Changeset 4254 for trunk/atmdata.py


Ignore:
Timestamp:
Jan 17, 2020 8:41:23 AM (3 years ago)
Author:
vondreele
Message:

more RMCProfile setup stuff added

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/atmdata.py

    r4197 r4254  
    354354    'Bk':[2.20,  2.00, 1.70, 0],
    355355    'Cf':[2.20,  2.00, 1.70, 0],
     356        }
     357# Bond valence coefficients for X-O, X-F & X-Cl Taken from Brese and O'Keefe, Acta Cryst B, 47, 192-197 (1991).
     358BVSoxid = {
     359    'Ac':['Ac+3',],
     360    'Ag':['Ag+1',],
     361    'Al':['Al+3',],
     362    'Am':['Am+3',],
     363    'As':['As+5','As+3','As-3',],           
     364    'Au':['Au+3',],         
     365    'B' :['B+3',],           
     366    'Ba':['Ba+2',],   
     367    'Be':['Be+2',], 
     368    'Bi':['Bi+5','Bi+3',],
     369    'Bk':['Bk+3',],   
     370    'Br':['Br-1','Br+7',],
     371    'C' :['C+4',],
     372    'Ca':['Ca+2',],
     373    'Cd':['Cd+2',],
     374    'Ce':['Ce+4','Ce+3',],
     375    'Cf':['Cf+3',],
     376    'Cl':['Cl-1','Cl+7',],
     377    'Cm':['Cm+3',],
     378    'Co':['Co+2','Co+3',],
     379    'Cr':['Cr+2','Cr+3','Cr+6',],
     380    'Cs':['Cs+1',],
     381    'Cu':['Cu+1','Cu+2',],
     382    'Dy':['Dy+3',],
     383    'Er':['Er+3',],
     384    'Eu':['Eu+2','Eu+3',],
     385    'F' :['F-1',],
     386    'Fe':['Fe+2','Fe+3',],
     387    'Ga':['Ga+3',],
     388    'Gd':['Gd+3',],
     389    'Ge':['Ge+4',],
     390    'H' :['H+1','H-1',],
     391    'D' :['D+1','D-1',],
     392    'Hf':['Hf+4',],
     393    'Hg':['Hg+1','Hg+2',],
     394    'Ho':['Ho+3',],
     395    'I' :['I-1','I+5','I+7',],
     396    'In':['In+3',],
     397    'Ir':['Ir+5',],
     398    'K' :['K+1',],
     399    'La':['La+3',],
     400    'Li':['Li+1',],
     401    'Lu':['Lu+3',],
     402    'Mg':['Mg+2',],
     403    'Mn':['Mn+2','Mn+3',',Mn+4','Mn+7',],
     404    'Mo':['Mo+6',],
     405    'N' :['N+5','N+3','N-3',],
     406    'Na':['Na+1',],
     407    'Nb':['Nb+5',],
     408    'Nd':['Nd+3',],
     409    'Ni':['Ni+2',],
     410    'O' :['O-2',],
     411    'Os':['Os+4',],
     412    'P' :['P+5','P-3',],
     413    'Pb':['Pb+2','Pb+4',],
     414    'Pd':['Pd+2',],
     415    'Pr':['Pr+3',],
     416    'Pt':['Pt+2','Pt+4',],
     417    'Pu':['Pu+3',],
     418    'Rb':['Rb+1',],
     419    'Re':['Re+7',],
     420    'Rh':['Rh+3',],
     421    'Ru':['Ru+4',],
