Changeset 1773


Ignore:
Timestamp:
Apr 2, 2015 10:56:59 AM (7 years ago)
Author:
vondreele
Message:

provide sig,gam & FWHM in export of PWDR reflection set as csv & txt files
add penalty fxn stuff for sph. harm. preferred orientation correction
allow editing of ODF coeff.
fix reading of fcf files

Location:
trunk
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASII.py

    r1770 r1773  
    106106    elif 'P' in dType:
    107107        return {'Histogram':histoName,'Show':False,'Scale':[1.0,False],
    108             'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{}],
     108            'Pref.Ori.':['MD',1.0,False,[0,0,1],0,{},[],0.1],
    109109            'Size':['isotropic',[1.,1.,1.],[False,False,False],[0,0,1],
    110110                [1.,1.,1.,0.,0.,0.],6*[False,]],

  • trunk/GSASIIddataGUI.py

    r1772 r1773  
    473473                newPOCoef[cofName] = POCoeff[cofName]
    474474        return newPOCoef
    475    
     475       
    476476    def OnExtRef(event):
    477477        Obj = event.GetEventObject()
    … …  
    740740       
    741741    def SHDataSizer(POData):
     742       
     743        def OnODFValue(event):
     744            Obj = event.GetEventObject()
     745            odf = ODFIndx[Obj.GetId()]
     746            try:
     747                value = float(Obj.GetValue())
     748                POData[5][odf] = value
     749            except ValueError:
     750                pass
     751            Obj.SetValue('%8.3f'%(POData[5][odf]))
     752            G2plt.PlotSizeStrainPO(G2frame,data,hist)
     753   
    742754        textJ = G2lat.textureIndex(POData[5])
    743755        mainSizer.Add(wx.StaticText(DData,-1,' Spherical harmonic coefficients: '+'Texture index: %.3f'%(textJ)),0,WACV)
    … …  
    751763            ODFval = wx.TextCtrl(DData,wx.ID_ANY,'%8.3f'%(POData[5][odf]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
    752764            ODFIndx[ODFval.GetId()] = odf
    753 #             ODFval.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnODFValue)
    754 #             ODFval.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnODFValue)
     765            ODFval.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnODFValue)
     766            ODFval.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnODFValue)
    755767            ODFSizer.Add(ODFval,0,WACV)
    756768        return ODFSizer
     769       
     770    def SHPenalty(POData):
     771       
     772        def OnHKLList(event):
     773            dlg = G2G.G2MultiChoiceDialog(G2frame, 'Select penalty hkls',
     774                'Penalty hkls',hkls,filterBox=False)
     775            try:
     776                if dlg.ShowModal() == wx.ID_OK:
     777                    POData[6] = [hkls[i] for i in dlg.GetSelections()]
     778                else:
     779                    return
     780            finally:
     781                dlg.Destroy()
     782            wx.CallLater(100,UpdateDData,G2frame,DData,data)
     783           
     784        def OnshToler(event):
     785            try:
     786                value = float(shToler.GetValue())
     787                POData[7] = value
     788            except ValueError:
     789                pass
     790            shToler.SetValue('%.2f'%(POData[7]))
     791       
     792        A = G2lat.cell2A(generalData['Cell'][1:7])
     793        hkls = G2lat.GenPfHKLs(10,SGData,A)   
     794        shPenalty = wx.BoxSizer(wx.HORIZONTAL)
     795        shPenalty.Add(wx.StaticText(DData,-1,' Negative MRD penalty list: '),0,WACV)
     796        shPenalty.Add(wx.ComboBox(DData,value=POData[6][0],choices=POData[6],
     797            style=wx.CB_DROPDOWN),0,WACV)
     798        hklList = wx.Button(DData,label='Select penalty hkls')
     799        hklList.Bind(wx.EVT_BUTTON,OnHKLList)
     800        shPenalty.Add(hklList,0,WACV)
     801        shPenalty.Add(wx.StaticText(DData,-1,' Zero MRD tolerance: '),0,WACV)
     802        shToler = wx.TextCtrl(DData,-1,'%.2f'%(POData[7]),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
     803        shToler.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnshToler)
     804        shToler.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnshToler)
     805        shPenalty.Add(shToler,0,WACV)
     806        return shPenalty   
    757807       
    758808    def ExtSizer():           
    … …  
    9751025            poSizer = wx.BoxSizer(wx.VERTICAL)
    9761026            POData = UseList[hist]['Pref.Ori.']
     1027# patch - add penalty items
     1028            if len(POData) < 7:
     1029                POData.append([''])
     1030                POData.append(0.1)
     1031# end patch
    9771032            poSizer.Add(PoTopSizer(POData))
    9781033            if POData[0] == 'MD':
    … …  
    9811036                if POData[4]:       #SH order > 0
    9821037                    poSizer.Add(SHDataSizer(POData))
     1038                    poSizer.Add(SHPenalty(POData))
    9831039                   
    9841040            mainSizer.Add(poSizer)

