Changeset 440


Ignore:
Timestamp:
Dec 11, 2011 1:55:19 PM (11 years ago)
Author:
vondreele
Message:

fix the mustrain ve microstrain title problem = GSASII.py
take wx,CallAfter? back out of most places - caused problems
get aniso size/mustrain ellipsoid around the right way to match ellipsoid model - exchanged sin & cos.

Location:
trunk
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASII.py

    r436 r440  
    909909                'Cell':[False,10.,10.,10.,90.,90.,90,1000.],
    910910                'Pawley dmin':1.0,
    911                 'Data plot type':'Microstrain',
     911                'Data plot type':'Mustrain',
    912912                'SH Texture':{
    913913                    'Order':0,

  • trunk/GSASIIimgGUI.py

    r437 r440  
    1717import GSASIIIO as G2IO
    1818import GSASIIgrid as G2gd
     19import numpy as np
    1920
    2021VERY_LIGHT_GREY = wx.Colour(235,235,235)
    … …  
    197198            data['fullIntegrate'] = True
    198199            data['LRazimuth'] = [Lazm,Lazm+360]
    199         wx.CallAfter(UpdateImageControls,self,data,masks)
     200        UpdateImageControls(self,data,masks)
    200201        G2plt.PlotExposedImage(self,event=event)
    201202       
    … …  
    235236    def OnRecalibrate(event):
    236237        G2img.ImageRecalibrate(self,data)
    237         wx.CallAfter(UpdateImageControls,self,data,masks)
     238        UpdateImageControls(self,data,masks)
    238239       
    239240    def OnIntegrate(event):
    … …  
    245246            Npix,imagefile = self.PatternTree.GetItemPyData(id)
    246247            backImage = G2IO.GetImageData(self,imagefile,True)*backScale
    247             self.Integrate = G2img.ImageIntegrate(self.ImageZ+backImage,data,masks)
     248            sumImage = self.ImageZ+backImage
     249            print sumImage.shape,np.min(sumImage),np.max(sumImage)
     250            self.Integrate = G2img.ImageIntegrate(sumImage,data,masks)
    248251        else:
    249252            self.Integrate = G2img.ImageIntegrate(self.ImageZ,data,masks)
    … …  
    399402                    S = File.readline()
    400403                data.update(save)
    401                 wx.CallAfter(UpdateImageControls,self,data,masks)
     404                UpdateImageControls(self,data,masks)
    402405                G2plt.PlotExposedImage(self,event=event)
    403406               
    … …  
    709712        Obj = event.GetEventObject()
    710713        del(data['Points'][delSpotId.index(Obj)])
    711         wx.CallAfter(UpdateMasks,self,data)
     714        UpdateMasks(self,data)
    712715        G2plt.PlotExposedImage(self,event=event)
    713716       
    … …  
    725728        Obj = event.GetEventObject()
    726729        del(data['Rings'][delRingId.index(Obj)])
    727         wx.CallAfter(UpdateMasks,self,data)
     730        UpdateMasks(self,data)
    728731        G2plt.PlotExposedImage(self,event=event)
    729732
    … …  
    741744        Obj = event.GetEventObject()
    742745        del(data['Arcs'][delArcId.index(Obj)])
    743         wx.CallAfter(UpdateMasks,self,data)
     746        UpdateMasks(self,data)
    744747        G2plt.PlotExposedImage(self,event=event)
    745748
    … …  
    747750        Obj = event.GetEventObject()
    748751        del(data['Polygons'][delPolyId.index(Obj)])
    749         wx.CallAfter(UpdateMasks,self,data)
     752        UpdateMasks(self,data)
    750753        G2plt.PlotExposedImage(self,event=event)
    751754
    … …  
    823826                    S = File.readline()
    824827                data.update(save)
    825                 wx.CallAfter(UpdateMasks,self,data)
     828                UpdateMasks(self,data)
    826829                G2plt.PlotExposedImage(self,event=event)
    827830               