     422    'S' :['S+6','S+4','S-2',],
     423    'Sb':['Sb+3','Sb+5',],
     424    'Sc':['Sc+3',],
     425    'Se':['Se+6','Se+4','Se-2',],
     426    'Si':['Si+4',],
     427    'Sm':['Sm+3',],
     428    'Sn':['Sn+2','Sn+4',],
     429    'Sr':['Sr+2',],
     430    'Ta':['Ta+5',],
     431    'Tb':['Tb+3',],
     432    'Te':['Te+6','Te+4','Te-2',],
     433    'Th':['Th+4',],
     434    'Ti':['Ti+4','Ti+3',],
     435    'Tl':['Tl+3','Tl+5',],
     436    'Tm':['Tm+3',],
     437    'U' :['U+4','U+6',],
     438    'V': ['V+5','V+4','V+3',],
     439    'W' :['W+6',],
     440    'Y' :['Y+3',],
     441    'Yb':['Yb+3',],
     442    'Zn':['Zn+2',],
     443    'Zr':['Zr+4'],
     444        }
     445BVScoeff = {
     446    'Ac+3':[ 2.24,  2.13,  2.63],
     447    'Ag+1':[ 1.805, 1.80,  2.09],           
     448    'Al+3':[ 1.651, 1.545, 2.03],         
     449    'Am+3':[ 2.11,  2.00,  2.48],           
     450    'As+3':[ 1.789, 1.70,  2.16],         
     451    'As+5':[ 1.767, 1.62,  2.14],           
     452    'Au+3':[ 1.833, 1.81,  2.17],         
     453    'B+3':[  1.371, 1.31,  1.74],           
     454    'Ba+2':[ 2.29,  2.19,  2.69],           
     455    'Be+2':[ 1.381, 1.28,  1.76],           
     456    'Bi+3':[ 2.09,  1.99,  2.48],           
     457    'Bi+5':[ 2.06,  1.97,  2.44],             
     458    'Bk+3':[ 2.08,  1.96,  2.46],           
     459    'Br+7':[ 1.81,  1.72,  2.19],           
     460    'C+4':[  1.39,  1.32,  1.76],             
     461    'Ca+2':[ 1.967, 1.842, 2.37],         
     462    'Cd+2':[ 1.904, 1.811, 2.23],         
     463    'Ce+3':[ 2.151, 2.036, 2.52],         
     464    'Ce+4':[ 2.028, 1.995, 2.41],         
     465    'Cf+3':[ 2.07,  1.95,  2.45],           
     466    'Cl+7':[ 1.632, 1.55,  2.00],         
     467    'Cm+3':[ 2.23,  2.12,  2.62],     
     468    'Co+2':[ 1.692, 1.64,  2.01],           
     469    'Co+3':[ 1.70,  1.62,  2.05],           
     470    'Cr+2':[ 1.73,  1.67,  2.09],           
     471    'Cr+3':[ 1.724, 1.64,  2.08],         
     472    'Cr+6':[ 1.794, 1.74,  2.12],         
     473    'Cs+1':[ 2.42,  2.33,  2.79],             
     474    'Cu+1':[ 1.593, 1.60,  1.85],           
     475    'Cu+2':[ 1.679, 1.60,  2.00],           
     476    'Dy+3':[ 2.036, 1.922, 2.41],         
     477    'Er+3':[ 2.01,  1.906, 2.39],         
     478    'Eu+2':[ 2.147, 2.04,  2.53],           
