Changeset 2132


Ignore:
Timestamp:
Jan 22, 2016 10:10:43 AM (7 years ago)
Author:
vondreele
Message:

more rationalization of FWHM calculations

Location:
trunk
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASII.py

    r2129 r2132  
    31663166                            dsp = G2lat.Pos2dsp(Inst,peak[0])
    31673167                            if 'T' in Type:  #TOF - more cols
    3168                                 sig = 2.35482*np.sqrt(peak[8])
     3168                                sig = np.sqrt(peak[8])
    31693169                                gam = peak[10]
    3170                                 FWHM = 2.*G2pwd.getgamFW(gam,sig)      #to get delta-TOF from Gam(peak)
     3170                                FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)      #to get delta-TOF from Gam(peak)
    31713171                                file.write("%10.2f %10.5f %12.2f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % \
    31723172                                    (peak[0],dsp,peak[2],np.sqrt(max(0.0001,peak[4])),peak[6],peak[8],peak[10],FWHM))
    31733173                            else:               #CW
    3174                                 sig = 2.35482*np.sqrt(peak[4])/100.
    3175                                 gam = peak[6]/100.
    3176                                 FWHM = 2.*G2pwd.getgamFW(gam,sig)      #to get delta-2-theta in deg. from Gam(peak)
     3174                                sig = np.sqrt(peak[4])/100. #var -> sig in deg
     3175                                gam = peak[6]/100.  #-> gam in deg
     3176                                FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)      #to get delta-2-theta in deg. from Gam(peak)
    31773177                                file.write("%10.3f %10.5f %12.2f %10.5f %10.5f %10.5f \n" % \
    31783178                                    (peak[0],dsp,peak[2],np.sqrt(max(0.0001,peak[4]))/100.,peak[6]/100.,FWHM/100.)) #convert to deg
    … …  
    32103210                                    for peak in peaks['RefList']:
    32113211                                        if 'T' in peaks.get('Type','PXC'):
    3212                                             sig = 2.35482*np.sqrt(peak[6])
     3212                                            sig = np.sqrt(peak[6])
    32133213                                            gam = peak[7]
    3214                                             FWHM = 2.*G2pwd.getgamFW(gam,sig)
     3214                                            FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
    32153215                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.2f %10.5f %10.3f \n" % \
    32163216                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM,peak[8]))
    32173217                                        else:
    3218                                             sig = 2.35482*np.sqrt(peak[6])/100.
     3218                                            sig = np.sqrt(peak[6])/100.
    32193219                                            gam = peak[7]/100.
    3220                                             FWHM = 2.*G2pwd.getgamFW(gam,sig)
     3220                                            FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
    32213221                                            file.write(" %3d %3d %3d %3d %10.5f %10.5f %10.5f %10.3f \n" % \
    32223222                                                (int(peak[0]),int(peak[1]),int(peak[2]),int(peak[3]),peak[4],peak[5],FWHM/100.,peak[8]))

  • trunk/GSASIImath.py

    r2129 r2132  
    40824082            h,k,l,m,d,pos,sig,gam,f = ref[:9]
    40834083            if d >= MCSA['dmin']:
    4084                 sig = G2pwd.getgamFW(gam,sig)/sq8ln2        #--> sig from FWHM
     4084                sig = np.sqrt(sig)      #var -> sig in centideg
     4085                sig = G2pwd.getgamFW(gam,sig)/sq8ln2        #FWHM -> sig in centideg
    40854086                SQ = 0.25/d**2
    40864087                allFF.append(allM*[G2el.getFFvalues(FFtables,SQ,True)[i] for i in allT]/np.max(allM))

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r2116 r2132  
    58445844                indx = np.searchsorted(xdata[0],pos)
    58455845                try:
    5846                     FWHM = max(0.001,G2pwd.getFWHM(pos,Inst))/100.0
     5846                    FWHM = max(0.001,G2pwd.getFWHM(pos,Inst))
    58475847                    # We want to estimate Pawley F^2 as a drop-in replacement for F^2 calculated by the structural
    58485848                    # routines, which use Icorr * F^2 * peak profile, where peak profile has an area of 1.  So

