Changeset 1951


Ignore:
Timestamp:
Aug 7, 2015 11:54:12 AM (8 years ago)
Author:
vondreele
Message:

implement drawing of incommensurate structures - live variation wrt tau
required careful attention to siteSym text & some reorganization of modules
more work on special pos code

Location:
trunk
Files:
4 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIImath.py

    r1935 r1951  
    289289    return newAtoms
    290290       
    291 def FindAtomIndexByIDs(atomData,IDs,Draw=True):
     291def FindAtomIndexByIDs(atomData,loc,IDs,Draw=True):
    292292    '''finds the set of atom array indices for a list of atom IDs. Will search
    293293    either the Atom table or the drawAtom table.
    294294   
    295295    :param list atomData: Atom or drawAtom table containting coordinates, etc.
     296    :param int loc: location of atom id in atomData record
    296297    :param list IDs: atom IDs to be found
    297298    :param bool Draw: True if drawAtom table to be searched; False if Atom table
    … …  
    303304    indx = []
    304305    for i,atom in enumerate(atomData):
    305         if Draw and atom[-3] in IDs:
     306        if Draw and atom[loc] in IDs:
    306307            indx.append(i)
    307         elif atom[-1] in IDs:
     308        elif atom[loc] in IDs:
    308309            indx.append(i)
    309310    return indx
    … …  
    918919    return Xanom
    919920   
     921################################################################################
     922#### Modulation math
     923################################################################################
     924   
    920925def Modulation(waveTypes,SSUniq,SSPhi,FSSdata,XSSdata,USSdata):
    921926    import scipy.special as sp
    … …  
    976981    B = np.array([fc[:,np.newaxis]*np.cos(2.*np.pi*(i+1)*tau) for i,fc in enumerate(fcos)])
    977982    return np.sum(A,axis=0)+np.sum(B,axis=0)
     983   
     984def ApplyModulation(data,tau):
     985    '''Applies modulation to drawing atom positions & Uijs for given tau
     986    '''
     987    generalData = data['General']
     988    SGData = generalData['SGData']
     989    cx,ct,cs,cia = generalData['AtomPtrs']
     990    drawingData = data['Drawing']
     991    dcx,dct,dcs,dci = drawingData['atomPtrs']
     992    atoms = data['Atoms']
     993    drawAtoms = drawingData['Atoms']
     994    for atom in atoms:   
     995        atxyz = np.array(atom[cx:cx+3])
     996        waveType = atom[-1]['SS1']['waveType']
     997        Spos = atom[-1]['SS1']['Spos']
     998        wave = np.zeros(3)
     999        if len(Spos):
     1000            scof = []
     1001            ccof = []
     1002            for i,spos in enumerate(Spos):
     1003                if waveType in ['Sawtooth','ZigZag'] and not i:
     1004                    Toff = spos[0][0]
     1005                    slopes = np.array(spos[0][1:])
     1006                    if waveType == 'Sawtooth':
     1007                        wave = posSawtooth(tau,Toff,slopes)
     1008                    elif waveType == 'ZigZag':
     1009                        wave = posZigZag(tau,Toff,slopes)
     1010                else:
     1011                    scof.append(spos[0][:3])
     1012                    ccof.append(spos[0][3:])
     1013            wave += np.sum(posFourier(tau,np.array(scof),np.array(ccof)),axis=1)
     1014        indx = FindAtomIndexByIDs(drawAtoms,dci,[atom[cia+8],],True)
     1015        for ind in indx:
     1016            drawatom = drawAtoms[ind]
     1017            opr = drawatom[dcs-1]
