Changeset 2167


Ignore:
Timestamp:
Mar 12, 2016 3:46:58 PM (6 years ago)
Author:
vondreele
Message:

clean up of stacking fault stuff

Location:
trunk
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIIO.py

    r2166 r2167  
    24092409                else:
    24102410                    newVals.append(float(val))               
    2411             atomRec = [atomName,atomType,'',newVals[0],newVals[1],newVals[2],newVals[4],newVals[3]/78.9568]
     2411            atomRec = [atomName,atomType,newVals[0],newVals[1],newVals[2],newVals[4],newVals[3]/78.9568]
    24122412            Layer['Layers'][-1]['Atoms'].append(atomRec)
    24132413            N += 1
  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r2166 r2167  
    23922392        laueChoice = ['-1','2/m(ab)','2/m(c)','mmm','-3','-3m','4/m','4/mmm',
    23932393            '6/m','6/mmm','axial','unknown']
    2394         colLabels = ['Name','Type','refine','x','y','z','frac','Uiso']
     2394        colLabels = ['Name','Type','x','y','z','frac','Uiso']
    23952395        transLabels = ['Prob','Dx','Dy','Dz','refine','plot']
    2396         colTypes = [wg.GRID_VALUE_STRING,wg.GRID_VALUE_STRING,wg.GRID_VALUE_CHOICE+": ,X,XU,U,F,FX,FXU,FU",]+ \
     2396        colTypes = [wg.GRID_VALUE_STRING,wg.GRID_VALUE_STRING,]+ \
    23972397            3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]+2*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,4',] #x,y,z,frac,Uiso
    23982398        transTypes = [wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,3',]+3*[wg.GRID_VALUE_FLOAT+':10,5',]+ \
    2399             [wg.GRID_VALUE_CHOICE+": ,P,PX,PY,PZ,PXY,PXZ,PYZ,PXYZ,X,Y,Z,XY,XZ,YZ,XYZ",wg.GRID_VALUE_BOOL,]
     2399            [wg.GRID_VALUE_CHOICE+": ,P",wg.GRID_VALUE_BOOL,]
    24002400        plotDefaults = {'oldxy':[0.,0.],'Quaternion':[0.,0.,0.,1.],'cameraPos':30.,'viewDir':[0,0,1],
    24012401            'viewPoint':[[0.,0.,0.],[]],}
     
    25302530            Trans = data['Layers']['Transitions']
    25312531            if len(Trans):
    2532                 Trans.append([[0.,0.,0.,0.,''] for trans in Trans])
     2532                Trans.append([[0.,0.,0.,0.,'',False] for trans in Trans])
    25332533                for trans in Trans:
    2534                     trans.append([0.,0.,0.,0.,''])
     2534                    trans.append([0.,0.,0.,0.,'',False])
    25352535            else:
    2536                 Trans = [[1.,0.,0.,0.,''],]
    2537             #modify transition probability matrix as well - add new row/column
     2536                Trans = [[[1.,0.,0.,0.,'',False],],]
     2537            data['Layers']['Transitions'] = Trans
    25382538            UpdateLayerData()
    25392539           
     
    25492549               
    25502550            def OnAddAtom(event):
    2551                 Layer['Atoms'].append(['Unk','Unk','',0.,0.,0.,1.,0.01])
     2551                Layer['Atoms'].append(['Unk','Unk',0.,0.,0.,1.,0.01])
    25522552                UpdateLayerData()
    25532553               
     
    25772577            def OnDrawLayer(event):
    25782578                drawLayer.SetValue(False)
     2579                if len(Layers['Layers'][il]['Atoms']) == 0:
     2580                    wx.MessageBox('No atoms in this layer to plot',caption='Data error',style=wx.ICON_EXCLAMATION)
     2581                    return
    25792582                G2plt.PlotLayers(G2frame,Layers,[il,],plotDefaults)
    25802583               
     
    26232626            atomGrid.SetTable(atomTable,True)
    26242627            atomGrid.SetScrollRate(0,0)    #get rid of automatic scroll bars
    2625             for c in range(3,6):
     2628            for c in range(2,5):
    26262629                attr = wx.grid.GridCellAttr()
    26272630                attr.IncRef()               #fix from Jim Hester
     
    26382641                Obj = event.GetEventObject()
    26392642                Yi = Indx[Obj.GetId()]               
     2643                if len(Layers['Layers'][Yi]['Atoms']) == 0:
     2644                    wx.MessageBox('No atoms in this layer to plot',caption='Data error',style=wx.ICON_EXCLAMATION)
     2645                    return
    26402646                Xi,c =  event.GetRow(),event.GetCol()
    26412647                if Xi >= 0 and c == 5:   #plot column
     2648                    if len(Layers['Layers'][Xi]['Atoms']) == 0:
     2649                        wx.MessageBox('No atoms in this layer to plot',caption='Data error',style=wx.ICON_EXCLAMATION)
     2650                        return
    26422651                    Obj.SetCellValue(Xi,5,'')
    26432652                    G2plt.PlotLayers(G2frame,Layers,[Yi,Xi,],plotDefaults)
     
