Changeset 2127


Ignore:
Timestamp:
Jan 20, 2016 9:21:45 AM (6 years ago)
Author:
vondreele
Message:

Add Merge dialog (not working yet)
Fix L & G+L peak width plots per Wenqian Xu's comments
Make '+' powder plot command a toggle

Location:
trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASII.py

    r2113 r2127  
    22232223        self.Projection = 'equal area'
    22242224        self.logPlot = False
     2225        self.plusPlot = True
    22252226        self.sqPlot = False
    22262227        self.ErrorBars = False

  • trunk/GSASIIgrid.py

    r2118 r2127  
    140140] = [wx.NewId() for item in range(12)]
    141141
    142 [ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,
    143 ] = [wx.NewId() for item in range(4)]
     142[ wxID_SELECTPHASE,wxID_PWDHKLPLOT,wxID_PWD3DHKLPLOT,wxID_3DALLHKLPLOT,wxID_MERGEHKL,
     143] = [wx.NewId() for item in range(5)]
    144144
    145145[ wxID_PDFCOPYCONTROLS, wxID_PDFSAVECONTROLS, wxID_PDFLOADCONTROLS,
    … …  
    317317        parent.Raise()
    318318        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
     319       
     320################################################################################
     321class MergeDialog(wx.Dialog):
     322    ''' HKL transformation & merge dialog
     323   
     324    :param wx.Frame parent: reference to parent frame (or None)
     325    :param data: HKLF data
     326   
     327    '''       
     328    def __init__(self,parent,data):
     329        wx.Dialog.__init__(self,parent,wx.ID_ANY,'Setup HKLF merge',
     330            pos=wx.DefaultPosition,style=wx.DEFAULT_DIALOG_STYLE)
     331        self.panel = wx.Panel(self)         #just a dummy - gets destroyed in Draw!
     332        self.data = data
     333        self.Super = data[1]['Super']
     334        if self.Super:
     335            self.Trans = np.eye(4)
     336        else:
     337            self.Trans = np.eye(3)
     338        self.Cent = 'noncentrosymmetric'
     339        self.Laue = '1'
     340        self.Draw()
     341       
     342    def Draw(self):
     343       
     344        def OnMatValue(event):
     345            Obj = event.GetEventObject()
     346            ix,iy = Ind[Obj.GetId()]
     347            self.Trans[ix,iy] = float(Obj.GetValue())
     348               
     349        def OnCent(event):
     350            Obj = event.GetEventObject()
     351            self.Cent = Obj.GetValue()
     352            self.Laue = '-1'
     353            if 'non' in self.Cent:
     354                self.Laue = '1'
     355            self.Draw()
     356           
     357        def OnLaue(event):
     358            Obj = event.GetEventObject()
     359            self.Laue = Obj.GetValue()
     360            self.Draw()
     361       
     362        self.panel.Destroy()
     363        self.panel = wx.Panel(self)
     364        Ind = {}
     365        mainSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     366        MatSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     367        transSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
     368        transSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' HKL Transformation matrix:'))
     369        if self.Super:
     370            Trmat = wx.FlexGridSizer(4,4,5,5)
     371        else:
     372            Trmat = wx.FlexGridSizer(3,3,5,5)
     373        for iy,line in enumerate(self.Trans):
     374            for ix,val in enumerate(line):
     375                item = wx.TextCtrl(self.panel,value='%d'%(val),
     376                    size=(50,25),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
     377                Ind[item.GetId()] = [ix,iy]
     378                item.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnMatValue)
     379                item.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnMatValue)
     380                Trmat.Add(item)
     381        transSizer.Add(Trmat)
     382        MatSizer.Add((10,0),0)
     383        MatSizer.Add(transSizer)
     384        mainSizer.Add(MatSizer)
     385        centroLaue = ['-1','2/m','2/m(c)','2/m(a)','mmm','-3','3/m',    \
     386            '4/m','4/mmm','6/m','6/mmm','m3','m3m']
     387        noncentroLaue = ['1','2','2(a)','2(c)','m','m(a)','m(c)','222','mm2','m2m','2mm',   \
     388            '3','32','3m','4','-4','422','-42m','42m','6','-6','622','-62m','62m','23','432','-432']
     389        centChoice = ['noncentrosymmetric','centrosymmetric']
     390        mainSizer.Add(wx.StaticText(self.panel,label=' Target Laue symmetry:'),0,WACV)
     391        Cent = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Cent,choices=centChoice,
     392            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
     393        Cent.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnCent)
     394        mergeSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     395        mergeSizer.Add(Cent,0,WACV)
     396        mergeSizer.Add((10,0),0)
     397        Choice = centroLaue
     398        if 'non' in self.Cent:
     399            Choice = noncentroLaue
     400        Laue = wx.ComboBox(self.panel,value=self.Laue,choices=Choice,
     401            style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
     402        Laue.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnLaue)
     403        mergeSizer.Add(Laue,0,WACV)
     404        mainSizer.Add(mergeSizer)
     405
