Changeset 2660


Ignore:
Timestamp:
Jan 25, 2017 4:06:39 PM (6 years ago)
Author:
vondreele
Message:

fix issues with new pdf creation & fully trap missing elements problem
progress on pdf peak display, selection & limit changes
remove Add from background, dark & container PDF stuff

Location:
trunk
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASII.py

    r2659 r2660  
    36003600                        Id = self.PatternTree.AppendItem(parent=self.root,text='PDF '+PWDRname)
    36013601                        Data = {
    3602                             'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0,'Add':0.0},
    3603                             'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
    3604                             'Container':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},
     3602                            'Sample':{'Name':item,'Mult':1.0},
     3603                            'Sample Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0},
     3604                            'Container':{'Name':'','Mult':-1.0},
    36053605                            'Container Bkg.':{'Name':'','Mult':-1.0,'Add':0.0},'ElList':ElList,
    36063606                            'Geometry':'Cylinder','Diam':1.0,'Pack':0.50,'Form Vol':10.0,

  • trunk/GSASIIgrid.py

    r2659 r2660  
    45824582            data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,item,'PDF Controls'))
    45834583            G2pdG.UpdatePDFGrid(G2frame,data)
    4584             G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='G(R)')
     4584            if len(data['G(R)']):
     4585                G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='G(R)')
    45854586        elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'Phases':
    45864587            G2frame.dataFrame.setSizePosLeft(defWid)
    … …  
    45924593        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.PatternId,'PDF Controls'))
    45934594        G2pdG.UpdatePDFPeaks(G2frame,peaks,data)
    4594         G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='G(R)',newPlot=True,peaks=peaks)           
     4595        if len(data['G(R)']):
     4596            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='G(R)',newPlot=True,peaks=peaks)           
    45954597    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(item) == 'PDF Controls':
    45964598        for i in G2frame.ExportPDF: i.Enable(True) # this should be done on .gpx load; is done on OnMakePDFs (GSASII.py)
    … …  
    45994601        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)
    46004602        G2pdG.UpdatePDFGrid(G2frame,data)
    4601         G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='I(Q)')
    4602         G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='S(Q)')
    4603         G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='F(Q)')
    4604         G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='G(R)')
     4603        if len(data['G(R)']):
     4604            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='I(Q)')
     4605            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='S(Q)')
     4606            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='F(Q)')
     4607            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,plotType='G(R)')
    46054608    elif G2frame.PatternTree.GetItemText(parentID) == 'Phases':
    46064609        data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(item)

