Changeset 4291


Ignore:
Timestamp:
Feb 10, 2020 10:06:35 AM (3 years ago)
Author:
vondreele
Message:

new tool in Phase/General? - Compare: compares (P 1 only) structures to ideal octahedra & tetrahedra
gives statistics on bond length, polygon tilts & rotations as well as distortions.

Location:
trunk
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIIdataGUI.py

    r4289 r4291  
    56435643        self.GeneralCalc.Append(G2G.wxID_MULTIMCSA,'Multi MC/SA','Run Monte Carlo - Simulated Annealing on multiprocessors')
    56445644        self.GeneralCalc.Append(G2G.wxID_TRANSFORMSTRUCTURE,'Transform','Transform crystal structure')
    5645         self.GeneralCalc.Append(G2G.wxID_COMPARESTRUCTURE,'Compare','Compare polyhedra in two structures')
     5645        self.GeneralCalc.Append(G2G.wxID_COMPARESTRUCTURE,'Compare','Compare polyhedra to ideal octahedra/tetrahedra')
    56465646        self.GeneralCalc.Append(G2G.wxID_USEBILBAOMAG,'Select magnetic/subgroup phase','If disabled, make in PWDR/Unit Cells')       
    56475647        self.GeneralCalc.Append(G2G.wxID_VALIDPROTEIN,'Protein quality','Protein quality analysis')

  • trunk/GSASIImath.py

    r4289 r4291  
    639639                Ids.append(Atoms[j][cia+8])
    640640    return Neigh,[OId,Ids]
     641
     642def FindOctahedron(results):
     643    Octahedron = np.array([[1.,0,0],[0,1.,0],[0,0,1.],[-1.,0,0],[0,-1.,0],[0,0,-1.]])
     644    Polygon = np.array([result[3] for result in results])
     645    Dists = np.array([np.sqrt(np.sum(axis**2)) for axis in Polygon])
     646    bond = np.mean(Dists)
     647    std = np.std(Dists)
     648    Norms = Polygon/Dists[:,nxs]
     649    Tilts = acosd(np.dot(Norms,Octahedron[0]))
     650    iAng = np.argmin(Tilts)
     651    Qavec = np.cross(Norms[iAng],Octahedron[0])
     652    QA = AVdeg2Q(Tilts[iAng],Qavec)
     653    newNorms = prodQVQ(QA,Norms)
     654    Rots = acosd(np.dot(newNorms,Octahedron[1]))
     655    jAng = np.argmin(Rots)
     656    Qbvec = np.cross(Norms[jAng],Octahedron[1])
     657    QB = AVdeg2Q(Rots[jAng],Qbvec)
     658    QQ = prodQQ(QA,QB)   
     659    newNorms = prodQVQ(QQ,Norms)
     660    dispVecs = np.array([norm[:,nxs]-Octahedron.T for norm in newNorms])
     661    disp = np.sqrt(np.sum(dispVecs**2,axis=1))
     662    dispids = np.argmin(disp,axis=1)
     663    vecDisp = np.array([dispVecs[i,:,dispid] for i,dispid in enumerate(dispids)])
     664    Disps = np.array([disp[i,dispid] for i,dispid in enumerate(dispids)])
     665    meanDisp = np.mean(Disps)
     666    stdDisp = np.std(Disps)
     667    A,V = Q2AVdeg(QQ)
     668    return bond,std,meanDisp,stdDisp,A,V,vecDisp
     669   
     670def FindTetrahedron(results):
