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trunk/GSASIIlattice.py
r2138 r2139 960 960 mat41 = np.array([[0,1,0],[-1,0,0],[0,0,1]]) #hkl -> k,-h,l 961 961 mat43 = np.array([[0,-1,0],[1,0,0],[0,0,1]]) #hkl -> -k,h,l 962 mat4bar = np.array([[0, 1,0],[-1,0,0],[0,0,-1]]) #hkl -> k,-h,-l962 mat4bar = np.array([[0,-1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]) #hkl -> k,-h,-l 963 963 mat31 = np.array([[0,-1,0],[1,-1,0],[0,0,1]]).T #hkl -> kil = k,-h-k,l 964 964 mat32 = np.array([[-1,1,0],[-1,0,0],[0,0,1]]).T #hkl -> ihl = -h-k,h,l … … 967 967 mat31m = np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,1]]) #hkl -> k,h,l 968 968 mat3m1 = np.array([[0,-1,0],[-1,0,0],[0,0,1]]) #hkl -> -k,-h,l 969 matd3 = np.array([[0,1,0],[0,0,1],[1,0,0]]) #hkl -> l,h,k 969 970 mat6 = np.array([[1,-1,0],[1,0,0],[0,0,1]]) #hkl -> k,k-h,l 970 971 matdm = np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,1]]) #hkl -> k,h,l 971 972 matd2 = np.array([[0,1,0],[1,0,0],[0,0,-1]]) #hkl -> k,h,-l 973 math2 = np.array([[0,-1,0],[-1,0,0],[0,0,-1]]) #hkl -> -k,-h,-l 974 matk2 = np.array([[-1,0,0],[1,1,0],[0,0,-1]]) #hkl -> -h,-i,-l 972 975 #triclinic 973 976 if Laue == '1': #ok … … 975 978 elif Laue == '-1': #ok 976 979 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 977 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[0]==0,np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]),HKLFT[:3])980 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]==0)&(HKLFT[1]<0),HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 978 981 #monoclinic 979 982 #noncentrosymmetric - all OK 980 983 elif Laue == '2': 981 984 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 982 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[2]==0,np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]),HKLFT[:3])985 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[2]==0)&(HKLFT[0]<0),HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 983 986 elif Laue == '1 1 2': 984 987 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<=0,HKLFT[:3]*np.array([-1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 985 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[0]==0,np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]),HKLFT[:3])988 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]==0)&(HKLFT[1]<0),HKLFT[:3]*np.array([1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 986 989 elif Laue == '2 1 1': 987 990 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 988 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[1]==0,np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]),HKLFT[:3])991 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[1]==0)&(HKLFT[2]<0),HKLFT[:3]*np.array([-1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 989 992 elif Laue == 'm 1 1': 990 993 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) … … 997 1000 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 998 1001 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 999 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[0]==0,np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]),HKLFT[:3])1002 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]==0)&(HKLFT[2]<0),HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1000 1003 elif Laue == '2/m': 1001 1004 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1002 1005 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1003 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[1]==0,np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]),HKLFT[:3])1006 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[1]==0)&(HKLFT[2]<0),HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1004 1007 elif Laue == '1 1 2/m': 1005 1008 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1006 1009 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1007 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[2]==0,np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]),HKLFT[:3])1010 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[2]==0)&(HKLFT[0]<0),HKLFT[:3]*np.array([-1,1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1008 1011 #orthorhombic 1009 1012 #noncentrosymmetric - all OK … … 1011 1014 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1012 1015 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1013 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[0]==0,np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]),HKLFT[:3])1014 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[1]==0,np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]),HKLFT[:3])1016 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]==0)&(HKLFT[2]<0),HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1017 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[1]==0)&(HKLFT[2]<0),HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1015 1018 elif Laue == '2 m m': 1016 1019 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) … … 1028 1031 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1029 1032 #tetragonal 1030 #noncentrosymmetric - all ok1033 #noncentrosymmetric - all OK 1031 1034 elif Laue == '4': 1032 1035 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1033 1036 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat43[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1034 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[0]==0,np.where(HKLFT[1]>0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat41[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]),HKLFT[:3])1035 elif Laue == '-4': 1036 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[ 0]<0,np.where(HKLFT[1]>0,np.squeeze(np.inner(-HKLF[:,:3],mat4bar[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]),HKLFT[:3])1037 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1038 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0, np.squeeze(np.inner(-HKLF[:,:3],mat4bar[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3])1039 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[0]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat4bar[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3])1037 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]==0)&(HKLFT[1]>0),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat41[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1038 elif Laue == '-4': 1039 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<=0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat4bar[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1040 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1041 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1042 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[2]==0)&(HKLFT[1]==0),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat4bar[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1040 1043 elif Laue == '4 2 2': 1041 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[ 0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3])1044 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1042 1045 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1043 1046 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat43[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1044 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<HKLFT[1],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd2[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1047 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[2]==0)&(HKLFT[1]==0),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat4bar[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1048 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[2]==0)&(HKLFT[1]<HKLFT[0]),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd2[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1049 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matdm[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1045 1050 elif Laue == '4 m m': 1046 1051 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) … … 