Changeset 4192


Ignore:
Timestamp:
Nov 22, 2019 1:28:42 PM (4 years ago)
Author:
vondreele
Message:

fix OnFileReopen?; broke when some file were deleted beforehand
Some preliminaries for rmc stuff
allow use of default instrument parameters upon Load command - same idea; cancel brings up default list choice

Location:
trunk
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIIdataGUI.py

    r4191 r4192  
    29052905        self.newGPXfile = ''
    29062906        self.lastSelectedPhaseTab = None # track the last tab pressed on a phase window
    2907         self.testRBObjSizers = {}   #rigid body sizer data
     2907        self.testRBObjSizers = {}   #rigid body sizer datafile contents
     2908        self.RMCchoice = 'fullrmc'
    29082909       
    29092910    def __init__(self, parent):
    … …  
    38173818            dlg.Destroy()
    38183819            return
    3819         f = files[sel]
     3820        filroot,dirname = sellist[sel].split(' from ')
     3821        f = os.path.join(dirname,filroot)
    38203822        if os.path.exists(f):
    38213823            self.OnFileOpen(event, filename=f)
    … …  
    57055707        self.PostfillDataMenu()
    57065708       
    5707         #Phase / fullrmc (Reverse Monte Carlo method) tab
    5708         G2G.Define_wxId('wxID_SETUPFULLRMC','wxID_LOADFULLRMC','wxID_SAVEFULLRMC','wxID_EDITFULLRMC','wxID_RUNFULLRMC', )       
     5709        #Phase / fullrmc & RMCprofile (Reverse Monte Carlo method) tab
     5710        G2G.Define_wxId('wxID_SETUPRMC','wxID_LOADRMC','wxID_SAVERMC','wxID_RUNRMC', )       
    57095711        self.FRMCMenu = wx.MenuBar()
    57105712        self.PrefillDataMenu(self.FRMCMenu)
    … …  
    57125714        self.FRMCDataEdit = wx.Menu(title='')
    57135715        self.FRMCMenu.Append(menu=self.FRMCDataEdit, title='Operations')
    5714         self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_SETUPFULLRMC,'Setup run.py','Setup new fullrmc run.py file')
    5715         self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_LOADFULLRMC,'Load run.py','Load fullrmc run.py file')
    5716         self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_SAVEFULLRMC,'Save run.py','Save fullrmc run.py file')
    5717         self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_EDITFULLRMC,'Edit run.py','Edit fullrmc run.py file')
    5718         self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_RUNFULLRMC,'Execute run.py','Run fullrmc run.py file')
     5716        self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_SETUPRMC,'Setup RMC','Setup new fullrmc or RMCprofile file')
     5717        self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_LOADRMC,'Load','Load fullrmc or RMCprofile file')
     5718        self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_SAVERMC,'Save','Save fullrmc or RMCprofile file')
     5719        self.FRMCDataEdit.Append(G2G.wxID_RUNRMC,'Execute','Run fullrmc or RMCprofile file')
    57195720        self.PostfillDataMenu()
    57205721       

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r4191 r4192  
    3030'''
    3131from __future__ import division, print_function
     32import os
    3233import os.path
    3334import wx
    … …  
    10801081        parent.Raise()
    10811082        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
     1083
     1084################################################################################
     1085class SetUpRMCProfileDialog(wx.Dialog):
     1086    ''' Get from user the super cell size & selected histogram to make various files
     1087    '''
     1088    def __init__(self,parent,Name,Phase):
     1089        title = 'RMCProfile setup'
     1090        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,title,
     1091            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE|wx.RESIZE_BORDER)
     1092        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
     1093        self.Name = Name
     1094        self.Phase = Phase
     1095        self.SuperCell = [1,1,1]
     1096        self.histogram = ''
     1097        self.metadata = {'title':'none','owner':'no one','date':str(time.ctime()),
