Changeset 2067


Ignore:
Timestamp:
Nov 23, 2015 4:03:43 PM (7 years ago)
Author:
vondreele
Message:

Refactor SS modulation & deriv functions - split nonHKLM part from each to call once in SStructureFactor & deriv. Include ZigZag? & Block in Modulation calc. runs but not correct
No ZigZag? or Block deriv yet.

Location:
trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIImath.py

    r2064 r2067  
    4747twopi = 2.0*np.pi
    4848twopisq = 2.0*np.pi**2
     49nxs = np.newaxis
    4950   
    5051################################################################################
    … …  
    926927#### Modulation math
    927928################################################################################
    928    
    929 def Modulation(waveTypes,H,HP,FSSdata,XSSdata,USSdata,Mast):
     929
     930def makeWaves(waveTypes,FSSdata,XSSdata,USSdata,Mast):
    930931    '''
    931932    waveTypes: array nAtoms: 'Fourier','ZigZag' or 'Block'
    932     H: array nRefBlk x ops X hklt
    933     HP: array nRefBlk x ops X hklt proj to hkl
    934933    FSSdata: array 2 x atoms x waves    (sin,cos terms)
    935934    XSSdata: array 2x3 x atoms X waves (sin,cos terms)
    … …  
    937936    Mast: array orthogonalization matrix for Uij
    938937    '''
    939    
    940     nxs = np.newaxis
    941938    glTau,glWt = pwd.pygauleg(0.,1.,32)         #get Gauss-Legendre intervals & weights
    942939    Ax = np.array(XSSdata[:3]).T   #atoms x waves x sin pos mods
    … …  
    946943    Au = Mast*np.array(G2lat.U6toUij(USSdata[:6])).T   #atoms x waves x sin Uij mods as betaij
    947944    Bu = Mast*np.array(G2lat.U6toUij(USSdata[6:])).T   #...cos Uij mods as betaij
    948    
    949     GSASIIpath.IPyBreak()
     945    nWaves = [Af.shape[1],Ax.shape[1],Au.shape[1]]
     946    if nWaves[0]:
     947        tauF = np.arange(1.,nWaves[0]+1-nf)[:,nxs]*glTau  #Fwaves x 32
     948        FmodA = Af[:,:,nxs]*np.sin(twopi*tauF[nxs,:,:])   #atoms X Fwaves X 32
     949        FmodB = Bf[:,:,nxs]*np.cos(twopi*tauF[nxs,:,:])
     950        Fmod = np.sum(FmodA+FmodB,axis=1)             #atoms X 32; sum waves
     951    else:
     952        Fmod = 1.0           
    950953    XmodZ = np.zeros((Ax.shape[0],Ax.shape[1],3,32))
    951     if 'Fourier' in waveTypes:
    952         nf = 0
     954    XmodA = np.zeros((Ax.shape[0],Ax.shape[1],3,32))
     955    XmodB = np.zeros((Ax.shape[0],Ax.shape[1],3,32))
     956    for iatm in range(Ax.shape[0]):
    953957        nx = 0
    954         FmodZ = np.zeros((Af.shape[0],Af.shape[1],32))
    955         if 'Crenel' in waveTypes:   #do we need 'Crenel'??