     1018            if atom[cia] == 'A':                   
     1019                X,U = G2spc.ApplyStringOps(opr,SGData,atxyz+wave,atom[cia+2:cia+8])
     1020                drawatom[dcx:dcx+3] = X
     1021#                drawatom[dci-6:dci] = U
     1022            else:
     1023                X = G2spc.ApplyStringOps(opr,SGData,atxyz+wave)
     1024                drawatom[dcx:dcx+3] = X
     1025    return drawAtoms
     1026   
    9781027   
    9791028################################################################################

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r1947 r1951  
    7878    mainFrame.SendSizeEvent()
    7979   
     80#def FindBondsToo():                         #works but slow for large structures - keep as reference
     81#    cx,ct,cs,ci = data['Drawing']['atomPtrs']
     82#    atomData = data['Drawing']['Atoms']
     83#    generalData = data['General']
     84#    Amat,Bmat = G2lat.cell2AB(generalData['Cell'][1:7])
     85#    radii = generalData['BondRadii']
     86#    atomTypes = generalData['AtomTypes']
     87#    try:
     88#        indH = atomTypes.index('H')
     89#        radii[indH] = 0.5
     90#    except:
     91#        pass           
     92#    for atom in atomData:
     93#        atom[-1] = []
     94#    Atoms = []
     95#    for i,atom in enumerate(atomData):
     96#        Atoms.append([i,np.array(atom[cx:cx+3]),atom[cs],radii[atomTypes.index(atom[ct])]])
     97#    for atomA in Atoms:
     98#        if atomA[2] in ['lines','sticks','ellipsoids','balls & sticks','polyhedra']:
     99#            for atomB in Atoms:                   
     100#                Dx = atomB[1]-atomA[1]
     101#                DX = np.inner(Amat,Dx)
     102#                dist = np.sqrt(np.sum(DX**2))
     103#                sumR = atomA[3]+atomB[3]
     104#                if 0.5 < dist <= 0.85*sumR:
     105#                    i = atomA[0]
     106#                    if atomA[2] == 'polyhedra':
     107#                        atomData[i][-1].append(DX)
     108#                    elif atomB[1] != 'polyhedra':
     109#                        j = atomB[0]
     110#                        atomData[i][-1].append(Dx*atomA[3]/sumR)
     111#                        atomData[j][-1].append(-Dx*atomB[3]/sumR)
     112               
     113def FindBondsDraw(data):   
     114    '''uses numpy & masks - very fast even for proteins!
     115    '''
     116    import numpy.ma as ma
     117    cx,ct,cs,ci = data['Drawing']['atomPtrs']
     118    hydro = data['Drawing']['showHydrogen']
     119    atomData = data['Drawing']['Atoms']
     120    generalData = data['General']
     121    Amat,Bmat = G2lat.cell2AB(generalData['Cell'][1:7])
     122    radii = generalData['BondRadii']
     123    atomTypes = generalData['AtomTypes']
     124    try:
     125        indH = atomTypes.index('H')
     126        radii[indH] = 0.5
     127    except:
     128        pass           
     129    for atom in atomData:
     130        atom[-2] = []               #clear out old bonds/polyhedra
     131        atom[-1] = []
     132    Indx = range(len(atomData))
     133    Atoms = []
     134    Styles = []
     135    Radii = []
     136    for atom in atomData:
     137        Atoms.append(np.array(atom[cx:cx+3]))
     138        Styles.append(atom[cs])
     139        try:
     140            if not hydro and atom[ct] == 'H':
     141                Radii.append(0.0)
     142            else:
     143                Radii.append(radii[atomTypes.index(atom[ct])])
     144        except ValueError:          #changed atom type!
