Changeset 1883


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Timestamp:
Jun 8, 2015 1:26:43 PM (7 years ago)
Author:
vondreele
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revise cif importer to handle atoms without type. Atom name is stripped of numbers, '+' & '-'. Warning message changed.

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  • trunk/imports/G2phase_CIF.py

    r1762 r1883  
    174174                atomkeys = [i.lower() for i in atomloop.keys()]
    175175                if not blk.get('_atom_site_type_symbol'):
    176                     self.isodistort_warnings += '\nlack of atom types prevents ISODISTORT processing'
     176                    self.isodistort_warnings += '\natom types are missing. \n Check & revise atom types as needed'
    177177                if blk.get('_atom_site_aniso_label'):
    178178                    anisoloop = blk.GetLoop('_atom_site_aniso_label')
     
    213213                            atomlist[10] =cif.get_number_with_esd(val)[0]
    214214                    if not atomlist[1] and atomlist[0]:
    215                         for i in range(2,0,-1):
    216                             typ = atomlist[0].strip()[:i]
    217                             if G2elem.CheckElement(typ):
    218                                 atomlist[1] = typ
    219                             if not atomlist[1]: atomlist[1] = 'Xe'
     215                        typ = atomlist[0].rstrip('0123456789-+')
     216                        if G2elem.CheckElement(typ):
     217                            atomlist[1] = typ
     218                        if not atomlist[1]: atomlist[1] = 'Xe'
    220219                    ulbl = '_atom_site_aniso_label'
    221220                    if  atomlist[9] == 'A' and atomlist[0] in blk.get(ulbl):
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.