     479    'Eu+3':[ 2.076, 1.961, 2.455],       
     480    'Fe+2':[ 1.734, 1.65,  2.06],           
     481    'Fe+3':[ 1.759, 1.67,  2.09],         
     482    'Ga+3':[ 1.73,  1.62,  2.07],           
     483    'Gd+3':[ 2.065, 1.95,  2.445],         
     484    'Ge+4':[ 1.748, 1.66,  2.14],           
     485    'H+1':[  0.95,  0.92,  1.28],             
     486    'Hf+4':[ 1.923, 1.85,  2.30],           
     487    'Hg+1':[ 1.90,  1.81,  2.28],             
     488    'Hg+2':[ 1.93,  1.90,  2.25],           
     489    'Ho+3':[ 2.023, 1.908, 2.401],       
     490    'I+5':[  2.00,  1.90,  2.38],             
     491    'I+7':[  1.93,  1.83,  2.31],           
     492    'In+3':[ 1.902, 1.79,  2.28],         
     493    'Ir+5':[ 1.916, 1.82,  2.30],           
     494    'K+1':[  2.13,  1.99,  2.52],             
     495    'La+3':[ 2.172, 2.057, 2.545],       
     496    'Li+1':[ 1.466, 1.36,  1.91],           
     497    'Lu+3':[ 1.971, 1.876, 2.361],       
     498    'Mg+2':[ 1.693, 1.581, 2.08],         
     499    'Mn+2':[ 1.79,  1.698, 2.13],           
     500    'Mn+3':[ 1.76,  1.66,  2.14],
     501    'Mn+4':[ 1.753, 1.71,  2.13],
     502    'Mn+7':[ 1.79,  1.72,  2.17],     
     503    'Mo+6':[ 1.907, 1.81,  2.28],     
     504    'N+3':[  1.361, 1.37,  1.75],     
     505    'N+5':[  1.432, 1.36,  1.8],       
     506    'Na+1':[ 1.8,   1.677, 2.15],       
     507    'Nb+5':[ 1.911, 1.87,  2.27],       
     508    'Nd+3':[ 2.117, 2.008, 2.492],   
     509    'Ni+2':[ 1.654, 1.599, 2.02],     
     510    'Os+4':[ 1.811, 1.72,  2.19],     
     511    'P+5':[  1.604, 1.521, 1.99],       
     512    'Pb+2':[ 2.112, 2.03,  2.53],     
     513    'Pb+4':[ 2.042, 1.94,  2.43],     
     514    'Pd+2':[ 1.792, 1.74,  2.05],     
     515    'Pr+3':[ 2.135, 2.022, 2.5],     
     516    'Pt+2':[ 1.768, 1.68,  2.05],     
     517    'Pt+4':[ 1.879, 1.759, 2.17],     
     518    'Pu+3':[ 2.11,  2.0,   2.48],         
     519    'Rb+1':[ 2.26,  2.16,  2.65],       
     520    'Re+7':[ 1.97,  1.86,  2.23],     
     521    'Rh+3':[ 1.791, 1.71,  2.17],     
     522    'Ru+4':[ 1.834, 1.74,  2.21],     
     523    'S+4':[  1.644, 1.6,   2.02],       
     524    'S+6':[  1.624, 1.56,  2.03],       
     525    'Sb+3':[ 1.973, 1.9,   2.35],     
     526    'Sb+5':[ 1.942, 1.8,   2.3],         
     527    'Sc+3':[ 1.849, 1.76,  2.23],     
     528    'Se+4':[ 1.811, 1.73,  2.22],     