  • trunk/GSASIIplot.py

    r2659 r2660  
    23532353    or multiple plots with waterfall and contour plots as options
    23542354    '''
     2355    global Peaks
     2356    Peaks = peaks
    23552357    G2frame.ShiftDown = False
    23562358    if not plotType:
    … …  
    24572459            except TypeError:
    24582460                G2frame.G2plotNB.status.SetStatusText('Select '+plotType+' pattern first',1)
     2461               
     2462    def OnPick(event):
     2463
     2464        def OnDragLine(event):
     2465            '''Respond to dragging of a plot line
     2466            '''
     2467            if event.xdata is None: return   # ignore if cursor out of window
     2468            Page.canvas.restore_region(savedplot)
     2469            coords = G2frame.itemPicked.get_data()
     2470            coords[0][0] = coords[0][1] = event.xdata
     2471            coords = G2frame.itemPicked.set_data(coords)
     2472            Page.figure.gca().draw_artist(G2frame.itemPicked)
     2473            Page.canvas.blit(Page.figure.gca().bbox)
     2474
     2475        if Peaks == None: return
     2476        if G2frame.itemPicked is not None: return
     2477        pick = event.artist
     2478        mouse = event.mouseevent
     2479        xpos = pick.get_xdata()
     2480        ypos = pick.get_ydata()
     2481        ind = event.ind
     2482        xy = list(zip(np.take(xpos,ind),np.take(ypos,ind))[0])
     2483        if not ind[0]:          # a limit line - allow it to drag
     2484            # prepare to animate move of line
     2485            G2frame.itemPicked = pick
     2486            pick.set_linestyle(':') # set line as dotted
     2487            Page = G2frame.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
     2488            Page.figure.gca()
     2489            Page.canvas.draw() # refresh without dotted line & save bitmap
     2490            savedplot = Page.canvas.copy_from_bbox(Page.figure.gca().bbox)
     2491            G2frame.cid = Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnDragLine)
     2492            pick.set_linestyle('--') # back to dashed
     2493        else:       # a profile point, e.g. a peak
     2494            if mouse.button == 1:
     2495                Peaks['Peaks'].append([xy[0],xy[1]*.5,.5,'','','',0.])
     2496                Peaks['Peaks'] = G2mth.sortArray(Peaks['Peaks'],0,reverse=False)
     2497                PlotISFG(G2frame,data,peaks=Peaks,newPlot=False)
     2498                G2pdG.UpdatePDFPeaks(G2frame,Peaks,data)
     2499       
     2500    def OnRelease(event):
     2501        if Peaks == None: return
     2502        if G2frame.itemPicked == None: return
     2503        if G2frame.cid is not None:         # if there is a drag connection, delete it
     2504            Page.canvas.mpl_disconnect(G2frame.cid)
     2505            G2frame.cid = None
     2506        if event.xdata is None or event.ydata is None: # ignore drag if cursor is outside of plot
     2507            Page.canvas.mpl_disconnect(G2frame.cid)
     2508            G2frame.cid = None
     2509            PlotISFG(G2frame,data,peaks=Peaks,newPlot=False)
     2510            return
     2511        lines = []
     2512        for line in G2frame.Lines:
     2513            lines.append(line.get_xdata()[0])
     2514        try:
     2515            lineNo = lines.index(G2frame.itemPicked.get_xdata()[0])
     2516        except ValueError:
     2517            lineNo = -1
     2518        if lineNo in [0,1]:
     2519            Peaks['Limits'][lineNo] = event.xdata
     2520        if event.button == 3:
     2521            del Peaks['Peaks'][lineNo-2]
     2522        G2frame.itemPicked = None
     2523        G2pdG.UpdatePDFPeaks(G2frame,Peaks,data)
     2524        PlotISFG(G2frame,data,peaks=Peaks,newPlot=False)
    24592525   
    24602526    xylim = []
    … …  
    24702536        Page.canvas.mpl_connect('key_release_event', OnPlotKeyUp)
    24712537        Page.canvas.mpl_connect('motion_notify_event', OnMotion)
     2538        Page.canvas.mpl_connect('pick_event', OnPick)
     2539        Page.canvas.mpl_connect('button_release_event', OnRelease)
    24722540        Page.Offset = [0,0]
    24732541   
    24742542    G2frame.G2plotNB.status.DestroyChildren()
    2475     if peaks == None:
     2543    if Peaks == None:
    24762544        if G2frame.Contour:
    24772545            Page.Choice = (' key press','d: lower contour max','u: raise contour max',
    … …  
    24852553        Page.keyPress = OnPlotKeyPress
    24862554    else:
     2555        G2frame.cid = None
    24872556        Page.Choice = ()
    2488         newPlot = True
    24892557    PatternId = G2frame.PatternId
    24902558    name = G2frame.PatternTree.GetItemText(PatternId)[4:]
    … …  
    25192587    lenX = 0
    25202588    for Pattern in PlotList:
     2589        if not len(Pattern): return     #no PDF's yet
    25212590        xye = Pattern[1]
    25222591        Ymax = max(Ymax,max(xye[1]))
    … …  
    25592628        Ymin = np.amin(XYlist.T[1])
    25602629        Ymax = np.amax(XYlist.T[1])
    2561         normcl = mpcls.Normalize(Ymin,Ymax)
    25622630        dy = 0.02*(Ymax-Ymin)
    25632631        Plot.set_xlim(Xmin-dx,Xmax+dx)
    25642632        Plot.set_ylim(Ymin-dy,Ymax+dy)
    2565         acolor = mpl.cm.get_cmap(G2frame.ContourColor)
    2566         wx.BeginBusyCursor()
    2567         if XYlist.shape[0]>1:
    2568             if G2frame.Waterfall:
    2569                 for xylist in XYlist:           
    2570                     ymin = np.amin(xylist.T[1])
    2571                     ymax = np.amax(xylist.T[1])
    2572                     normcl = mpcls.Normalize(ymin,ymax)
    2573                     colorRange = xylist.T[1]
    2574                     segs = np.reshape(np.hstack((xylist[:-1],xylist[1:])),(-1,2,2))
     2633        if Peaks == None:
     2634            normcl = mpcls.Normalize(Ymin,Ymax)
     2635            acolor = mpl.cm.get_cmap(G2frame.ContourColor)
     2636            wx.BeginBusyCursor()
     2637            if XYlist.shape[0]>1:
     2638                if G2frame.Waterfall:
     2639                    for xylist in XYlist:           
     2640                        ymin = np.amin(xylist.T[1])
     2641                        ymax = np.amax(xylist.T[1])
     2642                        normcl = mpcls.Normalize(ymin,ymax)
     2643                        colorRange = xylist.T[1]
     2644                        segs = np.reshape(np.hstack((xylist[:-1],xylist[1:])),(-1,2,2))
     2645                        line = mplC.LineCollection(segs,cmap=acolor,norm=normcl)
     2646                        line.set_array(colorRange)
     2647                        Plot.add_collection(line)
     2648                    axcb = Page.figure.colorbar(line)
     2649                    axcb.set_label(plotType)
     2650                else:   #ok
     2651                    lines = mplC.LineCollection(XYlist,cmap=acolor)
     2652                    lines.set_array(np.arange(XYlist.shape[0]))
     2653                    Plot.add_collection(lines)
     2654                    axcb = Page.figure.colorbar(lines)
     2655                    axcb.set_label('PDF number')
     2656            else:
     2657                if G2frame.Waterfall:
     2658                    colorRange = XYlist[0].T[1]
     2659                    segs = np.reshape(np.hstack((XYlist[0][:-1],XYlist[0][1:])),(-1,2,2))
    25752660                    line = mplC.LineCollection(segs,cmap=acolor,norm=normcl)
    25762661                    line.set_array(colorRange)
    25772662                    Plot.add_collection(line)
    2578                 axcb = Page.figure.colorbar(line)
    2579                 axcb.set_label(plotType)
    2580             else:   #ok
    2581                 lines = mplC.LineCollection(XYlist,cmap=acolor)
    2582                 lines.set_array(np.arange(XYlist.shape[0]))
    2583                 Plot.add_collection(lines)
    2584                 axcb = Page.figure.colorbar(lines)
    2585                 axcb.set_label('PDF number')
     2663                    axcb = Page.figure.colorbar(line)
     2664                    axcb.set_label('Intensity')
     2665                else:   #ok
     2666                    line = mplC.LineCollection(XYlist,color=colors[0])
     2667                    Plot.add_collection(line)
     2668            wx.EndBusyCursor()
     2669            if plotType == 'G(R)':
     2670                Xb = [0.,2.5]
     2671                Yb = [0.,-10.*np.pi*numbDen]
     2672                Plot.plot(Xb,Yb,color='k',dashes=(5,5))
     2673            elif plotType == 'F(Q)':
     2674                Plot.axhline(0.,color=wx.BLACK)
     2675            elif plotType == 'S(Q)':
     2676                Plot.axhline(1.,color=wx.BLACK)
    25862677        else:
    2587             if G2frame.Waterfall:
    2588                 colorRange = XYlist[0].T[1]
    2589                 segs = np.reshape(np.hstack((XYlist[0][:-1],XYlist[0][1:])),(-1,2,2))
    2590                 line = mplC.LineCollection(segs,cmap=acolor,norm=normcl)
    2591                 line.set_array(colorRange)
    2592                 Plot.add_collection(line)
    2593                 axcb = Page.figure.colorbar(line)
    2594                 axcb.set_label('Intensity')
    2595             else:   #ok
    2596                 line = mplC.LineCollection(XYlist,color=colors[0])
    2597                 Plot.add_collection(line)
    2598             if peaks != None:
    2599                 Plot.axvline(peaks['Limits'][0],color='g',dashes=(5,5),picker=2.)
    2600                 Plot.axvline(peaks['Limits'][1],color='r',dashes=(5,5),picker=2.)
    2601         wx.EndBusyCursor()
    2602         if plotType == 'G(R)':
    2603             Xb = [0.,2.5]
    2604             Yb = [0.,-10.*np.pi*numbDen]
     2678            G2frame.Lines = []
     2679            X = XYlist[0].T[0]
     2680            Y = XYlist[0].T[1]
     2681            Plot.plot(X,Y,color='b',picker=3)
     2682            G2frame.Lines.append(Plot.axvline(peaks['Limits'][0],color='g',dashes=(5,5),picker=2.))
     2683            G2frame.Lines.append(Plot.axvline(peaks['Limits'][1],color='r',dashes=(5,5),picker=2.))
     2684            for peak in Peaks['Peaks']:
     2685                G2frame.Lines.append(Plot.axvline(peak[0],color='r',picker=2.))
     2686            Xb = [0.,peaks['Limits'][1]]
     2687            Yb = [0.,Xb[1]*peaks['Background'][1][1]]
    26052688            Plot.plot(Xb,Yb,color='k',dashes=(5,5))
    2606         elif plotType == 'F(Q)':
    2607             Plot.axhline(0.,color=wx.BLACK)
    2608         elif plotType == 'S(Q)':
    2609             Plot.axhline(1.,color=wx.BLACK)
    2610        
    26112689#    elif G2frame.Legend:
    26122690#        Plot.legend(loc='best')