     671    Tetrahedron = np.array([[1.,1,1],[1,-1,-1],[-1,1,-1],[-1,-1,1]])/np.sqrt(3.)
     672    Polygon = np.array([result[3] for result in results])
     673    Dists = np.array([np.sqrt(np.sum(axis**2)) for axis in Polygon])
     674    bond = np.mean(Dists)
     675    std = np.std(Dists)
     676    Norms = Polygon/Dists[:,nxs]
     677    Tilts = acosd(np.dot(Norms,Tetrahedron[0]))
     678    iAng = np.argmin(Tilts)
     679    Qavec = np.cross(Norms[iAng],Tetrahedron[0])
     680    QA = AVdeg2Q(Tilts[iAng],Qavec)
     681    newNorms = prodQVQ(QA,Norms)
     682    Rots = acosd(np.dot(newNorms,Tetrahedron[1]))
     683    jAng = np.argmin(Rots)
     684    Qbvec = np.cross(Norms[jAng],Tetrahedron[1])
     685    QB = AVdeg2Q(Rots[jAng],Qbvec)
     686    QQ = prodQQ(QA,QB)   
     687    newNorms = prodQVQ(QQ,Norms)
     688    dispVecs = np.array([norm[:,nxs]-Tetrahedron.T for norm in newNorms])
     689    disp = np.sqrt(np.sum(dispVecs**2,axis=1))
     690    dispids = np.argmin(disp,axis=1)
     691    vecDisp = np.array([dispVecs[i,:,dispid] for i,dispid in enumerate(dispids)])
     692    Disps = np.array([disp[i,dispid] for i,dispid in enumerate(dispids)])
     693    meanDisp = np.mean(Disps)
     694    stdDisp = np.std(Disps)
     695    A,V = Q2AVdeg(QQ)
     696    return bond,std,meanDisp,stdDisp,A,V,vecDisp
    641697   
    642698def FindAllNeighbors(phase,FrstName,AtNames,notName=''):
    … …  
    645701    Atoms = phase['Atoms']
    646702    atNames = [atom[ct-1] for atom in Atoms]
     703    atTypes = [atom[ct] for atom in Atoms]
    647704    Cell = General['Cell'][1:7]
    648705    Amat,Bmat = G2lat.cell2AB(Cell)
    … …  
    650707    indices = (-1,0,1)
    651708    Units = np.array([[h,k,l] for h in indices for k in indices for l in indices])
    652     atTypes = General['AtomTypes']
     709    AtTypes = General['AtomTypes']
    653710    Radii = np.array(General['BondRadii'])
    654711    DisAglCtls = General['DisAglCtls']   
    655712    radiusFactor = DisAglCtls['Factors'][0]
    656     AtInfo = dict(zip(atTypes,Radii)) #or General['BondRadii']
     713    AtInfo = dict(zip(AtTypes,Radii)) #or General['BondRadii']
    657714    Orig = atNames.index(FrstName)
    658715    OId = Atoms[Orig][cia+8]
    … …  
    681738                        else:
    682739                            Topstr = ' +(%4d)'%(Top)
    683                         Neigh.append([AtNames[iA]+Topstr,dist[iU]])
     740                        Neigh.append([AtNames[iA]+Topstr,atTypes[iA],dist[iU],dx[iU]])
    684741                        Ids.append(Atoms[iA][cia+8])
    685742    return Neigh,[OId,Ids]

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r4290 r4291  
    3030'''
    3131from __future__ import division, print_function
     32import platform
    3233import os
    3334import os.path
    … …  
    8788atan2d = lambda x,y: 180.*np.arctan2(y,x)/np.pi
    8889
     90if '2' in platform.python_version_tuple()[0]:
     91    GkDelta = unichr(0x0394)
     92else:
     93    GkDelta = chr(0x0394)
    8994################################################################################
    9095#### phase class definitions
    … …  
    284289        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
    285290       
    286 ################################################################################
    287 class CompareDialog(wx.Dialog):
    288     def __init__(self,parent,phase):
    289         wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup polyhedron comparison',
    290             pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
    291         self.parent = parent
    292         self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
    293         self.OPhase = copy.deepcopy(phase)   #will be a new phase!
