Changeset 4420


Ignore:
Timestamp:
May 15, 2020 8:05:40 PM (18 months ago)
Author:
vondreele
Message:

improvements to fullrmc interface

Location:
trunk
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r4418 r4420  
    45164516                fil = Indx[Obj.GetId()]
    45174517                RMCPdict['files'][fil][3] = not RMCPdict['files'][fil][3]
     4518               
     4519            def OnDelBtn(event):
     4520                Obj = event.GetEventObject()
     4521                fil = Indx[Obj.GetId()]
     4522                RMCPdict['files'][fil][0] = 'Select'
     4523                wx.CallAfter(UpdateRMC)
    45184524                           
    45194525            Indx = {}
     
    45254531            titleSizer.Add(fitscale,0,WACV)
    45264532            mainSizer.Add(titleSizer,0,WACV)
    4527             ncol= 5
    4528             Heads = ['Name','File','Format','Weight','Plot']
     4533            ncol= 6
     4534            Heads = ['Name','File','Format','Weight','Plot','Delete']
    45294535            if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
    45304536                mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,
    45314537                    label=' NB: fullrmc data files must be 2 columns; all other lines preceeded by "#". Edit before use.'),0,WACV)
    4532                 Heads = ['Name','File','Weight','Plot','Corr']
     4538                Heads = ['Name','File','Weight','Plot','Corr','Delete']
    45334539            fileSizer = wx.FlexGridSizer(ncol,5,5)
    45344540            Formats = ['RMC','GUDRUN','STOG']
     
    45694575                        corrChk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX,OnCorrChk)
    45704576                        fileSizer.Add(corrChk,0,WACV)
     4577                        delBtn = wx.Button(G2frame.FRMC,label='Delete')
     4578                        delBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnDelBtn)
     4579                        Indx[delBtn.GetId()] = fil
     4580                        fileSizer.Add(delBtn,0,WACV)
    45714581                else:
    45724582                    RMCPdict['files'][fil][0] = 'Select'
     4583                    fileSizer.Add((5,5),0)
    45734584                    fileSizer.Add((5,5),0)
    45744585                    fileSizer.Add((5,5),0)
     
    55005511                                sitem = str(type(item))
    55015512                                if 'PairDistribution' in sitem or 'StructureFactor' in sitem or 'PairCorrelation' in sitem:
     5513                                    nameId = 'X'
     5514                                    if 'neutron' in item.weighting:
     5515                                        nameId = 'N'
    55025516                                    found = True
    55035517                                    Xlab = r'$\mathsf{r,\AA}$'
    55045518                                    Ylab = r'$\mathsf{g(r),\AA^{-2}}$'
    5505                                     title = ' g(r) for '
     5519                                    title = ' g(r)%s for '%nameId
    55065520                                    if 'StructureFactor' in sitem:
    5507                                         eNames.append('S(Q)')
     5521                                        eNames.append('S(Q)'+nameId)
    55085522                                        Xlab = r'$\mathsf{Q,\AA^{-1}}$'
    55095523                                        Ylab = 'S(Q)'
    5510                                         title = ' S(Q) for '
     5524                                        title = ' S(Q)%s for '%nameId
    55115525                                    else:
    5512                                         eNames.append('g(r)')
    5513                                         title = frame+title
     5526                                        eNames.append('g(r)'+nameId)
    55145527                                    dataDict= item.get_constraints_properties(frame)
    55155528                                    X = dataDict['frames-experimental_x'][0]
     
    55345547                                    NamesT = []
    55355548                                    for item in rdfDict:
    5536                                         PXYT.append([X,rdfDict[item]])
     5549                                        if 'rdf' not in item and 'g(r)' in title:
     5550                                            Ylab = r'$\mathsf{G(r),\AA^{-1}}$'
     5551                                            PXYT.append([X,1.+rdfDict[item]/X])
     5552                                        else:
     5553                                            PXYT.append([X,rdfDict[item]])
    55375554                                        NamesT.append(item)
    55385555                                        if 'total' in item:
    5539                                             PXY.append([X,rdfDict[item]])
     5556                                            if 'rdf' not in item and 'g(r)' in title:
     5557                                                Ylab = r'$\mathsf{G(r),\AA^{-1}}$'
     5558                                                PXY.append([X,1.+rdfDict[item]/X])
     5559                                            else:
     5560                                                PXY.append([X,rdfDict[item]])
    55405561                                            Names.append(item)
    55415562                                    G2plt.PlotXY(G2frame,PXYT,labelX=Xlab,
     
    56255646                    start += 1
    56265647            Gen = []
    5627             # Tr = []
    5628             # Acc = []
    5629             # Rem = []
    56305648            Err = []
    56315649            start -= 1
  • trunk/GSASIIpwd.py

    r4417 r4420  
    26482648        filDat = RMCPdict['files'][File]
    26492649        if filDat[0] != 'Select':
    2650             sfwt = 'neutrons'
     2650            sfwt = 'neutronCohb'
    26512651            if 'Xray' in File:
    2652                 sfwt = 'xrays'
     2652                sfwt = 'atomicNumber'
    26532653            if 'G(r)' in File:
    26542654                rundata += '    RGR = np.loadtxt("%s").T\n'%filDat[0]
     
