Changeset 2772


Ignore:
Timestamp:
Apr 4, 2017 3:34:02 PM (5 years ago)
Author:
vondreele
Message:

do some speedups of image tiff readers
Modify PlotXY so it sort of behaves for multiple line plots
various fixes for reflectometry calcs & plots.

Location:
trunk
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIIplot.py

    r2766 r2772  
    28372837   
    28382838    '''
     2839    global xylim
    28392840    def OnKeyPress(event):
    28402841        if event.key == 'u':
    … …  
    28552856            if XY2 != None:
    28562857                G2IO.XYsave(G2frame,XY2,labelX,labelY,names2)
    2857         else:
    2858 #            print 'no binding for key',event.key
    2859             #GSASIIpath.IPyBreak()
    2860             return
    2861         wx.CallAfter(PlotXY,G2frame,XY,XY2,labelX,labelY,False,Title,lines,names)
     2858#        else:
     2859#            return
     2860        Draw()
    28622861
    28632862    def OnMotion(event):
    … …  
    28702869            except TypeError:
    28712870                G2frame.G2plotNB.status.SetStatusText('Select '+Title+' pattern first',1)
     2871               
     2872    def Draw():
     2873        global xylim
     2874        print Page.Offset
     2875        Plot.clear()
     2876        Plot.set_title(Title)
     2877        Plot.set_xlabel(r''+labelX,fontsize=14)
     2878        Plot.set_ylabel(r''+labelY,fontsize=14)
     2879        colors=['b','r','g','c','m','k']
     2880        Page.keyPress = OnKeyPress
     2881        Xmax = 0.
     2882        Ymax = 0.   
     2883        for ixy,xy in enumerate(XY):
     2884            X,Y = XY[ixy]
     2885            Xmax = max(Xmax,max(X))
     2886            Ymax = max(Ymax,max(Y))
     2887            if lines:
     2888                dX = Page.Offset[0]*(ixy)*Xmax/500.
     2889                dY = Page.Offset[1]*(ixy)*Ymax/100.
     2890                if len(names):
     2891                    Plot.plot(X+dX,Y+dY,colors[ixy%6],picker=False,label=names[ixy])
     2892                else:
     2893                    Plot.plot(X+dX,Y+dY,colors[ixy%6],picker=False)
     2894            else:
     2895                Plot.plot(X,Y,colors[ixy%6]+'+',picker=False)
     2896        if len(vertLines):
     2897            for ixy,X in enumerate(vertLines):
     2898                dX = Page.Offset[0]*(ixy)*Xmax/500.
     2899                for x in X:
     2900                    Plot.axvline(x+dX,color=colors[ixy%6],dashes=(5,5),picker=False)
     2901        if XY2 is not None and len(XY2):
     2902            for ixy,xy in enumerate(XY2):
     2903                X,Y = XY2[ixy]
     2904                dX = Page.Offset[0]*(ixy+1)*Xmax/500.
     2905                dY = Page.Offset[1]*(ixy+1)*Ymax/100.
     2906                if len(names2):
     2907                    Plot.plot(X+dX,Y+dY,colors[ixy%6],picker=False,label=names2[ixy])
     2908                else:
     2909                    Plot.plot(X+dX,Y+dY,colors[ixy%6],picker=False)
     2910        if len(names):
     2911            Plot.legend(loc='best')
     2912        if not newPlot:
     2913            Page.toolbar.push_current()
     2914            Plot.set_xlim(xylim[0])
     2915            Plot.set_ylim(xylim[1])
     2916            xylim = []
     2917            Page.toolbar.push_current()
     2918            Page.toolbar.draw()
     2919            Page.canvas.draw()
     2920        else:
     2921            Page.canvas.draw()
    28722922
    28732923    new,plotNum,Page,Plot,lim = G2frame.G2plotNB.FindPlotTab(Title,'mpl')
     2924    Page.Offset = [0,0]
    28742925    if not new:
    28752926        if not newPlot:
    … …  
    28862937    else:
    28872938        Page.Choice = None
    2888     G2frame.G2plotNB.status.DestroyChildren()
    2889     Plot.set_title(Title)
    2890     Plot.set_xlabel(r''+labelX,fontsize=14)
    2891     Plot.set_ylabel(r''+labelY,fontsize=14)
    2892     colors=['b','g','r','c','m','k']
    2893     Page.keyPress = OnKeyPress
    2894     Xmax = 0.
    2895     Ymax = 0.   
    2896     for ixy,xy in enumerate(XY):
    2897         X,Y = XY[ixy]
    2898         Xmax = max(Xmax,max(X))
    2899         Ymax = max(Ymax,max(Y))
    2900         if lines:
    2901             dX = Page.Offset[0]*(ixy+1)*Xmax/500.
    2902             dY = Page.Offset[1]*(ixy+1)*Ymax/100.
    2903             if len(names):
    2904                 Plot.plot(X+dX,Y+dY,colors[ixy%6],picker=False,label=names[ixy])
    2905             else:
    2906                 Plot.plot(X+dX,Y+dY,colors[ixy%6],picker=False)
    2907         else:
    2908             Plot.plot(X,Y,colors[ixy%6]+'+',picker=False)
    2909     if len(vertLines):
    2910         for ixy,X in enumerate(vertLines):
    2911             dX = Page.Offset[0]*(ixy+1)*Xmax/500.
    2912             for x in X:
    2913                 Plot.axvline(x+dX,color=colors[ixy%6],dashes=(5,5),picker=False)
    2914     if XY2 is not None and len(XY2):
    2915         for ixy,xy in enumerate(XY2):
    2916             X,Y = XY2[ixy]
    2917             dX = Page.Offset[0]*(ixy+1)*Xmax/500.
    2918             dY = Page.Offset[1]*(ixy+1)*Ymax/100.
    2919             if len(names2):
    2920                 Plot.plot(X+dX,Y+dY,colors[ixy%6],picker=False,label=names2[ixy])
    2921             else:
    2922                 Plot.plot(X+dX,Y+dY,colors[ixy%6],picker=False)
    2923     if len(names):
    2924         Plot.legend(loc='best')
    2925     if not newPlot:
    2926         Page.toolbar.push_current()
    2927         Plot.set_xlim(xylim[0])
    2928         Plot.set_ylim(xylim[1])
    2929         xylim = []
    2930         Page.toolbar.push_current()
    2931         Page.toolbar.draw()
    2932     else:
    2933         Page.canvas.draw()
     2939    Draw()
     2940   
    29342941       
    29352942################################################################################