    294         self.OName = self.OPhase['General']['Name']
    295         self.TPhase = copy.deepcopy(phase)
    296         self.TName = self.OName
    297         self.PhaseNames = parent.GetPhaseNames()
    298         self.PhaseData = parent.GetPhaseData()
    299         self.Oatoms = ['','']
    300         self.Tatoms = ['','']
    301         self.ONeighbors = []
    302         self.Tneighbors = []
    303         self.Draw()
    304            
    305     def Draw(self):
    306        
    307         def OnPhaseSel(event):
    308             self.TName = phasesel.GetStringSelection()
    309             self.Tphase = self.PhaseData[self.TName]
    310             wx.CallAfter(self.Draw)
    311            
    312         def OnOatmOsel(event):
    313             self.Oatoms[0] = oatmosel.GetStringSelection()
    314            
    315         def OnTatmOsel(event):
    316             self.Tatoms[0] = tatmosel.GetStringSelection()
    317             generalData = self.OPhase['General']
    318             DisAglCtls = generalData['DisAglCtls']
    319             dlg = G2G.DisAglDialog(self.parent,DisAglCtls,generalData)
    320             if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    321                 generalData['DisAglCtls'] = dlg.GetData()
    322             dlg.Destroy()
    323             print(G2mth.FindNeighbors(self.OPhase,self.Oatoms[0],self.Tatoms[0])[0])
    324 
    325         self.panel.Destroy()
    326         self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
    327         OgeneralData = self.OPhase['General']
    328         OatTypes = OgeneralData['AtomTypes']
    329         TgeneralData = self.OPhase['General']
    330         TatTypes = TgeneralData['AtomTypes']
    331        
    332         mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    333         mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label='Compare polyhedra in %s to target phase %s:(TBD)'%(self.OName,self.TName)),0,WACV)
    334        
    335         Pchoice = self.PhaseNames
    336         phaseselSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    337         phaseselSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select target phase: '),0,WACV)
    338         phasesel = wx.ComboBox(self.panel,choices=Pchoice,value=self.OName,
    339             style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
    340         phasesel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnPhaseSel)
    341         phaseselSizer.Add(phasesel,0,WACV)
    342         mainSizer.Add(phaseselSizer,0,WACV)
    343        
    344         mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' For origin phase %s:'%self.OName),0,WACV)
    345         oatmoselSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    346         oatmoselSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select origin atom type: '),0,WACV)
    347         oatmosel = wx.ComboBox(self.panel,choices=OatTypes,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
    348         oatmosel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnOatmOsel)
    349         oatmoselSizer.Add(oatmosel,0,WACV)
    350         mainSizer.Add(oatmoselSizer,0,WACV)
    351        
    352         tatmoselSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    353         tatmoselSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select target atom type: '),0,WACV)
    354         tatmosel = wx.ComboBox(self.panel,choices=OatTypes,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
    355         tatmosel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnTatmOsel)
    356         tatmoselSizer.Add(tatmosel,0,WACV)
    357         mainSizer.Add(tatmoselSizer,0,WACV)
    358        
    359         mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' For target phase %s:'%self.TName),0,WACV)
    360        
    361        
    362         OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
    363         OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
    364         cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
    365         cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
    366         btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
    367         btnSizer.Add((20,20),1)
    368         btnSizer.Add(OkBtn)
    369         btnSizer.Add((20,20),1)
    370         btnSizer.Add(cancelBtn)
    371         btnSizer.Add((20,20),1)
    372        
    373         mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
    374        
    375         self.panel.SetSizer(mainSizer)
