Changeset 4351


Ignore:
Timestamp:
Mar 9, 2020 10:34:48 AM (4 years ago)
Author:
vondreele
Message:

Work on Compare results for more than one type of bond polyhedra. Now saved by bond name so recoverable.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r4348 r4351  
    25532553               
    25542554            def OnCompPlots(event):
    2555                 Bonds = generalData['Compare']['Bonds']
    2556                 Tilts = generalData['Compare']['Tilts']
    2557                 Vects = generalData['Compare']['Vects']
     2555                pName = generalData['Name']
    25582556                Oatoms = generalData['Compare']['Oatoms']
    25592557                Tatoms = generalData['Compare']['Tatoms']
    2560                 dVects = generalData['Compare']['dVects']
     2558                bName = '%s-%s'%(Oatoms,Tatoms)
     2559                try:
     2560                    Bonds = generalData['Compare']['Bonds'][bName]
     2561                except KeyError:
     2562                    print('need to do Compare first for %s polyhedra plots'%bName)
     2563                    return
     2564                Tilts = generalData['Compare']['Tilts'][bName]
     2565                Vects = generalData['Compare']['Vects'][bName]
     2566                dVects = generalData['Compare']['dVects'][bName]
    25612567                if len(Bonds['Obonds']):
    25622568                    print(' Octahedra:')
    … …  
    25652571                    Bstd = np.std(Bonds['Obonds'])
    25662572                    title = '%s-%s Octahedral bond lengths'%(Oatoms,Tatoms)                   
    2567                     G2plt.PlotBarGraph(G2frame,Bonds['Obonds'],Xname=r'$Bond, \AA$',Title=title,PlotName='Oct-Bond')
     2573                    G2plt.PlotBarGraph(G2frame,Bonds['Obonds'],Xname=r'$Bond, \AA$',Title=title,
     2574                        PlotName='Oct %s Bond for %s'%(bName,pName))
    25682575                    Tilts['Otilts'] = np.array(Tilts['Otilts'])
    25692576                    Tmean = np.mean(Tilts['Otilts'])
    25702577                    Tstd = np.std(Tilts['Otilts'])                   
    25712578                    G2plt.PlotBarGraph(G2frame,Tilts['Otilts'],Xname='Tilts, deg',
    2572                         Title='Octahedral %s tilts'%Oatoms,PlotName='Oct-Tilts')
     2579                        Title='Octahedral %s tilts'%Oatoms,PlotName='Oct %s Tilts for %s'%(bName,pName))
    25732580                    dVects['Ovec'] = np.reshape(np.array(dVects['Ovec']),(-1,3))
    25742581                    for ix,aX in enumerate(['X','Y','Z']):                       
    25752582                        G2plt.PlotBarGraph(G2frame,dVects['Ovec'].T[ix],Xname=r'$%s%s, \AA$'%(GkDelta,aX),
    2576                             Title='%s Octahedral distortion'%Oatoms,PlotName='Oct %s-Delta'%aX)
     2583                            Title='%s Octahedral distortion'%Oatoms,PlotName='Oct %s %s-Delta for %s'%(bName,aX,pName))
    25772584                    Vects['Ovec'] = np.array(Vects['Ovec'])                    #3D plot of tilt vectors                   
    25782585                    X = Vects['Ovec'].T[0]
    … …  
    25802587                    Z = Vects['Ovec'].T[2]                   
    25812588                    G2plt.PlotXYZvect(G2frame,X,Y,Z,r'X-axis',r'Y-axis',r'Z-axis',
    2582                         Title=r'%s Octahedral tilt vectors'%Oatoms,PlotName='Oct tilts')
     2589                        Title=r'%s Octahedral tilt vectors'%Oatoms,PlotName='Oct %s tilts for %s'%(bName,pName))
    25832590                    print(' %s-%s bond distance: %.3f(%d)'%(Oatoms,Tatoms,Bmean,Bstd*1000))
    25842591                    print(' %s tilt angle: %.2f(%d)'%(Oatoms,Tmean,Tstd*100))
    … …  
    25892596                    Bmean = np.mean(Bonds['Tbonds'])
    25902597                    Bstd = np.std(Bonds['Tbonds'])
    2591                     title = '%s-%s Terahedral bond lengths'%(Oatoms,Tatoms)
    2592                     G2plt.PlotBarGraph(G2frame,Bonds['Tbonds'],Xname=r'$Bond, \AA$',Title=title,PlotName='Tet-Bond')
     2598                    title = '%s-%s Tetrahedral bond lengths'%(Oatoms,Tatoms)
     2599                    G2plt.PlotBarGraph(G2frame,Bonds['Tbonds'],Xname=r'$Bond, \AA$',Title=title,
     2600                        PlotName='Tet %s Bond for %s'%(bName,pName))
    25932601                    Tilts['Ttilts'] = np.array(Tilts['Ttilts'])
    25942602                    Tmean = np.mean(Tilts['Ttilts'])
    25952603                    Tstd = np.std(Tilts['Ttilts'])
    25962604                    G2plt.PlotBarGraph(G2frame,Tilts['Ttilts'],Xname='Tilts, deg',
    2597                         Title='Tetrahedral %s tilts'%Oatoms,PlotName='Tet-Tilts')
     2605                        Title='Tetrahedral %s tilts'%Oatoms,PlotName='Tet %s Tilts for %s'%(bName,pName))
    25982606                    dVects['Tvec'] = np.reshape(np.array(dVects['Tvec']),(-1,3))
    25992607                    for ix,aX in enumerate(['X','Y','Z']):
    26002608                        G2plt.PlotBarGraph(G2frame,dVects['Tvec'].T[ix],Xname=r'$%s%s, \AA$'%(GkDelta,aX),
    2601                             Title='%s Tetrahedral distortion'%Oatoms,PlotName='Tet %s-Delta'%aX)               
