Changeset 1611


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Dec 17, 2014 1:51:16 PM (8 years ago)
Author:
vondreele
Message:

revision to GSASII.BAT - new citation for small angle
allow super space groups not in list to be entered
work on SS symmetry constraints
complete mmm symmetry SS operations
correct some monoclinic SS choices

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trunk
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  • trunk/GSASII.BAT

    r1603 r1611  
    77@echo                            Please cite:
    88@echo      B.H. Toby and R.B. Von Dreele, J. Appl. Cryst. 46, 544-549 (2013)
     9@echo                   for small angle use also cite:
     10@echo      R.B. Von Dreele, J. Appl. Cryst. 47, 1784-9 (2014)
    911@echo ========================================================================
    1012@
     
    1416@set gsasloc=%gsasloc:\\*=\*%
    1517@set gsasloc=%gsasloc:\*=\%
    16 D:\Python27\python "%gsasloc%\GSASII.py" %1
     18@rem one can use a specific reference to a python via, e.g.:
     19@set pythonloc=%D:\Python27\python%
     20%pythonloc% "%gsasloc%\GSASII.py" %1
    1721@REM To keep the window from disappearing with any error messages
    1822pause
  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r1610 r1611  
    620620            SSChoice = G2spc.ssdict.get(generalData['SGData']['SpGrp'],[])
    621621            if SSChoice:
    622                 superGp = wx.ComboBox(General,value=generalData['SuperSg'],choices=SSChoice,style=wx.CB_READONLY|wx.CB_DROPDOWN)
     622                superGp = wx.ComboBox(General,value=generalData['SuperSg'],choices=SSChoice,style=wx.CB_DROPDOWN)   #wx.CB_READONLY|
    623623                superGp.Bind(wx.EVT_COMBOBOX,OnSuperGp)
     624                superGp.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnSuperGp)
    624625            else:   #nonstandard space group symbol not in my dictionary
    625626                superGp = wx.TextCtrl(General,value=generalData['SuperSg'],style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
     
    20082009            return atomSizer
    20092010           
    2010         def WaveSizer(waveBlk,Stype,typeName,Names):
     2011        def WaveSizer(waveBlk,Stype,typeName,Names,waveCSI):
    20112012           
    20122013            def OnAddWave(event):
     
    20532054                for iwave,wave in enumerate(waveBlk):
    20542055                    for ival,val in enumerate(wave[0]):
    2055                         waveVal = wx.TextCtrl(waveData,value='%.4f'%(val),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
    2056                         waveVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnWaveVal)
    2057                         waveVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnWaveVal)
    2058                         Indx[waveVal.GetId()] = [iatm,Stype,iwave,ival]
     2056                        if waveCSI[0][ival] < 0:
     2057                            waveVal = wx.TextCtrl(waveData,value='%.4f'%(val),style=wx.TE_READONLY)
     2058                            waveVal.SetBackgroundColour(VERY_LIGHT_GREY)
     2059                        else:
     2060                            waveVal = wx.TextCtrl(waveData,value='%.4f'%(val),style=wx.TE_PROCESS_ENTER)
     2061                            waveVal.Bind(wx.EVT_TEXT_ENTER,OnWaveVal)
     2062                            waveVal.Bind(wx.EVT_KILL_FOCUS,OnWaveVal)
     2063                            Indx[waveVal.GetId()] = [iatm,Stype,iwave,ival]
    20592064                        Waves.Add(waveVal,0,WACV)
    20602065                        if len(wave[0]) > 6 and ival == 5:
     
    21012106        G2frame.dataFrame.SetStatusText('')
    21022107        generalData = data['General']
     2108        SGData = generalData['SGData']
     2109        SSGData = generalData['SSGData']
    21032110        cx,ct,cs,cia = generalData['AtomPtrs']
    21042111        atomData = data['Atoms']
     
    21192126            mainSizer.Add(MapSizer(),0,WACV)           
    21202127            for iatm,atom in enumerate(atomData):
     2128                xyz = atom[cx:cx+3]
     2129                uij = atom[cia+2:cia+8]
     2130                CSI = G2spc.GetSSfxuinel(xyz,uij,SGData,SSGData)
    21212131                for SS in ['SS1',]:  #future SS2 & SS3 - I doubt it!
    21222132                    G2gd.HorizontalLine(mainSizer,waveData)
     