    376         self.panel.SetAutoLayout(1)
    377         self.panel.SetScrollRate(10,10)
    378         size = np.array(self.GetSize())
    379         size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
    380         self.panel.SetSize(size)
    381        
    382     def GetSelection(self):
    383         return None
    384        
    385     def OnOk(self,event):
    386         parent = self.GetParent()
    387         parent.Raise()
    388         self.EndModal(wx.ID_OK)
    389 
    390     def OnCancel(self,event):
    391         parent = self.GetParent()
    392         parent.Raise()
    393         self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
    394        
    395 
    396291################################################################################
    397292class TransformDialog(wx.Dialog):
    … …  
    15601455            del generalData['Map']['Resolution']
    15611456            del generalData['Flip']['Resolution']
     1457        if 'Compare' not in generalData:
     1458            generalData['Compare'] = {'Oatoms':'','Tatoms':'','Tilts':{'Otilts':[],'Ttilts':[]},
     1459                'Bonds':{'Obonds':[],'Tbonds':[]},'Vects':{'Ovec':[],'Tvec':[]},
     1460                'dVects':{'Ovec':[],'Tvec':[]}}
    15621461               
    15631462# end of patches
    … …  
    26442543            mcsaSizer.Add(line3Sizer)           
    26452544            return mcsaSizer
     2545       
     2546        def compareSizer():
     2547           
     2548#            generalData['Compare'] = {'Oatom':'','Tatom':'','Tilts':{'Otilts':[],'Ttilts':[]},
     2549#                'Bonds':{'Obonds':[],'Tbonds':[]},'Vects':{'Ovec':[],'Tvec':[]},
     2550#                'dVects':{'Ovec':[],'Tvec':[]}}
     2551            def OnOatmOsel(event):
     2552                generalData['Compare']['Oatoms'] = oatmsel.GetStringSelection()
     2553               
     2554            def OnTatmOsel(event):
     2555                generalData['Compare']['Tatoms'] = tatmsel.GetStringSelection()
     2556               
     2557            def OnCompPlots(event):
     2558                Bonds = generalData['Compare']['Bonds']
     2559                Tilts = generalData['Compare']['Tilts']
     2560                Vects = generalData['Compare']['Vects']
     2561                Oatoms = generalData['Compare']['Oatoms']
     2562                Tatoms = generalData['Compare']['Tatoms']
     2563                dVects = generalData['Compare']['dVects']
     2564                if len(Bonds['Obonds']):
     2565                    print(' Octahedra:')
     2566                    Bonds['Obonds'] = np.array(Bonds['Obonds'])
     2567                    Bmean = np.mean(Bonds['Obonds'])
     2568                    Bstd = np.std(Bonds['Obonds'])
     2569                    title = '%s-%s Octahedral bond lengths'%(Oatoms,Tatoms)                   
     2570                    G2plt.PlotBarGraph(G2frame,Bonds['Obonds'],Xname=r'$Bond, \AA$',Title=title,PlotName='Bond')
     2571                    Tilts['Otilts'] = np.array(Tilts['Otilts'])
     2572                    Tmean = np.mean(Tilts['Otilts'])
     2573                    Tstd = np.std(Tilts['Otilts'])                   
     2574                    G2plt.PlotBarGraph(G2frame,Tilts['Otilts'],Xname='Tilts, deg',
     2575                        Title='Octahedral %s tilts'%Oatoms,PlotName='Tilts')
     2576                    dVects['Ovec'] = np.reshape(np.array(dVects['Ovec']),(-1,3))
     2577                    for ix,aX in enumerate(['X','Y','Z']):                       
     2578                        G2plt.PlotBarGraph(G2frame,dVects['Ovec'].T[ix],Xname=r'$%s%s, \AA$'%(GkDelta,aX),
     2579                            Title='%s Octahedral distortion'%Oatoms,PlotName='%s-Delta'%aX)
     2580                    Vects['Ovec'] = np.array(Vects['Ovec'])                    #3D plot of tilt vectors                   
     2581                    X = Vects['Ovec'].T[0]
     2582                    Y = Vects['Ovec'].T[1]
     2583                    Z = Vects['Ovec'].T[2]                   
     2584                    G2plt.PlotXYZvect(G2frame,X,Y,Z,r'X-axis',r'Y-axis',r'Z-axis',
     2585                        Title=r'%s Octahedral tilt vectors'%Oatoms,PlotName='Oct tilts')
     2586                    print(' %s-%s bond distance: %.3f(%d)'%(Oatoms,Tatoms,Bmean,Bstd*1000))
     2587                    print(' %s tilt angle: %.2f(%d)'%(Oatoms,Tmean,Tstd*100))
     2588               
     2589                if len(Bonds['Tbonds']):