1049 1054 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<HKLFT[1],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matdm[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1050 1055 elif Laue == '-4 2 m': 1051 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[ 0]<0,np.where(HKLFT[1]>0,np.squeeze(np.inner(-HKLF[:,:3],mat4bar[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]),HKLFT[:3])1056 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1052 1057 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1053 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(-HKLF[:,:3],mat4bar[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1054 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<HKLFT[0],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matdm[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1055 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]==0,np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]),HKLFT[:3]) 1058 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat43[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1059 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[2]==0)&(HKLFT[1]==0),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat4bar[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1060 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[2]==0)&(HKLFT[1]<HKLFT[0]),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd2[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1061 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]>HKLFT[1],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matdm[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1056 1062 elif Laue == '-4 m 2': 1057 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[ 0]<0,np.where(HKLFT[1]>0,np.squeeze(np.inner(-HKLF[:,:3],mat4bar[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]),HKLFT[:3])1063 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1058 1064 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1059 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[ 1]<0,np.squeeze(np.inner(-HKLF[:,:3],mat4bar[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3])1060 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]< HKLFT[0],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd2[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3])1061 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0] ==HKLFT[1],np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]),HKLFT[:3])1065 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1066 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat43[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1067 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<HKLFT[1],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matdm[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1062 1068 #centrosymmetric - all ok 1063 1069 elif Laue == '4/m': … … 1065 1071 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1066 1072 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat43[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1067 HKLFT[:3] = np.where( HKLFT[0]==0,np.where(HKLFT[1]>0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat41[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]),HKLFT[:3])1073 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]==0)&(HKLFT[1]>0),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat41[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1068 1074 elif Laue == '4/m m m': 1069 1075 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) … … 1074 1080 #trigonal - all hex cell 1075 1081 #noncentrosymmetric 1076 elif Laue == '3': #ok1082 elif Laue == '3': 1077 1083 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1078 1084 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1079 1085 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1080 elif Laue == '3 1 2': 1081 # HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat312[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1082 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1083 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1084 elif Laue == '3 2 1': #ok? 1085 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat321[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1086 elif Laue == '3 1 2': #2 on h00, etc. 1087 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],math2[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1086 1088 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1087 1089 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1088 elif Laue == '3 1 m': 1090 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1091 # HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[2]==0)&(HKLFT[1]<0),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1092 elif Laue == '3 2 1': #2 on hh0, etc. 1093 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd2[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1089 1094 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1090 1095 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1091 elif Laue == '3 m 1': 1096 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1097 # HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[2]>0)&(HKLFT[0]>HKLFT[1]),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd2[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1098 elif Laue == '3 1 m': #no 1092 1099 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1093 1100 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1101 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1102 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<HKLFT[0],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matdm[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1103 elif Laue == '3 m 1': #no 1104 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1105 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1106 # HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1107 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[2]==0)&(HKLFT[0]<0),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matdm[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1094 1108 #centrosymmetric 1095 elif Laue == '-3': #ok1109 elif Laue == '-3': 1096 1110 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1097 1111 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1098 1112 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1099 1113 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1100 elif Laue == '-3 m 1': 1114 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[2]==0)&(HKLFT[0]<0),-np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1115 elif Laue == '-3 m 1': #no 1101 1116 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat321[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1102 1117 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1103 1118 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1104 elif Laue == '-3 1 m': 1119 elif Laue == '-3 1 m': #no 1105 1120 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1106 1121 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1107 1122 #hexagonal 1108 1123 #noncentrosymmetric 1109 elif Laue == '6': #ok ?1124 elif Laue == '6': #ok 1110 1125 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1111 1126 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1112 1127 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat6.T[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1113 1128 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat6.T[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1114 elif Laue == '-6': 1129 elif Laue == '-6': #ok 1130 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1115 1131 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1116 1132 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1117 elif Laue == '6 2 2': 1133 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1134 elif Laue == '6 2 2': #ok 1135 