  • trunk/GSASIIplot.py

    r2127 r2132  
    26632663            Z = np.ones_like(X)
    26642664            data = G2mth.setPeakparms(Parms,Parms2,X,Z)
    2665             s = 1.17741*np.sqrt(data[4])*np.pi/18000.
    2666             g = data[6]*np.pi/36000.
    2667             G = G2pwd.getgamFW(g,s)
     2665            s = np.sqrt(data[4])*np.pi/18000.   #var -> sig(radians)
     2666            g = data[6]*np.pi/18000.    #centideg -> radians
     2667            G = G2pwd.getgamFW(g,s)/2.  #delt-theta
    26682668            Y = s/nptand(X/2.)
    26692669            Z = g/nptand(X/2.)
    … …  
    26742674           
    26752675            fit = G2mth.setPeakparms(Parms,Parms2,X,Z,useFit=True)
    2676             sf = 1.17741*np.sqrt(fit[4])*np.pi/18000.
    2677             gf = fit[6]*np.pi/36000.
    2678             Gf = G2pwd.getgamFW(gf,sf)
     2676            sf = np.sqrt(fit[4])*np.pi/18000.
     2677            gf = fit[6]*np.pi/18000.
     2678            Gf = G2pwd.getgamFW(gf,sf)/2.
    26792679            Yf = sf/nptand(X/2.)
    26802680            Zf = gf/nptand(X/2.)
    … …  
    26922692                X.append(4.0*math.pi*sind(peak[0]/2.0)/lam)
    26932693                try:
    2694                     s = 1.17741*math.sqrt(peak[4])*math.pi/18000.
     2694                    s = math.sqrt(peak[4])*math.pi/18000.
    26952695                except ValueError:
    26962696                    s = 0.01
    2697                 g = peak[6]*math.pi/36000.
    2698                 G = G2pwd.getgamFW(g,s)
     2697                g = peak[6]*math.pi/18000.
     2698                G = G2pwd.getgamFW(g,s)/2.
    26992699                Y.append(s/tand(peak[0]/2.))
    27002700                Z.append(g/tand(peak[0]/2.))

  • trunk/GSASIIpwd.py

    r2129 r2132  
    482482   
    483483def getFWHM(pos,Inst):
    484     '1.17741*pi/180 = sqrt(8ln2)/(2pi/180)'
    485     sig = lambda Th,U,V,W: 1.17741*np.sqrt(max(0.001,U*tand(Th)**2+V*tand(Th)+W))*np.pi/180.
     484    '''Compute total FWHM from Thompson, Cox & Hastings (1987), J. Appl. Cryst. 20, 79-83
     485    via getgamFW(g,s).
     486   
     487    :param pos: float peak position in deg 2-theta or tof in musec
     488    :param Inst: dict instrument parameters
     489   
     490    :returns float: total FWHM of pseudoVoigt in deg or musec
     491    '''
     492   
     493    sig = lambda Th,U,V,W: np.sqrt(max(0.001,U*tand(Th)**2+V*tand(Th)+W))
    486494    sigTOF = lambda dsp,S0,S1,S2,Sq:  S0+S1*dsp**2+S2*dsp**4+Sq/dsp**2
    487     gam = lambda Th,X,Y: (X/cosd(Th)+Y*tand(Th))*math.pi/180.
     495    gam = lambda Th,X,Y: (X/cosd(Th)+Y*tand(Th))
    488496    gamTOF = lambda dsp,X,Y: X*dsp+Y*dsp**2
    489497    if 'C' in Inst['Type'][0]:
    490         s = sig(pos/2.,Inst['U'][1],Inst['V'][1],Inst['W'][1])*100.
    491         g = gam(pos/2.,Inst['X'][1],Inst['Y'][1])*100.
     498        s = sig(pos/2.,Inst['U'][1],Inst['V'][1],Inst['W'][1])
     499        g = gam(pos/2.,Inst['X'][1],Inst['Y'][1])
     500        return getgamFW(g,s)/100.  #returns FWHM in deg
    492501    else:
    493502        dsp = pos/Inst['difC'][0]
    494503        s = sigTOF(dsp,Inst['sig-0'][1],Inst['sig-1'][1],Inst['sig-2'][1],Inst['sig-q'][1])
    495504        g = gamTOF(dsp,Inst['X'][1],Inst['Y'][1])
    496     return getgamFW(g,s)
     505        return getgamFW(g,s)
    497506   
    498507def getgamFW(g,s):
    499508    '''Compute total FWHM from Thompson, Cox & Hastings (1987), J. Appl. Cryst. 20, 79-83
    500    
    501     :param g: float Lorentzian FWHM
    502     :param s: float Gaussian FWHM
     509    lambda fxn needs FWHM for both Gaussian & Lorentzian components
     510   
     511    :param g: float Lorentzian gamma = FWHM(L)
     512    :param s: float Gaussian sig
    503513   
    504514    :returns float: total FWHM of pseudoVoigt
    505515    '''
    506516    gamFW = lambda s,g: np.exp(np.log(s**5+2.69269*s**4*g+2.42843*s**3*g**2+4.47163*s**2*g**3+0.07842*s*g**4+g**5)/5.)
    507     return gamFW(s,g)
     517    return gamFW(2.35482*s,g)   #sqrt(8ln2)*sig = FWHM(G)
    508518               
    509519def getFCJVoigt(pos,intens,sig,gam,shl,xdata):   

