Changeset 1792


Ignore:
Timestamp:
Apr 17, 2015 11:50:01 AM (8 years ago)
Author:
vondreele
Message:

remove Exceptions from seqRefine; now returns & makes Message dialog
make histograms go in order of tree items not random dict order
make sph. harm. stuff work on arrays of hkl - speed up of texture calculations
implement selected copy for Data parameters (phase fraction, etc.)

Location:
trunk
Files:
7 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASII.py

    r1791 r1792  
    35653565        dlg.CenterOnParent()
    35663566        try:
    3567             G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
     3567            OK,Msg = G2stMn.SeqRefine(self.GSASprojectfile,dlg)
    35683568        finally:
    35693569            dlg.Update(101.) # forces the Auto_Hide; needed after move w/Win & wx3.0
    35703570            dlg.Destroy()
    35713571            wx.Yield()
    3572         dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
    3573         try:
    3574             if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    3575                 Id = 0
    3576                 self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
    3577                 if self.HKL: self.HKL = []
    3578                 if self.G2plotNB.plotList:
    3579                     self.G2plotNB.clear()
    3580                 G2IO.ProjFileOpen(self)
    3581                 Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
    3582                 self.PatternTree.SelectItem(Id)
    3583 
    3584         finally:
    3585             dlg.Destroy()
     3572        if OK:
     3573            dlg = wx.MessageDialog(self,'Load new result?','Refinement results',wx.OK|wx.CANCEL)
     3574            try:
     3575                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     3576                    Id = 0
     3577                    self.PatternTree.DeleteChildren(self.root)
     3578                    if self.HKL: self.HKL = []
     3579                    if self.G2plotNB.plotList:
     3580                        self.G2plotNB.clear()
     3581                    G2IO.ProjFileOpen(self)
     3582                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(self,self.root,'Sequential results')
     3583                    self.PatternTree.SelectItem(Id)
     3584   
     3585            finally:
     3586                dlg.Destroy()
     3587        else:
     3588            self.ErrorDialog('Sequential refinement error',Msg)
    35863589       
    35873590    def ErrorDialog(self,title,message,parent=None, wtype=wx.OK):

  • trunk/GSASIIddataGUI.py

    r1789 r1792  
    5959    '''
    6060    G2frame.dataFrame.SetStatusText('')
     61    keyList = G2frame.GetHistogramNames(['PWDR','HKLF'])
    6162    UseList = data['Histograms']
    6263    if UseList:
    … …  
    6970    PhaseName = generalData['Name']       
    7071    SGData = generalData['SGData']
    71     keyList = UseList.keys()
    72     keyList.sort()
    7372    if not hist and len(keyList):
    7473        hist = keyList[0]