     2590                    print('Tetrahedra:')
     2591                    Bonds['Tbonds'] = np.array(Bonds['Tbonds'])
     2592                    Bmean = np.mean(Bonds['Tbonds'])
     2593                    Bstd = np.std(Bonds['Tbonds'])
     2594                    title = '%s-%s Terahedral bond lengths'%(Oatoms,Tatoms)
     2595                    G2plt.PlotBarGraph(G2frame,Bonds['Tbonds'],Xname=r'$Bond, \AA$',Title=title,PlotName='Bond')
     2596                    Tilts['Ttilts'] = np.array(Tilts['Ttilts'])
     2597                    Tmean = np.mean(Tilts['Ttilts'])
     2598                    Tstd = np.std(Tilts['Ttilts'])
     2599                    G2plt.PlotBarGraph(G2frame,Tilts['Ttilts'],Xname='Tilts, deg',
     2600                        Title='Tetrahedral %s tilts'%Oatoms,PlotName='Tilts')
     2601                    dVects['Tvec'] = np.reshape(np.array(dVects['Tvec']),(-1,3))
     2602                    for ix,aX in enumerate(['X','Y','Z']):
     2603                        G2plt.PlotBarGraph(G2frame,dVects['Tvec'].T[ix],Xname=r'$%s%s, \AA$'%(GkDelta,aX),
     2604                            Title='%s Tetrahedral distortion'%Oatoms,PlotName='%s-Delta'%aX)               
     2605                    Vects['Tvec'] = np.array(Vects['Ovec'])
     2606                    X = Vects['Tvec'].T[0]
     2607                    Y = Vects['Tvec'].T[1]
     2608                    Z = Vects['Tvec'].T[2]
     2609                    G2plt.PlotXYZvect(G2frame,X,Y,Z,r'X-axis',r'Y-axis',r'Z-axis',
     2610                        Title=r'%s Tetrahedral tilt vectors'%Oatoms,PlotName='Tet tilts')
     2611                    print(' %s-%s bond distance: %.3f(%d)'%(Oatoms,Tatoms,Bmean,Bstd*1000))
     2612                    print(' %s tilt angle: %.2f(%d)'%(Oatoms,Tmean,Tstd*100))
     2613               
     2614
     2615            atTypes = generalData['AtomTypes']
     2616            compSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     2617            compSizer.Add(wx.StaticText(General,label=' Compare polyhedra to ideal octahedra/tetrahedra:'),0,WACV)
     2618                   
     2619            atmselSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     2620            atmselSizer.Add(wx.StaticText(General,label=' Select origin atom type: '),0,WACV)
     2621            oatmsel = wx.ComboBox(General,choices=atTypes,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
     2622            oatmsel.SetStringSelection(generalData['Compare']['Oatoms'])
     2623            oatmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnOatmOsel)
     2624            atmselSizer.Add(oatmsel,0,WACV)
     2625           
     2626            atmselSizer.Add(wx.StaticText(General,label=' Select target atom type: '),0,WACV)
     2627            tatmsel = wx.ComboBox(General,choices=atTypes,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
     2628            tatmsel.SetStringSelection(generalData['Compare']['Tatoms'])
     2629            tatmsel.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnTatmOsel)
     2630            atmselSizer.Add(tatmsel,0,WACV)
     2631           
     2632            if len(generalData['Compare']['Bonds']['Obonds']) or len(generalData['Compare']['Bonds']['Tbonds']):
     2633                plotBtn = wx.Button(General,label='Show plots?')
     2634                plotBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnCompPlots)
     2635                atmselSizer.Add(plotBtn)
     2636            compSizer.Add(atmselSizer,0,WACV)
     2637            return compSizer
     2638           
    26462639
    26472640        # UpdateGeneral execution starts here
    … …  
    27132706            G2G.HorizontalLine(mainSizer,General)
    27142707            mainSizer.Add(MCSASizer())
     2708        if generalData['SGData']['SpGrp'] == 'P 1':
     2709            G2G.HorizontalLine(mainSizer,General)
     2710            mainSizer.Add(compareSizer())
    27152711        if SkipDraw:
    27162712            mainSizer.Clear(True)
    … …  
    28102806               
    28112807    def OnCompare(event):
    2812         while True:
    2813             dlg = CompareDialog(G2frame,data)
    2814             try:
    2815                 if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    2816                     print('Compare polyhedra in structures - TBD')
    2817                     return
     2808        generalData = data['General']
     2809        cx,ct,cs,cia = generalData['AtomPtrs']
     2810        atNames = [atm[ct-1] for atm in data['Atoms']]