     145            Radii.append(0.20)
     146    Atoms = np.array(Atoms)
     147    Radii = np.array(Radii)
     148    IASR = zip(Indx,Atoms,Styles,Radii)
     149    for atomA in IASR:
     150        if atomA[2] in ['lines','sticks','ellipsoids','balls & sticks','polyhedra']:
     151            Dx = Atoms-atomA[1]
     152            dist = ma.masked_less(np.sqrt(np.sum(np.inner(Amat,Dx)**2,axis=0)),0.5) #gets rid of G2frame & disorder "bonds" < 0.5A
     153            sumR = atomA[3]+Radii
     154            IndB = ma.nonzero(ma.masked_greater(dist-data['Drawing']['radiusFactor']*sumR,0.))                 #get indices of bonded atoms
     155            i = atomA[0]
     156            for j in IndB[0]:
     157                if Styles[i] == 'polyhedra':
     158                    atomData[i][-2].append(np.inner(Amat,Dx[j]))
     159                elif Styles[j] != 'polyhedra' and j > i:
     160                    atomData[i][-2].append(Dx[j]*Radii[i]/sumR[j])
     161                    atomData[j][-2].append(-Dx[j]*Radii[j]/sumR[j])
     162            if Styles[i] == 'polyhedra':
     163                Bonds = atomData[i][-2]
     164                Faces = []
     165                if len(Bonds) > 2:
     166                    FaceGen = G2lat.uniqueCombinations(Bonds,3)     #N.B. this is a generator
     167                    for face in FaceGen:
     168                        vol = nl.det(face)
     169                        if abs(vol) > 1. or len(Bonds) == 3:
     170                            if vol < 0.:
     171                                face = [face[0],face[2],face[1]]
     172                            face = np.array(face)
     173                            if not np.array([np.array(nl.det(face-bond))+0.0001 < 0 for bond in Bonds]).any():
     174                                norm = np.cross(face[1]-face[0],face[2]-face[0])
     175                                norm /= np.sqrt(np.sum(norm**2))
     176                                Faces.append([face,norm])
     177                    atomData[i][-1] = Faces
     178                       
    80179def UpdatePhaseData(G2frame,Item,data,oldPage):
    81180    '''Create the data display window contents when a phase is clicked on
    … …  
    98197    def GetReflData(G2frame,phaseName,reflNames):
    99198        ReflData = {'RefList':[],'Type':''}
     199        if '' in reflNames:
     200            return None
    100201        for reflName in reflNames:
    101202            if 'PWDR' in reflName:
    … …  
    12091310                                atomData[r][c] = parms
    12101311                        if 'Atoms' in data['Drawing']:
    1211                             DrawAtomsReplaceByID(data['Drawing'],atomData[r],ID)
     1312                            DrawAtomsReplaceByID(data['Drawing'],ui+6,atomData[r],ID)
    12121313                    wx.CallAfter(Paint)
    12131314                   
    … …  
    12771378                    atomData[r][c] = atomData[r][c].replace(rbAtmDict.get(atomData[r][ci+8],''),'')
    12781379                if 'Atoms' in data['Drawing']:
    1279                     DrawAtomsReplaceByID(data['Drawing'],atomData[r],ID)
     1380                    DrawAtomsReplaceByID(data['Drawing'],ci+8,atomData[r],ID)
    12801381                wx.CallAfter(Paint)
    12811382
    … …  
    13001401                ID = atomData[r][ci+8]
    13011402                if 'Atoms' in data['Drawing']:
    1302                     DrawAtomsReplaceByID(data['Drawing'],atomData[r],ID)
     1403                    DrawAtomsReplaceByID(data['Drawing'],ci+8,atomData[r],ID)
    13031404                SetupGeneral()
    13041405            else:
    … …  
    16741775            FillAtomsGrid(Atoms)
    16751776            ID = atomData[indx[0]][ci+8]
    1676             DrawAtomsReplaceByID(data['Drawing'],atomData[indx[0]],ID)
     1777            DrawAtomsReplaceByID(data['Drawing'],ci+8,atomData[indx[0]],ID)
    16771778            G2plt.PlotStructure(G2frame,data)
    16781779        event.StopPropagation()
    16791780           
    1680     def DrawAtomsReplaceByID(drawingData,atom,ID):
     1781    def DrawAtomsReplaceByID(drawingData,loc,atom,ID):
    16811782        IDs = [ID,]
    16821783        atomData = drawingData['Atoms']
    1683         indx = G2mth.FindAtomIndexByIDs(atomData,IDs)
     1784        indx = G2mth.FindAtomIndexByIDs(atomData,loc,IDs)
    16841785        for ind in indx:
    16851786            atomData[ind] = MakeDrawAtom(atom,atomData[ind])
    … …  
    18181919                            for r in indx:
    18191920                                ID = atomData[r][ci+8]
