Changeset 1530


Ignore:
Timestamp:
Oct 21, 2014 8:20:34 AM (9 years ago)
Author:
vondreele
Message:

supersymmetry modifications & revise space group display/print to give better formatted columns of operators

Location:
trunk
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/GSASIIphsGUI.py

    r1529 r1530  
    129129                generalData['AtomPtrs'] = [6,4,10,12]
    130130        if generalData['Type'] in ['modulated','magnetic',] and 'Super' not in generalData:
    131             generalData['SuperSg'] = '(abg)'
    132131            generalData['Super'] = 1
    133132            generalData['SuperVec'] = [[[0,0,.1],False,4],[[0,0,.1],False,4],[[0.,0.,.1],False,4]]
    … …  
    203202        # UpdateGeneral execution continues below
    204203       
    205         def NameSizer():                   
     204        def NameSizer():   
     205           
     206            def SetDefaultSSsymbol():
     207                if generalData['SGData']['SGLaue'] in '-1':
     208                    return '(abg)'
     209                elif generalData['SGData']['SGLaue'] in ['2/m']:
     210                    if generalData['SGData']['SGUniq'] == 'a':
     211                        return '(a00)'
     212                    elif generalData['SGData']['SGUniq'] == 'b':
     213                        return '(0b0)'
     214                    elif generalData['SGData']['SGUniq'] == 'c':
     215                        return '(00g)'
     216                else:
     217                    return '(00g)'
     218                               
    206219            def OnPhaseName(event):
    207220                oldName = generalData['Name']
    … …  
    215228                if not len(generalData['AtomTypes']):             #can change only if no atoms!
    216229                    generalData['Type'] = TypeTxt.GetValue()
     230                    if generalData['Type'] in ['modulated',]:
     231                        generalData['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
    217232                    wx.CallAfter(UpdateGeneral)
    218233                else:
    … …  
    234249                    msg = 'Space Group Error'
    235250                    Style = wx.ICON_EXCLAMATION
     251                    Text = '\n'.join(text)
     252                    wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
    236253                else:
    237254                    text,table = G2spc.SGPrint(SGData)
    238255                    generalData['SGData'] = SGData
    239256                    msg = 'Space Group Information'
    240                     Style = wx.ICON_INFORMATION
    241                 G2gd.SGMessageBox(General,msg,text,table).Show()
     257                    G2gd.SGMessageBox(General,msg,text,table).Show()
     258                if generalData['Type'] in ['modulated',]:
     259                    generalData['SuperSg'] = SetDefaultSSsymbol()
    242260                wx.CallAfter(UpdateGeneral)
    243261               
    … …  
    513531                SSymbol = superGp.GetValue()
    514532                E,SSGData = G2spc.SSpcGroup(generalData['SGData'],SSymbol)
    515                 if E:
     533                if SSGData:
     534                    Vec = generalData['SuperVec'][0][0]     #(3+1) only
     535                    generalData['SuperVec'][0][0] = G2spc.SSGModCheck(Vec,SSGData)
     536                    text,table = G2spc.SSGPrint(generalData['SGData'],SSGData)
     537                    generalData['SSGData'] = SSGData
     538                    generalData['SuperSg'] = SSymbol
     539                    msg = 'Superspace Group Information'
     540                    G2gd.SGMessageBox(General,msg,text,table).Show()
     541                else:
    516542                    text = [E+'\nSuperspace Group set to previous']
    517543                    superGp.SetValue(generalData['SuperSg'])
    518544                    msg = 'Superspace Group Error'
    519545                    Style = wx.ICON_EXCLAMATION
    520                 else:
    521                     Vec = generalData['SuperVec'][0][0]     #(3+1) only
    522                     Vec = G2spc.SSGModCheck(Vec,SSGData)
    523                     generalData['SuperVec'][0][0] = Vec
    524                     text,table = G2spc.SSGPrint(generalData['SGData'],SSGData)
