Changeset 2984 for branch


Ignore:
Timestamp:
Aug 9, 2017 2:41:58 PM (6 years ago)
Author:
odonnell
Message:

added .plot() method to histograms, changed to (set|clear)_refinements

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branch/2frame/GSASIIscriptable.py

    r2979 r2984  
    1414Routines for reading, writing, modifying and creating GSAS-II project (.gpx) files.
    1515
     16Supports a command line interface as well.
    1617"""
    1718from __future__ import division, print_function # needed?
    … …  
    4344import GSASIImath as G2mth
    4445import GSASIIElem as G2elem
     46
     47try:
     48    import matplotlib.pyplot as plt
     49except ImportError:
     50    plt = None
    4551
    4652def LoadDictFromProjFile(ProjFile):
    … …  
    502508        Iparm1, Iparm2 = instprm
    503509    except ValueError:
    504         # TODO load_iprms
    505510        Iparm1, Iparm2 = load_iprms(instprm, reader)
    506511
    … …  
    959964            phases = [self.phase(name) for name in phase]
    960965
     966
     967        # TODO: HAP parameters:
     968        #   Babinet
     969        #   Extinction
     970        #   HStrain
     971        #   Mustrain
     972        #   Pref. Ori
     973        #   Size
     974
     975        pwdr_set = {}
     976        phase_set = {}
    961977        for key, val in refinement.get('set', {}).items():
    962978            # Apply refinement options
    963979            if G2PwdrData.is_valid_refinement_key(key):
    964                 for hist in hists:
    965                     hist.set_refinement(key, val)
     980                pwdr_set[key] = val
    966981            elif G2Phase.is_valid_refinement_key(key):
    967                 for phase in phases:
    968                     phase.set_refinement(key, val)
     982                phase_set[key] = val
    969983            else:
    970984                print("Unknown refinement key:", key)
    971985
     986        for hist in hists:
     987            hist.set_refinements(pwdr_set)
     988        for phase in phases:
     989            phase.set_refinements(phase_set)
     990
     991        pwdr_clear = {}
     992        phase_clear = {}
    972993        for key, val in refinement.get('clear', {}).items():
    973994            # Clear refinement options
    974995            if G2PwdrData.is_valid_refinement_key(key):
    975                 for hist in hists:
    976                     hist.clear_refinement(key, val)
     996                pwdr_clear[key] = val
    977997            elif G2Phase.is_valid_refinement_key(key):
    978                 for phase in phases:
    979                     phase.clear_refinement(key, val)
     998                phase_clear[key] = val
    980999            else:
    9811000                print("Unknown refinement key:", key)
     1001
     1002        for hist in hists:
     1003            hist.clear_refinements(pwdr_clear)
     1004        for phase in phases:
     1005            phase.clear_refinements(phase_clear)
    9821006
    9831007    def index_ids(self):
    … …  
    12061230
    12071231        # TODO adjust pwddata? GSASIIpwdGUI.py:1041
     1232        # TODO update background
     1233        self.proj.save()
    12081234
    12091235    def y_calc(self):
    12101236        return self['data'][1][3]
    12111237
    1212     def set_refinement(self, key, value):
    1213         """Sets the refinement parameter 'key' to the specification 'value'"""
    1214         if key == 'Limits':
    1215             old_limits = self.data['Limits'][1]
    1216             new_limits = value
    1217             if isinstance(new_limits, dict):
    1218                 if 'low' in new_limits:
    1219                     old_limits[0] = new_limits['low']
    1220                 if 'high' in new_limits:
    1221                     old_limits[1] = new_limits['high']
     1238    def plot(self, Yobs=True, Ycalc=True, Background=True):
     1239        if plt:
     1240            data = self['data'][1]
     1241            if Yobs:
     1242                plt.plot(data[0], data[1], label='Yobs')
     1243            if Ycalc:
     1244                plt.plot(data[0], data[3], label='Ycalc')
     1245            if Background:
     1246                plt.plot(data[0], data[4], label='Background')
     1247
     1248    def set_refinements(self, refs):
     1249        """Sets the refinement parameter 'key' to the specification 'value'
     1250
     1251        :param dict refs: A dictionary of the parameters to be set.
