Changeset 1956


Ignore:
Timestamp:
Aug 12, 2015 1:30:41 PM (6 years ago)
Author:
vondreele
Message:

fix (again) fill unit cell, dynamic SS drawing & GenAtom? issues - now all OK
fixes to get SS structure factors to compute & twins in SS data issues

Location:
trunk
Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASII.py

    r1949 r1956  
    697697                            H = hkl
    698698                        ref[4+Super] = np.sqrt(1./G2lat.calc_rDsq2(H,G))
    699                         iabsnt,ref[3+Super],Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
     699                        iabsnt = G2spc.GenHKLf(H,SGData)[0]
    700700                        if iabsnt:  #flag space gp. absences
    701                             ref[3+Super] = 0
     701                            if Super:
     702                                if not ref[2+Super]:
     703                                    ref[3+Super] = 0
     704                                else:
     705                                    ref[3+Super] = 1    #twin id?
     706                            else:
     707                                ref[3] = 0
    702708                    UseList[histoName] = SetDefaultDData(reflData['Type'],histoName)
    703709                elif histoName in PWDRlist:
     
    852858                    iabsnt,mul,Uniq,phi = G2spc.GenHKLf(H,SGData)
    853859                    if iabsnt:  #flag space gp. absences
    854                         ref[3+Super] = 0
     860                        if Super:
     861                            if not ref[2+Super]:
     862                                ref[3+Super] = 0
     863                            else:
     864                                ref[3+Super] = 1    #twin id?
     865                        else:
     866                            ref[3] = 0
    855867        wx.EndBusyCursor()
    856868       
  • trunk/GSASIImath.py

    r1954 r1956  
    994994    drawAtoms = drawingData['Atoms']
    995995    for atom in atoms:   
    996         atxyz = np.array(atom[cx:cx+3])
     996        atxyz = G2spc.MoveToUnitCell(np.array(atom[cx:cx+3]))[0]
    997997        atuij = np.array(atom[cia+2:cia+8])
    998998        waveType = atom[-1]['SS1']['waveType']
  • trunk/GSASIIspc.py

    r1955 r1956  
    11101110    Cell = []
    11111111    X = np.array(XYZ)
     1112    if Move:
     1113        X = MoveToUnitCell(X)[0]
    11121114    for ic,cen in enumerate(SGData['SGCen']):
    11131115        C = np.array(cen)
     
    11231125                    XT = -XT
    11241126                XT += C
    1125                 cell = np.zeros(3)
    1126                 cellj = np.zeros(3)
     1127                cell = np.zeros(3,dtype=np.int32)
     1128                cellj = np.zeros(3,dtype=np.int32)
    11271129                if Move:
    11281130                    newX,cellj = MoveToUnitCell(XT)
     
    17791781            Sdtau.append(np.sum(mst*(XYZ-SGOps[iop][1])-epsinv*SSGOps[iop][1][3]))
    17801782    SdIndx = np.argsort(np.array(Sdtau))     # just to do in sensible order
    1781     OpText =  [MT2text(s).replace(' ','') for s in Sop]         #debug?
    1782     SSOpText = [SSMT2text(ss).replace(' ','') for ss in SSop]   #debug?
    1783     if debug: print 'special pos super operators: ',SSOpText
     1783    if debug: print 'special pos super operators: ',[SSMT2text(ss).replace(' ','') for ss in SSop]
    17841784    #setup displacement arrays
    17851785    tau = np.linspace(-1,1,49,True)
  • trunk/GSASIIstrIO.py

    r1954 r1956  
    11571157                    AtomSS = at[-1]['SS1']
    11581158                    waveType = AtomSS['waveType']
    1159                     phaseDict[pfx+'waveType:'+str(i)] = waveType   
     1159                    phaseDict[pfx+'waveType:'+str(i)] = waveType
    11601160                    for Stype in ['Sfrac','Spos','Sadp','Smag']:
    11611161                        Waves = AtomSS[Stype]
    11621162                        for iw,wave in enumerate(Waves):
    11631163                            if not iw:
    1164                                 CSI = G2spc.GetSSfxuinel(waveType,iw,at[cx:cx+3],SGData,SSGData)
     1164                                CSI = G2spc.GetSSfxuinel(waveType,iw+1,at[cx:cx+3],SGData,SSGData)
    11651165                            else:
    1166                                 CSI = G2spc.GetSSfxuinel('Fourier',iw,at[cx:cx+3],SGData,SSGData)
     1166                                CSI = G2spc.GetSSfxuinel('Fourier',iw+1,at[cx:cx+3],SGData,SSGData)
    11671167                            uId,uCoef = CSI[Stype]
    11681168                            stiw = str(i)+':'+str(iw)
     
    21882188                        HKLd = G2mth.sortArray(HKLd,4,reverse=True)
    21892189                        for h,k,l,m,d in HKLd:
    2190                             ext,mul,uniq,phi = G2spc.GenHKLf([h,k,l],SGData)    #is this right for SS refl.??
     2190                            ext,mul,uniq,phi = G2spc.GenHKLf([h,k,l],SGData)
    21912191                            mul *= 2      # for powder overlap of Friedel pairs
    21922192                            if m or not ext:
  • trunk/imports/G2sfact_CIF.py

    r1913 r1956  
    266266                    #h,k,l,m,dsp,Fo2,sig,Fc2,Fot2,Fct2,phase,Ext
    267267                    if im:
    268                         ref = HKL+[1,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0,0]
     268                        ref = HKL+[1,0,0,0,1, 0,0,0,0,0, 0,0]
    269269                    else:
    270                         ref = HKL+[1,0,0,0,0, 0,0,0,0,0, 0]
     270                        ref = HKL+[1,0,0,1,0, 0,0,0,0,0, 0]
    271271                    if F2dn:
    272272                        F2 = item[itemkeys[F2dn]]
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.