     406        OkBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Ok")
     407        OkBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnOk)
     408        cancelBtn = wx.Button(self.panel,-1,"Cancel")
     409        cancelBtn.Bind(wx.EVT_BUTTON, self.OnCancel)
     410        btnSizer = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     411        btnSizer.Add((20,20),1)
     412        btnSizer.Add(OkBtn)
     413        btnSizer.Add((20,20),1)
     414        btnSizer.Add(cancelBtn)
     415        btnSizer.Add((20,20),1)
     416       
     417        mainSizer.Add(btnSizer,0,wx.EXPAND|wx.BOTTOM|wx.TOP, 10)
     418        self.panel.SetSizer(mainSizer)
     419        self.panel.Fit()
     420        self.Fit()
     421       
     422    def GetSelection(self):
     423        return self.Trans,self.Cent,self.Laue
     424
     425    def OnOk(self,event):
     426        parent = self.GetParent()
     427        parent.Raise()
     428        self.EndModal(wx.ID_OK)
     429
     430    def OnCancel(self,event):
     431        parent = self.GetParent()
     432        parent.Raise()
     433        self.EndModal(wx.ID_CANCEL)
     434
    319435       
    320436################################################################################
    … …  
    870986        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWDANALYSIS,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Error Analysis',
    871987            help='Error analysis on single crystal data')
     988        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_MERGEHKL,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Merge HKLs',
     989            help='Transform & merge HKLF data to new histogram')
    872990        self.ErrorAnal.Append(id=wxID_PWD3DHKLPLOT,kind=wx.ITEM_NORMAL,text='Plot 3D HKLs',
    873991            help='Plot HKLs from single crystal data in 3D')
    … …  
    28742992        G2plt.Plot3DSngl(G2frame,newPlot=True,Data=controls,hklRef=refList,Title=phaseName)
    28752993       
    2876        
     2994#    def OnMerge(self,event):
     2995#        if not len(self.HKL):
     2996#            print 'No data'
     2997#            return
     2998#        self.newHKL = np.copy(self.HKL)
     2999#        for H in self.newHKL:
     3000#            H[:4] = np.rint(np.inner(self.Trans,H[:4]))
     3001#        self.newHKL = np.asarray(self.newHKL)
     3002#        self.newHKL = G2lat.LaueUnique(self.Laue,self.newHKL)
     3003#        dlg = wx.ProgressDialog('Build HKL dictonary','',len(self.newHKL)+1,
     3004#            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
     3005#        HKLdict = {}
     3006#        for ih,hkl in enumerate(self.newHKL):
     3007#            if str(hkl[:4]) not in HKLdict:
     3008#                HKLdict[str(hkl[:4])] = [hkl[:4],[hkl[4:],]]
     3009#            else:
     3010#                HKLdict[str(hkl[:4])][1].append(hkl[4:])
     3011#            dlg.Update(ih)
     3012#        dlg.Destroy()
     3013#        self.newHKL = []
     3014#        dlg = wx.ProgressDialog('Processing merge','',len(HKLdict)+1,
     3015#            style = wx.PD_ELAPSED_TIME|wx.PD_AUTO_HIDE)
     3016#        sumDf = 0.
     3017#        sumFo = 0.
     3018#        for ih,hkl in enumerate(HKLdict):
     3019#            HKL = HKLdict[hkl]
     3020#            newHKL = list(HKL[0])
     3021#            if len(HKL[1]) > 1:
     3022#                fos = np.array(HKL[1])
     3023#                wFo = 1/fos[:,1]**2
     3024#                Fo = np.average(fos[:,0],weights=wFo)
     3025#                std = np.std(fos[:,0])
     3026#                sig = np.sqrt(np.mean(fos[:,1])**2+std**2)
     3027#                sumFo += np.sum(fos[:,0])
     3028#                sumDf += np.sum(np.abs(fos[:,0]-Fo))
     3029#                dlg.Update(ih)
     3030#            else:
     3031#                Fo = HKL[1][0][0]
     3032#                sig = HKL[1][0][1]
     3033#            newHKL += [Fo,sig]
     3034#            if Fo > 0.:
     3035#                self.newHKL.append(list(newHKL))
     3036#        dlg.Destroy()
     3037#        self.newHKL = np.array(self.newHKL)
     3038#        print 'merge R = %6.2f%s for %d reflections'%(100.*sumDf/sumFo,'%',self.newHKL.shape[0])
     3039#        self.newHKL = G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(G2mth.sortArray(self.newHKL,3),2),1),0)
     3040           
     3041    def OnMergeHKL(event):
     3042        dlg = MergeDialog(G2frame,data)
     3043        try:
     3044            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     3045                Trans,Cent,Laue = dlg.GetSelection()
     3046                print "do merge here: ",Cent,Laue
     3047            else:
     3048                return
     3049        finally:
     3050            dlg.Destroy()
     3051       
     3052        print 'merge HKLF'
     3053           
    28773054    def OnErrorAnalysis(event):
    28783055        G2plt.PlotDeltSig(G2frame,kind)
    … …  
    29263103        SetDataMenuBar(G2frame,G2frame.dataFrame.HKLFMenu)
    29273104        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnErrorAnalysis, id=wxID_PWDANALYSIS)
     3105        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnMergeHKL, id=wxID_MERGEHKL)
    29283106        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlot3DHKL, id=wxID_PWD3DHKLPLOT)
    29293107        G2frame.dataFrame.Bind(wx.EVT_MENU, OnPlotAll3DHKL, id=wxID_3DALLHKLPLOT)