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd2[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1118 1136 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1119 1137 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1120 elif Laue == '-6 m 2': 1138 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat6.T[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1139 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matdm[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1140 elif Laue == '6 m m': #ok 1121 1141 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1122 1142 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1123 elif Laue == '-6 2 m': 1143 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat6.T[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1144 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat6.T[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1145 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]>HKLFT[1],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matdm[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1146 elif Laue == '-6 m 2': #no 1147 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1124 1148 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1125 1149 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1126 #centrosymmetric1127 elif Laue == ' 6/m':1128 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[ 0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3])1150 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1151 elif Laue == '-6 2 m': #no 1152 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1129 1153 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1130 1154 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1131 elif Laue == '6/m m m': 1132 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1155 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1156 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]>HKLFT[1],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matdm[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1157 # HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]==-HKLFT[1],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat32[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1158 1159 #centrosymmetric 1160 elif Laue == '6/m': #ok 1161 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1133 1162 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1134 1163 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1164 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat6.T[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1165 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]==0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat6.T[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1166 elif Laue == '6/m m m': #ok 1167 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1168 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1169 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]+HKLFT[1])<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat31[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1170 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat6.T[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1171 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]>HKLFT[1],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matdm.T[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1135 1172 #cubic 1136 1173 #noncentrosymmetric 1137 elif Laue == '2 3': 1174 elif Laue == '2 3': #no 1175 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]>HKLFT[1])|(HKLFT[1]>HKLFT[2]),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd3[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1176 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]>HKLFT[1])|(HKLFT[1]>HKLFT[2]),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd3[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1177 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1178 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1179 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1180 elif Laue == '4 3 2': #no 1138 1181 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1139 1182 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<HKLFT[0],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat41[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1140 elif Laue == '4 3 2': 1141 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1142 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<HKLFT[0],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat41[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1143 elif Laue == '-4 3 m': 1183 elif Laue == '-4 3 m': #no 1144 1184 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1145 1185 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<HKLFT[0],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat41[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1146 1186 #centrosymmetric 1147 elif Laue == 'm 3': 1148 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1187 elif Laue == 'm 3': #no 1188 # HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]<0)&((HKLFT[1]<0)^(HKLFT[2]<0)),-HKLFT[:3],HKLFT[:3]) 1189 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1190 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1191 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1192 # HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1193 # HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1194 # HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1195 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]>HKLFT[1])|(HKLFT[1]>HKLFT[2]),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd3[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1196 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]>HKLFT[1])|(HKLFT[1]>HKLFT[2]),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd3[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1197 elif Laue == 'm 3 m': #no 1198 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[2]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1199 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1200 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat43[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1149 1201 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<HKLFT[0],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat41[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1150 elif Laue == 'm 3 m': 1151 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[0]<0,HKLFT[:3]*np.array([-1,-1,-1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1152 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<HKLFT[0],np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],mat41[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1202 HKLFT[:3] = np.where(HKLFT[1]<0,HKLFT[:3]*np.array([1,-1,1])[:,nxs],HKLFT[:3]) 1203 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]>HKLFT[1])|(HKLFT[1]>HKLFT[2]),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd3[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1204 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]>HKLFT[1])|(HKLFT[1]>HKLFT[2]),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd3[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1205 HKLFT[:3] = np.where((HKLFT[0]>HKLFT[1])|(HKLFT[1]>HKLFT[2]),np.squeeze(np.inner(HKLF[:,:3],matd3[nxs,:,:])).T,HKLFT[:3]) 1153 1206 return HKLFT.T 1154 1207 -
trunk/GSASIIplot.py
r2137 r2139 3687 3687 import numpy.ma as ma 3688 3688 Dsp = lambda tth,wave: wave/(2.*npsind(tth/2.)) 3689 #global Data,Masks,StrSta # BHT: I don't see why these need to be globals. Where are they accessed?3690 colors=['b','g','r','c','m','k'] 3689 global Data,Masks,StrSta # RVD: these are needed for multiple image controls/masks 3690 colors=['b','g','r','c','m','k'] 3691 3691 Data = G2frame.PatternTree.GetItemPyData( 3692 3692 G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.Image, 'Image Controls'))
Note: See TracChangeset
for help on using the changeset viewer.