    1820                                 DrawAtomsReplaceByID(data['Drawing'],atomData[r],ID)
     1921                                DrawAtomsReplaceByID(data['Drawing'],ci+8,atomData[r],ID)
    18211922                    FillAtomsGrid(Atoms)
    18221923                dlg.Destroy()
    … …  
    19042005                        XYZ = XYZ+cent+Cell
    19052006                        if Force:
    1906                             XYZ = G2spc.MoveToUnitCell(XYZ)
     2007                            XYZ,cell = G2spc.MoveToUnitCell(XYZ)
     2008                            Cell += cell
    19072009                        if New:
    19082010                            atom = copy.copy(atomData[ind])
    … …  
    26672769                            atomData[r][c] = parms
    26682770                            drawAtoms.SetCellValue(r,c,parms)
    2669                         FindBondsDraw()
     2771                        FindBondsDraw(data)
    26702772                        G2plt.PlotStructure(G2frame,data)
    26712773                    dlg.Destroy()
    … …  
    27092811                if drawAtoms.GetColLabelValue(c) in ['Style','Label']:
    27102812                    atomData[r][c] = drawAtoms.GetCellValue(r,c)
    2711                     FindBondsDraw()
     2813                    FindBondsDraw(data)
    27122814                elif drawAtoms.GetColLabelValue(c) == 'Color':
    27132815                    dlg = wx.ColourDialog(G2frame)
    … …  
    27732875            labelChoice = [' ','type','name','number','residue','1-letter','chain']
    27742876            Types[9] = wg.GRID_VALUE_CHOICE+": ,type,name,number,residue,1-letter,chain"
    2775 #        elif generalData['Type'] == 'modulated':
    2776 #            Types += []
    2777 #            colLabels += []
    27782877        table = []
    27792878        rowLabels = []
    … …  
    27822881            rowLabels.append(str(i))
    27832882
    2784         atomTable = G2G.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
    2785         drawAtoms.SetTable(atomTable, True)
     2883        G2frame.atomTable = G2G.Table(table,rowLabels=rowLabels,colLabels=colLabels,types=Types)
     2884        drawAtoms.SetTable(G2frame.atomTable, True)
    27862885        drawAtoms.SetMargins(0,0)
    27872886        drawAtoms.AutoSizeColumns(True)
    … …  
    28112910        G2frame.dataFrame.setSizePosLeft([600,300])
    28122911
    2813         FindBondsDraw()
     2912        FindBondsDraw(data)
    28142913        drawAtoms.ClearSelection()
    28152914#        G2plt.PlotStructure(G2frame,data)
    … …  
    28332932                    drawAtoms.SetCellValue(r,cs,parms)
    28342933            dlg.Destroy()
    2835             FindBondsDraw()
     2934            FindBondsDraw(data)
    28362935            drawAtoms.ClearSelection()
    28372936            G2plt.PlotStructure(G2frame,data)
    … …  
    29923091                        XYZ = XYZ+cent+Cell
    29933092                        if Force:
    2994                             XYZ = G2spc.MoveToUnitCell(XYZ)
     3093                            XYZ,cell = G2spc.MoveToUnitCell(XYZ)
     3094                            Cell += cell
    29953095                        atom = atomData[ind]
    29963096                        atom[cx:cx+3] = XYZ
    … …  
    30853185                            atom[cuij:cuij+6] = item[1]
    30863186                            Opp = G2spc.Opposite(item[0])
    3087                             for xyz in Opp:
    3088                                 if noDuplicate(xyz,atomData):
    3089                                     cell = np.asarray(np.rint(xyz-atom[cx:cx+3]),dtype=np.int32)
    3090                                     cell = '1'+'+'+ \
    3091                                         str(cell[0])+','+str(cell[1])+','+str(cell[2])
    3092                                     atom[cx:cx+3] = xyz
    3093                                     atom[cx+3] = G2spc.StringOpsProd(cell,atom[cx+3],SGData)
     3187                            for key in Opp:
     3188                                if noDuplicate(Opp[key],atomData):
     3189                                    unit = np.array([eval(i) for i in key.split(',')])-item[3]
     3190                                    cell = '%d+%d,%d,%d'%(item[2],unit[0],unit[1],unit[2])
     3191                                    atom[cx:cx+3] = Opp[key]
     3192                                    atom[cx+3] = cell
    30943193                                    atomData.append(atom[:])
    30953194                    else:
    … …  