    525                     generalData['SSGData'] = SSGData
    526                     generalData['SuperSg'] = SSymbol
    527                     msg = 'Superspace Group Information'
    528                     Style = wx.ICON_INFORMATION
    529                 G2gd.SGMessageBox(General,msg,text,table).Show()
     546                    Text = '\n'.join(text)
     547                    wx.MessageBox(Text,caption=msg,style=Style)
    530548                wx.CallAfter(UpdateGeneral)               
    531549           

  • trunk/GSASIIspc.py

    r1529 r1530  
    298298        SGText.append(' The lattice is '+CentStr+' '+'primitive '+SGData['SGSys'].lower())
    299299    SGText.append(' The Laue symmetry is '+SGData['SGLaue'])
    300     SGText.append(' The lattice point group is '+SGData['SGPtGrp'])
     300    if 'SGPtGrp' in SGData:         #patch
     301        SGText.append(' The lattice point group is '+SGData['SGPtGrp'])
    301302    SGText.append(' Multiplicity of a general site is '+str(Mult))
    302303    if SGData['SGUniq'] in ['a','b','c']:
    … …  
    305306        SGText.append(' The inversion center is located at 0,0,0')
    306307    if SGData['SGPolax']:
    307         SGText.append(' The location of the origin is arbitrary in '+SGData['SGPolax']+'\n')
     308        SGText.append(' The location of the origin is arbitrary in '+SGData['SGPolax'])
     309    SGText.append(' ')
    308310    if SGData['SGLatt'] == 'P':
    309311        SGText.append(' The equivalent positions are:\n')
    … …  
    312314        SGText.append(' ('+Latt2text(SGData['SGLatt'])+')+\n')
    313315    SGTable = []
    314     for i,[M,T] in enumerate(SGData['SGOps']):
    315         SGTable.append('(%2d) %s'%(i+1,MT2text(M,T)))
     316    for i,Opr in enumerate(SGData['SGOps']):
     317        SGTable.append('(%2d) %s'%(i+1,MT2text(Opr)))
    316318    return SGText,SGTable
    317319
    … …  
    359361                        Tprime[i] += -1
    360362                        offset[i] += -1
    361                 OPtxt = MT2text(mult*M,Tprime)
     363                Opr = [mult*M,Tprime]
     364                OPtxt = MT2text(Opr)
    362365                SGTextList.append(OPtxt.replace(' ',''))
    363366                offsetList.append(tuple(offset))
    … …  
    366369    return SGTextList,offsetList,symOpList,G2oprList
    367370   
    368 def MT2text(M,T):
     371def MT2text(Opr):
    369372    "From space group matrix/translation operator returns text version"
    370373    XYZ = ('-Z','-Y','-X','X-Y','ERR','Y-X','X','Y','Z')
    371374    TRA = ('   ','ERR','1/6','1/4','1/3','ERR','1/2','ERR','2/3','3/4','5/6','ERR')
    372375    Fld = ''
     376    M,T = Opr
    373377    for j in range(3):
    374378        IJ = int(round(2*M[j][0]+3*M[j][1]+4*M[j][2]+4))%12
    … …  
    544548        SSGOps = SSGData['SSGOps']
    545549        SSGKl = SGData['SSGKl']
     550        print 'genQ',genQ
     551        print 'SSGKl',SSGKl
    546552        iFrac = {}
    547553        for i,frac in enumerate(SSGData['modSymb']):
    548554            if frac in ['1/2','1/3','1/4','1/6','1']:
    549555                iFrac[i] = frac
    550 # set identity & 1,-1
     556# set identity & 1,-1; triclinic
    551557        SSGOps[0][0][3,3] = 1.
    552558# monoclinic
    553559        if SGData['SGPtGrp'] in ['2','m']:  #OK
    554560            SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[0]
     561            SSGOps[1][1][3] = genQ[0]
    555562            for i in iFrac:
    556563                if SGData['SGPtGrp'] == '2':
    … …  
    558565                else:
    559566                    SSGOps[1][0][3,i] = -1
     567                if genQ:
     568                    SSGOps[1][0][3,i] *= -1
    560569        elif SGData['SGPtGrp'] == '2/m':    #OK
    561570            SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[1]
    … …  
    568577            SSGOps[3][0][3,3] = SSGKl[2]
    569578# tetragonal
    570         elif SGData['SGPtGrp'] in ['4','-4',]:
     579        elif SGData['SGPtGrp'] == '4':  #OK
     580            SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[0]
     581            SSGOps[1][1][3] = genQ[0]
     582            if '1/2' in SSGData['modSymb']:
     583                SSGOps[1][0][3,1] = -1