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r439 r440  
    214214                generalData['Type'] = TypeTxt.GetValue()
    215215                dataDisplay.DestroyChildren()           #needed to clear away bad cellSizer, etc.
    216 #                wx.CallAfter(UpdateGeneral)        doesn't work here
    217216                UpdateGeneral()         #must use this way!
    218217                if generalData['Type'] == 'Pawley':
    … …  
    245244            wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
    246245            dataDisplay.DestroyChildren()           #needed to clear away bad cellSizer, etc.
    247             wx.CallAfter(UpdateGeneral)
     246            UpdateGeneral()
    248247           
    249248        def OnCellRef(event):
    … …  
    323322            generalData['Cell'] = cell
    324323            dataDisplay.DestroyChildren()           #needed to clear away bad cellSizer, etc.
    325             wx.CallAfter(UpdateGeneral)
     324            UpdateGeneral()
    326325                       
    327326        def OnPawleyVal(event):
    … …  
    341340            indx = generalData['AtomTypes'].index(item)
    342341            data['General']['AtomMass'][indx] = generalData['Isotopes'][item][isotope][0]
    343             wx.CallAfter(UpdateGeneral)
     342            UpdateGeneral()
    344343                                               
    345344        cellGUIlist = [[['m3','m3m'],4,zip([" Unit cell: a = "," Vol = "],["%.5f","%.3f"],[True,False],[0,0])],
    … …  
    11571156                            drawingData['Atoms'][r][c] = color
    11581157                            drawAtoms.SetAttr(r,c,attr)
    1159                         wx.CallAfter(UpdateDrawAtoms)
     1158                        UpdateDrawAtoms()
    11601159                    dlg.Destroy()
    11611160                elif drawAtoms.GetColLabelValue(c) == 'Residue':
    … …  
    11951194                    dlg.Destroy()
    11961195                    event.StopPropagation()
    1197                     wx.CallAfter(UpdateDrawAtoms)
     1196                    UpdateDrawAtoms()
    11981197            G2plt.PlotStructure(self,data)
    11991198                   
    … …  
    13461345            atNum = generalData['AtomTypes'].index(atom[ct])
    13471346            atom[cs+2] = list(generalData['Color'][atNum])
    1348         wx.CallAfter(UpdateDrawAtoms)
     1347        UpdateDrawAtoms()
    13491348        drawAtoms.ClearSelection()
    13501349        G2plt.PlotStructure(self,data)       
    … …  
    14501449            finally:
    14511450                dlg.Destroy()
    1452             wx.CallAfter(UpdateDrawAtoms)
     1451            UpdateDrawAtoms()
    14531452            drawAtoms.ClearSelection()
    14541453            G2plt.PlotStructure(self,data)
    … …  
    14931492                                atomData.append(newAtom)
    14941493            data['Drawing']['Atoms'] = atomData
    1495             wx.CallAfter(UpdateDrawAtoms)
     1494            UpdateDrawAtoms()
    14961495            drawAtoms.ClearSelection()
    14971496            G2plt.PlotStructure(self,data)
    … …  
    15461545                                atomData.append(atom[:])               
    15471546                data['Drawing']['Atoms'] = atomData
    1548             wx.CallAfter(UpdateDrawAtoms)
     1547            UpdateDrawAtoms()
    15491548            drawAtoms.ClearSelection()
    15501549            G2plt.PlotStructure(self,data)
    … …  
    16551654            for ind in indx:
    16561655                del atomData[ind]
    1657             wx.CallAfter(UpdateDrawAtoms)
     1656            UpdateDrawAtoms()
    16581657            drawAtoms.ClearSelection()
    16591658            G2plt.PlotStructure(self,data)
    … …  
    16621661    def OnReloadDrawAtoms(event):
    16631662        data['Drawing']['Atoms'] = []
    1664         wx.CallAfter(UpdateDrawAtoms)
     1663        UpdateDrawAtoms()
    16651664        drawAtoms.ClearSelection()
    16661665        G2plt.PlotStructure(self,data)
    … …  
    28552854            wx.EndBusyCursor()
    28562855        data['Pawley ref'] = PawleyPeaks
    2857         wx.CallAfter(FillPawleyReflectionsGrid)
     2856        FillPawleyReflectionsGrid()
    28582857       
    28592858    def OnPawleyEstimate(event):
    … …  
    28902889            except IndexError:
    28912890                pass
    2892         wx.CallAfter(FillPawleyReflectionsGrid)
     2891        FillPawleyReflectionsGrid()
    28932892                           
    28942893    def OnPawleyDelete(event):
    … …  
    29012900        if result == wx.ID_YES:
    29022901            data['Pawley ref'] = []
    2903             wx.CallAfter(FillPawleyReflectionsGrid)
     2902            FillPawleyReflectionsGrid()
    29042903   
    29052904    def OnTextureRefine(event):