    31013200                                +str(item[2][0])+','+str(item[2][1])+','+str(item[2][2])
    31023201                            Opp = G2spc.Opposite(item[0])
    3103                             for xyz in Opp:
    3104                                 if noDuplicate(xyz,atomData):
    3105                                     cell = np.asarray(np.rint(xyz-atom[cx:cx+3]),dtype=np.int32)
    3106                                     cell = '1'+'+'+ \
    3107                                         str(cell[0])+','+str(cell[1])+','+str(cell[2])
    3108                                     atom[cx:cx+3] = xyz
    3109                                     atom[cx+3] = G2spc.StringOpsProd(cell,atom[cx+3],SGData)
     3202                            for key in Opp:
     3203                                if noDuplicate(Opp[key],atomData):
     3204                                    unit = np.array([eval(i) for i in key.split(',')])-item[2]
     3205                                    cell = '%d+%d,%d,%d'%(item[1],unit[0],unit[1],unit[2])
     3206                                    atom[cx:cx+3] = Opp[key]
     3207                                    atom[cx+3] = cell
    31103208                                    atomData.append(atom[:])               
    31113209                    data['Drawing']['Atoms'] = atomData
    … …  
    31163214            G2plt.PlotStructure(G2frame,data)
    31173215           
    3118     def FindBondsToo():                         #works but slow for large structures - keep as reference
    3119         cx,ct,cs,ci = data['Drawing']['atomPtrs']
    3120         atomData = data['Drawing']['Atoms']
    3121         generalData = data['General']
    3122         Amat,Bmat = G2lat.cell2AB(generalData['Cell'][1:7])
    3123         radii = generalData['BondRadii']
    3124         atomTypes = generalData['AtomTypes']
    3125         try:
    3126             indH = atomTypes.index('H')
    3127             radii[indH] = 0.5
    3128         except:
    3129             pass           
    3130         for atom in atomData:
    3131             atom[-1] = []
    3132         Atoms = []
    3133         for i,atom in enumerate(atomData):
    3134             Atoms.append([i,np.array(atom[cx:cx+3]),atom[cs],radii[atomTypes.index(atom[ct])]])
    3135         for atomA in Atoms:
    3136             if atomA[2] in ['lines','sticks','ellipsoids','balls & sticks','polyhedra']:
    3137                 for atomB in Atoms:                   
    3138                     Dx = atomB[1]-atomA[1]
    3139                     DX = np.inner(Amat,Dx)
    3140                     dist = np.sqrt(np.sum(DX**2))
    3141                     sumR = atomA[3]+atomB[3]
    3142                     if 0.5 < dist <= 0.85*sumR:
    3143                         i = atomA[0]
    3144                         if atomA[2] == 'polyhedra':
    3145                             atomData[i][-1].append(DX)
    3146                         elif atomB[1] != 'polyhedra':
    3147                             j = atomB[0]
    3148                             atomData[i][-1].append(Dx*atomA[3]/sumR)
    3149                             atomData[j][-1].append(-Dx*atomB[3]/sumR)
    3150                    
    3151     def FindBondsDraw():                    #uses numpy & masks - very fast even for proteins!
    3152         import numpy.ma as ma
    3153         cx,ct,cs,ci = data['Drawing']['atomPtrs']
    3154         hydro = data['Drawing']['showHydrogen']
    3155         atomData = data['Drawing']['Atoms']
    3156         generalData = data['General']
    3157         Amat,Bmat = G2lat.cell2AB(generalData['Cell'][1:7])
    3158         radii = generalData['BondRadii']
    3159         atomTypes = generalData['AtomTypes']
    3160         try:
    3161             indH = atomTypes.index('H')
    3162             radii[indH] = 0.5
    3163         except:
    3164             pass           
    3165         for atom in atomData:
    3166             atom[-2] = []               #clear out old bonds/polyhedra
    3167             atom[-1] = []
    3168         Indx = range(len(atomData))
    3169         Atoms = []
    3170         Styles = []
    3171         Radii = []
    3172         for atom in atomData:
    3173             Atoms.append(np.array(atom[cx:cx+3]))
    3174             Styles.append(atom[cs])
    3175             try:
    3176                 if not hydro and atom[ct] == 'H':
    3177                     Radii.append(0.0)
    3178                 else:
    3179                     Radii.append(radii[atomTypes.index(atom[ct])])
    3180             except ValueError:          #changed atom type!