  • trunk/GSASIIplot.py

    r2120 r2127  
    11451145            newPlot = True
    11461146        elif event.key in ['+','=']:
    1147             if G2frame.PickId:
    1148                 G2frame.PickId = False
     1147            G2frame.plusPlot = not G2frame.plusPlot
    11491148        elif event.key == 'i' and G2frame.Contour:                  #for smoothing contour plot
    11501149            choice = ['nearest','bilinear','bicubic','spline16','spline36','hanning',
    … …  
    15271526                    Page.Choice = (' key press','n: log(I) off',
    15281527                        'c: contour on','q: toggle q plot','t: toggle d-spacing plot',
    1529                             'm: toggle multidata plot','w: toggle divide by sig','+: no selection')
     1528                            'm: toggle multidata plot','w: toggle divide by sig','+: toggle selection')
    15301529                else:
    15311530                    Page.Choice = (' key press','n: log(I) off',
    15321531                        'd: offset down','l: offset left','r: offset right','u: offset up','o: reset offset',
    15331532                        'c: contour on','q: toggle q plot','t: toggle d-spacing plot',
    1534                         'm: toggle multidata plot','w: toggle divide by sig','+: no selection')
     1533                        'm: toggle multidata plot','w: toggle divide by sig','+: toggle selection')
    15351534            elif 'SASD' in plottype:
    15361535                if G2frame.SinglePlot:
    15371536                    Page.Choice = (' key press','b: toggle subtract background file','n: semilog on',
    1538                         'q: toggle S(q) plot','m: toggle multidata plot','w: toggle (Io-Ic)/sig plot','+: no selection')
     1537                        'q: toggle S(q) plot','m: toggle multidata plot','w: toggle (Io-Ic)/sig plot','+: toggle selection')
    15391538                else:
    15401539                    Page.Choice = (' key press','b: toggle subtract background file','n: semilog on',
    15411540                        'd: offset down','l: offset left','r: offset right','u: offset up','o: reset offset',
    1542                         'q: toggle S(q) plot','m: toggle multidata plot','w: toggle (Io-Ic)/sig plot','+: no selection')
     1541                        'q: toggle S(q) plot','m: toggle multidata plot','w: toggle (Io-Ic)/sig plot','+: toggle selection')
    15431542        else:
    15441543            if 'PWDR' in plottype:
    … …  
    17141713                Plot.set_ylabel('Data sequence',fontsize=12)
    17151714        else:
     1715            if G2frame.plusPlot:
     1716                pP = '+'
     1717            else:
     1718                pP = ''
    17161719            if 'SASD' in plottype and G2frame.logPlot:
    17171720                X *= (1.01)**(offsetX*N)
    … …  
    17571760                    if 'PWDR' in plottype:
    17581761                        Plot.set_yscale("log",nonposy='mask')
    1759                         Plot.plot(X,Y,colors[N%6]+'+',picker=3.,clip_on=False)
     1762                        Plot.plot(X,Y,colors[N%6]+pP,picker=3.,clip_on=False)
    17601763                        Plot.plot(X,Z,colors[(N+1)%6],picker=False)
    17611764                        Plot.plot(X,W,colors[(N+2)%6],picker=False)     #background
    … …  
    17801783                                        ecolor=colors[N%6],picker=3.,clip_on=False)
    17811784                            else:
    1782                                 Plot.plot(X,YB,colors[N%6]+'+',picker=3.,clip_on=False)
     1785                                Plot.plot(X,YB,colors[N%6]+pP,picker=3.,clip_on=False)
    17831786                            Plot.plot(X,W,colors[(N+2)%6],picker=False)     #const. background
    17841787                            Plot.plot(X,ZB,colors[(N+1)%6],picker=False)
    … …  
    17881791                    DZ = xye[3]*np.sqrt(xye[2])
    17891792                    DS = xye[5]*np.sqrt(xye[2])-Ymax*Pattern[0]['delOffset']
    1790                     ObsLine = Plot.plot(X,DY,colors[N%6]+'+',picker=3.,clip_on=False)         #Io/sig(Io)
     1793                    ObsLine = Plot.plot(X,DY,colors[N%6]+pP,picker=3.,clip_on=False)         #Io/sig(Io)
    17911794                    Plot.plot(X,DZ,colors[(N+1)%6],picker=False)                    #Ic/sig(Io)
    17921795                    DifLine = Plot.plot(X,DS,colors[(N+3)%6],picker=1.)                    #(Io-Ic)/sig(Io)
    … …  
    17951798                    if G2frame.SubBack:
    17961799                        if 'PWDR' in plottype:
    1797                             Plot.plot(Xum,Y-W,colors[N%6]+'+',picker=False,clip_on=False)  #Io-Ib
     1800                            Plot.plot(Xum,Y-W,colors[N%6]+pP,picker=False,clip_on=False)  #Io-Ib
    17981801                            Plot.plot(X,Z-W,colors[(N+1)%6],picker=False)               #Ic-Ib
    17991802                        else:
    1800                             Plot.plot(X,YB,colors[N%6]+'+',picker=3.,clip_on=False)
     1803                            Plot.plot(X,YB,colors[N%6]+pP,picker=3.,clip_on=False)
    18011804                            Plot.plot(X,ZB,colors[(N+1)%6],picker=False)
    18021805                    else:
    18031806                        if 'PWDR' in plottype:
    1804                             ObsLine = Plot.plot(Xum,Y,colors[N%6]+'+',picker=3.,clip_on=False)    #Io
     1807                            ObsLine = Plot.plot(Xum,Y,colors[N%6]+pP,picker=3.,clip_on=False)    #Io
    18051808                            Plot.plot(X,Z,colors[(N+1)%6],picker=False)                 #Ic
    18061809                        else:
    1807                             Plot.plot(X,YB,colors[N%6]+'+',picker=3.,clip_on=False)
     1810                            Plot.plot(X,YB,colors[N%6]+pP,picker=3.,clip_on=False)
    18081811                            Plot.plot(X,ZB,colors[(N+1)%6],picker=False)
    18091812                    if 'PWDR' in plottype:
    … …  
    26612664            data = G2mth.setPeakparms(Parms,Parms2,X,Z)
    26622665            s = 1.17741*np.sqrt(data[4])*np.pi/18000.
    2663             g = data[6]*np.pi/18000.
     2666            g = data[6]*np.pi/36000.
    26642667            G = G2pwd.getgamFW(g,s)
    26652668            Y = s/nptand(X/2.)
    … …  
    26722675            fit = G2mth.setPeakparms(Parms,Parms2,X,Z,useFit=True)
    26732676            sf = 1.17741*np.sqrt(fit[4])*np.pi/18000.
    2674             gf = fit[6]*np.pi/18000.
     2677            gf = fit[6]*np.pi/36000.
    26752678            Gf = G2pwd.getgamFW(gf,sf)
    26762679            Yf = sf/nptand(X/2.)
    … …  
    26922695                except ValueError:
    26932696                    s = 0.01
    2694                 g = peak[6]*math.pi/18000.
     2697                g = peak[6]*math.pi/36000.
    26952698                G = G2pwd.getgamFW(g,s)
    26962699                Y.append(s/tand(peak[0]/2.))
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.