundata += 'SwapGen["%s-%s"] = [SwapPositionsGenerator(swapList=SwapA),SwapPositionsGenerator(swapList=SwapB),%.2f]\n'%(swap[0],swap[1],swap[2])
     2908'''
     2909    rundata += 'ENGINE.set_log_file("{}")\n'.format(pName)
     2910    if RMCPdict['Swaps']:
     2911        rundata += '\n#set up for site swaps\n'
     2912        rundata += 'aN = ENGINE.allNames\n'
     2913        rundata += 'SwapGen = {}\n'
     2914        for swap in RMCPdict['Swaps']:
     2915            rundata += 'SwapA = [[idx] for idx in range(len(aN)) if aN[idx]=="%s"]\n'%swap[0]
     2916            rundata += 'SwapB = [[idx] for idx in range(len(aN)) if aN[idx]=="%s"]\n'%swap[1]
     2917            rundata += 'SwapGen["%s-%s"] = [SwapPositionsGenerator(swapList=SwapA),SwapPositionsGenerator(swapList=SwapB),%.2f]\n'%(swap[0],swap[1],swap[2])
     2918        rundata += '    for swaps in SwapGen:\n'
     2919        rundata += '        AB = swaps.split("-")\n'
     2920        rundata += '        ENGINE.set_groups_as_atoms()\n'
     2921        rundata += '        for g in ENGINE.groups:\n'
     2922        rundata += '            if aN[g.indexes[0]]==AB[0]:\n'
     2923        rundata += '                g.set_move_generator(SwapGen[swaps][0])\n'
     2924        rundata += '            elif aN[g.indexes[0]]==AB[1]:\n'
     2925        rundata += '                g.set_move_generator(SwapGen[swaps][1])\n'
     2926        rundata += '            sProb = SwapGen[swaps][2]\n'
    29152927    rundata += '\n# set weights -- do this now so values can be changed without a restart\n'
    29162928    rundata += 'wtDict = {}\n'
     
    29372949    if RMCPdict['FitScale']:
    29382950        rundata += '        c.set_adjust_scale_factor((10, 0.01, 100.))\n'
     2951    # torsions difficult to implement, must be internal to cell & named with
     2952    # fullrmc atom names
    29392953    # if len(RMCPdict['Torsions']):         # Torsions currently commented out in GUI
    29402954    #     rundata += 'for c in ENGINE.constraints:  # look for Dihedral Angle Constraints\n'
     
    29472961    rundata += '\n# setup runs for fullrmc\n'
    29482962
    2949     rundata += 'for _ in range(%d):\n'%RMCPdict['Cycles']
    2950     if BondList and RMCPdict['Swaps']: rundata += setBondConstraints('    ')
    2951     if AngleList and RMCPdict['Swaps']: rundata += setAngleConstraints('    ')
     2963    rundata += 'steps = 10000\n'
     2964    rundata += 'for _ in range({}):\n'.format(RMCPdict['Cycles'])
    29522965    rundata += '    ENGINE.set_groups_as_atoms()\n'
    2953     rundata += '    ENGINE.run(restartPdb="%s",numberOfSteps=10000, saveFrequency=1000)\n'%restart
    2954     if RMCPdict['Swaps']:
    2955         if BondList: rundata += setBondConstraints('    ',clear=True)
    2956         if AngleList: rundata += setAngleConstraints('    ',clear=True)
    2957         rundata += '    for swaps in SwapGen:\n'
    2958         rundata += '        AB = swaps.split("-")\n'
    2959         rundata += '        ENGINE.set_groups_as_atoms()\n'
    2960         rundata += '        for g in ENGINE.groups:\n'
    2961         rundata += '            if aN[g.indexes[0]]==AB[0]:\n'
    2962         rundata += '                g.set_move_generator(SwapGen[swaps][0])\n'
    2963         rundata += '            elif aN[g.indexes[0]]==AB[1]:\n'
    2964         rundata += '                g.set_move_generator(SwapGen[swaps][1])\n'
    2965         rundata += '            sProb = SwapGen[swaps][2]\n'
    2966         rundata += '        ENGINE.run(restartPdb="%s",numberOfSteps=10000*sProb, saveFrequency=1000)\n'%restart
    2967         rundata += '        ENGINE.set_groups_as_atoms()\n'
    2968         rundata += '        ENGINE.run(restartPdb="%s",numberOfSteps=10000*(1.-sProb), saveFrequency=1000)\n'%restart
    2969     #rundata += 'ENGINE.close()\n'
     2966    rundata += '    expected = ENGINE.generated+steps\n'
     2967   
     2968    rundata += '    ENGINE.run(restartPdb="%s",numberOfSteps=steps, saveFrequency=1000)\n'%restart
     2969    rundata += '    if ENGINE.generated != expected: break # run was stopped\n'
    29702970    rundata += 'print("ENGINE run time %.2f s"%(time.time()-time0))\n'
    29712971    rfile = open(rname,'w')
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.