    3181                 Radii.append(0.20)
    3182         Atoms = np.array(Atoms)
    3183         Radii = np.array(Radii)
    3184         IASR = zip(Indx,Atoms,Styles,Radii)
    3185         for atomA in IASR:
    3186             if atomA[2] in ['lines','sticks','ellipsoids','balls & sticks','polyhedra']:
    3187                 Dx = Atoms-atomA[1]
    3188                 dist = ma.masked_less(np.sqrt(np.sum(np.inner(Amat,Dx)**2,axis=0)),0.5) #gets rid of G2frame & disorder "bonds" < 0.5A
    3189                 sumR = atomA[3]+Radii
    3190                 IndB = ma.nonzero(ma.masked_greater(dist-data['Drawing']['radiusFactor']*sumR,0.))                 #get indices of bonded atoms
    3191                 i = atomA[0]
    3192                 for j in IndB[0]:
    3193                     if Styles[i] == 'polyhedra':
    3194                         atomData[i][-2].append(np.inner(Amat,Dx[j]))
    3195                     elif Styles[j] != 'polyhedra' and j > i:
    3196                         atomData[i][-2].append(Dx[j]*Radii[i]/sumR[j])
    3197                         atomData[j][-2].append(-Dx[j]*Radii[j]/sumR[j])
    3198                 if Styles[i] == 'polyhedra':
    3199                     Bonds = atomData[i][-2]
    3200                     Faces = []
    3201                     if len(Bonds) > 2:
    3202                         FaceGen = G2lat.uniqueCombinations(Bonds,3)     #N.B. this is a generator
    3203                         for face in FaceGen:
    3204                             vol = nl.det(face)
    3205                             if abs(vol) > 1. or len(Bonds) == 3:
    3206                                 if vol < 0.:
    3207                                     face = [face[0],face[2],face[1]]
    3208                                 face = np.array(face)
    3209                                 if not np.array([np.array(nl.det(face-bond))+0.0001 < 0 for bond in Bonds]).any():
    3210                                     norm = np.cross(face[1]-face[0],face[2]-face[0])
    3211                                     norm /= np.sqrt(np.sum(norm**2))
    3212                                     Faces.append([face,norm])
    3213                         atomData[i][-1] = Faces
    3214                        
    32153216    def DrawAtomsDelete(event):   
    32163217        indx = drawAtoms.GetSelectedRows()
    … …  
    32273228       
    32283229    def OnReloadDrawAtoms(event):
    3229         data['Drawing']['Atoms'] = []
     3230        atomData = data['Atoms']
     3231        cx,ct,cs,ci = data['General']['AtomPtrs']
     3232        for atom in atomData:
     3233            ID = atom[ci+8]
     3234            DrawAtomsReplaceByID(data['Drawing'],ci+8,atom,ID)
    32303235        UpdateDrawAtoms()
    32313236        drawAtoms.ClearSelection()
    … …  
    32353240    def DrawAtomsDeleteByIDs(IDs):
    32363241        atomData = data['Drawing']['Atoms']
    3237         indx = G2mth.FindAtomIndexByIDs(atomData,IDs)
     3242        loc = data['Drawing']['atomPtrs'][3]+8
     3243        indx = G2mth.FindAtomIndexByIDs(atomData,loc,IDs)
    32383244        indx.reverse()
    32393245        for ind in indx:
    … …  
    32493255        elif colName == 'I/A':
    32503256            col = cs
    3251         indx = G2mth.FindAtomIndexByIDs(atomData,IDs)
     3257        indx = G2mth.FindAtomIndexByIDs(atomData,ci+8,IDs)
    32523258        for ind in indx:
    32533259            atomData[ind][col] = value
    … …  
    33163322            atom = atomDData[i]
    33173323            xyz.append([i,]+atom[cn:cn+2]+atom[cx:cx+4]) #also gets Sym Op
    3318             id = G2mth.FindAtomIndexByIDs(atomData,[atom[cid],],False)[0]
     3324            id = G2mth.FindAtomIndexByIDs(atomData,cid,[atom[cid],],False)[0]
    33193325            Oxyz.append([id,]+atomData[id][cx+1:cx+4])
    33203326        DATData['Datoms'] = xyz
    … …  
    35023508            def OnShowHyd(event):
    35033509                drawingData['showHydrogen'] = showHydrogen.GetValue()
    3504                 FindBondsDraw()
     3510                FindBondsDraw(data)
    35053511                G2plt.PlotStructure(G2frame,data)
    35063512               
    35073513            def OnShowRB(event):
    35083514                drawingData['showRigidBodies'] = showRB.GetValue()
    3509                 FindBondsDraw()
     3515                FindBondsDraw(data)
    35103516                G2plt.PlotStructure(G2frame,data)
    35113517               
    … …  
    36143620                drawingData['radiusFactor'] = value
    36153621                radFactor.SetValue("%.2f"%(value))
    3616                 FindBondsDraw()
     3622                FindBondsDraw(data)
    36173623                G2plt.PlotStructure(G2frame,data)
    36183624           

  • trunk/GSASIIplot.py

    r1944 r1951  
    42274227        SSGData = generalData['SSGData']
    42284228    Mydir = generalData['Mydir']
     4229    Super = generalData.get('Super',0)
    42294230    atomData = data['Atoms']
    42304231    mapPeaks = []
    … …  
    43354336
    43364337    def OnKey(event):           #on key UP!!