     584        elif SGData['SGPtGrp'] == '-4': #OK
    571585            SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[0]
    572586            if '1/2' in SSGData['modSymb']:
    573                 if SGData['SGPtGrp'] == '-4':
    574                     SSGOps[1][0][3,1] = 1
    575                 else:
    576                     SSGOps[1][0][3,1] = -1
     587                SSGOps[1][0][3,1] = 1
    577588        elif SGData['SGPtGrp'] in ['4/m',]:
    578             SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[1]
     589            SSGOps[1][0][3,3] = -SSGKl[1]
     590            SSGOps[1][1][3] = genQ[0]
    579591            if '1/2' in SSGData['modSymb']:
    580                 SSGOps[1][0][3,3] *= -1
    581592                SSGOps[1][0][3,1] = -1
    582593        elif SGData['SGPtGrp'] in ['422','4mm','-42m','-4m2',]:
    … …  
    587598                SSGOps[1][0][3,3] *= -1
    588599                SSGOps[1][0][3,1] = -1
     600            SSGOps[2][0][3,3] = SSGKl[1]
     601            SSGOps[3][0][3,3] = SSGKl[2]
     602            SSGOps[4][0][3,3] = SSGKl[3]
    589603# trigonal
    590         elif SGData['SGPtGrp'] in ['3','-3',]:
     604        elif SGData['SGPtGrp'] == '3':
    591605            SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[0]
    592             if '1/2' in SSGData['modSymb']:
    593                 if SGData['SGPtGrp'] == '-6':
    594                     SSGOps[1][0][3,1] = 1
    595                 else:
    596                     SSGOps[1][0][3,1] = -1
     606            SSGOps[1][1][3] = genQ[0]
     607        elif SGData['SGPtGrp'] == '-3':
     608            SSGOps[1][0][3,3] = -SSGKl[0]
    597609        elif SGData['SGPtGrp'] in ['32','3m','-3m',]:
    598610            SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[1]
    599611        elif SGData['SGPtGrp'] in ['312','321','3m1','31m','-3m1','-31m',]:
    600             pass
     612            SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[0]
    601613# hexagonal
    602         elif SGData['SGPtGrp'] in ['6','-6',]:
     614        elif SGData['SGPtGrp'] == '6':  #OK
    603615            SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[0]
    604         elif SGData['SGPtGrp'] in ['6/m',]:
    605             SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[1]
     616            SSGOps[1][1][3] = genQ[0]
     617        elif SGData['SGPtGrp'] == '-6': #OK
     618            SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[0]
     619        elif SGData['SGPtGrp'] in ['6/m',]: #OK
     620            SSGOps[1][0][3,3] = -SSGKl[1]
     621            SSGOps[1][1][3] = genQ[0]
     622            SSGOps[2][1][3] = genQ[1]
    606623        elif SGData['SGPtGrp'] in ['622','6mm','-62m','-62',]:
    607             pass
     624            SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[0]
     625            SSGOps[2][0][3,3] = -SSGKl[1]
     626            SSGOps[3][0][3,3] = -SSGKl[2]
    608627        elif SGData['SGPtGrp'] in ['6/mmm',]:
    609             pass
    610            
     628            SSGOps[1][0][3,3] = SSGKl[0]
     629            if genQ[0]:
     630                SSGOps[1][0][3,3] = -SSGKl[0]
     631                SSGOps[1][1][3] = genQ[0]
     632            SSGOps[3][0][3,3] = -SSGKl[1]
     633            if genQ[1]:
     634                SSGOps[3][0][3,3] = SSGKl[1]
     635                SSGOps[3][1][3] = genQ[1]
     636            SSGOps[10][0][3,3] = SSGKl[2]
     637            if genQ[2]:
     638                SSGOps[10][0][3,3] = -SSGKl[2]
     639                SSGOps[10][1][3] = genQ[2]
     640            SSGOps[11][0][3,3] = SSGKl[3]
     641            if genQ[3]:
     642                SSGOps[11][0][3,3] = -SSGKl[3]
     643                SSGOps[11][1][3] = genQ[3]
    611644        if SGData['SGInv']:
    612645            SSGfull = SSGOps[:]
    … …  
    624657                for k in range(nOps):
    625658                    OpD = SSGOps[k]
    626                     if np.allclose(OpC[0],OpD[0]) and np.allclose(OpC[1],OpD[1]):
     659                    if SSMT2text(OpC) == SSMT2text(OpD):
    627660                        continue
    628661                    elif np.allclose(OpC[0][:3,:3],OpD[0][:3,:3]):
    629                         if np.allclose(OpD[0][3],np.zeros(4)):