  • trunk/GSASIIpwd.py

    r2659 r2660  
    295295    IofQ[1] = np.array(IofQ[1])[:,Ibeg:Ifin]
    296296    if data['Sample Bkg.']['Name']:
    297         IofQ[1][1] += (xydata['Sample Bkg.'][1][1][Ibeg:Ifin]+
    298             data['Sample Bkg.']['Add'])*data['Sample Bkg.']['Mult']
     297        IofQ[1][1] += xydata['Sample Bkg.'][1][1][Ibeg:Ifin]*data['Sample Bkg.']['Mult']
    299298    if data['Container']['Name']:
    300         xycontainer = (xydata['Container'][1][1]+data['Container']['Add'])*data['Container']['Mult']
     299        xycontainer = xydata['Container'][1][1]*data['Container']['Mult']
    301300        if data['Container Bkg.']['Name']:
    302             xycontainer += (xydata['Container Bkg.'][1][1][Ibeg:Ifin]+
    303                 data['Container Bkg.']['Add'])*data['Container Bkg.']['Mult']
     301            xycontainer += xydata['Container Bkg.'][1][1][Ibeg:Ifin]*data['Container Bkg.']['Mult']
    304302        IofQ[1][1] += xycontainer[Ibeg:Ifin]
    305     data['IofQmin'] = IofQ[1][1][Ifin-1]
     303    data['IofQmin'] = IofQ[1][1][-1]
    306304    IofQ[1][1] -= data.get('Flat Bkg',0.)
    307305    #get element data & absorption coeff.