     4338        keyBox = False
    43374339        try:
    43384340            keyCode = event.GetKeyCode()
    … …  
    43414343            key = chr(keyCode)
    43424344        except AttributeError:       #if from OnKeyBox above
     4345            keyBox = True
    43434346            key = str(event.key).upper()
    43444347        indx = drawingData['selectedAtoms']
    … …  
    44094412            SetMapPeaksText(mapPeaks)
    44104413        elif key in ['+','-','=','0'] and generalData['Type'] in ['modulated','magnetic']:
     4414            if keyBox:
     4415                OnKeyPressed(event)
     4416        Draw('key')
     4417       
     4418    def OnKeyPressed(event):    #On key down for repeating operation - used to change tau...
     4419        try:
     4420            keyCode = event.GetKeyCode()
     4421            if keyCode > 255:
     4422                keyCode = 0
     4423            key = chr(keyCode)
     4424        except AttributeError:       #if from OnKeyBox above
     4425            key = str(event.key).upper()
     4426        if key in ['+','-','=','0'] and generalData['Type'] in ['modulated','magnetic']:
    44114427            if key == '0':
    44124428                G2frame.tau = 0.
    … …  
    44164432                G2frame.tau -= 0.05
    44174433            G2frame.tau %= 1.   #force 0-1 range
    4418         Draw('key')
     4434            G2frame.G2plotNB.status.SetStatusText('Modulation tau = %.2f'%(G2frame.tau),1)
     4435            data['Drawing']['Atoms'] = G2mth.ApplyModulation(data,G2frame.tau)     #modifies drawing atom array!         
     4436            SetDrawAtomsText(data['Drawing']['Atoms'])
     4437            G2phG.FindBondsDraw(data)           #rebuild bonds & polygons
     4438            Draw('key')
    44194439           
    44204440    def GetTruePosition(xy,Add=False):
    … …  
    45604580                    panel[names.index('grid window')].Refresh()
    45614581           
     4582    def SetDrawAtomsText(drawAtoms):
     4583        page = getSelection()
     4584        if page:
     4585            if G2frame.dataDisplay.GetPageText(page) == 'Draw Atoms':
     4586                table = G2frame.atomTable.GetData()
     4587                for i,atom in enumerate(drawAtoms):
     4588                    table[i][2:5] = atom[2:5]
     4589                G2frame.atomTable.SetData(table)
     4590                panel = G2frame.dataDisplay.GetPage(page).GetChildren()
     4591                names = [child.GetName() for child in panel]
     4592                try:
     4593                    panel[names.index('GridWindow')].Refresh()
     4594                except ValueError:  #different wx versions!