  • trunk/exports/G2export_csv.py

    r2103 r2132  
    268268                    else:        #convert to deg       
    269269                        h,k,l,m,mult,dsp,pos,sig,gam,Fobs,Fcalc,phase,Icorr,Prfo = refItem[:14]
    270                         FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
    271                         self.Write(fmt.format(h,k,l,m,pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,    \
    272                             np.sqrt(max(sig,0.0001))/100.,gam/100.,FWHM/100.,i))
     270                        s = np.sqrt(max(sig,0.0001))/100.   #var -> sig in deg
     271                        g = gam/100.    #-> deg
     272                        FWHM = G2pwd.getgamFW(g,s)
     273                        self.Write(fmt.format(h,k,l,m,pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,s,g,FWHM,i))
    273274            else:
    274275                WriteList(self,("h","k","l",tname,"F_obs","F_calc","phase","mult","sig","gam","FWHM","Prfo","phase #"))
    … …  
    285286                    else:        #convert to deg       
    286287                        h,k,l,mult,dsp,pos,sig,gam,Fobs,Fcalc,phase,Icorr,Prfo = refItem[:13]
    287                         FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
    288                         self.Write(fmt.format(h,k,l,pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,  \
    289                             np.sqrt(max(sig,0.0001))/100.,gam/100.,FWHM/100.,Prfo,i))
     288                        g = gam/100.
     289                        s = np.sqrt(max(sig,0.0001))/100.
     290                        FWHM = G2pwd.getgamFW(g,s)
     291                        self.Write(fmt.format(h,k,l,pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,s,g,FWHM,Prfo,i))
    290292        self.CloseFile()
    291293        print(str(hist)+'reflections written to file '+str(self.fullpath))

  • trunk/exports/G2export_examples.py

    r1997 r2132  
    212212                    if 'T' in phasDict['Type']:
    213213                        h,k,l,m,mult,dsp,pos,sig,gam,Fobs,Fcalc,phase,x,x,x,x,prfo = refItem[:17]
    214                         FWHM = 2.*G2pwd.getgamFW(gam,sig)
     214                        FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
    215215                        self.Write(fmt.format(hklfmt.format(h,k,l,m),pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,sig,gam,FWHM,prfo))
    216216                    else:
    217217                        h,k,l,m,mult,dsp,pos,sig,gam,Fobs,Fcalc,phase,x,prfo = refItem[:14]
    218                         FWHM = 2.*G2pwd.getgamFW(gam,sig)
    219                         self.Write(fmt.format(hklfmt.format(h,k,l,m),pos,Fobs,Fcalc,phase,mult, \
    220                             np.sqrt(max(sig,0.0001))/100.,gam/100.,FWHM/100.,prfo))
     218                        g = gam/100.    #centideg -> deg
     219                        s = np.sqrt(max(sig,0.0001))/100.   #var -> sig in deg
     220                        FWHM = G2pwd.getgamFW(g,s)  #FWHM
     221                        self.Write(fmt.format(hklfmt.format(h,k,l,m),pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,s,g,FWHM,prfo))
    221222            else:
    222223                self.Write(94*'=')
    … …  
    233234                    if 'T' in phasDict['Type']:
    234235                        h,k,l,mult,dsp,pos,sig,gam,Fobs,Fcalc,phase,x,x,x,x,prfo = refItem[:16]
    235                         FWHM = 2.*G2pwd.getgamFW(gam,sig)
     236                        FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
    236237                        self.Write(fmt.format(hklfmt.format(h,k,l),pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,np.sqrt(max(sig,0.0001)),gam,FWHM,prfo))
    237238                    else:
    238239                        h,k,l,mult,dsp,pos,sig,gam,Fobs,Fcalc,phase,x,prfo = refItem[:13]
    239                         FWHM = 2.*G2pwd.getgamFW(gam,sig)
     240                        g = gam/100.    #centideg -> deg
     241                        s = np.sqrt(max(sig,0.0001))/100.   #var -> sig in deg
     242                        FWHM = G2pwd.getgamFW(g,s)
    240243                        self.Write(fmt.format(hklfmt.format(h,k,l),pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,   \
    241                             np.sqrt(max(sig,0.0001))/100.,gam/100.,FWHM/100.,prfo))
     244                            s,g,FWHM,prfo))
    242245        self.CloseFile()
    243246        print(str(hist)+'reflections written to file '+str(self.fullpath))                       
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.