  • trunk/GSASIIpwd.py

    r2767 r2772  
    19151915
    19161916def REFDRefine(Profile,ProfDict,Inst,Limits,Substances,data):
    1917     print 'fit REFD data by '+data['Minimizer']
     1917    print 'fit REFD data by '+data['Minimizer']+' using %.2f%% data resolution'%(data['Resolution'][0])
    19181918   
    19191919    def GetModelParms():
    … …  
    19221922        values = []
    19231923        bounds = []
     1924        parmDict['Res'] = data['Resolution'][0]/100.       #%-->decimal
    19241925        for parm in ['Scale','FltBack']:
    19251926            parmDict[parm] = data[parm][0]
    … …  
    19851986        Scale = parmDict['Scale']
    19861987        Nlayers = parmDict['nLayers']
     1988        Res = parmDict['Res']
     1989        Gaus = np.zeros((9,len(Q)))
    19871990        depth = np.zeros(Nlayers)
    19881991        rho = np.zeros(Nlayers)
    … …  
    20062009
    20072010    Q,Io,wt,Ic,Ib,Ifb = Profile[:6]
     2011    if data.get('2% weight'):
     2012        wt = 1./(0.02*Io)**2
    20082013    Qmin = Limits[1][0]
    20092014    Qmax = Limits[1][1]

  • trunk/GSASIIpwdGUI.py

    r2771 r2772  
    47554755            return
    47564756        plotList = []
    4757         od = {'label_1':'Zero at substrate','value_1':False}
     4757        od = {'label_1':'Zero at substrate','value_1':False,'label_2':'Show layer transitions','value_2':True}
    47584758        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Plot reflectivity models for:',
    47594759            'Plot SLD models', histList,extraOpts=od)
    … …  
    47624762                for i in dlg.GetSelections():
    47634763                    plotList.append(histList[i])
     4764            else:
     4765                dlg.Destroy()
     4766                return
    47644767        finally:
    47654768            dlg.Destroy()
    47664769        XY = []
     4770        LinePos = []
    47674771        for item in plotList:
    47684772            mId = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
    … …  
    47764780                XY.append([x,y])
    47774781                disLabel = r'$Distance\ from\ top\ surface,\ \AA$'
     4782            if od['value_2']:
     4783                nLines = len(model['Layers'])-1
     4784                linePos = np.zeros(nLines)
     4785                for ilay,layer in enumerate(model['Layers'][1:-1]):
     4786                    linePos[ilay+1:] += layer.get('Thick',[0.,False])[0]
     4787                if od['value_1']:
     4788                    linePos = linePos[-1]-linePos
     4789                LinePos.append(linePos)
    47784790        G2plt.PlotXY(G2frame,XY,labelX=disLabel,labelY=r'$SLD,\ 10^{10}cm^{-2}$',newPlot=True,   
    4779                       Title='Scattering length density',lines=True,names=[])
     4791                      Title='Scattering length density',lines=True,names=[],vertLines=LinePos)
    47804792       
    47814793    def OnFitModelAll(event):
    … …  
    47884800        for ilay,layer in enumerate(data['Layers'][1:-1]):
    47894801            linePos[ilay+1:] += layer.get('Thick',[0.,False])[0]
    4790         if data['Zero']:
     4802        if data['Zero'] == 'Top':
    47914803            XY = [[x,y],]
    47924804            disLabel = r'$Distance\ from\ top\ surface,\ \AA$'
    47934805        else:
    47944806            XY = [[xr,y],]
     4807            linePos = linePos[-1]-linePos
    47954808            disLabel = r'$Distance\ from\ substrate,\ \AA$'
    47964809        G2plt.PlotXY(G2frame,XY,labelX=disLabel,labelY=r'$SLD,\ 10^{10}cm^{-2}$',newPlot=True,
    … …  
    48334846        def OnMinSel(event):
    48344847            data['Minimizer'] = minSel.GetValue()
     4848           
     4849        def OnWeight(event):
     4850            data['2% weight'] = weight.GetValue()
    48354851           
    48364852        controlSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    … …  
    48544870        minimiz.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Tolerance: '),0,WACV)
    48554871        minimiz.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,data,'Toler',nDig=(10,1,'g'),typeHint=float),0,WACV)
     4872        weight = wx.CheckBox(G2frame.dataDisplay,label='Use 2% sig. weights')
     4873        weight.SetValue(data.get('2% weight',False))
     4874        weight.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnWeight)
     4875        minimiz.Add(weight,0,WACV)
     4876       
    48564877    #Recomb':0.5,  needed??     
    48574878        controlSizer.Add(minimiz,0,WACV)