  • trunk/GSASIIlattice.py

    r1773 r1792  
    970970    Laue = SGData['SGLaue']
    971971    Naxis = SGData['SGUniq']
    972     DH = np.inner(H,np.inner(G,H))
     972    if len(H.shape) == 1:
     973        DH = np.inner(H,np.inner(G,H))
     974    else:
     975        DH = np.array([np.inner(h,np.inner(G,h)) for h in H])
    973976    if Laue == '2/m':
    974977        if Naxis == 'a':
    … …  
    984987        DR = np.inner(H4,np.inner(G,H4))
    985988        DHR = np.inner(H,np.inner(G,H4))
    986        
    987989    else:
    988990        DR = np.inner(H3,np.inner(G,H3))
    … …  
    991993    phi = np.where(DHR <= 1.0,acosd(DHR),0.0)
    992994    if Laue == '-1':
    993         BA = H[1]*a/(b-H[0]*cosd(ga))
    994         BB = H[0]*sind(ga)**2
     995        BA = H.T[1]*a/(b-H.T[0]*cosd(ga))
     996        BB = H.T[0]*sind(ga)**2
    995997    elif Laue == '2/m':
    996998        if Naxis == 'a':
    997             BA = H[2]*b/(c-H[1]*cosd(al))
    998             BB = H[1]*sind(al)**2
     999            BA = H.T[2]*b/(c-H.T[1]*cosd(al))
     1000            BB = H.T[1]*sind(al)**2
    9991001        elif Naxis == 'b':
    1000             BA = H[0]*c/(a-H[2]*cosd(be))
    1001             BB = H[2]*sind(be)**2
     1002            BA = H.T[0]*c/(a-H.T[2]*cosd(be))
     1003            BB = H.T[2]*sind(be)**2
    10021004        else:
    1003             BA = H[1]*a/(b-H[0]*cosd(ga))
    1004             BB = H[0]*sind(ga)**2
     1005            BA = H.T[1]*a/(b-H.T[0]*cosd(ga))
     1006            BB = H.T[0]*sind(ga)**2
    10051007    elif Laue in ['mmm','4/m','4/mmm']:
    1006         BA = H[1]*a
    1007         BB = H[0]*b
    1008    
     1008        BA = H.T[1]*a
     1009        BB = H.T[0]*b
    10091010    elif Laue in ['3R','3mR']:
    1010         BA = H[0]+H[1]-2.0*H[2]
    1011         BB = SQ3*(H[0]-H[1])
     1011        BA = H.T[0]+H.T[1]-2.0*H.T[2]
     1012        BB = SQ3*(H.T[0]-H.T[1])
    10121013    elif Laue in ['m3','m3m']:
    1013         BA = H[1]
    1014         BB = H[0]
     1014        BA = H.T[1]
     1015        BB = H.T[0]
    10151016    else:
    1016         BA = H[0]+2.0*H[1]
    1017         BB = SQ3*H[0]
     1017        BA = H.T[0]+2.0*H.T[1]
     1018        BB = SQ3*H.T[0]
    10181019    beta = atan2d(BA,BB)
    10191020    return phi,beta
    … …  
    10621063   
    10631064    BD = 1.0-BC**2
    1064     if BD > 1.e-6:
    1065         C = rpd/math.sqrt(BD)
    1066     else:
    1067         C = 0.
     1065    C = np.where(BD>1.e-6,rpd/np.sqrt(BD),0.)
    10681066    dPSdA = [-C*(-BC1*SSomeg*SCchi-BC2*SSomeg*SSchi-BC3*SComeg),
    10691067        -C*(-BC1*SComeg*SSchi+BC2*SComeg*SCchi),
    … …  
    10841082    dBBdF = BC1*SComeg-BC3*SSomeg*SCchi
    10851083   
    1086     if BD > 1.e-6:
    1087         dGMdA = [(BA*dBBdO-BB*dBAdO)/BD,(BA*dBBdC-BB*dBAdC)/BD,(BA*dBBdF-BB*dBAdF)/BD]
    1088     else:
    1089         dGMdA = [0.0,0.0,0.0]
    1090 
     1084    dGMdA = np.where(BD > 1.e-6,[(BA*dBBdO-BB*dBAdO)/BD,(BA*dBBdC-BB*dBAdC)/BD, \
     1085        (BA*dBBdF-BB*dBAdF)/BD],[np.zeros_like(BD),np.zeros_like(BD),np.zeros_like(BD)])
    10911086       
    10921087    return psi,gam,dPSdA,dGMdA
    … …  
    11341129    import pytexture as ptx
    11351130    if SGLaue in ['m3','m3m']:
    1136         Kcl = 0.0
     1131        if phi.shape:
     1132            Kcl = np.zeros_like(phi)
     1133        else:
     1134            Kcl = 0.
    11371135        for j in range(0,L+1,4):
    11381136            im = j/4+1
    1139             pcrs,dum = ptx.pyplmpsi(L,j,1,phi)
     1137            if phi.shape:
     1138                pcrs = np.array([ptx.pyplmpsi(L,j,1,p)[0] for p in phi]).flatten()
     1139            else:
     1140                pcrs,dum = ptx.pyplmpsi(L,j,1,phi)
    11401141            Kcl += BOH['L='+str(L)][N-1][im-1]*pcrs*cosd(j*beta)       
    11411142    else:
    1142         pcrs,dum = ptx.pyplmpsi(L,N,1,phi)
     1143        if phi.shape:
     1144            pcrs = np.array([ptx.pyplmpsi(L,N,1,p)[0] for p in phi]).flatten()
     1145        else:
     1146            pcrs,dum = ptx.pyplmpsi(L,N,1,phi)
    11431147        pcrs *= RSQ2PI
    11441148        if N:
    … …  
    11591163    'needs doc string'
    11601164    import pytexture as ptx
    1161     psrs,dpdps = ptx.pyplmpsi(L,M,1,psi)
     1165    if psi.shape:
     1166        psrs = np.array([ptx.pyplmpsi(L,M,1,p) for p in psi])
     1167        psrs,dpdps = np.reshape(psrs.flatten(),(-1,2)).T
     1168    else:
     1169        psrs,dpdps = ptx.pyplmpsi(L,M,1,psi)
    11621170    psrs *= RSQ2PI
    11631171    dpdps *= RSQ2PI