     662                        if np.any([np.allclose(OpC[0][3][:3],cen) for cen in SGData['SGCen']]):
     663#                        if np.allclose(OpC[0][3],np.zeros(4)):
     664                            continue
     665                        elif np.allclose(OpD[0][3],np.zeros(4)):
    630666                            SSGOps[k] = OpC
    631667                        else:
     668                            print 'OpC',SSMT2text(OpC),'OpD',SSMT2text(OpD)
    632669                            return False,None
    633670        return True,SSGOps
    634671                   
    635     def getTau(genQ):
    636         print 'genQ',genQ
    637         return genQ
     672    def getTau():
     673        if not genQ:
     674            return [0,0,0,0]
     675        newQ = genQ
     676        if SGData['SGPtGrp'] in ['2/m']:  #OK           
     677            newQ = [0.5,]
     678        return newQ
    638679       
    639680    LaueModList = ['abg', 'ab0', 'ab1/2', 'a0g', 'a1/2g','0bg', '1/2bg',
    … …  
    656697    if ''.join(gensym) not in GenSymList:
    657698        return 'unknown generator symbol '+''.join(gensym),None
    658     LaueModId = LaueModList.index(''.join(modsym))
     699    try:
     700        LaueModId = LaueModList.index(''.join(modsym))
     701    except ValueError:
     702        return 'Unknown modulation symbol '+''.join(modsym),None
    659703    if not checkModSym():
    660704        return 'Modulation '+''.join(modsym)+' not consistent with space group '+SGData['SpGrp'],None
    … …  
    665709    if len(gensym) and len(gensym) != len(SGData['SSGKl']):
    666710        return 'Wrong number of items in generator symbol '+''.join(gensym),None
    667     genQ = getTau(genQ)
     711    genQ = getTau()
    668712    SSGData = {'SSpGrp':SGData['SpGrp']+SSymbol,'modQ':modQ,'modSymb':modsym}
    669713    SSCen = np.ones((len(SGData['SGCen']),4))*0.5
    … …  
    695739        SGTable - list of strings for each of the operations
    696740    '''
    697     Mult = len(SSGData['SSGCen'])*len(SSGData['SSGOps'])*(int(SGData['SGInv'])+1)
     741    Mult = len(SSGData['SSGCen'])*len(SSGData['SSGOps'])
    698742    SSGText = []
    699743    SSGText.append(' Superspace Group: '+SSGData['SSpGrp'])
    … …  
    707751    SSGText.append(' The Laue symmetry is '+SGData['SGLaue'])
    708752    SSGText.append(' The superlattice point group is '+SGData['SGPtGrp']+','+''.join([str(i) for i in SGData['SSGKl']]))
    709     SSGText.append(' The number of super space group generators is '+str(len(SGData['SSGKl'])))
     753    SSGText.append(' The number of superspace group generators is '+str(len(SGData['SSGKl'])))
    710754    SSGText.append(' Multiplicity of a general site is '+str(Mult))
    711755    if SGData['SGUniq'] in ['a','b','c']:
    … …  
    715759    if SGData['SGPolax']:
    716760        SSGText.append(' The location of the origin is arbitrary in '+SGData['SGPolax'])
     761    SSGText.append(' ')
    717762    if len(SSGData['SSGCen']) > 1:
    718763        SSGText.append(' The equivalent positions are:')
    719         SSGText.append('\n ('+SSLatt2text(SSGData['SSGCen'])+')+\n')
     764        SSGText.append(' ('+SSLatt2text(SSGData['SSGCen'])+')+\n')
    720765    else:
    721766        SSGText.append(' The equivalent positions are:\n')
    722767    SSGTable = []
    723     for i,[M,T] in enumerate(SSGData['SSGOps']):
    724         SSGTable.append('(%2d) %s'%(i+1,SSMT2text(M,T)))
     768    for i,Opr in enumerate(SSGData['SSGOps']):
     769        SSGTable.append('(%2d) %s'%(i+1,SSMT2text(Opr)))
    725770    return SSGText,SSGTable
    726771   
    … …  
    734779    return [Q if mod not in ['a','b','g'] and vec != Q else vec for [vec,mod,Q] in zip(Vec,modSymb,modQ)]
    735780
    736 def SSMT2text(M,T):
     781def SSMT2text(Opr):
    737782    "From superspace group matrix/translation operator returns text version"
    738     XYZS = ('X','Y','Z','S')
     783    XYZS = ('x','y','z','t')    #Stokes, Campbell & van Smaalen notation
    739784    TRA = ('   ','ERR','1/6','1/4','1/3','ERR','1/2','ERR','2/3','3/4','5/6','ERR')
    740785    Fld = ''
     786    M,T = Opr
    741787    for j in range(4):
    742788        IJ = ''
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.