     1098                         'material':'nothing','comment':'none ','source':'nowhere'}
     1099        self.Draw()
     1100       
     1101    def Draw(self):
     1102       
     1103        def OnHisto(event):
     1104            self.histogram = histo.GetStringSelection()
     1105       
     1106        self.panel.Destroy()
     1107        self.panel = wxscroll.ScrolledPanel(self,style = wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
     1108        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     1109        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Setup for: %s'%self.Name),0,WACV)
     1110        superSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     1111        axes = ['X','Y','Z']
     1112        for i,ax in enumerate(axes):
     1113            superSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' %s-axis: '%ax),0,WACV)
     1114            superSizer.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,self.SuperCell,i,min=1,max=10,size=(50,25)),0,WACV)
     1115        mainSizer.Add(superSizer,0,WACV)
     1116        histograms = self.Phase['Histograms']
     1117        histNames = list(histograms.keys())
     1118        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Select one histogram for processing:'),0,WACV)
     1119        histo = wx.ComboBox(self.panel,choices=histNames,style=wx.CB_DROPDOWN|wx.TE_READONLY)       
     1120        histo.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnHisto)
     1121        mainSizer.Add(histo,0,WACV)
     1122        metalist = ['title','owner','material','comment','source']
     1123        metaSizer = wx.FlexGridSizer(0,2,5,5)
     1124        for item in metalist:
     1125            metaSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Metadata item: '+item+' '),0,WACV)
     1126            metaSizer.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(self.panel,self.metadata,item),0,WACV)
     1127        mainSizer.Add(metaSizer,0,WACV)
     1128        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     1129        OKBtn = wx.Button(self.panel,-1,"OK")
     1130        OKBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOK)
     1131        btnSizer.Add(OKBtn)           
     1132       
     1133        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
     1134        self.panel.SetSizer(mainSizer)
     1135        size = np.array(self.GetSize())
     1136        self.panel.SetupScrolling()
     1137        self.panel.SetAutoLayout(1)
     1138        size = [size[0]-5,size[1]-20]       #this fiddling is needed for older wx!
     1139        self.panel.SetSize(size)
     1140       
     1141    def GetData(self):
     1142        'Returns the values from the dialog'
     1143        return self.SuperCell,self.histogram,self.metadata
     1144       
     1145    def OnOK(self,event):
     1146        parent = self.GetParent()
     1147        parent.Raise()
     1148        self.EndModal(wx.ID_OK)
     1149           
    10821150
    10831151################################################################################
    … …  
    43314399################################################################################
    43324400
    4333     def UpdateFullRMC():
    4334         ''' Present the controls for running fullrmc
     4401    def UpdateRMC():
     4402        ''' Present the controls for running fullrmc or RMCprofile
    43354403        '''
     4404        global runFile
     4405        def OnRMCselect(event):
     4406            G2frame.RMCchoice = RMCsel.GetStringSelection()
     4407            G2frame.runtext.SetValue('')
     4408            UpdateRMC()
     4409       
     4410        G2frame.GetStatusBar().SetStatusText('',1)
     4411        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     4412        runFile = ' '
     4413        choice = ['fullrmc','RMCProfile']
     4414        RMCsel = wx.RadioBox(G2frame.FRMC,-1,' Select RMC method:',choices=choice)
     4415        RMCsel.SetStringSelection(G2frame.RMCchoice)
     4416        RMCsel.Bind(wx.EVT_RADIOBOX, OnRMCselect)