  • trunk/GSASIImath.py

    r1790 r1792  
    15891589        out += ("e{:d}").format(valoff) # add an exponent, when needed
    15901590    return out
     1591   
    15911592################################################################################
    15921593##### Texture fitting stuff
    15931594################################################################################
    15941595
    1595 def FitTexture(General,Gangls,refData):
     1596def FitTexture(General,Gangls,refData,keyList):
     1597    import pytexture as ptx
     1598    ptx.pyqlmninit()            #initialize fortran arrays for spherical harmonics
    15961599   
    15971600    def printSpHarm(textureData,SHtextureSig):
    … …  
    16701673        return Mat
    16711674       
     1675    def errSpHarm2(values,SGData,cell,Gangls,shModel,refData,parmDict,varyList):
     1676        parmDict.update(zip(varyList,values))
     1677        Mat = np.empty(0)
     1678        Sangls = [parmDict['Sample '+'omega'],parmDict['Sample '+'chi'],parmDict['Sample '+'phi']]
     1679        for hist in Gangls.keys():
     1680            Refs = refData[hist]
     1681#            wt = np.sqrt(ref[4])
     1682            wt = 1.
     1683            Refs[:,6] = 1.
     1684            H = Refs[:,:3]
     1685            phi,beta = G2lat.CrsAng(H,cell,SGData)
     1686            psi,gam,x,x = G2lat.SamAng(Refs[:,3]/2.,Gangls[hist],Sangls,False) #assume not Bragg-Brentano!
     1687            for item in parmDict:
     1688                if 'C' in item:
     1689                    L,M,N = eval(item.strip('C'))
     1690                    Kcl = G2lat.GetKcl(L,N,SGData['SGLaue'],phi,beta)
     1691                    Ksl,x,x = G2lat.GetKsl(L,M,shModel,psi,gam)
     1692                    Lnorm = G2lat.Lnorm(L)
     1693                    Refs[:,6] += parmDict[item]*Lnorm*Kcl*Ksl
     1694            mat = wt*(Refs[:,5]-Refs[:,6])
     1695            Mat = np.concatenate((Mat,mat))
     1696        return Mat
     1697       
    16721698    def dervSpHarm(values,SGData,cell,Gangls,shModel,refData,parmDict,varyList):
    16731699        Mat = np.empty(0)
    … …  
    17171743        begin = time.time()
    17181744        values =  np.array(Dict2Values(parmDict, varyList))
    1719         result = so.leastsq(errSpHarm,values,Dfun=dervSpHarm,full_output=True,
     1745        result = so.leastsq(errSpHarm2,values,Dfun=dervSpHarm,full_output=True,
    17201746            args=(SGData,cell,Gangls,Texture['Model'],refData,parmDict,varyList))
    17211747        ncyc = int(result[2]['nfev']/2)
    … …  
    17391765            break
    17401766   
    1741     for hist in refData:
     1767    for hist in keyList:
    17421768        print ' Texture corrections for '+hist
    17431769        for ref in refData[hist]:

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r1790 r1792  
    38083808        UseList = data['Histograms']
    38093809        hist = DData.G2hist
     3810        keyList = G2frame.GetHistogramNames(hist[:4])
    38103811        sourceDict = UseList[hist]
    38113812        if 'HKLF' in sourceDict['Histogram']:
    … …  
    38163817        for name in copyNames:
    38173818            copyDict[name] = copy.deepcopy(sourceDict[name])        #force copy
    3818         keyList = sorted(UseList.keys())
    38193819        if UseList:
    38203820            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Copy parameters',
    3821                 'Copy parameters to which histograms?',
    3822                 keyList)
     3821                'Copy parameters to which histograms?',keyList)
    38233822            try:
    38243823                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    … …  
    38603859                for bab in babNames:
    38613860                    copyDict[name][bab] = sourceDict[name][bab][1]                       
    3862         keyList = sorted(UseList.keys())
     3861        keyList = G2frame.GetHistogramNames(hist[:4])
    38633862        if UseList:
    38643863            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Copy parameters',
    … …  
    38953894            finally:
    38963895                dlg.Destroy()
    3897                
    38983896       
    38993897    def OnSelDataCopy(event):
    3900         hst = G2frame.PatternTree.GetItemText(G2frame.PatternId)
    3901         histList = GetHistsLikeSelected(G2frame)
    3902         if not histList:
    3903             G2frame.ErrorDialog('No match','No histograms match '+hst,G2frame.dataFrame)
    3904             return
    3905 #        # Assemble a list of item labels
    3906 #        TextTable = {key:label for key,label,dig in
    3907 #                     SetupSampleLabels(hst,data.get('Type'),Inst['Type'][0])
    3908 #                     }
    3909 #        # get flexible labels
    3910 #        TextTable.update({
    3911 #            key:Controls[key] for key in Controls if key.startswith('FreePrm')
    3912 #            })
    3913 #        # add a few extra
    3914 #        TextTable.update({
    3915 #            'Type':'Diffractometer type',
    3916 #            'InstrName':'Instrument Name',
    3917 #            })
    3918 #        # Assemble a list of dict entries that would be labeled in the Sample
    3919 #        # params data window (drop ranId and items not used).
    3920 #        keyList = [i for i in data.keys() if i in TextTable]
    3921 #        keyText = [TextTable[i] for i in keyList]
    3922 #        # sort both lists together, ordered by keyText
    3923 #        keyText, keyList = zip(*sorted(zip(keyText,keyList))) # sort lists
    3924 #        selectedKeys = []
    3925 #        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(
    3926 #            G2frame.dataFrame,
    3927 #            'Select which sample parameters\nto copy',
    3928 #            'Select sample parameters', keyText)
    3929 #        try:
    3930 #            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    3931 #                selectedKeys = [keyList[i] for i in dlg.GetSelections()]
    3932 #        finally:
    3933 #            dlg.Destroy()
    3934 #        if not selectedKeys: return # nothing to copy
    3935 #        copyDict = {}
    3936 #        for parm in selectedKeys:
    3937 #            copyDict[parm] = data[parm]
    3938 #        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(
    3939 #            G2frame.dataFrame,
    3940 #            'Copy sample params from\n'+str(hst[5:])+' to...',
    3941 #            'Copy sample parameters', histList)
    3942 #        try:
    3943 #            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
    3944 #                result = dlg.GetSelections()
    3945 #                for i in result:
    3946 #                    item = histList[i]
    3947 #                    Id = G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,G2frame.root,item)
    3948 #                    sampleData = G2frame.PatternTree.GetItemPyData(G2gd.GetPatternTreeItemId(G2frame,Id,'Sample Parameters'))
    3949 #                    sampleData.update(copy.deepcopy(copyDict))
    3950 #        finally:
    3951 #            dlg.Destroy()           
    3952         G2plt.PlotPatterns(G2frame,plotType='SASD',newPlot=False)
     3898        UseList = data['Histograms']
     3899        hist = DData.G2hist
     3900        keyList = G2frame.GetHistogramNames(hist[:4])
     3901        sourceDict = UseList[hist]
     3902        copyDict = {}
     3903        if 'HKLF' in sourceDict['Histogram']:
     3904            copyNames = ['Scale','Extinction','Babinet']
     3905        else:  #PWDR 
     3906            copyNames = ['Scale','Pref.Ori.','Size','Mustrain','HStrain','Extinction','Babinet']
     3907        dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame,'Select which parameters to copy',
     3908            'Select phase data parameters', copyNames)
     3909        try:
     3910            if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     3911                selectedItems = [copyNames[i] for i in dlg.GetSelections()]
     3912        finally:
     3913            dlg.Destroy()
     3914        if not selectedItems: return # nothing to copy
     3915        copyDict = {}
     3916        for parm in selectedItems:
     3917            copyDict[parm] = copy.deepcopy(sourceDict[parm])
     3918        if UseList:
     3919            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame.dataFrame, 'Copy parameters',
     3920                    'Copy parameters to which histograms?',keyList)
     3921            try:
     3922                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     3923                    for sel in dlg.GetSelections():
     3924                        UseList[keyList[sel]].update(copy.deepcopy(copyDict))
     3925            finally:
     3926                dlg.Destroy()           
    39533927
    39543928       
    … …  
    59265900        phaseName = General['Name']
    59275901        Histograms = data['Histograms']
     5902        keyList = G2frame.GetHistogramNames('PWDR')
    59285903        histNames = []
    59295904        refData = {}
    59305905        Gangls = {}
    5931         for name in Histograms.keys():
     5906        for name in keyList:
    59325907            if 'PWDR' in name:
    59335908                im = 0
    … …  
    59475922                else:   # xray - typical caked 2D image data
    59485923                    refData[name] = np.column_stack((Refs[0],Refs[1],Refs[2],Refs[5+im],Refs[8+im],Refs[12+im+it],np.zeros_like(Refs[0])))
    5949         Error = G2mth.FitTexture(General,Gangls,refData)
     5924        Error = G2mth.FitTexture(General,Gangls,refData,keyList)
    59505925        if Error:
    59515926            wx.MessageBox(Error,caption='Fit Texture Error',style=wx.ICON_EXCLAMATION)