     4595                    panel[names.index('grid window')].Refresh()
     4596           
    45624597    def ClearSelectedAtoms():
    45634598        page = getSelection()
    … …  
    49805015            VP = np.array(drawingData['viewPoint'][0])-np.array([.5,.5,.5])
    49815016            contLevel = drawingData['contourLevel']*mapData['rhoMax']
    4982             if 'delt-F' in mapData['MapType'] or 'N' in mapData['Type']:
     5017            if 'delt-F' in mapData['MapType'] or 'N' in mapData.get('Type',''):
    49835018                rho = ma.array(mapData['rho'],mask=(np.abs(mapData['rho'])<contLevel))
    49845019            else:
    … …  
    52145249    Page.canvas.Bind(wx.EVT_MIDDLE_DOWN, OnMouseDown)
    52155250    Page.canvas.Bind(wx.EVT_KEY_UP, OnKey)
     5251    Page.canvas.Bind(wx.EVT_KEY_DOWN,OnKeyPressed)
    52165252    Page.canvas.Bind(wx.EVT_MOTION, OnMouseMove)
    52175253    Page.canvas.Bind(wx.EVT_SIZE, OnSize)

  • trunk/GSASIIspc.py

    r1950 r1951  
    10611061    :returns: XYZ - numpy array of new coordinates now 0 or greater and less than 1
    10621062    '''
    1063     XYZ = np.zeros(3)
    1064     for i,x in enumerate(xyz):
    1065         XYZ[i] = (x-int(x))%1.0
    1066     return XYZ
     1063    XYZ = np.array([(x-int(x))%1.0 for x in xyz])
     1064    cell = np.asarray(np.rint(xyz-XYZ),dtype=np.int32)
     1065    return XYZ,cell
    10671066       
    10681067def Opposite(XYZ,toler=0.0002):
    … …  
    10741073    :param toler: unit cell fraction tolerance making opposite
    10751074    :returns:
    1076         XYZ: array of opposite positions; always contains XYZ
     1075        XYZ: dict of opposite positions; key=unit cell & always contains XYZ
    10771076    '''
    10781077    perm3 = [[1,1,1],[0,1,1],[1,0,1],[1,1,0],[1,0,0],[0,1,0],[0,0,1],[0,0,0]]
    10791078    TB = np.where(abs(XYZ-1)<toler,-1,0)+np.where(abs(XYZ)<toler,1,0)
    10801079    perm = TB*perm3
    1081     cperm = ['%d%d%d'%(i,j,k) for i,j,k in perm]
     1080    cperm = ['%d,%d,%d'%(i,j,k) for i,j,k in perm]
    10821081    D = dict(zip(cperm,perm))
    1083     new = []
     1082    new = {}
    10841083    for key in D:
    1085         new.append(np.array(D[key])+np.array(XYZ))
     1084        new[key] = np.array(D[key])+np.array(XYZ)
    10861085    return new
    10871086       
    … …  
    11111110    Cell = []
    11121111    X = np.array(XYZ)
     1112    celli = np.zeros(3)
    11131113    if Move:
    1114         X = MoveToUnitCell(X)
     1114        X,celli = MoveToUnitCell(X)
    11151115    for ic,cen in enumerate(SGData['SGCen']):
    11161116        C = np.array(cen)
    … …  
    11261126                    XT = -XT
    11271127                XT += C
     1128                cell = np.zeros(3)
     1129                cellj = np.zeros(3)
    11281130                if Move:
    1129                     newX = MoveToUnitCell(XT)
     1131                    newX,cellj = MoveToUnitCell(XT)
    11301132                else:
    11311133                    newX = XT
    1132                 cell = np.asarray(np.rint(newX-XT),dtype=np.int32)
     1134                cell += (celli+cellj)
    11331135                if All:
    11341136                    if np.allclose(newX,X,atol=0.0002):
    … …  
    24112413    else:
    24122414        cellA = np.zeros(3)
    2413     newX = (1-2*iC)*(Cen+np.inner(M,X)+T)+cellA
     2415    newX = Cen+(1-2*iC)*(np.inner(M,X)+T)+cellA
    24142416    if len(Uij):
    24152417        U = Uij2U(Uij)
    … …  
    34423444                for cen in spc['SGCen']:
    34433445                    noff = off + cen
    3444                     noff = MoveToUnitCell(noff)
     3446                    noff = MoveToUnitCell(noff)[0]
    34453447                    mult = tuple((op*inv).ravel().tolist())
    34463448                    if debug: print "\n%s: %s + %s" % (spcname,mult,noff)
    … …  
    34523454                        # check the translation
    34533455                        reftrans = list(refop[-3:])
    3454                         reftrans = MoveToUnitCell(reftrans)
     3456                        reftrans = MoveToUnitCell(reftrans)[0]
    34553457                        if all(abs(noff - reftrans) < 1.e-5):
    34563458                            cctbx.remove(refop)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.