     4417        mainSizer.Add(RMCsel,0,WACV)
     4418        if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     4419            mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' fullrmc run.py file preparation:'),0,WACV)
     4420#            font1 = wx.Font(12, wx.MODERN, wx.NORMAL, wx.NORMAL, False, u'Consolas')
     4421            G2frame.runtext = wx.TextCtrl(G2frame.FRMC,style=wx.TE_MULTILINE|wx.TE_DONTWRAP,size=(850,450))
     4422#            G2frame.runtext.SetFont(font1)
     4423        else:
     4424            mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.FRMC,label=' RMCProfile input file preparation:'),0,WACV)
     4425           
     4426       
     4427        mainSizer.Add((5,5),0,WACV)
     4428        mainSizer.Add(G2frame.runtext)
     4429        SetPhaseWindow(G2frame.FRMC,mainSizer)
     4430       
     4431    def OnSetupRMC(event):
    43364432        generalData = data['General']
    43374433        pName = generalData['Name'].replace(' ','_')
    4338        
    4339     def OnSetupFullRMC(event):
    4340         print('Setup new run.py - not yet implemented')
    4341            
    4342     def OnLoadFullRMC(event):
    4343         print('Load run.py - not yet implemented')
    4344        
    4345     def OnSaveFullRMC(event):
    4346         print('Save run.py - not yet implemented')
    4347 
    4348     def OnEditFullRMC(event):
    4349         print('Edit run.py - not yet implemented')
    4350 
    4351     def OnRunFullRMC(event):
    4352         print('Run run.py - not yet implemented')
     4434        if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     4435            rundata = '''
     4436##########################################################################################
     4437##############################  IMPORTING USEFUL DEFINITIONS  ############################
     4438# standard libraries imports
     4439import os
     4440
     4441# external libraries imports
     4442import numpy as np
     4443
     4444# fullrmc library imports - these are some examples; others may be needed for your problem
     4445from fullrmc.Globals import LOGGER, FLOAT_TYPE
     4446from fullrmc.Engine import Engine
     4447from fullrmc.Constraints.PairDistributionConstraints import PairDistributionConstraint
     4448from fullrmc.Constraints.PairCorrelationConstraints import PairCorrelationConstraint
     4449from fullrmc.Constraints.DistanceConstraints import InterMolecularDistanceConstraint
     4450from fullrmc.Constraints.BondConstraints import BondConstraint
     4451from fullrmc.Constraints.AngleConstraints import BondsAngleConstraint
     4452from fullrmc.Constraints.ImproperAngleConstraints import ImproperAngleConstraint
     4453from fullrmc.Core.Collection import convert_Gr_to_gr
     4454from fullrmc.Core.MoveGenerator import MoveGeneratorCollector
     4455from fullrmc.Core.GroupSelector import RecursiveGroupSelector
     4456from fullrmc.Selectors.RandomSelectors import RandomSelector
     4457from fullrmc.Selectors.OrderedSelectors import DefinedOrderSelector
     4458from fullrmc.Generators.Translations import TranslationGenerator, TranslationAlongSymmetryAxisGenerator
     4459from fullrmc.Generators.Rotations import RotationGenerator, RotationAboutSymmetryAxisGenerator
     4460from fullrmc.Generators.Agitations import DistanceAgitationGenerator, AngleAgitationGenerator
     4461
     4462
     4463##########################################################################################
     4464#####################################  CREATE ENGINE  ####################################
     4465# dirname
     4466DIR_PATH = os.path.dirname( os.path.realpath(__file__) )
     4467
     4468# engine file names - replace name with phase name
     4469engineFileName = "name_engine.rmc"
     4470expFileName    = "name_pdf.exp"
     4471pdbFileName    = "nme.pdb"
     4472freshStart     = False      #make TRUE for a restart
     4473
     4474            '''           
     4475            G2frame.runtext.SetValue(rundata)
     4476        else:
     4477            dlg = SetUpRMCProfileDialog(G2frame,Name=pName,Phase=data)
