Changeset 3247 for trunk/GSASIImath.py


Ignore:
Timestamp:
Jan 29, 2018 9:34:15 AM (4 years ago)
Author:
vondreele
Message:

implement pick of protein validation bar - new view point on structure plot an N atom for selected residue
fix of non-gray modulated magnetic structures

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIImath.py

    r3243 r3247  
    26892689                cartAtoms[-1][4] = 'O'
    26902690            cartAtoms[-1][cx:cx+3] = np.inner(Amat,cartAtoms[-1][cx:cx+3])
     2691            cartAtoms[-1].append(atom[cia+8])
    26912692    XYZ = np.array([atom[cx:cx+3] for atom in cartAtoms])
    26922693    xyzmin = np.array([np.min(XYZ.T[i]) for i in [0,1,2]])
     
    27132714    res = []
    27142715    resNames = []
     2716    resIDs = {}
    27152717    resname = []
     2718    resID = {}
    27162719    newChain = True
    27172720    intact = {'CC':0,'CN':0,'CO':0,'NN':0,'NO':0,'OO':0,'NC':0,'OC':0,'ON':0}
     
    27242727                chainIntAct.append(resIntAct)
    27252728                resNames += resname
     2729                resIDs.update(resID)
    27262730                res = []
    27272731                resname = []
     2732                resID = {}
    27282733                resIntAct = []
    27292734                intact = {'CC':0,'CN':0,'CO':0,'NN':0,'NO':0,'OO':0,'NC':0,'OC':0,'ON':0}
     
    27382743                    resIntAct.append(sumintact(intact))
    27392744            res.append(atom[0])
    2740             resname.append('%s-%s%s'%(atom[2],atom[0],atom[1]))
     2745            name = '%s-%s%s'%(atom[2],atom[0],atom[1])
     2746            resname.append(name)
     2747            resID[name] = atom[-1]
    27412748            if not newChain:
    27422749                resIntAct.append(sumintact(intact))
     
    27772784#        print ia,atom[0]+atom[1]+atom[3],tgts,jntact['CC'],jntact['CN']+jntact['NC'],jntact['CO']+jntact['OC'],jntact['NN'],jntact['NO']+jntact['ON']
    27782785    resNames += resname
     2786    resIDs.update(resID)
    27792787    resIntAct.append(sumintact(intact))
    27802788    chainIntAct.append(resIntAct)
     
    27892797                summ = 0.
    27902798                for j in range(i-4,i+5):
    2791                     summ += np.sum(np.array(IntAct[j].values()))
     2799                    summ += np.sum(np.array(list(IntAct[j].values())))
    27922800                    if old:
    27932801                        mtrx[0] += IntAct[j]['CC']
     
    28152823        Probs += 4*[0.,]        #skip last 4 residues in chain
    28162824        chainProb += Probs
    2817     return resNames,chainProb
     2825    return resNames,chainProb,resIDs
    28182826   
    28192827################################################################################
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.