  • trunk/GSASIIplot.py

    r432 r440  
    12011201            Y = np.outer(npcosd(PHI),npsind(PSI))
    12021202            Z = np.outer(np.ones(np.size(PHI)),npcosd(PSI))
    1203             coeff = useList[item][plotDict[plotType]]
     1203            try:        #temp patch instead of 'mustrain' for old files with 'microstrain'
     1204                coeff = useList[item][plotDict[plotType]]
     1205            except KeyError:
     1206                break
    12041207            if plotType in ['Mustrain','Size']:
    12051208                if coeff[0] == 'isotropic':

  • trunk/GSASIIpwdGUI.py

    r437 r440  
    9898        finally:
    9999            dlg.Destroy()
    100         wx.CallAfter(UpdatePeakGrid,self,peaks)
    101 #        UpdatePeakGrid(self,peaks)
     100        UpdatePeakGrid(self,peaks)
    102101        G2plt.PlotPatterns(self)
    103102       
    … …  
    123122        finally:
    124123            wx.EndBusyCursor()   
    125         wx.CallAfter(UpdatePeakGrid,self,peaks)
    126 #        UpdatePeakGrid(self,peaks)
     124        UpdatePeakGrid(self,peaks)
    127125        G2plt.PlotPatterns(self)
    128126        print 'finished'
    … …  
    143141                peak[4] = Inst['U']*tand(peak[0]/2.0)**2+Inst['V']*tand(peak[0]/2.0)+Inst['W']
    144142                peak[6] = Inst['X']/cosd(peak[0]/2.0)+Inst['Y']*tand(peak[0]/2.0)
    145         wx.CallAfter(UpdatePeakGrid,self,peaks)
    146 #        UpdatePeakGrid(self,peaks)
     143        UpdatePeakGrid(self,peaks)
    147144               
    148145    def RefreshPeakGrid(event):
    … …  
    280277                del(item[-1])
    281278        self.PatternTree.SetItemPyData(BackId,data)
    282         wx.CallAfter(UpdateBackgroundGrid,self,data)
    283 #        UpdateBackgroundGrid(self,data)
     279        UpdateBackgroundGrid(self,data)
    284280       
    285281    def OnBakVal(event):
    … …  
    456452        data = updateData(insVal,insRef)
    457453        RefreshInstrumentGrid(event,doAnyway=True)          #to get peaks updated
    458         wx.CallAfter(UpdateInstrumentGrid,self,data)
    459 #        UpdateInstrumentGrid(self,data)
     454        UpdateInstrumentGrid(self,data)
    460455       
    461456    def OnInstCopy(event):
    … …  
    494489            data[2] = data[2][:2]+data[2][4:]
    495490            data[3] = data[3][:1]+['Lam',]+data[3][4:]           
    496         wx.CallAfter(UpdateInstrumentGrid,self,data)
    497 #        UpdateInstrumentGrid(self,data)
     491        UpdateInstrumentGrid(self,data)
    498492               
    499493    def OnNewType(event):
    500494        insVal['Type'] = typePick.GetValue()
    501495        data = updateData(insVal,insRef)
    502         wx.CallAfter(UpdateInstrumentGrid,self,data)
    503 #        UpdateInstrumentGrid(self,data)
     496        UpdateInstrumentGrid(self,data)
    504497       
    505498    def OnLamPick(event):
    … …  
    508501        insVal['Lam2'] = waves[lamType][1]
    509502        data = updateData(insVal,insRef)
    510         wx.CallAfter(UpdateInstrumentGrid,self,data)
    511 #        UpdateInstrumentGrid(self,data)
     503        UpdateInstrumentGrid(self,data)
    512504                 
    513505    def OnRatValue(event):
    … …  
    786778            data['Transparency'] = [0.0,False]
    787779        self.dataDisplay.Destroy()
    788         wx.CallAfter(UpdateSampleGrid,self,data)
    789 #        UpdateSampleGrid(self,data)
     780        UpdateSampleGrid(self,data)
    790781       
    791782    def OnParmRef(event):
    … …  
    885876            data.append([peak[0],peak[2],True,False,0,0,0,dsp,0.0])
    886877        self.PatternTree.SetItemPyData(IndexId,data)
    887         wx.CallAfter(UpdateIndexPeaksGrid,self,data)
    888 #        UpdateIndexPeaksGrid(self,data)
     878        UpdateIndexPeaksGrid(self,data)
    889879       
    890880    def KeyEditPickGrid(event):
    … …  
    10161006    def OnBravSel(event):
    10171007        controls[5] = bravSel.GetString(bravSel.GetSelection())       
    1018         wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,self,data)
    1019 #        UpdateUnitCellsGrid(self,data)
     1008        UpdateUnitCellsGrid(self,data)
    10201009       
    10211010    def OnCellChange(event):
    … …  
    10931082        data = [controls,bravais,cells,dmin]
    10941083        self.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,data)
    1095         wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,self,data)
    1096 #        UpdateUnitCellsGrid(self,data)
     1084        UpdateUnitCellsGrid(self,data)
    10971085       
    10981086    def CopyUnitCell(event):
    … …  
    11071095        controls[12] = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(controls[6:12]))
    11081096        self.PatternTree.SetItemPyData(UnitCellsId,[controls,bravais,cells,dmin])
    1109         wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,self,data)
    1110 #        UpdateUnitCellsGrid(self,data)
     1097        UpdateUnitCellsGrid(self,data)
    11111098       
    11121099        self.dataFrame.RefineCell.Enable(True)
    … …  
    11531140        self.PatternTree.SetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(self,PatternId, 'Unit Cells List'),data)
    11541141        self.HKL = G2lat.GenHBravais(dmin,ibrav,Aref)
    1155         wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,self,data)
    1156 #        UpdateUnitCellsGrid(self,data)
     1142        UpdateUnitCellsGrid(self,data)
    11571143        print "%s%10.3f" % ('refinement M20 = ',M20)
    11581144        print 'unindexed lines = ',X20
    … …  
    11961182            self.dataFrame.IndexPeaks.Enable(True)
    11971183            self.dataFrame.MakeNewPhase.Enable(True)
    1198             wx.CallAfter(UpdateUnitCellsGrid,self,data)
    1199 #            UpdateUnitCellsGrid(self,data)
     1184            UpdateUnitCellsGrid(self,data)
    12001185               
    12011186    def RefreshUnitCellsGrid(event):
    … …  
    14921477            Obj.SetValue(fmt%(value))
    14931478            data[fileKey][itemKey] = value
    1494             wx.CallAfter(UpdatePDFGrid,self,data)
    1495 #            UpdatePDFGrid(self,data)
     1479            UpdatePDFGrid(self,data)
    14961480       
    14971481        def OnValueChange(event):
    … …  
    17781762            data['Form Vol'] = max(10.0,SumElementVolumes())
    17791763        PE.Destroy()
    1780         wx.CallAfter(UpdatePDFGrid,self,data)
    1781 #        UpdatePDFGrid(self,data)
     1764        UpdatePDFGrid(self,data)
    17821765       
    17831766    def OnDeleteElement(event):
    … …  
    17881771            del ElList[dlg.GetDeleteElement()]
    17891772        dlg.Destroy()
    1790         wx.CallAfter(UpdatePDFGrid,self,data)
    1791 #        UpdatePDFGrid(self,data)
     1773        UpdatePDFGrid(self,data)
    17921774               
    17931775    def ComputePDF(Data):