    956             nC = np.where('Crenel' in waveTypes)
    957             nf = 1
    958             #FmodZ = 0   replace
    959     else:   #1st wave is 'ZigZag' or 'Block'; rest can be 'Fourier'
    960         nx = 1
    961         if 'ZigZag' in waveTypes:
     958        if 'ZigZag' in waveTypes[iatm]:
     959            nt = 1
     960            Tmm = Ax[iatm][0][:2]                       
     961            XYZmax = np.array([Ax[iatm][0][2],Bx[iatm][0][0],Bx[iatm][0][1]])
    962962            DT = Tmm[1]-Tmm[0]
    963963            slopeUp = 2.*XYZmax/DT
    964964            slopeDn = 2.*XYZmax/(1.-DT)
    965             XmodZ = np.array([np.where(Tmm[0] < t%1. <= Tmm[1],-XYZmax+slopeUp*((t-Tmm[0])%1.),XYZmax-slopeDn*((t-Tmm[1])%1.)) for t in tau])
    966         elif 'Block' in waveTypes:
    967             XmodZ = np.array([np.where(Tmm[0] < t%1. <= Tmm[1],-XYZmax,XYZmax) for t in tau])
    968     if Af.shape[1]:
    969         tauF = np.arange(1.,Af.shape[1]+1-nf)[:,nxs]*glTau  #Fwaves x 32
    970         FmodA = Af[:,nf:,nxs]*np.sin(twopi*tauF[nxs,:,:])   #atoms X Fwaves X 32
    971         FmodB = Bf[:,nf:,nxs]*np.cos(twopi*tauF[nxs,:,:])
    972         Fmod = np.sum(FmodA+FmodB+FmodC,axis=1)             #atoms X 32; sum waves
    973     else:
    974         Fmod = 1.0           
    975     tauX = np.arange(1.,Ax.shape[1]+1-nx)[:,nxs]*glTau  #Xwaves x 32
    976     XmodA = Ax[:,nx:,:,nxs]*np.sin(twopi*tauX[nxs,:,nxs,:]) #atoms X waves X 3 X 32
    977     XmodB = Bx[:,nx:,:,nxs]*np.cos(twopi*tauX[nxs,:,nxs,:]) #ditto
     965            XmodZ[iatm][0] = np.array([np.where(Tmm[0] < t%1. <= Tmm[1],-XYZmax+slopeUp*((t-Tmm[0])%1.),XYZmax-slopeDn*((t-Tmm[1])%1.)) for t in glTau]).T
     966        elif 'Block' in waveTypes[iatm]:
     967            nt = 1
     968            Tmm = Ax[iatm][0][:2]                       
     969            XYZmax = np.array([Ax[iatm][0][2],Bx[iatm][0][0],Bx[iatm][0][1]])
     970            XmodZ[iatm][0] = np.array([np.where(Tmm[0] < t%1. <= Tmm[1],-XYZmax,XYZmax) for t in glTau]).T                   
     971        tauX = np.arange(1.,nWaves[1]+1-nx)[:,nxs]*glTau  #Xwaves x 32
     972        XmodA[iatm] = Ax[iatm,nx:,:,nxs]*np.sin(twopi*tauX[nxs,:,nxs,:]) #atoms X waves X 3 X 32
     973        XmodB[iatm] = Bx[iatm,nx:,:,nxs]*np.cos(twopi*tauX[nxs,:,nxs,:]) #ditto
    978974    Xmod = np.sum(XmodA+XmodB+XmodZ,axis=1)                #atoms X 3 X 32; sum waves
    979     Xmod = np.swapaxes(Xmod,1,2)                            #agrees with J2K ParSup & shape is right
    980     if Au.shape[1]:
    981         tauU = np.arange(1.,Au.shape[1]+1)[:,nxs]*glTau     #Uwaves x 32
     975    Xmod = np.swapaxes(Xmod,1,2)
     976    if nWaves[2]:
     977        tauU = np.arange(1.,nWaves[2]+1)[:,nxs]*glTau     #Uwaves x 32
    982978        UmodA = Au[:,:,:,:,nxs]*np.sin(twopi*tauU[nxs,:,nxs,nxs,:]) #atoms x waves x 3x3 x 32
    983979        UmodB = Bu[:,:,:,:,nxs]*np.cos(twopi*tauU[nxs,:,nxs,nxs,:]) #ditto
    984980        Umod = np.swapaxes(np.sum(UmodA+UmodB,axis=1),1,3)      #atoms x 3x3 x 32; sum waves
    985         HbH = np.exp(-np.sum(HP[:,:,nxs,nxs]*np.inner(HP[:,:],Umod),axis=-1)) # refBlk x ops x atoms x 32 add Overhauser corr.?
     981    else:
     982        Umod = 1.0
     983    return nWaves,Fmod,Xmod,Umod,glTau,glWt
     984       
     985def Modulation(H,HP,nWaves,Fmod,Xmod,Umod,glTau,glWt):
     986    '''
     987    H: array nRefBlk x ops X hklt
     988    HP: array nRefBlk x ops X hklt proj to hkl
     989    Fmod: array 2 x atoms x waves    (sin,cos terms)
     990    Xmod: array atoms X 3 X 32
     991    Umod: array atoms x 3x3 x 32
     992    glTau,glWt: arrays Gauss-Lorentzian pos & wts
     993    '''
     994   
     995    nxs = np.newaxis   
     996    if nWaves[2]:
     997        if len(HP.shape) > 2:
     998            HbH = np.exp(-np.sum(HP[:,:,nxs,nxs,:]*np.inner(HP,Umod),axis=-1)) # refBlk x ops x atoms x 32 add Overhauser corr.?