     1252
     1253        :returns: None"""
     1254        do_fit_fixed_points = False
     1255        for key, value in refs.items():
     1256            if key == 'Limits':
     1257                old_limits = self.data['Limits'][1]
     1258                new_limits = value
     1259                if isinstance(new_limits, dict):
     1260                    if 'low' in new_limits:
     1261                        old_limits[0] = new_limits['low']
     1262                    if 'high' in new_limits:
     1263                        old_limits[1] = new_limits['high']
     1264                else:
     1265                    old_limits[0], old_limits[1] = new_limits
     1266            elif key == 'Sample Parameters':
     1267                sample = self.data['Sample Parameters']
     1268                for sparam in value:
     1269                    sample[sparam][1] = True
     1270            elif key == 'Background':
     1271                bkg, peaks = self.data['Background']
     1272
     1273                # If True or False, just set the refine parameter
     1274                if value in (True, False):
     1275                    bkg[1] = value
     1276                    return
     1277
     1278                if 'type' in value:
     1279                    bkg[0] = value['type']
     1280                if 'refine' in value:
     1281                    bkg[1] = value['refine']
     1282                if 'no. coeffs' in value:
     1283                    cur_coeffs = bkg[2]
     1284                    n_coeffs = value['no. coeffs']
     1285                    if n_coeffs > cur_coeffs:
     1286                        for x in range(n_coeffs - cur_coeffs):
     1287                            bkg.append(0.0)
     1288                    else:
     1289                        for _ in range(cur_coeffs - n_coeffs):
     1290                            bkg.pop()
     1291                    bkg[2] = n_coeffs
     1292                if 'coeffs' in value:
     1293                    bkg[3:] = value['coeffs']
     1294                if 'FixedPoints' in value:
     1295                    peaks['FixedPoints'] = [(float(a), float(b))
     1296                                            for a, b in value['FixedPoints']]
     1297                if value.get('fit fixed points', False):
     1298                    do_fit_fixed_points = True
     1299
     1300            elif key == 'Instrument Parameters':
     1301                instrument, secondary = self.data['Instrument Parameters']
     1302                for iparam in value:
     1303                    try:
     1304                        instrument[iparam][2] = True
     1305                    except IndexError:
     1306                        raise ValueError("Invalid key:", iparam)
    12221307            else:
    1223                 old_limits[0], old_limits[1] = new_limits
    1224         elif key == 'Sample Parameters':
    1225             sample = self.data['Sample Parameters']
    1226             for sparam in value:
    1227                 sample[sparam][1] = True
    1228         elif key == 'Background':
    1229             bkg, peaks = self.data['Background']
    1230 
    1231             # If True or False, just set the refine parameter
    1232             if value in (True, False):
    1233                 bkg[1] = value
    1234                 return
    1235 
    1236             if 'type' in value:
    1237                 bkg[0] = value['type']
    1238             if 'refine' in value:
    1239                 bkg[1] = value['refine']
    1240             if 'no. coeffs' in value:
    1241                 cur_coeffs = bkg[2]
    1242                 n_coeffs = value['no. coeffs']
    1243                 if n_coeffs > cur_coeffs:
    1244                     for x in range(n_coeffs - cur_coeffs):
    1245                         bkg.append(0.0)
    1246                 else:
    1247                     for _ in range(cur_coeffs - n_coeffs):
    1248                         bkg.pop()
    1249                 bkg[2] = n_coeffs
    1250             if 'coeffs' in value:
    1251                 bkg[3:] = value['coeffs']
    1252             if 'FixedPoints' in value:
    1253                 peaks['FixedPoints'] = [(float(a), float(b))
    1254                                         for a, b in value['FixedPoints']]
    1255             if value.get('fit fixed points', False):
    1256                 self.fit_fixed_points()
    1257 
    1258         elif key == 'Instrument Parameters':
    1259             instrument, secondary = self.data['Instrument Parameters']
    1260             for iparam in value:
    1261                 try:
    1262                     instrument[iparam][2] = True
    1263                 except IndexError:
    1264                     raise ValueError("Invalid key:", iparam)
    1265         else:
    1266             raise ValueError("Unknown key:", key)
    1267 
    1268     def clear_refinement(self, key, value):
     1308                raise ValueError("Unknown key:", key)
     1309        # Fit fixed points after the fact - ensure they are after fixed points
     1310        # are added
     1311        if do_fit_fixed_points:
     1312            self.fit_fixed_points()
     1313
     1314    def clear_refinements(self, refs):
    12691315        """Clears the refinement parameter 'key' and its associated value."""