  • trunk/GSASIIstruct.py

    r435 r440  
    19051905        cosP,sinP = G2lat.CosSinAngle(H,P,G)
    19061906        gam = (1.8*wave/np.pi)/(parmDict[phfx+'Size:0']*parmDict[phfx+'Size:1']*costh)
    1907         gam *= np.sqrt((cosP*parmDict[phfx+'Size:1'])**2+(sinP*parmDict[phfx+'Size:0'])**2)
     1907        gam *= np.sqrt((sinP*parmDict[phfx+'Size:1'])**2+(cosP*parmDict[phfx+'Size:0'])**2)
    19081908    else:           #ellipsoidal crystallites
    19091909        Sij =[parmDict[phfx+'Size:%d'%(i)] for i in range(6)]
    … …  
    19431943        Sa = parmDict[phfx+'Size:1']
    19441944        gami = (1.8*wave/np.pi)/(Si*Sa)
    1945         sqtrm = np.sqrt((cosP*Sa)**2+(sinP*Si)**2)
     1945        sqtrm = np.sqrt((sinP*Sa)**2+(cosP*Si)**2)
    19461946        gam = gami*sqtrm/costh           
    1947         gamDict[phfx+'Size:0'] = gami*Si*sinP**2/(sqtrm*costh)-gam/Si
    1948         gamDict[phfx+'Size:1'] = gami*Sa*cosP**2/(sqtrm*costh)-gam/Sa         
     1947        gamDict[phfx+'Size:0'] = gami*Si*cosP**2/(sqtrm*costh)-gam/Si
     1948        gamDict[phfx+'Size:1'] = gami*Sa*sinP**2/(sqtrm*costh)-gam/Sa         
    19491949    else:           #ellipsoidal crystallites
    19501950        const = 1.8*wave/(np.pi*costh)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.