     529    'Se+6':[ 1.788, 1.69,  2.16],     
     530    'Si+4':[ 1.624, 1.58,  2.03],     
     531    'Sm+3':[ 2.088, 1.977, 2.466],   
     532    'Sn+2':[ 1.984, 1.925, 2.36],     
     533    'Sn+4':[ 1.905, 1.84,  2.28],     
     534    'Sr+2':[ 2.118, 2.019, 2.51],     
     535    'Ta+5':[ 1.92,  1.88,  2.3],         
     536    'Tb+3':[ 2.049, 1.936, 2.427],   
     537    'Te+4':[ 1.977, 1.87,  2.37],     
     538    'Te+6':[ 1.917, 1.82,  2.3],       
     539    'Th+4':[ 2.167, 2.07,  2.55],     
     540    'Ti+3':[ 1.791, 1.723, 2.17],   
     541    'Ti+4':[ 1.815, 1.76,  2.19],     
     542    'Tl+1':[ 2.172, 2.15,  2.56],       
     543    'Tl+3':[ 2.003, 1.88,  2.32],     
     544    'Tm+3':[ 2.0,   1.842, 2.38],       
     545    'U+4':[  2.112, 2.034, 2.48],     
     546    'U+6':[  2.075, 1.966, 2.46],     
     547    'V+3':[  1.743, 1.702, 2.19],     
     548    'V+4':[  1.784, 1.7,   2.16],       
     549    'V+5':[  1.803, 1.71,  2.16],       
     550    'W+6':[  1.921, 1.83,  2.27],       
     551    'Y+3':[  2.014, 1.904, 2.4],     
     552    'Yb+3':[ 1.985, 1.875, 2.371],   
     553    'Zn+2':[ 1.704, 1.62,  2.01],     
     554    'Zr+4':[ 1.937, 1.854, 2.33],
     555    }
     556#for X-Br-1 I-1 S-2 Se-2 Te-2 N-3 P-3 As-3 H-1 D-1
     557BVSnotOFCl = {
     558        'Ag':[ 2.22, 2.38, 2.15, 2.26, 2.51, 1.85, 2.22, 2.30, 1.50, 1.50],
     559        'Al':[ 2.20, 2.41, 2.13, 2.27, 2.48, 1.79, 2.24, 2.32, 1.45, 1.45],
     560        'As':[ 2.32, 2.54, 2.26, 2.39, 2.61, 1.93, 2.34, 2.41, 1.56, 1.56],
     561        'Au':[ 2.12, 2.34, 2.03, 2.18, 2.41, 1.72, 2.14, 2.22, 1.37, 1.37],
     562        'B' :[ 1.88, 2.10, 1.82, 1.95, 2.20, 1.47, 1.88, 1.97, 1.14, 1.14],
     563        'Ba':[ 2.88, 3.13, 2.77, 2.88, 3.08, 2.47, 2.88, 2.96, 2.22, 2.22],
     564        'Be':[ 1.90, 2.10, 1.83, 1.97, 2.21, 1.50, 1.95, 2.00, 1.11, 1.11],
     565        'Bi':[ 2.62, 2.84, 2.55, 2.72, 2.87, 2.24, 2.63, 2.72, 1.97, 1.97],
     566        'C': [ 1.90, 2.12, 1.82, 1.97, 2.21, 1.47, 1.89, 1.99, 1.10, 1.10],
     567        'Ca':[ 2.49, 2.72, 2.45, 2.56, 2.76, 2.14, 2.55, 2.62, 1.83, 1.83],
     568        'Cd':[ 2.35, 2.57, 2.29, 2.40, 2.59, 1.96, 2.34, 2.43, 1.66, 1.66],
     569        'Ce':[ 2.69, 2.92, 2.62, 2.74, 2.92, 2.34, 2.70, 2.78, 2.04, 2.04],
     570        'Co':[ 2.18, 2.37, 2.06, 2.24, 2.46, 1.84, 2.21, 2.28, 1.44, 1.44],
     571        'Cr':[ 2.26, 2.45, 2.18, 2.29, 2.52, 1.85, 2.27, 2.34, 1.52, 1.52],