  • trunk/GSASIIstrMain.py

    r1782 r1792  
    4242   
    4343ateln2 = 8.0*math.log(2.0)
    44 DEBUG = False
     44DEBUG = True
    4545
    4646def RefineCore(Controls,Histograms,Phases,restraintDict,rigidbodyDict,parmDict,varyList,
    … …  
    246246        print ' *** ERROR - you have no phases to refine! ***'
    247247        print ' *** Refine aborted ***'
    248         raise Exception
     248        return False,'No phases'
    249249    if not Histograms:
    250250        print ' *** ERROR - you have no data to refine with! ***'
    251251        print ' *** Refine aborted ***'
    252         raise Exception
     252        return False,'No data'
    253253    rigidbodyDict = G2stIO.GetRigidBodies(GPXfile)
    254254    rbIds = rigidbodyDict.get('RBIds',{'Vector':[],'Residue':[]})
    … …  
    259259            print '**** WARNING - lattice parameters should not be refined in a sequential refinement ****'
    260260            print '****           instead use the Dij parameters for each powder histogram            ****'
     261            return False,'Lattice parameter refinement error - see console message'
     262        if '::C(' in item:
     263            print '**** WARNING - phase texture parameters should not be refined in a sequential refinement ****'
     264            print '****           instead use the C(L,N) parameters for each powder histogram               ****'
     265            return False,'Phase texture refinement error - see console message'
    261266    if 'Seq Data' in Controls:
    262267        histNames = Controls['Seq Data']
    … …  
    319324            #print 'Errors',errmsg
    320325            #if warnmsg: print 'Warnings',warnmsg
    321             raise Exception(' *** Refine aborted ***')
     326            return False,' Constraint error'
    322327        #print G2mv.VarRemapShow(varyList)
    323328        if not ihst:
    … …  
    368373                line += 'none'
    369374            print line
    370             raise Exception
     375            return False,line
    371376       
    372377        ifPrint = False
    … …  
    419424    print ' Sequential refinement results are in file: '+ospath.splitext(GPXfile)[0]+'.lst'
    420425    print ' ***** Sequential refinement successful *****'
     426    return True,'Success'
    421427
    422428def RetDistAngle(DisAglCtls,DisAglData):

  • trunk/GSASIIstrMath.py

    r1791 r1792  
    12751275    for item in SHnames:
    12761276        L,N = eval(item.strip('C'))
     1277#        Kcl = G2lat.GetKcl(L,N,SGData['SGLaue'],phi,beta)
     1278#        Ksl,x,x = G2lat.GetKsl(L,0,'0',psi,gam)
     1279#        Lnorm = G2lat.Lnorm(L)
     1280#        odfCor += parmDict[phfx+item]*Lnorm*Kcl*Ksl
    12771281        Kcsl,Lnorm = G2lat.GetKclKsl(L,N,SGData['SGLaue'],psi,phi,beta)
    12781282        odfCor += parmDict[phfx+item]*Lnorm*Kcsl
    … …  
    13011305    for item in SHnames:
    13021306        L,N = eval(item.strip('C'))
     1307#        Kcl = G2lat.GetKcl(L,N,SGData['SGLaue'],phi,beta)
     1308#        Ksl,x,x = G2lat.GetKsl(L,0,'0',psi,gam)
     1309#        Lnorm = G2lat.Lnorm(L)
     1310#        odfCor += parmDict[phfx+item]*Lnorm*Kcl*Ksl
     1311#        dFdODF[phfx+item] = Kcl*Ksl*Lnorm
    13031312        Kcsl,Lnorm = G2lat.GetKclKsl(L,N,SGData['SGLaue'],psi,phi,beta)
    13041313        odfCor += parmDict[phfx+item]*Lnorm*Kcsl
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.