     4478            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     4479                superCell,histoName,meta = dlg.GetData()
     4480                PWId = G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,G2frame.root,histoName)
     4481                if PWId:
     4482                    print(G2pwd.MakeInst(G2frame,pName,PWId)+ ' written')
     4483                    backfile = G2pwd.MakeBack(G2frame,pName,PWId)
     4484                    if backfile is None:
     4485                        print(' Chebyschev background not used; no .back file written')
     4486                    else:
     4487                        print(backfile+ ' written')
     4488                    print(G2pwd.MakeBragg(G2frame,pName,data,PWId)+ ' written')
     4489                    print(G2pwd.MakeRMC6f(G2frame,pName,data,meta,superCell,PWId)+ ' written')
     4490                    print('RMCProfile file build completed')
     4491                else:
     4492                    print('RMCProfile file build failed - no histogram selected')
     4493            else:
     4494                pass
     4495            dlg.Destroy()         
     4496           
     4497    def OnLoadRMC(event):
     4498        global runFile
     4499        if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     4500            dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose fullrmc run file to open', '.', runFile,
     4501                wildcard='fullrmc run.py file (*.py)|*.py',style=wx.FD_OPEN| wx.FD_CHANGE_DIR)
     4502        else:
     4503            dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose RMCProfile control file to open',  '.', runFile,
     4504                wildcard='RMCProfile control file (*.dat)|*.dat|All files (*.*)|*.*',style=wx.FD_OPEN| wx.FD_CHANGE_DIR)
     4505        try:
     4506            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     4507                runFile = dlg.GetPath()
     4508                runpy = open(runFile,'r')
     4509                G2frame.runtext.SetValue(runpy.read())
     4510                runpy.close()
     4511            else:
     4512                return
     4513        finally:
     4514            dlg.Destroy()
     4515       
     4516    def OnSaveRMC(event):
     4517        global runFile
     4518        if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     4519            dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose fullrmc run.py file to save',  '.', runFile,
     4520                wildcard='fullrmc run.py file (*.py)|*.py',style=wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
     4521        else:
     4522            dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose RMCProfile control file to save',  '.', runFile,
     4523                wildcard='RMCProfile control file (*.dat)|*.dat|All files (*.*)|*.*',style=wx.FD_SAVE|wx.FD_OVERWRITE_PROMPT)
     4524        try:
     4525            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     4526                runFile = dlg.GetPath()
     4527                runpy = open(runFile,'w')
     4528                runpy.write(G2frame.runtext.GetValue())
     4529                runpy.close()
     4530            else:
     4531                return
     4532        finally:
     4533            dlg.Destroy()
     4534
     4535    def OnRunRMC(event):
     4536       
     4537        if G2frame.RMCchoice == 'fullrmc':
     4538            wx.MessageBox(''' For use of fullrmc, please cite:
     4539      Fullrmc, a Rigid Body Reverse Monte Carlo Modeling Package Enabled with
     4540      Machine Learning and Artificial Intelligence,
     4541      B. Aoun, Jour. Comp. Chem. 2016, 37, 1102-1111.
     4542      doi: https://doi.org/10.1002/jcc.24304''',caption='fullrmc',style=wx.ICON_INFORMATION)
     4543            dlg = wx.FileDialog(G2frame, 'Choose fullrmc python file to execute',
     4544                wildcard='fullrmc python file (*.py)|*.py',style=wx.FD_CHANGE_DIR)
     4545        else:
     4546            wx.MessageBox(''' For use of RMCProfile, please cite:
     4547      RMCProfile: Reverse Monte Carlo for polycrystalline materials,
     4548      M.G. Tucker, D.A. keen, M.T. Dove, A.L. Goodwin and Q. Hui,
     4549      Jour. Phys.: Cond. matter 2007, 19, 335218.
     4550      doi: https://doi.org/10.1088/0953-8984/19/33/335218''',caption='RMCProfile',style=wx.ICON_INFORMATION)
     4551            return
     4552        try:
     4553            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     4554                import subprocess as sb
     4555                batch = open('fullrmc.bat','w')
     4556                batch.write(sys.exec_prefix+'\\activate\n')
     4557                batch.write(sys.exec_prefix+'\\python.exe '+dlg.GetPath()+'\n')
     4558                batch.write('pause')
     4559                batch.close()
     4560                sb.Popen('fullrmc.bat',creationflags=sb.CREATE_NEW_CONSOLE)
     4561            else:
     4562                return
     4563        finally:
     4564            dlg.Destroy()
     4565               
    43534566
    43544567           
    … …  
    97739986            G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.MEMMenu)
    97749987            UpdateDysnomia()
    9775         elif text == 'fullrmc':
     9988        elif text == 'RMC':
    97769989            G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.FRMCMenu)
    9777             UpdateFullRMC()
     9990            UpdateRMC()
    97789991        elif text == 'Draw Options':
    97799992            G2gd.SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataWindow.DataDrawOptions)
    … …  
    992110134        G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPeaksClear, id=G2G.wxID_PEAKSCLEAR)
    992210135        # fullrmc
    9923         FillSelectPageMenu(TabSelectionIdDict, G2frame.dataWindow.FRMCMenu)
    9924         G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSetupFullRMC, id=G2G.wxID_SETUPFULLRMC)
    9925         G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadFullRMC, id=G2G.wxID_LOADFULLRMC)
    9926         G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveFullRMC, id=G2G.wxID_SAVEFULLRMC)
    9927         G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnEditFullRMC, id=G2G.wxID_EDITFULLRMC)
    9928         G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRunFullRMC, id=G2G.wxID_RUNFULLRMC)
     10136        try:
     10137            import fullrmc
     10138            FillSelectPageMenu(TabSelectionIdDict, G2frame.dataWindow.FRMCMenu)
     10139            G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSetupRMC, id=G2G.wxID_SETUPRMC)
     10140            G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnLoadRMC, id=G2G.wxID_LOADRMC)
     10141            G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSaveRMC, id=G2G.wxID_SAVERMC)
     10142            G2frame.Bind(wx.EVT_MENU, OnRunRMC, id=G2G.wxID_RUNRMC)
     10143        except:
     10144            pass
    992910145        # MC/SA
    993010146        FillSelectPageMenu(TabSelectionIdDict, G2frame.dataWindow.MCSAMenu)
    … …  
    1001810234        G2frame.phaseDisplay.AddPage(G2frame.MCSA,'MC/SA')
    1001910235        Pages.append('MC/SA')
    10020         G2frame.FRMC = wx.ScrolledWindow(G2frame.phaseDisplay)
    10021         G2frame.phaseDisplay.AddPage(G2frame.FRMC,'fullrmc')
    10022         Pages.append('fullrmc')
     10236        try:
     10237            import fullrmc
     10238            G2frame.FRMC = wx.ScrolledWindow(G2frame.phaseDisplay)
     10239            G2frame.phaseDisplay.AddPage(G2frame.FRMC,'RMC')
     10240            Pages.append('RMC')
     10241        except:
     10242            pass
    1002310243    Texture = wx.ScrolledWindow(G2frame.phaseDisplay)
    1002410244    G2frame.phaseDisplay.AddPage(Texture,'Texture')

  • trunk/GSASIIpwd.py