     572        'Cs':[ 2.95, 3.18, 2.89, 2.98, 3.16, 2.53, 2.93, 3.04, 2.44, 2.44],
     573        'Cu':[ 1.99, 2.16, 1.86, 2.02, 2.27, 1.61, 1.97, 2.08, 1.21, 1.21],
     574        'Dy':[ 2.56, 2.77, 2.47, 2.61, 2.80, 2.18, 2.57, 2.64, 1.89, 1.89],
     575        'Er':[ 2.54, 2.75, 2.46, 2.59, 2.78, 2.16, 2.55, 2.63, 1.86, 1.86],
     576        'Eu':[ 2.61, 2.83, 2.53, 2.66, 2.85, 2.24, 2.62, 2.70, 1.95, 1.95],
     577        'Fe':[ 2.26, 2.47, 2.16, 2.28, 2.53, 1.86, 2.27, 2.35, 1.53, 1.53],
     578        'Ga':[ 2.24, 2.45, 2.17, 2.30, 2.54, 1.84, 2.26, 2.34, 1.51, 1.51],
     579        'Gd':[ 2.60, 2.82, 2.53, 2.65, 2.84, 2.22, 2.61, 2.68, 1.93, 1.93],
     580        'Ge':[ 2.30, 2.50, 2.22, 2.35, 2.56, 1.88, 2.32, 2.43, 1.55, 1.55],
     581        'H': [ 1.42, 1.61, 1.35, 1.48, 1.78, 1.03, 1.48, 1.52, 0.74, 0.74],
     582        'Hf':[ 2.47, 2.68, 2.39, 2.52, 2.72, 2.09, 2.48, 2.56, 1.78, 1.78],
     583        'Hg':[ 2.40, 2.59, 2.32, 2.47, 2.61, 2.02, 2.42, 2.50, 1.71, 1.71],
     584        'Ho':[ 2.55, 2.77, 2.48, 2.61, 2.80, 2.18, 2.56, 2.64, 1.88, 1.88],
     585        'In':[ 2.41, 2.63, 2.36, 2.47, 2.69, 2.03, 2.43, 2.51, 1.72, 1.72],
     586        'Ir':[ 2.45, 2.66, 2.38, 2.51, 2.71, 2.06, 2.46, 2.54, 1.76, 1.76],
     587        'K': [ 2.66, 2.88, 2.59, 2.72, 2.93, 2.26, 2.64, 2.83, 2.10, 2.10],
     588        'La':[ 2.72, 2.93, 2.64, 2.74, 2.94, 2.34, 2.73, 2.80, 2.06, 2.06],
     589        'Li':[ 2.02, 2.22, 1.94, 2.09, 2.30, 1.61, 2.04, 2.11, 1.31, 1.31],
     590        'Lu':[ 2.50, 2.72, 2.43, 2.56, 2.75, 2.11, 2.51, 2.59, 1.82, 1.82],
     591        'Mg':[ 2.28, 2.46, 2.18, 2.32, 2.53, 1.85, 2.29, 2.38, 1.53, 1.53],
     592        'Mn':[ 2.26, 2.49, 2.20, 2.32, 2.55, 1.87, 2.24, 2.36, 1.55, 1.55],
     593        'Mo':[ 2.43, 2.64, 2.35, 2.49, 2.69, 2.04, 2.44, 2.52, 1.73, 1.73],
     594        'Na':[ 2.33, 2.56, 2.28, 2.41, 2.64, 1.93, 2.36, 2.53, 1.68, 1.68],
     595        'Nb':[ 2.45, 2.68, 2.37, 2.51, 2.70, 2.06, 2.46, 2.54, 1.75, 1.75],
     596        'Nd':[ 2.66, 2.87, 2.59, 2.71, 2.89, 2.30, 2.66, 2.74, 2.00, 2.00],
     597        'Ni':[ 2.16, 2.34, 2.04, 2.14, 2.43, 1.75, 2.17, 2.24, 1.40, 1.40],
     598        'P': [ 2.15, 2.40, 2.11, 2.26, 2.44, 1.73, 2.19, 2.25, 1.41, 1.41],
     599        'Pb':[ 2.64, 2.78, 2.55, 2.67, 2.84, 2.22, 2.64, 2.72, 1.97, 1.97],
     600        'Pd':[ 2.19, 2.38, 2.10, 2.22, 2.48, 1.81, 2.22, 2.30, 1.47, 1.47],