    21252135                        if generalData['Type'] == 'modulated' and Stype == 'Smag':
    21262136                            break
    2127                         mainSizer.Add(WaveSizer(atom[-1][SS][Stype],Stype,typeNames[Stype],Labels[Stype]))
     2137                        mainSizer.Add(WaveSizer(atom[-1][SS][Stype],Stype,typeNames[Stype],Labels[Stype],CSI[Stype]))
    21282138                       
    21292139        SetPhaseWindow(G2frame.dataFrame,waveData,mainSizer)
     
    26372647                        XYZ = XYZ+cent+Cell
    26382648                        if Force:
    2639                             XYZ = G2spc.MoveToUnitCell(XYZ)
     2649                            XYZ %= 1.       #G2spc.MoveToUnitCell(XYZ)
    26402650                        if noDuplicate(XYZ,atomData):
    26412651                            atom = copy.copy(atomData[ind])
     
    26472657                            if atom[cuia] == 'A':
    26482658                                Uij = atom[cuij:cuij+6]
    2649                                 U = G2spc.Uij2U(Uij)
    2650                                 U = np.inner(np.inner(M,U),M)
    2651                                 Uij = G2spc.U2Uij(U)
     2659                                Uij = G2spc.U2Uij(np.inner(np.inner(M,G2spc.Uij2U(Uij)),M))
    26522660                                atom[cuij:cuij+6] = Uij
    26532661                            atomData.append(atom)
  • trunk/GSASIIspc.py

    r1606 r1611  
    2222import sys
    2323import os.path as ospath
     24import config
    2425
    2526import GSASIIpath
     
    603604                E,SSGOps = extendSSGOps(SSGOps)
    604605                if not E:
    605                     return E,SSGOps
    606                
     606                    return E,SSGOps               
    607607# tetragonal - all done & checked
    608608        elif SGData['SGPtGrp'] == '4':  #OK
     
    727727        return E,SSGOps
    728728       
    729     def specialGen(gensym):
     729    def specialGen(gensym,modsym):
    730730        sym = ''.join(gensym)
    731731        if SGData['SGPtGrp'] in ['2/m',] and 'n' in SGData['SpGrp']:
     
    741741            elif sym == 's00':
    742742                gensym = 's0s'
     743        elif SGData['SGPtGrp'] in ['mmm',]:
     744            if 'g' in modsym:
     745                if sym == 's00':
     746                    gensym = 's0s'
     747                elif sym == '0s0':
     748                    gensym = '0ss'
     749            elif 'a' in modsym:
     750                if sym == '0s0':
     751                    gensym = 'ss0'
     752                elif sym == '00s':
     753                    gensym = 's0s'
     754            elif 'b' in modsym:
     755                if sym == '00s':
     756                    gensym = '0ss'
     757                elif sym == 's00':
     758                    gensym = 'ss0'
    743759        return gensym
    744760                   
     
    842858    if not checkGen(gensym):
    843859        return 'Generator '+''.join(gensym)+' not consistent with space group '+SGData['SpGrp'],None
    844     gensym = specialGen(gensym)
     860    gensym = specialGen(gensym,modsym)
    845861    genQ = [Fracs[mod] for mod in gensym]
    846862    if not genQ:
     
    862878    if E:
    863879        SSGData['SSGOps'] = Result
    864 #        print SSGData['SSpGrp']
    865 #        for Op in Result:
    866 #            print SSMT2text(Op).replace(' ','')                                 
     880        if config.debug:
     881            print 'Super spacegroup operators for '+SSGData['SSpGrp']
     882            for Op in Result:
     883                print SSMT2text(Op).replace(' ','')
     884            if SGData['SGInv']:                                 
     885                for Op in Result:
     886                    Op = [-Op[0],-Op[1]%1.]
     887                    print SSMT2text(Op).replace(' ','')                                 
    867888        return None,SSGData
    868889    else:
     