  • trunk/GSASIIlattice.py

    r1766 r1773  
    862862                            HKL.append([h,k,l,1/math.sqrt(rdsq)])
    863863    return sortHKLd(HKL,True,True)
     864   
     865def GenPfHKLs(nMax,SGData,A):   
     866    """Generate the unique pole figure reflections for a lattice and Bravais type.
     867    Min d-spacing=1.0A & no more than nMax returned
     868   
     869    :param nMax: maximum number of hkls returned
     870    :param SGData: space group dictionary with at least
     871   
     872        * 'SGLaue': Laue group symbol: one of '-1','2/m','mmm','4/m','6/m','4/mmm','6/mmm', '3m1', '31m', '3', '3R', '3mR', 'm3', 'm3m'
     873        * 'SGLatt': lattice centering: one of 'P','A','B','C','I','F'
     874        * 'SGUniq': code for unique monoclinic axis one of 'a','b','c' (only if 'SGLaue' is '2/m') otherwise an empty string
     875       
     876    :param A: reciprocal metric tensor elements as [G11,G22,G33,2*G12,2*G13,2*G23]
     877    :return: HKL = list of 'h k l' strings sorted with largest d first; no duplicate zones
     878           
     879    """
     880    HKL = np.array(GenHLaue(1.0,SGData,A)).T[:3].T     #strip d-spacings
     881    N = min(nMax,len(HKL))
     882    return ['%d %d %d'%(h[0],h[1],h[2]) for h in HKL[:N]]       
     883       
    864884
    865885def GenSSHLaue(dmin,SGData,SSGData,Vec,maxH,A):

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r1772 r1773  
    57725772                           
    57735773    def OnTextureRefine(event):
    5774         print 'refine texture?'
     5774        print 'refine texture maybe from C[i,j] in seq. result? not yet'
    57755775        event.Skip()       
    57765776           
    57775777    def OnTextureClear(event):
    5778         print 'clear texture?'
     5778        print 'clear texture? - does nothing'
    57795779        event.Skip()
    57805780

  • trunk/GSASIIstrIO.py

    r1771 r1773  
    20712071                    controlDict[pfx+'SHord'] = hapData['Pref.Ori.'][4]
    20722072                    controlDict[pfx+'SHncof'] = len(hapData['Pref.Ori.'][5])
     2073                    controlDict[pfx+'SHhkl'] = [eval(a.replace(' ',',')) for a in hapData['Pref.Ori.'][6]]
     2074                    controlDict[pfx+'SHtoler'] = hapData['Pref.Ori.'][7]
    20732075                    for item in hapData['Pref.Ori.'][5]:
    20742076                        hapDict[pfx+item] = hapData['Pref.Ori.'][5][item]
    … …  
    21192121                    else: #'SH' for spherical harmonics
    21202122                        PrintSHPO(hapData['Pref.Ori.'])
     2123                        print >>pFile,' Penalty hkl list: '+str(controlDict[pfx+'SHhkl'])+' tolerance: %.2f'%(controlDict[pfx+'SHtoler'])
    21212124                    PrintSize(hapData['Size'])
    21222125                    PrintMuStrain(hapData['Mustrain'],SGData)