    26572657                rundata += '    GofR = PairDistributionConstraint(experimentalData=RGR.T, weighting="%s")\n'%sfwt
    26582658                rundata += '    ENGINE.add_constraints([GofR])\n'
    2659                 wtDict['Pair'] = filDat[1]
     2659                wtDict['Pair-'+sfwt] = filDat[1]
    26602660            else:
    26612661                rundata += '    SOQ = np.loadtxt("%s").T\n'%filDat[0]
     
    26642664                rundata += '    FofQ = ReducedStructureFactorConstraint(experimentalData=SOQ.T, weighting="%s")\n'%sfwt
    26652665                rundata += '    ENGINE.add_constraints([FofQ])\n'
    2666                 wtDict['Struct'] = filDat[1]
     2666                wtDict['Struct-'+sfwt] = filDat[1]
    26672667    rundata += '    ENGINE.add_constraints(InterMolecularDistanceConstraint())\n'
    26682668    if RMCPdict['byMolec']:
     
    26792679    rundata += 'else:\n'
    26802680    rundata += '    ENGINE = ENGINE.load(path=engineFileName)\n'
    2681     rundata += '#fill & change constraints - can be done without restart\n' 
     2681    rundata += '#fill & change constraints - can be done without restart\n'
     2682    rundata += 'wtDict = %s\n'%str(wtDict)
    26822683    rundata += 'Constraints = ENGINE.constraints\n'
    26832684    rundata += 'for constraint in Constraints:\n'
     
    26862687    rundata += '        constraint.set_default_distance(%f)\n'%RMCPdict['min Contact']
    26872688    rundata += '    elif "PairDistribution" in strcons:\n'
    2688     rundata += '        constraint.set_variance_squared(%f)\n'%wtDict['Pair']
     2689    rundata += '        constraint.set_variance_squared(wtDict["Pair-"+constraint.weighting])\n'
    26892690    rundata += '        constraint.set_limits((%.3f,%.3f))\n'%(rmin,rmax)
    26902691    if RMCPdict['FitScale']:
    26912692        rundata += '        constraint.set_adjust_scale_factor((10, 0.01, 100.))\n'
    26922693    rundata += '    elif "StructureFactor" in strcons:\n'
    2693     rundata += '        constraint.set_variance_squared(%f)\n'%wtDict['Struct']
     2694    rundata += '        constraint.set_variance_squared(wtDict["Struct-"+constraint.weighting])\n'
    26942695    if RMCPdict['FitScale']:
    26952696        rundata += '        constraint.set_adjust_scale_factor((10, 0.01, 100.))\n'
     
    27282729    rundata += '    ENGINE.set_groups_as_atoms()\n'
    27292730    rundata += '    ENGINE.run(restartPdb="%s",numberOfSteps=10000, saveFrequency=1000)\n'%restart
    2730     rundata += '    for swaps in SwapGen:\n'
    2731     rundata += '        AB = swaps.split("-")\n'
    2732     rundata += '        ENGINE.set_groups_as_atoms()\n'
    2733     rundata += '        for g in ENGINE.groups:\n'
    2734     rundata += '            if allNames[g.indexes[0]]==AB[0]:\n'
    2735     rundata += '                g.set_move_generator(SwapGen[swaps][0])\n'
    2736     rundata += '            elif allNames[g.indexes[0]]==AB[1]:\n'
    2737     rundata += '                g.set_move_generator(SwapGen[swaps][1])\n'
    2738     rundata += '            sProb = SwapGen[swaps][2]\n'
    2739     rundata += '        ENGINE.run(restartPdb="%s",numberOfSteps=10000*sProb, saveFrequency=1000)\n'%restart
    2740     rundata += '        ENGINE.set_groups_as_atoms()\n'
    2741     rundata += '        ENGINE.run(restartPdb="%s",numberOfSteps=10000*(1.-sProb), saveFrequency=1000)\n'%restart
     2731    if len(RMCPdict['Swaps']):
     2732        rundata += '    for swaps in SwapGen:\n'
     2733        rundata += '        AB = swaps.split("-")\n'
     2734        rundata += '        ENGINE.set_groups_as_atoms()\n'
     2735        rundata += '        for g in ENGINE.groups:\n'
     2736        rundata += '            if allNames[g.indexes[0]]==AB[0]:\n'
     2737        rundata += '                g.set_move_generator(SwapGen[swaps][0])\n'
     2738        rundata += '            elif allNames[g.indexes[0]]==AB[1]:\n'
     2739        rundata += '                g.set_move_generator(SwapGen[swaps][1])\n'
     2740        rundata += '            sProb = SwapGen[swaps][2]\n'
     2741        rundata += '        ENGINE.run(restartPdb="%s",numberOfSteps=10000*sProb, saveFrequency=1000)\n'%restart
     2742        rundata += '        ENGINE.set_groups_as_atoms()\n'
     2743        rundata += '        ENGINE.run(restartPdb="%s",numberOfSteps=10000*(1.-sProb), saveFrequency=1000)\n'%restart
    27422744    rundata += 'ENGINE.close()\n'
    27432745    rfile = open(rname,'w')
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.