Changeset 1939


Ignore:
Timestamp:
Jul 21, 2015 10:11:25 AM (7 years ago)
Author:
vondreele
Message:

change atom naming conventions - remove '()' and H atoms are numbered from attachment atom.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r1938 r1939  
    15921592                    Neigh.append(neigh)
    15931593            if Neigh:
     1594                letters = ['A','B','C']
    15941595                HydIds = {}
    15951596                mapError = False
     
    16071608                        Hxyz,HU = G2mth.AddHydrogens(AtLookUp,generalData,atomData,AddHydIds[ineigh])
    16081609                        for iX,X in enumerate(Hxyz):
    1609                             AtomInsert(loc+iX,X[0],X[1],X[2],'H','H(%d)'%(Nat))
     1610                            AtomInsert(loc+iX,X[0],X[1],X[2],'H','H%s'%(neigh[0][1:]+letters[iX]))
    16101611                            data['Atoms'][loc+iX][cia+1] = HU[iX]
    16111612                            Id = data['Atoms'][loc+iX][cia+8]
     
    16131614                            Nat += 1
    16141615                            AtLookUp = G2mth.FillAtomLookUp(atomData,cia+8)
    1615                             print Id,HydIds[Id]
    16161616                if mapError:
    16171617                    G2frame.ErrorDialog('Add H atom error','Adding O-H atoms requires delt-F map')
     
    18051805                                atomData[r][cid] = El
    18061806                                if len(El) in [2,4]:
    1807                                     atomData[r][cid-1] = El[:2]+'(%d)'%(r+1)
     1807                                    atomData[r][cid-1] = El[:2]+'%d'%(r+1)
    18081808                                else:
    1809                                     atomData[r][cid-1] = El[:1]+'(%d)'%(r+1)
     1809                                    atomData[r][cid-1] = El[:1]+'%d'%(r+1)
    18101810                        SetupGeneral()
    18111811                        if 'Atoms' in data['Drawing']:
     
    18251825                                El = atomData[r][cid+1]
    18261826                                if len(El) in [2,4]:
    1827                                     atomData[r][cid] = El[:2]+'(%d)'%(r+1)
     1827                                    atomData[r][cid] = El[:2]+'%d'%(r+1)
    18281828                                else:
    1829                                     atomData[r][cid] = El[:1]+'(%d)'%(r+1)
     1829                                    atomData[r][cid] = El[:1]+'%d'%(r+1)
    18301830                    FillAtomsGrid(Atoms)
    18311831                finally:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.