     2811        if not generalData['Compare']['Oatoms']:
     2812            G2frame.ErrorDialog('Compare atom selection error','Select atoms for polygon comparison first')
     2813            return
     2814        DisAglCtls = generalData.get('DisAglCtls',{})
     2815        dlg = G2G.DisAglDialog(G2frame,DisAglCtls,generalData)
     2816        if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     2817            generalData['DisAglCtls'] = dlg.GetData()
     2818        dlg.Destroy()
     2819        Natm = len(data['Atoms'])
     2820        iAtm= 0
     2821        pgbar = wx.ProgressDialog('Process polyhedron compare for %d atoms'%Natm,'Atoms done=',Natm+1,
     2822            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE|wx.PD_CAN_ABORT)
     2823        Tilts = generalData['Compare']['Tilts']
     2824        Tilts.update({'Otilts':[],'Ttilts':[]})
     2825        Bonds = generalData['Compare']['Bonds']
     2826        Bonds.update({'Obonds':[],'Tbonds':[]})
     2827        Vects = generalData['Compare']['Vects']
     2828        Vects.update({'Ovec':[],'Tvec':[]})
     2829        dVects = generalData['Compare']['dVects']
     2830        dVects.update({'Ovec':[],'Tvec':[]})
     2831        Oatoms = generalData['Compare']['Oatoms']
     2832        for atom in data['Atoms']:
     2833            if atom[ct] == Oatoms:
     2834                results = G2mth.FindAllNeighbors(data,atom[ct-1],atNames)[0]      #slow step
     2835                if len(results) == 4:
     2836                    bond,std,meanDisp,stdDisp,A,V,dVec = G2mth.FindTetrahedron(results)
     2837                    Bonds['Tbonds'].append(bond)
     2838                    Tilts['Ttilts'].append(A)
     2839                    Vects['Tvec'].append(V)
     2840                    dVects['Tvec'].append(dVec)
     2841                elif len(results) == 6:
     2842                    bond,std,meanDisp,stdDisp,A,V,dVec = G2mth.FindOctahedron(results)
     2843                    Bonds['Obonds'].append(bond)
     2844                    Tilts['Otilts'].append(A)
     2845                    Vects['Ovec'].append(V)
     2846                    dVects['Ovec'].append(dVec)
    28182847                else:
    2819                     return
    2820             finally:
    2821                 dlg.Destroy()
    2822        
     2848                    print('%s is something else with %d vertices'%(atom[ct-1],len(results)))
     2849            GoOn = pgbar.Update(iAtm,newmsg='Atoms done=%d'%(iAtm))
     2850            iAtm += 1
     2851            if not GoOn[0]:
     2852                break
     2853        pgbar.Destroy()
     2854        wx.CallAfter(UpdateGeneral,General.GetScrollPos(wx.VERTICAL))
    28232855       
    28242856    def OnUseBilbao(event):
    … …  
    41914223        subSizer2.Add(wx.StaticText(panel2,wx.ID_ANY,'Mode name  '))
    41924224        subSizer2.Add(wx.StaticText(panel2,wx.ID_ANY,' value'),0,wx.ALIGN_RIGHT)
    4193        
    41944225        if 'G2VarList' in ISO:
    41954226            deltaList = []

  • trunk/GSASIIplot.py

    r4290 r4291  
    442442            return self.canvas.SetToolTipString(text)
    443443       
    444        
    445444class G2PlotOgl(_tabPlotWin):
    446445    'Creates an OpenGL plot in the GSAS-II graphics window'
    … …  
    538537        page = self.panelList[self.plotList.index(name)]
    539538        page.plotRequiresRedraw = False # plot should not be deleted even if not redrawn
    540        
    541539
    542540    def RegisterRedrawRoutine(self,name,routine=None,args=(),kwargs={}):
    … …  
    51175115       
    51185116################################################################################
     5117##### PlotXYZvect
     5118################################################################################
     5119       
     5120def PlotXYZvect(G2frame,X,Y,Z,labelX=r'X',labelY=r'Y',labelZ=r'Z',Title='',PlotName=None):
     5121   
     5122#    def OnPageChanged(event):
     5123#        PlotText = G2frame.G2plotNB.nb.GetPageText(G2frame.G2plotNB.nb.GetSelection())
     5124#        if PlotText == PlotName:
     5125#            PlotXYZvect(G2frame,X,Y,Z,labelX,labelY,labelZ,Title,PlotText)       
     5126       
     5127    def OnMotion(event):
     5128        G2frame.G2plotNB.status.SetStatusText('',1)
     5129   
     5130    if PlotName is None or not len(X):
     5131        return
     5132    G2frame.G2plotNB.Delete(PlotName)       #A cluge: to avoid AccessExceptions on replot
     5133    new,plotNum,Page,Plot,lim = G2frame.G2plotNB.FindPlotTab(PlotName,'3d')