    26782687                try:
    26792688                    vals = [int(val)-1 for val in vals]
     2689                    if not all([0 <= val < len(Names) for val in vals]):
     2690                        raise ValueError
    26802691                except ValueError:
    2681                     plotSeq.SetValue('Error in string '+vals)
    2682                 plotSeq.SetValue('')
     2692                    plotSeq.SetValue('Error in string '+plotSeq.GetValue())
     2693                    return
    26832694                G2plt.PlotLayers(G2frame,Layers,vals,plotDefaults)
    26842695           
  • trunk/GSASIIplot.py

    r2165 r2167  
    58145814        atNames = [atom[0] for atom in Layers['Layers'][layer]['Atoms']]
    58155815        atTypes = [atom[1] for atom in Layers['Layers'][layer]['Atoms']]
    5816         XYZ = np.array([atom[3:6] for atom in Layers['Layers'][layer]['Atoms']])
     5816        XYZ = np.array([atom[2:5] for atom in Layers['Layers'][layer]['Atoms']])
    58175817        if '-1' in Layers['Layers'][layer]['Symm']:
    58185818            atNames += atNames
     
    58445844    XYZ = newXYZ
    58455845    Bonds = FindBonds(AtTypes,XYZ)
     5846   
     5847    def OnPlotKeyPress(event):
     5848        if event.GetKeyCode() > 255:
     5849            return
     5850        keyCode = chr(min(255,event.GetKeyCode()))
     5851        dx = 0.
     5852        dy = 0.
     5853        dz = 0.
     5854        if keyCode == 'L':
     5855            Page.labels = not Page.labels
     5856            Draw('labels')
     5857            return
     5858        if len(laySeq) != 2:
     5859            return
     5860        Trans = Layers['Transitions']
     5861        Yi,Xi = laySeq
     5862        if keyCode == 'X':
     5863            dx = 0.001
     5864            if event.shiftDown:
     5865                dx *= -1.
     5866        elif keyCode == 'Y':
     5867            dy = 0.001
     5868            if event.shiftDown:
     5869                dy *= -1.
     5870        elif keyCode == 'Z':
     5871            dz = 0.001
     5872            if event.shiftDown:
     5873                dz *= -1.
     5874        Trans[Yi][Xi][1] += dx
     5875        Trans[Yi][Xi][2] += dy
     5876        Trans[Yi][Xi][3] += dz
     5877        Draw('shift')
    58465878           
    58475879    def OnMouseDown(event):
     
    58975929        V = np.inner(Bmat,G2mth.prodQVQ(G2mth.invQ(Q),V))
    58985930        Tx,Ty,Tz = defaults['viewPoint'][0]
    5899         Tx += V[0]*0.1
    5900         Ty += V[1]*0.1
    5901         Tz += V[2]*0.1
     5931        delt = 0.01
     5932        Tx += V[0]*delt
     5933        Ty += V[1]*delt
     5934        Tz += V[2]*delt
    59025935        defaults['viewPoint'][0] =  np.array([Tx,Ty,Tz])
    59035936       
     
    60116044        aspect = float(VS[0])/float(VS[1])
    60126045        Zclip = 500.0
     6046        Tx,Ty,Tz = defaults['viewPoint'][0]
    60136047        Q = defaults['Quaternion']
    60146048        SetBackground()
     
    60296063        glMultMatrixf(matRot.T)
    60306064        glMultMatrixf(A4mat.T)
     6065        glTranslate(-Tx,-Ty,-Tz)
    60316066        RenderUnitVectors(0.,0.,0.)
    60326067        radius = 0.2
     
    60376072            RenderSphere(x,y,z,radius,color)
    60386073            RenderBonds(x,y,z,Bonds[iat],0.05,color)
    6039             RenderLabel(x,y,z,'  '+AtNames[iat],matRot)
    6040         if Page.context: Page.canvas.SetCurrent(Page.context)    # wx 2.9 fix
     6074            if Page.labels:
     6075                RenderLabel(x,y,z,'  '+AtNames[iat],matRot)
     6076#        if Page.context: Page.canvas.SetCurrent(Page.context)    # wx 2.9 fix
    60416077        Page.canvas.SwapBuffers()
    60426078
     
    60526088        Page = G2frame.G2plotNB.nb.GetPage(plotNum)
    60536089        Page.views = False
     6090        Page.labels = False
    60546091        view = False
    60556092        altDown = False
     6093    Page.Choice = (' key press','l: shift left','r: shift right','d: shift down','u: shift up',
     6094            't: toggle labels',)
     6095    Page.keyPress = OnPlotKeyPress
    60566096    Page.SetFocus()
    60576097    Font = Page.GetFont()
     
    60616101    Page.canvas.Bind(wx.EVT_MIDDLE_DOWN, OnMouseDown)
    60626102    Page.canvas.Bind(wx.EVT_MOTION, OnMouseMove)
     6103    Page.canvas.Bind(wx.wx.EVT_KEY_UP, OnPlotKeyPress)
    60636104    Page.canvas.Bind(wx.EVT_SIZE, OnSize)
    60646105    Page.camera['position'] = defaults['cameraPos']
  • trunk/GSASIIpwd.py

    r2166 r2167  
    18191819            df.write('NONE\n')
    18201820        for ia,atom in enumerate(layer['Atoms']):
    1821             [name,atype,Q,x,y,z,frac,Uiso] = atom
     1821            [name,atype,x,y,z,frac,Uiso] = atom
    18221822            if '-1' in layer['Symm'] and [x,y,z] == [0.,0.,0.]:
    18231823                frac /= 2.
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.