     999        else:
     1000            HbH = np.exp(-np.sum(HP[:,nxs,nxs,:]*np.inner(HP,Umod),axis=-1)) # refBlk x ops x atoms x 32 add Overhauser corr.?
    9861001    else:
    9871002        HbH = 1.0
    988     D = H[:,:,3:]*glTau[nxs,nxs,:]              #m*e*tau; refBlk x ops X 32
    9891003    HdotX = np.inner(HP,Xmod)                   #refBlk x ops x atoms X 32
    990     HdotXD = twopi*(HdotX+D[:,:,nxs,:])
     1004    if len(H.shape) > 2:
     1005        D = H[:,:,3:]*glTau[nxs,nxs,:]              #m*e*tau; refBlk x ops X 32
     1006        HdotXD = twopi*(HdotX+D[:,:,nxs,:])
     1007    else:
     1008        D = H[:,3:]*glTau[nxs,:]              #m*e*tau; refBlk x ops X 32
     1009        HdotXD = twopi*(HdotX+D[:,nxs,:])
    9911010    cosHA = np.sum(Fmod*HbH*np.cos(HdotXD)*glWt,axis=-1)       #real part; refBlk X ops x atoms; sum for G-L integration
    9921011    sinHA = np.sum(Fmod*HbH*np.sin(HdotXD)*glWt,axis=-1)       #imag part; ditto
    9931012    return np.array([cosHA,sinHA])             # 2 x refBlk x SGops x atoms
    9941013   
    995 def ModulationDerv(waveTypes,H,HP,Hij,FSSdata,XSSdata,USSdata,Mast):
    996     '''
    997     H: array ops X hklt proj to hkl
    998     HP: array nRefBlk x ops X hklt proj to hkl
     1014def makeWavesDerv(waveTypes,FSSdata,XSSdata,USSdata,Mast):
     1015    '''
    9991016    FSSdata: array 2 x atoms x waves    (sin,cos terms)
    1000     Hij: array 2pi^2[a*^2h^2 b*^2k^2 c*^2l^2 a*b*hk a*c*hl b*c*kl] of projected hklm to hkl space
    10011017    XSSdata: array 2x3 x atoms X waves (sin,cos terms)
    10021018    USSdata: array 2x6 x atoms X waves (sin,cos terms)
    10031019    Mast: array orthogonalization matrix for Uij
    10041020    '''
    1005    
    1006     nxs = np.newaxis
    1007     numeric = True   
    1008     cosHA,sinHA = Modulation(waveTypes,np.array([H,]),np.array([HP,]),FSSdata,XSSdata,USSdata,Mast)
    1009     Mf = [H.shape[0],]+list(FSSdata.T.shape)    #=[ops,atoms,waves,2] (sin+cos frac mods)
    1010     dGdMfC = np.zeros(Mf)
    1011     dGdMfS = np.zeros(Mf)
    1012     Mx = [H.shape[0],]+list(XSSdata.T.shape)   #=[ops,atoms,waves,6] (sin+cos pos mods)
    1013     dGdMxC = np.zeros(Mx)
    1014     dGdMxS = np.zeros(Mx)
    1015     Mu = [H.shape[0],]+list(USSdata.T.shape)    #=[ops,atoms,waves,12] (sin+cos Uij mods)
    1016     dGdMuC = np.zeros(Mu)
    1017     dGdMuS = np.zeros(Mu)
    10181021    glTau,glWt = pwd.pygauleg(0.,1.,32)         #get Gauss-Legendre intervals & weights
     1022    waveShapes = [FSSdata.T.shape,XSSdata.T.shape,USSdata.T.shape]