    14001421    indx = GetNXUPQsym(siteSym)
    14011422    return CSuinel[indx[1]]
     1423   
     1424def GetSSfxuinel(XYZ,UIJ,SGData,SSGData):
     1425    CSI = {'Sfrac':[[0,1],[1.,1.]],'Spos':[[0,1,2, 0,1,2],[1.,1.,1., 1.,1.,1.]],    #sin & cos
     1426        'Sadp':[[0,1,2,3,4,5, 0,1,2,3,4,5],[1.,1.,1.,1.,1.,1., 1.,1.,1.,1.,1.,1.]],
     1427        'Smag':[[0,1,2, 0,1,2],[1.,1.,1., 1.,1.,1.]]}
     1428    deltx = np.eye((3))*.001
     1429    deltu = np.eye((6))*.0001
     1430    xyz = np.array(XYZ)%1.
     1431    uij = np.array(UIJ)
     1432    SGOps = SGData['SGOps']
     1433    SSGOps = SSGData['SSGOps']
     1434    ssop = SSGOps[0]
     1435    sop = SGOps[0]
     1436    for iop,Op in enumerate(SGOps):
     1437        nxyz = (np.inner(Op[0],xyz)+Op[1])%1.
     1438        if SGData['SGInv'] and np.allclose(xyz,-nxyz%1.,1.e-6):
     1439            ssop = SSGOps[iop]
     1440            ssop = [-ssop[0],-ssop[1]%1.]
     1441            sop = [-Op[0],-Op[1]%1.]
     1442            break
     1443        elif np.allclose(xyz,nxyz,1.e-6) and iop:
     1444            ssop = SSGOps[iop]
     1445            sop = SGOps[iop]
     1446            break
     1447    siteSym = SytSym(XYZ,SGData)[0].strip().split('(')[0]
     1448    OpText =  MT2text(sop).replace(' ','')
     1449    SSOptext = SSMT2text(ssop).replace(' ','')
     1450    if siteSym == '1':   #"1" site symmetry
     1451        return CSI
     1452    elif siteSym == '-1':   #"-1" site symmetry
     1453        CSI['Spos'][0] = [0,1,2, -1,-1,-1]
     1454        CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,-1,-1,-1, 0,1,2,3,4,5,]
     1455        return CSI       
     1456    print siteSym[0],OpText,SSOptext   
     1457    UniqAx = {'a':'a','b':'b','c':'g'}
     1458    if SGData['SGLaue'] == '2/m':
     1459        if UniqAx[SGData['SGUniq']] in SSGData['modSymb']:   #e.g. (0b0)
     1460            if 's' in SSGData['SSpGrp'].split('(')[1]:
     1461                if siteSym == 'm':
     1462                    CSI['Spos'][0] = [0,-1,1, -1,1,-1]
     1463                    CSI['Sadp'][0] = [0,1,2,-1,3,-1, -1,-1,-1,4,-1,5]
     1464                elif siteSym == '2/m':
     1465                    CSI['Spos'][0] = [0,-1,1, -1,-1,-1]
     1466                    CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,-1,-1,-1, -1,-1,-1,0,-1,1]
     1467                elif siteSym == '2':
     1468                    CSI['Spos'][0] = [0,-1,1, 2,-1,3]               
     1469                    CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,0,-1,1, -1,-1,-1,2,-1,3]
     1470            elif '1/2' in SSGData['modSymb']:    #e.g. (0b1/2)
     1471                if siteSym == 'm':
     1472                    CSI['Spos'][0] = [-1,-1,-1, -1,-1,-1]
     1473                    CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,-1,-1,-1, -1,-1,-1,-1,-1,-1]
     1474                elif siteSym == '2/m':
     1475                    CSI['Spos'][0] = [0,-1,1, -1,-1,-1]
     1476                    CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,-1,-1,-1, 0,1,2,-1,3,-1]
     1477                elif siteSym == '2':
     1478                    CSI['Spos'][0] = [0,-1,1, 2,-1,3]
     1479                    CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,0,-1,1, -1,-1,-1,2,-1,3]
     1480            else:
     1481                if siteSym == 'm':
     1482                    CSI['Spos'][0] = [-1,0,-1, 1,-1,2]
     1483                    CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,0,-1,1, 2,3,4,-1,5,-1]
     1484                elif siteSym == '2/m':
     1485                    CSI['Spos'][0] = [-1,0,-1, -1,-1,-1]
     1486                    CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,-1,-1,-1, 0,1,2,-1,3,-1]
     1487                elif siteSym == '2':
     1488                    CSI['Spos'][0] = [-1,0,-1, -1,1,-1]
