Changeset 4073


Ignore:
Timestamp:
Jul 27, 2019 11:05:14 AM (2 years ago)
Author:
vondreele
Message:

minor typos & allow import PDB to read no unit cell dummy PDBs from SHAPES/dammin, etc.

Location:
trunk
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIdataGUI.py

    r4063 r4073  
    927927            self.GPXtree.SetItemPyData(psub,rd.Phase)
    928928            wx.CallAfter(self.GPXtree.SelectItem,psub) # should call SelectDataTreeItem
    929 #            self.GPXtree.SelectItem(psub)
    930929            try:
    931930                rd.MPhase['General']['Name'] = G2obj.MakeUniqueLabel(PhaseName+' mag',phaseNameList)
     
    934933                psub = self.GPXtree.AppendItem(parent=sub,text=PhaseName)
    935934                self.GPXtree.SetItemPyData(psub,rd.MPhase)
    936 #                self.GPXtree.SelectItem(psub)
    937935                wx.CallAfter(self.GPXtree.SelectItem,psub) # should call SelectDataTreeItem
    938936            except (AttributeError,TypeError):
  • trunk/GSASIImath.py

    r4058 r4073  
    14411441        MmodA = MmodA*SGData['MagMom'][:,nxs,nxs]
    14421442        MmodB = MmodB*SGData['MagMom'][:,nxs,nxs]
    1443     return MmodA,MmodB    #Nops,Natm,,Mxyz; sin & cos parts
     1443#MmodA+MmodB matches drawn tau=0 atom moments
     1444    return MmodA,MmodB    #Nops,Natm,Mxyz; sin & cos parts
    14441445       
    14451446def Modulation(H,HP,nWaves,Fmod,Xmod,Umod,glTau,glWt):
  • trunk/GSASIIobj.py

    r3823 r4073  
    10691069    '''
    10701070    if SGData is None: SGData = P1SGData
    1071     if cell is None: cell=[1.0,1.0,1.0,90.,90,90.,1.]
     1071    if cell is None: cell=[1.0,1.0,1.0,90.,90.,90.,1.]
    10721072    phaseData = {
    10731073        'ranId':ran.randint(0,sys.maxsize),
  • trunk/imports/G2phase.py

    r3658 r4073  
    4848        '''
    4949        fp = open(filename,'r')
    50         for i,l in enumerate(fp):
    51             if l.startswith('CRYST1'):
    52                 break
    53         else:
    54             self.errors = 'no CRYST1 record found'
    55             fp.close()
    56             return False
     50#        for i,l in enumerate(fp):
     51#            if l.startswith('CRYST1'):
     52#                break
     53#        else:
     54#            self.errors = 'no CRYST1 record found'
     55#            fp.close()
     56#            return False
    5757        for i,l in enumerate(fp):
    5858            if l.startswith('ATOM'):
     
    8383        SGData = None
    8484        cell = None
     85        Dummy = True
    8586        while S:
    8687            self.errors = 'Error reading at line '+str(line)
     
    9192                Compnd = S[10:72].strip()
    9293            elif 'CRYST' in S[:5]:
     94                Dummy = False
    9395                abc = S[7:34].split()
    9496                angles = S[34:55].split()
     
    126128                    self.warnings += "Change this in phase's General tab."
    127129                    SGData = G2obj.P1SGData # P 1
     130                    cell = [1.0,1.0,1.0,90.,90.,90.]
     131                    Volume = G2lat.calc_V(G2lat.cell2A(cell))
     132                    AA,AB = G2lat.cell2AB(cell)                   
    128133                XYZ = [float(S[31:39]),float(S[39:47]),float(S[47:55])]
    129134                XYZ = np.inner(AB,XYZ)
     
    132137                Uiso = float(S[61:67])/EightPiSq
    133138                Type = S[76:78].lower()
     139                if Dummy and S[12:17].strip() == 'CA':
     140                    Type = 'C'
    134141                Atom = [S[22:27].strip(),S[17:20].upper(),S[20:22],
    135142                    S[12:17].strip(),Type.strip().capitalize(),'',XYZ[0],XYZ[1],XYZ[2],
    136143                    float(S[55:61]),SytSym,Mult,'I',Uiso,0,0,0,0,0,0]
    137                 if S[16] in [' ','A','B']:      #remove disorered residues - can't handle them just now
    138 #                    Atom[3] = Atom[3][:3]
     144                if S[16] in [' ','A','B']:
     145                    Atom[3] = Atom[3][:3]
    139146                    Atom.append(ran.randint(0,sys.maxsize))
    140147                    Atoms.append(Atom)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.