    10191023    Af = np.array(FSSdata[0]).T    #sin frac mods x waves x atoms
    10201024    Bf = np.array(FSSdata[1]).T    #cos frac mods...
    … …  
    10231027    Au = Mast*np.array(G2lat.U6toUij(USSdata[:6])).T   #atoms x waves x sin Uij mods
    10241028    Bu = Mast*np.array(G2lat.U6toUij(USSdata[6:])).T   #...cos Uij mods
    1025    
    1026     if 'Fourier' in waveTypes:
    1027         nf = 0
    1028         nx = 0
    1029         XmodZ = np.zeros((Ax.shape[0],Ax.shape[1],3,32))
    1030         FmodZ = np.zeros((Af.shape[0],Af.shape[1],32))
    1031         if 'Crenel' in waveTypes:
    1032             nC = np.where('Crenel' in waveTypes)
    1033             nf = 1
    1034             #FmodZ = 0   replace
    1035     else:
    1036         nx = 1
    1037         if 'Sawtooth' in waveTypes:
    1038             nS = np.where('Sawtooth' in waveTypes)
    1039             #XmodZ = 0   replace
    1040     tauX = np.arange(1.,Ax.shape[1]+1-nx)[:,nxs]*glTau  #Xwaves x 32
     1029    nWaves = [Af.shape[1],Ax.shape[1],Au.shape[1]]
     1030    nf = 0
     1031    nx = 0
     1032#    if 'Fourier' in waveTypes:
     1033#        nf = 0
     1034#        nx = 0
     1035#        XmodZ = np.zeros((Ax.shape[0],Ax.shape[1],3,32))
     1036#        FmodZ = np.zeros((Af.shape[0],Af.shape[1],32))
     1037#        if 'Crenel' in waveTypes:
     1038#            nC = np.where('Crenel' in waveTypes)
     1039#            nf = 1
     1040#            #FmodZ = 0   replace
     1041#    else:
     1042#        nx = 1
     1043#        if 'Sawtooth' in waveTypes:
     1044#            nS = np.where('Sawtooth' in waveTypes)
     1045#            #XmodZ = 0   replace
     1046    tauX = np.arange(1.,nWaves[1]+1-nx)[:,nxs]*glTau  #Xwaves x 32
    10411047    StauX = np.ones_like(Ax)[:,nx:,:,nxs]*np.sin(twopi*tauX)[nxs,:,nxs,:]   #atoms X waves X 3(xyz) X 32
    10421048    CtauX = np.ones_like(Bx)[:,nx:,:,nxs]*np.cos(twopi*tauX)[nxs,:,nxs,:]   #ditto
    1043     XmodA = Ax[:,nx:,:,nxs]*StauX #atoms X waves X pos X 32
    1044     XmodB = Bx[:,nx:,:,nxs]*CtauX #ditto
    1045     Xmod = np.sum(XmodA+XmodB+XmodZ,axis=1)                #atoms X pos X 32; sum waves
    1046     Xmod = np.swapaxes(Xmod,1,2)
    1047     D = twopi*H[:,3][:,nxs]*glTau[nxs,:]              #m*e*tau; ops X 32
    1048     HdotX = twopi*np.inner(HP,Xmod)        #ops x atoms X 32
    1049     HdotXD = HdotX+D[:,nxs,:]
    1050     if Af.shape[1]:
    1051         tauF = np.arange(1.,Af.shape[1]+1-nf)[:,nxs]*glTau  #Fwaves x 32
     1049    if nWaves[0]:
     1050        tauF = np.arange(1.,nWaves[0]+1-nf)[:,nxs]*glTau  #Fwaves x 32
    10521051        StauF = np.ones_like(Af)[:,nf:,nxs]*np.sin(twopi*tauF)[nxs,:,:] #also dFmod/dAf
    10531052        CtauF = np.ones_like(Bf)[:,nf:,nxs]*np.cos(twopi*tauF)[nxs,:,:] #also dFmod/dBf
    1054         FmodA = Af[:,nf:,nxs]*StauF   #atoms X Fwaves X 32
    1055         FmodB = Bf[:,nf:,nxs]*CtauF
    1056         Fmod = np.sum(FmodA+FmodB+FmodC,axis=1)             #atoms X 32; sum waves
    10571053    else:
    1058         Fmod = np.ones_like(HdotX)           
    1059     if Au.shape[1]:
    1060         tauU = np.arange(1.,Au.shape[1]+1)[:,nxs]*glTau     #Uwaves x 32
     1054        StauF = 1.0
     1055        CtauF = 1.0
     1056    if nWaves[2]:
     1057        tauU = np.arange(1.,nWaves[2]+1)[:,nxs]*glTau     #Uwaves x 32
    10611058        StauU = np.ones_like(Au)[:,:,:,:,nxs]*np.sin(twopi*tauU)[nxs,:,nxs,nxs,:]   #also dUmodA/dAu
    10621059        CtauU = np.ones_like(Bu)[:,:,:,:,nxs]*np.cos(twopi*tauU)[nxs,:,nxs,nxs,:]   #also dUmodB/dBu
    10631060        UmodA = Au[:,:,:,:,nxs]*StauU #atoms x waves x 3x3 x 32
    10641061        UmodB = Bu[:,:,:,:,nxs]*CtauU #ditto
    1065         Umod = np.swapaxes((UmodA+UmodB),2,4)      #atoms x waves x 32 x 3x3 (symmetric so I can do this!)
    1066         HuH = np.sum(HP[:,nxs,nxs,nxs]*np.inner(HP,Umod),axis=-1)    #ops x atoms x waves x 32
    1067         HbH = np.exp(-np.sum(HuH,axis=-2)) # ops x atoms x 32; sum waves - OK vs Modulation version
    10681062#derivs need to be ops x atoms x waves x 6uij; ops x atoms x waves x 32 x 6uij before sum
    10691063        StauU = np.rollaxis(np.rollaxis(np.swapaxes(StauU,2,4),-1),-1)
    10701064        CtauU = np.rollaxis(np.rollaxis(np.swapaxes(CtauU,2,4),-1),-1)
    1071         dUdAu = Hij[:,nxs,nxs,nxs,:]*np.rollaxis(G2lat.UijtoU6(StauU),0,4)[nxs,:,:,:,:]    #ops x atoms x waves x 32 x 6sinUij
    1072         dUdBu = Hij[:,nxs,nxs,nxs,:]*np.rollaxis(G2lat.UijtoU6(CtauU),0,4)[nxs,:,:,:,:]    #ops x atoms x waves x 32 x 6cosUij
    1073         part1 = -np.exp(-HuH)*Fmod[:,:,nxs,:]    #ops x atoms x waves x 32
     1065    else:
     1066        StauU = 1.0
     1067        CtauU = 1.0
     1068        UmodA = 0.
     1069        UmodB = 0.
     1070    return waveShapes,[StauF,CtauF],[StauX,CtauX],[StauU,CtauU],UmodA+UmodB
     1071   
     1072def ModulationDerv(H,HP,Hij,nWaves,waveShapes,Fmod,Xmod,UmodAB,SCtauF,SCtauX,SCtauU,glTau,glWt):
     1073    '''
     1074    H: array ops X hklt proj to hkl
     1075    HP: array nRefBlk x ops X hklt proj to hkl
     1076    Hij: array 2pi^2[a*^2h^2 b*^2k^2 c*^2l^2 a*b*hk a*c*hl b*c*kl] of projected hklm to hkl space
     1077    '''
     1078   
     1079    Mf = [H.shape[0],]+list(waveShapes[0])    #=[ops,atoms,waves,2] (sin+cos frac mods)
     1080    dGdMfC = np.zeros(Mf)
     1081    dGdMfS = np.zeros(Mf)
     1082    Mx = [H.shape[0],]+list(waveShapes[1])   #=[ops,atoms,waves,6] (sin+cos pos mods)
     1083    dGdMxC = np.zeros(Mx)
     1084    dGdMxS = np.zeros(Mx)
     1085    Mu = [H.shape[0],]+list(waveShapes[2])    #=[ops,atoms,waves,12] (sin+cos Uij mods)
     1086    dGdMuC = np.zeros(Mu)
     1087    dGdMuS = np.zeros(Mu)
     1088   
     1089    D = twopi*H[:,3][:,nxs]*glTau[nxs,:]              #m*e*tau; ops X 32
     1090    HdotX = twopi*np.inner(HP,Xmod)        #ops x atoms X 32
     1091    HdotXD = HdotX+D[:,nxs,:]
     1092    if nWaves[2]:
     1093        Umod = np.swapaxes((UmodAB),2,4)      #atoms x waves x 32 x 3x3 (symmetric so I can do this!)
     1094        HuH = np.sum(HP[:,nxs,nxs,nxs]*np.inner(HP,Umod),axis=-1)    #ops x atoms x waves x 32
     1095        HuH = np.sum(HP[:,nxs,nxs,nxs]*np.inner(HP,Umod),axis=-1)    #ops x atoms x waves x 32
     1096        HbH = np.exp(-np.sum(HuH,axis=-2)) # ops x atoms x 32; sum waves - OK vs Modulation version
     1097        part1 = -np.exp(-HuH)*Fmod    #ops x atoms x waves x 32
     1098        dUdAu = Hij[:,nxs,nxs,nxs,:]*np.rollaxis(G2lat.UijtoU6(SCtauU[0]),0,4)[nxs,:,:,:,:]    #ops x atoms x waves x 32 x 6sinUij
     1099        dUdBu = Hij[:,nxs,nxs,nxs,:]*np.rollaxis(G2lat.UijtoU6(SCtauU[1]),0,4)[nxs,:,:,:,:]    #ops x atoms x waves x 32 x 6cosUij
    10741100        dGdMuCa = np.sum(part1[:,:,:,:,nxs]*dUdAu*np.cos(HdotXD)[:,:,nxs,:,nxs]*glWt[nxs,nxs,nxs,:,nxs],axis=-2)   #ops x atoms x waves x 6uij; G-L sum
    10751101        dGdMuCb = np.sum(part1[:,:,:,:,nxs]*dUdBu*np.cos(HdotXD)[:,:,nxs,:,nxs]*glWt[nxs,nxs,nxs,:,nxs],axis=-2)
    … …  
    10811107    else:
    10821108        HbH = np.ones_like(HdotX)
    1083     dHdXA = twopi*HP[:,nxs,nxs,nxs,:]*np.swapaxes(StauX,-1,-2)[nxs,:,:,:,:]    #ops x atoms x sine waves x 32 x xyz
    1084     dHdXB = twopi*HP[:,nxs,nxs,nxs,:]*np.swapaxes(CtauX,-1,-2)[nxs,:,:,:,:]    #ditto - cos waves
     1109    dHdXA = twopi*HP[:,nxs,nxs,nxs,:]*np.swapaxes(SCtauX[0],-1,-2)[nxs,:,:,:,:]    #ops x atoms x sine waves x 32 x xyz
     1110    dHdXB = twopi*HP[:,nxs,nxs,nxs,:]*np.swapaxes(SCtauX[1],-1,-2)[nxs,:,:,:,:]    #ditto - cos waves
    10851111    dGdMxCa = -np.sum((Fmod*HbH)[:,:,nxs,:,nxs]*(dHdXA*np.sin(HdotXD)[:,:,nxs,:,nxs])*glWt[nxs,nxs,nxs,:,nxs],axis=-2)
    10861112    dGdMxCb = -np.sum((Fmod*HbH)[:,:,nxs,:,nxs]*(dHdXB*np.sin(HdotXD)[:,:,nxs,:,nxs])*glWt[nxs,nxs,nxs,:,nxs],axis=-2)
    … …  
    10911117    dGdMxS = np.concatenate((dGdMxSa,dGdMxSb),axis=-1)
    10921118# ops x atoms x waves x 2xyz - imaginary part - good
    1093     return np.array([cosHA,sinHA]),[dGdMfC,dGdMfS],[dGdMxC,dGdMxS],[dGdMuC,dGdMuS]
     1119    return [dGdMfC,dGdMfS],[dGdMxC,dGdMxS],[dGdMuC,dGdMuS]
    10941120   
    10951121def posFourier(tau,psin,pcos,smul):

  • trunk/GSASIIstrMain.py

    r2066 r2067  
    590590            MyPrint(line)   
    591591    else:
    592         MyPrint(' ( 1)    %s'%(SGtable[0]))
     592        MyPrint(' ( 1)    %s'%(SGtable[0])) #triclinic case
    593593    Cell = DisAglData['Cell']
    594594   

  • trunk/GSASIIstrMath.py

    r2061 r2067  
    617617    waveTypes = []
    618618    keys = {'Fsin:':FSSdata[0],'Fcos:':FSSdata[1],'Fzero:':FSSdata[0],'Fwid:':FSSdata[1],
    619         'Tzero:':XSSdata[0],'Xslope:':XSSdata[1],'Yslope:':XSSdata[2],'Zslope:':XSSdata[3],
     619        'Tmin:':XSSdata[0],'Tmax:':XSSdata[1],'Xmax:':XSSdata[2],'Ymax:':XSSdata[3],'Zmax:':XSSdata[4],