    1270         if key == 'Limits':
    1271             old_limits, cur_limits = self.data['Limits']
    1272             cur_limits[0], cur_limits[1] = old_limits
    1273         elif key == 'Sample Parameters':
    1274             sample = self.data['Sample Parameters']
    1275             for sparam in value:
    1276                 sample[sparam][1] = False
    1277         elif key == 'Background':
    1278             bkg, peaks = self.data['Background']
    1279 
    1280             # If True or False, just set the refine parameter
    1281             if value in (True, False):
     1316        for key, value in refs.items():
     1317            if key == 'Limits':
     1318                old_limits, cur_limits = self.data['Limits']
     1319                cur_limits[0], cur_limits[1] = old_limits
     1320            elif key == 'Sample Parameters':
     1321                sample = self.data['Sample Parameters']
     1322                for sparam in value:
     1323                    sample[sparam][1] = False
     1324            elif key == 'Background':
     1325                bkg, peaks = self.data['Background']
     1326
     1327                # If True or False, just set the refine parameter
     1328                if value in (True, False):
     1329                    bkg[1] = False
     1330                    return
     1331
    12821332                bkg[1] = False
    1283                 return
    1284 
    1285             bkg[1] = False
    1286             if 'FixedPoints' in value:
    1287                 if 'FixedPoints' in peaks:
    1288                     del peaks['FixedPoints']
    1289         elif key == 'Instrument Parameters':
    1290             instrument, secondary = self.data['Instrument Parameters']
    1291             for iparam in value:
    1292                 instrument[iparam][2] = False
    1293         else:
    1294             raise ValueError("Unknown key:", key)
     1333                if 'FixedPoints' in value:
     1334                    if 'FixedPoints' in peaks:
     1335                        del peaks['FixedPoints']
     1336            elif key == 'Instrument Parameters':
     1337                instrument, secondary = self.data['Instrument Parameters']
     1338                for iparam in value:
     1339                    instrument[iparam][2] = False
     1340            else:
     1341                raise ValueError("Unknown key:", key)
    12951342
    12961343
    … …  
    13571404                'vol': cell[7]}
    13581405
    1359     def set_refinement(self, key, value):
    1360         if key == "Cell":
    1361             self.data['General']['Cell'][0] = True
    1362         elif key == "Atoms":
    1363             cx, ct, cs, cia = self.data['General']['AtomPtrs']
    1364 
    1365             for atomlabel, atomrefinement in value.items():
    1366                 if atomlabel == 'all':
    1367                     for atom in self.atoms():
     1406    def set_refinements(self, refs):
     1407        for key, value in refs.items():
     1408            if key == "Cell":
     1409                self.data['General']['Cell'][0] = True
     1410            elif key == "Atoms":
     1411                cx, ct, cs, cia = self.data['General']['AtomPtrs']
     1412
     1413                for atomlabel, atomrefinement in value.items():
     1414                    if atomlabel == 'all':
     1415                        for atom in self.atoms():
     1416                            atom.refinement_flags = atomrefinement
     1417                    else:
     1418                        atom = self.atom(atomlabel)
    13681419                        atom.refinement_flags = atomrefinement
    1369                 else:
     1420            elif key == "LeBail":
     1421                hists = self.data['Histograms']
     1422                for hname, hoptions in hists.items():
     1423                    if 'LeBail' not in hoptions:
     1424                        hoptions['newLeBail'] = True
     1425                    hoptions['LeBail'] = bool(value)
     1426            else:
     1427                raise ValueError("Unknown key:", key)
     1428
     1429    def clear_refinements(self, refs):
     1430        for key, value in refs.items():
     1431            if key == "Cell":
     1432                self.data['General']['Cell'][0] = False
     1433            elif key == "Atoms":
     1434                cx, ct, cs, cia = self.data['General']['AtomPtrs']
     1435
     1436                for atomlabel in value:
    13701437                    atom = self.atom(atomlabel)
    1371                     atom.refinement_flags = atomrefinement
    1372         elif key == "LeBail":
    1373             hists = self.data['Histograms']
    1374             for hname, hoptions in hists.items():
    1375                 if 'LeBail' not in hoptions:
    1376                     hoptions['newLeBail'] = True
    1377                 hoptions['LeBail'] = bool(value)
    1378         else:
    1379             raise ValueError("Unknown key:", key)
    1380 
    1381     def clear_refinement(self, key, value):
    1382         if key == "Cell":
    1383             self.data['General']['Cell'][0] = False
    1384         elif key == "Atoms":
    1385             cx, ct, cs, cia = self.data['General']['AtomPtrs']
    1386 
    1387             for atomlabel in value:
    1388                 atom = self.atom(atomlabel)
    1389                 # Set refinement to none
    1390                 atom.refinement_flags = ' '
    1391         elif key == "LeBail":
    1392             hists = self.data['Histograms']
    1393             for hname, hoptions in hists.items():
    1394                 if 'LeBail' not in hoptions:
    1395                     hoptions['newLeBail'] = True
    1396                 hoptions['LeBail'] = False
    1397         else:
    1398             raise ValueError("Unknown key:", key)
     1438                    # Set refinement to none
     1439                    atom.refinement_flags = ' '
     1440            elif key == "LeBail":
     1441                hists = self.data['Histograms']
     1442                for hname, hoptions in hists.items():
     1443                    if 'LeBail' not in hoptions:
     1444                        hoptions['newLeBail'] = True
     1445                    hoptions['LeBail'] = False
     1446            else:
     1447                raise ValueError("Unknown key:", key)
    13991448
    14001449
    … …  
    14811530                for p in phases:
    14821531                    print(fname, p.name)
     1532
     1533
    14831534def IPyBrowse(*args):
    14841535    """Load a .gpx file and then open a IPython shell to browse it
    … …  
    14921543        break
    14931544
     1545
    14941546def refine(*args):
    14951547    """The refine subcommand"""
    … …  
    15001552def seqrefine(*args):
    15011553    """The seqrefine subcommand"""
    1502     pass
     1554    raise NotImplementedError("seqrefine is not yet implemented")
    15031555
    15041556
    … …  
    15061558    """The export subcommand"""
    15071559    # Export CIF or Structure or ...
    1508     pass
     1560    raise NotImplementedError("export is not yet implemented")
    15091561
    15101562
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.