  • trunk/GSASIIpwdGUI.py

    r2659 r2660  
    46254625    '''   
    46264626    def FillFileSizer(fileSizer,key):
    4627         #fileSizer is a FlexGridSizer(3,6)
     4627        #fileSizer is a FlexGridSizer(3,4)
    46284628       
    46294629        def OnSelectFile(event):
    … …  
    46664666        mulBox.Add(multSpin,0,WACV)
    46674667        fileSizer.Add(mulBox,0,WACV)
    4668         fileSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label='Add:'),0,WACV)
    4669         fileSizer.Add(G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,item,'Add',nDig=(10,0),
    4670             typeHint=float,OnLeave=AfterChange),0,)
    46714668       
    46724669    def SumElementVolumes():
    … …  
    48004797                File.write("#GSAS-II PDF controls file; do not add/delete items!\n")
    48014798                for item in data:
    4802                     File.write(item+':'+unicode(data[item])+'\n')
     4799                    if item[:] not in ['I(Q)','S(Q)','F(Q)','G(R)']:
     4800                        File.write(item+':'+unicode(data[item])+'\n')
    48034801                File.close()
    48044802                print 'PDF controls saved to: '+filename
    … …  
    48614859        Invoked by Optimize PDF button and from menu command.
    48624860        '''
     4861        if not data['ElList']:
     4862            G2frame.ErrorDialog('PDF error','Chemical formula not defined')
     4863            return
    48634864        wx.BeginBusyCursor()
    48644865        try:
    … …  
    48714872    def OptimizePDF(data,showFit=True,maxCycles=5):
    48724873        import scipy.optimize as opt
    4873         Min,Init,Done = SetupPDFEval(data)
     4874        SetUp = SetupPDFEval(data)
     4875        Min,Init,Done = SetUp
    48744876        xstart = Init()
    48754877        if showFit:
    … …  
    48974899        '''Create functions needed to optimize the PDF at low r
    48984900        '''
    4899         if not data['ElList']:
    4900             return None
    49014901        Data = copy.deepcopy(data)
    49024902        xydata = {}
    … …  
    49864986            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,newPlot=True,plotType='S(Q)')
    49874987            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,newPlot=True,plotType='F(Q)')
    4988             G2plt.PlotISFG(G2frame,data,newPlot=False,plotType='G(R)')
     4988            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,newPlot=True,plotType='G(R)')
    49894989        else:
    49904990            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,newPlot=False)
    … …  
    51125112        mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=str),0,WACV)
    51135113    mainSizer.Add((5,5),0)
    5114     fileSizer = wx.FlexGridSizer(0,6,5,1)
     5114    fileSizer = wx.FlexGridSizer(0,4,5,1)
    51155115    select = ['Sample Bkg.','Container']
    51165116    if data['Container']['Name']:
    … …  
    52595259###############################################################################################################
    52605260def UpdatePDFPeaks(G2frame,peaks,data):
    5261 
     5261   
     5262    def limitSizer():
     5263       
     5264        def NewLim(invalid,value,tc):
     5265            if invalid:
     5266                return
     5267            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,newPlot=False,plotType='G(R)',peaks=peaks)
     5268                       
     5269        limitBox = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     5270        limitBox.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' PDF Limits: '),0,WACV)
     5271        lowLim = G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,peaks['Limits'],0,nDig=(10,3),
     5272            min=0.,max=10.,typeHint=float,OnLeave=NewLim)
     5273        limitBox.Add(lowLim,0,WACV)
     5274        highLim = G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,peaks['Limits'],1,nDig=(10,3),
     5275            min=peaks['Limits'][0],max=10.,typeHint=float,OnLeave=NewLim)
     5276        limitBox.Add(highLim,0,WACV)
     5277        return limitBox
     5278       
     5279    def backSizer():
     5280       
     5281        def NewBack(invalid,value,tc):
     5282            if invalid:
     5283                return
     5284            G2plt.PlotISFG(G2frame,data,newPlot=False,plotType='G(R)',peaks=peaks)
     5285           
     5286        def OnRefBack(event):
     5287            peaks['Background'][2] = refbk.GetValue()
     5288       
     5289        backBox = wx.wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     5290        backBox.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' Background slope: '),0,WACV)
     5291        slope = G2G.ValidatedTxtCtrl(G2frame.dataDisplay,peaks['Background'][1],1,nDig=(10,3),
     5292            min=-4.*np.pi,max=0.,typeHint=float,OnLeave=NewBack)
     5293        backBox.Add(slope,0,WACV)
     5294        refbk = wx.CheckBox(parent=G2frame.dataDisplay,label=' Refine?')
     5295        refbk.SetValue(peaks['Background'][2])
     5296        refbk.Bind(wx.EVT_CHECKBOX, OnRefBack)
     5297        backBox.Add(refbk,0,WACV)
     5298        return backBox
     5299       
     5300    def peakSizer():
     5301       
     5302        for item in peaks['Peaks']: print item
     5303        peakBox = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     5304       
     5305       
     5306        return peakBox
     5307       
    52625308
    52635309    if G2frame.dataDisplay:
    … …  
    52705316#    G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnSavePDFControls, id=G2gd.wxID_PDFSAVECONTROLS)
    52715317    mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    5272     mainSizer.Add(wx.StaticText(parent=G2frame.dataDisplay,label=' PDF peaks: '),0,WACV)
    5273     mainSizer.Add((5,5),0)   
    5274 
    5275 
     5318    mainSizer.Add((5,5),0)
     5319    mainSizer.Add(wx.StaticText(G2frame.dataDisplay,label=' PDF peak fit controls:'),0,WACV)
     5320    mainSizer.Add((5,5),0)
     5321    mainSizer.Add(limitSizer(),0,WACV)
     5322    mainSizer.Add((5,5),0)
     5323    mainSizer.Add(backSizer())
     5324    mainSizer.Add((5,5),0)
     5325    mainSizer.Add(peakSizer())
    52765326
    52775327    mainSizer.Layout()   
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.