    620620        'Xsin:':XSSdata[0],'Ysin:':XSSdata[1],'Zsin:':XSSdata[2],'Xcos:':XSSdata[3],'Ycos:':XSSdata[4],'Zcos:':XSSdata[5],
    621621        'U11sin:':USSdata[0],'U22sin:':USSdata[1],'U33sin:':USSdata[2],'U12sin:':USSdata[3],'U13sin:':USSdata[4],'U23sin:':USSdata[5],
    … …  
    994994    Tdata,Mdata,Fdata,Xdata,dXdata,IAdata,Uisodata,Uijdata = GetAtomFXU(pfx,calcControls,parmDict)
    995995    waveTypes,FSSdata,XSSdata,USSdata,MSSdata = GetAtomSSFXU(pfx,calcControls,parmDict)
    996 #    Smult,TauT = GetSSTauM(SGData['SGOps'],SSGData['SSGOps'],pfx,calcControls,Xdata)
    997 #    GSASIIpath.IPyBreak()
    998 #    if SGInv:
    999 #        TauT = np.hstack((TauT,-TauT))
    1000 #        eps = np.concatenate((eps,-eps))
     996    nWaves,Fmod,Xmod,Umod,glTau,glWt = G2mth.makeWaves(waveTypes,FSSdata,XSSdata,USSdata,Mast)
    1001997    modQ = np.array([parmDict[pfx+'mV0'],parmDict[pfx+'mV1'],parmDict[pfx+'mV2']])
    1002998    FF = np.zeros(len(Tdata))
    … …  
    10761072            fa = np.array([np.reshape(((FF+FP).T-Bab).T,cosp.shape)*cosp*Tcorr,-Flack*FPP*sinp*Tcorr])
    10771073            fb = np.array([Flack*FPP*cosp*Tcorr,np.reshape(((FF+FP).T-Bab).T,sinp.shape)*sinp*Tcorr])
    1078         GfpuA = G2mth.Modulation(waveTypes,Uniq,UniqP,FSSdata,XSSdata,USSdata,Mast) #2 x refBlk x sym X atoms
     1074        GfpuA = G2mth.Modulation(Uniq,UniqP,nWaves,Fmod,Xmod,Umod,glTau,glWt) #2 x refBlk x sym X atoms
    10791075        fag = fa*GfpuA[0]-fb*GfpuA[1]   #real; 2 x refBlk x sym x atoms
    10801076        fbg = fb*GfpuA[0]+fa*GfpuA[1]
    … …  
    11251121    mSize = len(Mdata)  #no. atoms
    11261122    waveTypes,FSSdata,XSSdata,USSdata,MSSdata = GetAtomSSFXU(pfx,calcControls,parmDict)
    1127 #    Smult,TauT = GetSSTauM(SGData['SGOps'],SSGData['SSGOps'],pfx,calcControls,Xdata)
    1128 #    if SGInv:
    1129 #        TauT = np.hstack((TauT,-TauT))
     1123    nWaves,Fmod,Xmod,Umod,glTau,glWt = G2mth.makeWaves(waveTypes,FSSdata,XSSdata,USSdata,Mast)
     1124    waveShapes,SCtauF,SCtauX,SCtauU,UmodAB = G2mth.makeWavesDerv(waveTypes,FSSdata,XSSdata,USSdata,Mast)
    11301125    modQ = np.array([parmDict[pfx+'mV0'],parmDict[pfx+'mV1'],parmDict[pfx+'mV2']])
    11311126    FF = np.zeros(len(Tdata))
    … …  
    12141209        fot = (FF+FP-Bab)*Tcorr     #ops x atoms
    12151210        fotp = FPP*Tcorr            #ops x atoms
    1216         GfpuA,dGdf,dGdx,dGdu = G2mth.ModulationDerv(waveTypes,Uniq,UniqP,Hij,FSSdata,XSSdata,USSdata,Mast)
     1211        GfpuA = G2mth.Modulation(Uniq,UniqP,nWaves,Fmod,Xmod,Umod,glTau,glWt) #2 x sym X atoms
     1212        dGdf,dGdx,dGdu = G2mth.ModulationDerv(Uniq,UniqP,Hij,nWaves,waveShapes,Fmod,Xmod,UmodAB,SCtauF,SCtauX,SCtauU,glTau,glWt)
    12171213        # GfpuA is 2 x ops x atoms
    12181214        # derivs are: ops x atoms x waves x 2,6,or 12 parms as [real,imag] parts
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.