     601        'Pr':[ 2.67, 2.89, 2.60, 2.72, 2.90, 2.30, 2.68, 2.75, 2.02, 2.02],
     602        'Pt':[ 2.18, 2.37, 2.08, 2.19, 2.45, 1.77, 2.19, 2.26, 1.40, 1.40],
     603        'Rb':[ 2.78, 3.01, 2.70, 2.81, 3.00, 2.37, 2.76, 2.87, 2.26, 2.26],
     604        'Re':[ 2.45, 2.61, 2.37, 2.50, 2.70, 2.06, 2.46, 2.54, 1.75, 1.75],
     605        'Rh':[ 2.25, 2.48, 2.15, 2.33, 2.55, 1.88, 2.29, 2.37, 1.55, 1.55],
     606        'Ru':[ 2.26, 2.48, 2.16, 2.33, 2.54, 1.88, 2.29, 2.36, 1.61, 1.61],
     607        'S': [ 2.17, 2.36, 2.07, 2.21, 2.45, 1.74, 2.15, 2.25, 1.38, 1.38],
     608        'Sb':[ 2.50, 2.72, 2.45, 2.57, 2.78, 2.12, 2.52, 2.60, 1.77, 1.77],
     609        'Sc':[ 2.38, 2.59, 2.32, 2.44, 2.64, 1.98, 2.40, 2.48, 1.68, 1.68],
     610        'Se':[ 2.33, 2.54, 2.25, 2.36, 2.55, 1.93, 2.34, 2.42, 1.54, 1.54],
     611        'Si':[ 2.20, 2.41, 2.13, 2.26, 2.49, 1.77, 2.23, 2.31, 1.47, 1.47],
     612        'Sm':[ 2.62, 2.84, 2.55, 2.67, 2.86, 2.24, 2.63, 2.70, 1.96, 1.96],
     613        'Sn':[ 2.55, 2.76, 2.45, 2.59, 2.76, 2.14, 2.45, 2.62, 1.85, 1.85],
     614        'Sr':[ 2.68, 2.88, 2.59, 2.72, 2.87, 2.23, 2.67, 2.76, 2.01, 2.01],
     615        'Ta':[ 2.45, 2.66, 2.39, 2.51, 2.70, 2.01, 2.47, 2.55, 1.76, 1.76],
     616        'Tb':[ 2.58, 2.80, 2.51, 2.63, 2.82, 2.20, 2.59, 2.66, 1.91, 1.91],
     617        'Te':[ 2.53, 2.76, 2.45, 2.53, 2.76, 2.12, 2.52, 2.60, 1.83, 1.83],
     618        'Th':[ 2.71, 2.93, 2.64, 2.76, 2.94, 2.34, 2.73, 2.80, 2.07, 2.07],
     619        'Ti':[ 2.32, 2.54, 2.24, 2.38, 2.60, 1.93, 2.36, 2.42, 1.61, 1.61],
     620        'Tl':[ 2.70, 2.91, 2.63, 2.70, 2.93, 2.29, 2.71, 2.79, 2.05, 2.05],
     621        'Tm':[ 2.53, 2.74, 2.45, 2.58, 2.77, 2.14, 2.53, 2.62, 1.85, 1.85],
     622        'U': [ 2.63, 2.84, 2.56, 2.70, 2.86, 2.24, 2.64, 2.72, 1.97, 1.97],
     623        'V': [ 2.30, 2.51, 2.23, 2.33, 2.57, 1.86, 2.31, 2.39, 1.58, 1.58],
     624        'W': [ 2.45, 2.66, 2.39, 2.51, 2.71, 2.06, 2.46, 2.54, 1.76, 1.76],
     625        'Y': [ 2.55, 2.77, 2.48, 2.61, 2.80, 2.17, 2.57, 2.64, 1.86, 1.86],
     626        'Yb':[ 2.51, 2.72, 2.43, 2.56, 2.76, 2.12, 2.53, 2.59, 1.82, 1.82],
     627        'Zn':[ 2.15, 2.36, 2.09, 2.22, 2.45, 1.77, 2.15, 2.24, 1.42, 1.42],
     628        'Zr':[ 2.48, 2.69, 2.41, 2.53, 2.67, 2.11, 2.52, 2.57, 1.79, 1.79],
    356629        }
    357630AtmBlens = {
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.