    r4191 r4192  
    20662066    WYI = np.where(WYI>0.,WYI,0.)
    20672067    return YI,WYI
     2068
     2069################################################################################
     2070#### RMCutilities
     2071################################################################################
     2072   
     2073def MakeInst(G2frame,Name,PWId):
     2074    PWDdata = G2frame.GetPWDRdatafromTree(PWId)
     2075    inst = PWDdata['Instrument Parameters'][0]
     2076    prms = ['Bank',
     2077            'difC','difA','Zero','2-theta',
     2078            'alpha','beta-0','beta-1','sig-0',
     2079            'sig-1','sig-2','X','Y']
     2080    fname = Name+'.inst'
     2081    fl = open(fname,'w')
     2082    fl.write('      1\n')
     2083    fl.write('%10d\n'%int(inst[prms[0]][1]))
     2084    fl.write('%10.3f%10.3f%10.3f%10.3f\n'%(inst[prms[1]][1],inst[prms[2]][1],inst[prms[3]][1],inst[prms[4]][1]))
     2085    fl.write('%10.3f%10.6f%10.6f%10.3f\n'%(inst[prms[5]][1],inst[prms[6]][1],inst[prms[7]][1],inst[prms[8]][1]))
     2086    fl.write('%10.3f%10.3f%10.3f%10.4f\n'%(inst[prms[9]][1],inst[prms[10]][1],0.0,inst[prms[12]][1]))   
     2087    fl.write('%10.4f%10.3f%10.3f%10.3f\n'%(inst[prms[11]][1],0.0,0.0,0.0))
     2088    fl.close()
     2089    return fname
     2090   
     2091def MakeBack(G2frame,Name,PWId):
     2092    PWDdata = G2frame.GetPWDRdatafromTree(PWId)
     2093    Back = PWDdata['Background'][0]
     2094    if 'chebyschev' not in Back[0]:
     2095        return None
     2096    Nback = Back[2]
     2097    BackVals = Back[3:]
     2098    fname = Name+'.back'
     2099    fl = open(fname,'w')
     2100    fl.write('%10d\n'%Nback)
     2101    for val in BackVals:
     2102        fl.write('%12.6g\n'%val)
     2103    fl.close()
     2104    return fname
     2105
     2106def MakeRMC6f(G2frame,Name,Phase,Meta,Supercell,PWId):
     2107    PWDdata = G2frame.GetPWDRdatafromTree(PWId)
     2108    generalData = Phase['General']
     2109    Sample = PWDdata['Sample Parameters']
     2110    Meta['temperature'] = Sample['Temperature']
     2111    Meta['pressure'] = Sample['Pressure']
     2112    Cell = generalData['Cell'][1:7]
     2113    Trans = np.eye(3)*np.array(Supercell)
     2114    newPhase = copy.deepcopy(Phase)
     2115    newPhase['General']['SGData'] = G2spc.SpcGroup('P 1')[1]
     2116    newPhase['General']['Cell'][1:] = G2lat.TransformCell(Cell,Trans.T)
     2117    newPhase,Atcodes = G2lat.TransformPhase(Phase,newPhase,Trans,np.zeros(3),np.zeros(3),ifMag=False)
     2118    Atoms = newPhase['Atoms']
     2119    Cell = newPhase['General']['Cell'][1:7]
     2120    fname = Name+'.rmc6f'
     2121    fl = open(fname,'w')
     2122    fl.write('(Version 6f format configuration file)\n')
     2123    for item in Meta:
     2124        fl.write('%-20s:  %s\n'%('Metadata '+item,Meta[item]))
     2125    fl.write('Supercell dimensions: %d %d %d\n'%(Supercell[0],Supercell[1],Supercell[2]))
     2126    fl.write('Cell (Ang/deg): %f %f %f %f %f %f\n'%(
     2127            Cell[0],Cell[1],Cell[2],Cell[3],Cell[4],Cell[5]))
     2128    fl.write('Atoms (fractional coordinates):\n')
     2129    for iat,atom in enumerate(Atoms):
     2130        atcode = Atcodes[iat].split(':')
     2131        cell = [0,0,0]
     2132        if '+' in atcode[1]:
     2133            cell = eval(atcode[1].split('+')[1])