     5134    if new:
     5135#        G2frame.G2plotNB.Bind(wx.aui.EVT_AUINOTEBOOK_PAGE_CHANGED,OnPageChanged)
     5136        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
     5137    G2frame.G2plotNB.status.SetStatusText('',1)
     5138    Page.Choice = None
     5139    np.seterr(all='ignore')
     5140    Plot.scatter(X,Y,Z,marker='x')
     5141    xyzlim = np.array([Plot.get_xlim3d(),Plot.get_ylim3d(),Plot.get_zlim3d()]).T
     5142    XYZlim = [min(xyzlim[0]),max(xyzlim[1])]
     5143    Plot.set_xlim3d(XYZlim)
     5144    Plot.set_ylim3d(XYZlim)
     5145    Plot.set_zlim3d(XYZlim)
     5146    Plot.set_aspect('equal')
     5147    Plot.set_xlabel(labelX,fontsize=14)
     5148    Plot.set_ylabel(labelY,fontsize=14)
     5149    Plot.set_zlabel(labelZ,fontsize=14)
     5150    Plot.set_title(Title)
     5151    Page.canvas.draw()
     5152       
     5153################################################################################
    51195154##### Plot3dXYZ
    51205155################################################################################
    51215156       
    5122 def Plot3dXYZ(G2frame,nX,nY,Zdat,labelX='X',labelY='Y',labelZ='Z',newPlot=False,Title='',Centro=False):
     5157def Plot3dXYZ(G2frame,nX,nY,Zdat,labelX=r'X',labelY=r'Y',labelZ=r'Z',newPlot=False,Title='',Centro=False):
    51235158   
    51245159    def OnMotion(event):
    … …  
    51545189        xyzlim = np.array([Plot.get_xlim3d(),Plot.get_ylim3d(),Plot.get_zlim3d()]).T
    51555190        XYZlim = [min(xyzlim[0]),max(xyzlim[1])]
    5156         Plot.contour(X,Y,Z,10,zdir='x',offset=XYZlim[0])
    5157         Plot.contour(X,Y,Z,10,zdir='y',offset=XYZlim[1])
    5158         Plot.contour(X,Y,Z,10,zdir='z',offset=XYZlim[0])
     5191#        Plot.contour(X,Y,Z,10,zdir='x',offset=XYZlim[0])
     5192#        Plot.contour(X,Y,Z,10,zdir='y',offset=XYZlim[1])
     5193#        Plot.contour(X,Y,Z,10,zdir='z',offset=XYZlim[0])
    51595194        Plot.set_xlim3d(XYZlim)
    51605195        Plot.set_ylim3d(XYZlim)
    … …  
    51715206       
    51725207################################################################################
    5173 ##### PlotHist
     5208##### PlotAAProb
    51745209################################################################################
    51755210def PlotAAProb(G2frame,resNames,Probs1,Probs2,Title='',thresh=None,pickHandler=None):
    … …  
    52775312        Page.canvas.draw()
    52785313       
     5314################################################################################
     5315##### PlotBarGraph
     5316################################################################################
     5317           
     5318def PlotBarGraph(G2frame,Xarray,Xname='',Title='',PlotName=None):
     5319    'Needs a description'
     5320   
     5321    def OnPageChanged(event):
     5322        PlotText = G2frame.G2plotNB.nb.GetPageText(G2frame.G2plotNB.nb.GetSelection())
     5323        if PlotText == PlotName:
     5324            PlotBarGraph(G2frame,Xarray,Xname,Title,PlotText)
     5325   
     5326    def OnMotion(event):
     5327        xpos = event.xdata
     5328        if xpos:                                        #avoid out of frame mouse position
     5329            ypos = event.ydata
     5330            SetCursor(Page)
     5331            try:
     5332                G2frame.G2plotNB.status.SetStatusText('X =%9.3f Number =%9.3g'%(xpos,ypos),1)                   
     5333            except TypeError:
     5334                G2frame.G2plotNB.status.SetStatusText('Select %s first'%PlotName,1)
     5335
     5336    if PlotName is None or not len(Xarray):
     5337        return
     5338    new,plotNum,Page,Plot,lim = G2frame.G2plotNB.FindPlotTab(PlotName,'mpl')
     5339    if new:
     5340        G2frame.G2plotNB.Bind(wx.aui.EVT_AUINOTEBOOK_PAGE_CHANGED,OnPageChanged)
     5341        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
     5342    Page.Choice = None
     5343    nBins= max(10,len(Xarray)//25)
     5344    Bins,Dbins = np.histogram(Xarray,nBins)
     5345    wid = Dbins[1]-Dbins[0]
     5346    Plot.set_title(Title)
     5347    Plot.set_xlabel(Xname,fontsize=14)
     5348    Plot.set_ylabel(r'$Number$',fontsize=14)
     5349    Plot.bar(Dbins[:-1],Bins,width=wid,align='edge',facecolor='red',edgecolor='black')
     5350    Page.canvas.draw()
     5351
    52795352################################################################################
    52805353##### PlotSASDSizeDist
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.