     1489                    CSI['Sadp'][0] = [0,1,2,-1,3,-1, 4,5,6,-1,7,-1]
     1490           
     1491        else:   #e.g. (a0g)
     1492            if 's' in SSGData['SSpGrp'].split('(')[1]:
     1493                if siteSym == 'm':
     1494                    CSI['Spos'][0] = [-1,0,-1, -1,1,-1]
     1495                    CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,0,-1,1, -1,-1,-1,2,-1,3]
     1496                elif siteSym == '2/m':
     1497                    CSI['Spos'][0] = [-1,0,-1, -1,-1,-1]
     1498                    CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,-1,-1,-1, -1,-1,-1,0,-1,1]
     1499                elif siteSym == '2':
     1500                    CSI['Spos'][0] = [-1,0,-1, 1,-1,2]
     1501                    CSI['Sadp'][0] = [0,1,2,-1,3,-1, -1,-1,-1,4,-1,5]
     1502            else:
     1503                if siteSym == 'm':
     1504                    CSI['Spos'][0] = [0,-1,1, 2,-1,3]
     1505                    CSI['Sadp'][0] = [0,1,2,-1,3,-1, 4,5,6,-1,7,-1]
     1506                elif siteSym == '2/m':
     1507                    CSI['Spos'][0] = [0,-1,1, -1,-1,-1]
     1508                    CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,-1,-1,-1, 0,1,2,-1,3,-1]
     1509                elif siteSym == '2':
     1510                    CSI['Spos'][0] = [0,-1,1, -1,2,-1]
     1511                    CSI['Sadp'][0] = [-1,-1,-1,0,-1,1, 2,3,4,-1,5,-1]
     1512        Sx = CSI['Spos'][0]
     1513        Su = CSI['Sadp'][0]
     1514        if SGData['SGUniq'] == 'a':
     1515            CSI['Spos'][0] = [Sx[1],Sx[2],Sx[0], Sx[4],Sx[5],Sx[3]]
     1516            CSI['Sadp'][0] = [Su[1],Sx[2],Sx[0],Su[4],Su[5],Su[3], Su[7],Su[8],Su[6],Su[10],Su[11],Su[9]]
     1517        elif SGData['SGUniq'] == 'c':
     1518            CSI['Spos'][0] = [Sx[2],Sx[0],Sx[1], Sx[5],Sx[3],Sx[4]]
     1519            CSI['Sadp'][0] = [Su[2],Su[0],Su[1],Su[5],Su[3],Su[4], Su[8],Su[6],Su[7],Su[11],Su[9],Su[10]]
     1520#        return CSI
     1521#    elif SGData['SGLaue'] == 'mmm':
     1522#    elif SGData['SGLaue'] in ['4/m','4/mmm']:
     1523#    elif SGData['SGLaue'] in ['3','3m1','31m']:
     1524#    elif SGData['SGLaue'] in ['6/m','6/mmm']:
     1525#       
     1526    xsin = np.zeros(3)
     1527    xcos = np.zeros(3)
     1528    usin = np.zeros(6)
     1529    ucos = np.zeros(6)
     1530    for i,idelt in enumerate(deltx):
     1531        nxyz = (np.inner(sop[0],(xyz+idelt))+sop[1])%1.
     1532        xcos[i] = np.allclose((xyz+idelt)%1.,nxyz,1.e-6)
     1533        xsin[i] = np.allclose((xyz-idelt)%1.,nxyz,1.e-6)
     1534    print CSI['Spos'][0]
     1535    print xsin,xcos
     1536    for i,idelt in enumerate(deltu):
     1537        nuij = U2Uij(np.inner(sop[0],np.inner(Uij2U(uij+idelt),sop[0])))
     1538        ucos[i] = np.allclose((uij+idelt),nuij,1.e-6)
     1539        usin[i] = np.allclose((uij-idelt),nuij,1.e-6)
     1540    print CSI['Sadp'][0]
     1541    print usin,ucos
     1542    return CSI
    14021543   
    14031544def MustrainNames(SGData):
     
    19042045#monoclinic - done
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    1908     'P 21':['(a0g)','(0b0)','(0b0)s','(1/2b0)','(1/2b0)s','(0b1/2)','(0b1/2)s',],
     2049    'P 21':['(a0g)','(0b0)','(1/2b0)','(0b1/2)',],
    19092050#5
    1910     'C 2':['(a0g)','(0b0)','(0b0)s','(0b1/2)','(0b1/2)s',],
     2051    'C 2':['(a0g)','(0b0)','(0b0)s','(0b1/2)',],
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     2053    'P m':['(a0g)','(a0g)s','(a1/2g)','(0b0)','(1/2b0)','(0b1/2)',],
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    19212062    'C n':['(a0g)','(a0g)s','(0b0)',],
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    19442080#orthorhombic
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Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.