     2134        fl.write('%6d%6s [%s]%10.6f%10.6f%10.6f%5d%5d%5d%5d\n'%(       
     2135                iat,atom[1],atcode[0],atom[3],atom[4],atom[5],0,cell[0],cell[1],cell[2]))
     2136    fl.close()
     2137    return fname
     2138
     2139def MakeBragg(G2frame,Name,Phase,PWId):
     2140    PWDdata = G2frame.GetPWDRdatafromTree(PWId)
     2141    generalData = Phase['General']
     2142    Vol = generalData['Cell'][7]
     2143    Data = PWDdata['Data']
     2144    Inst = PWDdata['Instrument Parameters'][0]
     2145    Bank = int(Inst['Bank'][1])
     2146    Sample = PWDdata['Sample Parameters']
     2147    Scale = Sample['Scale'][0]
     2148    Limits = PWDdata['Limits'][1]
     2149    Ibeg = np.searchsorted(Data[0],Limits[0])
     2150    Ifin = np.searchsorted(Data[0],Limits[1])+1
     2151    fname = Name+'.bragg'
     2152    fl = open(fname,'w')
     2153    fl.write('%10d%10d%12.4f%12.4f\n'%(Ifin-Ibeg,Bank,Scale,Vol))
     2154    fl.write('%12s%12s\n'%('   TOF,ms','  I(obs)'))
     2155    for i in range(Ibeg,Ifin-1):
     2156        fl.write('%12.8f%12.6f\n'%(Data[0][i]/1000.,Data[1][i]))
     2157    fl.close()
     2158    return fname
    20682159   
    20692160################################################################################

  • trunk/GSASIIpwdGUI.py

    r4191 r4192  
    5050import GSASIIphsGUI as G2phsG
    5151import GSASIIctrlGUI as G2G
     52import GSASIIIO as G2IO
    5253import GSASIIElemGUI as G2elemGUI
    5354import GSASIIElem as G2elem
    … …  
    18521853        finds matching bank no. to load - rejects nonmatches.
    18531854       
    1854         Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASII.py)
     1855        Note that similar code is found in ReadPowderInstprm (GSASIIdataGUI.py)
    18551856        '''
     1857       
     1858        def GetDefaultParms(rd):
     1859            '''Solicits from user a default set of parameters & returns Inst parm dict
     1860            param: self: refers to the GSASII main class
     1861            param: rd: importer data structure
     1862            returns: dict: Instrument parameter dictionary
     1863            '''       
     1864            import defaultIparms as dI
     1865            sind = lambda x: math.sin(x*math.pi/180.)
     1866            tand = lambda x: math.tan(x*math.pi/180.)
     1867            while True: # loop until we get a choice
     1868                choices = []
     1869                head = 'Select from default instrument parameters'
     1870   
     1871                for l in dI.defaultIparm_lbl:
     1872                    choices.append('Defaults for '+l)
     1873                res = G2IO.BlockSelector(choices,ParentFrame=G2frame,title=head,
     1874                    header='Select default inst parms',useCancel=True)
     1875                if res is None: return None
     1876                if 'Generic' in choices[res]:
     1877                    dlg = G2G.MultiDataDialog(G2frame,title='Generic TOF detector bank',
     1878                        prompts=['Total FP','2-theta',],values=[25.0,150.,],
     1879                            limits=[[6.,200.],[5.,175.],],formats=['%6.2f','%6.1f',])
     1880                    if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK: #strictly empirical approx.
     1881                        FP,tth = dlg.GetValues()
     1882                        difC = 505.632*FP*sind(tth/2.)