  • trunk/exports/G2export_csv.py

    r1762 r1773  
    2424import GSASIIobj as G2obj
    2525import GSASIImath as G2mth
     26import GSASIIpwd as G2pwd
    2627
    2728def WriteList(obj,headerItems):
    … …  
    248249            tname = {'T':'TOF','C':'2-theta'}[phasDict['Type'][2]]
    249250            if phasDict.get('Super',False):
    250                 WriteList(self,("h","k","l","m",tname,"F_obs","F_calc","phase","mult","phase #"))
    251                 fmt = "{:.0f},{:.0f},{:.0f},{:.0f},{:.3f},{:.3f},{:.3f},{:.2f},{:.0f},{:d}"
     251                WriteList(self,("h","k","l","m",tname,"F_obs","F_calc","phase","mult","sig","gam","FWHM","phase #"))
     252                fmt = "{:.0f},{:.0f},{:.0f},{:.0f},{:.3f},{:.3f},{:.3f},{:.2f},{:.0f},{:.3f},{:.3f},{:.3f},{:d}"
    252253                refList = phasDict['RefList']
    253254                for refItem in refList:
    254255                    h,k,l,m,mult,dsp,pos,sig,gam,Fobs,Fcalc,phase,Icorr = refItem[:13]
    255                     self.Write(fmt.format(h,k,l,m,pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,i))               
     256                    FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
     257                    self.Write(fmt.format(h,k,l,m,pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,sig,gam,FWHM,i))               
    256258            else:
    257                 WriteList(self,("h","k","l",tname,"F_obs","F_calc","phase","mult","phase #"))
    258                 fmt = "{:.0f},{:.0f},{:.0f},{:.3f},{:.3f},{:.3f},{:.2f},{:.0f},{:d}"
     259                WriteList(self,("h","k","l",tname,"F_obs","F_calc","phase","mult","sig","gam","FWHM","phase #"))
     260                fmt = "{:.0f},{:.0f},{:.0f},{:.3f},{:.3f},{:.3f},{:.2f},{:.0f},{:.3f},{:.3f},{:.3f},{:d}"
    259261                refList = phasDict['RefList']
    260262                for refItem in refList:
    261263                    h,k,l,mult,dsp,pos,sig,gam,Fobs,Fcalc,phase,Icorr = refItem[:12]
    262                     self.Write(fmt.format(h,k,l,pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,i))
     264                    FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
     265                    self.Write(fmt.format(h,k,l,pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,sig,gam,FWHM,i))
    263266        self.CloseFile()
    264267        print(str(hist)+'reflections written to file '+str(self.fullpath))