     2609                            Title='%s Tetrahedral distortion'%Oatoms,PlotName='Tet %s %s-Delta for %s'%(bName,aX,pName))               
    26022610                    Vects['Tvec'] = np.array(Vects['Tvec'])
    26032611                    X = Vects['Tvec'].T[0]
    … …  
    26052613                    Z = Vects['Tvec'].T[2]
    26062614                    G2plt.PlotXYZvect(G2frame,X,Y,Z,r'X-axis',r'Y-axis',r'Z-axis',
    2607                         Title=r'%s Tetrahedral tilt vectors'%Oatoms,PlotName='Tet tilts')
     2615                        Title=r'%s Tetrahedral tilt vectors'%Oatoms,PlotName='Tet %s tilts for %s'%(bName,pName))
    26082616                    print(' %s-%s bond distance: %.3f(%d)'%(Oatoms,Tatoms,Bmean,Bstd*1000))
    26092617                    print(' %s tilt angle: %.2f(%d)'%(Oatoms,Tmean,Tstd*100))
    26102618               
    26112619
     2620            Oatoms = generalData['Compare']['Oatoms']
     2621            Tatoms = generalData['Compare']['Tatoms']
     2622            bName = '%s-%s'%(Oatoms,Tatoms)
    26122623            atTypes = generalData['AtomTypes']
    26132624            compSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    … …  
    26272638            atmselSizer.Add(tatmsel,0,WACV)
    26282639           
    2629             if len(generalData['Compare']['Bonds']['Obonds']) or len(generalData['Compare']['Bonds']['Tbonds']):
    2630                 plotBtn = wx.Button(General,label='Show plots?')
    2631                 plotBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnCompPlots)
    2632                 atmselSizer.Add(plotBtn)
     2640            try:
     2641                if len(generalData['Compare']['Bonds'][bName]['Obonds']) or len(generalData['Compare']['Bonds'][bName]['Tbonds']):
     2642                    plotBtn = wx.Button(General,label='Show plots?')
     2643                    plotBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnCompPlots)
     2644                    atmselSizer.Add(plotBtn)
     2645            except KeyError:
     2646                pass
    26332647            compSizer.Add(atmselSizer,0,WACV)
    26342648            return compSizer
    … …  
    28092823        cx,ct,cs,cia = generalData['AtomPtrs']
    28102824        atNames = [atm[ct-1] for atm in data['Atoms']]
    2811         if not generalData['Compare']['Oatoms']:
     2825        if not generalData['Compare']['Oatoms'] or not generalData['Compare']['Tatoms']:
    28122826            G2frame.ErrorDialog('Compare atom selection error','Select atoms for polygon comparison first')
    28132827            return
     2828        bName = '%s-%s'%(generalData['Compare']['Oatoms'],generalData['Compare']['Tatoms'])
    28142829        DisAglCtls = generalData.get('DisAglCtls',{})
    28152830        dlg = G2G.DisAglDialog(G2frame,DisAglCtls,generalData)
    … …  
    28222837            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
    28232838        Tilts = generalData['Compare']['Tilts']
    2824         Tilts.update({'Otilts':[],'Ttilts':[]})
     2839        Tilts.update({bName:{'Otilts':[],'Ttilts':[]}})
    28252840        Bonds = generalData['Compare']['Bonds']
    2826         Bonds.update({'Obonds':[],'Tbonds':[]})
     2841        Bonds.update({bName:{'Obonds':[],'Tbonds':[]}})
    28272842        Vects = generalData['Compare']['Vects']
    2828         Vects.update({'Ovec':[],'Tvec':[]})
     2843        Vects.update({bName:{'Ovec':[],'Tvec':[]}})
    28292844        dVects = generalData['Compare']['dVects']
    2830         dVects.update({'Ovec':[],'Tvec':[]})
     2845        dVects.update({bName:{'Ovec':[],'Tvec':[]}})
    28312846        Oatoms = generalData['Compare']['Oatoms']
    28322847        nOct = 0
    … …  
    28382853                if len(results) == 4:
    28392854                    bond,std,meanDisp,stdDisp,A,V,dVec = G2mth.FindTetrahedron(results)
    2840                     Bonds['Tbonds'].append(bond)
    2841                     Tilts['Ttilts'].append(A)
    2842                     Vects['Tvec'].append(V)
    2843                     dVects['Tvec'].append(dVec)
     2855                    Bonds[bName]['Tbonds'].append(bond)
     2856                    Tilts[bName]['Ttilts'].append(A)
     2857                    Vects[bName]['Tvec'].append(V)
     2858                    dVects[bName]['Tvec'].append(dVec)
    28442859                    nTet += 1
    28452860                elif len(results) == 6:
    28462861                    bond,std,meanDisp,stdDisp,A,V,dVec = G2mth.FindOctahedron(results)
    2847                     Bonds['Obonds'].append(bond)
    2848                     Tilts['Otilts'].append(A)
    2849                     Vects['Ovec'].append(V)
    2850                     dVects['Ovec'].append(dVec)
     2862                    Bonds[bName]['Obonds'].append(bond)
     2863                    Tilts[bName]['Otilts'].append(A)
     2864                    Vects[bName]['Ovec'].append(V)
     2865                    dVects[bName]['Ovec'].append(dVec)
    28512866                    nOct += 1
    28522867                else:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.