     1883                        sig1 = 50.+2.5e-6*(difC/tand(tth/2.))**2
     1884                        bet1 = .00226+7.76e+11/difC**4
     1885                        Inst = G2frame.ReadPowderInstprm(dI.defaultIparms[res],bank,1,rd)
     1886                        Inst[0]['difC'] = [difC,difC,0]
     1887                        Inst[0]['sig-1'] = [sig1,sig1,0]
     1888                        Inst[0]['beta-1'] = [bet1,bet1,0]
     1889                        return Inst    #this is [Inst1,Inst2] a pair of dicts
     1890                    dlg.Destroy()
     1891                else:
     1892                    inst1,inst2 = G2frame.ReadPowderInstprm(dI.defaultIparms[res],bank,1,rd)
     1893                    return [inst1,inst2]
     1894                if 'lab data' in choices[res]:
     1895                    rd.Sample.update({'Type':'Bragg-Brentano','Shift':[0.,False],'Transparency':[0.,False],
     1896                        'SurfRoughA':[0.,False],'SurfRoughB':[0.,False]})
     1897                else:
     1898                    rd.Sample.update({'Type':'Debye-Scherrer','Absorption':[0.,False],'DisplaceX':[0.,False],
     1899                        'DisplaceY':[0.,False]})
     1900       
    18561901        data = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,
    18571902            G2frame.PatternId,'Instrument Parameters'))[0]
    … …  
    19031948                else:
    19041949                    G2frame.ErrorDialog('No match','Bank %d not in %s'%(bank,filename),G2frame)
     1950            else:
     1951                rd = G2frame
     1952                rd.Sample = G2frame.GPXtree.GetItemPyData(G2gd.GetGPXtreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'Sample Parameters'))
     1953                data = GetDefaultParms(rd)[0]
    19051954                UpdateInstrumentGrid(G2frame,data)
    1906                 G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
     1955            G2plt.PlotPeakWidths(G2frame)
    19071956        finally:
    19081957            dlg.Destroy()

  • trunk/imports/G2pdf_gr.py

    r4015 r4192  
    5757
    5858    def Reader(self,filename,ParentFrame=None, **unused):
    59         print ('Read a q-step text file')
     59        print ('Read a r-step text file')
    6060        x = []
    6161        y = []
    … …  
    9090        return True
    9191
     92class txt_PDFReaderClassG(G2obj.ImportPDFData):
     93    'Routines to import PDF G(R) data from a .dat file'
     94    def __init__(self):
     95        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
     96            extensionlist=('.dat',),
     97            strictExtension=False,
     98            formatName = 'gudrun r (A) step G(r) data',
     99            longFormatName = 'r (A) stepped G(r) PDF data from gudrun'
     100            )
     101
     102    # Validate the contents -- make sure we only have valid lines
     103    def ContentsValidator(self, filename):
     104        'Look through the file for expected types of lines in a valid r-step file'
     105        filepointer = open(filename,'r')
     106        Ndata = 0
     107        for i,S in enumerate(filepointer):
     108            if i < 2:
     109                continue
     110            vals = S.split()
     111            if len(vals) >= 2:
     112                try:
     113                    data = [float(val) for val in vals]
     114                    Ndata += 1
     115                except ValueError:
     116                    pass
     117        if not Ndata:     
     118            self.errors = 'No 2 or more column numeric data found'
     119            filepointer.close()
     120            return False
     121        filepointer.close()
     122        return True # no errors encountered
     123
     124    def Reader(self,filename,ParentFrame=None, **unused):
     125        print ('Read a r-step text file')
     126        x = []
     127        y = []
     128        filepointer = open(filename,'r')
     129        for i,S in enumerate(filepointer):
     130            if i < 2:
     131                continue
     132            vals = S.split()
     133            if len(vals) >= 2:
     134                try:
     135                    data = [float(val) for val in vals]
     136                    x.append(float(data[0]))
     137                    y.append(float(data[1]))
     138                except ValueError:
     139                    msg = 'Error in line '+str(i+1)
     140                    print (msg)
     141                    continue
     142            else:
     143                break
     144        self.pdfdata = np.array([
     145            np.array(x), # x-axis values r
     146            np.array(y), # pdf g(r)
     147            ])
     148        self.pdfentry[0] = filename
     149        self.pdfentry[2] = 1 # xy file only has one bank
     150        self.idstring = ospath.basename(filename)
     151
     152        return True
     153

  • trunk/imports/G2pwd_fxye.py

    r3742 r4192  
    2626    def __init__(self):
    2727        super(self.__class__,self).__init__( # fancy way to self-reference
    28             extensionlist=('.fxye','.raw','.gsas','.gda','.gsa','.gss','.RAW','.GSAS','.GDA','.GSA'),
     28            extensionlist=('.fxye','.raw','.gsas','.gda','.gsa','.gss','.RAW','.GSAS','.GDA','.GSA','.dat'),
    2929            strictExtension=False,
    3030            formatName = 'GSAS powder data',
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.