  • trunk/exports/G2export_examples.py

    r1762 r1773  
    2828#import GSASIIstrIO as G2stIO
    2929import GSASIImath as G2mth
     30import GSASIIpwd as G2pwd
    3031#import GSASIIlattice as G2lat
    3132#import GSASIIspc as G2spc
    … …  
    192193            tname = {'T':'TOF','C':'2-theta'}[phasDict['Type'][2]]
    193194            self.Write('\nPhase '+str(phasenam))
    194             self.Write(80*'=')
    195195            if phasDict.get('Super',False):
     196                self.Write(87*'=')
    196197                hklfmt = "{:.0f},{:.0f},{:.0f},{:.0f}"
    197                 hfmt = "{:>8s} {:>8s} {:>12s} {:>12s} {:>7s} {:>6s}"
    198                 fmt = "{:>8s} {:8.3f} {:12.3f} {:12.3f} {:7.2f} {:6.0f}"
    199                 self.Write(hfmt.format("h,k,l,m",tname,"F_obs","F_calc","phase","mult"))
    200                 self.Write(80*'=')
     198                hfmt = "{:>10s} {:>8s} {:>12s} {:>12s} {:>7s} {:>6s} {:>8s} {:>8s} {:>8s}"
     199                fmt = "{:>10s} {:8.3f} {:12.3f} {:12.3f} {:7.2f} {:6.0f} {:8.3f} {:8.3f} {:8.3f}"
     200                self.Write(hfmt.format("h,k,l,m",tname,"F_obs","F_calc","phase","mult","sig","gam","FWHM"))
     201                self.Write(87*'=')
    201202                refList = phasDict['RefList']
    202203                for refItem in refList:
    203204                    h,k,l,m,mult,dsp,pos,sig,gam,Fobs,Fcalc,phase = refItem[:12]
    204                     self.Write(fmt.format(hklfmt.format(h,k,l,m),pos,Fobs,Fcalc,phase,mult))
     205                    FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
     206                    self.Write(fmt.format(hklfmt.format(h,k,l,m),pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,sig,gam,FWHM))
    205207            else:
     208                self.Write(85*'=')
    206209                hklfmt = "{:.0f},{:.0f},{:.0f}"
    207                 hfmt = "{:>8s} {:>8s} {:>12s} {:>12s} {:>7s} {:>6s}"
    208                 fmt = "{:>8s} {:8.3f} {:12.3f} {:12.3f} {:7.2f} {:6.0f}"
    209                 self.Write(hfmt.format("h,k,l",tname,"F_obs","F_calc","phase","mult"))
    210                 self.Write(80*'=')
     210                hfmt = "{:>8s} {:>8s} {:>12s} {:>12s} {:>7s} {:>6s} {:>8s} {:>8s} {:>8s}"
     211                fmt = "{:>8s} {:8.3f} {:12.3f} {:12.3f} {:7.2f} {:6.0f} {:8.3f} {:8.3f} {:8.3f}"
     212                self.Write(hfmt.format("h,k,l",tname,"F_obs","F_calc","phase","mult","sig","gam","FWHM"))
     213                self.Write(85*'=')
    211214                refList = phasDict['RefList']
    212215                for refItem in refList:
    213216                    h,k,l,mult,dsp,pos,sig,gam,Fobs,Fcalc,phase = refItem[:11]
    214                     self.Write(fmt.format(hklfmt.format(h,k,l),pos,Fobs,Fcalc,phase,mult))
     217                    FWHM = G2pwd.getgamFW(gam,sig)
     218                    self.Write(fmt.format(hklfmt.format(h,k,l),pos,Fobs,Fcalc,phase,mult,sig,gam,FWHM))
    215219        self.CloseFile()
    216220        print(str(hist)+'reflections written to file '+str(self.fullpath))                       

  • trunk/imports/G2sfact_CIF.py

    r1762 r1773  
    113113                im = 0
    114114                for i in range(2):
     115                    if hklitems[i][3] in blkkeys:   #Super lattice reflections h,k,l,m
     116                        im = 1
    115117                    if hklitems[i][0] in blkkeys and hklitems[i][1] in blkkeys and hklitems[i][2] in blkkeys:
    116118                        dnIndex = i
    117                         if hklitems[i][3] in blkkeys:   #Super lattice reflections h,k,l,m
    118                             im = 1
    119119                        break
    120120                else:
    … …  
    216216                if dn in itemkeys:
    217217                    F2dn = dn
    218                     for dn in F2calcnames:
    219                         if dn in itemkeys:
    220                             F2cdn = dn
     218                    for dm in F2calcnames:
     219                        if dm in itemkeys:
     220                            F2cdn = dm
    221221                            FcalcPresent = True
    222222                            break
    223                     for dn in F2signames:
    224                         if dn in itemkeys:
    225                             F2sdn = dn
     223                    for dm in F2signames:
     224                        if dm in itemkeys:
     225                            F2sdn = dm
    226226                            break
    227227                    break
    … …  
    230230                    if dn in itemkeys:
    231231                        Fdn = dn
    232                         for dn in Fcalcnames:
    233                             if dn in itemkeys:
    234                                 Fcdn = dn
     232                        for dm in Fcalcnames:
     233                            if dm in itemkeys:
     234                                Fcdn = dm
    235235                                FcalcPresent = True
    236236                                break
    237                         for dn in Fsignames:
    238                             if dn in itemkeys:
    239                                 Fsdn = dn
     237                        for dm in Fsignames:
     238                            if dm in itemkeys:
     239                                Fsdn = dm
    240240                                break
    241241                        break
    … …  
    258258                HKL = []
    259259                try:
    260                     for i in hklitems[dnIndex]: # '_refln[._]index_[hkl]'
     260                    for i in hklitems[dnIndex][:3+im]: # '_refln[._]index_[hkl]'
    261261                        num = itemkeys.get(i)
    262262                        try:
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.