  • trunk/imports/G2img_1TIF.py

    r2756 r2772  
    2323import GSASIIpath
    2424import numpy as np
     25import time
    2526DEBUG = False
    2627GSASIIpath.SetVersionNumber("$Revision$")
    … …  
    152153    [nx,ny] = sizexy
    153154    Npix = nx*ny
     155    time0 = time.time()
    154156    if 34710 in IFD:
    155157        print 'Read MAR CCD tiff file: ',filename
    … …  
    206208                File.seek(8)
    207209                print 'Read GE-detector tiff file: ',filename
    208                 image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
     210                image = np.fromfile(File,dtype=np.int16,count=2*Npix)[:Npix]
     211#                image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
    209212            elif IFD[258][2][0] == 32:
    210213                tifType = 'CHESS'
    … …  
    231234        File.seek(512)
    232235        print 'Read DND SAX/WAX-detector tiff file: ',filename
    233         image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
     236        image = np.fromfile(File,dtype=np.int16,count=2*Npix)[:Npix]
     237#        image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
    234238    elif sizexy == [1536,1536]:
    235239        tifType = 'APS Gold'
    … …  
    237241        File.seek(64)
    238242        print 'Read Gold tiff file:',filename
    239         image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
     243        image = np.fromfile(File,dtype=np.int16,count=2*Npix)[:Npix]
     244#        image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
    240245    elif sizexy == [2048,2048] or sizexy == [1024,1024] or sizexy == [3072,3072]:
    241246        if IFD[273][2][0] == 8:
    … …  
    246251                print 'Read APS PE-detector tiff file: ',filename
    247252                if dataType == 5:
    248                     image = np.array(ar.array('f',File.read(4*Npix)),dtype=np.int32)
     253                    image = np.fromfile(File,dtype=np.float32,count=4*Npix)[:Npix]
     254#                    image = np.array(ar.array('f',File.read(4*Npix)),dtype=np.int32)
    249255                else:
    250                     image = np.array(ar.array('I',File.read(4*Npix)),dtype=np.int32)
     256                    image = np.fromfile(File,dtype=np.int,count=4*Npix)[:Npix]
     257#                    image = np.array(ar.array('I',File.read(4*Npix)),dtype=np.int32)
    251258            elif IFD[258][2][0] == 16:
    252259                tifType = 'MedOptics D1'
    … …  
    265272            File.seek(4096)
    266273            print 'Read MAR CCD tiff file: ',filename
    267             image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
     274            image = np.fromfile(File,dtype=np.int16,count=2*Npix)[:Npix]
     275#            image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
    268276        elif IFD[273][2][0] == 512:
    269277            tifType = '11-ID-C'
    … …  
    286294                File.seek(8)
    287295                print 'Read PE 4Kx4K tiff file: ',filename
    288                 image = np.array(ar.array('f',File.read(4*Npix)),dtype=np.int32)               
     296                image = np.fromfile(File,dtype=np.uint,count=4*Npix)[:Npix]
     297                if np.max(image) > 2**31:
     298                    image = np.array(image-2**30,dtype=np.int32)
     299                else:
     300                    image = np.array(image,dtype=np.int32)
     301#                arry = ar.array('I',File.read(4*Npix))
     302#                image = np.array(arry)/2**16           
    289303        elif IFD[273][2][0] == 4096:
    290304            tifType = 'Rayonix'
    … …  
    292306            File.seek(4096)
    293307            print 'Read Rayonix MX300HE tiff file: ',filename
    294             image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
     308            image = np.fromfile(File,dtype=np.int16,count=2*Npix)[:Npix]
     309#            image = np.array(ar.array('H',File.read(2*Npix)),dtype=np.int32)
    295310#    elif sizexy == [960,960]:
    296311#        tiftype = 'PE-BE'
    … …  
    308323        lines = ['not a known detector tiff file',]
    309324        return lines,0,0,0
    310        
     325    print 'image read time: %.3f'%(time.time()-time0)
    311326    image = np.reshape(image,(sizexy[1],sizexy[0]))
    312327    center = (not center[0]) and [pixy[0]*sizexy[0]/2000,pixy[1]*sizexy[1]/2000] or center
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.